mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/MultipleArrayData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MultipleArrayData.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.27 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:50:19 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.io.FileReader;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.Serializable;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataGenerator.CGHCopyNumberCalculator;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataGenerator.CGHCopyNumberCalculatorNoDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.AlterationRegion;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.AlterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.AlterationRegionsComparator;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.Distribution;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.FlankingRegion;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.GeneDataSet;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.ICGHDataRegion;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.IGeneData;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.Cluster.Experiment.BacClonesExperimentParameters;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.Cluster.Experiment.CGHExperiment;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.Cluster.Experiment.DataRegionsExperimentParameters;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.Cluster.Experiment.GenesExperimentParameters;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.Progress;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.IterativeLogMCNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 58 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.LinRegNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 59 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.RatioStatsNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61 //EH - state-saving
2 26 Feb 07 jari 62 import org.tigr.microarray.mev.persistence.MultipleArrayDataPersistenceDelegate;
2 26 Feb 07 jari 63 import org.tigr.microarray.mev.persistence.MultipleArrayDataState;
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65 import java.beans.PersistenceDelegate;
2 26 Feb 07 jari 66 import org.tigr.microarray.mev.file.StringSplitter;
2 26 Feb 07 jari 67 import org.tigr.microarray.util.Adjustment;
2 26 Feb 07 jari 68 import org.tigr.microarray.util.SlideDataSorter;
2 26 Feb 07 jari 69 import org.tigr.midas.engine.Parameter;
2 26 Feb 07 jari 70 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 71 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 72
2 26 Feb 07 jari 73 import cern.jet.math.Arithmetic;
2 26 Feb 07 jari 74 import cern.jet.stat.Probability;
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77 public class MultipleArrayData implements IData {
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79     private ArrayList featuresList = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 80     private ArrayList indicesList  = new ArrayList(); // array of int[]'s
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82     private ArrayList spotColors = new ArrayList(); // array of Colors
2 26 Feb 07 jari 83     private int[] colorIndices;
2 26 Feb 07 jari 84     private ArrayList experimentColors = new ArrayList(); //array of experiment colors
2 26 Feb 07 jari 85     private int [] experimentColorIndices;
2 26 Feb 07 jari 86
2 26 Feb 07 jari 87     private Experiment experiment = null;
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89     private int dataType;
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91     private float maxCy3 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 92     private float maxCy5 = 0f;
2 26 Feb 07 jari 93     private float maxRatio = 0f;
2 26 Feb 07 jari 94     private float minRatio = 0f;
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96     private float percentageCutoff = 0f;
2 26 Feb 07 jari 97     private boolean usePercentageCutoff = false;
2 26 Feb 07 jari 98     private boolean usePvaluePercentageCutoff = false;
2 26 Feb 07 jari 99     private boolean usePresentCallCutoff = false;
2 26 Feb 07 jari 100     private boolean useGCOSPercentCutoff = false;
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     private boolean useVarianceFilter = false;
2 26 Feb 07 jari 103     private Properties varianceFilterProps;
2 26 Feb 07 jari 104
2 26 Feb 07 jari 105     private float lowerCY3Cutoff = 0f;
2 26 Feb 07 jari 106     private float lowerCY5Cutoff = 0f;
2 26 Feb 07 jari 107     private boolean useLowerCutoffs = false;
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109 //wwang add for genepix filter
2 26 Feb 07 jari 110     private float genePixCutoff = 80f;
2 26 Feb 07 jari 111     private boolean useGenePixCutoffs = false;
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113
2 26 Feb 07 jari 114     private Progress progressBar;
2 26 Feb 07 jari 115     private boolean normalizationAbort = false;
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 118     private DetectionFilter detectionFilter;
2 26 Feb 07 jari 119     private FoldFilter foldFilter;
2 26 Feb 07 jari 120     private boolean useDetectionFilter = false;
2 26 Feb 07 jari 121     private boolean dfSet = false;
2 26 Feb 07 jari 122     private boolean ffSet = false;
2 26 Feb 07 jari 123     private boolean useFoldFilter = false;
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125     private ClusterRepository geneClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 126     private ClusterRepository expClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 127
2 26 Feb 07 jari 128     private int logState = LOG;
2 26 Feb 07 jari 129
2 26 Feb 07 jari 130     private boolean isMedianIntensities = false;
2 26 Feb 07 jari 131     
2 26 Feb 07 jari 132     //fields for maintaining the 'experiment to use' statu
2 26 Feb 07 jari 133     private boolean useMainData = true;
2 26 Feb 07 jari 134     private Experiment alternateExperiment = null;
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     //EH
2 26 Feb 07 jari 138   MultipleArrayDataState mads;
2 26 Feb 07 jari 139   /**
2 26 Feb 07 jari 140      * List of all clones ordered by chromosome and then start position.
2 26 Feb 07 jari 141      * Raktim OCt 3, 2005
2 26 Feb 07 jari 142      */
2 26 Feb 07 jari 143     ArrayList clones = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 144     /**
2 26 Feb 07 jari 145      * Start and stop index of each chromosome in clones ArrayList
2 26 Feb 07 jari 146      * Raktim OCt 3, 2005
2 26 Feb 07 jari 147      */
2 26 Feb 07 jari 148     int[][] chromosomeIndices = new int[24][];
2 26 Feb 07 jari 149     /**
2 26 Feb 07 jari 150      * CGH Order that the samples are displayed
2 26 Feb 07 jari 151      * Raktim Oct 3, 2005
2 26 Feb 07 jari 152      */
2 26 Feb 07 jari 153     int[] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 154     /**
2 26 Feb 07 jari 155      * CGH private int cloneValueType and Distribution array;
2 26 Feb 07 jari 156      * Imported from Facade Class
2 26 Feb 07 jari 157      */
2 26 Feb 07 jari 158     private int cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 159     Distribution[] cloneDistributions;
2 26 Feb 07 jari 160     CGHCopyNumberCalculator copyNumberCalculator;
2 26 Feb 07 jari 161     ICGHDataRegion[][] annotations = new ICGHDataRegion[0][0];
2 26 Feb 07 jari 162     /**
2 26 Feb 07 jari 163      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 164      * Very Important CGH variable, imported from older FCD class
2 26 Feb 07 jari 165      * gets set in fcd.getRatio(..), ctl.OnShowBrowser(..), CGHViewer.OnExperimentsINitialized(..)
2 26 Feb 07 jari 166      */
2 26 Feb 07 jari 167     boolean hasDyeSwap = false;
2 26 Feb 07 jari 168     public boolean CGHData = false;
2 26 Feb 07 jari 169     public boolean log2Data = false;
2 26 Feb 07 jari 170     public int CGH_SPECIES = TMEV.CGH_SPECIES_Undef;
2 26 Feb 07 jari 171     public boolean hasCloneDistribution = false;
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173     public MultipleArrayData(){mads = new MultipleArrayDataState();}
2 26 Feb 07 jari 174     /**
2 26 Feb 07 jari 175      * PersistenceDelegate constructor.  This constructor can be used to recreate a
2 26 Feb 07 jari 176      * previously-stored MultipleArrayData. 
2 26 Feb 07 jari 177      * 
2 26 Feb 07 jari 178      * @param useMainData
2 26 Feb 07 jari 179      * @param percentageCutoff
2 26 Feb 07 jari 180      * @param usePercentageCutoffs
2 26 Feb 07 jari 181      * @param useVarianceFilter
2 26 Feb 07 jari 182      * @param useDetectionFilter
2 26 Feb 07 jari 183      * @param useFoldFilter
2 26 Feb 07 jari 184      * @param dfSet
2 26 Feb 07 jari 185      * @param ffSet
2 26 Feb 07 jari 186      * @param df
2 26 Feb 07 jari 187      * @param ff
2 26 Feb 07 jari 188      * @param isMedianIntensities
2 26 Feb 07 jari 189      * @param useLowerCutoffs
2 26 Feb 07 jari 190      * @param lowerCY3Cutoff
2 26 Feb 07 jari 191      * @param lowerCY5Cutoff
2 26 Feb 07 jari 192      * @param experimentColors
2 26 Feb 07 jari 193      * @param spotColors
2 26 Feb 07 jari 194      * @param currentSampleLabelKey
2 26 Feb 07 jari 195      * @param featuresList
2 26 Feb 07 jari 196      * @param hasDyeSwap
2 26 Feb 07 jari 197      * @param CGHData
2 26 Feb 07 jari 198      * @param log2Data
2 26 Feb 07 jari 199      * @param cgh_Sp
2 26 Feb 07 jari 200      * @param hasCloneDistribution
2 26 Feb 07 jari 201      * @param clones
2 26 Feb 07 jari 202      */
2 26 Feb 07 jari 203     public MultipleArrayData(
2 26 Feb 07 jari 204         Experiment experiment, 
2 26 Feb 07 jari 205         Boolean useMainData, Experiment alternateExperiment, Float percentageCutoff, Boolean usePercentageCutoffs, 
2 26 Feb 07 jari 206       Boolean useVarianceFilter, Boolean useDetectionFilter, Boolean useFoldFilter,
2 26 Feb 07 jari 207       Boolean dfSet, Boolean ffSet, DetectionFilter df, FoldFilter ff, Boolean isMedianIntensities, 
2 26 Feb 07 jari 208       Boolean useLowerCutoffs, Float lowerCY3Cutoff, Float lowerCY5Cutoff, 
2 26 Feb 07 jari 209       ArrayList experimentColors, ArrayList spotColors, 
2 26 Feb 07 jari 210       String currentSampleLabelKey, ArrayList featuresList, Integer dataType,
2 26 Feb 07 jari 211       int[] samplesOrder, Boolean hasDyeSwap, Boolean CGHData, Boolean log2Data, ArrayList clones, Integer cgh_Sp, MultipleArrayDataState mads){
2 26 Feb 07 jari 212       this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 213       this.setFeaturesList(featuresList);
2 26 Feb 07 jari 214       this.alternateExperiment = alternateExperiment;
2 26 Feb 07 jari 215       this.useMainData = useMainData.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 216       this.percentageCutoff = percentageCutoff.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 217       this.usePercentageCutoff = usePercentageCutoffs.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 218       this.useVarianceFilter = useVarianceFilter.booleanValue(); 
2 26 Feb 07 jari 219         this.useDetectionFilter = useDetectionFilter.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 220         this.useFoldFilter = useFoldFilter.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 221         this.samplesOrder = samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 222         this.dfSet = dfSet.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 223         if(dfSet.booleanValue())
2 26 Feb 07 jari 224           this.detectionFilter = df;
2 26 Feb 07 jari 225         this.ffSet = ffSet.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 226         if(ffSet.booleanValue())
2 26 Feb 07 jari 227           this.foldFilter = ff;
2 26 Feb 07 jari 228         this.isMedianIntensities = isMedianIntensities.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 229         this.useLowerCutoffs = useLowerCutoffs.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 230         this.lowerCY3Cutoff = lowerCY3Cutoff.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 231         this.lowerCY5Cutoff = lowerCY5Cutoff.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 232         this.experimentColors = experimentColors;
2 26 Feb 07 jari 233         this.spotColors = spotColors;
2 26 Feb 07 jari 234         setSampleLabelKey(currentSampleLabelKey);
2 26 Feb 07 jari 235         try{
2 26 Feb 07 jari 236         setDataType(dataType.intValue());
2 26 Feb 07 jari 237         } catch (Exception e){e.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 238         
2 26 Feb 07 jari 239         //Raktim 4/11. SS modifications
2 26 Feb 07 jari 240         this.hasDyeSwap = hasDyeSwap.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 241         this.CGHData = CGHData.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 242         this.log2Data = log2Data.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 243         this.clones = clones;
2 26 Feb 07 jari 244         this.CGH_SPECIES = cgh_Sp.intValue();
2 26 Feb 07 jari 245         loadMADS(mads);
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     /**
2 26 Feb 07 jari 248    * @param mads2
2 26 Feb 07 jari 249    */
2 26 Feb 07 jari 250   private void loadMADS(MultipleArrayDataState mads) {
2 26 Feb 07 jari 251       this.mads = mads;
2 26 Feb 07 jari 252       setMaxCy3(mads.getMaxCY3());
2 26 Feb 07 jari 253       setMaxCy5(mads.getMaxCY5());
2 26 Feb 07 jari 254   }
2 26 Feb 07 jari 255   public MultipleArrayDataState getMultipleArrayDataState(){return mads;}
2 26 Feb 07 jari 256
2 26 Feb 07 jari 257
2 26 Feb 07 jari 258     /**
2 26 Feb 07 jari 259      *  Sets the data objects feature list
2 26 Feb 07 jari 260      */
2 26 Feb 07 jari 261     public void setFeaturesList(ArrayList list) {
2 26 Feb 07 jari 262         this.featuresList = list;
2 26 Feb 07 jari 263         for(int i=0; i<featuresList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 264           indicesList.add(createIndices((ISlideData)featuresList.get(i)));
2 26 Feb 07 jari 265         }
2 26 Feb 07 jari 266         updateSpotColors();
2 26 Feb 07 jari 267         updateExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 268         this.experiment = this.createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 269     }
2 26 Feb 07 jari 270  
2 26 Feb 07 jari 271     /**
2 26 Feb 07 jari 272      * Sets the geneClusterRepository
2 26 Feb 07 jari 273      */
2 26 Feb 07 jari 274     public void setGeneClusterRepository(ClusterRepository rep){
2 26 Feb 07 jari 275         this.geneClusterRepository = rep;
2 26 Feb 07 jari 276     }
2 26 Feb 07 jari 277
2 26 Feb 07 jari 278     /**
2 26 Feb 07 jari 279      * Sets the experimentClusterRepository
2 26 Feb 07 jari 280      */
2 26 Feb 07 jari 281     public void setExperimentClusterRepository(ClusterRepository rep){
2 26 Feb 07 jari 282         this.expClusterRepository = rep;
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284
2 26 Feb 07 jari 285
2 26 Feb 07 jari 286     /**
2 26 Feb 07 jari 287      * Sets the main data marker
2 26 Feb 07 jari 288      */    
2 26 Feb 07 jari 289     public void setUseMainData(boolean useMainDataSelection) {
2 26 Feb 07 jari 290         this.useMainData = useMainDataSelection;
2 26 Feb 07 jari 291         if(this.useMainData)
2 26 Feb 07 jari 292             this.alternateExperiment = null;
2 26 Feb 07 jari 293     }
2 26 Feb 07 jari 294     public boolean getUseMainData() {
2 26 Feb 07 jari 295       return useMainData;
2 26 Feb 07 jari 296     }
2 26 Feb 07 jari 297     /**
2 26 Feb 07 jari 298      * Set alternate experiment
2 26 Feb 07 jari 299      */
2 26 Feb 07 jari 300     public void setAlternateExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 301         this.alternateExperiment = e;
2 26 Feb 07 jari 302     }
2 26 Feb 07 jari 303     /**
2 26 Feb 07 jari 304     * EH - used by MulipleArrayViewer to get AlternateExperiment
2 26 Feb 07 jari 305     * so it can be stored in a saved state file
2 26 Feb 07 jari 306     */
2 26 Feb 07 jari 307     public Experiment getAlternateExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 308       return alternateExperiment;
2 26 Feb 07 jari 309     }
2 26 Feb 07 jari 310
2 26 Feb 07 jari 311     
2 26 Feb 07 jari 312     public void constructAndSetAlternateExperiment(Experiment coreExperiment, int [] clusterIndices, int clusterType) {
2 26 Feb 07 jari 313         int [] origRowIndices = coreExperiment.getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 314         int [] origColIndices = coreExperiment.getColumnIndicesCopy();
2 26 Feb 07 jari 315         FloatMatrix coreMatrix = coreExperiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 316         
2 26 Feb 07 jari 317         FloatMatrix newMatrix;
2 26 Feb 07 jari 318         int [] newRowIndices;
2 26 Feb 07 jari 319         int [] newColIndices;
2 26 Feb 07 jari 320         
2 26 Feb 07 jari 321         if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER) {
2 26 Feb 07 jari 322             newMatrix = new FloatMatrix(clusterIndices.length, origColIndices.length);
2 26 Feb 07 jari 323             newRowIndices = new int[clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 324             
2 26 Feb 07 jari 325             for(int row = 0; row < clusterIndices.length; row++) {
2 26 Feb 07 jari 326                 for(int col = 0; col < origColIndices.length; col++) {
2 26 Feb 07 jari 327                     newMatrix.set(row, col, coreMatrix.get(clusterIndices[row], col));                    
2 26 Feb 07 jari 328                 }                
2 26 Feb 07 jari 329                 newRowIndices[row] = origRowIndices[clusterIndices[row]];
2 26 Feb 07 jari 330             }
2 26 Feb 07 jari 331             //EH
2 26 Feb 07 jari 332             setAlternateExperiment(new Experiment(newMatrix, origColIndices, newRowIndices));
2 26 Feb 07 jari 333             this.useMainData = false;
2 26 Feb 07 jari 334             
2 26 Feb 07 jari 335         } else {
2 26 Feb 07 jari 336             
2 26 Feb 07 jari 337             newMatrix = new FloatMatrix(origRowIndices.length, clusterIndices.length);
2 26 Feb 07 jari 338             newColIndices = new int[clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 339             int colCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 340             
2 26 Feb 07 jari 341             for(int col = 0; col < clusterIndices.length; col++) {
2 26 Feb 07 jari 342                 for(int row = 0; row < origRowIndices.length; row++) {
2 26 Feb 07 jari 343                     newMatrix.set(row, col, coreMatrix.get(row, clusterIndices[col]));
2 26 Feb 07 jari 344                 }
2 26 Feb 07 jari 345                 newColIndices[col] = origColIndices[clusterIndices[col]];
2 26 Feb 07 jari 346             }
2 26 Feb 07 jari 347             //EH
2 26 Feb 07 jari 348             setAlternateExperiment(new Experiment(newMatrix, newColIndices, origRowIndices));
2 26 Feb 07 jari 349             this.useMainData = false;
2 26 Feb 07 jari 350         }
2 26 Feb 07 jari 351     
2 26 Feb 07 jari 352     }
2 26 Feb 07 jari 353     
2 26 Feb 07 jari 354     /**
2 26 Feb 07 jari 355      * Returns number of loaded microarrays.
2 26 Feb 07 jari 356      */
2 26 Feb 07 jari 357     public int getFeaturesCount() {
2 26 Feb 07 jari 358         return featuresList.size();
2 26 Feb 07 jari 359     }
2 26 Feb 07 jari 360
2 26 Feb 07 jari 361     /**
2 26 Feb 07 jari 362      * Returns a size of first loaded microarray.
2 26 Feb 07 jari 363      */
2 26 Feb 07 jari 364     public int getFeaturesSize() {
2 26 Feb 07 jari 365         if (featuresList.size() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 366             return 0;
2 26 Feb 07 jari 367         }
2 26 Feb 07 jari 368         return((ISlideData)featuresList.get(0)).getSize();
2 26 Feb 07 jari 369     }
2 26 Feb 07 jari 370     /**
2 26 Feb 07 jari 371      * Raktim. For CGH Functions
2 26 Feb 07 jari 372      * Returns a reference to the data objects feature list
2 26 Feb 07 jari 373      * Also used for state-saving.
