mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/ISlideDataElement.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ISlideDataElement.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:49:44 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 public interface ISlideDataElement {
2 26 Feb 07 jari 15     //Coordinate types
2 26 Feb 07 jari 16     public final static int BASE_ONLY = 0;
2 26 Feb 07 jari 17     public final static int META_SUB = 1;
2 26 Feb 07 jari 18     //Coordinate modifiers
2 26 Feb 07 jari 19     public final static int BASE = 0;
2 26 Feb 07 jari 20     public final static int META = 1;
2 26 Feb 07 jari 21     public final static int SUB = 2;
2 26 Feb 07 jari 22     //Intensity types
2 26 Feb 07 jari 23     public final static int CY3 = 0;
2 26 Feb 07 jari 24     public final static int CY5 = 1;
2 26 Feb 07 jari 25     
2 26 Feb 07 jari 26     /**
2 26 Feb 07 jari 27      * Returns clone of this element.
2 26 Feb 07 jari 28      */
2 26 Feb 07 jari 29     public ISlideDataElement copy();
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Returns a ratio value for specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 33      */
2 26 Feb 07 jari 34     public float getRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState);
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     /**
2 26 Feb 07 jari 37      * Returns an intensity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public float getIntensity(int intensityType);
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * Sets an intensity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public void setIntensity(int intensityType, float value);
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * Sets true intensity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 48      */
2 26 Feb 07 jari 49     public void setTrueIntensity(int intensityType, float value);
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51     /**
2 26 Feb 07 jari 52      * Returns an array of intensities.
2 26 Feb 07 jari 53      */
2 26 Feb 07 jari 54     public float[] getCurrentIntensity();
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Returns true intensity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     public float getTrueIntensity(int intensityType);
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Returns an array of true intensities.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     public float[] getTrueIntensity();
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /**
2 26 Feb 07 jari 67      * Sets the extra fields (annotation), appends if fields exist
2 26 Feb 07 jari 68      */
2 26 Feb 07 jari 69     public void setExtraFields(String [] values);
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Sets the UID field
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     public void setUID(String uid);
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Returns the UID field
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     public String getUID();
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /**
2 26 Feb 07 jari 82      * Returns a spot meta column.
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     public int getColumn(int columnType);
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     /**
2 26 Feb 07 jari 87      * Sets a spot meta column.
2 26 Feb 07 jari 88      */
2 26 Feb 07 jari 89     public void setColumn(int columnType, int value);
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Returns a spot meta row.
2 26 Feb 07 jari 93      */
2 26 Feb 07 jari 94     public int getRow(int rowType);
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Sets a spot meta row.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     public void setRow(int rowType, int value);
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * Returns a spot location.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     public int getLocation(int positionType, int columns);
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * Returns an array of spot meta columns.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     public int[] getColumns();
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      * Returns an array of spot meta rows.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     public int[] getRows();
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * Returns a description by specified index.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     public String getFieldAt(int index);
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     /**
2 26 Feb 07 jari 122      * Returns string array of a spot meta data.
2 26 Feb 07 jari 123      */
2 26 Feb 07 jari 124     public String[] getExtraFields();
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     /**
2 26 Feb 07 jari 127      * Sets a spot non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 128      */
2 26 Feb 07 jari 129     public void setNonZero(boolean state);
2 26 Feb 07 jari 130     
2 26 Feb 07 jari 131     /**
2 26 Feb 07 jari 132      * Returns a spot non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 133      */
2 26 Feb 07 jari 134     public boolean hasNoZeros();
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     //pcahan
2 26 Feb 07 jari 137     public void setDetection(String detection);
2 26 Feb 07 jari 138     
2 26 Feb 07 jari 139     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 140     public String getDetection();
2 26 Feb 07 jari 141     public boolean isNonZero();
2 26 Feb 07 jari 142     public boolean getIsNull();
2 26 Feb 07 jari 143  //wwang
2 26 Feb 07 jari 144     public void setPvalue(float value);
2 26 Feb 07 jari 145     public void setGenePixFlags(int value);
2 26 Feb 07 jari 146     public float getPvalue();
2 26 Feb 07 jari 147     public int getGenePixFlags();
2 26 Feb 07 jari 148 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)