affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cel/CELFileEntryType.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.cel;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.portability.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** Stores the CEL data for a single feature. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class CELFileEntryType {
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The size of a entry in the binary CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     public static final int CEL_FILE_ENTRY_SIZE = (DataSizes.FLOAT_SIZE+DataSizes.FLOAT_SIZE+DataSizes.SHORT_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** The intensity. */
11 13 Sep 07 nicklas 32     private float intensity;
11 13 Sep 07 nicklas 33     
11 13 Sep 07 nicklas 34     /** Gets the intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 35      * @return The intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 36      */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public float getIntensity() { return intensity; }
11 13 Sep 07 nicklas 38     
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** Sets the intensity
11 13 Sep 07 nicklas 40      * @param value The intensity
11 13 Sep 07 nicklas 41      */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public void setIntensity(float value) { intensity = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 43     
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** The stdv. */
11 13 Sep 07 nicklas 45     private float stdv;
11 13 Sep 07 nicklas 46     
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** Gets the stdv.
11 13 Sep 07 nicklas 48      * @return The stdv.
11 13 Sep 07 nicklas 49      */
11 13 Sep 07 nicklas 50     public float getStdv() { return stdv; }
11 13 Sep 07 nicklas 51     
11 13 Sep 07 nicklas 52     /** Sets the stdv
11 13 Sep 07 nicklas 53      * @param value The stdv
11 13 Sep 07 nicklas 54      */
11 13 Sep 07 nicklas 55     public void setStdv(float value) { stdv = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 56     
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** The pixels. */
11 13 Sep 07 nicklas 58     private short pixels;
11 13 Sep 07 nicklas 59     
11 13 Sep 07 nicklas 60     /** Gets the pixels.
11 13 Sep 07 nicklas 61      * @return The pixels.
11 13 Sep 07 nicklas 62      */
11 13 Sep 07 nicklas 63     public short getPixels() { return pixels; }
11 13 Sep 07 nicklas 64     
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Sets the pixels
11 13 Sep 07 nicklas 66      * @param value The pixels
11 13 Sep 07 nicklas 67      */
11 13 Sep 07 nicklas 68     public void setPixels(short value) { pixels = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 69     
11 13 Sep 07 nicklas 70     /** Creates a new instance of CELFileEntryType */
11 13 Sep 07 nicklas 71     public CELFileEntryType() {
11 13 Sep 07 nicklas 72         intensity = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 73         stdv = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 74         pixels = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 75     }
11 13 Sep 07 nicklas 76     
11 13 Sep 07 nicklas 77 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)