2 26 Feb 07 jari 374      */
2 26 Feb 07 jari 375     public ArrayList getFeaturesList() {
2 26 Feb 07 jari 376         return this.featuresList;
2 26 Feb 07 jari 377     }
2 26 Feb 07 jari 378
2 26 Feb 07 jari 379     /**
2 26 Feb 07 jari 380      * Returns the percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 381      */
2 26 Feb 07 jari 382     public float getPercentageCutoff() {
2 26 Feb 07 jari 383         return percentageCutoff;
2 26 Feb 07 jari 384     }
2 26 Feb 07 jari 385
2 26 Feb 07 jari 386     /**
2 26 Feb 07 jari 387      * Sets a percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 388      */
2 26 Feb 07 jari 389     public void setPercentageCutoff(float value) {
2 26 Feb 07 jari 390         percentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 391         if (isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 392             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 393         }
2 26 Feb 07 jari 394     }
2 26 Feb 07 jari 395     public void setPvaluePercentageCutoff(float value) {
2 26 Feb 07 jari 396         percentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 397         if (isPvaluePercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 398             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 399         }
2 26 Feb 07 jari 400     }
2 26 Feb 07 jari 401     
2 26 Feb 07 jari 402     public void setPresenCallCutoff(float value) {
2 26 Feb 07 jari 403         percentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 404         if (isPresentCallCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 405           //System.out.print("hooooo");
2 26 Feb 07 jari 406             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 407         }
2 26 Feb 07 jari 408     }
2 26 Feb 07 jari 409     
2 26 Feb 07 jari 410     
2 26 Feb 07 jari 411     public void setVarianceFilter(Properties props) {
2 26 Feb 07 jari 412         this.varianceFilterProps = props; 
2 26 Feb 07 jari 413         if(props.getProperty("Filter Enabled").equals("true"))
2 26 Feb 07 jari 414             this.useVarianceFilter = true;
2 26 Feb 07 jari 415         else
2 26 Feb 07 jari 416             this.useVarianceFilter = false;            
2 26 Feb 07 jari 417         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 418     }
2 26 Feb 07 jari 419
2 26 Feb 07 jari 420     /**
2 26 Feb 07 jari 421      * Sets a use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 422      */
2 26 Feb 07 jari 423     public void setUsePercentageCutoff(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 424         if (usePercentageCutoff == value) {
2 26 Feb 07 jari 425             return;
2 26 Feb 07 jari 426         }   
2 26 Feb 07 jari 427         usePercentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 428         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430     
2 26 Feb 07 jari 431     public void setUsePvaluePercentageCutoff(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 432         if (usePvaluePercentageCutoff == value) {
2 26 Feb 07 jari 433             return;
2 26 Feb 07 jari 434         }   
2 26 Feb 07 jari 435         usePvaluePercentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 436         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 437     }
2 26 Feb 07 jari 438     public void setUsePresentCutoff(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 439         if (usePresentCallCutoff == value) {
2 26 Feb 07 jari 440             return;
2 26 Feb 07 jari 441         }
2 26 Feb 07 jari 442         usePresentCallCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 443         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 444     }
2 26 Feb 07 jari 445  
2 26 Feb 07 jari 446     /**
2 26 Feb 07 jari 447      *wwang
2 26 Feb 07 jari 448      * Sets a use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 449      */
2 26 Feb 07 jari 450     
2 26 Feb 07 jari 451     public void setUseGCOSPercentageCutoff(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 452         if (useGCOSPercentCutoff == value) {
2 26 Feb 07 jari 453             return;
2 26 Feb 07 jari 454         }
2 26 Feb 07 jari 455         useGCOSPercentCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 456         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 457     }
2 26 Feb 07 jari 458     public void setUseGenePixCutoff(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 459         if (useGenePixCutoffs == value) {
2 26 Feb 07 jari 460             return;
2 26 Feb 07 jari 461         }
2 26 Feb 07 jari 462         useGenePixCutoffs = value;
2 26 Feb 07 jari 463         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465     //pcahan for affy ********************************************
2 26 Feb 07 jari 466
2 26 Feb 07 jari 467     /**
2 26 Feb 07 jari 468      * Sets a use detection Filter value.
2 26 Feb 07 jari 469      */
2 26 Feb 07 jari 470     public void setUseDetectionFilter(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 471         if (useDetectionFilter == value) {
2 26 Feb 07 jari 472             return;
2 26 Feb 07 jari 473         }
2 26 Feb 07 jari 474         useDetectionFilter = value;
2 26 Feb 07 jari 475         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 476     }
2 26 Feb 07 jari 477
2 26 Feb 07 jari 478     public void setUseFoldFilter(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 479         if (useFoldFilter == value) {
2 26 Feb 07 jari 480             return;
2 26 Feb 07 jari 481         }
2 26 Feb 07 jari 482         useFoldFilter = value;
2 26 Feb 07 jari 483         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 484     }
2 26 Feb 07 jari 485
2 26 Feb 07 jari 486     public void setdfSet(boolean b) {
2 26 Feb 07 jari 487         dfSet = b;
2 26 Feb 07 jari 488     }
2 26 Feb 07 jari 489
2 26 Feb 07 jari 490     public boolean getdfSet(){
2 26 Feb 07 jari 491         return dfSet;
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493
2 26 Feb 07 jari 494     public void setffSet(boolean b) {
2 26 Feb 07 jari 495         ffSet = b;
2 26 Feb 07 jari 496     }
2 26 Feb 07 jari 497
2 26 Feb 07 jari 498     public boolean getffSet(){
2 26 Feb 07 jari 499         return ffSet;
2 26 Feb 07 jari 500     }
2 26 Feb 07 jari 501
2 26 Feb 07 jari 502     /**
2 26 Feb 07 jari 503      * Returns the use  DetectionFilter.
2 26 Feb 07 jari 504      */
2 26 Feb 07 jari 505     public boolean isDetectionFilter() {
2 26 Feb 07 jari 506         return useDetectionFilter;
2 26 Feb 07 jari 507     }
2 26 Feb 07 jari 508
2 26 Feb 07 jari 509     public boolean isFoldFilter() {
2 26 Feb 07 jari 510         return useFoldFilter;
2 26 Feb 07 jari 511     }
2 26 Feb 07 jari 512   
2 26 Feb 07 jari 513     public boolean isGenePixFilter() {
2 26 Feb 07 jari 514         return useGenePixCutoffs;
2 26 Feb 07 jari 515     }
2 26 Feb 07 jari 516     /**
2 26 Feb 07 jari 517      * Returns the detection filter. Change from bool -> detection filter class.
2 26 Feb 07 jari 518      */
2 26 Feb 07 jari 519     public DetectionFilter getDetectionFilter() {
2 26 Feb 07 jari 520         return detectionFilter;
2 26 Feb 07 jari 521     }
2 26 Feb 07 jari 522
2 26 Feb 07 jari 523     public FoldFilter getFoldFilter() {
2 26 Feb 07 jari 524         return foldFilter;
2 26 Feb 07 jari 525     }
2 26 Feb 07 jari 526
2 26 Feb 07 jari 527     /**
2 26 Feb 07 jari 528      * Sets the detection filter values.
2 26 Feb 07 jari 529      *
2 26 Feb 07 jari 530      * public void setDetectionFilter(boolean use_filter) {
2 26 Feb 07 jari 531      * detectionFilter = use_filter;
2 26 Feb 07 jari 532      * if (isDetectionFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 533      * this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 534      * }
2 26 Feb 07 jari 535      * }
2 26 Feb 07 jari 536      */
2 26 Feb 07 jari 537     public void setDetectionFilter(DetectionFilter filter) {
2 26 Feb 07 jari 538         detectionFilter = filter;
2 26 Feb 07 jari 539         if (isDetectionFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 540             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542     }
2 26 Feb 07 jari 543     //add by wwang
2 26 Feb 07 jari 544     public void setGenePixCutoff(float value){
2 26 Feb 07 jari 545       useGenePixCutoffs=true;
2 26 Feb 07 jari 546       percentageCutoff = value;
2 26 Feb 07 jari 547       if(isGenePixFilter())
2 26 Feb 07 jari 548        this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 549     }
2 26 Feb 07 jari 550     public void setFoldFilter(FoldFilter filter) {
2 26 Feb 07 jari 551         foldFilter = filter;
2 26 Feb 07 jari 552         if (isFoldFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 553             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 554         }
2 26 Feb 07 jari 555     }
2 26 Feb 07 jari 556
2 26 Feb 07 jari 557         /*
2 26 Feb 07 jari 558      pcahan
2 26 Feb 07 jari 559      Also want for affy data, want to retrieve detection for each chip*/
2 26 Feb 07 jari 560     public String getDetection(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 561         if (featuresList.size() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 562             return "";
2 26 Feb 07 jari 563         }
2 26 Feb 07 jari 564
2 26 Feb 07 jari 565         return ((ISlideData)(featuresList.get(column))).getDetection(row);        
2 26 Feb 07 jari 566     }
2 26 Feb 07 jari 567
2 26 Feb 07 jari 568     // end affy specific methods ********************************************
2 26 Feb 07 jari 569
2 26 Feb 07 jari 570     //wwang add for p-value filter
2 26 Feb 07 jari 571     public float getPvalue(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 572         if (featuresList.size() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 573             return 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 574         }
2 26 Feb 07 jari 575         return ((ISlideData)(featuresList.get(column))).getPvalue(row);
2 26 Feb 07 jari 576     }
2 26 Feb 07 jari 577     public int getGenePixFlags(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 578         if (featuresList.size() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 579             return 0;
2 26 Feb 07 jari 580         }
2 26 Feb 07 jari 581
2 26 Feb 07 jari 582         return ((ISlideData)(featuresList.get(column))).getGenePixFlags(row);        
2 26 Feb 07 jari 583     }
2 26 Feb 07 jari 584     /**
2 26 Feb 07 jari 585      * Returns the use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 586      */
2 26 Feb 07 jari 587     public boolean isPercentageCutoff() {
2 26 Feb 07 jari 588         return usePercentageCutoff;
2 26 Feb 07 jari 589     }
2 26 Feb 07 jari 590     public boolean isPvaluePercentageCutoff() {
2 26 Feb 07 jari 591         return usePvaluePercentageCutoff;
2 26 Feb 07 jari 592     }  
2 26 Feb 07 jari 593     /**
2 26 Feb 07 jari 594      * Returns the use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 595      */
2 26 Feb 07 jari 596     public boolean isPresentCallCutoff() {
2 26 Feb 07 jari 597         return usePresentCallCutoff;
2 26 Feb 07 jari 598     }
2 26 Feb 07 jari 599      
2 26 Feb 07 jari 600     /**
2 26 Feb 07 jari 601      * Returns the use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 602      */
2 26 Feb 07 jari 603     public boolean isGCOSPercentCutoff() {
2 26 Feb 07 jari 604         return useGCOSPercentCutoff;
2 26 Feb 07 jari 605     }
2 26 Feb 07 jari 606        
2 26 Feb 07 jari 607     /**
2 26 Feb 07 jari 608      * Returns the use percentage cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 609      */
2 26 Feb 07 jari 610     public boolean isVarianceFilter() {
2 26 Feb 07 jari 611         return useVarianceFilter;
2 26 Feb 07 jari 612     }
2 26 Feb 07 jari 613
2 26 Feb 07 jari 614     /**
2 26 Feb 07 jari 615      * Returns the lower CY3 cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 616      */
2 26 Feb 07 jari 617     public float getLowerCY3Cutoff() {
2 26 Feb 07 jari 618         return lowerCY3Cutoff;
2 26 Feb 07 jari 619     }
2 26 Feb 07 jari 620
2 26 Feb 07 jari 621     /**
2 26 Feb 07 jari 622      * Sets marker for median intensities
2 26 Feb 07 jari 623      */
2 26 Feb 07 jari 624     public void setMedianIntensities(boolean areMedians) {
2 26 Feb 07 jari 625         this.isMedianIntensities = areMedians;
2 26 Feb 07 jari 626     }
2 26 Feb 07 jari 627
2 26 Feb 07 jari 628     /**
2 26 Feb 07 jari 629      * Returns true if intensities are median intensities
2 26 Feb 07 jari 630      */
2 26 Feb 07 jari 631     public boolean areMedianIntensities() {
2 26 Feb 07 jari 632         return isMedianIntensities;
2 26 Feb 07 jari 633     }
2 26 Feb 07 jari 634
2 26 Feb 07 jari 635     /**
2 26 Feb 07 jari 636      * Sets the lower cutoff values.
2 26 Feb 07 jari 637      */
2 26 Feb 07 jari 638     public void setLowerCutoffs(float lowerCY3, float lowerCY5) {
2 26 Feb 07 jari 639         lowerCY3Cutoff = lowerCY3;
2 26 Feb 07 jari 640         lowerCY5Cutoff = lowerCY5;
2 26 Feb 07 jari 641         if (isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 642             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 643         }
2 26 Feb 07 jari 644     }
2 26 Feb 07 jari 645
2 26 Feb 07 jari 646     /**
2 26 Feb 07 jari 647      * Returns the lower CY5 cutoff value.
2 26 Feb 07 jari 648      */
2 26 Feb 07 jari 649     public float getLowerCY5Cutoff() {
2 26 Feb 07 jari 650         return lowerCY5Cutoff;
2 26 Feb 07 jari 651     }
2 26 Feb 07 jari 652
2 26 Feb 07 jari 653     /**
2 26 Feb 07 jari 654      * Sets the use lower cutoff attribute flag.
2 26 Feb 07 jari 655      */
2 26 Feb 07 jari 656     public void setUseLowerCutoffs(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 657         if (useLowerCutoffs == value) {
2 26 Feb 07 jari 658             return;
2 26 Feb 07 jari 659         }
2 26 Feb 07 jari 660         useLowerCutoffs = value;
2 26 Feb 07 jari 661         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 662     }
2 26 Feb 07 jari 663
2 26 Feb 07 jari 664     /**
2 26 Feb 07 jari 665      * Return the use lower cutoff flag.
2 26 Feb 07 jari 666      */
2 26 Feb 07 jari 667     public boolean isLowerCutoffs() {
2 26 Feb 07 jari 668         return useLowerCutoffs;
2 26 Feb 07 jari 669     }
2 26 Feb 07 jari 670
2 26 Feb 07 jari 671     /**
2 26 Feb 07 jari 672      * Returns CY3 value for specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 673      */
2 26 Feb 07 jari 674     public float getCY3(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 675         ISlideData slideData = (ISlideData)featuresList.get(column);
2 26 Feb 07 jari 676         return slideData.getCY3(row);
2 26 Feb 07 jari 677     }
2 26 Feb 07 jari 678
2 26 Feb 07 jari 679     /**
2 26 Feb 07 jari 680      * Returns CY3 value for specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 681      */
2 26 Feb 07 jari 682     public float getCY5(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 683         ISlideData slideData = (ISlideData)featuresList.get(column);
2 26 Feb 07 jari 684         return slideData.getCY5(row);
2 26 Feb 07 jari 685     }
2 26 Feb 07 jari 686
2 26 Feb 07 jari 687     /**
2 26 Feb 07 jari 688      * Returns ratio value for specified row, column and log state.
2 26 Feb 07 jari 689      */
2 26 Feb 07 jari 690     public float getRatio(int column, int row, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 691         ISlideData slideData = (ISlideData)featuresList.get(column);
2 26 Feb 07 jari 692         logState = this.logState;  //set to current log state
2 26 Feb 07 jari 693         return slideData.getRatio(row, logState);
2 26 Feb 07 jari 694     }
2 26 Feb 07 jari 695
2 26 Feb 07 jari 696     /**
2 26 Feb 07 jari 697      * Returns a microarray name for specified column.
2 26 Feb 07 jari 698      */
2 26 Feb 07 jari 699     public String getSampleName(int column) {
2 26 Feb 07 jari 700         return((ISlideData)featuresList.get(column)).getSlideDataName();
2 26 Feb 07 jari 701     }
2 26 Feb 07 jari 702
2 26 Feb 07 jari 703     /** Sets the experiment label index for the collection of features
2 26 Feb 07 jari 704      */
2 26 Feb 07 jari 705     public void setSampleLabelKey(String key) {
2 26 Feb 07 jari 706         for(int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 707             ((ISlideData)featuresList.get(i)).setDataLabelKey(key);
2 26 Feb 07 jari 708         }
2 26 Feb 07 jari 709     }
2 26 Feb 07 jari 710
2 26 Feb 07 jari 711     /**
2 26 Feb 07 jari 712      * Returns full feature name.
2 26 Feb 07 jari 713      */
2 26 Feb 07 jari 714     public String getFullSampleName(int column) {
2 26 Feb 07 jari 715         return((ISlideData)featuresList.get(column)).getFullSlideDataName();
2 26 Feb 07 jari 716     }
2 26 Feb 07 jari 717
2 26 Feb 07 jari 718     public Vector getSlideDataNameKeys(int column) {
2 26 Feb 07 jari 719         return((ISlideData)featuresList.get(column)).getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 720     }
2 26 Feb 07 jari 721
2 26 Feb 07 jari 722     /**
2 26 Feb 07 jari 723      * Returns the key vector for the sample with the longest sample name key list
2 26 Feb 07 jari 724      */
2 26 Feb 07 jari 725     public Vector getSlideNameKeyVectorUnion() {
2 26 Feb 07 jari 726         Vector keyVector;
2 26 Feb 07 jari 727         Vector fullKeyVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 728         String key;
2 26 Feb 07 jari 729         for( int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 730             keyVector = ((ISlideData)featuresList.get(i)).getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 731             for(int j = 0; j < keyVector.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 732                 key = (String)(keyVector.elementAt(j));
2 26 Feb 07 jari 733                 if(!fullKeyVector.contains(key))
2 26 Feb 07 jari 734                     fullKeyVector.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 735             }
2 26 Feb 07 jari 736         }
2 26 Feb 07 jari 737         return fullKeyVector;
2 26 Feb 07 jari 738     }
2 26 Feb 07 jari 739
2 26 Feb 07 jari 740
2 26 Feb 07 jari 741         /**
2 26 Feb 07 jari 742      * Returns the key vector for the sample with the longest sample name key list
2 26 Feb 07 jari 743      */
2 26 Feb 07 jari 744     public Vector getSampleAnnotationFieldNames() {
2 26 Feb 07 jari 745         Vector keyVector;
2 26 Feb 07 jari 746         Vector fullKeyVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 747         String key;
2 26 Feb 07 jari 748         for( int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 749             keyVector = ((ISlideData)featuresList.get(i)).getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 750             for(int j = 0; j < keyVector.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 751                 key = (String)(keyVector.elementAt(j));
2 26 Feb 07 jari 752                 if(!fullKeyVector.contains(key))
2 26 Feb 07 jari 753                     fullKeyVector.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 754             }
2 26 Feb 07 jari 755         }
2 26 Feb 07 jari 756         return fullKeyVector;
2 26 Feb 07 jari 757     }
2 26 Feb 07 jari 758     
2 26 Feb 07 jari 759     /**
2 26 Feb 07 jari 760      * Returns the key vector for the sample with the longest sample name key list
2 26 Feb 07 jari 761      */
2 26 Feb 07 jari 762     public String [] getSlideNameKeyArray() {
2 26 Feb 07 jari 763         Vector keyVector;
2 26 Feb 07 jari 764         Vector fullKeyVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 765         String key;
2 26 Feb 07 jari 766         for( int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 767             keyVector = ((ISlideData)featuresList.get(i)).getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 768             for(int j = 0; j < keyVector.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 769                 key = (String)(keyVector.elementAt(j));
2 26 Feb 07 jari 770                 if(!fullKeyVector.contains(key))
2 26 Feb 07 jari 771                     fullKeyVector.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 772             }
2 26 Feb 07 jari 773         }
2 26 Feb 07 jari 774
2 26 Feb 07 jari 775         String [] keys = new String[fullKeyVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 776         for(int i = 0 ; i < keys.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 777             keys[i] = (String)(fullKeyVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 778         }
2 26 Feb 07 jari 779         return keys;
2 26 Feb 07 jari 780     }
2 26 Feb 07 jari 781
2 26 Feb 07 jari 782
2 26 Feb 07 jari 783     public void addNewExperimentLabel(String key, String [] values) {
2 26 Feb 07 jari 784         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 785
2 26 Feb 07 jari 786         for(int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 787             getFeature(i).addNewSampleLabel(key, values[i]);;
2 26 Feb 07 jari 788         }
2 26 Feb 07 jari 789     }
2 26 Feb 07 jari 790     
2 26 Feb 07 jari 791     /**
2 26 Feb 07 jari 792      * Adds sample labels from <code>file</code>.  
