mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/FloatSlideData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: FloatSlideData.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.14 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/12 15:09:59 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.io.DataInputStream;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.io.DataOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.io.FileInputStream;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.midas.engine.IterativeLinReg;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.midas.engine.IterativeLogMean;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.midas.engine.RatioStats;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.midas.engine.TotInt;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.midas.util.ColumnWorker;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.util.math.LinearEquation;
2 26 Feb 07 jari 30 //import org.tigr.midas.display.ParameterPane;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 /**
2 26 Feb 07 jari 34  *  Class to store CY3 and CY5 float values of a slide data.
2 26 Feb 07 jari 35  *  It is possible to get ArrayIndexOutOfBoundsException if an index
2 26 Feb 07 jari 36  *  was invalid.
2 26 Feb 07 jari 37  */
2 26 Feb 07 jari 38 public class FloatSlideData implements ISlideData {
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     private String name; // slide name
2 26 Feb 07 jari 41     private String filename; // slide file name
2 26 Feb 07 jari 42     private float[] currentCY3; // currentCY3 values
2 26 Feb 07 jari 43     private float[] currentCY5; // currentCY5 values
2 26 Feb 07 jari 44     private float[] trueCY3; // trueCY3 values
2 26 Feb 07 jari 45     private float[] trueCY5; // trueCY5 values
2 26 Feb 07 jari 46     private static boolean isNonZero = true;
2 26 Feb 07 jari 47     private int normalizedState = 0;
2 26 Feb 07 jari 48     private int sortState = 0;
2 26 Feb 07 jari 49     private ISlideMetaData slideMetaData;
2 26 Feb 07 jari 50     private SpotInformationData spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 51     private boolean abbrName = false;
2 26 Feb 07 jari 52     private int dataType = IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY;
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 55     // affy detection flag is MAS's (P)resent, (A)bsent, (M)arginal
2 26 Feb 07 jari 56     //private String[] detection;
2 26 Feb 07 jari 57     //jcb
2 26 Feb 07 jari 58     //smaller data struct
2 26 Feb 07 jari 59     private char [] detection;
2 26 Feb 07 jari 60     //wwang
2 26 Feb 07 jari 61     //add for pvalue filter
2 26 Feb 07 jari 62   //TODO this item needs to be added to the state-saving functions for 
2 26 Feb 07 jari 63   //FloatSlideData
2 26 Feb 07 jari 64     private float[] pvalue;
2 26 Feb 07 jari 65     //add for GenePix
2 26 Feb 07 jari 66   //TODO this item needs to be added to the state-saving functions for 
2 26 Feb 07 jari 67   //FloatSlideData
2 26 Feb 07 jari 68     private int[] flags;
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     //Support multiple sample labels
2 26 Feb 07 jari 71     private String sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 72     private Hashtable sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 73     private Vector sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75   //TODO this item needs to be added to the state-saving functions for 
2 26 Feb 07 jari 76   //FloatSlideData
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 79      * CGH FlankingRegions, and Slide Consts
2 26 Feb 07 jari 80      * Vector of vectors of FlankingRegions corresponding to flanking regions
2 26 Feb 07 jari 81      * for each chromosome
2 26 Feb 07 jari 82      */
2 26 Feb 07 jari 83     private Vector[] flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Creates a new FloatSlideData with no intensity or detection data. Designed for use 
2 26 Feb 07 jari 87      * with XMLEncoder/XMLDecoder for state-saving.
2 26 Feb 07 jari 88      * 
2 26 Feb 07 jari 89      * @param sampleLabelKeys
2 26 Feb 07 jari 90      * @param sampleLabels
2 26 Feb 07 jari 91      * @param filename
2 26 Feb 07 jari 92      * @param name
2 26 Feb 07 jari 93      * @param isNonZero
2 26 Feb 07 jari 94      * @param normalizedState
2 26 Feb 07 jari 95      * @param sortState
2 26 Feb 07 jari 96      * @param spotInfoData
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     public FloatSlideData(Vector sampleLabelKeys, Hashtable sampleLabels, 
2 26 Feb 07 jari 99         String filename, String name, boolean isNonZero,
2 26 Feb 07 jari 100       int normalizedState, int sortState, SpotInformationData spotInfoData, 
2 26 Feb 07 jari 101       Integer dataType, ISlideMetaData ismd) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 102       this.sampleLabelKeys = sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 103       this.sampleLabels = sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 104       this.filename = filename;
2 26 Feb 07 jari 105       this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 106       this.setNonZero(isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 107       this.normalizedState = normalizedState;
2 26 Feb 07 jari 108       this.sortState = sortState;
2 26 Feb 07 jari 109       this.spotInfoData = spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 110       this.dataType = dataType.intValue();
2 26 Feb 07 jari 111       this.slideMetaData = ismd;
2 26 Feb 07 jari 112     }    
2 26 Feb 07 jari 113     /**
2 26 Feb 07 jari 114      * Creates a <code>FloatSlideData</code> with specified reference
2 26 Feb 07 jari 115      * to a microarray meta data.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     public FloatSlideData(ISlideMetaData slideMetaData) {
2 26 Feb 07 jari 118         this(slideMetaData, slideMetaData.getSize());
2 26 Feb 07 jari 119         sampleLabelKeys = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 120         sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 121         sampleLabelKeys = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 122         sampleLabels = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 123     }
2 26 Feb 07 jari 124     
2 26 Feb 07 jari 125     /**
2 26 Feb 07 jari 126      * Creates a <code>FloatSlideData</code> with specified reference
2 26 Feb 07 jari 127      * to a microarray meta data and initial size.
2 26 Feb 07 jari 128      * @param size the size of slide data.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public FloatSlideData(ISlideMetaData slideMetaData, int size) {
2 26 Feb 07 jari 131         this.slideMetaData = slideMetaData;
2 26 Feb 07 jari 132         trueCY3 = new float[size];
2 26 Feb 07 jari 133         trueCY5 = new float[size];
2 26 Feb 07 jari 134         detection = new char[size];
2 26 Feb 07 jari 135         pvalue=new float[size];
2 26 Feb 07 jari 136         flags=new int[size];
2 26 Feb 07 jari 137         sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 138         sampleLabelKeys = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 139         sampleLabels = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 140     }
2 26 Feb 07 jari 141     
2 26 Feb 07 jari 142     public void setCurrentCY3(float[] f){this.currentCY3=f;}
2 26 Feb 07 jari 143     public void setCurrentCY5(float[] f){this.currentCY5=f;}
2 26 Feb 07 jari 144     public void setTrueCY3(float[] f){this.trueCY3=f;}
2 26 Feb 07 jari 145     public void setTrueCY5(float[] f){this.trueCY5=f;}
2 26 Feb 07 jari 146     public char[] getDetection() {return detection;}
2 26 Feb 07 jari 147     public float[] getCurrentCY3(){return currentCY3;}
2 26 Feb 07 jari 148     public float[] getCurrentCY5(){return currentCY5;}
2 26 Feb 07 jari 149     public float[] getTrueCY3(){return trueCY3;}
2 26 Feb 07 jari 150     public float[] getTrueCY5(){return trueCY5;}
2 26 Feb 07 jari 151  
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153     /**
2 26 Feb 07 jari 154      * Returns a reference to a microarray meta data.
2 26 Feb 07 jari 155      */
2 26 Feb 07 jari 156     public ISlideMetaData getSlideMetaData() {
2 26 Feb 07 jari 157         return slideMetaData;
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159     
2 26 Feb 07 jari 160     public void setSlideMetaData(ISlideMetaData i){this.slideMetaData = i;}
2 26 Feb 07 jari 161     
2 26 Feb 07 jari 162     /**
2 26 Feb 07 jari 163      * Sets the data type attribute see static type variables in <code>IData</code>
2 26 Feb 07 jari 164      */
2 26 Feb 07 jari 165     public void setDataType(int type){
2 26 Feb 07 jari 166         this.dataType = type;
2 26 Feb 07 jari 167     }
2 26 Feb 07 jari 168     
2 26 Feb 07 jari 169     /**
2 26 Feb 07 jari 170      * Returns the data type attribute
2 26 Feb 07 jari 171      */
2 26 Feb 07 jari 172     public int getDataType(){
2 26 Feb 07 jari 173         return this.dataType;
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     /**
2 26 Feb 07 jari 177      *  Sets the spot information data and associated column headers.
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     public void setSpotInformationData(String [] columnHeaders, String [][] spotInfoData){
2 26 Feb 07 jari 180         this.spotInfoData = new SpotInformationData(columnHeaders, spotInfoData);
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     /**
2 26 Feb 07 jari 184      *  Sets the spot information data and associated column headers.
