affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cdf/CDFQCProbeInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** This class provides storage for QC probes from a CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class CDFQCProbeInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26     /** This is the size of the object in a binary CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 27     public static final int QC_PROBE_SIZE = (2+2+1+1+1);
11 13 Sep 07 nicklas 28
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** The X coordinate of the probe */
11 13 Sep 07 nicklas 30     private int x;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Gets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 33     public int getX() { return x; }
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** Sets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public void setX(int value) { x=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 39     private int y;
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Gets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public int getY() { return y; }
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** Sets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 45     public void setY(int value) { y=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** The probe length. This value may be 1 for non-synthesized features */
11 13 Sep 07 nicklas 48     private byte plen;
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** Gets the probe length. This value may be 1 for non-synthesized features. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public byte getProbeLength() { return plen; }
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** Sets the probe length. */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public void setProbeLength(byte value) { plen=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** Flag indicating if the probe is a perfect match probe. */
11 13 Sep 07 nicklas 57     private byte pmProbe;
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** Gets a flag indicating if the probe is a perfect match probe. */
11 13 Sep 07 nicklas 60     public boolean isPMProbe() { return (pmProbe != 0); }
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Sets a flag indicating if the probe is a perfect match probe. */
11 13 Sep 07 nicklas 63     public void setPMProbe(boolean value) { pmProbe=(value == true ? (byte)1 : 0); }
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Flag indicating if the probe is used for background calculations (blank feature). */
11 13 Sep 07 nicklas 66     private byte background;
11 13 Sep 07 nicklas 67     
11 13 Sep 07 nicklas 68     /** Gets a flag indicating if the probe is used for background calculations (blank feature). */
11 13 Sep 07 nicklas 69     public boolean isBackground() { return (background != 0); }
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     /** Sets a flag indicating if the probe is used for background calculations (blank feature). */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public void setBackground(boolean value) { background = (value == true ? (byte)1 : 0); }
11 13 Sep 07 nicklas 73     
11 13 Sep 07 nicklas 74     /** Creates a new instance of CDFQCProbeInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public CDFQCProbeInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 76         x = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 77         y = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 78         plen = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 79         pmProbe = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 80         background = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 81     }
11 13 Sep 07 nicklas 82     
11 13 Sep 07 nicklas 83 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)