mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/InfoDisplay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: InfoDisplay.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.12 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:49:44 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.ImageIcon;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JEditorPane;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.ScrollPaneConstants;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.util.Xcon;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.util.awt.ActionInfoDialog;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.util.awt.GBA;
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43 public class InfoDisplay extends ActionInfoDialog {
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     private int feature;
2 26 Feb 07 jari 46     private int probe;
2 26 Feb 07 jari 47     private MultipleArrayData data;
2 26 Feb 07 jari 48     private ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 49     private ISlideDataElement element;
2 26 Feb 07 jari 50     private int dataType;
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private int LINEAR = 0; // to return just ratio
2 26 Feb 07 jari 53     private int LOG = 1;   //for log2(ratio)
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     // from single array wiewer
2 26 Feb 07 jari 56     public InfoDisplay(JFrame parent, ISlideData slideData, ISlideDataElement element, int probe) {
2 26 Feb 07 jari 57         super(parent, false);
2 26 Feb 07 jari 58         this.probe = probe;
2 26 Feb 07 jari 59         dataType = slideData.getDataType();
2 26 Feb 07 jari 60         init(slideData, element);
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     // from multiple array wiewer
2 26 Feb 07 jari 64     public InfoDisplay(JFrame parent, MultipleArrayData data, int feature, int probe) {
2 26 Feb 07 jari 65         super(parent, false);
2 26 Feb 07 jari 66         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 67         this.feature = feature;
2 26 Feb 07 jari 68         this.probe = probe;
2 26 Feb 07 jari 69         this.dataType = data.getDataType();
2 26 Feb 07 jari 70         init(data.getFeature(feature), data.getSlideDataElement(feature, probe));
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private void init(ISlideData slideData, ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 74         this.slideData = slideData;
2 26 Feb 07 jari 75         this.element = element;
2 26 Feb 07 jari 76         
2 26 Feb 07 jari 77         Font infoDisplayFont = new Font("Arial", Font.PLAIN, 10); //new Font("monospaced", Font.PLAIN, 10);
2 26 Feb 07 jari 78         JLabel spotImage = new JLabel(new ImageIcon(org.tigr.microarray.mev.InfoDisplay.class.getResource("/org/tigr/images/spot.gif")));
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80         EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 81         
2 26 Feb 07 jari 82         JEditorPane infoDisplayTextPane = new JEditorPane();
2 26 Feb 07 jari 83         infoDisplayTextPane.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 84         
2 26 Feb 07 jari 85         infoDisplayTextPane.setFont(infoDisplayFont);
2 26 Feb 07 jari 86         infoDisplayTextPane.setBackground(new Color(Integer.parseInt("FFFFCC",16)));
2 26 Feb 07 jari 87         infoDisplayTextPane.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 88         infoDisplayTextPane.setMargin(new Insets(10,15,10,10));
2 26 Feb 07 jari 89         infoDisplayTextPane.setText(createMessage(element));
2 26 Feb 07 jari 90         infoDisplayTextPane.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         infoDisplayTextPane.addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         JButton viewGeneGraphButton = new JButton("Gene Graph");
2 26 Feb 07 jari 95         viewGeneGraphButton.setActionCommand("view-gene-graph");
2 26 Feb 07 jari 96         viewGeneGraphButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 97         viewGeneGraphButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 98         if (data != null)
2 26 Feb 07 jari 99             viewGeneGraphButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 100         
2 26 Feb 07 jari 101         JButton viewExperimentButton = new JButton("Sample Detail");
2 26 Feb 07 jari 102         //viewExperimentButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 103         //viewExperimentButton.setToolTipText("Temporarily Disabled -- visit www.tigr.org/software/TM4 for update.");
2 26 Feb 07 jari 104         viewExperimentButton.setActionCommand("view-experiment");
2 26 Feb 07 jari 105         viewExperimentButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 106         /**
2 26 Feb 07 jari 107          * Raktim, Temporary Fix for CGH Data
2 26 Feb 07 jari 108          * All graph views from this option deals with log10 or log transformed data.
