mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/MultipleArrayCanvas.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MultipleArrayCanvas.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:49:44 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.AlphaComposite;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.MouseMotionListener;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.event.WindowListener;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.Action;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.MultipleArrayData;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.action.DefaultAction;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.util.SlideDataSorter;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55 public class MultipleArrayCanvas extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     private static final int TRACE_SPACE = 50;
2 26 Feb 07 jari 58         
2 26 Feb 07 jari 59     //constants to match IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 60     private static final int GREENRED = 2;      
2 26 Feb 07 jari 61     private static final int OVERLAY = 3;
2 26 Feb 07 jari 62     private static final int RATIOSPLIT = 4;
2 26 Feb 07 jari 63   
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     private MultipleArrayHeader header;
2 26 Feb 07 jari 66     private Thumbnail thumbnail;
2 26 Feb 07 jari 67     private boolean isShowThumbnail = false;
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 70     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 71     private Insets insets;
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private int maxLabelWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     // display options
2 26 Feb 07 jari 76     private boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 77     private int paletteStyle = RATIOSPLIT;
2 26 Feb 07 jari 78     private boolean isGRScale = true;
2 26 Feb 07 jari 79     private boolean isDrawBorders;
2 26 Feb 07 jari 80     private boolean isTracing;
2 26 Feb 07 jari 81     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 82     private Dimension elementSize = new Dimension();
2 26 Feb 07 jari 83     private int labelIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 84     // chain members
2 26 Feb 07 jari 85     private boolean drawChain = false;
2 26 Feb 07 jari 86     private int[] chain; // probe indices
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     //micro array parameters
2 26 Feb 07 jari 89     private int features;
2 26 Feb 07 jari 90     private int probes;
2 26 Feb 07 jari 91     private float maxCY3;
2 26 Feb 07 jari 92     private float maxCY5;
2 26 Feb 07 jari 93     private float maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 94     private float minRatio;
2 26 Feb 07 jari 95     private float midRatio;
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     public static Color missingColor = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 98     private BufferedImage negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 99     private BufferedImage posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 100     private int xOffset = 10;
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 103     private JMenu sortMenu;
2 26 Feb 07 jari 104     private ButtonGroup sortGroup;
2 26 Feb 07 jari 105     private Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 106     private boolean oneValueData;
2 26 Feb 07 jari 107     private JRadioButtonMenuItem expressionBarItem;
2 26 Feb 07 jari 108     private JRadioButtonMenuItem overlayItem;
2 26 Feb 07 jari 109     private JCheckBoxMenuItem absoluteColorCheckBoxItem;   
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111     public MultipleArrayCanvas() {
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     /**
2 26 Feb 07 jari 116      * Constructs a <code>MultipleArrayCanvas</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 117      * reference to a framework and insets.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     public MultipleArrayCanvas(IFramework framework, Insets insets) {
2 26 Feb 07 jari 120         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 121         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 122         this.insets = insets;
2 26 Feb 07 jari 123         header = new MultipleArrayHeader(insets, TRACE_SPACE);
2 26 Feb 07 jari 124         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 125         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 126         addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 127         addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 128         this.thumbnail = new Thumbnail(framework, listener);
2 26 Feb 07 jari 129         this.negColorImage = framework.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 130         this.posColorImage = framework.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 131         this.header.setNegativeAndPositiveColorImages(this.negColorImage, this.posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 132         popup = createPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 133     }
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     /**
2 26 Feb 07 jari 136      * Overriden to have focus. (deprecated as of 1.4, use isFocusable()
2 26 Feb 07 jari 137      */
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     /**
2 26 Feb 07 jari 141      * Overriden to have focus.
2 26 Feb 07 jari 142      */
2 26 Feb 07 jari 143     public boolean isFocusable() {
2 26 Feb 07 jari 144         return true;
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147     /**
2 26 Feb 07 jari 148      * @return this component.
2 26 Feb 07 jari 149      */
2 26 Feb 07 jari 150     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 151         return this;
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154     /**
2 26 Feb 07 jari 155      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 156      */
2 26 Feb 07 jari 157     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 158         return header;
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160     
2 26 Feb 07 jari 161     /**
2 26 Feb 07 jari 162      * Updates the viewer when it has been selected.
2 26 Feb 07 jari 163      */
2 26 Feb 07 jari 164     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 165         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 166         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168         if (data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY || data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 169             expressionBarItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 170             overlayItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 171         }
2 26 Feb 07 jari 172         
2 26 Feb 07 jari 173         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 174         useDoubleGradient = menu.getUseDoubleGradient();
2 26 Feb 07 jari 175         header.setUseDoubleGradient(useDoubleGradient);
2 26 Feb 07 jari 176         this.maxCY3 = menu.getMaxCY3Scale();
2 26 Feb 07 jari 177         this.maxCY5 = menu.getMaxCY5Scale();
2 26 Feb 07 jari 178         this.maxRatio = menu.getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 179         this.minRatio = menu.getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 180         this.midRatio = menu.getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 181         this.header.setMinAndMaxAndMidRatios(this.minRatio, this.midRatio, this.maxRatio);
2 26 Feb 07 jari 182         header.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 183         onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 184         onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 185         if (this.isShowThumbnail) {
2 26 Feb 07 jari 186             this.thumbnail.show();
2 26 Feb 07 jari 187         }
2 26 Feb 07 jari 188     }
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     /**
2 26 Feb 07 jari 191      * Updates the viewer when data is changed.
2 26 Feb 07 jari 192      */
2 26 Feb 07 jari 193     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 194         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 195         features = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 196         probes   = data.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 197         setDrawChain(false);
2 26 Feb 07 jari 198         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 199         header.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 200         //        header.updateSize();
2 26 Feb 07 jari 201         //header.setContentWidth(getSize().width);
2 26 Feb 07 jari 202         //   header.updateSize();
2 26 Feb 07 jari 203         thumbnail.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 204     }
2 26 Feb 07 jari 205     
2 26 Feb 07 jari 206     /**
2 26 Feb 07 jari 207      * Updates the viewer when the framework display menu is changed.
2 26 Feb 07 jari 208      */
2 26 Feb 07 jari 209     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 210       //  paletteStyle = menu.getPaletteStyle();
2 26 Feb 07 jari 211       //  isGRScale = menu.isGRScale();
2 26 Feb 07 jari 212         isDrawBorders = menu.isDrawingBorder();        
2 26 Feb 07 jari 213       //  isTracing = menu.isTracing();
2 26 Feb 07 jari 214         useDoubleGradient = menu.getUseDoubleGradient();
2 26 Feb 07 jari 215         header.setUseDoubleGradient(useDoubleGradient);
2 26 Feb 07 jari 216         Dimension newSize = menu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 217         elementSize = new Dimension(newSize);
2 26 Feb 07 jari 218         this.maxCY3 = menu.getMaxCY3Scale();
2 26 Feb 07 jari 219         this.maxCY5 = menu.getMaxCY5Scale();
2 26 Feb 07 jari 220         this.maxRatio = menu.getMaxRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 221         this.minRatio = menu.getMinRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 222         this.midRatio = menu.getMidRatioValue();
2 26 Feb 07 jari 223         this.header.setMinAndMaxAndMidRatios(this.minRatio, this.midRatio, this.maxRatio);
2 26 Feb 07 jari 224         this.negColorImage = menu.getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 225         this.posColorImage = menu.getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 226         this.header.setNegativeAndPositiveColorImages(this.negColorImage, this.posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 227         updateSize();  //first set size of viewer
2 26 Feb 07 jari 228         isAntiAliasing = menu.isAntiAliasing();
2 26 Feb 07 jari 229         labelIndex = menu.getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 230         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, elementSize.height));
2 26 Feb 07 jari 231         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 232         header.setTracing(isTracing);
2 26 Feb 07 jari 233         header.setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 234         this.thumbnail.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 235     }
2 26 Feb 07 jari 236     
2 26 Feb 07 jari 237     /**
2 26 Feb 07 jari 238      * Hides a thumbnail when the viewer is deselected.