2 26 Feb 07 jari 793      * @param parent the parent frame
2 26 Feb 07 jari 794      * @param file the text file containing the labels to associate with samples
2 26 Feb 07 jari 795      * @return true if successful
2 26 Feb 07 jari 796      * @throws IOException if there is something wrong with <code>file</code>
2 26 Feb 07 jari 797      */
2 26 Feb 07 jari 798     public boolean addNewSampleLabels(Frame parent, File file) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 799     int sampleCount = this.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 800     String line;        
2 26 Feb 07 jari 801        BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(file));
2 26 Feb 07 jari 802     StringTokenizer stok;
2 26 Feb 07 jari 803     boolean readingFirstRow = true;
2 26 Feb 07 jari 804     String [] annKeys = null; //a list of the headers for each column in file
2 26 Feb 07 jari 805     String[] annotationRow;
2 26 Feb 07 jari 806     Vector data = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 807     int fieldCount;
2 26 Feb 07 jari 808     int annCnt = 0;    
2 26 Feb 07 jari 809     int rowCnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 810     Hashtable annotation = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 811     String fileName;
2 26 Feb 07 jari 812     
2 26 Feb 07 jari 813     line=reader.readLine();
2 26 Feb 07 jari 814     stok = new StringTokenizer(line, "\t");
2 26 Feb 07 jari 815     annKeys = new String[stok.countTokens()];
2 26 Feb 07 jari 816     for(int i = 0; i < annKeys.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 817       annKeys[i] = stok.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 818     }
2 26 Feb 07 jari 819     fieldCount = annKeys.length;              
2 26 Feb 07 jari 820
2 26 Feb 07 jari 821     while( (line = reader.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 822       stok = new StringTokenizer(line, "\t");
2 26 Feb 07 jari 823       annCnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 824       annotationRow = new String[fieldCount];
2 26 Feb 07 jari 825       while(stok.hasMoreTokens()) {
2 26 Feb 07 jari 826         annotationRow[annCnt] = stok.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 827         annCnt++;
2 26 Feb 07 jari 828       }
2 26 Feb 07 jari 829       annotation.put(annotationRow[0], annotationRow);
2 26 Feb 07 jari 830       data.add(annotationRow);
2 26 Feb 07 jari 831       rowCnt++;
2 26 Feb 07 jari 832     }
2 26 Feb 07 jari 833     
2 26 Feb 07 jari 834     String thisSlideFileName;
2 26 Feb 07 jari 835     String thisAnnotationValue;
2 26 Feb 07 jari 836     for(int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 837       ISlideData thisSlide = getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 838       thisSlideFileName = thisSlide.getSlideFileName();
2 26 Feb 07 jari 839       thisSlideFileName = thisSlide.getSlideFileName().substring(thisSlideFileName.lastIndexOf(System.getProperty("file.separator"))+1);
2 26 Feb 07 jari 840       if(annotation.containsKey(thisSlideFileName)) {
2 26 Feb 07 jari 841         for(int j=0; j< annKeys.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 842           thisAnnotationValue = ((String[])annotation.get(thisSlideFileName))[j];
2 26 Feb 07 jari 843           thisSlide.addNewSampleLabel(annKeys[j], thisAnnotationValue);
2 26 Feb 07 jari 844         }
2 26 Feb 07 jari 845       } else {
2 26 Feb 07 jari 846         System.out.println("No annotation for " + thisSlideFileName);
2 26 Feb 07 jari 847       }
2 26 Feb 07 jari 848     }
2 26 Feb 07 jari 849     return true;
2 26 Feb 07 jari 850   }    
2 26 Feb 07 jari 851     
2 26 Feb 07 jari 852     /** Adds new gene annotation present in the annMatrix, Note: annMatrix contains headers with field names
2 26 Feb 07 jari 853      */
2 26 Feb 07 jari 854     public int addNewGeneAnnotation(String [][] annMatrix, String dataKey, String annFileKey, String [] fieldsToAppend) {
2 26 Feb 07 jari 855
2 26 Feb 07 jari 856         int updateCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 857
2 26 Feb 07 jari 858         //get annFile key column number
2 26 Feb 07 jari 859         int keyCol;
2 26 Feb 07 jari 860         for(keyCol = 0; keyCol < annMatrix[0].length; keyCol++){
2 26 Feb 07 jari 861             if(annMatrix[0][keyCol].equals(annFileKey))
2 26 Feb 07 jari 862                 break;
2 26 Feb 07 jari 863         }
2 26 Feb 07 jari 864
2 26 Feb 07 jari 865
2 26 Feb 07 jari 866         if(keyCol > annMatrix[0].length)
2 26 Feb 07 jari 867             return updateCount;
2 26 Feb 07 jari 868       
2 26 Feb 07 jari 869         //get current field index for datakey
2 26 Feb 07 jari 870         String [] fieldNames = getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 871         int dataKeyCol = -1;
2 26 Feb 07 jari 872         if(!dataKey.equals("UID")) {
2 26 Feb 07 jari 873             for(dataKeyCol = 0; dataKeyCol < fieldNames.length; dataKeyCol++) {
2 26 Feb 07 jari 874                 if(dataKey.equals(fieldNames[dataKeyCol]))
2 26 Feb 07 jari 875                     break;
2 26 Feb 07 jari 876             }
2 26 Feb 07 jari 877         }
2 26 Feb 07 jari 878         
2 26 Feb 07 jari 879         if(dataKeyCol > fieldNames.length)
2 26 Feb 07 jari 880             return updateCount;
2 26 Feb 07 jari 881
2 26 Feb 07 jari 882         
2 26 Feb 07 jari 883             /*
2 26 Feb 07 jari 884              *  Probably want to make the hash contain only fields that are 
2 26 Feb 07 jari 885              *  specified, maybe pass in String [] fieldsToAppend             
2 26 Feb 07 jari 886              */
2 26 Feb 07 jari 887                         
2 26 Feb 07 jari 888         //build hash of annFileKeys and String [] rows
2 26 Feb 07 jari 889         Hashtable annotationHash = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 890         
2 26 Feb 07 jari 891         // appending all annotation fields
2 26 Feb 07 jari 892         if(fieldsToAppend.length == annMatrix[0].length) {            
2 26 Feb 07 jari 893             for(int row = 1; row < annMatrix.length; row++) {
2 26 Feb 07 jari 894                 annotationHash.put(annMatrix[row][keyCol], annMatrix[row]);
2 26 Feb 07 jari 895             }
2 26 Feb 07 jari 896         } else {
2 26 Feb 07 jari 897         
2 26 Feb 07 jari 898             //Just build a hash with selected fields
2 26 Feb 07 jari 899             Vector testVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 900             
2 26 Feb 07 jari 901             for(int i = 0; i < fieldsToAppend.length;i++)
2 26 Feb 07 jari 902                 testVector.add(fieldsToAppend[i]);
2 26 Feb 07 jari 903             
2 26 Feb 07 jari 904             int subsetIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 905             String [] annSubset;
2 26 Feb 07 jari 906             for(int row = 1; row < annMatrix.length; row++) {
2 26 Feb 07 jari 907                 subsetIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 908     
2 26 Feb 07 jari 909                 annSubset = new String[fieldsToAppend.length];
2 26 Feb 07 jari 910                 
2 26 Feb 07 jari 911                 for(int fieldIndex = 0; fieldIndex < annMatrix[0].length; fieldIndex++)
2 26 Feb 07 jari 912                     if(testVector.contains(annMatrix[0][fieldIndex])) {
2 26 Feb 07 jari 913                         annSubset[subsetIndex] = annMatrix[row][fieldIndex];
2 26 Feb 07 jari 914                         subsetIndex++;
2 26 Feb 07 jari 915                     }
2 26 Feb 07 jari 916                 
2 26 Feb 07 jari 917                 annotationHash.put(annMatrix[row][keyCol], annSubset);
2 26 Feb 07 jari 918             }            
2 26 Feb 07 jari 919         }
2 26 Feb 07 jari 920         
2 26 Feb 07 jari 921         
2 26 Feb 07 jari 922         //loop through IData to get ISlideDataElements, get dataKey, get values from hash to apppend to sde
2 26 Feb 07 jari 923         //if hash returns null append "" for each field.
2 26 Feb 07 jari 924         ISlideData slideData = (ISlideData)getSlideMetaData();
2 26 Feb 07 jari 925         int rows = getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 926         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 927         String dataID = "";
2 26 Feb 07 jari 928         String [] newFields;
2 26 Feb 07 jari 929         
2 26 Feb 07 jari 930         //check for id matches, and count updates
2 26 Feb 07 jari 931         for(int row = 0; row < rows; row++) {
2 26 Feb 07 jari 932             //get sde
2 26 Feb 07 jari 933             sde = slideData.getSlideDataElement(row);
2 26 Feb 07 jari 934             
2 26 Feb 07 jari 935             //get the data key
2 26 Feb 07 jari 936             if(dataKeyCol == -1) //use UID
2 26 Feb 07 jari 937                 dataID = sde.getUID();
2 26 Feb 07 jari 938             else
2 26 Feb 07 jari 939                 dataID = sde.getFieldAt(dataKeyCol);
2 26 Feb 07 jari 940                 
2 26 Feb 07 jari 941             if(annotationHash.containsKey(dataID))
2 26 Feb 07 jari 942                 updateCount++;
2 26 Feb 07 jari 943         }
2 26 Feb 07 jari 944
2 26 Feb 07 jari 945         if(updateCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 946             for(int row = 0; row < rows; row++) {
2 26 Feb 07 jari 947                 //get sde
2 26 Feb 07 jari 948                 sde = slideData.getSlideDataElement(row);
2 26 Feb 07 jari 949                 
2 26 Feb 07 jari 950                 //get the data key
2 26 Feb 07 jari 951                 if(dataKeyCol == -1) //use UID
2 26 Feb 07 jari 952                     dataID = sde.getUID();
2 26 Feb 07 jari 953                 else
2 26 Feb 07 jari 954                     dataID = sde.getFieldAt(dataKeyCol);
2 26 Feb 07 jari 955                 
2 26 Feb 07 jari 956                 
2 26 Feb 07 jari 957                 newFields = (String []) annotationHash.get(dataID);
2 26 Feb 07 jari 958                 
2 26 Feb 07 jari 959                 if(newFields != null) {
2 26 Feb 07 jari 960                     sde.setExtraFields(newFields);
2 26 Feb 07 jari 961                     updateCount++;
2 26 Feb 07 jari 962                 } else {
2 26 Feb 07 jari 963                     sde.setExtraFields(new String[annMatrix[0].length]);
2 26 Feb 07 jari 964                 }
2 26 Feb 07 jari 965             }
2 26 Feb 07 jari 966         }
2 26 Feb 07 jari 967         
2 26 Feb 07 jari 968         return updateCount;
2 26 Feb 07 jari 969     }
2 26 Feb 07 jari 970
2 26 Feb 07 jari 971
2 26 Feb 07 jari 972     /**
2 26 Feb 07 jari 973      * Returns an element attribute for specified row and
2 26 Feb 07 jari 974      * attribute index.
2 26 Feb 07 jari 975      */
2 26 Feb 07 jari 976     public String getElementAttribute(int row, int attr) {
2 26 Feb 07 jari 977         if (featuresList.size() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 978             return "";
2 26 Feb 07 jari 979         }
2 26 Feb 07 jari 980         ISlideData slideData = (ISlideData)featuresList.get(0);
2 26 Feb 07 jari 981         ISlideDataElement element = slideData.getSlideDataElement(row);
2 26 Feb 07 jari 982         return element.getFieldAt(attr);
2 26 Feb 07 jari 983     }
2 26 Feb 07 jari 984
2 26 Feb 07 jari 985     /**
2 26 Feb 07 jari 986      * Returns a gene unique id.
2 26 Feb 07 jari 987      */
2 26 Feb 07 jari 988     public String getUniqueId(int row) {
2 26 Feb 07 jari 989         return getElementAttribute(row, TMEV.getUniqueIDIndex());
2 26 Feb 07 jari 990     }
2 26 Feb 07 jari 991
2 26 Feb 07 jari 992     /**
2 26 Feb 07 jari 993      * Returns a gene name.
2 26 Feb 07 jari 994      */
2 26 Feb 07 jari 995     public String getGeneName(int row) {
2 26 Feb 07 jari 996         return getElementAttribute(row, TMEV.getNameIndex());
2 26 Feb 07 jari 997     }
2 26 Feb 07 jari 998
2 26 Feb 07 jari 999     /**
2 26 Feb 07 jari 1000      * EH updated to get field names from slideData rather than TMEV
2 26 Feb 07 jari 1001      * Returns all annotation fields
2 26 Feb 07 jari 1002      */
2 26 Feb 07 jari 1003     public String[] getFieldNames() {
2 26 Feb 07 jari 1004       //6/10/06 jcb changed to ISlideData rather than Slide data since
2 26 Feb 07 jari 1005       //the first feature might not be a SlideData object if it's a sample subset (cluster)
2 26 Feb 07 jari 1006         return ((ISlideData)featuresList.get(0)).getSlideMetaData().getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 1007     }
2 26 Feb 07 jari 1008     /**
2 26 Feb 07 jari 1009      * Returns a spot base row.
2 26 Feb 07 jari 1010      */
2 26 Feb 07 jari 1011     public int getProbeRow(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 1012         ISlideMetaData meta = getFeature(column).getSlideMetaData();
2 26 Feb 07 jari 1013         return meta.getRow(row);
2 26 Feb 07 jari 1014     }
2 26 Feb 07 jari 1015
2 26 Feb 07 jari 1016     /**
2 26 Feb 07 jari 1017      * Returns a spot base column.
2 26 Feb 07 jari 1018      */
2 26 Feb 07 jari 1019     public int getProbeColumn(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 1020         ISlideMetaData meta = getFeature(column).getSlideMetaData();
2 26 Feb 07 jari 1021         return meta.getColumn(row);
2 26 Feb 07 jari 1022     }
2 26 Feb 07 jari 1023
2 26 Feb 07 jari 1024     /**
2 26 Feb 07 jari 1025      * Returns array of published colors.
2 26 Feb 07 jari 1026      */
2 26 Feb 07 jari 1027     public Color[] getColors() {
2 26 Feb 07 jari 1028         updateSpotColors();
2 26 Feb 07 jari 1029         Color[] colors = new Color[spotColors.size()];
2 26 Feb 07 jari 1030         return(Color[])spotColors.toArray(colors);
2 26 Feb 07 jari 1031     }
2 26 Feb 07 jari 1032     /**
2 26 Feb 07 jari 1033     * EH - added for state-saving. May not be necessary
2 26 Feb 07 jari 1034     */
2 26 Feb 07 jari 1035     public ArrayList getSpotColors() {
2 26 Feb 07 jari 1036       return spotColors;
2 26 Feb 07 jari 1037     }
2 26 Feb 07 jari 1038     /**
2 26 Feb 07 jari 1039     * EH - added for state-saving. May not be necessary
2 26 Feb 07 jari 1040     */
2 26 Feb 07 jari 1041     public void setSpotColors(ArrayList sp) {
2 26 Feb 07 jari 1042       this.spotColors = sp;
2 26 Feb 07 jari 1043     }
2 26 Feb 07 jari 1044
2 26 Feb 07 jari 1045     /**
2 26 Feb 07 jari 1046      * Returns a spot public color by specified row.
2 26 Feb 07 jari 1047      */
2 26 Feb 07 jari 1048     public Color getProbeColor(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1049         if(this.geneClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 1050             return null;
2 26 Feb 07 jari 1051         return this.geneClusterRepository.getColor(row);
2 26 Feb 07 jari 1052     }
2 26 Feb 07 jari 1053
2 26 Feb 07 jari 1054     public void updateSpotColors(){
2 26 Feb 07 jari 1055         this.colorIndices = new int[this.getFeaturesSize()];
2 26 Feb 07 jari 1056         spotColors = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1057         Color color;
2 26 Feb 07 jari 1058         int index;
2 26 Feb 07 jari 1059         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1060         for( int i = 0; i < colorIndices.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 1061             //  index = null;
2 26 Feb 07 jari 1062             if(geneClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 1063                 color = null;
2 26 Feb 07 jari 1064             else
2 26 Feb 07 jari 1065                 color = geneClusterRepository.getColor(i);
2 26 Feb 07 jari 1066             if(color == null){
2 26 Feb 07 jari 1067                 colorIndices[i] = -1;
2 26 Feb 07 jari 1068             } else{
2 26 Feb 07 jari 1069                 index = spotColors.indexOf(color);
2 26 Feb 07 jari 1070                 if(index < 0){
2 26 Feb 07 jari 1071                     spotColors.add(color);
2 26 Feb 07 jari 1072                     this.colorIndices[i] = count;
2 26 Feb 07 jari 1073                     count++;
2 26 Feb 07 jari 1074                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1075                     this.colorIndices[i] = index;
2 26 Feb 07 jari 1076                 }
2 26 Feb 07 jari 1077             }
2 26 Feb 07 jari 1078         }
2 26 Feb 07 jari 1079     }
2 26 Feb 07 jari 1080
2 26 Feb 07 jari 1081     public void updateExperimentColors(){
2 26 Feb 07 jari 1082         this.experimentColorIndices = new int[this.getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 1083         this.experimentColors = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1084         Color color;
2 26 Feb 07 jari 1085         int index;
2 26 Feb 07 jari 1086         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1087         for( int i = 0; i < experimentColorIndices.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 1088             if(expClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 1089                 color = null;
2 26 Feb 07 jari 1090             else
2 26 Feb 07 jari 1091                 color = expClusterRepository.getColor(i);
2 26 Feb 07 jari 1092             if(color == null){
2 26 Feb 07 jari 1093                 experimentColorIndices[i] = -1;
2 26 Feb 07 jari 1094             } else{
2 26 Feb 07 jari 1095                 index = experimentColors.indexOf(color);
2 26 Feb 07 jari 1096                 if(index < 0 ){
2 26 Feb 07 jari 1097                     experimentColors.add(color);
2 26 Feb 07 jari 1098                     this.experimentColorIndices[i] = count;
2 26 Feb 07 jari 1099                     count++;
2 26 Feb 07 jari 1100                 }
2 26 Feb 07 jari 1101                 else{
2 26 Feb 07 jari 1102                     this.experimentColorIndices[i] = index;
2 26 Feb 07 jari 1103                 }
2 26 Feb 07 jari 1104             }
2 26 Feb 07 jari 1105         }
2 26 Feb 07 jari 1106     }
2 26 Feb 07 jari 1107
2 26 Feb 07 jari 1108     public int [] getColorIndices(){
2 26 Feb 07 jari 1109         this.updateSpotColors();
2 26 Feb 07 jari 1110         return this.colorIndices;
2 26 Feb 07 jari 1111     }
2 26 Feb 07 jari 1112
2 26 Feb 07 jari 1113     public int [] getExperimentColorIndices(){
2 26 Feb 07 jari 1114         this.updateExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1115         return this.experimentColorIndices;
2 26 Feb 07 jari 1116     }
2 26 Feb 07 jari 1117
2 26 Feb 07 jari 1118     /**
2 26 Feb 07 jari 1119     * EH - added for state-saving
2 26 Feb 07 jari 1120     */
2 26 Feb 07 jari 1121     public void setColorIndices(int[] ci) {
2 26 Feb 07 jari 1122       colorIndices = ci;
2 26 Feb 07 jari 1123     }
2 26 Feb 07 jari 1124     /**
2 26 Feb 07 jari 1125     * EH - added for state-saving
2 26 Feb 07 jari 1126     */
2 26 Feb 07 jari 1127     public void setExperimentColorIndices(int[] eci) {
2 26 Feb 07 jari 1128       experimentColorIndices = eci;
2 26 Feb 07 jari 1129     }
2 26 Feb 07 jari 1130     
2 26 Feb 07 jari 1131     /**
2 26 Feb 07 jari 1132      * Sets a spot public color for specified rows.
