affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cel/CELFileData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.cel;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.portability.*;
15 17 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.calvin.parsers.FileHeaderReader;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.gcos.*;
15 17 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 28 import java.io.*;
11 13 Sep 07 nicklas 29 import java.nio.channels.*;
11 13 Sep 07 nicklas 30 import java.nio.channels.FileChannel.*;
11 13 Sep 07 nicklas 31 import java.nio.*;
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33 /** Provides parsing and data storage for GCOS CEL files. */
11 13 Sep 07 nicklas 34 public class CELFileData {
11 13 Sep 07 nicklas 35
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Flag to read all of the data in a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final int CEL_ALL=1;
11 13 Sep 07 nicklas 38     
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** Flag to read only the data from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 40     public static final int CEL_DATA=2;
11 13 Sep 07 nicklas 41     
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** Flag to read the outlier and data sections from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public static final int CEL_OUTLIER=4;
11 13 Sep 07 nicklas 44     
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** Flag to read the mask and data sections from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 46     public static final int CEL_MASK=8;
11 13 Sep 07 nicklas 47     
11 13 Sep 07 nicklas 48     /** The magic number for XDA CEL files. */
11 13 Sep 07 nicklas 49     public static final int CELL_FILE_MAGIC_NUMBER = 64;
11 13 Sep 07 nicklas 50
11 13 Sep 07 nicklas 51     /** Error string */
11 13 Sep 07 nicklas 52     private String strError;
11 13 Sep 07 nicklas 53     
11 13 Sep 07 nicklas 54     /** Gets the error.
11 13 Sep 07 nicklas 55      * @return The last error message.
11 13 Sep 07 nicklas 56      */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public String getError() { return strError; }
11 13 Sep 07 nicklas 58     
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** The file name. */
11 13 Sep 07 nicklas 60     private String fileName;
11 13 Sep 07 nicklas 61     
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Gets the file name.
11 13 Sep 07 nicklas 63      * @return The file name.
11 13 Sep 07 nicklas 64      */
11 13 Sep 07 nicklas 65     public String getFileName() { return fileName; }
11 13 Sep 07 nicklas 66     
11 13 Sep 07 nicklas 67     /** Sets the file name.
11 13 Sep 07 nicklas 68      * @param value The name of the CEL file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 69      */
11 13 Sep 07 nicklas 70     public void setFileName(String value) { fileName = value; }
15 17 Sep 07 nicklas 71
15 17 Sep 07 nicklas 72     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 73      * If set, we will read data from this input stream instead of 
15 17 Sep 07 nicklas 74      * from the file specified by fileName 
15 17 Sep 07 nicklas 75      */
15 17 Sep 07 nicklas 76     private InputStream in;
19 15 Nov 07 nicklas 77
19 15 Nov 07 nicklas 78     /**
19 15 Nov 07 nicklas 79      * Temporary file in case we need to copy the entire InputStream
19 15 Nov 07 nicklas 80      */
19 15 Nov 07 nicklas 81     private File tempFile;
11 13 Sep 07 nicklas 82     
15 17 Sep 07 nicklas 83     /**
15 17 Sep 07 nicklas 84      * A reader wrapping the input stream when reading text CDF files.
15 17 Sep 07 nicklas 85      */
15 17 Sep 07 nicklas 86     private BufferedReader textReader;
15 17 Sep 07 nicklas 87
15 17 Sep 07 nicklas 88     /**
18 15 Nov 07 nicklas 89      * A reader wrapping the input stream when reading binary CDF files.
18 15 Nov 07 nicklas 90      */
18 15 Nov 07 nicklas 91     private FileInputStream xdaReader;
18 15 Nov 07 nicklas 92
18 15 Nov 07 nicklas 93     /**
15 17 Sep 07 nicklas 94      * So we know if the file format has been checked or not, since
15 17 Sep 07 nicklas 95      * if we use an InputStream it can only be read once.
15 17 Sep 07 nicklas 96      */
15 17 Sep 07 nicklas 97     private boolean hasCheckedFileFormat;
15 17 Sep 07 nicklas 98     
15 17 Sep 07 nicklas 99     /**
15 17 Sep 07 nicklas 100      * If the file is a version 3 text file
15 17 Sep 07 nicklas 101      */
15 17 Sep 07 nicklas 102     private boolean isVersion3CompatibleFile;
15 17 Sep 07 nicklas 103     
15 17 Sep 07 nicklas 104     /**
15 17 Sep 07 nicklas 105      * If the file is an XDA binary file
15 17 Sep 07 nicklas 106      */
15 17 Sep 07 nicklas 107     private boolean isXDACompatibleFile;
15 17 Sep 07 nicklas 108  
15 17 Sep 07 nicklas 109     /**
15 17 Sep 07 nicklas 110      * If the file is a Calvin binary file
15 17 Sep 07 nicklas 111      */
15 17 Sep 07 nicklas 112     private boolean isCalvinCompatibleFile;
15 17 Sep 07 nicklas 113
15 17 Sep 07 nicklas 114     /**
15 17 Sep 07 nicklas 115      * To keep track if headers have been read or not, since we can't do that twice
15 17 Sep 07 nicklas 116      * if using an input stream.
15 17 Sep 07 nicklas 117      */
15 17 Sep 07 nicklas 118     private boolean hasReadHeaders = false;
15 17 Sep 07 nicklas 119     
15 17 Sep 07 nicklas 120     /**
15 17 Sep 07 nicklas 121      * If reading the headers was successful (true) or not (false)
15 17 Sep 07 nicklas 122      */
15 17 Sep 07 nicklas 123     private boolean headerResult;
15 17 Sep 07 nicklas 124     
15 17 Sep 07 nicklas 125     /**
15 17 Sep 07 nicklas 126      * To keep track if data have been read or not, since we can't do that twice
15 17 Sep 07 nicklas 127      * if using an input stream.
15 17 Sep 07 nicklas 128      */
15 17 Sep 07 nicklas 129      private boolean hasReadData = false;
15 17 Sep 07 nicklas 130
15 17 Sep 07 nicklas 131      /**
15 17 Sep 07 nicklas 132       * If reading the data was successful (true) or not (false)
15 17 Sep 07 nicklas 133       */
15 17 Sep 07 nicklas 134      private boolean dataResult;
15 17 Sep 07 nicklas 135
15 17 Sep 07 nicklas 136     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 137      * Set the input stream to read from. If set
15 17 Sep 07 nicklas 138      * we use the stream instead of the file given by filename
15 17 Sep 07 nicklas 139      */
15 17 Sep 07 nicklas 140     public void setInputStream(InputStream in)
15 17 Sep 07 nicklas 141     {
15 17 Sep 07 nicklas 142         this.in = in;
15 17 Sep 07 nicklas 143     }
15 17 Sep 07 nicklas 144     
15 17 Sep 07 nicklas 145     /**
15 17 Sep 07 nicklas 146      * Get the InputStream. Peeking at the input stream with
15 17 Sep 07 nicklas 147      * {@link #checkFileFormat()} have replaced the original stream
15 17 Sep 07 nicklas 148      * with a PushBackInputStream
15 17 Sep 07 nicklas 149      * @return
15 17 Sep 07 nicklas 150      */
15 17 Sep 07 nicklas 151     public InputStream getInputStream()
15 17 Sep 07 nicklas 152     {
15 17 Sep 07 nicklas 153         return in;
15 17 Sep 07 nicklas 154     }
15 17 Sep 07 nicklas 155    
11 13 Sep 07 nicklas 156     /** CEL file header data object. */
11 13 Sep 07 nicklas 157     private CELFileHeaderData headerData;
11 13 Sep 07 nicklas 158     
11 13 Sep 07 nicklas 159     /** Gets the header.
