mev-4.0.01/config/archive_submission_config.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <!DOCTYPE mev_cluster_submit [
2 26 Feb 07 jari 2 <!ELEMENT mev_cluster_submit (submit_entry+)>
2 26 Feb 07 jari 3
2 26 Feb 07 jari 4 <!ELEMENT submit_entry (description, user, impl, submission)>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <!ATTLIST submit_entry name CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 7                url CDATA #REQUIRED>  
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 <!ELEMENT description (#PCDATA)>
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 <!ELEMENT impl EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 <!ATTLIST impl impl_class CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 <!ELEMENT user EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 <!ATTLIST user user_name CDATA #IMPLIED
2 26 Feb 07 jari 18            password CDATA #IMPLIED
2 26 Feb 07 jari 19        email CDATA #IMPLIED>         
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 <!ELEMENT submission (specification_table?, annot_list)>
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 <!ELEMENT specification_table (spec+)>
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 <!ELEMENT spec EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 <!ATTLIST spec key CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 28        value CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 <!ELEMENT annot_list (annot+)>
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 <!ELEMENT annot EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 <!ATTLIST annot key CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 35     annot_name CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 36     req CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 ]>
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 <mev_cluster_submit>
2 26 Feb 07 jari 42   <submit_entry name="LOLA" url="www.lola.gwu.edu">    
2 26 Feb 07 jari 43     <description>List Of Lists Annotated (LOLA) is a web driven database allowing researchers 
2 26 Feb 07 jari 44               to identify andcorrelate significant subsets of genes derived from microarray expression 
2 26 Feb 07 jari 45               profiling. It is maintained by the George Washington University Genomics Core Facility 
2 26 Feb 07 jari 46               (http://www.gwumc.edu/microarray/). Unlike other databases, LOLA serves as a common platform 
2 26 Feb 07 jari 47       for analyzing the biological significance of large and heterogeneous lists of genes while 
2 26 Feb 07 jari 48       simultaneously archiving and integrating the data via links to published literature. 
2 26 Feb 07 jari 49       In short, LOLA allows researchers to measure the similarity of their gene list to those 
2 26 Feb 07 jari 50                   in the published literature.      
2 26 Feb 07 jari 51     </description>
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     <user/>
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56     <!-- Below is a sample USER information entry.  If you want to provide a user name
2 26 Feb 07 jari 57          and password to mev to preset the entries in the password dialog this is an example.
2 26 Feb 07 jari 58          if you do this remember to remove the empty user above (<user/>) -->
2 26 Feb 07 jari 59     <!-- <user user_name="your_name" password="password" email="someone@someplace.org"/> -->      
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61
2 26 Feb 07 jari 62     <impl impl_class="org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.submit.lola.LOLASubmitter"/>
2 26 Feb 07 jari 63     <submission>
2 26 Feb 07 jari 64       <specification_table>
2 26 Feb 07 jari 65         <spec key="Login Info" value="Establish user name and password at www.lola.gwu.edu"/>
2 26 Feb 07 jari 66         <spec key="Species Accepted" value="Human"/>
2 26 Feb 07 jari 67         <spec key="Data Type" value="Affymetrix"/>
2 26 Feb 07 jari 68         <spec key="Submission ID Types" value="Affy_ID or LocusLink ID"/>
2 26 Feb 07 jari 69       </specification_table>
2 26 Feb 07 jari 70       <annot_list>
2 26 Feb 07 jari 71         <annot key="ID" annot_name="Affy ID" req="option"/>
2 26 Feb 07 jari 72         <annot key="Locus Link" annot_name="Locus Link ID" req="option"/>
2 26 Feb 07 jari 73       </annot_list>
2 26 Feb 07 jari 74     </submission>
2 26 Feb 07 jari 75   </submit_entry>
2 26 Feb 07 jari 76 </mev_cluster_submit>
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79
2 26 Feb 07 jari 80
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83
2 26 Feb 07 jari 84
2 26 Feb 07 jari 85
2 26 Feb 07 jari 86
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100

Generated on Thu Jul 20 09:24:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)