2 26 Feb 07 jari 109          * Need to figure out how to handle the scenario with CGH data
2 26 Feb 07 jari 110          */
2 26 Feb 07 jari 111         if(data.isCGHData()) viewExperimentButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         JButton setColorButton = new JButton("Set Gene Color");
2 26 Feb 07 jari 114         setColorButton.setActionCommand("set-color");
2 26 Feb 07 jari 115         setColorButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 116         setColorButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 117         
2 26 Feb 07 jari 118         JButton closeButton = new JButton("Close Spot Information");
2 26 Feb 07 jari 119         closeButton.setActionCommand("close");
2 26 Feb 07 jari 120         closeButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         contentPane.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 123         JScrollPane scrollPane = new JScrollPane(infoDisplayTextPane, ScrollPaneConstants.VERTICAL_SCROLLBAR_AS_NEEDED, ScrollPaneConstants.HORIZONTAL_SCROLLBAR_AS_NEEDED);
2 26 Feb 07 jari 124         scrollPane.getViewport().setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 125         GBA gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 126         gba.add(contentPane, scrollPane, 0, 0, 3, 2, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 127         gba.add(contentPane, viewGeneGraphButton, 0, 2, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.W, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 128         gba.add(contentPane, viewExperimentButton, 1, 2, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 129         gba.add(contentPane, setColorButton, 2, 2, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.E, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 130         gba.add(contentPane, closeButton, 0, 3, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 131         gba.add(contentPane, spotImage, 2, 3, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.E, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 132         pack();
2 26 Feb 07 jari 133         setSize(600, 500);
2 26 Feb 07 jari 134         setResizable(true);
2 26 Feb 07 jari 135         setTitle("Spot Information");
2 26 Feb 07 jari 136         setLocation(300, 100);
2 26 Feb 07 jari 137         show();
2 26 Feb 07 jari 138     }
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     /*
2 26 Feb 07 jari 141     private String createMessage(ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 142         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 143         int trueRow = element.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 144         int trueColumn = element.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 145         float cy3 = this.slideData.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 146         float cy5 = this.slideData.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 147         
2 26 Feb 07 jari 148         //  float cy3 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 149         //  float cy5 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 150         //    float ratio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 151         //    float logRatio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LOG);
2 26 Feb 07 jari 152         float ratio = cy5/cy3;
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         float logRatio;
2 26 Feb 07 jari 155         
2 26 Feb 07 jari 156         if(cy3 < 0 || cy5 < 0) //for data input where neg. is posible.
2 26 Feb 07 jari 157             logRatio = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 158         else
2 26 Feb 07 jari 159             logRatio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 160
2 26 Feb 07 jari 161         String message = "<html><body bgcolor = \"#FFFFCC\"><basefont face = \"Arial\"><table cellpadding=4 valign=top><th colspan=2>Location and Intensities</th>";
2 26 Feb 07 jari 162         
2 26 Feb 07 jari 163         if(dataType == this.data.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY){
2 26 Feb 07 jari 164             message += "<tr><td>Row</td><td>" + trueRow + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 165             "<tr><td>Column</td><td>" + trueColumn + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 166             message += "<tr><td>Cy3</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 167             "<tr><td>Cy5</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 168             message += "<tr><td>Ratio</td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 169             "<tr><td>log2(Ratio)</td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 170         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 171             message += "<tr><td>File Index</td><td>+" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 172             message += "<tr><td>Affy Loading Mode</td><td>Absolute</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 173             message += "<tr><td>Intensity</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 174         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_REF){
2 26 Feb 07 jari 175             message += "<tr><td>File Index</td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 176             message += "<tr><td>Affy Loading Mode</td><td>Reference</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 177             message += "<tr><td>Sample Intensity</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 178             message += "<tr><td>Ref. Intensity</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 179             message += "<tr><td>Ratio (Sample/Ref.)</td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 180             "<tr><td>log2(Ratio)</td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 181         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_MEAN){