11 13 Sep 07 nicklas 160      * @return The CEL file header object.
11 13 Sep 07 nicklas 161      */
11 13 Sep 07 nicklas 162     public CELFileHeaderData getHeader() { return headerData; }
11 13 Sep 07 nicklas 163     
11 13 Sep 07 nicklas 164     /** The entries for each cell (used for text format). */
11 13 Sep 07 nicklas 165     private Vector /*CELFileEntryType*/ entries;
11 13 Sep 07 nicklas 166
11 13 Sep 07 nicklas 167     /** Map for masked cell coordinates. */
11 13 Sep 07 nicklas 168     private Map /*<int, bool>*/ maskedCells;
11 13 Sep 07 nicklas 169
11 13 Sep 07 nicklas 170     /** Map for outlier coordinates. */
11 13 Sep 07 nicklas 171     private Map /*<int, bool>*/ outliers;
11 13 Sep 07 nicklas 172
11 13 Sep 07 nicklas 173     /** CEL file reading state. */
11 13 Sep 07 nicklas 174     private int nReadState;
11 13 Sep 07 nicklas 175
11 13 Sep 07 nicklas 176     /** Flag to determine if masked cell data should be read */
11 13 Sep 07 nicklas 177     private boolean bReadMaskedCells;
11 13 Sep 07 nicklas 178     
11 13 Sep 07 nicklas 179     /** Flag to determine if outlier data should be read */
11 13 Sep 07 nicklas 180     private boolean bReadOutliers;
11 13 Sep 07 nicklas 181     
11 13 Sep 07 nicklas 182     /** A mapped byte buffer for XDA files. */
11 13 Sep 07 nicklas 183     private MappedByteBuffer xdaBuffer;
11 13 Sep 07 nicklas 184
11 13 Sep 07 nicklas 185     /** Gets the X coordinates from index.
11 13 Sep 07 nicklas 186      * @param index The 0 based index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 187      * @return X coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 188      */
11 13 Sep 07 nicklas 189     public int indexToX(int index) { return index % headerData.getCols(); }
11 13 Sep 07 nicklas 190
11 13 Sep 07 nicklas 191     /** Gets the Y coordinates from index.
11 13 Sep 07 nicklas 192      * @param index The 0 based index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 193      * @return Y coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 194      */
11 13 Sep 07 nicklas 195     public int indexToY(int index) { return index / headerData.getCols(); }
11 13 Sep 07 nicklas 196
11 13 Sep 07 nicklas 197     /** Maps X/Y coordinates to CEL file index.
11 13 Sep 07 nicklas 198      * @param x The x coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 199      * @param y The y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 200      * @return The index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 201      */
11 13 Sep 07 nicklas 202     public int xyToIndex(int x, int y) { return xyToIndex(x,y, headerData.getRows(), headerData.getCols()); }
11 13 Sep 07 nicklas 203
11 13 Sep 07 nicklas 204     /** Maps X/Y coordinates to CEL file index.
11 13 Sep 07 nicklas 205      * @param x The x coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 206      * @param y The y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 207      * @param r The number of rows.
11 13 Sep 07 nicklas 208      * @param c The number of columns.
11 13 Sep 07 nicklas 209      * @return The index to the intensity arrays.
11 13 Sep 07 nicklas 210      */
11 13 Sep 07 nicklas 211     public static int xyToIndex(int x, int y, int r, int c) { return ((y*c) + x); }
11 13 Sep 07 nicklas 212
11 13 Sep 07 nicklas 213     /** Retrieves a CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 214      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 215      * @param entry The CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 216      */
11 13 Sep 07 nicklas 217     public void getEntry(int index, CELFileEntryType entry) {
11 13 Sep 07 nicklas 218         entry.setIntensity( getIntensity(index));
11 13 Sep 07 nicklas 219         entry.setStdv( getStdv(index));
11 13 Sep 07 nicklas 220         entry.setPixels( getPixels(index));
11 13 Sep 07 nicklas 221     }
11 13 Sep 07 nicklas 222     
11 13 Sep 07 nicklas 223     /** Retrieves a CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 224      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 225      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 226      * @param entry The CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 227      */
11 13 Sep 07 nicklas 228     public void getEntry(int x, int y, CELFileEntryType entry) { getEntry(xyToIndex(x,y), entry); }
11 13 Sep 07 nicklas 229
11 13 Sep 07 nicklas 230     /** Retrieves a CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 231      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 232      * @return The CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 233      */
11 13 Sep 07 nicklas 234     public float getIntensity(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 235         assert((index >= 0) && (index < headerData.getCells()));
11 13 Sep 07 nicklas 236         if (xdaBuffer != null)
11 13 Sep 07 nicklas 237         {
11 13 Sep 07 nicklas 238             ByteBuffer entry = (ByteBuffer)xdaBuffer.position(index * CELFileEntryType.CEL_FILE_ENTRY_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 239             return entry.getFloat();
11 13 Sep 07 nicklas 240         }
11 13 Sep 07 nicklas 241         else if (entries != null)
11 13 Sep 07 nicklas 242         {
11 13 Sep 07 nicklas 243             CELFileEntryType entry = (CELFileEntryType) entries.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 244             return entry.getIntensity();
11 13 Sep 07 nicklas 245         }   
11 13 Sep 07 nicklas 246         assert(true);
11 13 Sep 07 nicklas 247         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 248     }
11 13 Sep 07 nicklas 249
11 13 Sep 07 nicklas 250     /** Retrieves a CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 251      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 252      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 253      * @return The CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 254      */
11 13 Sep 07 nicklas 255     public float getIntensity(int x, int y) { return getIntensity(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 256
11 13 Sep 07 nicklas 257     /** Retrieves a CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 258      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 259      * @return The CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 260      */
11 13 Sep 07 nicklas 261     public float getStdv(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 262         assert((index >= 0) && (index < headerData.getCells()));
11 13 Sep 07 nicklas 263         if (xdaBuffer != null)
11 13 Sep 07 nicklas 264         {
11 13 Sep 07 nicklas 265             ByteBuffer entry = (ByteBuffer)xdaBuffer.position((index * CELFileEntryType.CEL_FILE_ENTRY_SIZE) + DataSizes.FLOAT_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 266             return entry.getFloat();
11 13 Sep 07 nicklas 267         }
11 13 Sep 07 nicklas 268         else if (entries != null)
11 13 Sep 07 nicklas 269         {
11 13 Sep 07 nicklas 270             CELFileEntryType entry = (CELFileEntryType) entries.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 271             return entry.getStdv();
11 13 Sep 07 nicklas 272         }
11 13 Sep 07 nicklas 273         assert(true);
11 13 Sep 07 nicklas 274         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 275     }
11 13 Sep 07 nicklas 276
11 13 Sep 07 nicklas 277     /** Retrieves a CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 278      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 279      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 280      * @return The CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 281      */
11 13 Sep 07 nicklas 282     public float getStdv(int x, int y) { return getStdv(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 283     
11 13 Sep 07 nicklas 284     /** Retrieves a CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 285      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 286      * @return The CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 287      */
11 13 Sep 07 nicklas 288     public short getPixels(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 289         assert((index >= 0) && (index < headerData.getCells()));
11 13 Sep 07 nicklas 290         if (xdaBuffer != null)
11 13 Sep 07 nicklas 291         {
11 13 Sep 07 nicklas 292             ByteBuffer entry = (ByteBuffer)xdaBuffer.position((index * CELFileEntryType.CEL_FILE_ENTRY_SIZE) + DataSizes.FLOAT_SIZE + DataSizes.FLOAT_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 293             return entry.getShort();
11 13 Sep 07 nicklas 294         }
11 13 Sep 07 nicklas 295         else if (entries != null)
11 13 Sep 07 nicklas 296         {
11 13 Sep 07 nicklas 297             CELFileEntryType entry = (CELFileEntryType) entries.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 298             return entry.getPixels();
11 13 Sep 07 nicklas 299         }
11 13 Sep 07 nicklas 300         assert(true);
11 13 Sep 07 nicklas 301         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 302     }
11 13 Sep 07 nicklas 303
11 13 Sep 07 nicklas 304     /** Retrieves a CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 305      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 306      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 307      * @return The CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 308      */
11 13 Sep 07 nicklas 309     public short getPixels(int x, int y) { return getPixels(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 310
11 13 Sep 07 nicklas 311     /** Retrieves a CEL file mask flag.