2 26 Feb 07 jari 185      */
2 26 Feb 07 jari 186     public void setSpotInformationData(SpotInformationData spotInfoData){
2 26 Feb 07 jari 187         this.spotInfoData = spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 188     }
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     /**
2 26 Feb 07 jari 191      * Returns the <code>SpotInformationData</code> object
2 26 Feb 07 jari 192      */
2 26 Feb 07 jari 193     public SpotInformationData getSpotInformationData(){ return this.spotInfoData; }
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195     /**
2 26 Feb 07 jari 196      * Returns size of a microarray.
2 26 Feb 07 jari 197      */
2 26 Feb 07 jari 198     public int getSize() {
2 26 Feb 07 jari 199         return slideMetaData.getSize();
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201     
2 26 Feb 07 jari 202     /**
2 26 Feb 07 jari 203      *  Sets the slide label keys and hash table
2 26 Feb 07 jari 204      */
2 26 Feb 07 jari 205     public void setSlideDataLabels(Vector keys, Hashtable namesHash) {
2 26 Feb 07 jari 206         this.sampleLabelKeys = keys;
2 26 Feb 07 jari 207         this.sampleLabels = namesHash;
2 26 Feb 07 jari 208     }
2 26 Feb 07 jari 209     
2 26 Feb 07 jari 210     /**
2 26 Feb 07 jari 211      * Sets a microarray name.
2 26 Feb 07 jari 212      */
2 26 Feb 07 jari 213     public void setSlideDataName(String slideDataName) {
2 26 Feb 07 jari 214         this.name = slideDataName; 
2 26 Feb 07 jari 215         String key = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 216         sampleLabelKey = key;        
2 26 Feb 07 jari 217         sampleLabelKeys.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 218         sampleLabels.put(key, slideDataName);
2 26 Feb 07 jari 219     }
2 26 Feb 07 jari 220     
2 26 Feb 07 jari 221     /**
2 26 Feb 07 jari 222      *  sets boolean to indicate to abbr file and data name
2 26 Feb 07 jari 223      */
2 26 Feb 07 jari 224     public void toggleNameLength(){
2 26 Feb 07 jari 225         this.abbrName = (!this.abbrName);
2 26 Feb 07 jari 226     }
2 26 Feb 07 jari 227     
2 26 Feb 07 jari 228     /**
2 26 Feb 07 jari 229      * Returns the name of a microarray.
2 26 Feb 07 jari 230      */
2 26 Feb 07 jari 231     public String getSlideDataName() {
2 26 Feb 07 jari 232         String name = (String)this.sampleLabels.get(this.sampleLabelKey);
2 26 Feb 07 jari 233
2 26 Feb 07 jari 234         if(name == null)
2 26 Feb 07 jari 235             return " ";
2 26 Feb 07 jari 236         
2 26 Feb 07 jari 237         if(!this.abbrName)
2 26 Feb 07 jari 238             return name;
2 26 Feb 07 jari 239         else{
2 26 Feb 07 jari 240             if(name.length() < 26)
2 26 Feb 07 jari 241                 return name;
2 26 Feb 07 jari 242             return name.substring(0, 25)+"...";
2 26 Feb 07 jari 243         }
2 26 Feb 07 jari 244     }
2 26 Feb 07 jari 245     
2 26 Feb 07 jari 246     public String getFullSlideDataName() {
2 26 Feb 07 jari 247         String name = (String)this.sampleLabels.get(this.sampleLabelKey);
2 26 Feb 07 jari 248         if(name == null)
2 26 Feb 07 jari 249             return " ";
2 26 Feb 07 jari 250         else
2 26 Feb 07 jari 251             return name;
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     /**
2 26 Feb 07 jari 255      * Sets a microarray file name.
2 26 Feb 07 jari 256      */
2 26 Feb 07 jari 257     public void setSlideFileName(String filename) {
2 26 Feb 07 jari 258         this.filename = filename;
2 26 Feb 07 jari 259     }
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     /**
2 26 Feb 07 jari 262      * Returns a microarray file name.
2 26 Feb 07 jari 263      */
2 26 Feb 07 jari 264     public String getSlideFileName() {
2 26 Feb 07 jari 265         if(!this.abbrName)
2 26 Feb 07 jari 266             return this.filename;
2 26 Feb 07 jari 267         else{
2 26 Feb 07 jari 268             if(this.filename.length() < 26)
2 26 Feb 07 jari 269                 return this.filename;
2 26 Feb 07 jari 270             return this.filename.substring(0, 25)+"...";
2 26 Feb 07 jari 271         }
2 26 Feb 07 jari 272     }
2 26 Feb 07 jari 273     public String getFullSlideFileName() {
2 26 Feb 07 jari 274       return this.filename;
2 26 Feb 07 jari 275     }
2 26 Feb 07 jari 276     
2 26 Feb 07 jari 277     /**
2 26 Feb 07 jari 278      * Used to assign the initial values.
2 26 Feb 07 jari 279      */
2 26 Feb 07 jari 280     public void setIntensities(int index, float cy3, float cy5) {
2 26 Feb 07 jari 281         trueCY3[index] = cy3;
2 26 Feb 07 jari 282         trueCY5[index] = cy5;
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284     
2 26 Feb 07 jari 285     /**
2 26 Feb 07 jari 286      *  Assigns current (normalized intensities)
2 26 Feb 07 jari 287      */
2 26 Feb 07 jari 288     public void setCurrentIntensities(int index, float cy3, float cy5){
2 26 Feb 07 jari 289         if(this.currentCY3 != null && this.currentCY5 != null){
2 26 Feb 07 jari 290             this.currentCY3[index] = cy3;
2 26 Feb 07 jari 291             this.currentCY5[index] = cy5;
2 26 Feb 07 jari 292         }
2 26 Feb 07 jari 293     }
2 26 Feb 07 jari 294     
2 26 Feb 07 jari 295     /**
2 26 Feb 07 jari 296      * Returns CY3 value for specified index.
2 26 Feb 07 jari 297      */
2 26 Feb 07 jari 298     public float getCY3(int index) {
2 26 Feb 07 jari 299         if(normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 300             return trueCY3[index];
2 26 Feb 07 jari 301         else
2 26 Feb 07 jari 302             return currentCY3[index];
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304     
2 26 Feb 07 jari 305     /**
2 26 Feb 07 jari 306      * Returns CY5 value for specified index.
2 26 Feb 07 jari 307      */
2 26 Feb 07 jari 308     public float getCY5(int index) {
2 26 Feb 07 jari 309         if(normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 310             return trueCY5[index];
2 26 Feb 07 jari 311         else
2 26 Feb 07 jari 312             return currentCY5[index];
2 26 Feb 07 jari 313     }
2 26 Feb 07 jari 314     
2 26 Feb 07 jari 315     /**
2 26 Feb 07 jari 316      * Returns a microarray max ratio value.
2 26 Feb 07 jari 317      */
2 26 Feb 07 jari 318     public float getMaxRatio() {
2 26 Feb 07 jari 319         return getMaxRatio(IData.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 320     }
2 26 Feb 07 jari 321     
2 26 Feb 07 jari 322     /**
2 26 Feb 07 jari 323      * Returns a microarray min ratio value.
2 26 Feb 07 jari 324      */
2 26 Feb 07 jari 325     public float getMinRatio() {
2 26 Feb 07 jari 326         return getMinRatio(IData.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 327     }
2 26 Feb 07 jari 328     
2 26 Feb 07 jari 329     /**
2 26 Feb 07 jari 330      * Returns a microarray max ratio value, with specified log state.
2 26 Feb 07 jari 331      */
2 26 Feb 07 jari 332     public float getMaxRatio(int logState) {
2 26 Feb 07 jari 333         float ratio, maxRatio = Float.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 334         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 335         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 336             ratio = getRatio(i, logState);
2 26 Feb 07 jari 337             if (ratio > maxRatio)
2 26 Feb 07 jari 338                 maxRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 339         }
2 26 Feb 07 jari 340         return maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 341     }
2 26 Feb 07 jari 342     
2 26 Feb 07 jari 343     /**
2 26 Feb 07 jari 344      * Returns a microarray max ratio value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 345      */
2 26 Feb 07 jari 346     public float getMaxRatio(int index1, int index2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 347         if (index1 == index2) {
2 26 Feb 07 jari 348             throw new IllegalArgumentException("The indices should not be equals.");
2 26 Feb 07 jari 349         }
2 26 Feb 07 jari 350         float ratio, maxRatio = Float.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 351         float[] numerator, denumerator;
2 26 Feb 07 jari 352         if (index1 == ISlideDataElement.CY5) {
2 26 Feb 07 jari 353             numerator = trueCY5;
2 26 Feb 07 jari 354             denumerator = trueCY3;
2 26 Feb 07 jari 355         } else {
2 26 Feb 07 jari 356             numerator = trueCY3;
2 26 Feb 07 jari 357             denumerator = trueCY5;
2 26 Feb 07 jari 358         }
2 26 Feb 07 jari 359         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 360         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 361             ratio = getRatio(numerator[i], denumerator[i], logState);
2 26 Feb 07 jari 362             if (ratio > maxRatio)
2 26 Feb 07 jari 363                 maxRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 364         }
2 26 Feb 07 jari 365         return maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 366     }
2 26 Feb 07 jari 367     
2 26 Feb 07 jari 368     /**
2 26 Feb 07 jari 369      * Returns a microarray min ratio value.
