mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/ArrayViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ArrayViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:41 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Cursor;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.filechooser.FileFilter;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.util.swing.SlideDataLoader;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.util.swing.TAVFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.util.swing.FileTransferDialog;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.util.swing.TXTFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 abstract public class ArrayViewer extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     protected JFrame mainframe;
2 26 Feb 07 jari 31     protected boolean firstLoad = true;
2 26 Feb 07 jari 32     protected String currentDataPath;     
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     public ArrayViewer(JFrame mainframe) {
2 26 Feb 07 jari 35         this.mainframe = mainframe;
2 26 Feb 07 jari 36     }
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     public JFrame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 39         return mainframe;
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     public void setCursor(int cursor) {
2 26 Feb 07 jari 43         setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(cursor));
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     private File selectFile() {
2 26 Feb 07 jari 47         return selectFile("Select a datafile to open", true);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private File selectFile(String title, boolean multiSelectionEnabled) {
2 26 Feb 07 jari 53         JFileChooser chooser;
2 26 Feb 07 jari 54         if(firstLoad)
2 26 Feb 07 jari 55     chooser = new JFileChooser(TMEV.getFile("data/"));
2 26 Feb 07 jari 56     else
2 26 Feb 07 jari 57     chooser = new JFileChooser(currentDataPath);
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59         chooser.setDialogTitle(title);
2 26 Feb 07 jari 60         
2 26 Feb 07 jari 61         chooser.addChoosableFileFilter(new TXTFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 62         chooser.addChoosableFileFilter(new TAVFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 63         
2 26 Feb 07 jari 64         if (! multiSelectionEnabled) { // Using Stanford file
2 26 Feb 07 jari 65             chooser.setFileFilter(chooser.getAcceptAllFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 66         }
2 26 Feb 07 jari 67         chooser.setMultiSelectionEnabled(multiSelectionEnabled);
2 26 Feb 07 jari 68     if(firstLoad)
2 26 Feb 07 jari 69           chooser.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 70         if (chooser.showOpenDialog(getParent()) == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 71     File file = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 72     firstLoad = false;
2 26 Feb 07 jari 73     currentDataPath = file.getParent();
2 26 Feb 07 jari 74     if(currentDataPath == null)
2 26 Feb 07 jari 75       currentDataPath = file.getPath();
2 26 Feb 07 jari 76             return file;
2 26 Feb 07 jari 77         }
2 26 Feb 07 jari 78         return null;
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     public ISlideData loadSlideData(ISlideMetaData slideMetaData) throws Exception {
2 26 Feb 07 jari 82         File file = selectFile();
2 26 Feb 07 jari 83         if (file == null) {
2 26 Feb 07 jari 84             return null;
2 26 Feb 07 jari 85         }
2 26 Feb 07 jari 86         SlideDataLoader loader;
2 26 Feb 07 jari 87         if(this instanceof MultipleArrayViewer)
2 26 Feb 07 jari 88             loader =  new SlideDataLoader(getFrame(), slideMetaData, file, false);
2 26 Feb 07 jari 89         else
2 26 Feb 07 jari 90             loader =  new SlideDataLoader(getFrame(), slideMetaData, file, true);
2 26 Feb 07 jari 91         if (loader.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 92             return null;
2 26 Feb 07 jari 93         }
2 26 Feb 07 jari 94         return loader.getData(0);
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     public ISlideData[] loadDirectory(ISlideMetaData slideMetaData) throws Exception {
2 26 Feb 07 jari 98         String directory; 
2 26 Feb 07 jari 99     if(firstLoad){
2 26 Feb 07 jari 100         directory = TMEV.getFile("data/").getPath();
2 26 Feb 07 jari 101     } else {
2 26 Feb 07 jari 102     directory = currentDataPath;    
2 26 Feb 07 jari 103     }   
2 26 Feb 07 jari 104         return loadSlideDataDirectory(directory, new FileFilter[] {new TAVFileFilter()}, slideMetaData);
2 26 Feb 07 jari 105     }
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     private ISlideData[] loadSlideDataDirectory(String directory, FileFilter[] fileFilters, ISlideMetaData slideMetaData) throws Exception {
2 26 Feb 07 jari 108         FileTransferDialog dialog = new FileTransferDialog(getFrame(), directory, fileFilters);
2 26 Feb 07 jari 109         if (dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 110             return null;
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112         File[] files = dialog.getFiles();
2 26 Feb 07 jari 113         if (files.length < 1) {
2 26 Feb 07 jari 114             return null;
2 26 Feb 07 jari 115         }
2 26 Feb 07 jari 116     if(firstLoad)
2 26 Feb 07 jari 117     firstLoad = false;
2 26 Feb 07 jari 118     currentDataPath = files[0].getParent();
2 26 Feb 07 jari 119         if(currentDataPath == null)
2 26 Feb 07 jari 120        currentDataPath = files[0].getPath();
2 26 Feb 07 jari 121
2 26 Feb 07 jari 122         SlideDataLoader loader;
2 26 Feb 07 jari 123         
2 26 Feb 07 jari 124         if(this instanceof MultipleArrayViewer)
2 26 Feb 07 jari 125             loader =  new SlideDataLoader(getFrame(), slideMetaData, files, false);
2 26 Feb 07 jari 126         else
2 26 Feb 07 jari 127             loader =  new SlideDataLoader(getFrame(), slideMetaData, files, true);
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129         if (loader.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 130             return null;
2 26 Feb 07 jari 131         }
2 26 Feb 07 jari 132         return loader.getData();
2 26 Feb 07 jari 133     }
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     public ISlideData[] loadStanfordFile(String title) throws Exception {
2 26 Feb 07 jari 136         File file = selectFile(title, false);
2 26 Feb 07 jari 137        if (file == null) {
2 26 Feb 07 jari 138             return null;
2 26 Feb 07 jari 139        }
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141        SlideDataLoader loader = new SlideDataLoader(getFrame(), null, file, false);
2 26 Feb 07 jari 142         if (loader.showModal(true) != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 143            return null;
2 26 Feb 07 jari 144         }
2 26 Feb 07 jari 145         return loader.getData();
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148     abstract public void systemDisable(int state);
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     abstract public void systemEnable(int state);
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)