11 13 Sep 07 nicklas 312      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 313      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 314      * @return True if the feature is masked.
11 13 Sep 07 nicklas 315      */
11 13 Sep 07 nicklas 316     public boolean isMasked(int x, int y) { return isMasked(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 317
11 13 Sep 07 nicklas 318     /** Retrieves a CEL file mask flag.
11 13 Sep 07 nicklas 319      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 320      * @return True if the feature is masked.
11 13 Sep 07 nicklas 321      */
11 13 Sep 07 nicklas 322     public boolean isMasked(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 323         Boolean masked = (Boolean)maskedCells.get(new Integer(index));
11 13 Sep 07 nicklas 324         if (masked != null )
11 13 Sep 07 nicklas 325             return masked.booleanValue();
11 13 Sep 07 nicklas 326         return false; 
11 13 Sep 07 nicklas 327     }
11 13 Sep 07 nicklas 328
11 13 Sep 07 nicklas 329     /** Retrieves a CEL file outlier flag.
11 13 Sep 07 nicklas 330      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 331      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 332      * @return True if the feature is an outlier.
11 13 Sep 07 nicklas 333      */
11 13 Sep 07 nicklas 334     public boolean isOutlier(int x, int y) { return isOutlier(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 335
11 13 Sep 07 nicklas 336     /** Retrieves a CEL file outlier flag.
11 13 Sep 07 nicklas 337      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 338      * @return True if the feature is an outlier.
11 13 Sep 07 nicklas 339      */
11 13 Sep 07 nicklas 340     public boolean isOutlier(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 341         Boolean outlier = (Boolean)outliers.get(new Integer(index));
11 13 Sep 07 nicklas 342         if (outlier != null )
11 13 Sep 07 nicklas 343             return outlier.booleanValue();
11 13 Sep 07 nicklas 344         return false; 
11 13 Sep 07 nicklas 345     }
11 13 Sep 07 nicklas 346
15 17 Sep 07 nicklas 347     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 348      * Checks if the file exists or if an input stream has been specified.
11 13 Sep 07 nicklas 349      * @return True if the file exists.
11 13 Sep 07 nicklas 350      */
15 17 Sep 07 nicklas 351     public boolean exists() { 
15 17 Sep 07 nicklas 352         return in != null || new File(fileName).exists(); 
11 13 Sep 07 nicklas 353     }
11 13 Sep 07 nicklas 354
11 13 Sep 07 nicklas 355     /** Reads the header of the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 356      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 357      */
11 13 Sep 07 nicklas 358     public boolean readHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 359         // Read the header, close if failed.
11 13 Sep 07 nicklas 360   if (open(true) == false)
11 13 Sep 07 nicklas 361   {
11 13 Sep 07 nicklas 362             clear();
11 13 Sep 07 nicklas 363             return false;
11 13 Sep 07 nicklas 364   }
11 13 Sep 07 nicklas 365   return true;
11 13 Sep 07 nicklas 366     }
11 13 Sep 07 nicklas 367
11 13 Sep 07 nicklas 368     /** Reads the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 369      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 370      */
11 13 Sep 07 nicklas 371     public boolean read() {
11 13 Sep 07 nicklas 372         return read(true);
11 13 Sep 07 nicklas 373     }
11 13 Sep 07 nicklas 374     
11 13 Sep 07 nicklas 375     /** Reads the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 376      * @param bIncludeMaskAndOutliers Flag to indicate if the mask and outlier sections should also be read.
11 13 Sep 07 nicklas 377      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 378      */
11 13 Sep 07 nicklas 379     public boolean read(boolean bIncludeMaskAndOutliers) {
11 13 Sep 07 nicklas 380         bReadMaskedCells = bIncludeMaskAndOutliers;
11 13 Sep 07 nicklas 381   bReadOutliers = bIncludeMaskAndOutliers;
11 13 Sep 07 nicklas 382
11 13 Sep 07 nicklas 383   // Open the file
11 13 Sep 07 nicklas 384   if (open(false) == false)
11 13 Sep 07 nicklas 385   {
11 13 Sep 07 nicklas 386     clear();
11 13 Sep 07 nicklas 387     return false;
11 13 Sep 07 nicklas 388   }
11 13 Sep 07 nicklas 389   return true;
11 13 Sep 07 nicklas 390     }
11 13 Sep 07 nicklas 391     
11 13 Sep 07 nicklas 392     /** Opens and reads the contents of the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 393      * @param bReadHeaderOnly Flag to indicate if the header is only to be read.