2 26 Feb 07 jari 370      */
2 26 Feb 07 jari 371     public float getMinRatio(int logState) {
2 26 Feb 07 jari 372         float ratio, minRatio = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 373         final int SIZE = getSize();
2 26 Feb 07 jari 374         for (int i = SIZE; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 375             ratio = getRatio(i, logState);
2 26 Feb 07 jari 376             if (ratio < minRatio)
2 26 Feb 07 jari 377                 minRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 378         }
2 26 Feb 07 jari 379         return minRatio;
2 26 Feb 07 jari 380     }
2 26 Feb 07 jari 381     
2 26 Feb 07 jari 382     /**
2 26 Feb 07 jari 383      * Returns a microarray max ratio value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 384      */
2 26 Feb 07 jari 385     public float getMinRatio(int index1, int index2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 386         if (index1 == index2) {
2 26 Feb 07 jari 387             throw new IllegalArgumentException("The indices should not be equals.");
2 26 Feb 07 jari 388         }
2 26 Feb 07 jari 389         float ratio, minRatio = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 390         float[] numerator, denumerator;
2 26 Feb 07 jari 391         if (index1 == ISlideDataElement.CY5) {
2 26 Feb 07 jari 392             numerator = trueCY5;
2 26 Feb 07 jari 393             denumerator = trueCY3;
2 26 Feb 07 jari 394         } else {
2 26 Feb 07 jari 395             numerator = trueCY3;
2 26 Feb 07 jari 396             denumerator = trueCY5;
2 26 Feb 07 jari 397         }
2 26 Feb 07 jari 398         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 399         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 400             ratio = getRatio(numerator[i], denumerator[i], logState);
2 26 Feb 07 jari 401             if (ratio < minRatio)
2 26 Feb 07 jari 402                 minRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 403         }
2 26 Feb 07 jari 404         return minRatio;
2 26 Feb 07 jari 405     }
2 26 Feb 07 jari 406     
2 26 Feb 07 jari 407     /**
2 26 Feb 07 jari 408      * Returns a ratio value with specified index and log state.
2 26 Feb 07 jari 409      */
2 26 Feb 07 jari 410     public final float getRatio(int index, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 411         if(normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION) {
2 26 Feb 07 jari 412             if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 413                 return trueCY5[index];
2 26 Feb 07 jari 414             return getRatio(trueCY5[index], trueCY3[index], logState);
2 26 Feb 07 jari 415         } else {
2 26 Feb 07 jari 416             if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 417                 return currentCY5[index];
2 26 Feb 07 jari 418             return getRatio(currentCY5[index], currentCY3[index], logState);
2 26 Feb 07 jari 419         }
2 26 Feb 07 jari 420     }
2 26 Feb 07 jari 421     
2 26 Feb 07 jari 422     /**
2 26 Feb 07 jari 423      * Sets the non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 424      */
2 26 Feb 07 jari 425     public void setNonZero(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 426         isNonZero = value;
2 26 Feb 07 jari 427     }
2 26 Feb 07 jari 428     public boolean getIsNonZero() {
2 26 Feb 07 jari 429       return isNonZero;
2 26 Feb 07 jari 430     }
2 26 Feb 07 jari 431     /**
2 26 Feb 07 jari 432      * Returns a ratio of specified values.
2 26 Feb 07 jari 433      * Raktim - Remember getRatio Glitch for CGH Data
2 26 Feb 07 jari 434      */
2 26 Feb 07 jari 435     public static final float getRatio(float numerator, float denominator, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 436         float ratio;
2 26 Feb 07 jari 437         if(denominator < 0 || numerator < 0)
2 26 Feb 07 jari 438             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 439         if (isNonZero) {
2 26 Feb 07 jari 440             if (denominator == 0 && numerator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 441                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 442             } else if (numerator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 443                 ratio = 1f/denominator;
2 26 Feb 07 jari 444             } else if (denominator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 445                 ratio = numerator;
2 26 Feb 07 jari 446             } else {
2 26 Feb 07 jari 447                 ratio = numerator/denominator;
2 26 Feb 07 jari 448             }
2 26 Feb 07 jari 449         } else {
2 26 Feb 07 jari 450             if (denominator == 0)
2 26 Feb 07 jari 451                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 452             if (numerator == 0)
2 26 Feb 07 jari 453                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 454             ratio = numerator/denominator;
2 26 Feb 07 jari 455         }
2 26 Feb 07 jari 456         if (logState == IData.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 457             ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 458         }
2 26 Feb 07 jari 459         
2 26 Feb 07 jari 460         return ratio;
2 26 Feb 07 jari 461     }
2 26 Feb 07 jari 462     
2 26 Feb 07 jari 463     /**
2 26 Feb 07 jari 464      * Returns a microarray max CY3 value.
2 26 Feb 07 jari 465      */
2 26 Feb 07 jari 466     public float getMaxCY3() {
2 26 Feb 07 jari 467         if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 468             return getMaxCY(trueCY3);
2 26 Feb 07 jari 469         else
2 26 Feb 07 jari 470             return getMaxCY(currentCY3);
2 26 Feb 07 jari 471         
2 26 Feb 07 jari 472     }
2 26 Feb 07 jari 473     
2 26 Feb 07 jari 474     /**
2 26 Feb 07 jari 475      * Returns a microarray max CY5 value.
2 26 Feb 07 jari 476      */
2 26 Feb 07 jari 477     public float getMaxCY5() {
2 26 Feb 07 jari 478         if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 479             return getMaxCY(trueCY5);
2 26 Feb 07 jari 480         else
2 26 Feb 07 jari 481             return getMaxCY(currentCY5);
2 26 Feb 07 jari 482     }
2 26 Feb 07 jari 483     
2 26 Feb 07 jari 484     /**
2 26 Feb 07 jari 485      * Returns max value from a specified array.
2 26 Feb 07 jari 486      */
2 26 Feb 07 jari 487     private float getMaxCY(float[] CY) {
2 26 Feb 07 jari 488         float maxIntensity = 0f;
2 26 Feb 07 jari 489         final int SIZE = getSize();
2 26 Feb 07 jari 490         for (int i = SIZE; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 491             if (CY[i] > maxIntensity)
2 26 Feb 07 jari 492                 maxIntensity = CY[i];
2 26 Feb 07 jari 493         }
2 26 Feb 07 jari 494         return maxIntensity;
2 26 Feb 07 jari 495     }
2 26 Feb 07 jari 496     
2 26 Feb 07 jari 497     /**
2 26 Feb 07 jari 498      * Returns a microarray min CY3 value.
2 26 Feb 07 jari 499      */
2 26 Feb 07 jari 500     public float getMinCY3() {
2 26 Feb 07 jari 501         if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 502             return getMinIntensity(trueCY3, true);
2 26 Feb 07 jari 503         else
2 26 Feb 07 jari 504             return getMinIntensity(currentCY3, true);
2 26 Feb 07 jari 505     }
2 26 Feb 07 jari 506     
2 26 Feb 07 jari 507     /**
2 26 Feb 07 jari 508      * Returns a microarray min CY5 value.
2 26 Feb 07 jari 509      */
2 26 Feb 07 jari 510     public float getMinCY5() {
2 26 Feb 07 jari 511         if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 512             return getMinIntensity(trueCY5, true);
2 26 Feb 07 jari 513         else
2 26 Feb 07 jari 514             return getMinIntensity(currentCY5, true);
2 26 Feb 07 jari 515     }
2 26 Feb 07 jari 516     
2 26 Feb 07 jari 517     /**
2 26 Feb 07 jari 518      * Returns min value from a specified array.