2 26 Feb 07 jari 1133      */
2 26 Feb 07 jari 1134     public void setProbesColor(int[] rows, Color color) {
2 26 Feb 07 jari 1135         int colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 1136         if (color == null) {
2 26 Feb 07 jari 1137             colorIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 1138         } else {
2 26 Feb 07 jari 1139             colorIndex = spotColors.indexOf(color);
2 26 Feb 07 jari 1140             if (colorIndex < 0) {
2 26 Feb 07 jari 1141                 colorIndex = spotColors.size();
2 26 Feb 07 jari 1142                 spotColors.add(color);
2 26 Feb 07 jari 1143             }
2 26 Feb 07 jari 1144         }
2 26 Feb 07 jari 1145         for (int i=0; i<rows.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1146             this.colorIndices[rows[i]] = colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 1147         }
2 26 Feb 07 jari 1148         removeUnusedColors();
2 26 Feb 07 jari 1149     }
2 26 Feb 07 jari 1150
2 26 Feb 07 jari 1151     /**
2 26 Feb 07 jari 1152      * Returns index of the public color for specified row.
2 26 Feb 07 jari 1153      */
2 26 Feb 07 jari 1154     public int getProbeColorIndex(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1155         return colorIndices[row];
2 26 Feb 07 jari 1156     }
2 26 Feb 07 jari 1157
2 26 Feb 07 jari 1158     /**
2 26 Feb 07 jari 1159      * Returns count of rows which have public color index equals to colorIndex.
2 26 Feb 07 jari 1160      */
2 26 Feb 07 jari 1161     public int getColoredProbesCount(int colorIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1162         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1163         for (int i=0; i<colorIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1164             if (colorIndices[i] == colorIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1165                 count++;
2 26 Feb 07 jari 1166             }
2 26 Feb 07 jari 1167         }
2 26 Feb 07 jari 1168         return count;
2 26 Feb 07 jari 1169     }
2 26 Feb 07 jari 1170
2 26 Feb 07 jari 1171
2 26 Feb 07 jari 1172     public Color getExperimentColor(int index){
2 26 Feb 07 jari 1173         if(this.expClusterRepository == null){
2 26 Feb 07 jari 1174             return null;
2 26 Feb 07 jari 1175         }
2 26 Feb 07 jari 1176         return this.expClusterRepository.getColor(index);
2 26 Feb 07 jari 1177     }
2 26 Feb 07 jari 1178
2 26 Feb 07 jari 1179
2 26 Feb 07 jari 1180     public void setExperimentColor(int [] indices, Color color){
2 26 Feb 07 jari 1181         if(this.experimentColorIndices == null){
2 26 Feb 07 jari 1182             this.experimentColorIndices = createExperimentColorIndices();
2 26 Feb 07 jari 1183         }
2 26 Feb 07 jari 1184
2 26 Feb 07 jari 1185         int colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 1186         if (color == null) {
2 26 Feb 07 jari 1187             colorIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 1188         } else {
2 26 Feb 07 jari 1189             colorIndex = experimentColors.indexOf(color);
2 26 Feb 07 jari 1190             if (colorIndex < 0) {
2 26 Feb 07 jari 1191                 colorIndex = experimentColors.size();
2 26 Feb 07 jari 1192                 experimentColors.add(color);
2 26 Feb 07 jari 1193             }
2 26 Feb 07 jari 1194         }
2 26 Feb 07 jari 1195         for (int i=0; i<indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1196             this.experimentColorIndices[indices[i]] = colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 1197         }
2 26 Feb 07 jari 1198         removeUnusedExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1199     }
2 26 Feb 07 jari 1200
2 26 Feb 07 jari 1201   /**
2 26 Feb 07 jari 1202   * EH - added for state-saving
2 26 Feb 07 jari 1203   */
2 26 Feb 07 jari 1204     public void setExperimentColors(Color[] ec) {
2 26 Feb 07 jari 1205       ArrayList al = new ArrayList(ec.length);
2 26 Feb 07 jari 1206       for(int i=0; i<al.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1207         al.set(i, ec[i]);
2 26 Feb 07 jari 1208       }
2 26 Feb 07 jari 1209       this.experimentColors = al;
2 26 Feb 07 jari 1210     }
2 26 Feb 07 jari 1211
2 26 Feb 07 jari 1212     /**
2 26 Feb 07 jari 1213      * Returns count of columns which have public color index equals to colorIndex.
2 26 Feb 07 jari 1214      */
2 26 Feb 07 jari 1215     public int getColoredExperimentsCount(int colorIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1216         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1217         if(this.experimentColorIndices == null){
2 26 Feb 07 jari 1218             this.experimentColorIndices = createExperimentColorIndices();
2 26 Feb 07 jari 1219         }
2 26 Feb 07 jari 1220         for (int i=0; i<experimentColorIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1221             if (experimentColorIndices[i] == colorIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1222                 count++;
2 26 Feb 07 jari 1223             }
2 26 Feb 07 jari 1224         }
2 26 Feb 07 jari 1225         return count;
2 26 Feb 07 jari 1226     }
2 26 Feb 07 jari 1227
2 26 Feb 07 jari 1228     /**
2 26 Feb 07 jari 1229      * Returns array of published experiment colors.
2 26 Feb 07 jari 1230      */
2 26 Feb 07 jari 1231     public Color[] getExperimentColors() {
2 26 Feb 07 jari 1232         this.updateExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1233         Color[] colors = new Color[experimentColors.size()];
2 26 Feb 07 jari 1234         return(Color[])experimentColors.toArray(colors);
2 26 Feb 07 jari 1235     }
2 26 Feb 07 jari 1236
2 26 Feb 07 jari 1237     /**
2 26 Feb 07 jari 1238      * Returns index of the public color for specified column.
2 26 Feb 07 jari 1239      */
2 26 Feb 07 jari 1240     public int getExperimentColorIndex(int col) {
2 26 Feb 07 jari 1241         if(this.experimentColorIndices == null){
2 26 Feb 07 jari 1242             this.experimentColorIndices = createExperimentColorIndices();
2 26 Feb 07 jari 1243         }
2 26 Feb 07 jari 1244         return experimentColorIndices[col];
2 26 Feb 07 jari 1245     }
2 26 Feb 07 jari 1246
2 26 Feb 07 jari 1247     public void clearExperimentColor(int index){
2 26 Feb 07 jari 1248         if(index > this.experimentColorIndices.length)
2 26 Feb 07 jari 1249             return;
2 26 Feb 07 jari 1250         this.experimentColors.remove(this.experimentColorIndices[index]);
2 26 Feb 07 jari 1251         this.experimentColorIndices[index] = -1;
2 26 Feb 07 jari 1252     }
2 26 Feb 07 jari 1253
2 26 Feb 07 jari 1254     public void clearExperimentColors(int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 1255         for(int i = 0 ; i < indices.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 1256             clearExperimentColor(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1257         }
2 26 Feb 07 jari 1258     }
2 26 Feb 07 jari 1259
2 26 Feb 07 jari 1260     public void deleteExperimentColors(){
2 26 Feb 07 jari 1261         // reinit colors state
2 26 Feb 07 jari 1262         experimentColors.clear();
2 26 Feb 07 jari 1263         experimentColorIndices = createExperimentColorIndices();
2 26 Feb 07 jari 1264     }
2 26 Feb 07 jari 1265
2 26 Feb 07 jari 1266     private int[] createExperimentColorIndices(){
2 26 Feb 07 jari 1267         int [] indices = new int[featuresList.size()];
2 26 Feb 07 jari 1268         for(int i = 0; i < featuresList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 1269             indices[i] = -1;
2 26 Feb 07 jari 1270         }
2 26 Feb 07 jari 1271         return indices;
2 26 Feb 07 jari 1272     }
2 26 Feb 07 jari 1273
2 26 Feb 07 jari 1274     /**
2 26 Feb 07 jari 1275      * Removes all does'nt used colors.
2 26 Feb 07 jari 1276      */
2 26 Feb 07 jari 1277     private void removeUnusedColors() {
2 26 Feb 07 jari 1278         boolean unused;
2 26 Feb 07 jari 1279         final int size = spotColors.size();
2 26 Feb 07 jari 1280         for (int i = size; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1281             unused = true;
2 26 Feb 07 jari 1282             for (int j = colorIndices.length; --j >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1283                 if (colorIndices[j] == i) {
2 26 Feb 07 jari 1284                     unused = false;
2 26 Feb 07 jari 1285                     break;
2 26 Feb 07 jari 1286                 }
2 26 Feb 07 jari 1287             }
2 26 Feb 07 jari 1288             if (unused) {
2 26 Feb 07 jari 1289                 spotColors.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 1290                 // adjust indices
2 26 Feb 07 jari 1291                 for (int j = colorIndices.length; --j >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1292                     if (colorIndices[j] > i) {
2 26 Feb 07 jari 1293                         colorIndices[j]--;
2 26 Feb 07 jari 1294                     }
2 26 Feb 07 jari 1295                 }
2 26 Feb 07 jari 1296             }
2 26 Feb 07 jari 1297         }
2 26 Feb 07 jari 1298     }
2 26 Feb 07 jari 1299
2 26 Feb 07 jari 1300     private void removeUnusedExperimentColors(){
2 26 Feb 07 jari 1301         boolean unused;
2 26 Feb 07 jari 1302         final int size = experimentColors.size();
2 26 Feb 07 jari 1303         for (int i = size; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1304             unused = true;
2 26 Feb 07 jari 1305             for (int j = experimentColorIndices.length; --j >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1306                 if (experimentColorIndices[j] == i) {
2 26 Feb 07 jari 1307                     unused = false;
2 26 Feb 07 jari 1308                     break;
2 26 Feb 07 jari 1309                 }
2 26 Feb 07 jari 1310             }
2 26 Feb 07 jari 1311             if (unused) {
2 26 Feb 07 jari 1312                 experimentColors.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 1313                 // adjust indices
2 26 Feb 07 jari 1314                 for (int j = experimentColorIndices.length; --j >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 1315                     if (experimentColorIndices[j] > i) {
2 26 Feb 07 jari 1316                         experimentColorIndices[j]--;
2 26 Feb 07 jari 1317                     }
2 26 Feb 07 jari 1318                 }
2 26 Feb 07 jari 1319             }
2 26 Feb 07 jari 1320         }
2 26 Feb 07 jari 1321     }
2 26 Feb 07 jari 1322
2 26 Feb 07 jari 1323     /**
2 26 Feb 07 jari 1324      * Delete all the published colors.
2 26 Feb 07 jari 1325      */
2 26 Feb 07 jari 1326     public void deleteColors() {
2 26 Feb 07 jari 1327         // reinit colors state
2 26 Feb 07 jari 1328         spotColors.clear();
2 26 Feb 07 jari 1329         if (colorIndices != null) {
2 26 Feb 07 jari 1330             colorIndices = createColorIndices(colorIndices.length);
2 26 Feb 07 jari 1331         }
2 26 Feb 07 jari 1332     }
2 26 Feb 07 jari 1333
2 26 Feb 07 jari 1334
2 26 Feb 07 jari 1335     /**
2 26 Feb 07 jari 1336      * Creates an array of ordered integers.
2 26 Feb 07 jari 1337      */
2 26 Feb 07 jari 1338     private int[] createIndices(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 1339         int[] indices = new int[slideData.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 1340         for (int i=0; i<indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1341             indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 1342         }
2 26 Feb 07 jari 1343         return indices;
2 26 Feb 07 jari 1344     }
2 26 Feb 07 jari 1345
2 26 Feb 07 jari 1346     /**
2 26 Feb 07 jari 1347      * Adds a microarray data.
2 26 Feb 07 jari 1348      */
2 26 Feb 07 jari 1349     void addFeature(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 1350         featuresList.add(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1351         slideData.setDataType(this.dataType);
2 26 Feb 07 jari 1352         indicesList.add(createIndices(slideData));
2 26 Feb 07 jari 1353         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1354         if (this.colorIndices == null) {
2 26 Feb 07 jari 1355             this.colorIndices = createColorIndices(slideData.getSize());
2 26 Feb 07 jari 1356         }
2 26 Feb 07 jari 1357         updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1358     }
2 26 Feb 07 jari 1359
2 26 Feb 07 jari 1360     /**
2 26 Feb 07 jari 1361      * Adds an array of microarrays data.
2 26 Feb 07 jari 1362      */
2 26 Feb 07 jari 1363     void addFeatures(ISlideData[] slideData) {
2 26 Feb 07 jari 1364         for (int i = 0; i < slideData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1365             featuresList.add(slideData[i]);
2 26 Feb 07 jari 1366             slideData[i].setDataType(this.dataType);
2 26 Feb 07 jari 1367             indicesList.add(createIndices(slideData[i]));
2 26 Feb 07 jari 1368             updateMaxValues(slideData[i]);
2 26 Feb 07 jari 1369         }
2 26 Feb 07 jari 1370         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1371         if (this.colorIndices == null) {
2 26 Feb 07 jari 1372             this.colorIndices = createColorIndices(slideData[0].getSize());
2 26 Feb 07 jari 1373         }
2 26 Feb 07 jari 1374     }
2 26 Feb 07 jari 1375
2 26 Feb 07 jari 1376     /**
2 26 Feb 07 jari 1377      * Creates an array of color indices.
2 26 Feb 07 jari 1378      */
2 26 Feb 07 jari 1379     private int[] createColorIndices(int size) {
2 26 Feb 07 jari 1380         int[] indices = new int[size];
2 26 Feb 07 jari 1381         for (int i=0; i<size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1382             indices[i] = -1;
2 26 Feb 07 jari 1383         }
2 26 Feb 07 jari 1384         return indices;
2 26 Feb 07 jari 1385     }
2 26 Feb 07 jari 1386
2 26 Feb 07 jari 1387     /**
2 26 Feb 07 jari 1388      * Updates the data CY3 and CY5 max values.
2 26 Feb 07 jari 1389      */
2 26 Feb 07 jari 1390     private void updateMaxValues(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 1391         float value;
2 26 Feb 07 jari 1392         value = slideData.getMaxCY3();
2 26 Feb 07 jari 1393         if (value > maxCy3) {
2 26 Feb 07 jari 1394             setMaxCY3(value);
2 26 Feb 07 jari 1395         }
2 26 Feb 07 jari 1396         value = slideData.getMaxCY5();
2 26 Feb 07 jari 1397         if (value > maxCy5) {
2 26 Feb 07 jari 1398             setMaxCY5(value);
2 26 Feb 07 jari 1399         }
2 26 Feb 07 jari 1400         updateMaxMinRatios(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1401     }
2 26 Feb 07 jari 1402
2 26 Feb 07 jari 1403     /**
2 26 Feb 07 jari 1404      * Returns a meta data.
2 26 Feb 07 jari 1405      */
2 26 Feb 07 jari 1406     ISlideMetaData getSlideMetaData() {
2 26 Feb 07 jari 1407         if (featuresList.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1408             return((ISlideData)featuresList.get(0)).getSlideMetaData();
2 26 Feb 07 jari 1409         }
2 26 Feb 07 jari 1410         return null;
2 26 Feb 07 jari 1411     }
2 26 Feb 07 jari 1412
2 26 Feb 07 jari 1413     /**
2 26 Feb 07 jari 1414      * Returns a microarray data by specified column.
2 26 Feb 07 jari 1415      */
2 26 Feb 07 jari 1416     public ISlideData getFeature(int column) {
2 26 Feb 07 jari 1417         return(ISlideData)featuresList.get(column);
2 26 Feb 07 jari 1418     }
2 26 Feb 07 jari 1419
2 26 Feb 07 jari 1420     /**
2 26 Feb 07 jari 1421      * Returns an element by specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 1422      */
2 26 Feb 07 jari 1423     public ISlideDataElement getSlideDataElement(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 1424         ISlideData slideData = getFeature(column);
2 26 Feb 07 jari 1425         return slideData.getSlideDataElement(row);
2 26 Feb 07 jari 1426     }
2 26 Feb 07 jari 1427
2 26 Feb 07 jari 1428     /**
2 26 Feb 07 jari 1429      * Sets the non zero flag.
2 26 Feb 07 jari 1430      */
2 26 Feb 07 jari 1431     void setNonZero(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 1432         resetMaxValues();
2 26 Feb 07 jari 1433         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 1434         final int size = getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 1435         for (int i=0; i<size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1436             slideData = getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 1437             slideData.setNonZero(value);
2 26 Feb 07 jari 1438             updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1439         }
2 26 Feb 07 jari 1440     }
2 26 Feb 07 jari 1441
2 26 Feb 07 jari 1442     /**
2 26 Feb 07 jari 1443      * The class to allow run loading process in a separate thread.
2 26 Feb 07 jari 1444      */
2 26 Feb 07 jari 1445     private class Normalizer{
2 26 Feb 07 jari 1446         Properties properties;
2 26 Feb 07 jari 1447         int mode;
2 26 Feb 07 jari 1448         int size;
2 26 Feb 07 jari 1449         MultipleArrayViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 1450         public Normalizer(int mode, Properties properties, int size, MultipleArrayViewer viewer) {
2 26 Feb 07 jari 1451             this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 1452             this.properties = properties;
2 26 Feb 07 jari 1453             this.size = size;
2 26 Feb 07 jari 1454             this.viewer = viewer;
2 26 Feb 07 jari 1455         }
2 26 Feb 07 jari 1456
2 26 Feb 07 jari 1457         public void runNormalization() {
2 26 Feb 07 jari 1458             try {
2 26 Feb 07 jari 1459                 ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 1460                 normalizationAbort = false;
2 26 Feb 07 jari 1461                 progressBar = new Progress(new java.awt.Frame(), "Normalization Progress", new NormalizationListener());
2 26 Feb 07 jari 1462                 progressBar.show();
2 26 Feb 07 jari 1463                 progressBar.setUnits(size);
2 26 Feb 07 jari 1464                 progressBar.setValue(0);
2 26 Feb 07 jari 1465                 for (int feature=0; feature<size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 1466                     progressBar.setValue(feature);
2 26 Feb 07 jari 1467                     progressBar.setDescription("Normalizing Experiment "+Integer.toString(feature));
2 26 Feb 07 jari 1468                     progressBar.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1469                     slideData = getFeature(feature);
2 26 Feb 07 jari 1470                     if(normalizationAbort)
2 26 Feb 07 jari 1471                         break;
2 26 Feb 07 jari 1472                     slideData.applyNormalization(mode, properties);
2 26 Feb 07 jari 1473                     viewer.fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 1474                     updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1475                 }
2 26 Feb 07 jari 1476                 if(normalizationAbort){
2 26 Feb 07 jari 1477                     System.out.println("Abort");
2 26 Feb 07 jari 1478                     progressBar.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 1479                     progressBar.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1480                     for (int feature=0; feature<size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 1481                         slideData = getFeature(feature);
2 26 Feb 07 jari 1482                         slideData.applyNormalization(ISlideData.NO_NORMALIZATION, properties);
2 26 Feb 07 jari 1483                         updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1484                     }
2 26 Feb 07 jari 1485                 }
2 26 Feb 07 jari 1486                 progressBar.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1487             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1488
2 26 Feb 07 jari 1489             } finally {
2 26 Feb 07 jari 1490
2 26 Feb 07 jari 1491             }
2 26 Feb 07 jari 1492         }
2 26 Feb 07 jari 1493     }
2 26 Feb 07 jari 1494
2 26 Feb 07 jari 1495     /**
2 26 Feb 07 jari 1496      * Normalize the data according to a specified mode.
