affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/chp/ExpressionProbeSetResults.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 //////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** Defines the results for an expression probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class ExpressionProbeSetResults {
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26     /** Present call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 27     public static final byte ABS_PRESENT_CALL = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 28
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** Marginal call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 30     public static final byte ABS_MARGINAL_CALL = 1;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Absent call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 33     public static final byte ABS_ABSENT_CALL = 2;
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** No call call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public static final byte ABS_NO_CALL = 3;
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** Increase call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 39     public static final byte COMP_INCREASE_CALL = 1;
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Decrease call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public static final byte COMP_DECREASE_CALL = 2;
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** Moderate increase call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 45     public static final byte COMP_MOD_INCREASE_CALL = 3;
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** Moderate decrease call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public static final byte COMP_MOD_DECREASE_CALL = 4;
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** No change call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public static final byte COMP_NO_CHANGE_CALL = 5;
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** No call call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public static final byte COMP_NO_CALL = 6;
11 13 Sep 07 nicklas 55     
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** The detection p-value */
11 13 Sep 07 nicklas 57     private float detectionPValue;
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** Gets the detection p-value
11 13 Sep 07 nicklas 60      * @return The detection p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 61      */
11 13 Sep 07 nicklas 62     public float getDetectionPValue() { return detectionPValue; }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** Sets the detection p-value
11 13 Sep 07 nicklas 65      * @param p The detection p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 66      */
11 13 Sep 07 nicklas 67     public void setDetectionPValue(float p) { detectionPValue=p; }
11 13 Sep 07 nicklas 68     
11 13 Sep 07 nicklas 69     /** The signal value */
11 13 Sep 07 nicklas 70     private float signal; 
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** Gets the signal
11 13 Sep 07 nicklas 73      * @return The signal.
11 13 Sep 07 nicklas 74      */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public float getSignal() { return signal; }
11 13 Sep 07 nicklas 76
11 13 Sep 07 nicklas 77     /** Sets the signal
11 13 Sep 07 nicklas 78      * @param s The signal.
11 13 Sep 07 nicklas 79      */
11 13 Sep 07 nicklas 80     public void setSignal(float s) { signal=s; }
11 13 Sep 07 nicklas 81
11 13 Sep 07 nicklas 82     /** The number of probe pairs in the set */
11 13 Sep 07 nicklas 83     private short numPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 84
11 13 Sep 07 nicklas 85     /** Gets the number of probe pairs in the set.
11 13 Sep 07 nicklas 86      * @return The number of pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 87      */
11 13 Sep 07 nicklas 88     public short getNumPairs() { return numPairs; }
11 13 Sep 07 nicklas 89
11 13 Sep 07 nicklas 90     /** Sets the number of probe pairs in the set.
11 13 Sep 07 nicklas 91      * @param n The number of pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 92      */
11 13 Sep 07 nicklas 93     public void setNumPairs(short n) { numPairs=n; }
11 13 Sep 07 nicklas 94
11 13 Sep 07 nicklas 95     /** The number of probe pairs used to calculate the signal value */
11 13 Sep 07 nicklas 96     private short numUsedPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 97
11 13 Sep 07 nicklas 98     /** Gets the number of probe pairs used to calculate the signal.
11 13 Sep 07 nicklas 99      * @return The number of pairs used to calculate the signal.
11 13 Sep 07 nicklas 100      */
11 13 Sep 07 nicklas 101     public short getNumUsedPairs() { return numUsedPairs; }
11 13 Sep 07 nicklas 102
11 13 Sep 07 nicklas 103     /** Sets the number of probe pairs used to calculate the signal.
11 13 Sep 07 nicklas 104      * @param n The number of pairs used to calculate the signal.
11 13 Sep 07 nicklas 105      */
11 13 Sep 07 nicklas 106     public void setNumUsedPairs(short n) { numUsedPairs=n; }
11 13 Sep 07 nicklas 107
11 13 Sep 07 nicklas 108     /** The detection call */
11 13 Sep 07 nicklas 109     private byte detection;
11 13 Sep 07 nicklas 110
11 13 Sep 07 nicklas 111     /** Gets the detection.
11 13 Sep 07 nicklas 112      * @return The detection.
11 13 Sep 07 nicklas 113      */
11 13 Sep 07 nicklas 114     public byte getDetection() { return detection; }
11 13 Sep 07 nicklas 115
11 13 Sep 07 nicklas 116     /** Sets the detection.
11 13 Sep 07 nicklas 117      * @param d The detection.
11 13 Sep 07 nicklas 118      */
11 13 Sep 07 nicklas 119     public void setDetection(byte d) { detection=d; }
11 13 Sep 07 nicklas 120
11 13 Sep 07 nicklas 121     /** Flag indicating that comparison results exist */
11 13 Sep 07 nicklas 122     private boolean hasCompResults;
11 13 Sep 07 nicklas 123
11 13 Sep 07 nicklas 124     /** Gets a flag that indicates if comparison data exists.