2 26 Feb 07 jari 519      */
2 26 Feb 07 jari 520     private float getMinIntensity(float[] CY, boolean acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 521         float intensity, minIntensity = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 522         final int SIZE = getSize();
2 26 Feb 07 jari 523         for (int i = SIZE; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 524             intensity = CY[i];
2 26 Feb 07 jari 525             if (!acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 526                 if ((intensity < minIntensity) && (intensity != 0))
2 26 Feb 07 jari 527                     minIntensity = intensity;
2 26 Feb 07 jari 528             } else {
2 26 Feb 07 jari 529                 if (intensity < minIntensity)
2 26 Feb 07 jari 530                     minIntensity = intensity;
2 26 Feb 07 jari 531             }
2 26 Feb 07 jari 532         }
2 26 Feb 07 jari 533         return minIntensity;
2 26 Feb 07 jari 534     }
2 26 Feb 07 jari 535     
2 26 Feb 07 jari 536     /**
2 26 Feb 07 jari 537      * Returns a microarray normalization state.
2 26 Feb 07 jari 538      */
2 26 Feb 07 jari 539     public int getNormalizedState() {
2 26 Feb 07 jari 540         return normalizedState;
2 26 Feb 07 jari 541     }
2 26 Feb 07 jari 542     
2 26 Feb 07 jari 543     /**
2 26 Feb 07 jari 544      * Sets a microarray normalization state.
2 26 Feb 07 jari 545      */
2 26 Feb 07 jari 546     public void setNormalizedState(int normalizedState) {
2 26 Feb 07 jari 547         this.normalizedState = normalizedState;
2 26 Feb 07 jari 548     }
2 26 Feb 07 jari 549     
2 26 Feb 07 jari 550     /**
2 26 Feb 07 jari 551      * Returns a microarray sort state.
2 26 Feb 07 jari 552      */
2 26 Feb 07 jari 553     public int getSortState() {
2 26 Feb 07 jari 554         return sortState;
2 26 Feb 07 jari 555     }
2 26 Feb 07 jari 556     
2 26 Feb 07 jari 557     /**
2 26 Feb 07 jari 558      * Sets a microarray sort state.
2 26 Feb 07 jari 559      */
2 26 Feb 07 jari 560     public void setSortState(int sortState) {
2 26 Feb 07 jari 561         this.sortState = sortState;
2 26 Feb 07 jari 562     }
2 26 Feb 07 jari 563     
2 26 Feb 07 jari 564     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 565     public void setDetection(int index, String value){
2 26 Feb 07 jari 566     detection[index] = value.charAt(0);
2 26 Feb 07 jari 567     }
2 26 Feb 07 jari 568     public void setDetection(char[] d){
2 26 Feb 07 jari 569       this.detection = d;
2 26 Feb 07 jari 570     }
2 26 Feb 07 jari 571     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 572     public String getDetection(int index){
2 26 Feb 07 jari 573         return String.valueOf(detection[index]);
2 26 Feb 07 jari 574     }
2 26 Feb 07 jari 575     
2 26 Feb 07 jari 576     //wwang add for affy p-value filter
2 26 Feb 07 jari 577     public void setPvalue(int index, float value){
2 26 Feb 07 jari 578       //System.out.print(index+" "+value);
2 26 Feb 07 jari 579     pvalue[index] = value;
2 26 Feb 07 jari 580     }
2 26 Feb 07 jari 581     public float[] getPvalue(){
2 26 Feb 07 jari 582       return pvalue;
2 26 Feb 07 jari 583     }
2 26 Feb 07 jari 584     public void setPvalues(float[] p){
2 26 Feb 07 jari 585       this.pvalue = p;
2 26 Feb 07 jari 586     }
2 26 Feb 07 jari 587     public void setGenePixFlags(int[] f){
2 26 Feb 07 jari 588       this.flags = f;
2 26 Feb 07 jari 589     }
2 26 Feb 07 jari 590     public int[] getGenePixFlags(){
2 26 Feb 07 jari 591       return flags;
2 26 Feb 07 jari 592     }
2 26 Feb 07 jari 593     public float getPvalue(int index){
2 26 Feb 07 jari 594         return  pvalue[index];
2 26 Feb 07 jari 595     }
2 26 Feb 07 jari 596     public int getGenePixFlags(int index){
2 26 Feb 07 jari 597         return  flags[index];
2 26 Feb 07 jari 598     }
2 26 Feb 07 jari 599     public int setGenePixFlags(int index,int value){
2 26 Feb 07 jari 600         return  flags[index]=value;
2 26 Feb 07 jari 601     }
2 26 Feb 07 jari 602     /**
2 26 Feb 07 jari 603      * Returns max intencity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 604      */
2 26 Feb 07 jari 605     public float getMaxIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 606         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 607             case ISlideDataElement.CY3:
2 26 Feb 07 jari 608                 return getMaxCY3();
2 26 Feb 07 jari 609             case ISlideDataElement.CY5:
2 26 Feb 07 jari 610                 return getMaxCY5();
2 26 Feb 07 jari 611         }
2 26 Feb 07 jari 612         return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 613     }
2 26 Feb 07 jari 614     
2 26 Feb 07 jari 615     /**
2 26 Feb 07 jari 616      * Returns min intencity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 617      */
2 26 Feb 07 jari 618     public float getMinIntensity(int intensityType, boolean acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 619         return getMinIntensity(getIntensities(intensityType), acceptZeros);
2 26 Feb 07 jari 620     }
2 26 Feb 07 jari 621     
2 26 Feb 07 jari 622     /**
2 26 Feb 07 jari 623      * Returns an array of intensities with specified type.
2 26 Feb 07 jari 624      */
2 26 Feb 07 jari 625     private float[] getIntensities(int type) {
2 26 Feb 07 jari 626         switch (type) {
2 26 Feb 07 jari 627             case ISlideDataElement.CY3:
2 26 Feb 07 jari 628                 return trueCY3;
2 26 Feb 07 jari 629             case ISlideDataElement.CY5:
2 26 Feb 07 jari 630                 return trueCY5;
2 26 Feb 07 jari 631         }
2 26 Feb 07 jari 632         return null;
2 26 Feb 07 jari 633     }
2 26 Feb 07 jari 634     
2 26 Feb 07 jari 635     /**
2 26 Feb 07 jari 636      * Returns a microarray max product value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 637      */
2 26 Feb 07 jari 638     public float getMaxProduct(int index1, int index2) {
2 26 Feb 07 jari 639         float product = 0, maxProduct = 0;
2 26 Feb 07 jari 640         float[] v_1 = getIntensities(index1);
2 26 Feb 07 jari 641         float[] v_2 = getIntensities(index2);
2 26 Feb 07 jari 642         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 643         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 644             product = v_1[i] * v_2[i];
2 26 Feb 07 jari 645             if (product > maxProduct)
2 26 Feb 07 jari 646                 maxProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 647         }
2 26 Feb 07 jari 648         return maxProduct;
2 26 Feb 07 jari 649     }
2 26 Feb 07 jari 650     
2 26 Feb 07 jari 651     /**
2 26 Feb 07 jari 652      * Returns a microarray min product value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 653      */
2 26 Feb 07 jari 654     public float getMinProduct(int index1, int index2, boolean acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 655         return getMinProduct(index1, index2, acceptZeros, 0);
2 26 Feb 07 jari 656     }
2 26 Feb 07 jari 657     
2 26 Feb 07 jari 658     /**
2 26 Feb 07 jari 659      * Returns a microarray min product value of specified intensities and lower cutoff.
2 26 Feb 07 jari 660      */
2 26 Feb 07 jari 661     public float getMinProduct(int index1, int index2, boolean acceptZeros, int lowCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 662         float product = 0, minProduct = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 663         float[] v_1 = getIntensities(index1);
2 26 Feb 07 jari 664         float[] v_2 = getIntensities(index2);
2 26 Feb 07 jari 665         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 666         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 667             product = v_1[i] * v_2[i];
2 26 Feb 07 jari 668             if (product >= lowCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 669                 if (!acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 670                     if ((product < minProduct) && (product != 0))
2 26 Feb 07 jari 671                         minProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 672                 } else {
2 26 Feb 07 jari 673                     if (product < minProduct)
2 26 Feb 07 jari 674                         minProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 675                 }
2 26 Feb 07 jari 676             }
2 26 Feb 07 jari 677         }
2 26 Feb 07 jari 678         return minProduct;
2 26 Feb 07 jari 679     }
2 26 Feb 07 jari 680     
2 26 Feb 07 jari 681     /**
2 26 Feb 07 jari 682      * Returns an <code>ISlideDataElement</code> by specified index.
