mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/AffySlideDataElement.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3  All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /*
2 26 Feb 07 jari 7  * $RCSfile: AffySlideDataElement.java,v $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Date: 2006/08/22 17:49:12 $
2 26 Feb 07 jari 10  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 11  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 12  */
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 public class AffySlideDataElement extends ArrayElement implements ISlideDataElement {
2 26 Feb 07 jari 18   
2 26 Feb 07 jari 19   protected String UID;
2 26 Feb 07 jari 20   protected int[] rows;
2 26 Feb 07 jari 21   protected int[] columns;
2 26 Feb 07 jari 22   protected float[] currentIntensity, trueIntensity;
2 26 Feb 07 jari 23   protected String[] extraFields;
2 26 Feb 07 jari 24   
2 26 Feb 07 jari 25   // pcahan
2 26 Feb 07 jari 26   //protected String detection;
2 26 Feb 07 jari 27   protected char detection;
2 26 Feb 07 jari 28   
2 26 Feb 07 jari 29   //wwang add for p-value filter
2 26 Feb 07 jari 30   protected float pvalue;
2 26 Feb 07 jari 31   protected int flags;
2 26 Feb 07 jari 32   protected boolean isNull = false;
2 26 Feb 07 jari 33   protected boolean isNonZero = true;
2 26 Feb 07 jari 34   
2 26 Feb 07 jari 35   // pcahan
2 26 Feb 07 jari 36   
2 26 Feb 07 jari 37   /**
2 26 Feb 07 jari 38    * Constructs a <code>SlideDataElement</code> with specified meta rows,
2 26 Feb 07 jari 39    * meta columns, intensities and descriptions.
2 26 Feb 07 jari 40    */
2 26 Feb 07 jari 41   public AffySlideDataElement(String UID, int[] rows, int[] columns, float[] intensities, String[] values) {
2 26 Feb 07 jari 42     this.UID = UID;
2 26 Feb 07 jari 43     this.rows = copyArray(rows);
2 26 Feb 07 jari 44     this.columns = copyArray(columns);
2 26 Feb 07 jari 45     this.currentIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 46     this.trueIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 47     this.extraFields = copyArray(values);
2 26 Feb 07 jari 48   }
2 26 Feb 07 jari 49   
2 26 Feb 07 jari 50   /**
2 26 Feb 07 jari 51    * Constructs a <code>SlideDataElement</code> with specified meta rows,
2 26 Feb 07 jari 52    * meta columns, intensities and descriptions.
2 26 Feb 07 jari 53    */
2 26 Feb 07 jari 54   public AffySlideDataElement(int[] rows, int[] columns, float[] intensities, String[] values) {
2 26 Feb 07 jari 55     this.rows = copyArray(rows);
2 26 Feb 07 jari 56     this.columns = copyArray(columns);
2 26 Feb 07 jari 57     this.currentIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 58     this.trueIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 59     this.extraFields = copyArray(values);
2 26 Feb 07 jari 60   }
2 26 Feb 07 jari 61   /**
2 26 Feb 07 jari 62    * Constructor used by XMLEncoder to restore a previously-saved state.  
2 26 Feb 07 jari 63    * 
2 26 Feb 07 jari 64    * Read state-saving developer documents before altering.
2 26 Feb 07 jari 65    * 
2 26 Feb 07 jari 66    * @param rows
2 26 Feb 07 jari 67    * @param cols
2 26 Feb 07 jari 68    * @param extraFields
2 26 Feb 07 jari 69    * @param uid
2 26 Feb 07 jari 70    * @param isNull
2 26 Feb 07 jari 71    * @param isNonZero
2 26 Feb 07 jari 72    * @param detection
2 26 Feb 07 jari 73    */
2 26 Feb 07 jari 74   public AffySlideDataElement(int[] rows, int[] columns, String[] extraFields, String uid, boolean isNull, boolean isNonZero, char detection, float pValue, int flags){
2 26 Feb 07 jari 75     this.rows = copyArray(rows);
2 26 Feb 07 jari 76     this.columns = copyArray(columns);
2 26 Feb 07 jari 77     this.extraFields = copyArray(extraFields);
2 26 Feb 07 jari 78     this.UID = uid;
2 26 Feb 07 jari 79     this.isNull = isNull;
2 26 Feb 07 jari 80     this.isNonZero = isNonZero;
2 26 Feb 07 jari 81     this.detection = detection;
2 26 Feb 07 jari 82     this.currentIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 83     this.trueIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 84     this.pvalue = pValue;
2 26 Feb 07 jari 85     this.flags = flags;
2 26 Feb 07 jari 86   }
2 26 Feb 07 jari 87   
2 26 Feb 07 jari 88   /**
2 26 Feb 07 jari 89    * Copy constructor.