2 26 Feb 07 jari 239      */
2 26 Feb 07 jari 240     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 241         this.thumbnail.hide();
2 26 Feb 07 jari 242     }
2 26 Feb 07 jari 243     
2 26 Feb 07 jari 244     /**
2 26 Feb 07 jari 245      * Disposes a thumbnail when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 246      */
2 26 Feb 07 jari 247     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 248         this.thumbnail.dispose();
2 26 Feb 07 jari 249     }
2 26 Feb 07 jari 250     
2 26 Feb 07 jari 251     /**
2 26 Feb 07 jari 252      * Shows a thumbnail.
2 26 Feb 07 jari 253      */
2 26 Feb 07 jari 254     public void onShowThumbnail() {
2 26 Feb 07 jari 255         this.isShowThumbnail = true;
2 26 Feb 07 jari 256         this.thumbnail.show();
2 26 Feb 07 jari 257     }
2 26 Feb 07 jari 258     
2 26 Feb 07 jari 259     /**
2 26 Feb 07 jari 260      * @return true if it's possible to show a thumbnail.
2 26 Feb 07 jari 261      */
2 26 Feb 07 jari 262     public boolean isThumbnailEnabled() {
2 26 Feb 07 jari 263         return this.data.getFeaturesCount() > 0;
2 26 Feb 07 jari 264     }
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     /**
2 26 Feb 07 jari 267      * @return null.
2 26 Feb 07 jari 268      */
2 26 Feb 07 jari 269     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 270         return null;
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272     
2 26 Feb 07 jari 273     /**
2 26 Feb 07 jari 274      * Updates the viewer size.
2 26 Feb 07 jari 275      */
2 26 Feb 07 jari 276     private void updateSize() {
2 26 Feb 07 jari 277         updateMaxLabelWidth();
2 26 Feb 07 jari 278         int width = insets.left + getXSize() + insets.right + getMaxLabelWidth() + 20;
2 26 Feb 07 jari 279         int height = insets.top + getYSize() + insets.bottom;
2 26 Feb 07 jari 280         setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 281         setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 282         this.header.setContentWidth(this.getSize().width);
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284     
2 26 Feb 07 jari 285     /**
2 26 Feb 07 jari 286      * Paints the viewer content into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 287      */
2 26 Feb 07 jari 288     public void paint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 289         g1D.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 290         super.paint(g1D);
2 26 Feb 07 jari 291         if(this.elementSize.getHeight() < 1)
2 26 Feb 07 jari 292             return;
2 26 Feb 07 jari 293         g1D.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 294         if (features == 0 || framework == null) { // empty data
2 26 Feb 07 jari 295             return;
2 26 Feb 07 jari 296         }
2 26 Feb 07 jari 297         Graphics2D g2D = (Graphics2D)g1D;
2 26 Feb 07 jari 298         if (isAntiAliasing) {//Anti-aliasing is on
2 26 Feb 07 jari 299             g2D.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 300             g2D.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 301         }
2 26 Feb 07 jari 302         drawColumns(g2D);
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304     
2 26 Feb 07 jari 305     /**
2 26 Feb 07 jari 306      * Draws microarrays columns into a specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 307      */
2 26 Feb 07 jari 308     private void drawColumns(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 309         
2 26 Feb 07 jari 310         Rectangle bounds = g.getClipBounds();
2 26 Feb 07 jari 311         final int top = getTopIndex(bounds.y);
2 26 Feb 07 jari 312         final int bottom = getBottomIndex(bounds.y+bounds.height, probes);
2 26 Feb 07 jari 313         final int left = getLeftIndex(bounds.x);
2 26 Feb 07 jari 314         final int right = getRightIndex(bounds.x+bounds.width, features);
2 26 Feb 07 jari 315         
2 26 Feb 07 jari 316         for (int column = left; column < right; column++) {
2 26 Feb 07 jari 317             drawColumn(g, column, top, bottom);
2 26 Feb 07 jari 318         }
2 26 Feb 07 jari 319         if (isDrawChain()) {
2 26 Feb 07 jari 320             drawChain(g, Color.magenta, getChain(), left, right);
2 26 Feb 07 jari 321         }
2 26 Feb 07 jari 322         if ((right >= features) && (labelIndex >= 0)) {
2 26 Feb 07 jari 323             drawLabels(g, top, bottom);
2 26 Feb 07 jari 324         }
2 26 Feb 07 jari 325     }
2 26 Feb 07 jari 326     
2 26 Feb 07 jari 327     /**
2 26 Feb 07 jari 328      * Draws a specified column.
2 26 Feb 07 jari 329      */
2 26 Feb 07 jari 330     private void drawColumn(Graphics2D g, int column, final int top, final int bottom) {
2 26 Feb 07 jari 331         int[] indices = data.getSortedIndices(column);
2 26 Feb 07 jari 332         for (int row = top; row < bottom; row++) {
2 26 Feb 07 jari 333             drawSlideDataElement(g, row, column, indices);
2 26 Feb 07 jari 334         }
2 26 Feb 07 jari 335     }
2 26 Feb 07 jari 336     
2 26 Feb 07 jari 337     private boolean isMissingValue(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 338         boolean missing = false;
2 26 Feb 07 jari 339         FloatMatrix matrix = data.getExperiment().getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 340         if (Float.isNaN(matrix.get(row, column))) {
2 26 Feb 07 jari 341             missing = true;
2 26 Feb 07 jari 342         }
2 26 Feb 07 jari 343         return missing;
2 26 Feb 07 jari 344     }
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     /**
2 26 Feb 07 jari 347      * Draws an element rectangle to specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 348      */
2 26 Feb 07 jari 349     private void drawSlideDataElement(Graphics g, final int row, final int column, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 350         
2 26 Feb 07 jari 351         float cy3 = data.getCY3(column, indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 352         float cy5 = data.getCY5(column, indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 353         
2 26 Feb 07 jari 354         int x, y, width, height;
2 26 Feb 07 jari 355         
2 26 Feb 07 jari 356         switch (paletteStyle) {
2 26 Feb 07 jari 357             case OVERLAY:
2 26 Feb 07 jari 358                 x = insets.left + column*(elementSize.width + getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 359                 y = insets.top + row*elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 360                 Color color = getOverlayColor(cy3, cy5);//new Color(getRedValue(cy5), getGreenValue(cy3), 0);
2 26 Feb 07 jari 361                 g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 362                 g.fillRect(x, y, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 363                 break;
2 26 Feb 07 jari 364             case RATIOSPLIT:
2 26 Feb 07 jari 365                 float ratio = data.getRatio(column, indices[row], IData.LOG);
2 26 Feb 07 jari 366                 Color holdColor;
2 26 Feb 07 jari 367                 g.setColor(getColor(ratio));
2 26 Feb 07 jari 368                 g.fillRect(insets.left+column*(elementSize.width+getSpacing()),
2 26 Feb 07 jari 369                 insets.top + row*elementSize.height,
2 26 Feb 07 jari 370                 elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 371                 break;
2 26 Feb 07 jari 372             case GREENRED:
2 26 Feb 07 jari 373                 if (cy3 <= 0 && cy5 <= 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 374                     g.setColor(missingColor);
2 26 Feb 07 jari 375                     g.fillRect(insets.left+column*(elementSize.width+getSpacing()),
2 26 Feb 07 jari 376                     insets.top + row*elementSize.height,
2 26 Feb 07 jari 377                     elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 378                 } else {
2 26 Feb 07 jari 379                     int adjust = (int)(elementSize.width*cy3/(cy3+cy5));
2 26 Feb 07 jari 380                     //g.setColor(new Color(0, getGreenValue(cy3), 0));
2 26 Feb 07 jari 381                     g.setColor(this.getNegativeColor(cy3));
2 26 Feb 07 jari 382                     g.fillRect(insets.left+column*(elementSize.width+getSpacing()),
2 26 Feb 07 jari 383                     insets.top + row*elementSize.height,
2 26 Feb 07 jari 384                     adjust, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 385                     g.setColor(this.getPositiveColor(cy5));
2 26 Feb 07 jari 386                     g.fillRect(insets.left+column*(elementSize.width+getSpacing())+adjust,
2 26 Feb 07 jari 387                     insets.top + row*elementSize.height,
2 26 Feb 07 jari 388                     elementSize.width-adjust, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 389                 }
2 26 Feb 07 jari 390                 break;
2 26 Feb 07 jari 391         }
2 26 Feb 07 jari 392         if (isDrawBorders) {
2 26 Feb 07 jari 393             g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 394             g.drawRect(getXPos(column), getYPos(row) + insets.top, elementSize.width -1, elementSize.height -1);
2 26 Feb 07 jari 395         }
2 26 Feb 07 jari 396     }
2 26 Feb 07 jari 397     
2 26 Feb 07 jari 398     /**
2 26 Feb 07 jari 399      * Calculates color for passed value.