2 26 Feb 07 jari 683      */
2 26 Feb 07 jari 684     public ISlideDataElement getSlideDataElement(int index) {
2 26 Feb 07 jari 685         ISlideDataElement sde = slideMetaData.toSlideDataElement(index);
2 26 Feb 07 jari 686         sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY3, getCY3(index));
2 26 Feb 07 jari 687         sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, getCY5(index));
2 26 Feb 07 jari 688         sde.setTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3, getCY3(index));
2 26 Feb 07 jari 689         sde.setTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5, getCY5(index));
2 26 Feb 07 jari 690         //pcahan
2 26 Feb 07 jari 691         sde.setDetection(getDetection(index));
2 26 Feb 07 jari 692         //wwang
2 26 Feb 07 jari 693         try{
2 26 Feb 07 jari 694         sde.setPvalue(getPvalue(index));
2 26 Feb 07 jari 695         } catch (NullPointerException npe) {}
2 26 Feb 07 jari 696         return sde;
2 26 Feb 07 jari 697     }
2 26 Feb 07 jari 698     
2 26 Feb 07 jari 699     /**
2 26 Feb 07 jari 700      * Doesn't supported method.
2 26 Feb 07 jari 701      */
2 26 Feb 07 jari 702     public void addSlideDataElement(ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 703         throwNotImplemented("addSlideDataElement");
2 26 Feb 07 jari 704     }
2 26 Feb 07 jari 705     
2 26 Feb 07 jari 706     /**
2 26 Feb 07 jari 707      * Creates copy of an original microarray data.
2 26 Feb 07 jari 708      */
2 26 Feb 07 jari 709     private void createDataCopy() {
2 26 Feb 07 jari 710         if (this.currentCY3 == null || this.currentCY5 == null) {
2 26 Feb 07 jari 711             this.currentCY3 = new float[trueCY3.length];
2 26 Feb 07 jari 712             this.currentCY5 = new float[trueCY5.length];
2 26 Feb 07 jari 713             System.arraycopy(trueCY3, 0, currentCY3, 0, currentCY3.length);
2 26 Feb 07 jari 714             System.arraycopy(trueCY5, 0, currentCY5, 0, currentCY5.length);
2 26 Feb 07 jari 715         }
2 26 Feb 07 jari 716     }
2 26 Feb 07 jari 717     
2 26 Feb 07 jari 718     /**
2 26 Feb 07 jari 719      * Creates copy of an original microarray data.
2 26 Feb 07 jari 720      */
2 26 Feb 07 jari 721     public void createCurrentIntensityArrays() {
2 26 Feb 07 jari 722         if (this.currentCY3 == null || this.currentCY5 == null) {
2 26 Feb 07 jari 723             this.currentCY3 = new float[trueCY3.length];
2 26 Feb 07 jari 724             this.currentCY5 = new float[trueCY5.length];
2 26 Feb 07 jari 725             System.arraycopy(trueCY3, 0, currentCY3, 0, currentCY3.length);
2 26 Feb 07 jari 726             System.arraycopy(trueCY5, 0, currentCY5, 0, currentCY5.length);
2 26 Feb 07 jari 727         }
2 26 Feb 07 jari 728     }
2 26 Feb 07 jari 729     
2 26 Feb 07 jari 730     
2 26 Feb 07 jari 731     /**********************************************************************
2 26 Feb 07 jari 732      * Data Normalization Code.  04-2003 MeV will support only Total Intensity
2 26 Feb 07 jari 733      * Iterative Linear Regression, Ratio Statistics, and Iterative Log Mean Centering.
2 26 Feb 07 jari 734      * Support classes and normalization algorithms have been incorporated from
2 26 Feb 07 jari 735      * TIGR-MIDAS 2.16 (Author: Wei Liang, The Institute for Genomic Research)
2 26 Feb 07 jari 736      * which remains the primary tool for data normalization
2 26 Feb 07 jari 737      *
2 26 Feb 07 jari 738      * ColumnWorker is the main data structure used by the algorithms
2 26 Feb 07 jari 739      *
2 26 Feb 07 jari 740      * A typical normalization proceeds as follows:
2 26 Feb 07 jari 741      * 1.) "True Intensities" are accumulated into double arrays and a ColumnWorker is
2 26 Feb 07 jari 742      *      constructed.
2 26 Feb 07 jari 743      * 2.) The ColumnWorker is passed via constructor into a normalization algorithm
2 26 Feb 07 jari 744      *     which performs the required manipulations. (parameters are also in the constructor)
2 26 Feb 07 jari 745      * 3.) Data is retrieved from the resulting ColumnWorker and the data is placed
2 26 Feb 07 jari 746      *     into the appropriate SlideDataElements (or arrays) as "Current Intensities"
2 26 Feb 07 jari 747      *     (normalized).
2 26 Feb 07 jari 748      *
2 26 Feb 07 jari 749      * Conventions for normalization:
2 26 Feb 07 jari 750      *
2 26 Feb 07 jari 751      *  "normalizedState" a class variable is used to indicate which intensities and
2 26 Feb 07 jari 752      *  ratio's to deliver.  ISlideData.NO_NORMALIZATION forces the return of "True"
2 26 Feb 07 jari 753      *  intensities, meaning unaltered,  while any other state indicates that "Current"
2 26 Feb 07 jari 754      *  intensities (altered) should be returned.
2 26 Feb 07 jari 755      *
2 26 Feb 07 jari 756      * Handling zeros:
2 26 Feb 07 jari 757      *
2 26 Feb 07 jari 758      * A zero in one or both channels would greatly impact the normalization of points
2 26 Feb 07 jari 759      * containing two good intensities.  For this reason the following convention for handling
2 26 Feb 07 jari 760      * one or two zero intensities has been adopted.  If one or both intensities are zero this
2 26 Feb 07 jari 761      * data is not passed on to the ColumnWorker for normalization and following the normalization
2 26 Feb 07 jari 762      * the "current" intensities are set to equal the "true", original, intensities.
2 26 Feb 07 jari 763      *
2 26 Feb 07 jari 764      * By this convention the points are preserved AND the data that has been normalized
2 26 Feb 07 jari 765      * matches MIDAS output.
2 26 Feb 07 jari 766      *
2 26 Feb 07 jari 767      ************************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 768     
2 26 Feb 07 jari 769     
2 26 Feb 07 jari 770     /**
2 26 Feb 07 jari 771      * Applies a microarray data normalization.
2 26 Feb 07 jari 772      */
2 26 Feb 07 jari 773     public void applyNormalization(int normalizationMode, Properties props) {
2 26 Feb 07 jari 774         createDataCopy();
2 26 Feb 07 jari 775         switch (normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 776             case ISlideData.NO_NORMALIZATION:
2 26 Feb 07 jari 777                 applyNoNormalization();
2 26 Feb 07 jari 778                 break;
2 26 Feb 07 jari 779             case ISlideData.TOTAL_INTENSITY:
2 26 Feb 07 jari 780                 applyTotalIntensity();
2 26 Feb 07 jari 781                 break;
2 26 Feb 07 jari 782             case ISlideData.LEAST_SQUARES: // not used
2 26 Feb 07 jari 783                 applyLeastSquares();
2 26 Feb 07 jari 784                 break;
2 26 Feb 07 jari 785             case ISlideData.LINEAR_REGRESSION:
2 26 Feb 07 jari 786                 applyLinearRegression(props);
2 26 Feb 07 jari 787                 break;
2 26 Feb 07 jari 788             case ISlideData.RATIO_STATISTICS_95: // not used
2 26 Feb 07 jari 789                 applyRatioStatistics(props);
2 26 Feb 07 jari 790                 break;
2 26 Feb 07 jari 791             case ISlideData.RATIO_STATISTICS_99:
2 26 Feb 07 jari 792                 applyRatioStatistics(props);
2 26 Feb 07 jari 793                 break;
2 26 Feb 07 jari 794             case ISlideData.ITERATIVE_LOG:
2 26 Feb 07 jari 795                 applyIterativeLog(props);
2 26 Feb 07 jari 796                 break;
2 26 Feb 07 jari 797             case ISlideData.LOWESS:  // not used
2 26 Feb 07 jari 798                 applyLowess(10);
2 26 Feb 07 jari 799                 break;
2 26 Feb 07 jari 800         }
2 26 Feb 07 jari 801         setNormalizedState(normalizationMode);
2 26 Feb 07 jari 802     }
2 26 Feb 07 jari 803     
2 26 Feb 07 jari 804     //Don't forget to change over to the list versions of the functions
2 26 Feb 07 jari 805     public void applyNormalizationList(int normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 806         createDataCopy();
2 26 Feb 07 jari 807         switch (normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 808             case ISlideData.TOTAL_INTENSITY_LIST:
2 26 Feb 07 jari 809                 applyTotalIntensity();
2 26 Feb 07 jari 810                 break;
2 26 Feb 07 jari 811             case ISlideData.LEAST_SQUARES_LIST:
2 26 Feb 07 jari 812                 applyLeastSquares();
2 26 Feb 07 jari 813                 break;
2 26 Feb 07 jari 814             case ISlideData.LINEAR_REGRESSION_LIST:
2 26 Feb 07 jari 815                 applyLinearRegression(new Properties());
2 26 Feb 07 jari 816                 break;
2 26 Feb 07 jari 817             case ISlideData.RATIO_STATISTICS_95_LIST:
2 26 Feb 07 jari 818                 applyRatioStatistics(new Properties());
2 26 Feb 07 jari 819                 break;
2 26 Feb 07 jari 820             case ISlideData.RATIO_STATISTICS_99_LIST:
2 26 Feb 07 jari 821                 applyRatioStatistics(new Properties());
2 26 Feb 07 jari 822                 break;
2 26 Feb 07 jari 823             case ISlideData.ITERATIVE_LOG_LIST:
2 26 Feb 07 jari 824                 applyIterativeLog(new Properties());
2 26 Feb 07 jari 825                 break;
2 26 Feb 07 jari 826             case ISlideData.LOWESS_LIST:
2 26 Feb 07 jari 827                 applyLowess(10);
2 26 Feb 07 jari 828                 break;
2 26 Feb 07 jari 829         }
2 26 Feb 07 jari 830         setNormalizedState(normalizationMode);
2 26 Feb 07 jari 831     }
2 26 Feb 07 jari 832     
2 26 Feb 07 jari 833     /**
2 26 Feb 07 jari 834      * Restore true values.