2 26 Feb 07 jari 182             message += "<tr><td>File Index</td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 183             message += "<tr><td>Affy Loading Mode</td><td>Array Set Mean Int. as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 184             message += "<tr><td>Sample Intensity</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 185             message += "<tr><td>Array Set Mean Int.</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 186             message += "<tr><td>Ratio (Sample/Mean)</td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 187             "<tr><td>log2(Ratio)</td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 188         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_MEDIAN){
2 26 Feb 07 jari 189             message += "<tr><td>File Index</td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 190             message += "<tr><td>Affy Loading Mode</td><td>Spot Median as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 191             message += "<tr><td>Sample Intensity</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 192             message += "<tr><td>Spot Median Intensity</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 193             message += "<tr><td>Ratio (Sample/Median)</td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 194             "<tr><td>log2(Ratio)</td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 195         } else { //ratio only, like stanford
2 26 Feb 07 jari 196             logRatio = cy5;
2 26 Feb 07 jari 197             message += "<tr><td>File Index</td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 198             message += "<tr><td>Value</td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 199         }
2 26 Feb 07 jari 200        // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 201
2 26 Feb 07 jari 202         //experiment annotation
2 26 Feb 07 jari 203         Vector keys = slideData.getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 204         Hashtable expLabels =  slideData.getSlideDataLabels();
2 26 Feb 07 jari 205         message += "<th colspan=2>Experiment Annotation</th/>";
2 26 Feb 07 jari 206         String key, value;
2 26 Feb 07 jari 207         for(int i = 0; i < keys.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 208             key = (String)(keys.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 209             value = (String)(expLabels.get(key));
2 26 Feb 07 jari 210             if(value == null)
2 26 Feb 07 jari 211                 value = "";
2 26 Feb 07 jari 212             message += "<tr valign=top><td>" + key + "</td><td>" + value + "</td></tr>";         
2 26 Feb 07 jari 213         }
2 26 Feb 07 jari 214       //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 215         
2 26 Feb 07 jari 216         //gene annotation
2 26 Feb 07 jari 217         String[] fieldNames = TMEV.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 218         if(fieldNames != null && fieldNames.length > 0){
2 26 Feb 07 jari 219             message += "<th>Gene Annotation</th>";
2 26 Feb 07 jari 220             for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 221                 message += "<tr valign=top><td>" + fieldNames[i] + "</td><td>" + element.getFieldAt(i) + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 222             }
2 26 Feb 07 jari 223           //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 224         }
2 26 Feb 07 jari 225         
2 26 Feb 07 jari 226         //spot specific information
2 26 Feb 07 jari 227         SpotInformationData spotData = this.slideData.getSpotInformationData();
2 26 Feb 07 jari 228         if(spotData != null){
2 26 Feb 07 jari 229             String [] spotInfoLabels = spotData.getSpotInformationHeader();
2 26 Feb 07 jari 230             String [] info = spotData.getSpotInformationArray(probe);
2 26 Feb 07 jari 231             message += "<th colspan=2>Spot Information</th>";
2 26 Feb 07 jari 232             for (int i = 0; i < spotInfoLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 233                 message += "<tr valign=top><td>" + spotInfoLabels[i] + "</td><td>" + info[i] + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 234             }
2 26 Feb 07 jari 235            // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 236         }
2 26 Feb 07 jari 237         message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 238         message += "</basefont></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 239         return message;
2 26 Feb 07 jari 240     }
2 26 Feb 07 jari 241     */
2 26 Feb 07 jari 242     
2 26 Feb 07 jari 243     /* with italics 
2 26 Feb 07 jari 244     private String createMessage(ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 245         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 246         int trueRow = element.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 247         int trueColumn = element.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 248         float cy3 = this.slideData.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 249         float cy5 = this.slideData.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         //  float cy3 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 252         //  float cy5 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 253         //    float ratio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 254         //    float logRatio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LOG);
2 26 Feb 07 jari 255         float ratio = cy5/cy3;
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         float logRatio;
2 26 Feb 07 jari 258         
2 26 Feb 07 jari 259         if(cy3 < 0 || cy5 < 0) //for data input where neg. is posible.