2 26 Feb 07 jari 400      */
2 26 Feb 07 jari 401     /*private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 402         if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 403             return missingColor;
2 26 Feb 07 jari 404         }
2 26 Feb 07 jari 405         float maximum = value < 0 ? this.minRatio : this.maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 406         int colorIndex = (int)(255*value/maximum);
2 26 Feb 07 jari 407         colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 408         int rgb = value < 0 ? negColorImage.getRGB(255-colorIndex, 0) : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 409         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 410     }
2 26 Feb 07 jari 411     */
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413     
2 26 Feb 07 jari 414     /**
2 26 Feb 07 jari 415      * Calculates color for passed value.
2 26 Feb 07 jari 416      */
2 26 Feb 07 jari 417    /* private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 418         if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 419             return missingColor;
2 26 Feb 07 jari 420         }
2 26 Feb 07 jari 421         
2 26 Feb 07 jari 422         float maximum;
2 26 Feb 07 jari 423         int colorIndex, rgb;
2 26 Feb 07 jari 424         
2 26 Feb 07 jari 425         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 426           maximum = value < 0 ? this.minRatio : this.maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 427       colorIndex = (int) (255 * value / maximum);
2 26 Feb 07 jari 428       colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 429       rgb = value < 0 ? negColorImage.getRGB(255 - colorIndex, 0)
2 26 Feb 07 jari 430           : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 431         } else {
2 26 Feb 07 jari 432           float span = this.maxRatio - this.minRatio;
2 26 Feb 07 jari 433           if(value <= minRatio)
2 26 Feb 07 jari 434             colorIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 435           else if(value >= maxRatio)
2 26 Feb 07 jari 436             colorIndex = 255;
2 26 Feb 07 jari 437           else
2 26 Feb 07 jari 438             colorIndex = (int)(((value - this.minRatio)/span) * 255);
2 26 Feb 07 jari 439            
2 26 Feb 07 jari 440           rgb = posColorImage.getRGB(colorIndex,0);
2 26 Feb 07 jari 441         }
2 26 Feb 07 jari 442         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 443     }
2 26 Feb 07 jari 444     */
2 26 Feb 07 jari 445
2 26 Feb 07 jari 446     
2 26 Feb 07 jari 447     /**
2 26 Feb 07 jari 448      * Calculates color for passed value.
2 26 Feb 07 jari 449      */
2 26 Feb 07 jari 450     private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 451         if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 452             return missingColor;
2 26 Feb 07 jari 453         }
2 26 Feb 07 jari 454         
2 26 Feb 07 jari 455         float maximum;
2 26 Feb 07 jari 456         int colorIndex, rgb;
2 26 Feb 07 jari 457         
2 26 Feb 07 jari 458         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 459           maximum = value < midRatio ? this.minRatio : this.maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 460       colorIndex = (int) (255 * (value-midRatio) /  (maximum - midRatio));
2 26 Feb 07 jari 461       colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 462       rgb = value < midRatio ? negColorImage.getRGB(255 - colorIndex, 0)
2 26 Feb 07 jari 463           : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 464         } else {
2 26 Feb 07 jari 465           float span = this.maxRatio - this.minRatio;
2 26 Feb 07 jari 466           if(value <= minRatio)
2 26 Feb 07 jari 467             colorIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 468           else if(value >= maxRatio)
2 26 Feb 07 jari 469             colorIndex = 255;
2 26 Feb 07 jari 470           else
2 26 Feb 07 jari 471             colorIndex = (int)(((value - this.minRatio)/span) * 255);
2 26 Feb 07 jari 472            
2 26 Feb 07 jari 473           rgb = posColorImage.getRGB(colorIndex,0);
2 26 Feb 07 jari 474         }
2 26 Feb 07 jari 475         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 476     }      
2 26 Feb 07 jari 477     
2 26 Feb 07 jari 478     
2 26 Feb 07 jari 479     /**
2 26 Feb 07 jari 480      *  Returns the current negative color for given cy3
2 26 Feb 07 jari 481      */
2 26 Feb 07 jari 482     private Color getNegativeColor(float cy3){
2 26 Feb 07 jari 483         float fraction = (float)cy3/maxCY3;
2 26 Feb 07 jari 484         int rgb = 0;
2 26 Feb 07 jari 485         int colorIndex = (int)(255*cy3/this.maxCY3);
2 26 Feb 07 jari 486         colorIndex = Math.min(colorIndex, 255);
2 26 Feb 07 jari 487         if(isGRScale){
2 26 Feb 07 jari 488             rgb = negColorImage.getRGB(255-colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 489         }
2 26 Feb 07 jari 490         else{
2 26 Feb 07 jari 491             rgb = negColorImage.getRGB(0, 0);
2 26 Feb 07 jari 492         }
2 26 Feb 07 jari 493         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 494     }
2 26 Feb 07 jari 495     
2 26 Feb 07 jari 496     /**
2 26 Feb 07 jari 497      * Returns the current negative color for given cy3
2 26 Feb 07 jari 498      */
2 26 Feb 07 jari 499     private Color getPositiveColor(float cy5){
2 26 Feb 07 jari 500         float fraction = (float)cy5/maxCY3;
2 26 Feb 07 jari 501         int rgb = 0;
2 26 Feb 07 jari 502         int colorIndex = (int)(255*cy5/this.maxCY5);
2 26 Feb 07 jari 503         colorIndex = Math.min(colorIndex, 255);
2 26 Feb 07 jari 504         if(isGRScale){
2 26 Feb 07 jari 505             rgb = posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 506         }
2 26 Feb 07 jari 507         else{
2 26 Feb 07 jari 508             rgb = posColorImage.getRGB(255, 0);
2 26 Feb 07 jari 509         }
2 26 Feb 07 jari 510         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 511     }
2 26 Feb 07 jari 512     
2 26 Feb 07 jari 513     /**
2 26 Feb 07 jari 514      * Returns the current overlay color for passed cy3 and cy5
2 26 Feb 07 jari 515      */
2 26 Feb 07 jari 516     private Color getOverlayColor(float cy3, float cy5){
2 26 Feb 07 jari 517         Color negColor = getNegativeColor(cy3);
2 26 Feb 07 jari 518         Color posColor = getPositiveColor(cy5);
2 26 Feb 07 jari 519         double negFraction = cy3/(cy3 + cy5);
2 26 Feb 07 jari 520         double posFraction = cy5/(cy3 + cy5);