11 13 Sep 07 nicklas 394      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 395      */
11 13 Sep 07 nicklas 396     private boolean open(boolean bReadHeaderOnly)
11 13 Sep 07 nicklas 397     {
11 13 Sep 07 nicklas 398   if (isXDACompatibleFile())
11 13 Sep 07 nicklas 399             return readXDACel(bReadHeaderOnly);
11 13 Sep 07 nicklas 400         else if (isVersion3CompatibleFile())
11 13 Sep 07 nicklas 401             return readTextCel(bReadHeaderOnly);
11 13 Sep 07 nicklas 402   return false;
11 13 Sep 07 nicklas 403     }
11 13 Sep 07 nicklas 404
11 13 Sep 07 nicklas 405     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 406     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 407         xdaBuffer = null;
11 13 Sep 07 nicklas 408         headerData = null;
11 13 Sep 07 nicklas 409         entries = null;
11 13 Sep 07 nicklas 410         outliers = null;
11 13 Sep 07 nicklas 411         maskedCells = null;
11 13 Sep 07 nicklas 412     }
11 13 Sep 07 nicklas 413
11 13 Sep 07 nicklas 414     /** Checks if the file type is XDA.
11 13 Sep 07 nicklas 415      * @return True if XDA type.
11 13 Sep 07 nicklas 416      */
11 13 Sep 07 nicklas 417     public boolean isXDACompatibleFile() {
15 17 Sep 07 nicklas 418         if (!hasCheckedFileFormat)
11 13 Sep 07 nicklas 419         {
15 17 Sep 07 nicklas 420             checkFileFormat();
11 13 Sep 07 nicklas 421         }
15 17 Sep 07 nicklas 422         return isXDACompatibleFile;
11 13 Sep 07 nicklas 423     }
11 13 Sep 07 nicklas 424
11 13 Sep 07 nicklas 425     /** Checks if the file type is version 3.
11 13 Sep 07 nicklas 426      * @return True if version 3 type.
11 13 Sep 07 nicklas 427      */
11 13 Sep 07 nicklas 428     public boolean isVersion3CompatibleFile() {
15 17 Sep 07 nicklas 429         if (!hasCheckedFileFormat)
11 13 Sep 07 nicklas 430         {
15 17 Sep 07 nicklas 431             checkFileFormat();
11 13 Sep 07 nicklas 432         }
15 17 Sep 07 nicklas 433         return isVersion3CompatibleFile;
15 17 Sep 07 nicklas 434     }
15 17 Sep 07 nicklas 435     
15 17 Sep 07 nicklas 436     /** Checks if the file type is Calvin file.
15 17 Sep 07 nicklas 437      * @return True if Calvin file.
15 17 Sep 07 nicklas 438      */
15 17 Sep 07 nicklas 439     public boolean isCalvinCompatibleFile() {
15 17 Sep 07 nicklas 440         if (!hasCheckedFileFormat)
11 13 Sep 07 nicklas 441         {
15 17 Sep 07 nicklas 442             checkFileFormat();
11 13 Sep 07 nicklas 443         }
15 17 Sep 07 nicklas 444         return isCalvinCompatibleFile;
11 13 Sep 07 nicklas 445     }
15 17 Sep 07 nicklas 446     private void checkFileFormat()
15 17 Sep 07 nicklas 447     {
15 17 Sep 07 nicklas 448         int magicNumber = 0;
15 17 Sep 07 nicklas 449         hasCheckedFileFormat = true;
15 17 Sep 07 nicklas 450         isVersion3CompatibleFile = false;
15 17 Sep 07 nicklas 451         isXDACompatibleFile = false;
15 17 Sep 07 nicklas 452         try
15 17 Sep 07 nicklas 453         {
15 17 Sep 07 nicklas 454             PushbackInputStream pin = null;
15 17 Sep 07 nicklas 455             if (in != null)
15 17 Sep 07 nicklas 456             {
15 17 Sep 07 nicklas 457                 // Read data from input stream
15 17 Sep 07 nicklas 458                 pin = new PushbackInputStream(in, 5);
15 17 Sep 07 nicklas 459                 in = pin;
15 17 Sep 07 nicklas 460             }
15 17 Sep 07 nicklas 461             else
15 17 Sep 07 nicklas 462             {
15 17 Sep 07 nicklas 463                 // Read from file
15 17 Sep 07 nicklas 464                 pin = new PushbackInputStream(new FileInputStream(fileName), 5);
15 17 Sep 07 nicklas 465             }
15 17 Sep 07 nicklas 466             // Check if the file is an XDA file
15 17 Sep 07 nicklas 467             magicNumber = FileIO.PeekInt32_I(pin);
15 17 Sep 07 nicklas 468             isXDACompatibleFile = (magicNumber == CELFileData.CELL_FILE_MAGIC_NUMBER);
15 17 Sep 07 nicklas 469             if (isXDACompatibleFile) return;
15 17 Sep 07 nicklas 470             
15 17 Sep 07 nicklas 471             // Check if the file is a Calvin file
15 17 Sep 07 nicklas 472             magicNumber = FileIO.PeekInt8(pin);
15 17 Sep 07 nicklas 473             isCalvinCompatibleFile = magicNumber == FileHeaderReader.DATA_FILE_MAGIC_NUMBER;
15 17 Sep 07 nicklas 474             if (isCalvinCompatibleFile) return;
15 17 Sep 07 nicklas 475             
15 17 Sep 07 nicklas 476             // Check if the file is a text file
15 17 Sep 07 nicklas 477             byte[] peekInFile = new byte[5];
15 17 Sep 07 nicklas 478             byte[] celAsBytes = "[CEL]".getBytes();
15 17 Sep 07 nicklas 479             pin.read(peekInFile);
15 17 Sep 07 nicklas 480             pin.unread(peekInFile);
15 17 Sep 07 nicklas 481             isVersion3CompatibleFile = Arrays.equals(peekInFile, celAsBytes);
15 17 Sep 07 nicklas 482         }
15 17 Sep 07 nicklas 483         catch (Throwable t)
15 17 Sep 07 nicklas 484         {}
15 17 Sep 07 nicklas 485     }
11 13 Sep 07 nicklas 486     
11 13 Sep 07 nicklas 487     /** Creates a new instance of CELFileData */
11 13 Sep 07 nicklas 488     public CELFileData() {
11 13 Sep 07 nicklas 489         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 490     }
11 13 Sep 07 nicklas 491     
11 13 Sep 07 nicklas 492     /** Reads an XDA CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 493      * @param bReadHeaderOnly Flag to indicate if only the header is to be read.
