mev-4.0.01/INSTALL

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 $Id$
2 26 Feb 07 jari 2
9 24 Aug 07 jari 3 This file is a part of the MeV plug-in for BASE package available at
20 12 May 08 nicklas 4 http://dev.thep.lu.se/basehacks/wiki/MeV
3 27 Feb 07 jari 5
9 24 Aug 07 jari 6 = Compilation and installation instructions =
3 27 Feb 07 jari 7
9 24 Aug 07 jari 8 Steps needed to compile and install.
3 27 Feb 07 jari 9
9 24 Aug 07 jari 10 1 Compilation [[br]]
9 24 Aug 07 jari 11 2 Signing of JAR files [[br]]
21 13 May 08 nicklas 12 3 Installing on BASE server
21 13 May 08 nicklas 13 4 Testing
21 13 May 08 nicklas 14 5 Create the MEV Launcher extension [[br]]
3 27 Feb 07 jari 15
9 24 Aug 07 jari 16 == 1 Compilation of MeV in an Unix or Unix-like environment ==
9 24 Aug 07 jari 17
9 24 Aug 07 jari 18  a. You must use java 1.4.2 and set `JAVA_HOME` accordingly. On my Mac
9 24 Aug 07 jari 19     this means (running bash)
9 24 Aug 07 jari 20     {{{
9 24 Aug 07 jari 21     export JAVA_HOME=/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/1.4.2/Home
9 24 Aug 07 jari 22     }}}
9 24 Aug 07 jari 23  a. To compile, do
9 24 Aug 07 jari 24     {{{
9 24 Aug 07 jari 25     cd build_script ; ant
9 24 Aug 07 jari 26     }}}
9 24 Aug 07 jari 27
9 24 Aug 07 jari 28
9 24 Aug 07 jari 29 == 2 Signing of JAR files ==
9 24 Aug 07 jari 30
9 24 Aug 07 jari 31 To be able to use the plug-in from BASE the JAR files must be
9 24 Aug 07 jari 32 signed. The reason for this is that the MeV plug-in has to download
9 24 Aug 07 jari 33 data from the BASE application, and the current implementation does
9 24 Aug 07 jari 34 not allow the MeV application to run in a Java sand-box. Upon start of
9 24 Aug 07 jari 35 the plug-in the user is requested to accept a certificate.
9 24 Aug 07 jari 36
9 24 Aug 07 jari 37  a. If you do not already have a key in a keystore you must create
9 24 Aug 07 jari 38     one. This is done with `keytool`
9 24 Aug 07 jari 39     {{{
17 06 Oct 07 jari 40     keytool -genkey -alias mev_base -keypass password -keystore myKeystore
9 24 Aug 07 jari 41     }}}
17 06 Oct 07 jari 42     If keystore myKeystore does not already exist, a new keystore is
9 24 Aug 07 jari 43     created. The command creates a self-signed certificate. [[br]][[br]]
9 24 Aug 07 jari 44  a. Sign all jar files that was changed during the compilation
9 24 Aug 07 jari 45     {{{
9 24 Aug 07 jari 46     jarsigner -keystore myKeystore lib/HTTPClient.jar mev_base
9 24 Aug 07 jari 47     jarsigner -keystore myKeystore lib/JSciCore.jar mev_base
9 24 Aug 07 jari 48     ...
9 24 Aug 07 jari 49     }}}
9 24 Aug 07 jari 50     All JARs distributed with the application must be signed, i.e.,
9 24 Aug 07 jari 51     all JARs in the `lib` directory.
9 24 Aug 07 jari 52
9 24 Aug 07 jari 53
21 13 May 08 nicklas 54 == 3 Installing on BASE server ==
9 24 Aug 07 jari 55
21 13 May 08 nicklas 56 This step assumes that you have already installed the MEV Launcher
21 13 May 08 nicklas 57 extension from http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.mev.
21 13 May 08 nicklas 58
21 13 May 08 nicklas 59 Copy the JAR files to the BASE server.
21 13 May 08 nicklas 60
21 13 May 08 nicklas 61 {{{
21 13 May 08 nicklas 62 cp -p lib/*.jar /path/to/base/www/extensions/mev-launcher.jar/jar
21 13 May 08 nicklas 63 }}}
21 13 May 08 nicklas 64
21 13 May 08 nicklas 65
21 13 May 08 nicklas 66 == 4 Testing ==
21 13 May 08 nicklas 67
21 13 May 08 nicklas 68 Log into BASE, select a bioassayset, and click on the MeV icon to
21 13 May 08 nicklas 69 start the MeV application. Wait for the new JARs to be downloaded and
21 13 May 08 nicklas 70 for the data to be loaded into MeV. If this succeeds then everything
21 13 May 08 nicklas 71 should be okay.
21 13 May 08 nicklas 72
21 13 May 08 nicklas 73
21 13 May 08 nicklas 74 == 5 Create the MEV Launcher extension ==
21 13 May 08 nicklas 75
20 12 May 08 nicklas 76 You need to check out the source code for the MEV Launcher extension
20 12 May 08 nicklas 77 for this step. See http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.mev
20 12 May 08 nicklas 78 for more information about this.
20 12 May 08 nicklas 79
20 12 May 08 nicklas 80 Copy the JAR files to the `/path/to/mev-launcher/resources/jar` directory.
20 12 May 08 nicklas 81
9 24 Aug 07 jari 82 {{{
20 12 May 08 nicklas 83 cp -p lib/*.jar /path/to/mev-launcher/resources/jar
9 24 Aug 07 jari 84 }}}
9 24 Aug 07 jari 85
20 12 May 08 nicklas 86 Compile the MEV Launcher extension.
9 24 Aug 07 jari 87
20 12 May 08 nicklas 88 {{{
21 13 May 08 nicklas 89 cd /path/to/mev-launcher
20 12 May 08 nicklas 90 ant
20 12 May 08 nicklas 91 }}}
9 24 Aug 07 jari 92
21 13 May 08 nicklas 93 This should create the `mev-launcher.jar` file. This can be installed
21 13 May 08 nicklas 94 into `/path/to/base/www/WEB-INF/extensions`.

Generated on Thu Jul 20 09:32:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)