2 26 Feb 07 jari 521         int r, g, b;
2 26 Feb 07 jari 522         
2 26 Feb 07 jari 523         r = (int)(negColor.getRed()+ posColor.getRed());
2 26 Feb 07 jari 524         r = r < 256 ? r : 255;
2 26 Feb 07 jari 525         g = (int)(negColor.getGreen() + posColor.getGreen());
2 26 Feb 07 jari 526         g = g < 256 ? g : 255;
2 26 Feb 07 jari 527         b = (int)(negColor.getBlue() + posColor.getBlue());
2 26 Feb 07 jari 528         b = b < 256 ? b : 255;
2 26 Feb 07 jari 529         
2 26 Feb 07 jari 530         return new Color(r, g, b);
2 26 Feb 07 jari 531     }
2 26 Feb 07 jari 532     
2 26 Feb 07 jari 533     /**
2 26 Feb 07 jari 534      * Returns the current overlay color for passed cy3 and cy5
2 26 Feb 07 jari 535      */
2 26 Feb 07 jari 536     private BufferedImage getOverlayImage(float cy3, float cy5){
2 26 Feb 07 jari 537         Color negColor = getNegativeColor(cy3);
2 26 Feb 07 jari 538         Color posColor = getPositiveColor(cy5);
2 26 Feb 07 jari 539         
2 26 Feb 07 jari 540         BufferedImage bi = new BufferedImage(elementSize.width, elementSize.height, BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
2 26 Feb 07 jari 541         Graphics2D g2 = (Graphics2D)bi.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 542         g2.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 543         g2.fillRect(0,0, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 544         // g2.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, (float)(cy3/(cy3+cy5))));
2 26 Feb 07 jari 545         g2.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, (float)(0.5)));
2 26 Feb 07 jari 546         g2.setColor(negColor);
2 26 Feb 07 jari 547         g2.fillRect(0,0, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 548         // g2.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, (float)(cy5/(cy3+cy5))));
2 26 Feb 07 jari 549         g2.setColor(posColor);
2 26 Feb 07 jari 550         g2.fillRect(0, 0, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 551         
2 26 Feb 07 jari 552         return bi;
2 26 Feb 07 jari 553     }
2 26 Feb 07 jari 554     
2 26 Feb 07 jari 555     /**
2 26 Feb 07 jari 556      * Sets the draw chain attribute.
2 26 Feb 07 jari 557      */
2 26 Feb 07 jari 558     private void setDrawChain(boolean drawChain) {
2 26 Feb 07 jari 559         this.drawChain = drawChain;
2 26 Feb 07 jari 560         repaint();
2 26 Feb 07 jari 561     }
2 26 Feb 07 jari 562     
2 26 Feb 07 jari 563     /**
2 26 Feb 07 jari 564      * Returns the draw chain attribute value.
2 26 Feb 07 jari 565      */
2 26 Feb 07 jari 566     private boolean isDrawChain() {
2 26 Feb 07 jari 567         return drawChain;
2 26 Feb 07 jari 568     }
2 26 Feb 07 jari 569     
2 26 Feb 07 jari 570     /**
2 26 Feb 07 jari 571      * Sets a chain array.
2 26 Feb 07 jari 572      */
2 26 Feb 07 jari 573     private void setChain(int[] chain) {
2 26 Feb 07 jari 574         this.chain = chain;
2 26 Feb 07 jari 575     }
2 26 Feb 07 jari 576     
2 26 Feb 07 jari 577     /**
2 26 Feb 07 jari 578      * Creates and sets a chain for specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 579      */
2 26 Feb 07 jari 580     private void doChain(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 581         setChain(createChain(row, column));
2 26 Feb 07 jari 582     }
2 26 Feb 07 jari 583     
2 26 Feb 07 jari 584     /**
2 26 Feb 07 jari 585      * Returns a chain.
2 26 Feb 07 jari 586      */
2 26 Feb 07 jari 587     private int[] getChain() {
2 26 Feb 07 jari 588         return chain;
2 26 Feb 07 jari 589     }
2 26 Feb 07 jari 590     
2 26 Feb 07 jari 591     /**
2 26 Feb 07 jari 592      * Creates a chain for specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 593      */
2 26 Feb 07 jari 594     private int[] createChain(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 595         int[] indices = data.getSortedIndices(column);
2 26 Feb 07 jari 596         int trueColumn = data.getProbeColumn(column, indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 597         int trueRow    = data.getProbeRow(column, indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 598         int[] positions = new int[data.getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 599         final int size = data.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 600         for (int feature = 0; feature < positions.length; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 601             if (feature == column) {
2 26 Feb 07 jari 602                 positions[column] = row;
2 26 Feb 07 jari 603             } else {
2 26 Feb 07 jari 604                 indices = data.getSortedIndices(feature);
2 26 Feb 07 jari 605                 for (int probe = 0; probe < size; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 606                     if ((data.getProbeColumn(feature, indices[probe]) == trueColumn) &&
2 26 Feb 07 jari 607                     (data.getProbeRow(feature, indices[probe]) == trueRow)) {
2 26 Feb 07 jari 608                         positions[feature] = probe;
2 26 Feb 07 jari 609                         break;
2 26 Feb 07 jari 610                     }
2 26 Feb 07 jari 611                 }
2 26 Feb 07 jari 612             }
2 26 Feb 07 jari 613         }
2 26 Feb 07 jari 614         return positions;
2 26 Feb 07 jari 615     }
2 26 Feb 07 jari 616     
2 26 Feb 07 jari 617     /**
2 26 Feb 07 jari 618      * Returns width of tracing space.
2 26 Feb 07 jari 619      */
2 26 Feb 07 jari 620     private int getSpacing() {
2 26 Feb 07 jari 621         if (isTracing) {
2 26 Feb 07 jari 622             return TRACE_SPACE;
2 26 Feb 07 jari 623         }
2 26 Feb 07 jari 624         return 0;
2 26 Feb 07 jari 625     }
2 26 Feb 07 jari 626     
2 26 Feb 07 jari 627     /**
2 26 Feb 07 jari 628      * Returns a width of the viewer.
2 26 Feb 07 jari 629      */
2 26 Feb 07 jari 630     private int getXSize() {
2 26 Feb 07 jari 631         return(features*elementSize.width)+((features-1)*getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 632     }
2 26 Feb 07 jari 633     
2 26 Feb 07 jari 634     /**
2 26 Feb 07 jari 635      * Returns a height of the viewer.
2 26 Feb 07 jari 636      */
2 26 Feb 07 jari 637     private int getYSize() {
2 26 Feb 07 jari 638         return probes*elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 639     }
2 26 Feb 07 jari 640     
2 26 Feb 07 jari 641     /**
2 26 Feb 07 jari 642      * Updates max label width value.
