mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/ISlideMetaData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).  
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ISlideMetaData.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:56 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.io.DataInputStream;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.io.DataOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.util.swing.ProgressBar;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 public interface ISlideMetaData {
2 26 Feb 07 jari 24     /**
2 26 Feb 07 jari 25      * Returns size of a microarray.
2 26 Feb 07 jari 26      */
2 26 Feb 07 jari 27     public int getSize();
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     /**
2 26 Feb 07 jari 30      * Returns a spot base column.
2 26 Feb 07 jari 31      */
2 26 Feb 07 jari 32     public int getColumn(int index);
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     /**
2 26 Feb 07 jari 35      * Returns a spot base row.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public int getRow(int index);
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39     /**
2 26 Feb 07 jari 40      * Returns number of a microarray columns.
2 26 Feb 07 jari 41      */
2 26 Feb 07 jari 42     public int getColumns();
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * Returns number of a microarray rows.
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public int getRows();
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     /**
2 26 Feb 07 jari 50      * Returns description of a specified microarray spot.
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public String getValueAt(int index, int valueType);
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54     /**
2 26 Feb 07 jari 55      * Returns true if a specified spot has no zero values.
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public boolean hasNoZeros(int index);
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59     /**
2 26 Feb 07 jari 60      * Sets a microarray non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     public void setNonZero(boolean state);
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Returns reference to an element with specified index.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public ISlideDataElement toSlideDataElement(int index);
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     /**
2 26 Feb 07 jari 70      * Returns a list of field names for the gene annotation 
2 26 Feb 07 jari 71      * associated with this set of microarrays.
2 26 Feb 07 jari 72      * @return
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     public String[] getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     public void clearFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     public void appendFieldNames(String[] fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 79     //public void writeAnnotation(DataOutputStream dos, JFrame progressBar) throws IOException; 
2 26 Feb 07 jari 80     //public void loadAnnotation(DataInputStream dis, JFrame progressBar) throws IOException; 
2 26 Feb 07 jari 81     public void setFieldNames(String[] fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)