2 26 Feb 07 jari 90    */
2 26 Feb 07 jari 91   public AffySlideDataElement(ISlideDataElement sde) {
2 26 Feb 07 jari 92     this.UID = sde.getUID();
2 26 Feb 07 jari 93     this.rows = sde.getRows();
2 26 Feb 07 jari 94     this.columns = sde.getColumns();
2 26 Feb 07 jari 95     this.currentIntensity = copyArray(sde.getCurrentIntensity());
2 26 Feb 07 jari 96     this.trueIntensity = copyArray(sde.getTrueIntensity());
2 26 Feb 07 jari 97     this.extraFields = sde.getExtraFields();
2 26 Feb 07 jari 98     if(sde.getDetection() != null && sde.getDetection().length() != 0)
2 26 Feb 07 jari 99       this.setDetection(sde.getDetection());
2 26 Feb 07 jari 100     this.setPvalue(sde.getPvalue());
2 26 Feb 07 jari 101     this.isNull = sde.getIsNull();
2 26 Feb 07 jari 102     this.isNonZero = sde.isNonZero();
2 26 Feb 07 jari 103     //System.out.print(this.getPvalue());
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105   
2 26 Feb 07 jari 106   /**
2 26 Feb 07 jari 107    * Sets the extra fields (annotation), appends if fields exist
2 26 Feb 07 jari 108    */
2 26 Feb 07 jari 109   public void setExtraFields(String [] values){
2 26 Feb 07 jari 110     if(values == null) return;
2 26 Feb 07 jari 111     if(this.extraFields == null)
2 26 Feb 07 jari 112       this.extraFields = values;
2 26 Feb 07 jari 113     else{
2 26 Feb 07 jari 114       String [] newFields = new String[this.extraFields.length+values.length];
2 26 Feb 07 jari 115       for(int i = 0; i < this.extraFields.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 116         newFields[i] = this.extraFields[i];
2 26 Feb 07 jari 117       for(int i = 0; i < values.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 118         newFields[i+this.extraFields.length] = values[i];
2 26 Feb 07 jari 119       this.extraFields = newFields;
2 26 Feb 07 jari 120     }
2 26 Feb 07 jari 121   }
2 26 Feb 07 jari 122   
2 26 Feb 07 jari 123   /**
2 26 Feb 07 jari 124    * Creates clone of a string array.
2 26 Feb 07 jari 125    */
2 26 Feb 07 jari 126   private String[] copyArray(String[] array) {
2 26 Feb 07 jari 127     if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 128       return null;
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130     String[] result = new String[array.length];
2 26 Feb 07 jari 131     System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 132     return result;
2 26 Feb 07 jari 133   }
2 26 Feb 07 jari 134   
2 26 Feb 07 jari 135   /**
2 26 Feb 07 jari 136    * Creates clone of an int array.
2 26 Feb 07 jari 137    */
2 26 Feb 07 jari 138   private int[] copyArray(int[] array) {
2 26 Feb 07 jari 139     if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 140       return null;
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     int[] result = new int[array.length];
2 26 Feb 07 jari 143     System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 144     return result;
2 26 Feb 07 jari 145   }
2 26 Feb 07 jari 146   
2 26 Feb 07 jari 147   /**
2 26 Feb 07 jari 148    * Creates clone of a float array.
2 26 Feb 07 jari 149    */
2 26 Feb 07 jari 150   private float[] copyArray(float[] array) {
2 26 Feb 07 jari 151     if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 152       return null;
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     float[] result = new float[array.length];
2 26 Feb 07 jari 155     System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 156     return result;
2 26 Feb 07 jari 157   }
2 26 Feb 07 jari 158   
2 26 Feb 07 jari 159   /**
2 26 Feb 07 jari 160    * Returns an array of spot meta rows.