2 26 Feb 07 jari 1497      */
2 26 Feb 07 jari 1498     String normalize(int mode, MultipleArrayViewer viewer) {
2 26 Feb 07 jari 1499         resetMaxValues();
2 26 Feb 07 jari 1500         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 1501         final int size = getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 1502         Properties properties = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 1503         //construct normalization parameter defaults
2 26 Feb 07 jari 1504         new Parameter();
2 26 Feb 07 jari 1505         if(mode == ISlideData.NO_NORMALIZATION){
2 26 Feb 07 jari 1506             for (int feature=0; feature<size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 1507                 slideData = getFeature(feature);
2 26 Feb 07 jari 1508                 slideData.applyNormalization(ISlideData.NO_NORMALIZATION, properties);
2 26 Feb 07 jari 1509                 updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1510             }
2 26 Feb 07 jari 1511             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1512             return "normalized";  //actually signals altered state
2 26 Feb 07 jari 1513         }
2 26 Feb 07 jari 1514         if(mode == ISlideData.LINEAR_REGRESSION){
2 26 Feb 07 jari 1515             LinRegNormInitDialog dialog = new LinRegNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 1516             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1517                 properties.setProperty("standard-deviation", Float.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 1518                 properties.setProperty("mode", dialog.getMode());
2 26 Feb 07 jari 1519                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1520             }
2 26 Feb 07 jari 1521             else{
2 26 Feb 07 jari 1522                 return "no_change";
2 26 Feb 07 jari 1523             }
2 26 Feb 07 jari 1524         }
2 26 Feb 07 jari 1525         else if(mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_95 || mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_99){
2 26 Feb 07 jari 1526             RatioStatsNormInitDialog dialog = new RatioStatsNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 1527             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1528                 properties.setProperty("confidence-interval", Integer.toString(dialog.getCI()));
2 26 Feb 07 jari 1529                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1530             }
2 26 Feb 07 jari 1531             else{
2 26 Feb 07 jari 1532                 return "no_change";
2 26 Feb 07 jari 1533             }
2 26 Feb 07 jari 1534         }
2 26 Feb 07 jari 1535         else if(mode == ISlideData.ITERATIVE_LOG){
2 26 Feb 07 jari 1536             IterativeLogMCNormInitDialog dialog = new IterativeLogMCNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 1537             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1538                 properties.setProperty("standard-deviation", Float.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 1539                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1540             }
2 26 Feb 07 jari 1541             else{
2 26 Feb 07 jari 1542                 return "no_change";
2 26 Feb 07 jari 1543             }
2 26 Feb 07 jari 1544         }
2 26 Feb 07 jari 1545         //  Thread thread = new Thread(new Normalizer(mode, properties, size));
2 26 Feb 07 jari 1546         //  thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 1547         //  thread.start();
2 26 Feb 07 jari 1548         Normalizer normalizer = new Normalizer(mode, properties, size, viewer);
2 26 Feb 07 jari 1549         normalizer.runNormalization();
2 26 Feb 07 jari 1550         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1551         if(!normalizationAbort)
2 26 Feb 07 jari 1552             return "normalized";
2 26 Feb 07 jari 1553         else
2 26 Feb 07 jari 1554             return "process_abort_reset";
2 26 Feb 07 jari 1555     }
2 26 Feb 07 jari 1556
2 26 Feb 07 jari 1557     /**
2 26 Feb 07 jari 1558      * The class to listen to algorithm events.
2 26 Feb 07 jari 1559      */
2 26 Feb 07 jari 1560     private class NormalizationListener extends DialogListener {
2 26 Feb 07 jari 1561
2 26 Feb 07 jari 1562         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1563             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1564             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 1565                 normalizationAbort = true;
2 26 Feb 07 jari 1566                 progressBar.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1567             }
2 26 Feb 07 jari 1568         }
2 26 Feb 07 jari 1569
2 26 Feb 07 jari 1570         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1571             normalizationAbort = true;
2 26 Feb 07 jari 1572             progressBar.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1573         }
2 26 Feb 07 jari 1574     }
2 26 Feb 07 jari 1575
2 26 Feb 07 jari 1576
2 26 Feb 07 jari 1577
2 26 Feb 07 jari 1578
2 26 Feb 07 jari 1579     /**
2 26 Feb 07 jari 1580      * Normalize the data according to a specified mode.
2 26 Feb 07 jari 1581      */
2 26 Feb 07 jari 1582     void normalizeList(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 1583         resetMaxValues();
2 26 Feb 07 jari 1584         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 1585         final int size = getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 1586         for (int i=0; i<size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1587             slideData = getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 1588             slideData.applyNormalizationList(mode);
2 26 Feb 07 jari 1589             updateMaxValues(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1590         }
2 26 Feb 07 jari 1591         this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1592     }
2 26 Feb 07 jari 1593
2 26 Feb 07 jari 1594     /**
2 26 Feb 07 jari 1595      * Returns an array of sorted indices for specified column.
2 26 Feb 07 jari 1596      */
2 26 Feb 07 jari 1597     public int[] getSortedIndices(int column) {
2 26 Feb 07 jari 1598         return(int[])indicesList.get(column);
2 26 Feb 07 jari 1599     }
2 26 Feb 07 jari 1600
2 26 Feb 07 jari 1601     /**
2 26 Feb 07 jari 1602      * Creates an experiment data.
2 26 Feb 07 jari 1603      * @see Experiment
2 26 Feb 07 jari 1604      */
2 26 Feb 07 jari 1605     private Experiment createExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1606         final int featuresSize = featuresList.size();
2 26 Feb 07 jari 1607         if (featuresSize < 1) {
2 26 Feb 07 jari 1608             return null;
2 26 Feb 07 jari 1609         }
2 26 Feb 07 jari 1610         final int probesSize = getFeature(0).getSize();
2 26 Feb 07 jari 1611         Experiment experiment = null;
2 26 Feb 07 jari 1612         int[] features = null;
2 26 Feb 07 jari 1613         int[] probes = null;
2 26 Feb 07 jari 1614
2 26 Feb 07 jari 1615         // pcahan affy detection filter or fold filter
2 26 Feb 07 jari 1616         if ((isLowerCutoffs()||isGenePixFilter() || isPercentageCutoff()) ||isPvaluePercentageCutoff()|| isPresentCallCutoff()||isGCOSPercentCutoff()||isVarianceFilter() || ( (TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY) && (isDetectionFilter() || isFoldFilter())) ) {
2 26 Feb 07 jari 1617             probes = createCutoffGeneList(featuresSize, probesSize);
2 26 Feb 07 jari 1618             experiment = createExperiment(featuresSize, probes);
2 26 Feb 07 jari 1619         } else {
2 26 Feb 07 jari 1620             // all features used for experiment
2 26 Feb 07 jari 1621             features = createDefaultFeatures(featuresSize, probesSize);
2 26 Feb 07 jari 1622             experiment = createExperiment(features, probesSize);
2 26 Feb 07 jari 1623         }
2 26 Feb 07 jari 1624         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 1625     }
2 26 Feb 07 jari 1626
2 26 Feb 07 jari 1627
2 26 Feb 07 jari 1628
2 26 Feb 07 jari 1629     /**
2 26 Feb 07 jari 1630      * Creates an array of ordered integers.
2 26 Feb 07 jari 1631      */
2 26 Feb 07 jari 1632     private int[] createDefaultFeatures(final int featuresSize, final int probesSize) {
2 26 Feb 07 jari 1633         int[] features = new int[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1634         for (int i=0; i<featuresSize; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1635             features[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 1636         }
2 26 Feb 07 jari 1637         return features;
2 26 Feb 07 jari 1638     }
2 26 Feb 07 jari 1639
2 26 Feb 07 jari 1640     /**
2 26 Feb 07 jari 1641      * Creates an array of indices of used microarrays.
2 26 Feb 07 jari 1642      */
2 26 Feb 07 jari 1643     private int[] createCutoffFeatures(final int featuresSize, final int probesSize) {
2 26 Feb 07 jari 1644         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 1645         float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1646         ArrayList list = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1647         boolean criteria = true;
2 26 Feb 07 jari 1648         int percentageCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1649         for (int feature=0; feature<featuresSize; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 1650             slideData = getFeature(feature);
2 26 Feb 07 jari 1651             for (int probe=0; probe<probesSize; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 1652                 cy3 = slideData.getCY3(probe);
2 26 Feb 07 jari 1653                 cy5 = slideData.getCY5(probe);
2 26 Feb 07 jari 1654                 if (isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 1655                     if ((cy3 < lowerCY3Cutoff) || (cy5 < lowerCY5Cutoff)) {
2 26 Feb 07 jari 1656                         criteria = false;
2 26 Feb 07 jari 1657                         break;
2 26 Feb 07 jari 1658                     }
2 26 Feb 07 jari 1659                 }
2 26 Feb 07 jari 1660                 if (isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 1661                     if ((cy3 > 0) && (cy5 > 0)) {
2 26 Feb 07 jari 1662                         percentageCount++;
2 26 Feb 07 jari 1663                     }
2 26 Feb 07 jari 1664                 }
2 26 Feb 07 jari 1665             }
2 26 Feb 07 jari 1666             if (criteria && isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 1667                 if ((float)percentageCount/(float)probesSize*100f < percentageCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 1668                     criteria = false;
2 26 Feb 07 jari 1669                 }
2 26 Feb 07 jari 1670             }
2 26 Feb 07 jari 1671             if (criteria) {
2 26 Feb 07 jari 1672                 list.add(new Integer(feature));
2 26 Feb 07 jari 1673             }
2 26 Feb 07 jari 1674         }
2 26 Feb 07 jari 1675         int[] features = new int[list.size()];
2 26 Feb 07 jari 1676         for (int i=0; i<features.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1677             features[i] = ((Integer)list.get(i)).intValue();
2 26 Feb 07 jari 1678         }
2 26 Feb 07 jari 1679         return features;
2 26 Feb 07 jari 1680     }
2 26 Feb 07 jari 1681
2 26 Feb 07 jari 1682
2 26 Feb 07 jari 1683     //Below: new createCutoffGeneList() that trims off genes instead of experiments. 8/2/2002, N. Bhagabati
2 26 Feb 07 jari 1684
2 26 Feb 07 jari 1685     /*
2 26 Feb 07 jari 1686      * Retired for MeV 2.2.  Replaced by method to handle affy cutoff criteria (below, from pcahan)
2 26 Feb 07 jari 1687      *
2 26 Feb 07 jari 1688     private int[] createCutoffGeneList(final int featuresSize, final int probesSize) {
2 26 Feb 07 jari 1689         ISlideData[] slideData = new ISlideData[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1690         //float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1691         ArrayList list = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1692         boolean lowerCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1693         boolean percentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1694         int percentageCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1695
2 26 Feb 07 jari 1696         for (int i = 0; i < slideData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1697             slideData[i] = getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 1698         }
2 26 Feb 07 jari 1699
2 26 Feb 07 jari 1700         for (int probe = 0; probe < probesSize; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 1701             float[] cy3 = new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1702             float[] cy5 = new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1703             percentageCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1704             lowerCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1705             percentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1706
2 26 Feb 07 jari 1707             for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1708                 cy3[j] = slideData[j].getCY3(probe);
2 26 Feb 07 jari 1709                 cy5[j] = slideData[j].getCY5(probe);
2 26 Feb 07 jari 1710             }
2 26 Feb 07 jari 1711
2 26 Feb 07 jari 1712             if (isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 1713                 for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1714                     if ((cy3[j] < lowerCY3Cutoff) || (cy5[j] < lowerCY5Cutoff)) {
2 26 Feb 07 jari 1715                         lowerCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1716                         break;
2 26 Feb 07 jari 1717                     }
2 26 Feb 07 jari 1718                 }
2 26 Feb 07 jari 1719             }
2 26 Feb 07 jari 1720
2 26 Feb 07 jari 1721             if (isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 1722                 for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1723                     if ((cy3[j] > 0) && (cy5[j] > 0)) {
2 26 Feb 07 jari 1724                         percentageCount++;
2 26 Feb 07 jari 1725                     }
2 26 Feb 07 jari 1726                 }
2 26 Feb 07 jari 1727
2 26 Feb 07 jari 1728                 if ((float)percentageCount/(float)featuresSize*100f < percentageCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 1729                     percentageCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1730                 }
2 26 Feb 07 jari 1731             }
2 26 Feb 07 jari 1732
2 26 Feb 07 jari 1733             if (lowerCutoffCriterion && percentageCutoffCriterion) {
2 26 Feb 07 jari 1734                 list.add(new Integer(probe));
2 26 Feb 07 jari 1735             }
2 26 Feb 07 jari 1736
2 26 Feb 07 jari 1737             if (lowerCutoffCriterion && percentageCutoffCriterion && detectionCriterion && foldCriterion) {
2 26 Feb 07 jari 1738                 list.add(new Integer(probe));
2 26 Feb 07 jari 1739             }
2 26 Feb 07 jari 1740         }
2 26 Feb 07 jari 1741
2 26 Feb 07 jari 1742         int[] retainedProbes = new int[list.size()];
2 26 Feb 07 jari 1743         for (int i = 0; i < retainedProbes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1744             retainedProbes[i] = ((Integer)list.get(i)).intValue();
2 26 Feb 07 jari 1745         }
2 26 Feb 07 jari 1746
2 26 Feb 07 jari 1747         return retainedProbes;
2 26 Feb 07 jari 1748     }
2 26 Feb 07 jari 1749      *
2 26 Feb 07 jari 1750      */
2 26 Feb 07 jari 1751     //add for mas5 filter some genes according A/(P+m+A) percentage
2 26 Feb 07 jari 1752     private int[]filterAbsentCall(int generows,float percentage)throws IOException{
2 26 Feb 07 jari 1753       int counter=0;
2 26 Feb 07 jari 1754       int tag=0;
2 26 Feb 07 jari 1755       int list[]=new int[generows+1];
2 26 Feb 07 jari 1756       boolean head=true;
2 26 Feb 07 jari 1757       String [] fields=this.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 1758       
2 26 Feb 07 jari 1759       BufferedReader reader= new BufferedReader(new FileReader(fields[this.getFieldNames().length-1]));
2 26 Feb 07 jari 1760       StringSplitter ss = new StringSplitter((char)0x09);
2 26 Feb 07 jari 1761       String currentLine;
2 26 Feb 07 jari 1762       while((currentLine=reader.readLine())!=null){
2 26 Feb 07 jari 1763         counter=0;
2 26 Feb 07 jari 1764         ss.init(currentLine);
2 26 Feb 07 jari 1765         if(head) head=false;
2 26 Feb 07 jari 1766         else{
2 26 Feb 07 jari 1767           for(int i=0;i<ss.countTokens();i++){
2 26 Feb 07 jari 1768             if(ss.nextToken().compareTo("A")==0){
2 26 Feb 07 jari 1769               counter++;  
2 26 Feb 07 jari 1770             }
2 26 Feb 07 jari 1771             
2 26 Feb 07 jari 1772           }
2 26 Feb 07 jari 1773           if(counter*100/ss.countTokens()>percentage)
2 26 Feb 07 jari 1774             list[tag]=1;
2 26 Feb 07 jari 1775           tag++;
2 26 Feb 07 jari 1776              }
2 26 Feb 07 jari 1777       }
2 26 Feb 07 jari 1778          reader.close();
2 26 Feb 07 jari 1779       return list;
2 26 Feb 07 jari 1780     }
2 26 Feb 07 jari 1781     
2 26 Feb 07 jari 1782     
2 26 Feb 07 jari 1783
2 26 Feb 07 jari 1784     //modified from original above ( by pcahan)
2 26 Feb 07 jari 1785
2 26 Feb 07 jari 1786     private int[] createCutoffGeneList(final int featuresSize, final int probesSize) {
2 26 Feb 07 jari 1787         ISlideData[] slideData = new ISlideData[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1788         //float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1789         ArrayList list = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1790         boolean lowerCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1791         boolean percentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1792         boolean varianceFilterCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1793         boolean detectionCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1794         boolean foldCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1795         boolean presentCallCutoffCriterion = true,genePixCutoffCriterion=true;
2 26 Feb 07 jari 1796         boolean GCOSCutoffCriterion=true;
2 26 Feb 07 jari 1797         boolean pvaluepercentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1798         int mas5CallList[]=new int[slideData.length];
2 26 Feb 07 jari 1799         int pvaluepercentCount=0,percentageCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1800         int absentCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1801         int percentCount=0;
2 26 Feb 07 jari 1802         int genepixCount=0;
2 26 Feb 07 jari 1803         int[]tagList=new int[probesSize];
2 26 Feb 07 jari 1804       
2 26 Feb 07 jari 1805         if(isPresentCallCutoff()){
2 26 Feb 07 jari 1806           try{
2 26 Feb 07 jari 1807             tagList=filterAbsentCall(probesSize,percentageCutoff);
2 26 Feb 07 jari 1808           }catch(IOException e){
2 26 Feb 07 jari 1809             System.out.print("Call file wrong");
2 26 Feb 07 jari 1810           }
2 26 Feb 07 jari 1811         }
2 26 Feb 07 jari 1812         // get each chip
2 26 Feb 07 jari 1813         for (int i = 0; i < slideData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1814             slideData[i] = getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 1815         }
2 26 Feb 07 jari 1816        //System.out.print(featuresSize);
2 26 Feb 07 jari 1817         // iterate over each gene
2 26 Feb 07 jari 1818         for (int probe = 0; probe < probesSize; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 1819
2 26 Feb 07 jari 1820             // arrays of length = number of chips
2 26 Feb 07 jari 1821             float[] cy3 = new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1822             float[] cy5 = new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1823             
2 26 Feb 07 jari 1824             String[] detection = new String[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1825             float[] pvalue=new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1826             float[] flags=new float[featuresSize];
2 26 Feb 07 jari 1827             pvaluepercentCount=0;
2 26 Feb 07 jari 1828             percentageCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1829             percentCount=0;
2 26 Feb 07 jari 1830             absentCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1831             genepixCount=0;
2 26 Feb 07 jari 1832             lowerCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1833             percentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1834             detectionCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1835             foldCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1836             presentCallCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1837             GCOSCutoffCriterion=true;
2 26 Feb 07 jari 1838             pvaluepercentageCutoffCriterion = true;
2 26 Feb 07 jari 1839             genePixCutoffCriterion=true;
2 26 Feb 07 jari 1840             
2 26 Feb 07 jari 1841             if(tagList[probe]==1){
2 26 Feb 07 jari 1842               presentCallCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1843             }
2 26 Feb 07 jari 1844             // iterate over each chip
2 26 Feb 07 jari 1845          
2 26 Feb 07 jari 1846             for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1847                 cy3[j] = slideData[j].getCY3(probe);
2 26 Feb 07 jari 1848                 cy5[j] = slideData[j].getCY5(probe);
2 26 Feb 07 jari 1849                 detection[j] = getDetection(j, probe);
2 26 Feb 07 jari 1850                 pvalue[j]=getPvalue(j,probe);
2 26 Feb 07 jari 1851                 flags[j]=getGenePixFlags(j,probe);   
2 26 Feb 07 jari 1852             }
2 26 Feb 07 jari 1853             
2 26 Feb 07 jari 1854             if(isGenePixFilter()){
2 26 Feb 07 jari 1855               for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1856               if(flags[j]<0)
2 26 Feb 07 jari 1857                 genepixCount++;
2 26 Feb 07 jari 1858               }
2 26 Feb 07 jari 1859               if((float)genepixCount/(float)featuresSize*100f >percentageCutoff)
2 26 Feb 07 jari 1860                 genePixCutoffCriterion=false;    
2 26 Feb 07 jari 1861             }
2 26 Feb 07 jari 1862
2 26 Feb 07 jari 1863             // run tests
2 26 Feb 07 jari 1864
2 26 Feb 07 jari 1865             if (isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 1866                 for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1867                     if ((cy3[j] < lowerCY3Cutoff) || (cy5[j] < lowerCY5Cutoff)) {
2 26 Feb 07 jari 1868                         lowerCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1869                         break;
2 26 Feb 07 jari 1870                     }
2 26 Feb 07 jari 1871                 }
2 26 Feb 07 jari 1872             }
2 26 Feb 07 jari 1873
2 26 Feb 07 jari 1874             if (isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 1875                 for (int j = 0; j < cy3.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1876                     if ((cy3[j] > 0) && (cy5[j] > 0) || (dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY && !Float.isNaN(cy5[j]))) {
2 26 Feb 07 jari 1877                         percentageCount++;
2 26 Feb 07 jari 1878                     }
2 26 Feb 07 jari 1879                 }
2 26 Feb 07 jari 1880                 if ((float)percentageCount/(float)featuresSize*100f < percentageCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 1881                     percentageCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1882                   }
2 26 Feb 07 jari 1883             }
2 26 Feb 07 jari 1884          
2 26 Feb 07 jari 1885             //fiter on present calls A/(P+M+A)
2 26 Feb 07 jari 1886             if(isGCOSPercentCutoff()){
2 26 Feb 07 jari 1887               for(int j = 0; j < cy3.length; j++) {                
2 26 Feb 07 jari 1888                     detection[j] = getDetection(j, probe);