2 26 Feb 07 jari 260             logRatio = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 261         else
2 26 Feb 07 jari 262             logRatio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 263
2 26 Feb 07 jari 264         String message = "<html><body bgcolor = \"#FFFFCC\"><basefont face = \"Arial\"><table cellpadding=4 valign=top><th colspan=2 halign=left>Location and Intensities</th>";
2 26 Feb 07 jari 265         
2 26 Feb 07 jari 266         if(dataType == this.data.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY){
2 26 Feb 07 jari 267             message += "<tr><td><i>Row</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 268             "<tr><td><i>Column</i></td><td>" + trueColumn + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 269             message += "<tr><td>Cy3</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 270             "<tr><td><i>Cy5</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 271             message += "<tr><td><i>Ratio</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 272             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 273         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 274             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>+" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 275             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Absolute</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 276             message += "<tr><td><i>Intensity<i>/</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 277         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_REF){
2 26 Feb 07 jari 278             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 279             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Reference</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 280             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 281             message += "<tr><td><i>Ref. Intensity</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 282             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Ref.)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 283             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 284         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_MEAN){
2 26 Feb 07 jari 285             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 286             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Array Set Mean Int. as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 287             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 288             message += "<tr><td><i>Array Set Mean Int.</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 289             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Mean)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 290             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 291         } else if(dataType == this.data.DATA_TYPE_AFFY_MEDIAN){
2 26 Feb 07 jari 292             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 293             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Spot Median as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 294             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 295             message += "<tr><td><i>Spot Median Intensity</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 296             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Median)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 297             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 298         } else { //ratio only, like stanford
2 26 Feb 07 jari 299             logRatio = cy5;
2 26 Feb 07 jari 300             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 301             message += "<tr><td><i>Value</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 302         }
2 26 Feb 07 jari 303        // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 304
2 26 Feb 07 jari 305         //experiment annotation
2 26 Feb 07 jari 306         Vector keys = slideData.getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 307         Hashtable expLabels =  slideData.getSlideDataLabels();
2 26 Feb 07 jari 308         message += "<th colspan=2 halign=left>Experiment Annotation</th/>";
2 26 Feb 07 jari 309         String key, value;
2 26 Feb 07 jari 310         for(int i = 0; i < keys.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 311             key = (String)(keys.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 312             value = (String)(expLabels.get(key));
2 26 Feb 07 jari 313             if(value == null)
2 26 Feb 07 jari 314                 value = "";
2 26 Feb 07 jari 315             message += "<tr valign=top><td><i>" + key + "</i></td><td>" + value + "</td></tr>";         
2 26 Feb 07 jari 316         }
2 26 Feb 07 jari 317       //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         //gene annotation
2 26 Feb 07 jari 320         String[] fieldNames = TMEV.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 321         if(fieldNames != null && fieldNames.length > 0){
2 26 Feb 07 jari 322             message += "<th colspan=2 halign=left>Gene Annotation</th>";
2 26 Feb 07 jari 323             for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 324                 message += "<tr valign=top><td><i>" + fieldNames[i] + "</i></td><td>" + element.getFieldAt(i) + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 325             }
2 26 Feb 07 jari 326           //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 327         }
2 26 Feb 07 jari 328         
2 26 Feb 07 jari 329         //spot specific information
2 26 Feb 07 jari 330         SpotInformationData spotData = this.slideData.getSpotInformationData();
2 26 Feb 07 jari 331         if(spotData != null){
2 26 Feb 07 jari 332             String [] spotInfoLabels = spotData.getSpotInformationHeader();
2 26 Feb 07 jari 333             String [] info = spotData.getSpotInformationArray(probe);
2 26 Feb 07 jari 334             message += "<th colspan=2 halign=left>Spot Information</th>";
2 26 Feb 07 jari 335             for (int i = 0; i < spotInfoLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 336                 message += "<tr valign=top><td><i>" + spotInfoLabels[i] + "</i></td><td>" + info[i] + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 337             }
2 26 Feb 07 jari 338            // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 339         }
2 26 Feb 07 jari 340         message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 341         message += "</basefont></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 342         return message;
2 26 Feb 07 jari 343     }
2 26 Feb 07 jari 344      **/
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     private String createMessage(ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 347         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 348         int trueRow = element.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 349         int trueColumn = element.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 350         float cy3 = this.slideData.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 351         float cy5 = this.slideData.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 352         
2 26 Feb 07 jari 353         //  float cy3 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 354         //  float cy5 = element.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 355         //    float ratio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 356         //    float logRatio = element.getTrueRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, LOG);
2 26 Feb 07 jari 357         float ratio = cy5/cy3;
2 26 Feb 07 jari 358         
2 26 Feb 07 jari 359         float logRatio;
2 26 Feb 07 jari 360         
2 26 Feb 07 jari 361         if(cy3 < 0 || cy5 < 0) //for data input where neg. is posible.