11 13 Sep 07 nicklas 494      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 495      */
18 15 Nov 07 nicklas 496     private boolean readXDACel(boolean bReadHeaderOnly) 
18 15 Nov 07 nicklas 497     {
18 15 Nov 07 nicklas 498         // Read the header
18 15 Nov 07 nicklas 499         if (!hasReadHeaders)
11 13 Sep 07 nicklas 500         {
18 15 Nov 07 nicklas 501             hasReadHeaders = true;
18 15 Nov 07 nicklas 502             headerResult = false;
11 13 Sep 07 nicklas 503
18 15 Nov 07 nicklas 504             InputStream readHeaders = in;
18 15 Nov 07 nicklas 505             if (in == null)
18 15 Nov 07 nicklas 506             {
18 15 Nov 07 nicklas 507                 if (xdaReader == null)
18 15 Nov 07 nicklas 508                 {
18 15 Nov 07 nicklas 509                     try
18 15 Nov 07 nicklas 510                     {
18 15 Nov 07 nicklas 511                         xdaReader = new FileInputStream(fileName);
18 15 Nov 07 nicklas 512                         readHeaders = xdaReader;
18 15 Nov 07 nicklas 513                     }
18 15 Nov 07 nicklas 514                     catch (Throwable t)
18 15 Nov 07 nicklas 515                     {
18 15 Nov 07 nicklas 516                         t.printStackTrace();
18 15 Nov 07 nicklas 517                         strError = t.getMessage();
18 15 Nov 07 nicklas 518                         return false;
18 15 Nov 07 nicklas 519                     }
18 15 Nov 07 nicklas 520                 }
18 15 Nov 07 nicklas 521             }
18 15 Nov 07 nicklas 522             headerResult = readXDAHeader(readHeaders);
18 15 Nov 07 nicklas 523         }
18 15 Nov 07 nicklas 524         if (headerResult == false) return false;
18 15 Nov 07 nicklas 525         
18 15 Nov 07 nicklas 526        // Stop if just reading the header.
18 15 Nov 07 nicklas 527         if (bReadHeaderOnly) return true;
11 13 Sep 07 nicklas 528
18 15 Nov 07 nicklas 529         if (hasReadData) return dataResult;
11 13 Sep 07 nicklas 530
18 15 Nov 07 nicklas 531         hasReadData = true;
18 15 Nov 07 nicklas 532         dataResult = false;        
18 15 Nov 07 nicklas 533         
18 15 Nov 07 nicklas 534         // Open the file.
18 15 Nov 07 nicklas 535         FileChannel fc = null;
18 15 Nov 07 nicklas 536         int headerOffset = 0;
18 15 Nov 07 nicklas 537         if (in != null)
18 15 Nov 07 nicklas 538         {
18 15 Nov 07 nicklas 539             // We must copy data to a temporary file, before we can read them
18 15 Nov 07 nicklas 540             try
11 13 Sep 07 nicklas 541             {
19 15 Nov 07 nicklas 542                 tempFile = File.createTempFile(fileName, null);
18 15 Nov 07 nicklas 543                 OutputStream out = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(tempFile));
18 15 Nov 07 nicklas 544                 FileIO.copy(in, out);
18 15 Nov 07 nicklas 545                 out.close();
18 15 Nov 07 nicklas 546                 fc = new FileInputStream(tempFile).getChannel();
18 15 Nov 07 nicklas 547                 tempFile.deleteOnExit();
18 15 Nov 07 nicklas 548             }
18 15 Nov 07 nicklas 549             catch (Throwable t)
18 15 Nov 07 nicklas 550             {
18 15 Nov 07 nicklas 551                 t.printStackTrace();
18 15 Nov 07 nicklas 552                 strError = t.getMessage();
11 13 Sep 07 nicklas 553                 return false;
11 13 Sep 07 nicklas 554             }
18 15 Nov 07 nicklas 555         }
18 15 Nov 07 nicklas 556         else
18 15 Nov 07 nicklas 557         {
18 15 Nov 07 nicklas 558             // Read directly from file
18 15 Nov 07 nicklas 559             try
18 15 Nov 07 nicklas 560             {
18 15 Nov 07 nicklas 561                 fc = xdaReader.getChannel();
18 15 Nov 07 nicklas 562             }
18 15 Nov 07 nicklas 563             catch (Throwable t)
18 15 Nov 07 nicklas 564             {
18 15 Nov 07 nicklas 565                 t.printStackTrace();
18 15 Nov 07 nicklas 566                 strError = t.getMessage();
18 15 Nov 07 nicklas 567                 return false;
18 15 Nov 07 nicklas 568             }            
18 15 Nov 07 nicklas 569         }
11 13 Sep 07 nicklas 570
18 15 Nov 07 nicklas 571         // Get a pointer to the memory map.
18 15 Nov 07 nicklas 572         try
18 15 Nov 07 nicklas 573         {
18 15 Nov 07 nicklas 574             headerOffset = (int)fc.position();
11 13 Sep 07 nicklas 575             long fileSize = fc.size();
18 15 Nov 07 nicklas 576             xdaBuffer = fc.map(MapMode.READ_ONLY, headerOffset, fileSize-headerOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 577             xdaBuffer.order(ByteOrder.LITTLE_ENDIAN);
18 15 Nov 07 nicklas 578         }
18 15 Nov 07 nicklas 579         catch(Throwable t)
18 15 Nov 07 nicklas 580         {
18 15 Nov 07 nicklas 581             t.printStackTrace();
18 15 Nov 07 nicklas 582             strError = t.getMessage();
18 15 Nov 07 nicklas 583             return false;
18 15 Nov 07 nicklas 584         }
18 15 Nov 07 nicklas 585         
18 15 Nov 07 nicklas 586         
18 15 Nov 07 nicklas 587         try
18 15 Nov 07 nicklas 588         {
11 13 Sep 07 nicklas 589             
18 15 Nov 07 nicklas 590            // Read the mask and outlier sections
11 13 Sep 07 nicklas 591             int iOffset = headerData.getCells() * (CELFileEntryType.CEL_FILE_ENTRY_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 592             if (bReadMaskedCells)
11 13 Sep 07 nicklas 593             {
11 13 Sep 07 nicklas 594                 ByteBuffer entry = (ByteBuffer)xdaBuffer.position(iOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 595                 maskedCells = new HashMap();
11 13 Sep 07 nicklas 596                 for (int iCell=0; iCell<headerData.getMasked(); iCell++)
11 13 Sep 07 nicklas 597                 {
11 13 Sep 07 nicklas 598                     maskedCells.put(new Integer(xyToIndex(entry.getShort(),entry.getShort())), new Boolean(true));
11 13 Sep 07 nicklas 599                 }
11 13 Sep 07 nicklas 600             }
11 13 Sep 07 nicklas 601             iOffset += (headerData.getMasked()*(DataSizes.SHORT_SIZE+DataSizes.SHORT_SIZE));
11 13 Sep 07 nicklas 602             if (bReadOutliers)
11 13 Sep 07 nicklas 603             {
11 13 Sep 07 nicklas 604                 outliers = new HashMap();
11 13 Sep 07 nicklas 605                 ByteBuffer entry = (ByteBuffer)xdaBuffer.position(iOffset);
18 15 Nov 07 nicklas 606             for (int iCell=0; iCell<headerData.getOutliers(); iCell++)
18 15 Nov 07 nicklas 607             {
11 13 Sep 07 nicklas 608                     outliers.put(new Integer(xyToIndex(entry.getShort(),entry.getShort())), new Boolean(true));
18 15 Nov 07 nicklas 609             }
11 13 Sep 07 nicklas 610             } 
11 13 Sep 07 nicklas 611
18 15 Nov 07 nicklas 612             dataResult = true;
11 13 Sep 07 nicklas 613             return true;
11 13 Sep 07 nicklas 614         }
11 13 Sep 07 nicklas 615         catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 616         {
18 15 Nov 07 nicklas 617             t.printStackTrace();
11 13 Sep 07 nicklas 618             strError = t.getMessage();
18 15 Nov 07 nicklas 619             dataResult = false;
11 13 Sep 07 nicklas 620             return false;
11 13 Sep 07 nicklas 621         }
11 13 Sep 07 nicklas 622     }
18 15 Nov 07 nicklas 623     
18 15 Nov 07 nicklas 624     /** Reads the header of an XDA format CDF file.