2 26 Feb 07 jari 643      */
2 26 Feb 07 jari 644     private void updateMaxLabelWidth() {
2 26 Feb 07 jari 645         Graphics2D g = (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 646         if (g == null) {
2 26 Feb 07 jari 647             return;
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649         if (isAntiAliasing) {//Anti-aliasing is on
2 26 Feb 07 jari 650             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 651             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 652         }
2 26 Feb 07 jari 653         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 654         if (labelIndex < 0) {
2 26 Feb 07 jari 655             maxLabelWidth = fm.stringWidth("");
2 26 Feb 07 jari 656             return;
2 26 Feb 07 jari 657         }
2 26 Feb 07 jari 658         String label;
2 26 Feb 07 jari 659         double maxWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 660         final int SIZE = data.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 661         for (int i = 0; i < SIZE; i++) {
2 26 Feb 07 jari 662             label = data.getElementAttribute(i, labelIndex);
2 26 Feb 07 jari 663             maxWidth = Math.max(maxWidth, fm.stringWidth(label));
2 26 Feb 07 jari 664         }
2 26 Feb 07 jari 665         maxLabelWidth = (int)maxWidth;
2 26 Feb 07 jari 666     }
2 26 Feb 07 jari 667     
2 26 Feb 07 jari 668     /**
2 26 Feb 07 jari 669      * Returns max label width.
2 26 Feb 07 jari 670      */
2 26 Feb 07 jari 671     private int getMaxLabelWidth() {
2 26 Feb 07 jari 672         return maxLabelWidth;
2 26 Feb 07 jari 673     }
2 26 Feb 07 jari 674     
2 26 Feb 07 jari 675     /**
2 26 Feb 07 jari 676      * Draws annotations into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 677      */
2 26 Feb 07 jari 678     private void drawLabels(Graphics2D g, final int top, final int bottom) {
2 26 Feb 07 jari 679         String label;
2 26 Feb 07 jari 680         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 681         int[] indices = data.getSortedIndices(0);
2 26 Feb 07 jari 682         for (int probe = top; probe < bottom; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 683             label = data.getElementAttribute(indices[probe], labelIndex);
2 26 Feb 07 jari 684             if (label != null) {
2 26 Feb 07 jari 685                 g.drawString(label, insets.left + getXSize() + insets.right, insets.top + ((probe +1)*elementSize.height) -1);
2 26 Feb 07 jari 686             }
2 26 Feb 07 jari 687         }
2 26 Feb 07 jari 688     }
2 26 Feb 07 jari 689     
2 26 Feb 07 jari 690     /**
2 26 Feb 07 jari 691      * Returns index of top row.
2 26 Feb 07 jari 692      */
2 26 Feb 07 jari 693     private int getTopIndex(int top) {
2 26 Feb 07 jari 694         if (top<0) {
2 26 Feb 07 jari 695             return 0;
2 26 Feb 07 jari 696         }
2 26 Feb 07 jari 697         return top/elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 698     }
2 26 Feb 07 jari 699     
2 26 Feb 07 jari 700     /**
2 26 Feb 07 jari 701      * Returns index of left column.
2 26 Feb 07 jari 702      */
2 26 Feb 07 jari 703     private int getLeftIndex(int left) {
2 26 Feb 07 jari 704         if (left<insets.left) {
2 26 Feb 07 jari 705             return 0;
2 26 Feb 07 jari 706         }
2 26 Feb 07 jari 707         return (left - insets.left)/(elementSize.width+getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 708     }
2 26 Feb 07 jari 709     
2 26 Feb 07 jari 710     /**
2 26 Feb 07 jari 711      * Returns index of right column.
2 26 Feb 07 jari 712      */
2 26 Feb 07 jari 713     private int getRightIndex(int right, int limit) {
2 26 Feb 07 jari 714         if (right<0) {
2 26 Feb 07 jari 715             return 0;
2 26 Feb 07 jari 716         }
2 26 Feb 07 jari 717         int result = right/(elementSize.width+getSpacing())+1;
2 26 Feb 07 jari 718         return result > limit ? limit : result;
2 26 Feb 07 jari 719     }
2 26 Feb 07 jari 720     
2 26 Feb 07 jari 721     /**
2 26 Feb 07 jari 722      * Returns index of bottom row.
2 26 Feb 07 jari 723      */
2 26 Feb 07 jari 724     private int getBottomIndex(int bottom, int limit) {
2 26 Feb 07 jari 725         if (bottom<0) {
2 26 Feb 07 jari 726             return 0;
2 26 Feb 07 jari 727         }
2 26 Feb 07 jari 728         int result = bottom/elementSize.height+1;
2 26 Feb 07 jari 729         return result > limit ? limit : result;
2 26 Feb 07 jari 730     }
2 26 Feb 07 jari 731     
2 26 Feb 07 jari 732     /**
2 26 Feb 07 jari 733      * Draws link for specified spots.
2 26 Feb 07 jari 734      */
2 26 Feb 07 jari 735     private void drawLink(Graphics2D g, int row1, int col1, int row2, int col2, Color color) {
2 26 Feb 07 jari 736         double yPos1 = row1+0.5;
2 26 Feb 07 jari 737         double yPos2 = row2+0.5;
2 26 Feb 07 jari 738         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 739         g.drawLine(insets.left + elementSize.width + col1*(elementSize.width+getSpacing()),
2 26 Feb 07 jari 740         insets.top + (int)(yPos1*elementSize.height),
2 26 Feb 07 jari 741         insets.left + col2*(elementSize.width+getSpacing())-1,
2 26 Feb 07 jari 742         insets.top + (int)(yPos2*elementSize.height));
2 26 Feb 07 jari 743     }
2 26 Feb 07 jari 744     
2 26 Feb 07 jari 745     /**
2 26 Feb 07 jari 746      * Calculates color for CY3 value.
2 26 Feb 07 jari 747      */
2 26 Feb 07 jari 748     private float getGreenValue(float cy3) {
2 26 Feb 07 jari 749         if (isGRScale) {
2 26 Feb 07 jari 750             float color = Math.abs(cy3/maxCY3);
2 26 Feb 07 jari 751             return color > 1f ? 1f : color;
2 26 Feb 07 jari 752         } else {
2 26 Feb 07 jari 753             if (cy3 == 0f)
2 26 Feb 07 jari 754                 return 0f;
2 26 Feb 07 jari 755             else
2 26 Feb 07 jari 756                 return 1f;
2 26 Feb 07 jari 757         }
2 26 Feb 07 jari 758     }
2 26 Feb 07 jari 759     
2 26 Feb 07 jari 760     /**
2 26 Feb 07 jari 761      * Calculates color for CY5 value.
2 26 Feb 07 jari 762      */
2 26 Feb 07 jari 763     private float getRedValue(float cy5) {
2 26 Feb 07 jari 764         if (isGRScale) {
2 26 Feb 07 jari 765             float color = Math.abs(cy5/maxCY5);
2 26 Feb 07 jari 766             return color > 1f ? 1f : color;
2 26 Feb 07 jari 767         } else {
2 26 Feb 07 jari 768             if (cy5 == 0f)
2 26 Feb 07 jari 769                 return 0f;
2 26 Feb 07 jari 770             else
2 26 Feb 07 jari 771                 return 1f;
2 26 Feb 07 jari 772         }
2 26 Feb 07 jari 773     }
2 26 Feb 07 jari 774     
2 26 Feb 07 jari 775     /**
2 26 Feb 07 jari 776      * @return true, if specified row and column are exists.