2 26 Feb 07 jari 161    */
2 26 Feb 07 jari 162   public int[] getRows() {
2 26 Feb 07 jari 163     return rows;
2 26 Feb 07 jari 164   }
2 26 Feb 07 jari 165   
2 26 Feb 07 jari 166   /**
2 26 Feb 07 jari 167    * Returns an array of spot meta column.
2 26 Feb 07 jari 168    */
2 26 Feb 07 jari 169   public int[] getColumns() {
2 26 Feb 07 jari 170     return columns;
2 26 Feb 07 jari 171   }
2 26 Feb 07 jari 172   
2 26 Feb 07 jari 173   /**
2 26 Feb 07 jari 174    * Returns an array of spot descriptions.
2 26 Feb 07 jari 175    */
2 26 Feb 07 jari 176   public String[] getExtraFields() {
2 26 Feb 07 jari 177     return extraFields;
2 26 Feb 07 jari 178   }
2 26 Feb 07 jari 179   
2 26 Feb 07 jari 180   /**
2 26 Feb 07 jari 181    * Returns an array of current intensities.
2 26 Feb 07 jari 182    */
2 26 Feb 07 jari 183   public float[] getCurrentIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 184     return currentIntensity;
2 26 Feb 07 jari 185   }
2 26 Feb 07 jari 186   
2 26 Feb 07 jari 187   /**
2 26 Feb 07 jari 188    * Returns an array of true intensities.
2 26 Feb 07 jari 189    */
2 26 Feb 07 jari 190   public float[] getTrueIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 191     return trueIntensity;
2 26 Feb 07 jari 192   }
2 26 Feb 07 jari 193   
2 26 Feb 07 jari 194   /**
2 26 Feb 07 jari 195    * Sets value for specified row type.
2 26 Feb 07 jari 196    */
2 26 Feb 07 jari 197   public void setRow(int rowType, int value) {
2 26 Feb 07 jari 198     switch (rowType) {
2 26 Feb 07 jari 199     case BASE: rows[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 200     case META: rows[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 201     case SUB : rows[2] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203   }
2 26 Feb 07 jari 204   
2 26 Feb 07 jari 205   /**
2 26 Feb 07 jari 206    * Sets value for specified column type.
2 26 Feb 07 jari 207    */
2 26 Feb 07 jari 208   public void setColumn(int columnType, int value) {
2 26 Feb 07 jari 209     switch (columnType) {
2 26 Feb 07 jari 210     case BASE: columns[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 211     case META: columns[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 212     case SUB:  columns[2] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 213     }
2 26 Feb 07 jari 214   }
2 26 Feb 07 jari 215   
2 26 Feb 07 jari 216   //Replaces getRow, getMetaRow, getSubRow
2 26 Feb 07 jari 217   public int getRow(int rowType) {
2 26 Feb 07 jari 218     int targetRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 219     switch (rowType) {
2 26 Feb 07 jari 220     case BASE: targetRow = rows[0]; break;
2 26 Feb 07 jari 221     case META: targetRow = rows[1]; break;
2 26 Feb 07 jari 222     case SUB: targetRow  = rows[2]; break;
2 26 Feb 07 jari 223     }
2 26 Feb 07 jari 224     return targetRow;
2 26 Feb 07 jari 225   }
2 26 Feb 07 jari 226   
2 26 Feb 07 jari 227   /**
2 26 Feb 07 jari 228    * Returns index of specified column type.
2 26 Feb 07 jari 229    */
2 26 Feb 07 jari 230   public int getColumn(int columnType) {
2 26 Feb 07 jari 231     int targetColumn = -1;
2 26 Feb 07 jari 232     switch (columnType) {
2 26 Feb 07 jari 233     case BASE: targetColumn = columns[0]; break;
2 26 Feb 07 jari 234     case META: targetColumn = columns[1]; break;
2 26 Feb 07 jari 235     case SUB: targetColumn  = columns[2]; break;
2 26 Feb 07 jari 236     }
2 26 Feb 07 jari 237     return targetColumn;
2 26 Feb 07 jari 238   }
2 26 Feb 07 jari 239   
2 26 Feb 07 jari 240   /**
2 26 Feb 07 jari 241    * Returns a spot location.