2 26 Feb 07 jari 362             logRatio = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 363         else
2 26 Feb 07 jari 364             logRatio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 365
2 26 Feb 07 jari 366         String message = "<html><body bgcolor = \"#FFFFCC\"><basefont face = \"Arial\"><table cellpadding=4 valign=top><th colspan=2 align=left valign=center><font size=6>Location and Intensities</font></th>";
2 26 Feb 07 jari 367         
2 26 Feb 07 jari 368         if(dataType == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY){
2 26 Feb 07 jari 369             message += "<tr><td><i>Row</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 370             "<tr><td><i>Column</i></td><td>" + trueColumn + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 371             message += "<tr><td>Cy3</td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 372             "<tr><td><i>Cy5</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 373             message += "<tr><td><i>Ratio</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 374             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 375         } else if(dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 376             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>+" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 377             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Absolute</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 378             message += "<tr><td><i>Intensity<i>/</td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 379         } else if(dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_REF){
2 26 Feb 07 jari 380             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 381             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Reference</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 382             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 383             message += "<tr><td><i>Ref. Intensity</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 384             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Ref.)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 385             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 386         } else if(dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_MEAN){
2 26 Feb 07 jari 387             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 388             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Array Set Mean Int. as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 389             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 390             message += "<tr><td><i>Array Set Mean Int.</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 391             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Mean)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 392             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 393         } else if(dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_MEDIAN){
2 26 Feb 07 jari 394             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 395             message += "<tr><td><i>Affy Loading Mode</i></td><td>Spot Median as Ref.</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 396             message += "<tr><td><i>Sample Intensity</i></td><td><b>" + cy5 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 397             message += "<tr><td><i>Spot Median Intensity</i></td><td><b>" + cy3 + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 398             message += "<tr><td><i>Ratio (Sample/Median)</i></td><td>" + ratio + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 399             "<tr><td><i>log2(Ratio)</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 400         } else { //ratio only, like stanford
2 26 Feb 07 jari 401             logRatio = cy5;
2 26 Feb 07 jari 402             message += "<tr><td><i>File Index</i></td><td>" + trueRow + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 403             message += "<tr><td><i>Value</i></td><td><b>" + logRatio + "</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 404         }
2 26 Feb 07 jari 405        // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 406
2 26 Feb 07 jari 407         //experiment annotation
2 26 Feb 07 jari 408         Vector keys = slideData.getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 409         Hashtable expLabels =  slideData.getSlideDataLabels();
2 26 Feb 07 jari 410         message += "<th colspan=2 align=left valign=center><font size=6>Sample Annotation</font></header></th/>";
2 26 Feb 07 jari 411         String key, value;
2 26 Feb 07 jari 412         for(int i = 0; i < keys.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 413             key = (String)(keys.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 414             value = (String)(expLabels.get(key));
2 26 Feb 07 jari 415             if(value == null)
2 26 Feb 07 jari 416                 value = "";
2 26 Feb 07 jari 417             message += "<tr valign=top><td><i>" + key + "</i></td><td>" + value + "</td></tr>";         
2 26 Feb 07 jari 418         }
2 26 Feb 07 jari 419       //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 420         
2 26 Feb 07 jari 421         //gene annotation
2 26 Feb 07 jari 422         //EH fieldnames are loaded into SlideData instead of TMEV
2 26 Feb 07 jari 423 //        String[] fieldNames = TMEV.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 424         String[] fieldNames = slideData.getSlideMetaData().getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 425         if(fieldNames != null && fieldNames.length > 0){
