mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/CGHSlideDataElement.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 2
2 26 Feb 07 jari 3 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 4
2 26 Feb 07 jari 5 public class CGHSlideDataElement extends SlideDataElement {
2 26 Feb 07 jari 6   public static final int CLONE_ID = 0;
2 26 Feb 07 jari 7   public static final int CHR = 1;
2 26 Feb 07 jari 8   public static final int START = 2;
2 26 Feb 07 jari 9   public static final int END = 3;
2 26 Feb 07 jari 10     
2 26 Feb 07 jari 11   public  CGHSlideDataElement(String UID, int[] rows, int[] columns, float[] intensities, String[] values){
2 26 Feb 07 jari 12     super(UID, rows, columns, intensities, values);
2 26 Feb 07 jari 13   }
2 26 Feb 07 jari 14   
2 26 Feb 07 jari 15   /**
2 26 Feb 07 jari 16    * @param rows
2 26 Feb 07 jari 17    * @param cols
2 26 Feb 07 jari 18    * @param extraFields
2 26 Feb 07 jari 19    * @param uid
2 26 Feb 07 jari 20    * @param isNull
2 26 Feb 07 jari 21    * @param isNonZero
2 26 Feb 07 jari 22    */
2 26 Feb 07 jari 23   public CGHSlideDataElement(int[] rows, int[] cols, String[] extraFields, String uid, boolean isNull, boolean isNonZero) {
2 26 Feb 07 jari 24     super(rows, cols, extraFields, uid, isNull, isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 25   }
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27   public String getCloneID() {
2 26 Feb 07 jari 28     return extraFields[CLONE_ID];
2 26 Feb 07 jari 29   }
2 26 Feb 07 jari 30   
2 26 Feb 07 jari 31   public String getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 32     return extraFields[CHR];
2 26 Feb 07 jari 33   }
2 26 Feb 07 jari 34   
2 26 Feb 07 jari 35   public int getProbeStart() {
2 26 Feb 07 jari 36     return Integer.parseInt(extraFields[START]);
2 26 Feb 07 jari 37   }
2 26 Feb 07 jari 38   
2 26 Feb 07 jari 39   public int getProbeEnd() {
2 26 Feb 07 jari 40     return Integer.parseInt(extraFields[END]);
2 26 Feb 07 jari 41   }
2 26 Feb 07 jari 42   
2 26 Feb 07 jari 43   public int getProbeLength(){
2 26 Feb 07 jari 44     return getProbeEnd() - getProbeStart();
2 26 Feb 07 jari 45   }
2 26 Feb 07 jari 46   
2 26 Feb 07 jari 47   public CGHClone getClone(int species) {
2 26 Feb 07 jari 48     //System.out.println("getClone(): " + getCloneID() + ", " + getChromosome() + ", " + getProbeStart() + ", " + getProbeEnd());
2 26 Feb 07 jari 49     return new CGHClone(getCloneID().trim(), getChromosome(), getProbeStart(), getProbeEnd(), species);
2 26 Feb 07 jari 50   }
2 26 Feb 07 jari 51 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)