2 26 Feb 07 jari 777      */
2 26 Feb 07 jari 778     private boolean isLegalPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 779         if (isLegalRow(row) && isLegalColumn(column))
2 26 Feb 07 jari 780             return true;
2 26 Feb 07 jari 781         return false;
2 26 Feb 07 jari 782     }
2 26 Feb 07 jari 783     
2 26 Feb 07 jari 784     /**
2 26 Feb 07 jari 785      * @return true, if specified column is exists.
2 26 Feb 07 jari 786      */
2 26 Feb 07 jari 787     private boolean isLegalColumn(int column) {
2 26 Feb 07 jari 788         if (column < 0 || column > features -1)
2 26 Feb 07 jari 789             return false;
2 26 Feb 07 jari 790         return true;
2 26 Feb 07 jari 791     }
2 26 Feb 07 jari 792     
2 26 Feb 07 jari 793     /**
2 26 Feb 07 jari 794      * @return true, if specified row is exists.
2 26 Feb 07 jari 795      */
2 26 Feb 07 jari 796     private boolean isLegalRow(int row) {
2 26 Feb 07 jari 797         if (row < 0 || row > probes -1)
2 26 Feb 07 jari 798             return false;
2 26 Feb 07 jari 799         return true;
2 26 Feb 07 jari 800     }
2 26 Feb 07 jari 801     
2 26 Feb 07 jari 802     /**
2 26 Feb 07 jari 803      * Finds column by specified x coordinate.
2 26 Feb 07 jari 804      * @return -1 if column was not found.
2 26 Feb 07 jari 805      */
2 26 Feb 07 jari 806     private int findColumn(int targetx) {
2 26 Feb 07 jari 807         //targetx -= insets.left;
2 26 Feb 07 jari 808         int columnSize = elementSize.width + getSpacing();
2 26 Feb 07 jari 809         if (targetx >= features*columnSize - getSpacing() + insets.left || targetx < insets.left) {
2 26 Feb 07 jari 810             return -1;
2 26 Feb 07 jari 811         }
2 26 Feb 07 jari 812         //  if(targetx < insets.left)
2 26 Feb 07 jari 813         //     return 0;
2 26 Feb 07 jari 814         else
2 26 Feb 07 jari 815             return ((targetx - insets.left)/columnSize);
2 26 Feb 07 jari 816     }
2 26 Feb 07 jari 817     
2 26 Feb 07 jari 818     /**
2 26 Feb 07 jari 819      * Finds row by specified y coordinate.
2 26 Feb 07 jari 820      * @return -1 if row was not found.
2 26 Feb 07 jari 821      */
2 26 Feb 07 jari 822     private int findRow(int targety) {
2 26 Feb 07 jari 823         targety -= insets.top;
2 26 Feb 07 jari 824         int ySize = probes*elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 825         if (targety >= ySize || targety < 0)
2 26 Feb 07 jari 826             return -1;
2 26 Feb 07 jari 827         return targety/elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 828     }
2 26 Feb 07 jari 829     
2 26 Feb 07 jari 830     /**
2 26 Feb 07 jari 831      * Returns x coordinate of a column.
2 26 Feb 07 jari 832      */
2 26 Feb 07 jari 833     private int getXPos(int column) {
2 26 Feb 07 jari 834         return column*(elementSize.width + getSpacing()) + insets.left;
2 26 Feb 07 jari 835     }
2 26 Feb 07 jari 836     
2 26 Feb 07 jari 837     /**
2 26 Feb 07 jari 838      * Returns y coordinate of a row.
2 26 Feb 07 jari 839      */
2 26 Feb 07 jari 840     private int getYPos(int row) {
2 26 Feb 07 jari 841         return row * elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 842     }
2 26 Feb 07 jari 843     
2 26 Feb 07 jari 844     /**
2 26 Feb 07 jari 845      * Draws a rectangle with specified color.
2 26 Feb 07 jari 846      */
2 26 Feb 07 jari 847     private void drawColoredBoxAt(Graphics g, int row, int column, Color color) {
2 26 Feb 07 jari 848         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 849         g.drawRect(insets.left + column*(elementSize.width+getSpacing()), insets.top + row*elementSize.height, elementSize.width-1, elementSize.height-1);
2 26 Feb 07 jari 850     }
2 26 Feb 07 jari 851     
2 26 Feb 07 jari 852     /**
2 26 Feb 07 jari 853      * Draws a chain.
2 26 Feb 07 jari 854      */
2 26 Feb 07 jari 855     private void drawChain(Graphics2D g, Color color, int[] chain, final int left, final int right) {
2 26 Feb 07 jari 856         for (int column = left; column < right; column++) {
2 26 Feb 07 jari 857             drawColoredBoxAt(g, chain[column], column, color);
2 26 Feb 07 jari 858         }
2 26 Feb 07 jari 859         final int last = right == chain.length ? right-1 : right;
2 26 Feb 07 jari 860         for (int column = left; column < last; column++) {
2 26 Feb 07 jari 861             drawLink(g, chain[column], column, chain[column+1], column+1, color);
2 26 Feb 07 jari 862         }
2 26 Feb 07 jari 863     }
2 26 Feb 07 jari 864     
2 26 Feb 07 jari 865     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 866      */
2 26 Feb 07 jari 867     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 868         return null;
2 26 Feb 07 jari 869     }
2 26 Feb 07 jari 870     
2 26 Feb 07 jari 871     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 872      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 873      */
2 26 Feb 07 jari 874     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 875         return null;
2 26 Feb 07 jari 876     }
2 26 Feb 07 jari 877     
2 26 Feb 07 jari 878     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 879         return null;
2 26 Feb 07 jari 880     }
2 26 Feb 07 jari 881     
2 26 Feb 07 jari 882     /**
2 26 Feb 07 jari 883      * Implemented only to satisfy the IViewer interface.  Always returns null.
2 26 Feb 07 jari 884      */
2 26 Feb 07 jari 885     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 886         return null;
2 26 Feb 07 jari 887     }
2 26 Feb 07 jari 888     /**
2 26 Feb 07 jari 889      * Implemented only to satisfy the IViewer interface.  Does nothing.
2 26 Feb 07 jari 890      */
2 26 Feb 07 jari 891     public void setExperiment(Experiment e){}
2 26 Feb 07 jari 892     /**
2 26 Feb 07 jari 893      * Implemented only to satisfy the IViewer interface.  Does nothing.
2 26 Feb 07 jari 894      */
2 26 Feb 07 jari 895     public void setExperimentID(int i){}
2 26 Feb 07 jari 896     /**
2 26 Feb 07 jari 897      * Implemented only to satisfy the IViewer interface.  Does nothing.