11 13 Sep 07 nicklas 125      * @return The flag that indicates if comparison data exists.
11 13 Sep 07 nicklas 126      */
11 13 Sep 07 nicklas 127     public boolean getHasCompResults() { return hasCompResults; }
11 13 Sep 07 nicklas 128
11 13 Sep 07 nicklas 129     /** Sets a flag that indicates if comparison data exists.
11 13 Sep 07 nicklas 130      * @param b The flag that indicates if comparison data exists.
11 13 Sep 07 nicklas 131      */
11 13 Sep 07 nicklas 132     public void setHasCompResults(boolean b) { hasCompResults=b; }
11 13 Sep 07 nicklas 133
11 13 Sep 07 nicklas 134     /** The change p-value */
11 13 Sep 07 nicklas 135     private float changePValue; 
11 13 Sep 07 nicklas 136
11 13 Sep 07 nicklas 137     /** Gets the change p-value
11 13 Sep 07 nicklas 138      * @return The change p-value 
11 13 Sep 07 nicklas 139      */
11 13 Sep 07 nicklas 140     public float getChangePValue() { return changePValue; } 
11 13 Sep 07 nicklas 141
11 13 Sep 07 nicklas 142     /** Set the change p-value
11 13 Sep 07 nicklas 143      * @param p The change p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 144      */
11 13 Sep 07 nicklas 145     public void setChangePValue(float p) { changePValue = p; } 
11 13 Sep 07 nicklas 146
11 13 Sep 07 nicklas 147     /** The signal log ratio */
11 13 Sep 07 nicklas 148     private float signalLogRatio; 
11 13 Sep 07 nicklas 149
11 13 Sep 07 nicklas 150     /** Gets the signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 151      * @return The signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 152      */
11 13 Sep 07 nicklas 153     public float getSignalLogRatio() { return signalLogRatio; } 
11 13 Sep 07 nicklas 154
11 13 Sep 07 nicklas 155     /** Set the signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 156      * @param s The signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 157      */
11 13 Sep 07 nicklas 158     public void setSignalLogRatio(float s) { signalLogRatio = s; } 
11 13 Sep 07 nicklas 159
11 13 Sep 07 nicklas 160     /** The signal log ratio low value */
11 13 Sep 07 nicklas 161     private float signalLogRatioLow; 
11 13 Sep 07 nicklas 162
11 13 Sep 07 nicklas 163     /** Gets the signal log ratio low.
11 13 Sep 07 nicklas 164      * @return The signal log ratio low.
11 13 Sep 07 nicklas 165      */
11 13 Sep 07 nicklas 166     public float getSignalLogRatioLow() { return signalLogRatioLow; } 
11 13 Sep 07 nicklas 167
11 13 Sep 07 nicklas 168     /** Set the signal log ratio low.
11 13 Sep 07 nicklas 169      * @param s The signal log ratio low.
11 13 Sep 07 nicklas 170      */
11 13 Sep 07 nicklas 171     public void setSignalLogRatioLow(float s) { signalLogRatioLow = s; } 
11 13 Sep 07 nicklas 172
11 13 Sep 07 nicklas 173     /** The signal log ratio high value */
11 13 Sep 07 nicklas 174     private float signalLogRatioHigh; 
11 13 Sep 07 nicklas 175
11 13 Sep 07 nicklas 176     /** Gets the signal log ratio high.
11 13 Sep 07 nicklas 177      * @return The signal log ratio high.
11 13 Sep 07 nicklas 178      */
11 13 Sep 07 nicklas 179     public float getSignalLogRatioHigh() { return signalLogRatioHigh; } 
11 13 Sep 07 nicklas 180
11 13 Sep 07 nicklas 181     /** Set the signal log ratio high.
11 13 Sep 07 nicklas 182      * @param s The signal log ratio high.
11 13 Sep 07 nicklas 183      */
11 13 Sep 07 nicklas 184     public void setSignalLogRatioHigh(float s) { signalLogRatioHigh = s; } 
11 13 Sep 07 nicklas 185
11 13 Sep 07 nicklas 186     /** The number of probe pairs in common between the experiment and baseline data */
11 13 Sep 07 nicklas 187     private short numCommonPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 188
11 13 Sep 07 nicklas 189     /** Gets the number of probe pairs in common between the experiment and baseline data.
11 13 Sep 07 nicklas 190      * @return The number of probe pairs in common between the experiment and baseline data.
11 13 Sep 07 nicklas 191      */
11 13 Sep 07 nicklas 192     public short getNumCommonPairs() { return numCommonPairs; } 
11 13 Sep 07 nicklas 193
11 13 Sep 07 nicklas 194     /** Set the number of probe pairs in common between the experiment and baseline data.