2 26 Feb 07 jari 1889                     if(((String)detection[j]).compareTo("A")==0||((String)detection[j]).compareTo("a")==0)
2 26 Feb 07 jari 1890                       percentCount++;
2 26 Feb 07 jari 1891                     
2 26 Feb 07 jari 1892               }
2 26 Feb 07 jari 1893               if ((float)percentCount/(float)featuresSize*100f >percentageCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 1894                     GCOSCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1895                   }
2 26 Feb 07 jari 1896             }
2 26 Feb 07 jari 1897         /*    if(isVarianceFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 1898                 varianceCriterion = retainBasedOnSD;
2 26 Feb 07 jari 1899             }
2 26 Feb 07 jari 1900         */
2 26 Feb 07 jari 1901             // pcahan
2 26 Feb 07 jari 1902             if (isDetectionFilter()){
2 26 Feb 07 jari 1903                 detectionCriterion = detectionFilter.keep_gene(detection);
2 26 Feb 07 jari 1904             }
2 26 Feb 07 jari 1905
2 26 Feb 07 jari 1906             if (isFoldFilter() ){
2 26 Feb 07 jari 1907                 foldCriterion = foldFilter.keep_gene(cy5);
2 26 Feb 07 jari 1908             }
2 26 Feb 07 jari 1909             
2 26 Feb 07 jari 1910             //wwang add for affy p-value filter:
2 26 Feb 07 jari 1911             //choose a percent below a particular
2 26 Feb 07 jari 1912             //p-value cutoff - for example 80% below p=0.001
2 26 Feb 07 jari 1913             if(isPvaluePercentageCutoff()){
2 26 Feb 07 jari 1914               for(int j = 0; j < cy3.length; j++) {                
2 26 Feb 07 jari 1915                     pvalue[j] = getPvalue(j, probe);
2 26 Feb 07 jari 1916                     if(pvalue[j]>0.01)
2 26 Feb 07 jari 1917                       pvaluepercentCount++;
2 26 Feb 07 jari 1918                     
2 26 Feb 07 jari 1919               }
2 26 Feb 07 jari 1920               if ((float)pvaluepercentCount/(float)featuresSize*100f >20) {
2 26 Feb 07 jari 1921                 pvaluepercentageCutoffCriterion = false;
2 26 Feb 07 jari 1922                   }
2 26 Feb 07 jari 1923             }
2 26 Feb 07 jari 1924             
2 26 Feb 07 jari 1925             if (lowerCutoffCriterion &&pvaluepercentageCutoffCriterion&& percentageCutoffCriterion&&GCOSCutoffCriterion&&presentCallCutoffCriterion&& detectionCriterion &&genePixCutoffCriterion&& foldCriterion) {
2 26 Feb 07 jari 1926                 list.add(new Integer(probe));
2 26 Feb 07 jari 1927             }
2 26 Feb 07 jari 1928         }
2 26 Feb 07 jari 1929
2 26 Feb 07 jari 1930          
2 26 Feb 07 jari 1931         //handle variance cuttoffs after other cutoffs, 
2 26 Feb 07 jari 1932         
2 26 Feb 07 jari 1933         boolean [] retainBasedOnSD = null;
2 26 Feb 07 jari 1934
2 26 Feb 07 jari 1935         if(isVarianceFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 1936             //generate a new list now applying var. filter
2 26 Feb 07 jari 1937             list = imposeVarianceFilter(list);                
2 26 Feb 07 jari 1938         }        
2 26 Feb 07 jari 1939         
2 26 Feb 07 jari 1940         int[] retainedProbes = new int[list.size()];
2 26 Feb 07 jari 1941         for (int i = 0; i < retainedProbes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1942             retainedProbes[i] = ((Integer)list.get(i)).intValue();
2 26 Feb 07 jari 1943         }
2 26 Feb 07 jari 1944
2 26 Feb 07 jari 1945         return retainedProbes;
2 26 Feb 07 jari 1946     }
2 26 Feb 07 jari 1947
2 26 Feb 07 jari 1948     
2 26 Feb 07 jari 1949     /**
2 26 Feb 07 jari 1950      * Determines which genes pass the variance filter
2 26 Feb 07 jari 1951      */
2 26 Feb 07 jari 1952     private float [] getStandardDeviations() {
2 26 Feb 07 jari 1953         int numGenes = this.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 1954         int numSamples = this.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 1955         float [] vars = new float[numGenes];
2 26 Feb 07 jari 1956         
2 26 Feb 07 jari 1957         float val;
2 26 Feb 07 jari 1958         int validN;
2 26 Feb 07 jari 1959         float sum;
2 26 Feb 07 jari 1960         float sse;
2 26 Feb 07 jari 1961         float mean;
2 26 Feb 07 jari 1962
2 26 Feb 07 jari 1963         float [] sds = new float[numGenes];
2 26 Feb 07 jari 1964         boolean [] retentionList = new boolean[numGenes];
2 26 Feb 07 jari 1965         
2 26 Feb 07 jari 1966         for(int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1967
2 26 Feb 07 jari 1968             validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 1969             sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1970             sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 1971             
2 26 Feb 07 jari 1972             for(int j = 0; j < numSamples; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1973                 val = this.getRatio(j,i,this.logState);
2 26 Feb 07 jari 1974                 if(!Float.isNaN(val)) {
2 26 Feb 07 jari 1975                     sum += val;
2 26 Feb 07 jari 1976                     validN++;
2 26 Feb 07 jari 1977                 }
2 26 Feb 07 jari 1978             }
2 26 Feb 07 jari 1979             
2 26 Feb 07 jari 1980             if(validN > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1981                mean = sum/validN++;
2 26 Feb 07 jari 1982                //System.out.println("mean = "+mean);
2 26 Feb 07 jari 1983             } else {                
2 26 Feb 07 jari 1984                 sds[i] = -1; //marker for a gene with no values
2 26 Feb 07 jari 1985                 continue;
2 26 Feb 07 jari 1986             }
2 26 Feb 07 jari 1987             
2 26 Feb 07 jari 1988             for(int j = 0; j < numSamples; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1989                 val = this.getRatio(j,i,this.logState);
2 26 Feb 07 jari 1990                 if(!Float.isNaN(val)) {
2 26 Feb 07 jari 1991                     sse += Math.pow(val - mean,2.0);
2 26 Feb 07 jari 1992                 }
2 26 Feb 07 jari 1993             }            
2 26 Feb 07 jari 1994             if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 1995                 sds[i] =(float)Math.sqrt(sse/validN);          
2 26 Feb 07 jari 1996             else
2 26 Feb 07 jari 1997                 sds[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 1998         }        
2 26 Feb 07 jari 1999         return sds;
2 26 Feb 07 jari 2000     }
2 26 Feb 07 jari 2001     
2 26 Feb 07 jari 2002  
2 26 Feb 07 jari 2003     
2 26 Feb 07 jari 2004     public ArrayList imposeVarianceFilter( ArrayList listOfIndices) {
2 26 Feb 07 jari 2005
2 26 Feb 07 jari 2006         String mode = varianceFilterProps.getProperty("Filter Mode");
2 26 Feb 07 jari 2007         float [] sds = getStandardDeviations();
2 26 Feb 07 jari 2008         boolean [] retentionList = new boolean[sds.length];
2 26 Feb 07 jari 2009
2 26 Feb 07 jari 2010         ArrayList newList = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 2011         
2 26 Feb 07 jari 2012         if(mode.equals("sd value mode")) { //cutoff = hard
2 26 Feb 07 jari 2013             float sdCut = Float.parseFloat(varianceFilterProps.getProperty("Value"));
2 26 Feb 07 jari 2014             for(int i = 0; i < sds.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2015                 if(sds[i] >= sdCut && listOfIndices.contains(new Integer(i)))
2 26 Feb 07 jari 2016                     newList.add(new Integer(i));
2 26 Feb 07 jari 2017             }            
2 26 Feb 07 jari 2018         } else if(mode.equals("percent mode")) { //top x percent
2 26 Feb 07 jari 2019             float percent = Float.parseFloat(varianceFilterProps.getProperty("Value"));            
2 26 Feb 07 jari 2020             QSort sorter = new QSort(sds);
2 26 Feb 07 jari 2021             float [] sortedSDs = sorter.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 2022             int [] origOrder = sorter.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 2023             int targetSize = (int)(listOfIndices.size()*(percent/100f));
2 26 Feb 07 jari 2024             
2 26 Feb 07 jari 2025             for(int i = origOrder.length-1; i >= 0 && newList.size() < targetSize; i--) {
2 26 Feb 07 jari 2026                 if(listOfIndices.contains(new Integer(origOrder[i])))
2 26 Feb 07 jari 2027                     newList.add(new Integer(origOrder[i]));
2 26 Feb 07 jari 2028             }
2 26 Feb 07 jari 2029             
2 26 Feb 07 jari 2030         } else {
2 26 Feb 07 jari 2031             int targetSize = Integer.parseInt(varianceFilterProps.getProperty("Value"));
2 26 Feb 07 jari 2032             QSort sorter = new QSort(sds);
2 26 Feb 07 jari 2033             float [] sortedSDs = sorter.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 2034             int [] origOrder = sorter.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 2035             
2 26 Feb 07 jari 2036             for(int i = origOrder.length-1; i >= 0 && newList.size() < targetSize; i--) {
2 26 Feb 07 jari 2037                 if(listOfIndices.contains(new Integer(origOrder[i])))
2 26 Feb 07 jari 2038                     newList.add(new Integer(origOrder[i]));
2 26 Feb 07 jari 2039             }
2 26 Feb 07 jari 2040         }
2 26 Feb 07 jari 2041         
2 26 Feb 07 jari 2042         return newList;
2 26 Feb 07 jari 2043     }
2 26 Feb 07 jari 2044
2 26 Feb 07 jari 2045     
2 26 Feb 07 jari 2046     /**
2 26 Feb 07 jari 2047      * @param indices the indices of used experiments.
2 26 Feb 07 jari 2048      */
2 26 Feb 07 jari 2049     private Experiment createExperiment(final int[] columns, final int rows) {
2 26 Feb 07 jari 2050         ISlideData sd;
2 26 Feb 07 jari 2051         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(rows, columns.length);
2 26 Feb 07 jari 2052         float[][] matrix = fm.A;
2 26 Feb 07 jari 2053         for (int i = 0; i < columns.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2054             sd = (ISlideData)featuresList.get(columns[i]);
2 26 Feb 07 jari 2055
2 26 Feb 07 jari 2056             //pcahan --  don't log2 transform affy data
2 26 Feb 07 jari 2057             /*
2 26 Feb 07 jari 2058             if (TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY){
2 26 Feb 07 jari 2059                 for (int row = rows; --row >= 0; ) {
2 26 Feb 07 jari 2060                     fm.A[row][columns[i]] = sd.getRatio(row, LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2061                 }
2 26 Feb 07 jari 2062             } else {
2 26 Feb 07 jari 2063 }*/
2 26 Feb 07 jari 2064    for (int row = rows; --row >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 2065                     fm.A[row][columns[i]] = sd.getRatio(row, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 2066                 }
2 26 Feb 07 jari 2067    //         }
2 26 Feb 07 jari 2068         }
2 26 Feb 07 jari 2069         return new Experiment(fm, columns);
2 26 Feb 07 jari 2070     }
2 26 Feb 07 jari 2071
2 26 Feb 07 jari 2072     //The following method was added to correct the way "set Lower Cutoffs" 
2 26 Feb 07 jari 2073     //and "Set %age cutoffs" is handled, i.e., to trim out rows (genes), 
2 26 Feb 07 jari 2074     //rather than columns (experiments)
2 26 Feb 07 jari 2075     //this is called if cutoffs have been used
2 26 Feb 07 jari 2076     private Experiment createExperiment(final int columns, final int[] rows) {
2 26 Feb 07 jari 2077         ISlideData sd;
2 26 Feb 07 jari 2078         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(rows.length, columns);
2 26 Feb 07 jari 2079         int[] columnArray = new int[columns];
2 26 Feb 07 jari 2080         float[][] matrix = fm.A;
2 26 Feb 07 jari 2081         for (int i = 0; i < columns; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2082             columnArray[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 2083             sd = (ISlideData)featuresList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 2084
2 26 Feb 07 jari 2085             //pcahan --  don't log2 transform affy data
2 26 Feb 07 jari 2086             /*
2 26 Feb 07 jari 2087             if (TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY) {
2 26 Feb 07 jari 2088
2 26 Feb 07 jari 2089                 for (int j = 0; j < rows.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 2090                     fm.A[j][i] = sd.getRatio(rows[j], LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2091                 }
2 26 Feb 07 jari 2092             } else {*/
2 26 Feb 07 jari 2093
2 26 Feb 07 jari 2094                 for (int j = 0; j < rows.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 2095                     fm.A[j][i] = sd.getRatio(rows[j], this.logState);
2 26 Feb 07 jari 2096                 }
2 26 Feb 07 jari 2097             //}
2 26 Feb 07 jari 2098         }
2 26 Feb 07 jari 2099         return new Experiment(fm, columnArray, rows);
2 26 Feb 07 jari 2100     }
2 26 Feb 07 jari 2101
2 26 Feb 07 jari 2102
2 26 Feb 07 jari 2103     /**
2 26 Feb 07 jari 2104      *  Returns the normalization state of the data set
2 26 Feb 07 jari 2105      */
2 26 Feb 07 jari 2106     public int getNormalizationState(){
2 26 Feb 07 jari 2107         if(this.featuresList == null || this.featuresList.size() < 1)
2 26 Feb 07 jari 2108             return ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 2109         else
2 26 Feb 07 jari 2110             return ((ISlideData)this.featuresList.get(0)).getNormalizedState();
2 26 Feb 07 jari 2111     }
2 26 Feb 07 jari 2112
2 26 Feb 07 jari 2113     /**
2 26 Feb 07 jari 2114      * Returns a MultipleArrayData object comprised of a subset of elements
2 26 Feb 07 jari 2115      */
2 26 Feb 07 jari 2116     public MultipleArrayData getDataSubset(int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 2117         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 2118         ISlideMetaData metaData = null;
2 26 Feb 07 jari 2119         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 2120         String name;
2 26 Feb 07 jari 2121         MultipleArrayData data = new MultipleArrayData();
2 26 Feb 07 jari 2122         data.setDataType(this.dataType);
2 26 Feb 07 jari 2123         int normalizedState = this.getNormalizationState();
2 26 Feb 07 jari 2124
2 26 Feb 07 jari 2125         if(indices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 2126             return null;
2 26 Feb 07 jari 2127
2 26 Feb 07 jari 2128         int index;
2 26 Feb 07 jari 2129
2 26 Feb 07 jari 2130         for(int slide = 0; slide < this.getFeaturesCount(); slide++){
2 26 Feb 07 jari 2131             if(slide == 0){
2 26 Feb 07 jari 2132                 slideData = new SlideData();
2 26 Feb 07 jari 2133                 name = this.getSampleName(slide);
2 26 Feb 07 jari 2134                 if(name.endsWith("...")){
2 26 Feb 07 jari 2135                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2136
2 26 Feb 07 jari 2137                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slide).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slide).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2138                     ((SlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slide));
2 26 Feb 07 jari 2139
2 26 Feb 07 jari 2140                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2141                 } else{
2 26 Feb 07 jari 2142
2 26 Feb 07 jari 2143                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slide).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slide).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2144                     ((SlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slide));
2 26 Feb 07 jari 2145                 }
2 26 Feb 07 jari 2146
2 26 Feb 07 jari 2147                 for(int spot = 0; spot < indices.length; spot++){
2 26 Feb 07 jari 2148                     index = indices[spot];
2 26 Feb 07 jari 2149                     sde = new SlideDataElement(this.getSlideDataElement(slide, index));
2 26 Feb 07 jari 2150                     slideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 2151                 }
2 26 Feb 07 jari 2152
2 26 Feb 07 jari 2153                 metaData = (ISlideMetaData)slideData;
2 26 Feb 07 jari 2154  
2 26 Feb 07 jari 2155                 //7/10/06 jcb added to set field names in new data
2 26 Feb 07 jari 2156                metaData.clearFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 2157                metaData.setFieldNames(this.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 2158
2 26 Feb 07 jari 2159             } else{
2 26 Feb 07 jari 2160                 slideData = new FloatSlideData(metaData);
2 26 Feb 07 jari 2161                 ((FloatSlideData) slideData).createCurrentIntensityArrays();
2 26 Feb 07 jari 2162
2 26 Feb 07 jari 2163                 name = this.getSampleName(slide);
2 26 Feb 07 jari 2164                 if(name.endsWith("...")){
2 26 Feb 07 jari 2165                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2166                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slide).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slide).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2167                     ((FloatSlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slide));
2 26 Feb 07 jari 2168
2 26 Feb 07 jari 2169                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2170                 } else{
2 26 Feb 07 jari 2171                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slide).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slide).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2172                     ((FloatSlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slide));
2 26 Feb 07 jari 2173                 }
2 26 Feb 07 jari 2174
2 26 Feb 07 jari 2175                 for(int spot = 0; spot < indices.length; spot++){
2 26 Feb 07 jari 2176                     index = indices[spot];
2 26 Feb 07 jari 2177                     sde = this.getSlideDataElement(slide, index);
2 26 Feb 07 jari 2178                     ((FloatSlideData)slideData).setIntensities(spot, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3), sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 2179                     ((FloatSlideData)slideData).setCurrentIntensities(spot, sde.getCurrentIntensity()[0], sde.getCurrentIntensity()[1]);
2 26 Feb 07 jari 2180                 }
2 26 Feb 07 jari 2181             }
2 26 Feb 07 jari 2182             slideData.setNormalizedState(normalizedState);
2 26 Feb 07 jari 2183             data.addFeature(slideData);          
2 26 Feb 07 jari 2184         }
2 26 Feb 07 jari 2185         return data;
2 26 Feb 07 jari 2186     }
2 26 Feb 07 jari 2187
2 26 Feb 07 jari 2188
2 26 Feb 07 jari 2189     /**
2 26 Feb 07 jari 2190      * Returns a MultipleArrayData object comprised of a subset of column indices and rows indices
2 26 Feb 07 jari 2191      */
2 26 Feb 07 jari 2192     public MultipleArrayData getDataSubset(int [] columnIndices, int [] rowIndices){
2 26 Feb 07 jari 2193         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 2194         ISlideMetaData metaData = (ISlideMetaData)this.featuresList.get(0);
2 26 Feb 07 jari 2195         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 2196         String name;
2 26 Feb 07 jari 2197         MultipleArrayData data = new MultipleArrayData();
2 26 Feb 07 jari 2198         data.setDataType(this.dataType);
2 26 Feb 07 jari 2199         int normalizedState = this.getNormalizationState();
2 26 Feb 07 jari 2200
2 26 Feb 07 jari 2201         if(columnIndices.length < 1 || rowIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 2202             return null;
2 26 Feb 07 jari 2203
2 26 Feb 07 jari 2204         int index;
2 26 Feb 07 jari 2205         int slideIndex;
2 26 Feb 07 jari 2206
2 26 Feb 07 jari 2207         for(int slide = 0; slide < columnIndices.length; slide++){
2 26 Feb 07 jari 2208             slideIndex = columnIndices[slide];
2 26 Feb 07 jari 2209
2 26 Feb 07 jari 2210             if(slideIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 2211                 slideData = new SlideData();
2 26 Feb 07 jari 2212
2 26 Feb 07 jari 2213                 name = this.getSampleName(slideIndex);
2 26 Feb 07 jari 2214                 if(name.endsWith("...")){
2 26 Feb 07 jari 2215                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2216                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slideIndex).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slideIndex).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2217                     ((SlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slideIndex));
2 26 Feb 07 jari 2218                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2219                 } else{
2 26 Feb 07 jari 2220                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slideIndex).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slideIndex).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2221                     ((SlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slideIndex));
2 26 Feb 07 jari 2222                 }
2 26 Feb 07 jari 2223
2 26 Feb 07 jari 2224                 for(int spot = 0; spot < rowIndices.length; spot++){
2 26 Feb 07 jari 2225                     sde = new SlideDataElement(this.getSlideDataElement(slideIndex, rowIndices[spot]));
2 26 Feb 07 jari 2226                     slideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 2227                 }
2 26 Feb 07 jari 2228                 metaData = (ISlideMetaData)slideData;
2 26 Feb 07 jari 2229                 
2 26 Feb 07 jari 2230                 //7/10/06 jcb added to set field names in new data
2 26 Feb 07 jari 2231                 metaData.clearFieldNames();                
2 26 Feb 07 jari 2232                 metaData.setFieldNames(this.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 2233
2 26 Feb 07 jari 2234             } else {
2 26 Feb 07 jari 2235                 slideData = new FloatSlideData(metaData);
2 26 Feb 07 jari 2236                 ((FloatSlideData) slideData).createCurrentIntensityArrays();
2 26 Feb 07 jari 2237
2 26 Feb 07 jari 2238                 name = this.getSampleName(slideIndex);
2 26 Feb 07 jari 2239                 if(name.endsWith("...")){
2 26 Feb 07 jari 2240                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2241                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slideIndex).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slideIndex).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2242                     ((FloatSlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slideIndex));
2 26 Feb 07 jari 2243                     toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2244                 } else{
2 26 Feb 07 jari 2245                     slideData.setSlideDataLabels(this.getFeature(slideIndex).getSlideDataKeys(), this.getFeature(slideIndex).getSlideDataLabels());
2 26 Feb 07 jari 2246                     ((FloatSlideData) slideData).setSlideFileName(this.getSampleName(slideIndex));
2 26 Feb 07 jari 2247                 }
2 26 Feb 07 jari 2248                 for(int spot = 0; spot < rowIndices.length; spot++){
2 26 Feb 07 jari 2249                     sde = this.getSlideDataElement(slideIndex, rowIndices[spot]);
2 26 Feb 07 jari 2250                     ((FloatSlideData)slideData).setIntensities(spot, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3), sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 2251                     ((FloatSlideData)slideData).setCurrentIntensities(spot, sde.getCurrentIntensity()[0], sde.getCurrentIntensity()[1]);
2 26 Feb 07 jari 2252                 }
2 26 Feb 07 jari 2253
2 26 Feb 07 jari 2254             }
2 26 Feb 07 jari 2255             slideData.setNormalizedState(normalizedState);
2 26 Feb 07 jari 2256             data.addFeature(slideData);
2 26 Feb 07 jari 2257         }
2 26 Feb 07 jari 2258         return data;
2 26 Feb 07 jari 2259     }
2 26 Feb 07 jari 2260
2 26 Feb 07 jari 2261
2 26 Feb 07 jari 2262     /**
2 26 Feb 07 jari 2263      * Sets initial max values.