2 26 Feb 07 jari 898      */
2 26 Feb 07 jari 899     public int getExperimentID(){return 0;}
2 26 Feb 07 jari 900     
2 26 Feb 07 jari 901     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 902      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 903      */
2 26 Feb 07 jari 904     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 905         return -1;
2 26 Feb 07 jari 906     }
2 26 Feb 07 jari 907     
2 26 Feb 07 jari 908     
2 26 Feb 07 jari 909     
2 26 Feb 07 jari 910     private JPopupMenu createPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 911         JPopupMenu menu = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 912         
2 26 Feb 07 jari 913         //add to main view context
2 26 Feb 07 jari 914         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 915                 
2 26 Feb 07 jari 916
2 26 Feb 07 jari 917         JRadioButtonMenuItem item = new JRadioButtonMenuItem("Color Gradient View", true);
2 26 Feb 07 jari 918         buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 919         item.setActionCommand("palette "+RATIOSPLIT);
2 26 Feb 07 jari 920         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 921         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 922         
2 26 Feb 07 jari 923         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 924                 
2 26 Feb 07 jari 925         expressionBarItem = new JRadioButtonMenuItem("Expression Bar View");
2 26 Feb 07 jari 926         buttonGroup.add(expressionBarItem);
2 26 Feb 07 jari 927         expressionBarItem.setActionCommand("palette "+GREENRED);
2 26 Feb 07 jari 928         expressionBarItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 929         menu.add(expressionBarItem);
2 26 Feb 07 jari 930                 
2 26 Feb 07 jari 931         absoluteColorCheckBoxItem = new JCheckBoxMenuItem("Use Absolute Bar Colors", true);
2 26 Feb 07 jari 932         absoluteColorCheckBoxItem.setActionCommand("use-absolute-bar-colors");
2 26 Feb 07 jari 933         absoluteColorCheckBoxItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 934         absoluteColorCheckBoxItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 935         menu.add(absoluteColorCheckBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 936                                         
2 26 Feb 07 jari 937         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 938
2 26 Feb 07 jari 939         overlayItem = new JRadioButtonMenuItem("Color Overlay View");
2 26 Feb 07 jari 940         buttonGroup.add(overlayItem);
2 26 Feb 07 jari 941         overlayItem.setActionCommand("palette "+OVERLAY);
2 26 Feb 07 jari 942         overlayItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 943         menu.add(overlayItem);
2 26 Feb 07 jari 944
2 26 Feb 07 jari 945         
2 26 Feb 07 jari 946         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 947         
2 26 Feb 07 jari 948      /*   menu.add(createJCheckBoxMenuItem("G/R Scale", ActionManager.DISPLAY_GR_SCALE_CMD, listener, true));
2 26 Feb 07 jari 949         menu.add(createJCheckBoxMenuItem("Tracing", ActionManager.DISPLAY_TRACING_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 950         menu.add(createJMenuItem("Set Upper Limits", ActionManager.DISPLAY_SET_UPPER_LIMITS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 951        */ 
2 26 Feb 07 jari 952         
2 26 Feb 07 jari 953         //move to main view context
2 26 Feb 07 jari 954         sortGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 955         sortMenu = new JMenu("Sort Main View");
2 26 Feb 07 jari 956
2 26 Feb 07 jari 957         item = new JRadioButtonMenuItem("Restore Load Order");
2 26 Feb 07 jari 958         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 959         item.setActionCommand("sort "+SlideDataSorter.SORT_BY_LOCATION);
2 26 Feb 07 jari 960         sortGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 961         sortMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 962
2 26 Feb 07 jari 963
2 26 Feb 07 jari 964         item = new JRadioButtonMenuItem("Sort by Ratio");
2 26 Feb 07 jari 965         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 966         item.setActionCommand("sort "+SlideDataSorter.SORT_BY_RATIO);
2 26 Feb 07 jari 967         sortGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 968         sortMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 969
2 26 Feb 07 jari 970         
2 26 Feb 07 jari 971         ((JRadioButtonMenuItem)sortMenu.getMenuComponent(0)).setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 972         if(data != null && data.getFieldNames() != null)
2 26 Feb 07 jari 973             addSortMenuItems(this.data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 974         menu.add(sortMenu);
2 26 Feb 07 jari 975         
2 26 Feb 07 jari 976         //        Menu.add(manager.getAction(ActionManager.SHOW_THUMBNAIL_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 977         
2 26 Feb 07 jari 978         
2 26 Feb 07 jari 979         return menu;
2 26 Feb 07 jari 980         
2 26 Feb 07 jari 981     }
2 26 Feb 07 jari 982     
2 26 Feb 07 jari 983     
2 26 Feb 07 jari 984     
2 26 Feb 07 jari 985     /**
2 26 Feb 07 jari 986      * Creates a menu item from specified action.
2 26 Feb 07 jari 987      */
2 26 Feb 07 jari 988     private JMenuItem createJMenuItem(Action action) {
2 26 Feb 07 jari 989         JMenuItem item = new JMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 990         item.setActionCommand((String)action.getValue(Action.ACTION_COMMAND_KEY));
2 26 Feb 07 jari 991         return item;
2 26 Feb 07 jari 992     }
2 26 Feb 07 jari 993     
2 26 Feb 07 jari 994     /**
2 26 Feb 07 jari 995      * Creates a menu item with specified name and acton command.
2 26 Feb 07 jari 996      */
2 26 Feb 07 jari 997     private JMenuItem createJMenuItem(String name, String command, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 998         JMenuItem item = new JMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 999         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 1000         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1001         return item;
2 26 Feb 07 jari 1002     }
2 26 Feb 07 jari 1003     
2 26 Feb 07 jari 1004     /**
2 26 Feb 07 jari 1005      * Creates a check box menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 1006      */
2 26 Feb 07 jari 1007     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1008         JCheckBoxMenuItem item = new JCheckBoxMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 1009         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 1010         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1011         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 1012         return item;
2 26 Feb 07 jari 1013     }
2 26 Feb 07 jari 1014     
2 26 Feb 07 jari 1015     /**
2 26 Feb 07 jari 1016      * Creates a check box menu item with specified name and acton command.
2 26 Feb 07 jari 1017      */
2 26 Feb 07 jari 1018     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1019         return createJCheckBoxMenuItem(name, command, listener, false);
2 26 Feb 07 jari 1020     }
2 26 Feb 07 jari 1021     
2 26 Feb 07 jari 1022     /**
2 26 Feb 07 jari 1023      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 1024      */
2 26 Feb 07 jari 1025     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, ButtonGroup buttonGroup, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1026         JRadioButtonMenuItem item = new JRadioButtonMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 1027         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 1028         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1029         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 1030         if (buttonGroup != null) {
2 26 Feb 07 jari 1031             buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1032         }
2 26 Feb 07 jari 1033         return item;
2 26 Feb 07 jari 1034     }
2 26 Feb 07 jari 1035     
2 26 Feb 07 jari 1036     /**
2 26 Feb 07 jari 1037      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and button group.
2 26 Feb 07 jari 1038      */
2 26 Feb 07 jari 1039     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, ButtonGroup buttonGroup) {
2 26 Feb 07 jari 1040         return createJRadioButtonMenuItem(name, command, listener, buttonGroup, false);
2 26 Feb 07 jari 1041     }
2 26 Feb 07 jari 1042     
2 26 Feb 07 jari 1043     
2 26 Feb 07 jari 1044     public void addSortMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 1045         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 1046         DefaultAction action; 
2 26 Feb 07 jari 1047         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){    
2 26 Feb 07 jari 1048             item = new JRadioButtonMenuItem("Sort by "+fieldNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 1049             item.setActionCommand("sort "+Integer.toString(i));
2 26 Feb 07 jari 1050             item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1051             sortGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1052             this.sortMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1053         }
2 26 Feb 07 jari 1054     }
2 26 Feb 07 jari 1055     
2 26 Feb 07 jari 1056     
2 26 Feb 07 jari 1057
2 26 Feb 07 jari 1058     
2 26 Feb 07 jari 1059     /**
2 26 Feb 07 jari 1060      * Sorts the framework data.