2 26 Feb 07 jari 835      */
2 26 Feb 07 jari 836     private void applyNoNormalization() {
2 26 Feb 07 jari 837         if (this.trueCY3 != null && this.trueCY5 != null) {
2 26 Feb 07 jari 838             System.arraycopy(trueCY3, 0, currentCY3, 0, trueCY3.length);
2 26 Feb 07 jari 839             System.arraycopy(trueCY5, 0, currentCY5, 0, trueCY5.length);
2 26 Feb 07 jari 840         }
2 26 Feb 07 jari 841     }
2 26 Feb 07 jari 842     
2 26 Feb 07 jari 843     
2 26 Feb 07 jari 844     /**
2 26 Feb 07 jari 845      * Applies total intensity normalization.
2 26 Feb 07 jari 846      */
2 26 Feb 07 jari 847     public void applyTotalIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 848         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 849         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 850         cw = ((new TotInt(cw, "Cy3",false)).getFileTotIntColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 851         setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 852         normalizedState = ISlideData.TOTAL_INTENSITY;
2 26 Feb 07 jari 853     }
2 26 Feb 07 jari 854     
2 26 Feb 07 jari 855     /**
2 26 Feb 07 jari 856      * Applies linear regression normalization.
2 26 Feb 07 jari 857      */
2 26 Feb 07 jari 858     public void applyLinearRegression(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 859         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 860         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 861         
2 26 Feb 07 jari 862         try{
2 26 Feb 07 jari 863             String  mode = (String)properties.get("mode");
2 26 Feb 07 jari 864             float sd = Float.parseFloat((String)properties.get("standard-deviation"));
2 26 Feb 07 jari 865             cw = (new IterativeLinReg(cw, sd, mode, "Cy3")).getIterLinRegColumnWorker();
2 26 Feb 07 jari 866             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 867             normalizedState = ISlideData.LINEAR_REGRESSION;
2 26 Feb 07 jari 868         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 869             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 870             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 871             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 872         }
2 26 Feb 07 jari 873     }
2 26 Feb 07 jari 874     
2 26 Feb 07 jari 875     /**
2 26 Feb 07 jari 876      * Applies ratio statistics normalization.
2 26 Feb 07 jari 877      */
2 26 Feb 07 jari 878     public void applyRatioStatistics(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 879         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 880         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 881         
2 26 Feb 07 jari 882         try{
2 26 Feb 07 jari 883             int confInt = Integer.parseInt((String)properties.get("confidence-interval"));
2 26 Feb 07 jari 884             
2 26 Feb 07 jari 885             cw = ((new RatioStats(cw, false, confInt, "Cy3")).getRatioStatsColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 886             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 887             normalizedState = ISlideData.LINEAR_REGRESSION;
2 26 Feb 07 jari 888         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 889             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 890             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 891             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 892         }
2 26 Feb 07 jari 893     }
2 26 Feb 07 jari 894     
2 26 Feb 07 jari 895     /**
2 26 Feb 07 jari 896      * Applies iterative log normalization.
2 26 Feb 07 jari 897      */
2 26 Feb 07 jari 898     public void applyIterativeLog(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 899         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 900         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 901         
2 26 Feb 07 jari 902         try{
2 26 Feb 07 jari 903             float sd = Float.parseFloat((String)properties.get("standard-deviation"));
2 26 Feb 07 jari 904             
2 26 Feb 07 jari 905             cw = ((new IterativeLogMean(cw, sd, "Cy3")).getIterLogMeanColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 906             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 907             normalizedState = ISlideData.ITERATIVE_LOG;
2 26 Feb 07 jari 908         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 909             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 910             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 911         }
2 26 Feb 07 jari 912     }
2 26 Feb 07 jari 913     
2 26 Feb 07 jari 914     /**
2 26 Feb 07 jari 915      * Creates a ColumnWorker object for normalization
2 26 Feb 07 jari 916      */
2 26 Feb 07 jari 917     private ColumnWorker constructColumnWorker(boolean [] goodValues){
2 26 Feb 07 jari 918         int n = this.getSize();
2 26 Feb 07 jari 919         int size = n;
2 26 Feb 07 jari 920         float CY3;
2 26 Feb 07 jari 921         float CY5;
2 26 Feb 07 jari 922         float [] cy3 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 923         float [] cy5 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 924         String [] metaCombo = new String[n];
2 26 Feb 07 jari 925         int metaRow, metaColumn;
2 26 Feb 07 jari 926         float [] goodCy3;
2 26 Feb 07 jari 927         float [] goodCy5;
2 26 Feb 07 jari 928         n = 0;
2 26 Feb 07 jari 929         for(int i = 0; i < size; i++){
2 26 Feb 07 jari 930             
2 26 Feb 07 jari 931             metaRow = this.getSlideDataElement(i).getRow(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 932             metaColumn = this.getSlideDataElement(i).getColumn(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 933             
2 26 Feb 07 jari 934             CY3 = trueCY3[i];
2 26 Feb 07 jari 935             CY5 = trueCY5[i];
2 26 Feb 07 jari 936             
2 26 Feb 07 jari 937             //if Stanford file is normalized then we need to generate cy3 and cy5
2 26 Feb 07 jari 938             if (this.dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY) {
2 26 Feb 07 jari 939                 CY3 = 100000;
2 26 Feb 07 jari 940                 CY5 = (float)(100000.0*Math.pow(2.0d, CY5));
2 26 Feb 07 jari 941                 // if CY5 overflows, then set to zero and force no evaluation
2 26 Feb 07 jari 942                 if(CY5 == Float.POSITIVE_INFINITY || CY5 == Float.NEGATIVE_INFINITY)
2 26 Feb 07 jari 943                     CY3 = CY5 = 0;
2 26 Feb 07 jari 944             }
2 26 Feb 07 jari 945             
2 26 Feb 07 jari 946             if(CY3 != 0 && CY5 != 0){
2 26 Feb 07 jari 947                 goodValues[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 948                 cy3[n] = CY3;
2 26 Feb 07 jari 949                 cy5[n] = CY5;
2 26 Feb 07 jari 950                 metaCombo[n] = Integer.toString(metaRow)+"_"+Integer.toString(metaColumn);
2 26 Feb 07 jari 951                 n++;
2 26 Feb 07 jari 952             }
2 26 Feb 07 jari 953         }
2 26 Feb 07 jari 954         goodCy3 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 955         goodCy5 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 956         System.arraycopy(cy3, 0, goodCy3, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 957         System.arraycopy(cy5, 0, goodCy5, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 958         System.arraycopy(metaCombo, 0, metaCombo, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 959         
2 26 Feb 07 jari 960         //ColumnWorker cw = new ColumnWorker(goodCy3.length);
2 26 Feb 07 jari 961         //cw.setColOneArray(goodCy3);
2 26 Feb 07 jari 962         //cw.setColTwoArray(goodCy5);
2 26 Feb 07 jari 963         return new ColumnWorker(goodCy3, goodCy5, metaCombo);
2 26 Feb 07 jari 964     }
2 26 Feb 07 jari 965     
2 26 Feb 07 jari 966     /**
2 26 Feb 07 jari 967      *  Extracts data from a ColumnWorker into ISlideData current (normalized) intensities
2 26 Feb 07 jari 968      */
2 26 Feb 07 jari 969     private void setNormalizedIntensities(ColumnWorker cw, boolean [] goodIntensity){
2 26 Feb 07 jari 970         float [] cy3 = cw.getColumnOneArray();
2 26 Feb 07 jari 971         float [] cy5 = cw.getColumnTwoArray();
2 26 Feb 07 jari 972         int goodIndex= 0;
2 26 Feb 07 jari 973         for(int i = 0 ; i < goodIntensity.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 974             if(goodIntensity[i]){
2 26 Feb 07 jari 975                 if(this.dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY) {
2 26 Feb 07 jari 976                     currentCY3[i] = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 977                     currentCY5[i] = (float)(Math.log(cy5[goodIndex]/cy3[goodIndex])/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 978                 } else {
2 26 Feb 07 jari 979                     currentCY3[i] = (float)cy3[goodIndex];
2 26 Feb 07 jari 980                     currentCY5[i] = (float)cy5[goodIndex];
2 26 Feb 07 jari 981                 }
2 26 Feb 07 jari 982                 goodIndex++;
2 26 Feb 07 jari 983             }
2 26 Feb 07 jari 984             else{
2 26 Feb 07 jari 985                 currentCY3[i] = trueCY3[i];
2 26 Feb 07 jari 986                 currentCY5[i] = trueCY5[i];
2 26 Feb 07 jari 987             }
2 26 Feb 07 jari 988         }
2 26 Feb 07 jari 989     }
2 26 Feb 07 jari 990     
2 26 Feb 07 jari 991     /**********************************************************************
2 26 Feb 07 jari 992      * End supported and used normalization code
2 26 Feb 07 jari 993      */
2 26 Feb 07 jari 994     
2 26 Feb 07 jari 995     
2 26 Feb 07 jari 996     
2 26 Feb 07 jari 997     /**
2 26 Feb 07 jari 998      * Applies total intensity normalization.
