mev-4.0.01/developer_docs/mev_jars_readme.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 12.19.2004
2 26 Feb 07 jari 2 mev_jars_readme.txt
2 26 Feb 07 jari 3
2 26 Feb 07 jari 4 This document describes the jars that are created
2 26 Feb 07 jari 5 to contain MeV classes to support the execution of MeV.
2 26 Feb 07 jari 6 Several second party jars are included in the lib directory
2 26 Feb 07 jari 7 but this document will focus on the six jars created
2 26 Feb 07 jari 8 specifically from MeV's source code base during a build.
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 The five jars cover different parts of the source tree and
2 26 Feb 07 jari 11 represent functional or organizational sections of the
2 26 Feb 07 jari 12 parts of the application.  The five jars are located in
2 26 Feb 07 jari 13 the lib directory and are:
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 1.) mev-util.jar
2 26 Feb 07 jari 16 2.) mev-algoirthm-support.jar
2 26 Feb 07 jari 17 3.) mev-gui-support.jar
2 26 Feb 07 jari 18 4.) mev-base.jar
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 5.) mev-algorithm-impl.jar
2 26 Feb 07 jari 21 6.) mev-gui-impl.jar
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 Jar Descriptions and Contents
2 26 Feb 07 jari 25 -----------------------------
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 1.) Name: mev-util.jar
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     Description:  Contains generic utility classes.
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33   org/tigr/graph
2 26 Feb 07 jari 34   org/tigr/util
2 26 Feb 07 jari 35   org/tigr/util/awt
2 26 Feb 07 jari 36   org/tigr/util/swing
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 2.) Name: mev-algorithm-support.jar
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     Description:  Contains classes that support algorithm execution 
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46   org/tigr/microarray/mev/cluster
2 26 Feb 07 jari 47   org/tigr/microarray/mev/cluster/algorithm
2 26 Feb 07 jari 48   org/tigr/microarray/mev/cluster/algorithm/impl (non-module classes)
2 26 Feb 07 jari 49   org/tigr/microarray/mev/cluster/algorithm/impl/util
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53 3.) Name: mev-gui-support.jar
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55     Description:  Contains classes that support mev's gui and gui package implementations. 
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui                        
2 26 Feb 07 jari 60    org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers               
2 26 Feb 07 jari 61   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/helpers/ktree        
2 26 Feb 07 jari 62         org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/*.class
2 26 Feb 07 jari 63   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs
2 26 Feb 07 jari 64   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil
2 26 Feb 07 jari 65   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/normalization
2 26 Feb 07 jari 66   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/images
2 26 Feb 07 jari 67   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/util
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71 4.) Name: mev-base.jar
2 26 Feb 07 jari 72
2 26 Feb 07 jari 73     Description:  Classes to support the mev interface, file loading,
2 26 Feb 07 jari 74                   scripting, and cluster utilities
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78      org/tigr/microarray/file
2 26 Feb 07 jari 79   org/tigr/microarray/util
2 26 Feb 07 jari 80   org/tigr/microarray/util/awt
2 26 Feb 07 jari 81   org/tigr/microarray/util/swing        
2 26 Feb 07 jari 82   org/tigr/microarray/mev        
2 26 Feb 07 jari 83   org/tigr/microarray/mev/action
2 26 Feb 07 jari 84   org/tigr/microarray/mev/file
2 26 Feb 07 jari 85   org/tigr/microarray/mev/file/agilent
2 26 Feb 07 jari 86   org/tigr/microarray/mev/script
2 26 Feb 07 jari 87   org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI
2 26 Feb 07 jari 88   org/tigr/microarray/mev/script/util
2 26 Feb 07 jari 89   org/tigr/microarray/mev/cluster/clusterUtil
2 26 Feb 07 jari 90   org/tigr/microarray/mev/cluster/clusterUtil/submit/**
2 26 Feb 07 jari 91   org/tigr/remote/** 
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95 5.) Name: mev-algorithm-impl.jar
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97     Description:  Contains the 'analysis engine' classes of the
2 26 Feb 07 jari 98         analysis module implementations.
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102   org/tigr/microarray/mev/cluster/algorithm/impl
2 26 Feb 07 jari 103   (includes factory.properties)
2 26 Feb 07 jari 104   (excludes ExperimentUtil and AlgorithmFactoryImpl)
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108 6.) Name: mev-gui-impl.jar
2 26 Feb 07 jari 109
2 26 Feb 07 jari 110     Description:  Contains the gui components of the
2 26 Feb 07 jari 111             analysis module implementations.
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113     Contents (packages or classes):
2 26 Feb 07 jari 114
2 26 Feb 07 jari 115   org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/<module packages>
2 26 Feb 07 jari 116   (includes factory.properties)
2 26 Feb 07 jari 117         (excludes the util and dialogs packages and impl/*.class)
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120
2 26 Feb 07 jari 121
2 26 Feb 07 jari 122
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125

Generated on Thu Jul 20 09:24:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)