2 26 Feb 07 jari 1061      */
2 26 Feb 07 jari 1062     private void onSort(int style) {
2 26 Feb 07 jari 1063         if(data instanceof MultipleArrayData) {
2 26 Feb 07 jari 1064             ((MultipleArrayData)data).sort(style);
2 26 Feb 07 jari 1065         }
2 26 Feb 07 jari 1066         this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 1067     }
2 26 Feb 07 jari 1068     
2 26 Feb 07 jari 1069
2 26 Feb 07 jari 1070     /**
2 26 Feb 07 jari 1071      * The listener to listen to mouse, keyboard and window events.
2 26 Feb 07 jari 1072      */
2 26 Feb 07 jari 1073     private class Listener extends MouseAdapter implements MouseMotionListener, KeyListener, WindowListener, ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 1074         
2 26 Feb 07 jari 1075         public Listener() {  }
2 26 Feb 07 jari 1076         
2 26 Feb 07 jari 1077         private int oldRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 1078         private int oldColumn = -1;
2 26 Feb 07 jari 1079         
2 26 Feb 07 jari 1080         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1081             requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 1082             if(event.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1083                 popup.show(MultipleArrayCanvas.this, event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1084                 return;
2 26 Feb 07 jari 1085             }
2 26 Feb 07 jari 1086         }
2 26 Feb 07 jari 1087         
2 26 Feb 07 jari 1088         public void mouseClicked(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1089             int column = findColumn(event.getX());
2 26 Feb 07 jari 1090             int row = findRow(event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1091             if(event.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1092                 popup.show(MultipleArrayCanvas.this, event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1093                 return;
2 26 Feb 07 jari 1094             }
2 26 Feb 07 jari 1095             if (!isLegalPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1096                 return;
2 26 Feb 07 jari 1097             }
2 26 Feb 07 jari 1098             if (event.isControlDown()) { // single array viewer
2 26 Feb 07 jari 1099                 framework.displaySingleArrayViewer(column);
2 26 Feb 07 jari 1100                 return;
2 26 Feb 07 jari 1101             }
2 26 Feb 07 jari 1102             if (!event.isShiftDown()) { // element info
2 26 Feb 07 jari 1103                 int[] indices = data.getSortedIndices(column);
2 26 Feb 07 jari 1104                 framework.displaySlideElementInfo(column, indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 1105                 return;
2 26 Feb 07 jari 1106             }
2 26 Feb 07 jari 1107             // start chain
2 26 Feb 07 jari 1108             doChain(row, column);
2 26 Feb 07 jari 1109             setDrawChain(true);
2 26 Feb 07 jari 1110         }
2 26 Feb 07 jari 1111         
2 26 Feb 07 jari 1112         public void mouseMoved(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1113             if (features == 0 || event.isShiftDown())
2 26 Feb 07 jari 1114                 return;
2 26 Feb 07 jari 1115             int column = findColumn(event.getX());
2 26 Feb 07 jari 1116             int row = findRow(event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1117             if (isCurrentPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1118                 return;
2 26 Feb 07 jari 1119             }
2 26 Feb 07 jari 1120             Graphics g = null;
2 26 Feb 07 jari 1121             if (isLegalPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1122                 g = getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1123                 drawColoredBoxAt(g, row, column, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 1124             }
2 26 Feb 07 jari 1125             if (isLegalPosition(oldRow, oldColumn)) {
2 26 Feb 07 jari 1126                 g = g != null ? g : getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1127                 drawSlideDataElement(g, oldRow, oldColumn, data.getSortedIndices(oldColumn));
2 26 Feb 07 jari 1128             }
2 26 Feb 07 jari 1129             setOldPosition(row, column);
2 26 Feb 07 jari 1130             if (g != null) {
2 26 Feb 07 jari 1131                 g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1132             }
2 26 Feb 07 jari 1133         }
2 26 Feb 07 jari 1134         
2 26 Feb 07 jari 1135         
2 26 Feb 07 jari 1136         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1137             if(event.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1138                 popup.show(MultipleArrayCanvas.this, event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1139                 return;
2 26 Feb 07 jari 1140             }
2 26 Feb 07 jari 1141         }
2 26 Feb 07 jari 1142         
2 26 Feb 07 jari 1143         public void mouseExited(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1144             if (isLegalPosition(oldRow, oldColumn)) {
2 26 Feb 07 jari 1145                 Graphics g = getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1146                 drawSlideDataElement(g, oldRow, oldColumn, data.getSortedIndices(oldColumn));
2 26 Feb 07 jari 1147                 g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1148             }
2 26 Feb 07 jari 1149             setOldPosition(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1150         }
2 26 Feb 07 jari 1151         
2 26 Feb 07 jari 1152         public void mouseDragged(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1153         }
2 26 Feb 07 jari 1154         
2 26 Feb 07 jari 1155         public void keyReleased(KeyEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1156             if ((event.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SHIFT) && (isDrawChain() == true)) {
2 26 Feb 07 jari 1157                 setDrawChain(false);
2 26 Feb 07 jari 1158             }
2 26 Feb 07 jari 1159         }
2 26 Feb 07 jari 1160         
2 26 Feb 07 jari 1161         public void keyPressed(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1162         public void keyTyped(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1163         
2 26 Feb 07 jari 1164         private void setOldPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 1165             oldColumn = column;
2 26 Feb 07 jari 1166             oldRow = row;
2 26 Feb 07 jari 1167         }
2 26 Feb 07 jari 1168         
2 26 Feb 07 jari 1169         private boolean isCurrentPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 1170             return(row == oldRow && column == oldColumn);
2 26 Feb 07 jari 1171         }
2 26 Feb 07 jari 1172         
2 26 Feb 07 jari 1173         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1174             MultipleArrayCanvas.this.isShowThumbnail = false;
2 26 Feb 07 jari 1175             MultipleArrayCanvas.this.thumbnail.hide();
2 26 Feb 07 jari 1176         }
2 26 Feb 07 jari 1177         
2 26 Feb 07 jari 1178         public void windowOpened(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1179         public void windowClosed(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1180         public void windowIconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1181         public void windowDeiconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1182         public void windowActivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1183         public void windowDeactivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1184         
2 26 Feb 07 jari 1185         public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 1186             String command = actionEvent.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1187             if(command.indexOf("sort") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1188                 String indexString = command.substring(5);
2 26 Feb 07 jari 1189                 onSort(Integer.parseInt(indexString));
2 26 Feb 07 jari 1190             } else if(command.indexOf("palette") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1191                 paletteStyle = Integer.parseInt(command.substring(8));
2 26 Feb 07 jari 1192                 if(paletteStyle == GREENRED) {//bar view
2 26 Feb 07 jari 1193                     absoluteColorCheckBoxItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 1194                     isGRScale = !absoluteColorCheckBoxItem.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 1195                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1196                     isGRScale = true;
2 26 Feb 07 jari 1197                     absoluteColorCheckBoxItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1198                 }
2 26 Feb 07 jari 1199                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1200             } else if(command.equals("use-absolute-bar-colors")) {
2 26 Feb 07 jari 1201                 isGRScale = !absoluteColorCheckBoxItem.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 1202                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1203                 System.out.println("isGRScale ="+isGRScale);
2 26 Feb 07 jari 1204             }
2 26 Feb 07 jari 1205         }
2 26 Feb 07 jari 1206         
2 26 Feb 07 jari 1207     }
2 26 Feb 07 jari 1208
2 26 Feb 07 jari 1209
2 26 Feb 07 jari 1210   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1211    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 1212    */
2 26 Feb 07 jari 1213   public Expression getExpression() {
2 26 Feb 07 jari 1214     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 1215     return null;
2 26 Feb 07 jari 1216   }
2 26 Feb 07 jari 1217     
2 26 Feb 07 jari 1218 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)