2 26 Feb 07 jari 242    */
2 26 Feb 07 jari 243   public int getLocation(int positionType, int features) {
2 26 Feb 07 jari 244     int location = -1;
2 26 Feb 07 jari 245     switch (positionType) {
2 26 Feb 07 jari 246     case BASE: location = columns[0] + (rows[0] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 247     case META: location = columns[1] + (rows[1] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 248     case SUB : location = columns[2] + (rows[2] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 249     }
2 26 Feb 07 jari 250     return location;
2 26 Feb 07 jari 251   }
2 26 Feb 07 jari 252   
2 26 Feb 07 jari 253   /**
2 26 Feb 07 jari 254    * Returns intensity value by its specified type.
2 26 Feb 07 jari 255    */
2 26 Feb 07 jari 256   public float getIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 257     float targetIntensity = -1;
2 26 Feb 07 jari 258     switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 259     case CY3:
2 26 Feb 07 jari 260       targetIntensity = currentIntensity[0];
2 26 Feb 07 jari 261       break;
2 26 Feb 07 jari 262     case CY5:
2 26 Feb 07 jari 263       targetIntensity = currentIntensity[1];
2 26 Feb 07 jari 264       break;
2 26 Feb 07 jari 265     }
2 26 Feb 07 jari 266     return (float)targetIntensity;
2 26 Feb 07 jari 267   }
2 26 Feb 07 jari 268   
2 26 Feb 07 jari 269   /**
2 26 Feb 07 jari 270    * Sets an intensity value.
2 26 Feb 07 jari 271    */
2 26 Feb 07 jari 272   public void setIntensity(int intensityType, float value) {
2 26 Feb 07 jari 273     switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 274     case CY3: currentIntensity[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 275     case CY5: currentIntensity[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 276     }
2 26 Feb 07 jari 277   }
2 26 Feb 07 jari 278   
2 26 Feb 07 jari 279   public void setDetection(String value){
2 26 Feb 07 jari 280     detection = value.charAt(0);
2 26 Feb 07 jari 281   }
2 26 Feb 07 jari 282   public void setPvalue(float value){
2 26 Feb 07 jari 283     pvalue=value;
2 26 Feb 07 jari 284   }
2 26 Feb 07 jari 285   public void setGenePixFlags(int value){
2 26 Feb 07 jari 286     flags=value;
2 26 Feb 07 jari 287   }
2 26 Feb 07 jari 288   /**
2 26 Feb 07 jari 289    * Sets true intensity value.
2 26 Feb 07 jari 290    */
2 26 Feb 07 jari 291   public void setTrueIntensity(int intensityType, float value) {
2 26 Feb 07 jari 292     switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 293     case CY3: trueIntensity[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 294     case CY5: trueIntensity[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296   }
2 26 Feb 07 jari 297   
2 26 Feb 07 jari 298   
2 26 Feb 07 jari 299   //Replaces getTrueCy3, getTrueCy5
2 26 Feb 07 jari 300   public float getTrueIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 301     float targetIntensity = -1;
2 26 Feb 07 jari 302     switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 303     case CY3: targetIntensity = trueIntensity[0]; break;
2 26 Feb 07 jari 304     case CY5: targetIntensity = trueIntensity[1]; break;
2 26 Feb 07 jari 305     }
2 26 Feb 07 jari 306     return targetIntensity;
2 26 Feb 07 jari 307   }
2 26 Feb 07 jari 308   
2 26 Feb 07 jari 309   /**
2 26 Feb 07 jari 310    * Returns a ratio value for specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 311    */
2 26 Feb 07 jari 312   public float getRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 313     return getRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState, isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 314   }
2 26 Feb 07 jari 315   
2 26 Feb 07 jari 316   public float getRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState, boolean nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 317     float ratio;
2 26 Feb 07 jari 318     
2 26 Feb 07 jari 319     // - tigr_original -
2 26 Feb 07 jari 320     
2 26 Feb 07 jari 321     if (nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 322       if ((getIntensity(intensityIndex1) == 0) && (getIntensity(intensityIndex2) == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 323         return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 324       } else if (getIntensity(intensityIndex1) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 325         ratio = 1f / (float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 326       } else if (getIntensity(intensityIndex2) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 327         ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/1f;
2 26 Feb 07 jari 328       } else {