2 26 Feb 07 jari 2264      */
2 26 Feb 07 jari 2265     private void resetMaxValues() {
2 26 Feb 07 jari 2266         setMaxCY3(0f);
2 26 Feb 07 jari 2267         setMaxCY5(0f);
2 26 Feb 07 jari 2268         setMaxRatio(0f);
2 26 Feb 07 jari 2269         setMinRatio(0f);
2 26 Feb 07 jari 2270     }
2 26 Feb 07 jari 2271
2 26 Feb 07 jari 2272     /**
2 26 Feb 07 jari 2273      * Updates min and max ratio values.
2 26 Feb 07 jari 2274      */
2 26 Feb 07 jari 2275     private void updateMaxMinRatios(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 2276         float min = minRatio;
2 26 Feb 07 jari 2277         float max = maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 2278         float value;
2 26 Feb 07 jari 2279         final int features = featuresList.size();
2 26 Feb 07 jari 2280         final int probes = ((ISlideData)featuresList.get(0)).getSize();
2 26 Feb 07 jari 2281         for (int probe=0; probe<probes; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 2282             value = slideData.getRatio(probe, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 2283             max = Math.max(max, value);
2 26 Feb 07 jari 2284             min = Math.min(min, value);
2 26 Feb 07 jari 2285         }
2 26 Feb 07 jari 2286         setMaxRatio(max);
2 26 Feb 07 jari 2287         setMinRatio(max);
2 26 Feb 07 jari 2288     }
2 26 Feb 07 jari 2289
2 26 Feb 07 jari 2290     /**
2 26 Feb 07 jari 2291      * Toggles the length of the displayed file name.
2 26 Feb 07 jari 2292      */
2 26 Feb 07 jari 2293     public void toggleExptNameLength(){
2 26 Feb 07 jari 2294         if(this.getFeaturesCount() < 1)
2 26 Feb 07 jari 2295             return;
2 26 Feb 07 jari 2296         for(int i = 0; i < this.getFeaturesCount(); i++){
2 26 Feb 07 jari 2297             ((ISlideData)(this.getFeature(i))).toggleNameLength();
2 26 Feb 07 jari 2298         }
2 26 Feb 07 jari 2299     }
2 26 Feb 07 jari 2300
2 26 Feb 07 jari 2301     /**
2 26 Feb 07 jari 2302      * Sort the data with specified style.
2 26 Feb 07 jari 2303      */
2 26 Feb 07 jari 2304     void sort(int style) {
2 26 Feb 07 jari 2305         SlideDataSorter sorter = new SlideDataSorter();
2 26 Feb 07 jari 2306         if (style == SlideDataSorter.SORT_BY_RATIO) { // ratio values are unique for slides
2 26 Feb 07 jari 2307             for (int i = 0; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 2308                 sorter.setSlideData((ISlideData)featuresList.get(i));
2 26 Feb 07 jari 2309                 sorter.sort((int[])indicesList.get(i), style);
2 26 Feb 07 jari 2310             }
2 26 Feb 07 jari 2311         } else { // all the other values are shared
2 26 Feb 07 jari 2312             if (featuresList.size() < 1) {
2 26 Feb 07 jari 2313                 return;
2 26 Feb 07 jari 2314             }
2 26 Feb 07 jari 2315             sorter.setSlideData((ISlideData)featuresList.get(0));
2 26 Feb 07 jari 2316             int[] src = (int[])indicesList.get(0);
2 26 Feb 07 jari 2317             sorter.sort(src, style);
2 26 Feb 07 jari 2318             int[] dst;
2 26 Feb 07 jari 2319             for (int i = 1; i < featuresList.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 2320                 dst = (int[])indicesList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 2321                 System.arraycopy(src, 0, dst, 0, src.length);
2 26 Feb 07 jari 2322             }
2 26 Feb 07 jari 2323         }
2 26 Feb 07 jari 2324     }
2 26 Feb 07 jari 2325
2 26 Feb 07 jari 2326
2 26 Feb 07 jari 2327
2 26 Feb 07 jari 2328     /**
2 26 Feb 07 jari 2329      * Returns ratio values of the data.
2 26 Feb 07 jari 2330      */
2 26 Feb 07 jari 2331     public Experiment getFullExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 2332         int featuresSize = this.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 2333         int probesSize = this.getFeaturesSize();        
2 26 Feb 07 jari 2334         int []  features = createDefaultFeatures(featuresSize, probesSize);
2 26 Feb 07 jari 2335         Experiment experiment = createExperiment(features, probesSize);        
2 26 Feb 07 jari 2336         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 2337     }
2 26 Feb 07 jari 2338     
2 26 Feb 07 jari 2339     /**
2 26 Feb 07 jari 2340      * Returns ratio values of the data.
2 26 Feb 07 jari 2341      */
2 26 Feb 07 jari 2342     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 2343         if(useMainData)
2 26 Feb 07 jari 2344            return experiment;
2 26 Feb 07 jari 2345         return alternateExperiment;
2 26 Feb 07 jari 2346     }
2 26 Feb 07 jari 2347     
2 26 Feb 07 jari 2348     private void setMaxCY3(float value) {this.maxCy3 = value;}
2 26 Feb 07 jari 2349     private void setMaxCY5(float value) {this.maxCy5 = value;}
2 26 Feb 07 jari 2350     public float getMaxCY3() {return this.maxCy3;}
2 26 Feb 07 jari 2351     public float getMaxCY5() {return this.maxCy5;}
2 26 Feb 07 jari 2352
2 26 Feb 07 jari 2353     private void setMaxRatio(float value) {this.maxRatio = value;}
2 26 Feb 07 jari 2354     private void setMinRatio(float value) {this.minRatio = value;}
2 26 Feb 07 jari 2355     public float getMaxRatio() {return this.maxRatio;}
2 26 Feb 07 jari 2356     public float getMinRatio() {return this.minRatio;}
2 26 Feb 07 jari 2357
2 26 Feb 07 jari 2358     //////////////////////////////////
2 26 Feb 07 jari 2359     //                              //
2 26 Feb 07 jari 2360     //  adjust experiment methods   //
2 26 Feb 07 jari 2361     //                              //
2 26 Feb 07 jari 2362     //////////////////////////////////
2 26 Feb 07 jari 2363     void log2Transform() {
2 26 Feb 07 jari 2364         Adjustment.log2Transform(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2365     }
2 26 Feb 07 jari 2366
2 26 Feb 07 jari 2367     void unlog2Transform() {
2 26 Feb 07 jari 2368         Adjustment.unlog2Transform(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2369     }
2 26 Feb 07 jari 2370     void normalizeSpots() {
2 26 Feb 07 jari 2371         Adjustment.normalizeSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2372     }
2 26 Feb 07 jari 2373
2 26 Feb 07 jari 2374     void divideSpotsRMS() {
2 26 Feb 07 jari 2375         Adjustment.divideSpotsRMS(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2376     }
2 26 Feb 07 jari 2377
2 26 Feb 07 jari 2378     void divideSpotsSD() {
2 26 Feb 07 jari 2379         Adjustment.divideSpotsSD(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2380     }
2 26 Feb 07 jari 2381
2 26 Feb 07 jari 2382     // pcahan -- affy- abs specific
2 26 Feb 07 jari 2383     void divideGenesMedian() {
2 26 Feb 07 jari 2384         Adjustment.divideGenesMedian(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2385     }
2 26 Feb 07 jari 2386
2 26 Feb 07 jari 2387     void divideGenesMean() {
2 26 Feb 07 jari 2388         Adjustment.divideGenesMean(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2389     }
2 26 Feb 07 jari 2390
2 26 Feb 07 jari 2391     void meanCenterSpots() {
2 26 Feb 07 jari 2392         Adjustment.meanCenterSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2393     }
2 26 Feb 07 jari 2394
2 26 Feb 07 jari 2395     void medianCenterSpots() {
2 26 Feb 07 jari 2396         Adjustment.medianCenterSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2397     }
2 26 Feb 07 jari 2398
2 26 Feb 07 jari 2399     void digitalSpots() {
2 26 Feb 07 jari 2400         Adjustment.digitalSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2401     }
2 26 Feb 07 jari 2402
2 26 Feb 07 jari 2403     void normalizeExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 2404         Adjustment.normalizeExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2405     }
2 26 Feb 07 jari 2406
2 26 Feb 07 jari 2407     void divideExperimentsRMS() {
2 26 Feb 07 jari 2408         Adjustment.divideExperimentsRMS(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2409     }
2 26 Feb 07 jari 2410
2 26 Feb 07 jari 2411     void divideExperimentsSD() {
2 26 Feb 07 jari 2412         Adjustment.divideExperimentsSD(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2413     }
2 26 Feb 07 jari 2414
2 26 Feb 07 jari 2415     void meanCenterExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 2416         Adjustment.meanCenterExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2417     }
2 26 Feb 07 jari 2418
2 26 Feb 07 jari 2419     void medianCenterExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 2420         Adjustment.medianCenterExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2421     }
2 26 Feb 07 jari 2422
2 26 Feb 07 jari 2423     void digitalExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 2424         Adjustment.digitalExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2425     }
2 26 Feb 07 jari 2426
2 26 Feb 07 jari 2427     void log10toLog2() {
2 26 Feb 07 jari 2428         Adjustment.log10toLog2(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2429     }
2 26 Feb 07 jari 2430     void log2toLog10() {
2 26 Feb 07 jari 2431         Adjustment.log2toLog10(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 2432     }
2 26 Feb 07 jari 2433
2 26 Feb 07 jari 2434     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 2435     private static float getGeneMean(float[] row) {
2 26 Feb 07 jari 2436         float mean = 0f;
2 26 Feb 07 jari 2437         for (int i = 0; i < row.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 2438             mean += row[i];
2 26 Feb 07 jari 2439         }
2 26 Feb 07 jari 2440         return (float)mean/row.length;
2 26 Feb 07 jari 2441     }
2 26 Feb 07 jari 2442
2 26 Feb 07 jari 2443     public int getDataType() {
2 26 Feb 07 jari 2444         return this.dataType;
2 26 Feb 07 jari 2445     }
2 26 Feb 07 jari 2446
2 26 Feb 07 jari 2447     public void setDataType(int type){
2 26 Feb 07 jari 2448         this.dataType = type;
2 26 Feb 07 jari 2449         ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 2450         for(int i = 0; i < this.getFeaturesCount(); i++){
2 26 Feb 07 jari 2451             slideData = this.getFeature(i);
2 26 Feb 07 jari 2452             slideData.setDataType(type);
2 26 Feb 07 jari 2453         }
2 26 Feb 07 jari 2454         if(this.dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY || this.dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ){
2 26 Feb 07 jari 2455             this.logState = LINEAR;
2 26 Feb 07 jari 2456         } else {
2 26 Feb 07 jari 2457             this.logState = LOG;
2 26 Feb 07 jari 2458         }
2 26 Feb 07 jari 2459         if(this.dataType == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 2460           convertToAffy();
2 26 Feb 07 jari 2461         }
2 26 Feb 07 jari 2462         if(this.getFeaturesCount() > 0)
2 26 Feb 07 jari 2463             this.experiment = createExperiment();
2 26 Feb 07 jari 2464     }
2 26 Feb 07 jari 2465
2 26 Feb 07 jari 2466     private void convertToAffy(){
2 26 Feb 07 jari 2467       SlideData ismd = (SlideData)getFeature(0);
2 26 Feb 07 jari 2468       Vector allSlideDataElements = ismd.getAllElements();
2 26 Feb 07 jari 2469       ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 2470       for(int i=0; i<allSlideDataElements.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 2471         sde = (ISlideDataElement)allSlideDataElements.get(i);
2 26 Feb 07 jari 2472         if(!(sde instanceof AffySlideDataElement)){
2 26 Feb 07 jari 2473           //If this slidedataelement isn't already an Affy slidedataelement, turn it into one
2 26 Feb 07 jari 2474           AffySlideDataElement asde = new AffySlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 2475           allSlideDataElements.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 2476           allSlideDataElements.add(i, asde);
2 26 Feb 07 jari 2477         }
2 26 Feb 07 jari 2478       }
2 26 Feb 07 jari 2479     }
2 26 Feb 07 jari 2480     
2 26 Feb 07 jari 2481     /** Returns gene or sample indices related to search terms.
2 26 Feb 07 jari 2482      */
2 26 Feb 07 jari 2483     public int [] search(AlgorithmData criteria) {
2 26 Feb 07 jari 2484         AlgorithmParameters params = criteria.getParams();
2 26 Feb 07 jari 2485         boolean geneSearch = params.getBoolean("gene-search");
2 26 Feb 07 jari 2486         boolean caseSens = params.getBoolean("case-sensitive");
2 26 Feb 07 jari 2487         boolean fullTerm = params.getBoolean("full-term");
2 26 Feb 07 jari 2488         String searchTerm = params.getString("search-term");
2 26 Feb 07 jari 2489         String upperSearchString = searchTerm.toUpperCase();
2 26 Feb 07 jari 2490         String [] fields = criteria.getStringArray("field-names");
2 26 Feb 07 jari 2491         String annot;
2 26 Feb 07 jari 2492         String [] fullFieldNames;
2 26 Feb 07 jari 2493         boolean hit = false;        
2 26 Feb 07 jari 2494         int n;
2 26 Feb 07 jari 2495         //need to find indices of fields to check.