11 13 Sep 07 nicklas 195      * @param n The number of probe pairs in common between the experiment and baseline data.
11 13 Sep 07 nicklas 196      */
11 13 Sep 07 nicklas 197     public void setNumCommonPairs(short n) { numCommonPairs = n; } 
11 13 Sep 07 nicklas 198
11 13 Sep 07 nicklas 199     /** The change call */
11 13 Sep 07 nicklas 200     private byte change;
11 13 Sep 07 nicklas 201
11 13 Sep 07 nicklas 202     /** Gets the change call.
11 13 Sep 07 nicklas 203      * @return The change call.
11 13 Sep 07 nicklas 204      */
11 13 Sep 07 nicklas 205     public byte getChange() { return change; } 
11 13 Sep 07 nicklas 206
11 13 Sep 07 nicklas 207     /** Set the change call.
11 13 Sep 07 nicklas 208      * @param c The the change call.
11 13 Sep 07 nicklas 209      */
11 13 Sep 07 nicklas 210     public void setChange(byte c) { change = c; } 
11 13 Sep 07 nicklas 211
11 13 Sep 07 nicklas 212     /** Returns a string representation of the detection call.
11 13 Sep 07 nicklas 213      * @return The detection call
11 13 Sep 07 nicklas 214      */
11 13 Sep 07 nicklas 215     public String getDetectionString()
11 13 Sep 07 nicklas 216     {
11 13 Sep 07 nicklas 217         switch (detection)
11 13 Sep 07 nicklas 218         {
11 13 Sep 07 nicklas 219         case ABS_PRESENT_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 220                 return "P";
11 13 Sep 07 nicklas 221   
11 13 Sep 07 nicklas 222         case ABS_MARGINAL_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 223                 return "M";
11 13 Sep 07 nicklas 224   
11 13 Sep 07 nicklas 225         case ABS_ABSENT_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 226                 return "A";
11 13 Sep 07 nicklas 227   
11 13 Sep 07 nicklas 228         case ABS_NO_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 229                 return "No Call";
11 13 Sep 07 nicklas 230   
11 13 Sep 07 nicklas 231         default:
11 13 Sep 07 nicklas 232             return "";
11 13 Sep 07 nicklas 233         }
11 13 Sep 07 nicklas 234     }
11 13 Sep 07 nicklas 235
11 13 Sep 07 nicklas 236     /** Returns a string representation of the change call.
11 13 Sep 07 nicklas 237      * @return The change call
11 13 Sep 07 nicklas 238      */
11 13 Sep 07 nicklas 239     public String getChangeString()
11 13 Sep 07 nicklas 240     {
11 13 Sep 07 nicklas 241         switch (change)
11 13 Sep 07 nicklas 242   {
11 13 Sep 07 nicklas 243   case COMP_INCREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 244     return "I";
11 13 Sep 07 nicklas 245
11 13 Sep 07 nicklas 246   case COMP_DECREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 247     return "D";
11 13 Sep 07 nicklas 248
11 13 Sep 07 nicklas 249   case COMP_MOD_INCREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 250     return "MI";
11 13 Sep 07 nicklas 251
11 13 Sep 07 nicklas 252   case COMP_MOD_DECREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 253     return "MD";
11 13 Sep 07 nicklas 254
11 13 Sep 07 nicklas 255   case COMP_NO_CHANGE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 256     return "NC";
11 13 Sep 07 nicklas 257
11 13 Sep 07 nicklas 258   case COMP_NO_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 259     return "No Call";
11 13 Sep 07 nicklas 260
11 13 Sep 07 nicklas 261   default:
11 13 Sep 07 nicklas 262           return "";
11 13 Sep 07 nicklas 263         }
11 13 Sep 07 nicklas 264     }
11 13 Sep 07 nicklas 265
11 13 Sep 07 nicklas 266     /** Creates a new instance of ExpressionProbeSetResults */
11 13 Sep 07 nicklas 267     public ExpressionProbeSetResults() {
11 13 Sep 07 nicklas 268         detectionPValue=0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 269         signal=0.0f; 
11 13 Sep 07 nicklas 270         numPairs=0;
11 13 Sep 07 nicklas 271         numUsedPairs=0;
11 13 Sep 07 nicklas 272         detection=ABS_NO_CALL;
11 13 Sep 07 nicklas 273         hasCompResults=false;
11 13 Sep 07 nicklas 274         changePValue=0.0f; 
11 13 Sep 07 nicklas 275         signalLogRatio=0.0f; 
11 13 Sep 07 nicklas 276         signalLogRatioLow=0.0f; 
11 13 Sep 07 nicklas 277         signalLogRatioHigh=0.0f; 
11 13 Sep 07 nicklas 278         numCommonPairs=0;
11 13 Sep 07 nicklas 279         change=COMP_NO_CALL;
11 13 Sep 07 nicklas 280     }
11 13 Sep 07 nicklas 281 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)