2 26 Feb 07 jari 329         ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/(float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 330       }
2 26 Feb 07 jari 331     } else {
2 26 Feb 07 jari 332       if (getIntensity(intensityIndex1) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 333       if (getIntensity(intensityIndex2) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 334       ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/(float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 335     }
2 26 Feb 07 jari 336     if (logState == IData.LOG)
2 26 Feb 07 jari 337       //LOG
2 26 Feb 07 jari 338       //ratio = (float) Xcon.log2(ratio);
2 26 Feb 07 jari 339       ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 340     return ratio;
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     //- end tigr_original -
2 26 Feb 07 jari 343     
2 26 Feb 07 jari 344     
2 26 Feb 07 jari 345     //        return this.getIntensity(0);
2 26 Feb 07 jari 346     
2 26 Feb 07 jari 347     /* pcahan
2 26 Feb 07 jari 348      pick a channel to exclude and simply return the other channel intensity
2 26 Feb 07 jari 349      think about normalization effects - currentintensity - just get trueintensity
2 26 Feb 07 jari 350      */
2 26 Feb 07 jari 351     //if (getIntensity(intensityIndex1) == 0) && (getIntensity(intensityIndex2) == 0)
2 26 Feb 07 jari 352     
2 26 Feb 07 jari 353   }
2 26 Feb 07 jari 354   
2 26 Feb 07 jari 355   /**
2 26 Feb 07 jari 356    * Returns a true ratio value for specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 357    */
2 26 Feb 07 jari 358   public double getTrueRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 359     return getTrueRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState, isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 360   }
2 26 Feb 07 jari 361   
2 26 Feb 07 jari 362   public double getTrueRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState, boolean nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 363     //return (double) this.getIntensity(0);
2 26 Feb 07 jari 364     
2 26 Feb 07 jari 365     
2 26 Feb 07 jari 366     double ratio;
2 26 Feb 07 jari 367     
2 26 Feb 07 jari 368     
2 26 Feb 07 jari 369     if (nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 370       if ((getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) && (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 371         return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 372       } else if (getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 373         ratio = (double) 1.0 / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 374       } else if (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 375         ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) 1.0;
2 26 Feb 07 jari 376       } else {
2 26 Feb 07 jari 377         ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 378       }
2 26 Feb 07 jari 379     } else {
2 26 Feb 07 jari 380       if (getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 381       if (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 382       ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 383     }
2 26 Feb 07 jari 384     
2 26 Feb 07 jari 385     if (logState == IData.LOG)
2 26 Feb 07 jari 386       //LOG
2 26 Feb 07 jari 387       //ratio = (float) Xcon.log2(ratio);
2 26 Feb 07 jari 388       ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 389     return ratio;
2 26 Feb 07 jari 390   }
2 26 Feb 07 jari 391   
2 26 Feb 07 jari 392   public float getIntensityMean(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 393     return(float) 0.0;
2 26 Feb 07 jari 394     
2 26 Feb 07 jari 395     
2 26 Feb 07 jari 396   }
2 26 Feb 07 jari 397   
2 26 Feb 07 jari 398   /**
2 26 Feb 07 jari 399    * Sets the non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 400    */
2 26 Feb 07 jari 401   public void setNonZero(boolean state) {this.isNonZero = state;}
2 26 Feb 07 jari 402   
2 26 Feb 07 jari 403   /**
2 26 Feb 07 jari 404    * Returns the non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 405    */
2 26 Feb 07 jari 406   public boolean isNonZero() {return this.isNonZero;}
2 26 Feb 07 jari 407   
2 26 Feb 07 jari 408   /**
2 26 Feb 07 jari 409    * Sets the isNull flag.
2 26 Feb 07 jari 410    */
2 26 Feb 07 jari 411   public void setIsNull(boolean state) {this.isNull = state;}
2 26 Feb 07 jari 412   
2 26 Feb 07 jari 413   /**
2 26 Feb 07 jari 414    * Returns the isNull flag.
2 26 Feb 07 jari 415    */
2 26 Feb 07 jari 416   public boolean getIsNull() {return this.isNull;}
2 26 Feb 07 jari 417   
2 26 Feb 07 jari 418   /**
2 26 Feb 07 jari 419    * @return true, if spot contains no zero intensities.