2 26 Feb 07 jari 426             message += "<th colspan=2 align=left valign=center><font size=6>Gene Annotation</font></th>";
2 26 Feb 07 jari 427             for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {                
2 26 Feb 07 jari 428                 
2 26 Feb 07 jari 429               //pcahan change to call getDetection on the element rather than the field  
2 26 Feb 07 jari 430               if(fieldNames[i].equals("Detection")){
2 26 Feb 07 jari 431                 message += "<tr valign=top><td><i>" + fieldNames[i] + "</i></td><td>" + element.getDetection() + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 432               }
2 26 Feb 07 jari 433               else if(fieldNames[i].equals("P-value")){
2 26 Feb 07 jari 434                 message += "<tr valign=top><td><i>" + fieldNames[i] + "</i></td><td>" + element.getPvalue() + "</td></tr>";;
2 26 Feb 07 jari 435               }else{
2 26 Feb 07 jari 436                 message += "<tr valign=top><td><i>" + fieldNames[i] + "</i></td><td>" + element.getFieldAt(i) + "</td></tr>";  
2 26 Feb 07 jari 437               }               
2 26 Feb 07 jari 438            }
2 26 Feb 07 jari 439           //  message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 440         }
2 26 Feb 07 jari 441         
2 26 Feb 07 jari 442         //spot specific information
2 26 Feb 07 jari 443         SpotInformationData spotData = this.slideData.getSpotInformationData();
2 26 Feb 07 jari 444         if(spotData != null){
2 26 Feb 07 jari 445             String [] spotInfoLabels = spotData.getSpotInformationHeader();
2 26 Feb 07 jari 446             String [] info = spotData.getSpotInformationArray(probe);
2 26 Feb 07 jari 447             message += "<th colspan=2 align=left valign=center><font size=6>Spot Information</font></th>";
2 26 Feb 07 jari 448             for (int i = 0; i < spotInfoLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 449                 message += "<tr valign=top><td><i>" + spotInfoLabels[i] + "</i></td><td>" + info[i] + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 450             }
2 26 Feb 07 jari 451            // message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 452         }
2 26 Feb 07 jari 453         message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 454         message += "</basefont></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 455         return message;
2 26 Feb 07 jari 456     }
2 26 Feb 07 jari 457     
2 26 Feb 07 jari 458     
2 26 Feb 07 jari 459     public void createGeneGraph() {
2 26 Feb 07 jari 460         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 461         GraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 462         GraphPoint gp;
2 26 Feb 07 jari 463         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 464         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 465         ISlideData sde;
2 26 Feb 07 jari 466         
2 26 Feb 07 jari 467         ISlideData[] targets;
2 26 Feb 07 jari 468         
2 26 Feb 07 jari 469         targets = new ISlideData[data.getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 470         int columnsInExperiments = data.getFeature(0).getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 471         
2 26 Feb 07 jari 472         for (int i = 0; i < targets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 473             targets[i] = data.getFeature(i);//.getSlideDataElement(element.getLocation(ISlideDataElement.BASE, columnsInExperiments) - 1);
2 26 Feb 07 jari 474         }
2 26 Feb 07 jari 475         
2 26 Feb 07 jari 476         int minCy3 = 0;
2 26 Feb 07 jari 477         int maxCy3 = targets.length;
2 26 Feb 07 jari 478         int minCy5 = Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 479         int maxCy5 = Integer.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 480         
2 26 Feb 07 jari 481         int workingRatio = 0;
2 26 Feb 07 jari 482         
2 26 Feb 07 jari 483         for (int i = 0; i < targets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 484             sde = targets[i];
2 26 Feb 07 jari 485
2 26 Feb 07 jari 486             workingRatio = (int)sde.getRatio(this.probe, LOG); //Xcon.log2(sde.getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR));
2 26 Feb 07 jari 487
2 26 Feb 07 jari 488             if (workingRatio < minCy5) minCy5 = workingRatio;
2 26 Feb 07 jari 489             if (workingRatio > maxCy5) maxCy5 = workingRatio;
2 26 Feb 07 jari 490         }
2 26 Feb 07 jari 491         
2 26 Feb 07 jari 492         minCy5--;
2 26 Feb 07 jari 493         maxCy5++;
2 26 Feb 07 jari 494         
2 26 Feb 07 jari 495         int xGap = (int)(maxCy3 - minCy3);
2 26 Feb 07 jari 496         int yGap = (int)(maxCy5 - minCy5);
2 26 Feb 07 jari 497         
2 26 Feb 07 jari 498         graphFrame = new JFrame("Sample vs. Log Ratio");
2 26 Feb 07 jari 499         graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, minCy3, maxCy3, minCy5, maxCy5, 100, 100, 100, 100, "Sample vs. Log Ratio", "Sample Name", "Log2 (Cy5 / Cy3)");
2 26 Feb 07 jari 500         
2 26 Feb 07 jari 501         graph.setXAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 502         graph.setYAxisValue(minCy3);
2 26 Feb 07 jari 503         
2 26 Feb 07 jari 504         for (int i = minCy3 + 1; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 505             gl = new GraphLine(i, minCy5, i, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 506             graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 507         }
2 26 Feb 07 jari 508         
2 26 Feb 07 jari 509         for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 510             if (i != 0) {