2 26 Feb 07 jari 999      */
2 26 Feb 07 jari 1000     private final float applyTotalIntensity(float value, float totalCy3, float totalCy5) {
2 26 Feb 07 jari 1001         if (value > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1002             return value*totalCy3/totalCy5;
2 26 Feb 07 jari 1003         } else {
2 26 Feb 07 jari 1004             return 0f;
2 26 Feb 07 jari 1005         }
2 26 Feb 07 jari 1006     }
2 26 Feb 07 jari 1007     
2 26 Feb 07 jari 1008     /**
2 26 Feb 07 jari 1009      * Returns intensities sum of specified type.
2 26 Feb 07 jari 1010      */
2 26 Feb 07 jari 1011     private float getSumIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 1012         float totalIntensity = 0f;
2 26 Feb 07 jari 1013         float[] intensities = getIntensities(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 1014         for (int i = 0; i < intensities.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1015             totalIntensity += intensities[i];
2 26 Feb 07 jari 1016         }
2 26 Feb 07 jari 1017         return totalIntensity;
2 26 Feb 07 jari 1018     }
2 26 Feb 07 jari 1019     
2 26 Feb 07 jari 1020     /**
2 26 Feb 07 jari 1021      * Returns non-zero intensities sum of specified type.
2 26 Feb 07 jari 1022      */
2 26 Feb 07 jari 1023     private float getSumNonZeroIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 1024         float totalIntensity = 0;
2 26 Feb 07 jari 1025         float[] intensities = getIntensities(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 1026         for (int i = 0; i < intensities.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1027             if (slideMetaData.hasNoZeros(i))
2 26 Feb 07 jari 1028                 totalIntensity += intensities[i];
2 26 Feb 07 jari 1029         }
2 26 Feb 07 jari 1030         return totalIntensity;
2 26 Feb 07 jari 1031     }
2 26 Feb 07 jari 1032     
2 26 Feb 07 jari 1033     /**
2 26 Feb 07 jari 1034      * Applies least squares normalization.
2 26 Feb 07 jari 1035      */
2 26 Feb 07 jari 1036     private void applyLeastSquares() {
2 26 Feb 07 jari 1037         if (getNormalizedState() != SlideData.LEAST_SQUARES) {
2 26 Feb 07 jari 1038             LinearEquation linearEquation = getRegressionEquation(true);
2 26 Feb 07 jari 1039             final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 1040             for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1041                 currentCY5[i] = applyLeastSquares(trueCY5[i], linearEquation);
2 26 Feb 07 jari 1042             }
2 26 Feb 07 jari 1043         }
2 26 Feb 07 jari 1044     }
2 26 Feb 07 jari 1045     
2 26 Feb 07 jari 1046     /**
2 26 Feb 07 jari 1047      * Applies least squares normalization.
2 26 Feb 07 jari 1048      */
2 26 Feb 07 jari 1049     private float applyLeastSquares(float value, LinearEquation linearEquation) {
2 26 Feb 07 jari 1050         if (value > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1051             return(float)((value-linearEquation.getYIntercept())*(1/linearEquation.getSlope()));
2 26 Feb 07 jari 1052         } else {
2 26 Feb 07 jari 1053             return 0f;
2 26 Feb 07 jari 1054         }
2 26 Feb 07 jari 1055     }
2 26 Feb 07 jari 1056     
2 26 Feb 07 jari 1057     /**
2 26 Feb 07 jari 1058      * Calculates a linear equation.
2 26 Feb 07 jari 1059      */
2 26 Feb 07 jari 1060     private LinearEquation getRegressionEquation(boolean useTrueValues) {
2 26 Feb 07 jari 1061         LinearEquation linearEquation;
2 26 Feb 07 jari 1062         double x = 0, y = 0;
2 26 Feb 07 jari 1063         double sum = 0, sumX = 0, sumY = 0;
2 26 Feb 07 jari 1064         double sumX2 = 0, sumY2 = 0, sumXY = 0;
2 26 Feb 07 jari 1065         double weight = 1; //Change when set dynamically
2 26 Feb 07 jari 1066         double delta = 0, a = 0, b = 0;
2 26 Feb 07 jari 1067         double variance = 1; //Length of potence
2 26 Feb 07 jari 1068         double regressionCoefficient = 0;
2 26 Feb 07 jari 1069         double sigmaA = 0, sigmaB = 0;
2 26 Feb 07 jari 1070         float[] cy3 = useTrueValues ? trueCY3 : currentCY3;
2 26 Feb 07 jari 1071         float[] cy5 = useTrueValues ? trueCY5 : currentCY5;
2 26 Feb 07 jari 1072         final int size = getSize();
2 26 Feb 07 jari 1073         for (int i = 0; i < size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1074             x = (double) cy3[i];
2 26 Feb 07 jari 1075             y = (double) cy5[i];
2 26 Feb 07 jari 1076             if (x != 0 && y != 0) {
2 26 Feb 07 jari 1077                 sum += weight;
2 26 Feb 07 jari 1078                 sumX += (weight * x);
2 26 Feb 07 jari 1079                 sumY += (weight * y);
2 26 Feb 07 jari 1080                 sumX2 += (weight * x * x);
2 26 Feb 07 jari 1081                 sumY2 += (weight * y * y);
2 26 Feb 07 jari 1082                 sumXY += (weight * x * y);
2 26 Feb 07 jari 1083             }
2 26 Feb 07 jari 1084         }
2 26 Feb 07 jari 1085         
2 26 Feb 07 jari 1086         delta = (sum * sumX2) - (sumX * sumX);
2 26 Feb 07 jari 1087         a = ((sumX2 * sumY) - (sumX * sumXY)) / delta;
2 26 Feb 07 jari 1088         b = ((sumXY * sum) - (sumX * sumY)) / delta;
2 26 Feb 07 jari 1089         sigmaA = Math.sqrt(variance * sumX2 / delta);
2 26 Feb 07 jari 1090         sigmaB = Math.sqrt(variance * sum / delta);
2 26 Feb 07 jari 1091         regressionCoefficient = ((sum * sumXY - sumX * sumY) / Math.sqrt(delta * (sum * sumY2) - (sumY * sumY)));
2 26 Feb 07 jari 1092         
2 26 Feb 07 jari 1093         linearEquation = new LinearEquation(b, a, regressionCoefficient);
2 26 Feb 07 jari 1094         return linearEquation;
2 26 Feb 07 jari 1095     }
2 26 Feb 07 jari 1096     
2 26 Feb 07 jari 1097     
2 26 Feb 07 jari 1098     
2 26 Feb 07 jari 1099     private void applyLowess(int bins) {
2 26 Feb 07 jari 1100         throwNotImplemented("applyLowess");
2 26 Feb 07 jari 1101     }
2 26 Feb 07 jari 1102     
2 26 Feb 07 jari 1103     private void throwNotImplemented(String methodName) {
2 26 Feb 07 jari 1104         throw new RuntimeException("Method '"+methodName+"' is not supported");
2 26 Feb 07 jari 1105     }
2 26 Feb 07 jari 1106     
2 26 Feb 07 jari 1107     /**
2 26 Feb 07 jari 1108      * Returns the slide name keys.
