mev-4.0.01/config/mev_script_dtd.dtd

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <!--<?xml encoding="UTF-8" ?> -->
2 26 Feb 07 jari 2
2 26 Feb 07 jari 3 <!ELEMENT TM4ML (midas?, dbi_controller?, mev?)>
2 26 Feb 07 jari 4 <!ATTLIST TM4ML version CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <!-- midas and dbiController place holders -->
2 26 Feb 07 jari 7 <!ELEMENT midas EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 8 <!ELEMENT dbi_controller EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 <!ELEMENT mev (primary_data, analysis)>
2 26 Feb 07 jari 12 <!ATTLIST mev version CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 <!ELEMENT analysis (alg_set+)>
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 <!ELEMENT alg_set (algorithm*)>
2 26 Feb 07 jari 17 <!ATTLIST alg_set set_id CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 18                   input_data_ref CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <!ELEMENT algorithm (plist, mlist?, output_data)>
2 26 Feb 07 jari 21 <!ATTLIST algorithm alg_id CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 22               input_data_ref CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 23                     alg_name CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 24                     alg_type ( cluster | cluster-genes | cluster-experiments | data-visualization | data-adjustment | cluster-selection | data-normalization ) #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <!ELEMENT plist (param*)>
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 <!ELEMENT param EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 29 <!ATTLIST param key CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 30     value CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 31                 
2 26 Feb 07 jari 32 <!ELEMENT mlist (matrix*)>
2 26 Feb 07 jari 33 <!ELEMENT matrix (element+)>
2 26 Feb 07 jari 34 <!ATTLIST matrix name CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 35                  type ( int-array | string-array | FloatMatrix ) #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 36                  row_dim CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 37                  col_dim CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39 <!ELEMENT element EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 40 <!ATTLIST element row CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 41                   col CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 42                   value CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44 <!ELEMENT output_data (data_node+)>
2 26 Feb 07 jari 45 <!ATTLIST output_data output_class 
2 26 Feb 07 jari 46                 ( single-output | multi-cluster-output | multi-gene-cluster-output 
2 26 Feb 07 jari 47                 | multi-experiment-cluster-output | cluster-selection-output | partition-output) #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 <!-- single-output indicates that the result is one set 
2 26 Feb 07 jari 50      (usually the result of normalization, filtering, or transform.
2 26 Feb 07 jari 51      
2 26 Feb 07 jari 52      multi-cluster-output is produced by many clustering algorithms and
2 26 Feb 07 jari 53      represents multiple clusters in which each cluster contains vectors
2 26 Feb 07 jari 54      that are similar.  There is no clear ordering of results.
2 26 Feb 07 jari 55      Generally to act on this output a selection algorithm should be
2 26 Feb 07 jari 56      used to select a cluster.
2 26 Feb 07 jari 57      
2 26 Feb 07 jari 58      partition-output is a multi cluster output where the clusters are
2 26 Feb 07 jari 59      ordered and cluster members have a paricular shared quality.
2 26 Feb 07 jari 60      e.g. Significant genes by a statistical algorithm, elements
2 26 Feb 07 jari 61      partitioned by classification algorithms. -->                  
2 26 Feb 07 jari 62                   
2 26 Feb 07 jari 63 <!ELEMENT data_node EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 64 <!ATTLIST data_node data_node_id CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 65               name CDATA #REQUIRED>
2 26 Feb 07 jari 66                                         
2 26 Feb 07 jari 67 <!ELEMENT primary_data (file_list?)>
2 26 Feb 07 jari 68 <!ATTLIST primary_data id CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 69                        data_type ( mev | tav | tab-delimited-multiple-sample | gpr | affy_abs |
2 26 Feb 07 jari 70                                    affy_ref | affy_mean) #IMPLIED>            
2 26 Feb 07 jari 71 <!-- want an enumeration of data types (mev|tav|tab-delimited-multiple-sample|affy|gpr) -->
2 26 Feb 07 jari 72 <!ELEMENT file_list (file+)>
2 26 Feb 07 jari 73 <!ELEMENT file EMPTY>
2 26 Feb 07 jari 74 <!ATTLIST file file_path CDATA #REQUIRED
2 26 Feb 07 jari 75                file_type ( data | annot | preference ) #REQUIRED>   
2 26 Feb 07 jari 76                            

Generated on Thu Jul 20 09:24:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)