18 15 Nov 07 nicklas 625      * @param instr The file stream object.
18 15 Nov 07 nicklas 626      * @return True if successful.
18 15 Nov 07 nicklas 627      */
18 15 Nov 07 nicklas 628     private boolean readXDAHeader(InputStream fis) 
18 15 Nov 07 nicklas 629     {
18 15 Nov 07 nicklas 630         try
18 15 Nov 07 nicklas 631         { 
18 15 Nov 07 nicklas 632             // Read the magic number.
18 15 Nov 07 nicklas 633             headerData = new CELFileHeaderData();
18 15 Nov 07 nicklas 634             headerData.setMagic(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 635     
18 15 Nov 07 nicklas 636             // Check if new type.
18 15 Nov 07 nicklas 637             if (!(headerData.getMagic()==CELFileData.CELL_FILE_MAGIC_NUMBER))
18 15 Nov 07 nicklas 638             {
18 15 Nov 07 nicklas 639                 strError = "The file does not appear to be the correct format.";
18 15 Nov 07 nicklas 640                 return false;
18 15 Nov 07 nicklas 641             }
18 15 Nov 07 nicklas 642     
18 15 Nov 07 nicklas 643             // Read the version
18 15 Nov 07 nicklas 644             headerData.setVersion(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 645                 
18 15 Nov 07 nicklas 646             // Read the dimensions of the array
18 15 Nov 07 nicklas 647             headerData.setRows(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 648             headerData.setCols(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 649             headerData.setCells(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 650             // Read the other members.
18 15 Nov 07 nicklas 651             headerData.setHeader(FileIO.ReadString_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 652             headerData.setAlg(FileIO.ReadString_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 653             headerData.setParameters(FileIO.ReadString_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 654             headerData.setMargin(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 655             headerData.setOutliers(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 656             headerData.setMasked(FileIO.ReadInt32_I(fis));
18 15 Nov 07 nicklas 657             int ival = FileIO.ReadInt32_I(fis); // ignore this value.
18 15 Nov 07 nicklas 658     
18 15 Nov 07 nicklas 659             // Parse the information from the header.
18 15 Nov 07 nicklas 660             headerData.parseChipType();
18 15 Nov 07 nicklas 661             headerData.parseDatHeader();
18 15 Nov 07 nicklas 662             headerData.parseGrid();
18 15 Nov 07 nicklas 663         }
18 15 Nov 07 nicklas 664         catch (Throwable t)
18 15 Nov 07 nicklas 665         {
18 15 Nov 07 nicklas 666             strError = t.getMessage();
18 15 Nov 07 nicklas 667             t.printStackTrace();
18 15 Nov 07 nicklas 668             return false;
18 15 Nov 07 nicklas 669         }
18 15 Nov 07 nicklas 670         return true;
18 15 Nov 07 nicklas 671     }
18 15 Nov 07 nicklas 672
18 15 Nov 07 nicklas 673     
11 13 Sep 07 nicklas 674     /** Reads an ASCII CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 675      * @param bReadHeaderOnly Flag to indicate if only the header is to be read.
11 13 Sep 07 nicklas 676      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 677      */
11 13 Sep 07 nicklas 678     private boolean readTextCel(boolean bReadHeaderOnly)
11 13 Sep 07 nicklas 679     {
11 13 Sep 07 nicklas 680         try
11 13 Sep 07 nicklas 681         {
15 17 Sep 07 nicklas 682             if (textReader == null) 
15 17 Sep 07 nicklas 683             {
15 17 Sep 07 nicklas 684                 if (in != null)
15 17 Sep 07 nicklas 685                 {
15 17 Sep 07 nicklas 686                     textReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(in));
15 17 Sep 07 nicklas 687                 }
15 17 Sep 07 nicklas 688                 else
15 17 Sep 07 nicklas 689                 {
15 17 Sep 07 nicklas 690                     // Read from file
15 17 Sep 07 nicklas 691                     textReader = new BufferedReader(new FileReader(fileName));
15 17 Sep 07 nicklas 692                 }
15 17 Sep 07 nicklas 693             }
15 17 Sep 07 nicklas 694         }
15 17 Sep 07 nicklas 695         catch (Throwable t)
15 17 Sep 07 nicklas 696         {
15 17 Sep 07 nicklas 697             strError = t.getMessage();
15 17 Sep 07 nicklas 698             return false;
15 17 Sep 07 nicklas 699         }        
15 17 Sep 07 nicklas 700         
15 17 Sep 07 nicklas 701         if (!hasReadHeaders)
15 17 Sep 07 nicklas 702         {
15 17 Sep 07 nicklas 703             hasReadHeaders = true;
15 17 Sep 07 nicklas 704             hasReadHeaders = true;
15 17 Sep 07 nicklas 705             headerResult = readTextHeader(textReader);
15 17 Sep 07 nicklas 706         }
15 17 Sep 07 nicklas 707         if (headerResult == false) return false;
15 17 Sep 07 nicklas 708         
15 17 Sep 07 nicklas 709         // Don't continue if just reading the header.