2 26 Feb 07 jari 1109      */
2 26 Feb 07 jari 1110     public Vector getSlideDataKeys() {
2 26 Feb 07 jari 1111         return this.sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 1112     }
2 26 Feb 07 jari 1113     
2 26 Feb 07 jari 1114     /**
2 26 Feb 07 jari 1115      * Returns the slide name keys and pairs
2 26 Feb 07 jari 1116      */
2 26 Feb 07 jari 1117     public Hashtable getSlideDataLabels() {
2 26 Feb 07 jari 1118         return this.sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 1119     }
2 26 Feb 07 jari 1120     
2 26 Feb 07 jari 1121     /** Sets the current label index.
2 26 Feb 07 jari 1122      */
2 26 Feb 07 jari 1123     public void setDataLabelKey(String key) {
2 26 Feb 07 jari 1124         this.sampleLabelKey = key;
2 26 Feb 07 jari 1125     }
2 26 Feb 07 jari 1126     public String getSampleLabelKey() {
2 26 Feb 07 jari 1127       return sampleLabelKey;
2 26 Feb 07 jari 1128     }
2 26 Feb 07 jari 1129     
2 26 Feb 07 jari 1130     /** Adds a new key and label value
2 26 Feb 07 jari 1131      */
2 26 Feb 07 jari 1132     public void addNewSampleLabel(String label, String value) {        
2 26 Feb 07 jari 1133        if(!sampleLabelKeys.contains(label))
2 26 Feb 07 jari 1134             this.sampleLabelKeys.addElement(label);
2 26 Feb 07 jari 1135         this.sampleLabels.put(label, value);
2 26 Feb 07 jari 1136     }
2 26 Feb 07 jari 1137     /**
2 26 Feb 07 jari 1138      * CGH IFeatureData implemetations
2 26 Feb 07 jari 1139      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 1140      */
2 26 Feb 07 jari 1141
2 26 Feb 07 jari 1142     /**
2 26 Feb 07 jari 1143      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1144      * Setter for property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1145      * @param flankingRegions New value of property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1146      */
2 26 Feb 07 jari 1147     public void setFlankingRegions(java.util.Vector[] flankingRegions) {
2 26 Feb 07 jari 1148         this.flankingRegions = flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1149     }
2 26 Feb 07 jari 1150
2 26 Feb 07 jari 1151     /**
2 26 Feb 07 jari 1152      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1153      */
2 26 Feb 07 jari 1154     public int getNumFlankingRegions(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 1155         return flankingRegions[chromosomeIndex].size();
2 26 Feb 07 jari 1156     }
2 26 Feb 07 jari 1157
2 26 Feb 07 jari 1158     /**
2 26 Feb 07 jari 1159      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1160      * Getter for property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1161      * @return Value of property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1162      */
2 26 Feb 07 jari 1163     public java.util.Vector[] getFlankingRegions() {
2 26 Feb 07 jari 1164         return this.flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1165     }
2 26 Feb 07 jari 1166
2 26 Feb 07 jari 1167     /**
2 26 Feb 07 jari 1168      *
2 26 Feb 07 jari 1169      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1170      * Remember to fix this later
2 26 Feb 07 jari 1171      */
2 26 Feb 07 jari 1172     public boolean isMissingData(int cloneIndex){
2 26 Feb 07 jari 1173       if(Float.isNaN(getCY3(cloneIndex)) || Float.isNaN(getCY5(cloneIndex)))
2 26 Feb 07 jari 1174           return true;
2 26 Feb 07 jari 1175         return false;
2 26 Feb 07 jari 1176       /* Get Back to this Later
2 26 Feb 07 jari 1177         Iterator it = cy3Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 1178         boolean cy3Missing = true;
2 26 Feb 07 jari 1179         boolean cy5Missing = true;
2 26 Feb 07 jari 1180         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 1181             CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)it.next();
2 26 Feb 07 jari 1182             if(! Float.isNaN(slideData.getRatio(cloneIndex))){
2 26 Feb 07 jari 1183                 cy3Missing = false;
2 26 Feb 07 jari 1184             }
2 26 Feb 07 jari 1185         }
2 26 Feb 07 jari 1186         if(cy3Missing){
2 26 Feb 07 jari 1187             return true;
2 26 Feb 07 jari 1188         }
2 26 Feb 07 jari 1189
2 26 Feb 07 jari 1190         it = cy5Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 1191         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 1192             CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)it.next();
2 26 Feb 07 jari 1193             if(! Float.isNaN(slideData.getRatio(cloneIndex))){
2 26 Feb 07 jari 1194                 cy5Missing = false;
2 26 Feb 07 jari 1195             }
2 26 Feb 07 jari 1196         }
2 26 Feb 07 jari 1197         if(cy5Missing){
2 26 Feb 07 jari 1198             return true;
2 26 Feb 07 jari 1199         }
2 26 Feb 07 jari 1200         */
2 26 Feb 07 jari 1201     }
2 26 Feb 07 jari 1202     
2 26 Feb 07 jari 1203     
2 26 Feb 07 jari 1204  /**
2 26 Feb 07 jari 1205   *  (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1206   * @see org.tigr.microarray.mev.ISlideData#loadIntensities(java.io.DataInputStream)
2 26 Feb 07 jari 1207   * @deprecated 
2 26 Feb 07 jari 1208   */
2 26 Feb 07 jari 1209     public void loadIntensities(DataInputStream dis) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1210       currentCY3 = new float[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1211       for(int i=0; i<currentCY3.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1212         currentCY3[i] = dis.readFloat();
2 26 Feb 07 jari 1213       }
2 26 Feb 07 jari 1214       currentCY5 = new float[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1215       for(int i=0; i<currentCY5.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1216         currentCY5[i] = dis.readFloat();
2 26 Feb 07 jari 1217       }
2 26 Feb 07 jari 1218       trueCY3 = new float[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1219       for(int i=0; i<trueCY3.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1220         trueCY3[i] = dis.readFloat();
2 26 Feb 07 jari 1221       }
2 26 Feb 07 jari 1222       trueCY5 = new float[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1223       for(int i=0; i<trueCY5.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1224         trueCY5[i] = dis.readFloat();
2 26 Feb 07 jari 1225       }
2 26 Feb 07 jari 1226       detection = new char[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1227       for(int i=0; i<detection.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1228         detection[i] = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1229       }
2 26 Feb 07 jari 1230     }
2 26 Feb 07 jari 1231     /**
2 26 Feb 07 jari 1232      * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 1233      */
2 26 Feb 07 jari 1234     public void writeIntensities(DataOutputStream dos) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1235       if(currentCY3 != null){
2 26 Feb 07 jari 1236         dos.writeInt(currentCY3.length);
2 26 Feb 07 jari 1237         for(int i=0; i<currentCY3.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1238           dos.writeFloat(currentCY3[i]);
2 26 Feb 07 jari 1239         }
2 26 Feb 07 jari 1240       } else 
2 26 Feb 07 jari 1241         dos.writeInt(0);
2 26 Feb 07 jari 1242
2 26 Feb 07 jari 1243       if(currentCY5 != null){
2 26 Feb 07 jari 1244         dos.writeInt(currentCY5.length);
2 26 Feb 07 jari 1245         for(int i=0; i<currentCY5.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1246           dos.writeFloat(currentCY5[i]);
2 26 Feb 07 jari 1247         }
2 26 Feb 07 jari 1248       } else
2 26 Feb 07 jari 1249         dos.writeInt(0);
2 26 Feb 07 jari 1250
2 26 Feb 07 jari 1251       dos.writeInt(trueCY3.length);
2 26 Feb 07 jari 1252       for(int i=0; i<trueCY3.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1253         dos.writeFloat(trueCY3[i]);
2 26 Feb 07 jari 1254       }
2 26 Feb 07 jari 1255       
2 26 Feb 07 jari 1256       dos.writeInt(trueCY5.length);
2 26 Feb 07 jari 1257       for(int i=0; i<trueCY5.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1258         dos.writeFloat(trueCY5[i]);
2 26 Feb 07 jari 1259       }
2 26 Feb 07 jari 1260       
2 26 Feb 07 jari 1261       dos.writeInt(detection.length);
2 26 Feb 07 jari 1262       for(int i=0; i<detection.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1263         dos.writeChar(detection[i]);
2 26 Feb 07 jari 1264       }
2 26 Feb 07 jari 1265     }
2 26 Feb 07 jari 1266 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)