2 26 Feb 07 jari 420    */
2 26 Feb 07 jari 421   public boolean hasNoZeros() {
2 26 Feb 07 jari 422     if ((getTrueIntensity(CY3) != 0) && (getTrueIntensity(CY5) != 0)) return true;
2 26 Feb 07 jari 423     else return false;
2 26 Feb 07 jari 424   }
2 26 Feb 07 jari 425   
2 26 Feb 07 jari 426   public String getDetection(){
2 26 Feb 07 jari 427     return String.valueOf(detection);
2 26 Feb 07 jari 428   }
2 26 Feb 07 jari 429   public float getPvalue(){
2 26 Feb 07 jari 430     return pvalue;
2 26 Feb 07 jari 431   }
2 26 Feb 07 jari 432   
2 26 Feb 07 jari 433   public int getGenePixFlags(){
2 26 Feb 07 jari 434     return flags;
2 26 Feb 07 jari 435   }
2 26 Feb 07 jari 436   public String getAttributeString(int number) {
2 26 Feb 07 jari 437     String retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 438     int coordinatePairs = TMEV.getCoordinatePairCount() * 2; //Did you see the (* 2)?
2 26 Feb 07 jari 439     int intensities = TMEV.getIntensityCount();
2 26 Feb 07 jari 440     int extraFields = this.extraFields.length;
2 26 Feb 07 jari 441     
2 26 Feb 07 jari 442     if (number < coordinatePairs) {
2 26 Feb 07 jari 443       if (number % 2 == 0)
2 26 Feb 07 jari 444         retVal = String.valueOf(rows[number/2]);
2 26 Feb 07 jari 445       else
2 26 Feb 07 jari 446         retVal = String.valueOf(columns[(number+1)/2]);
2 26 Feb 07 jari 447     } else if (number < coordinatePairs + intensities) {
2 26 Feb 07 jari 448       retVal = String.valueOf(currentIntensity[number - (coordinatePairs)]);
2 26 Feb 07 jari 449     } else if (number < coordinatePairs + intensities + extraFields) {
2 26 Feb 07 jari 450       retVal = getFieldAt(number - (coordinatePairs + intensities));
2 26 Feb 07 jari 451     } else retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 452     return retVal;
2 26 Feb 07 jari 453   }
2 26 Feb 07 jari 454   
2 26 Feb 07 jari 455   
2 26 Feb 07 jari 456   /**
2 26 Feb 07 jari 457    * Returns a description by specified index. Or empty string if feild index
2 26 Feb 07 jari 458    * does not exist
2 26 Feb 07 jari 459    */
2 26 Feb 07 jari 460   public String getFieldAt(int index) {
2 26 Feb 07 jari 461     if(index < 0 || index > (extraFields.length - 1))
2 26 Feb 07 jari 462       return "";
2 26 Feb 07 jari 463     return extraFields[index];
2 26 Feb 07 jari 464   }
2 26 Feb 07 jari 465   
2 26 Feb 07 jari 466   /**
2 26 Feb 07 jari 467    * Returns clone on this element.
2 26 Feb 07 jari 468    */
2 26 Feb 07 jari 469   public ISlideDataElement copy() {
2 26 Feb 07 jari 470     return new AffySlideDataElement(this);
2 26 Feb 07 jari 471   }
2 26 Feb 07 jari 472   
2 26 Feb 07 jari 473   public String toString() {
2 26 Feb 07 jari 474     return "SDE " + getRow(BASE) + ", " + getColumn(BASE);
2 26 Feb 07 jari 475   }
2 26 Feb 07 jari 476   
2 26 Feb 07 jari 477   /** Sets the UID field
2 26 Feb 07 jari 478    */
2 26 Feb 07 jari 479   public void setUID(String uid) {
2 26 Feb 07 jari 480     this.UID = uid;
2 26 Feb 07 jari 481   }
2 26 Feb 07 jari 482   
2 26 Feb 07 jari 483   /** Returns the UID field
2 26 Feb 07 jari 484    */
2 26 Feb 07 jari 485   public String getUID() {
2 26 Feb 07 jari 486     return this.UID;
2 26 Feb 07 jari 487   }
2 26 Feb 07 jari 488     
2 26 Feb 07 jari 489 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)