2 26 Feb 07 jari 511                 gl = new GraphLine(minCy3, i, maxCy3, i, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 512                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 513             }
2 26 Feb 07 jari 514         }
2 26 Feb 07 jari 515         
2 26 Feb 07 jari 516         float cy3, cy5, cy3b, cy5b;
2 26 Feb 07 jari 517         double logCy3, logCy5, logCy3b, logCy5b;
2 26 Feb 07 jari 518         for (int i = 0; i < targets.length - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 519             sde = targets[i];
2 26 Feb 07 jari 520             
2 26 Feb 07 jari 521             cy3 = sde.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 522             cy5 = sde.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 523             logCy3 = i + 1;
2 26 Feb 07 jari 524             
2 26 Feb 07 jari 525             if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 526                 logCy5 = cy5;
2 26 Feb 07 jari 527             else
2 26 Feb 07 jari 528                 logCy5 = Xcon.log2((double) cy5 / (double) cy3);
2 26 Feb 07 jari 529             
2 26 Feb 07 jari 530             sde = targets[i + 1];
2 26 Feb 07 jari 531             
2 26 Feb 07 jari 532             cy3b = sde.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 533             cy5b = sde.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 534             logCy3b = i + 2;
2 26 Feb 07 jari 535             if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 536                 logCy5b = cy5b;
2 26 Feb 07 jari 537             else
2 26 Feb 07 jari 538                 logCy5b = Xcon.log2((double) cy5b / (double) cy3b);
2 26 Feb 07 jari 539             if(!Double.isNaN(logCy5) && !Double.isNaN(logCy5b)){
2 26 Feb 07 jari 540                 gl = new GraphLine(logCy3, logCy5, logCy3b, logCy5b, Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 541                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 542             }
2 26 Feb 07 jari 543         }
2 26 Feb 07 jari 544         for (int i = 0; i < targets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 545             sde = targets[i];
2 26 Feb 07 jari 546             
2 26 Feb 07 jari 547             cy3 = sde.getCY3(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 548             cy5 = sde.getCY5(this.probe);
2 26 Feb 07 jari 549             logCy3 = i + 1;
2 26 Feb 07 jari 550             if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 551                 logCy5 = cy5;
2 26 Feb 07 jari 552             else
2 26 Feb 07 jari 553                 logCy5 = Xcon.log2((double) cy5 / (double) cy3);
2 26 Feb 07 jari 554             if(!Double.isNaN(logCy5)){
2 26 Feb 07 jari 555                 gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 556                 graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 557             }
2 26 Feb 07 jari 558         }
2 26 Feb 07 jari 559         
2 26 Feb 07 jari 560         for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 561             if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "0", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 562             //else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "2.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 563             else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 564             graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 565         }
2 26 Feb 07 jari 566         
2 26 Feb 07 jari 567         for (int i = minCy3 + 1; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 568             gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, data.getSampleName(i - 1), Color.black);
2 26 Feb 07 jari 569             graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 570         }
2 26 Feb 07 jari 571         
2 26 Feb 07 jari 572         graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 573         graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 574     }
2 26 Feb 07 jari 575     
2 26 Feb 07 jari 576     class EventListener implements ActionListener, KeyListener {
2 26 Feb 07 jari 577         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 578             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 579             if (command.equals("close"))
2 26 Feb 07 jari 580                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 581             else if (command.equals("view-gene-graph")) {
2 26 Feb 07 jari 582                 hide();
2 26 Feb 07 jari 583                 createGeneGraph();
2 26 Feb 07 jari 584                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 585             } else if (command.equals("view-experiment")) {
2 26 Feb 07 jari 586                 hide();
2 26 Feb 07 jari 587                 Manager.createNewSingleArrayViewer(slideData);
2 26 Feb 07 jari 588                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 589             } else if (command.equals("set-color")) {
2 26 Feb 07 jari 590             }
2 26 Feb 07 jari 591         }
2 26 Feb 07 jari 592         
2 26 Feb 07 jari 593         public void keyPressed(KeyEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 594             if (event.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER) {
2 26 Feb 07 jari 595                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 596             }
2 26 Feb 07 jari 597         }
2 26 Feb 07 jari 598         
2 26 Feb 07 jari 599         public void keyReleased(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 600         public void keyTyped(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 601     }
2 26 Feb 07 jari 602 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)