15 17 Sep 07 nicklas 710         if (bReadHeaderOnly) return true;
11 13 Sep 07 nicklas 711
15 17 Sep 07 nicklas 712         if (!hasReadData)
15 17 Sep 07 nicklas 713         {
15 17 Sep 07 nicklas 714             hasReadData = true;
15 17 Sep 07 nicklas 715             dataResult = readTextData(textReader);
15 17 Sep 07 nicklas 716         }
15 17 Sep 07 nicklas 717         return dataResult;
15 17 Sep 07 nicklas 718     }
15 17 Sep 07 nicklas 719     
15 17 Sep 07 nicklas 720     private boolean readTextHeader(BufferedReader b) 
15 17 Sep 07 nicklas 721     {
15 17 Sep 07 nicklas 722         try
15 17 Sep 07 nicklas 723         {
11 13 Sep 07 nicklas 724             // Extract a line of header
11 13 Sep 07 nicklas 725             String str = b.readLine();
15 17 Sep 07 nicklas 726     
11 13 Sep 07 nicklas 727             //Determine the version number
11 13 Sep 07 nicklas 728             headerData = new CELFileHeaderData();
11 13 Sep 07 nicklas 729             if (str.startsWith("[CEL]") == true)
11 13 Sep 07 nicklas 730                 headerData.setVersion(3);
11 13 Sep 07 nicklas 731             else if (str.indexOf("COLS/ROWS=")==0)
11 13 Sep 07 nicklas 732                 headerData.setVersion(2);
11 13 Sep 07 nicklas 733             else
11 13 Sep 07 nicklas 734             {
11 13 Sep 07 nicklas 735                 strError = "Unrecognized CEL file format.";
11 13 Sep 07 nicklas 736                 return false;
11 13 Sep 07 nicklas 737             }
15 17 Sep 07 nicklas 738     
11 13 Sep 07 nicklas 739             //read and store the header
11 13 Sep 07 nicklas 740             if (headerData.getVersion() == 2)
11 13 Sep 07 nicklas 741             {
11 13 Sep 07 nicklas 742                 headerData.setHeader(str);
11 13 Sep 07 nicklas 743                 str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 744                 headerData.setHeader(headerData.getHeader() + "\r\n" + str);
11 13 Sep 07 nicklas 745                 str = b.readLine();
15 17 Sep 07 nicklas 746     
11 13 Sep 07 nicklas 747                 // Store rows and columns
11 13 Sep 07 nicklas 748                 int iCols = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 749                 int iRows = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 750                 int len = ("COLS/ROWS=").length();
11 13 Sep 07 nicklas 751                 String[] s = headerData.getHeader().substring(headerData.getHeader().indexOf('=')+1).split(" ");
11 13 Sep 07 nicklas 752                 if (s == null)
11 13 Sep 07 nicklas 753                     s = headerData.getHeader().substring(headerData.getHeader().indexOf('=')+1).split("\t");
11 13 Sep 07 nicklas 754                 iCols = Integer.parseInt(s[0].trim());
11 13 Sep 07 nicklas 755                 iRows = Integer.parseInt(s[1].trim());
11 13 Sep 07 nicklas 756                 headerData.setCols(iCols);
11 13 Sep 07 nicklas 757                 headerData.setRows(iRows);
11 13 Sep 07 nicklas 758                 headerData.setCells(iCols*iRows);
11 13 Sep 07 nicklas 759             }
11 13 Sep 07 nicklas 760             else
11 13 Sep 07 nicklas 761             {
11 13 Sep 07 nicklas 762                 boolean moreSpace=true;
11 13 Sep 07 nicklas 763                 //Read past [HEADER] to first line of header data
11 13 Sep 07 nicklas 764                 while ((str = b.readLine()) != null)
11 13 Sep 07 nicklas 765                 {
11 13 Sep 07 nicklas 766                     if (str.startsWith("[HEADER]") == true)
11 13 Sep 07 nicklas 767                         break;
11 13 Sep 07 nicklas 768                 }
11 13 Sep 07 nicklas 769                 int iCols = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 770                 int iRows = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 771                 str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 772                 String[] s = str.split("=");
11 13 Sep 07 nicklas 773                 iCols = Integer.parseInt(s[1].trim());
11 13 Sep 07 nicklas 774                 headerData.setCols(iCols);
11 13 Sep 07 nicklas 775                 headerData.setHeader(str);
11 13 Sep 07 nicklas 776                 str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 777                 s = str.split("=");
11 13 Sep 07 nicklas 778                 iRows = Integer.parseInt(s[1].trim());
11 13 Sep 07 nicklas 779                 headerData.setRows(iRows);
11 13 Sep 07 nicklas 780                 headerData.setHeader(headerData.getHeader() + "\r\n" + str);
11 13 Sep 07 nicklas 781                 headerData.setCells(iRows*iCols);
15 17 Sep 07 nicklas 782     
11 13 Sep 07 nicklas 783                 //Now read the rest of the header
11 13 Sep 07 nicklas 784                 boolean moreHeader=true;
11 13 Sep 07 nicklas 785                 while (moreHeader)
11 13 Sep 07 nicklas 786                 {
11 13 Sep 07 nicklas 787                     str = b.readLine();
15 17 Sep 07 nicklas 788     
11 13 Sep 07 nicklas 789                     if (str.startsWith("DatHeader=") == true) //Last line of the header
11 13 Sep 07 nicklas 790                     {
11 13 Sep 07 nicklas 791                         headerData.setDatHeader(str.substring(10));
11 13 Sep 07 nicklas 792                     }
15 17 Sep 07 nicklas 793     
11 13 Sep 07 nicklas 794                     if (str.startsWith("Algorithm=") ==true) //Last line of the header
11 13 Sep 07 nicklas 795                     {
11 13 Sep 07 nicklas 796                         headerData.setAlg(str.substring(10));
11 13 Sep 07 nicklas 797                     }
15 17 Sep 07 nicklas 798     
11 13 Sep 07 nicklas 799                     if (str.startsWith("AlgorithmParameters=") == true) //Last line of the header
11 13 Sep 07 nicklas 800                     {
11 13 Sep 07 nicklas 801                             headerData.setParameters(str.substring(20));
11 13 Sep 07 nicklas 802                             moreHeader=false;
11 13 Sep 07 nicklas 803                     }
11 13 Sep 07 nicklas 804                     headerData.setHeader(headerData.getHeader() + "\r\n" + str);
11 13 Sep 07 nicklas 805                 }
11 13 Sep 07 nicklas 806             }
11 13 Sep 07 nicklas 807             
11 13 Sep 07 nicklas 808             // Parse information from the header string.
11 13 Sep 07 nicklas 809             headerData.parseChipType();
11 13 Sep 07 nicklas 810             headerData.parseMargin();
11 13 Sep 07 nicklas 811             headerData.parseGrid();
15 17 Sep 07 nicklas 812         }
15 17 Sep 07 nicklas 813         catch (Throwable t)
15 17 Sep 07 nicklas 814         {
15 17 Sep 07 nicklas 815             return false;
15 17 Sep 07 nicklas 816         }
15 17 Sep 07 nicklas 817         return true;        
15 17 Sep 07 nicklas 818     }
15 17 Sep 07 nicklas 819     
15 17 Sep 07 nicklas 820     private boolean readTextData(BufferedReader b)
15 17 Sep 07 nicklas 821     {
15 17 Sep 07 nicklas 822         try
15 17 Sep 07 nicklas 823         {
11 13 Sep 07 nicklas 824             // Create memory for Mean data.
11 13 Sep 07 nicklas 825             entries = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 826             entries.setSize(headerData.getCells());
15 17 Sep 07 nicklas 827     
11 13 Sep 07 nicklas 828             int t_x,t_y,t_pixels;
11 13 Sep 07 nicklas 829             float t_mean,t_stdv;
15 17 Sep 07 nicklas 830     
11 13 Sep 07 nicklas 831             // Read v2 CEL files
11 13 Sep 07 nicklas 832             if (headerData.getVersion() == 2)
11 13 Sep 07 nicklas 833             {
11 13 Sep 07 nicklas 834                 // Write the Mean data
11 13 Sep 07 nicklas 835                 CELFileEntryType entry;
11 13 Sep 07 nicklas 836                 for (int iCell=0; iCell < headerData.getCells(); iCell++)
11 13 Sep 07 nicklas 837                 {
11 13 Sep 07 nicklas 838                         String[] s = b.readLine().split("\t");
11 13 Sep 07 nicklas 839                         entry = new CELFileEntryType();
11 13 Sep 07 nicklas 840                         entry.setIntensity(Float.parseFloat(s[2].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 841                         entry.setStdv(Float.parseFloat(s[3].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 842                         entry.setPixels(Short.parseShort(s[4].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 843                         entries.set(iCell, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 844                 }
11 13 Sep 07 nicklas 845             }
11 13 Sep 07 nicklas 846             else
11 13 Sep 07 nicklas 847             {
15 17 Sep 07 nicklas 848                 String str;
11 13 Sep 07 nicklas 849                 //Advance to the beginning of the Mean data
11 13 Sep 07 nicklas 850                 while ((str = b.readLine()) != null)
11 13 Sep 07 nicklas 851                 {
11 13 Sep 07 nicklas 852                     if (str.startsWith("[INTENSITY]") == true)
11 13 Sep 07 nicklas 853                         break;
11 13 Sep 07 nicklas 854                 }
11 13 Sep 07 nicklas 855                 str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 856                 str = b.readLine();
15 17 Sep 07 nicklas 857     
11 13 Sep 07 nicklas 858                 //Read the Mean data
11 13 Sep 07 nicklas 859                 CELFileEntryType entry;
11 13 Sep 07 nicklas 860                 for (int iCell=0; iCell < headerData.getCells(); iCell++)
11 13 Sep 07 nicklas 861                 {
11 13 Sep 07 nicklas 862                     String[] s = b.readLine().split("\t");
11 13 Sep 07 nicklas 863                     entry = new CELFileEntryType();
11 13 Sep 07 nicklas 864                     entry.setIntensity(Float.parseFloat(s[2].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 865                     entry.setStdv(Float.parseFloat(s[3].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 866                     entry.setPixels(Short.parseShort(s[4].trim()));
11 13 Sep 07 nicklas 867                     entries.set(iCell, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 868                 }
15 17 Sep 07 nicklas 869     
11 13 Sep 07 nicklas 870                 //Advance to the Masked data
11 13 Sep 07 nicklas 871                 while ((str = b.readLine()) != null)
11 13 Sep 07 nicklas 872                 {
11 13 Sep 07 nicklas 873                     if (str.startsWith("[MASKS]") == true)
11 13 Sep 07 nicklas 874                         break;
11 13 Sep 07 nicklas 875                 }
11 13 Sep 07 nicklas 876                 if (str == null)
11 13 Sep 07 nicklas 877                     return true;
15 17 Sep 07 nicklas 878     
15 17 Sep 07 nicklas 879     
11 13 Sep 07 nicklas 880                 //Read the masked data
11 13 Sep 07 nicklas 881                 if (bReadMaskedCells)
11 13 Sep 07 nicklas 882                 {
11 13 Sep 07 nicklas 883                     //Read number of masked cells
11 13 Sep 07 nicklas 884                     str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 885                     int nMasked = Integer.parseInt(str.substring( str.indexOf('=')+1 ).trim());
11 13 Sep 07 nicklas 886                     maskedCells = new HashMap();
11 13 Sep 07 nicklas 887                     headerData.setMasked(nMasked);
11 13 Sep 07 nicklas 888                     str = b.readLine(); // skip over the header
11 13 Sep 07 nicklas 889                     for (int iCell=0; iCell<nMasked; iCell++)
11 13 Sep 07 nicklas 890                     {
11 13 Sep 07 nicklas 891                         String[] s = b.readLine().split("\t");
11 13 Sep 07 nicklas 892                         maskedCells.put(new Integer(xyToIndex(Integer.parseInt(s[0].trim()),Integer.parseInt(s[1].trim()))), new Boolean(true));
11 13 Sep 07 nicklas 893                     }
11 13 Sep 07 nicklas 894                 }
11 13 Sep 07 nicklas 895                 else
11 13 Sep 07 nicklas 896                    headerData.setMasked(0);
15 17 Sep 07 nicklas 897     
15 17 Sep 07 nicklas 898     
11 13 Sep 07 nicklas 899                 //Advance to the Masked data
11 13 Sep 07 nicklas 900                 while ((str = b.readLine()) != null)
11 13 Sep 07 nicklas 901                 {
11 13 Sep 07 nicklas 902                     if (str.startsWith("[OUTLIERS]") == true)
11 13 Sep 07 nicklas 903                         break;
11 13 Sep 07 nicklas 904                 }
11 13 Sep 07 nicklas 905                 if (str == null)
11 13 Sep 07 nicklas 906                     return true;
15 17 Sep 07 nicklas 907     
11 13 Sep 07 nicklas 908                 //Read the outlier data
11 13 Sep 07 nicklas 909                 if (bReadOutliers)
11 13 Sep 07 nicklas 910                 {
11 13 Sep 07 nicklas 911                     //Read number of outlier cells
11 13 Sep 07 nicklas 912                     str = b.readLine();
11 13 Sep 07 nicklas 913                     int nOutliers = Integer.parseInt(str.substring(str.indexOf('=')+1).trim());
11 13 Sep 07 nicklas 914                     outliers = new HashMap();
11 13 Sep 07 nicklas 915                     headerData.setOutliers(nOutliers);
11 13 Sep 07 nicklas 916                     str = b.readLine(); // skip over the header
11 13 Sep 07 nicklas 917                     for (int iCell=0; iCell<nOutliers; iCell++)
11 13 Sep 07 nicklas 918                     {
11 13 Sep 07 nicklas 919                         String[] s = b.readLine().split("\t");
11 13 Sep 07 nicklas 920                         outliers.put(new Integer(xyToIndex(Integer.parseInt(s[0].trim()),Integer.parseInt(s[1].trim()))), new Boolean(true));
11 13 Sep 07 nicklas 921                     }
11 13 Sep 07 nicklas 922                 }
11 13 Sep 07 nicklas 923                 else
11 13 Sep 07 nicklas 924                     headerData.setOutliers(0);
15 17 Sep 07 nicklas 925     
11 13 Sep 07 nicklas 926             }
11 13 Sep 07 nicklas 927         }
11 13 Sep 07 nicklas 928         catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 929         {
11 13 Sep 07 nicklas 930             return false;
11 13 Sep 07 nicklas 931         }
15 17 Sep 07 nicklas 932         return true;        
11 13 Sep 07 nicklas 933     }
15 17 Sep 07 nicklas 934
19 15 Nov 07 nicklas 935     @Override
19 15 Nov 07 nicklas 936     protected void finalize()
19 15 Nov 07 nicklas 937         throws Throwable
19 15 Nov 07 nicklas 938     {
19 15 Nov 07 nicklas 939         super.finalize();
19 15 Nov 07 nicklas 940         if (tempFile != null && tempFile.exists())
19 15 Nov 07 nicklas 941         {
19 15 Nov 07 nicklas 942             tempFile.delete();
19 15 Nov 07 nicklas 943         }
19 15 Nov 07 nicklas 944     }    
19 15 Nov 07 nicklas 945     
11 13 Sep 07 nicklas 946 }
11 13 Sep 07 nicklas 947
11 13 Sep 07 nicklas 948

Generated on Thu Jul 20 09:23:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)