2 26 Feb 07 jari 2496         //the input fields should be in order
2 26 Feb 07 jari 2497         Vector fieldIndices = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 2498         
2 26 Feb 07 jari 2499         Vector indexVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 2500         
2 26 Feb 07 jari 2501         int [] indices;
2 26 Feb 07 jari 2502         
2 26 Feb 07 jari 2503        
2 26 Feb 07 jari 2504         
2 26 Feb 07 jari 2505         Hashtable keys = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 2506         
2 26 Feb 07 jari 2507         if(getFeaturesCount() < 1 || getFeaturesSize() < 1)
2 26 Feb 07 jari 2508             return new int[0]; //empty result
2 26 Feb 07 jari 2509         
2 26 Feb 07 jari 2510         if(geneSearch) {
2 26 Feb 07 jari 2511         
2 26 Feb 07 jari 2512             fullFieldNames = this.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 2513                     
2 26 Feb 07 jari 2514             for(int i = 0; i < fields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2515                 for(int j = 0; j < fullFieldNames.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 2516                     if(fields[i].equals(fullFieldNames[j])) {
2 26 Feb 07 jari 2517                         fieldIndices.addElement(new Integer(j));
2 26 Feb 07 jari 2518                         break;
2 26 Feb 07 jari 2519                     }
2 26 Feb 07 jari 2520                 }        
2 26 Feb 07 jari 2521             } 
2 26 Feb 07 jari 2522     
2 26 Feb 07 jari 2523             n = getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 2524             ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 2525             ISlideData slide = this.getFeature(0);
2 26 Feb 07 jari 2526             int annotIndex;            
2 26 Feb 07 jari 2527             for(int i = 0; i < n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2528                 hit = false;
2 26 Feb 07 jari 2529                 for(int j = 0; j < fieldIndices.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 2530                     annotIndex = ((Integer)fieldIndices.elementAt(j)).intValue();
2 26 Feb 07 jari 2531                     annot = getElementAttribute(i, annotIndex);
2 26 Feb 07 jari 2532                     
2 26 Feb 07 jari 2533                     if(fullTerm) {
2 26 Feb 07 jari 2534                         if(caseSens) {
2 26 Feb 07 jari 2535                             if(annot.equals(searchTerm)) {
2 26 Feb 07 jari 2536                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2537                               //  break;
2 26 Feb 07 jari 2538                             }
2 26 Feb 07 jari 2539                         } else {
2 26 Feb 07 jari 2540                             if(annot.equalsIgnoreCase(searchTerm)) {
2 26 Feb 07 jari 2541                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2542                               break;
2 26 Feb 07 jari 2543                             }                            
2 26 Feb 07 jari 2544                         }
2 26 Feb 07 jari 2545                         
2 26 Feb 07 jari 2546                     } else {  //able to look within a term
2 26 Feb 07 jari 2547                        
2 26 Feb 07 jari 2548                         if(caseSens) {                                                              
2 26 Feb 07 jari 2549                             if(annot.indexOf(searchTerm) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 2550                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2551                                 break;
2 26 Feb 07 jari 2552                             }                  
2 26 Feb 07 jari 2553                         } else {
2 26 Feb 07 jari 2554                             if((annot.toUpperCase()).indexOf(upperSearchString) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 2555                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2556                                break;
2 26 Feb 07 jari 2557                             } 
2 26 Feb 07 jari 2558                             
2 26 Feb 07 jari 2559                         }                           
2 26 Feb 07 jari 2560                          
2 26 Feb 07 jari 2561                     }
2 26 Feb 07 jari 2562                     
2 26 Feb 07 jari 2563           
2 26 Feb 07 jari 2564                     
2 26 Feb 07 jari 2565                 }
2 26 Feb 07 jari 2566                 if(hit == true) {
2 26 Feb 07 jari 2567                     indexVector.addElement(new Integer(i));
2 26 Feb 07 jari 2568                 }
2 26 Feb 07 jari 2569             }
2 26 Feb 07 jari 2570             
2 26 Feb 07 jari 2571            
2 26 Feb 07 jari 2572             indices = new int[indexVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 2573  
2 26 Feb 07 jari 2574             for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2575                 indices[i] = ((Integer)(indexVector.elementAt(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 2576             }
2 26 Feb 07 jari 2577             
2 26 Feb 07 jari 2578             //Sample search
2 26 Feb 07 jari 2579         } else { 
2 26 Feb 07 jari 2580             
2 26 Feb 07 jari 2581             n = getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 2582             Hashtable sampleNameHash;
2 26 Feb 07 jari 2583             
2 26 Feb 07 jari 2584             
2 26 Feb 07 jari 2585             for(int i = 0; i < n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2586                 hit = false;
2 26 Feb 07 jari 2587                 sampleNameHash = this.getFeature(i).getSlideDataLabels();
2 26 Feb 07 jari 2588                 
2 26 Feb 07 jari 2589                 for(int j = 0; j < fields.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 2590                       annot = (String)(sampleNameHash.get(fields[j]));
2 26 Feb 07 jari 2591                       if(annot == null)
2 26 Feb 07 jari 2592                           continue;
2 26 Feb 07 jari 2593                     
2 26 Feb 07 jari 2594                     if(fullTerm) {
2 26 Feb 07 jari 2595                         if(caseSens) {
2 26 Feb 07 jari 2596                             if(annot.equals(searchTerm)) {
2 26 Feb 07 jari 2597                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2598                                 break;
2 26 Feb 07 jari 2599                             }
2 26 Feb 07 jari 2600                         } else {
2 26 Feb 07 jari 2601                             if(annot.equalsIgnoreCase(searchTerm)) {
2 26 Feb 07 jari 2602                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2603                                 break;
2 26 Feb 07 jari 2604                             }                            
2 26 Feb 07 jari 2605                         }
2 26 Feb 07 jari 2606                         
2 26 Feb 07 jari 2607                     } else {  //able to look within a term
2 26 Feb 07 jari 2608                        
2 26 Feb 07 jari 2609                         if(caseSens) {                                                              
2 26 Feb 07 jari 2610                             if(annot.indexOf(searchTerm) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 2611                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2612                                 break;
2 26 Feb 07 jari 2613                             }                  
2 26 Feb 07 jari 2614                         } else {
2 26 Feb 07 jari 2615                             if((annot.toUpperCase()).indexOf(upperSearchString) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 2616                                 hit = true;
2 26 Feb 07 jari 2617                                 break;
2 26 Feb 07 jari 2618                             } 
2 26 Feb 07 jari 2619                             
2 26 Feb 07 jari 2620                         }                           
2 26 Feb 07 jari 2621                          
2 26 Feb 07 jari 2622                     }
2 26 Feb 07 jari 2623                 }
2 26 Feb 07 jari 2624                  if(hit == true) {
2 26 Feb 07 jari 2625                         indexVector.addElement(new Integer(i));
2 26 Feb 07 jari 2626                     }
2 26 Feb 07 jari 2627             }
2 26 Feb 07 jari 2628                         
2 26 Feb 07 jari 2629             indices = new int[indexVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 2630             
2 26 Feb 07 jari 2631             for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2632                 indices[i] = ((Integer)(indexVector.elementAt(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 2633             }
2 26 Feb 07 jari 2634         }
2 26 Feb 07 jari 2635        return indices; 
2 26 Feb 07 jari 2636     }
2 26 Feb 07 jari 2637     
2 26 Feb 07 jari 2638     /** Returns an annotation array for the provided indices based on annotation key
2 26 Feb 07 jari 2639      */
2 26 Feb 07 jari 2640     public String[] getAnnotationList(String fieldName, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 2641         String [] fieldNames = this.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 2642         int fieldIndex;
2 26 Feb 07 jari 2643         for(fieldIndex = 0; fieldIndex < fieldNames.length; fieldIndex++){
2 26 Feb 07 jari 2644             if(fieldName.equals(fieldNames[fieldIndex]))
2 26 Feb 07 jari 2645                 break;
2 26 Feb 07 jari 2646         }
2 26 Feb 07 jari 2647
2 26 Feb 07 jari 2648         if(fieldIndex >= fieldNames.length)
2 26 Feb 07 jari 2649             return null;
2 26 Feb 07 jari 2650
2 26 Feb 07 jari 2651         String [] annot = new String[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 2652
2 26 Feb 07 jari 2653         for(int i = 0; i < annot.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 2654             annot[i] = this.getElementAttribute(indices[i], fieldIndex);
2 26 Feb 07 jari 2655         }
2 26 Feb 07 jari 2656
2 26 Feb 07 jari 2657         return annot;
2 26 Feb 07 jari 2658     }
2 26 Feb 07 jari 2659     
2 26 Feb 07 jari 2660     /**
2 26 Feb 07 jari 2661      * Overload getAnnotatilnList, using the full indices list if no int[] input
2 26 Feb 07 jari 2662      * @param fieldName
2 26 Feb 07 jari 2663      * @return 
2 26 Feb 07 jari 2664      */
2 26 Feb 07 jari 2665     public String[] getAnnotationList(String fieldName) {
2 26 Feb 07 jari 2666       //System.out.println("MultipleArrayData, size of indicesList = " + this.experiment.getNumberOfGenes());
2 26 Feb 07 jari 2667       int[] indices = new int[this.experiment.getNumberOfGenes()];
2 26 Feb 07 jari 2668       for (int i = 0 ; i < indices.length; i ++) {
2 26 Feb 07 jari 2669         indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 2670       }
2 26 Feb 07 jari 2671       return this.getAnnotationList(fieldName, indices);
2 26 Feb 07 jari 2672     }
2 26 Feb 07 jari 2673
2 26 Feb 07 jari 2674     /** Returns the slected sample annotation
2 26 Feb 07 jari 2675      */
2 26 Feb 07 jari 2676     public String getSampleAnnotation(int column, String key) {
2 26 Feb 07 jari 2677         return (String)(this.getFeature(column).getSlideDataLabels().get(key));
2 26 Feb 07 jari 2678     }    
2 26 Feb 07 jari 2679   /*************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 2680      * Raktim CGH Functions
2 26 Feb 07 jari 2681      * Oct 3rd, 2005
2 26 Feb 07 jari 2682      ************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 2683     public void setCGHCopyNumberCalculator(){
2 26 Feb 07 jari 2684       copyNumberCalculator = new CGHCopyNumberCalculator(this);
2 26 Feb 07 jari 2685     }
2 26 Feb 07 jari 2686     public CGHCopyNumberCalculator getCGHCopyNumberCalculator(){
2 26 Feb 07 jari 2687       return this.copyNumberCalculator;
2 26 Feb 07 jari 2688     }
2 26 Feb 07 jari 2689
2 26 Feb 07 jari 2690     /**
2 26 Feb 07 jari 2691      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2692      */
2 26 Feb 07 jari 2693     public int getFeaturesSize(int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2694       return chromosomeIndices[chromosome][1] - chromosomeIndices[chromosome][0];
2 26 Feb 07 jari 2695     }
2 26 Feb 07 jari 2696     /**
2 26 Feb 07 jari 2697      * CGH Returns CY3 value.
2 26 Feb 07 jari 2698      * For dye swap experiments, returns the value of the experiment
2 26 Feb 07 jari 2699      * with test DNA labeled with cy3 dye
2 26 Feb 07 jari 2700      * @param column the experiment index
2 26 Feb 07 jari 2701      * @param row the relative index of the probe on the specified chromosome
2 26 Feb 07 jari 2702      * @param chromosome the chromosome index
2 26 Feb 07 jari 2703      * @return
2 26 Feb 07 jari 2704      */
2 26 Feb 07 jari 2705     public float getCY3(int column, int row, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2706       return getCY3(column, chromosomeIndices[chromosome][0] + row);
2 26 Feb 07 jari 2707     }
2 26 Feb 07 jari 2708     /**
2 26 Feb 07 jari 2709      * CGH Returns CY5 value.
2 26 Feb 07 jari 2710      * For dye swap experiments, returns the value of the experiment
2 26 Feb 07 jari 2711      * with test DNA labeled with cy3 dye
2 26 Feb 07 jari 2712      * @param column the experiment index
2 26 Feb 07 jari 2713      * @param row the relative index of the probe on the specified chromosome
2 26 Feb 07 jari 2714      * @param chromosome the chromosome index
2 26 Feb 07 jari 2715      * @return
2 26 Feb 07 jari 2716     */
2 26 Feb 07 jari 2717     public float getCY5(int column, int row, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2718       return getCY5(column, chromosomeIndices[chromosome][0] + row);
2 26 Feb 07 jari 2719     }
2 26 Feb 07 jari 2720     /**
2 26 Feb 07 jari 2721      * Returns an element attribute.
2 26 Feb 07 jari 2722      */
2 26 Feb 07 jari 2723     public String getElementAttribute(int row, int attr, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2724       return getCloneAt(row).getName();
2 26 Feb 07 jari 2725     }
2 26 Feb 07 jari 2726     /**
2 26 Feb 07 jari 2727      *  CGH Returns the number of chromosomes
2 26 Feb 07 jari 2728      */
2 26 Feb 07 jari 2729     public int getNumChromosomes(){
2 26 Feb 07 jari 2730       return chromosomeIndices.length;
2 26 Feb 07 jari 2731     }
2 26 Feb 07 jari 2732     /**
2 26 Feb 07 jari 2733      * CGH Returns the number of data points in a given chromosome
2 26 Feb 07 jari 2734      */
2 26 Feb 07 jari 2735     /**
2 26 Feb 07 jari 2736      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2737      */
2 26 Feb 07 jari 2738     public int getNumDataPointsInChrom(int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2739       return chromosomeIndices[chromosome][1] - chromosomeIndices[chromosome][0];
2 26 Feb 07 jari 2740     }
2 26 Feb 07 jari 2741     /**
2 26 Feb 07 jari 2742      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2743      */
2 26 Feb 07 jari 2744     public int getCloneIndex(int relativeIndex, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2745       return chromosomeIndices[chromosome][0] + relativeIndex;
2 26 Feb 07 jari 2746     }
2 26 Feb 07 jari 2747     /**
2 26 Feb 07 jari 2748      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2749      */
2 26 Feb 07 jari 2750     public int getRelativeIndex(int cloneIndex, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2751       return cloneIndex - chromosomeIndices[chromosome][0];
2 26 Feb 07 jari 2752     }
2 26 Feb 07 jari 2753     /** Getter for property chromosomeIndices.
2 26 Feb 07 jari 2754      * @return Value of property chromosomeIndices.
2 26 Feb 07 jari 2755      */
2 26 Feb 07 jari 2756     public int[][] getChromosomeIndices() {
2 26 Feb 07 jari 2757         return this.chromosomeIndices;
2 26 Feb 07 jari 2758     }
2 26 Feb 07 jari 2759     /** Setter for property chromosomeIndices.
2 26 Feb 07 jari 2760      * @param chromosomeIndices New value of property chromosomeIndices.
2 26 Feb 07 jari 2761      */
2 26 Feb 07 jari 2762     public void setChromosomeIndices(int[][] chromosomeIndices) {
2 26 Feb 07 jari 2763         this.chromosomeIndices = chromosomeIndices;
2 26 Feb 07 jari 2764         System.out.println("Chr Indices.len : " + chromosomeIndices.length + ", " + chromosomeIndices[0].length);
2 26 Feb 07 jari 2765         /*
2 26 Feb 07 jari 2766         for(int i=0; i < chromosomeIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 2767           int j = 0;
2 26 Feb 07 jari 2768           System.out.print("chromosomeIndices["+i+"]["+j+"]: ");
2 26 Feb 07 jari 2769           for(; j < chromosomeIndices[0].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 2770             System.out.print(chromosomeIndices[i][j] + ", ");
2 26 Feb 07 jari 2771           }
2 26 Feb 07 jari 2772           System.out.println();
2 26 Feb 07 jari 2773         }
2 26 Feb 07 jari 2774         */
2 26 Feb 07 jari 2775     }
2 26 Feb 07 jari 2776     /**
2 26 Feb 07 jari 2777      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2778      */
2 26 Feb 07 jari 2779     public int getChromosomeStartIndex(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 2780         return this.chromosomeIndices[chromosomeIndex][0];
2 26 Feb 07 jari 2781     }
2 26 Feb 07 jari 2782     /**
2 26 Feb 07 jari 2783      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2784      */
2 26 Feb 07 jari 2785     public int getChromosomeEndIndex(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 2786         return this.chromosomeIndices[chromosomeIndex][1];
2 26 Feb 07 jari 2787     }
2 26 Feb 07 jari 2788     /**
2 26 Feb 07 jari 2789      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2790      */
2 26 Feb 07 jari 2791     public CGHClone getCloneAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 2792       /*
2 26 Feb 07 jari 2793       CGHSlideDataElement sde_T1 = (CGHSlideDataElement)((ISlideData)featuresList.get(0)).getSlideDataElement(index);
2 26 Feb 07 jari 2794       CGHClone clone_T1 = sde_T1.getClone();
2 26 Feb 07 jari 2795       return clone_T1;
2 26 Feb 07 jari 2796       */
2 26 Feb 07 jari 2797       return (CGHClone)clones.get(index);
2 26 Feb 07 jari 2798     }
2 26 Feb 07 jari 2799     /**
2 26 Feb 07 jari 2800      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2801      */
2 26 Feb 07 jari 2802     public CGHClone getCloneAt(int index, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2803       return getCloneAt(getCloneIndex(index, chromosome));
2 26 Feb 07 jari 2804     }
2 26 Feb 07 jari 2805     /**
2 26 Feb 07 jari 2806      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2807      * corresponds to ISlideData function
2 26 Feb 07 jari 2808      */
2 26 Feb 07 jari 2809     public int getNumFlankingRegions(int experimentIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 2810       return ((ISlideData)featuresList.get(experimentIndex)).getNumFlankingRegions(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 2811     }
2 26 Feb 07 jari 2812     /**
2 26 Feb 07 jari 2813      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2814      * corresponds to ISlideData function
2 26 Feb 07 jari 2815      */
2 26 Feb 07 jari 2816     public void setFlankingRegions(int experimentIndex, Vector[] flankingRegions){
2 26 Feb 07 jari 2817       ((ISlideData)featuresList.get(experimentIndex)).setFlankingRegions(flankingRegions);
2 26 Feb 07 jari 2818     }
2 26 Feb 07 jari 2819     /**
2 26 Feb 07 jari 2820      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2821      * Setter for property samplesOrder.
2 26 Feb 07 jari 2822      * @param samplesOrder New value of property samplesOrder.
2 26 Feb 07 jari 2823      */
2 26 Feb 07 jari 2824     public void setSamplesOrder(int[] samplesOrder) {
2 26 Feb 07 jari 2825         this.samplesOrder = samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 2826     }
2 26 Feb 07 jari 2827     /**
2 26 Feb 07 jari 2828      * CGH
2 26 Feb 07 jari 2829      * Getter for property samplesOrder.
2 26 Feb 07 jari 2830      * @return Value of property samplesOrder.
2 26 Feb 07 jari 2831      */
2 26 Feb 07 jari 2832     public int[] getSamplesOrder() {
2 26 Feb 07 jari 2833         return this.samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 2834     }
2 26 Feb 07 jari 2835     /*
2 26 Feb 07 jari 2836      * UN-used
2 26 Feb 07 jari 2837     public Vector getSlides(){
2 26 Feb 07 jari 2838         Vector slides = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 2839         Iterator it = featuresList.iterator();
2 26 Feb 07 jari 2840         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 2841             CGHSampleData sampleData = (CGHSampleData)it.next();
2 26 Feb 07 jari 2842             Iterator cy3It = sampleData.getCy3Slides().iterator();
2 26 Feb 07 jari 2843             while(cy3It.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 2844                 slides.add( (CGHSlideData) cy3It.next() );
2 26 Feb 07 jari 2845             }
2 26 Feb 07 jari 2846             Iterator cy5It = sampleData.getCy5Slides().iterator();
2 26 Feb 07 jari 2847             while(cy5It.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 2848                 slides.add( (CGHSlideData) cy5It.next() );
2 26 Feb 07 jari 2849             }
2 26 Feb 07 jari 2850         }
2 26 Feb 07 jari 2851         return slides;
2 26 Feb 07 jari 2852     }
2 26 Feb 07 jari 2853     */
2 26 Feb 07 jari 2854     // Addition - Raktim, Oct 31, 05
2 26 Feb 07 jari 2855     /**
2 26 Feb 07 jari 2856      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2857      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2858      * @param chromosome
2 26 Feb 07 jari 2859      * @return
2 26 Feb 07 jari 2860      */
2 26 Feb 07 jari 2861     public float getValue(int experiment, int clone, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2862         //return getValue(experiment, data.getCloneIndex(clone, chromosome));
2 26 Feb 07 jari 2863       return getValue(experiment, getCloneIndex(clone, chromosome));
2 26 Feb 07 jari 2864     }
2 26 Feb 07 jari 2865     /** Returns the appropriate data value based on
2 26 Feb 07 jari 2866      * the user selected clone value type.  This can be.
2 26 Feb 07 jari 2867      * for example, the log average inverted value, or
2 26 Feb 07 jari 2868      * any number of discrete copy number determination
2 26 Feb 07 jari 2869      * methods
2 26 Feb 07 jari 2870      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2871      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2872      * @return
2 26 Feb 07 jari 2873      */
2 26 Feb 07 jari 2874     public float getValue(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2875         if(cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION){
2 26 Feb 07 jari 2876             return getCopyNumberDetermination(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2877         }else if(cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED){
2 26 Feb 07 jari 2878             //return getLogAverageInvertedValue(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2879             //return dataValues[clone][experiment];
2 26 Feb 07 jari 2880             return getRatio(experiment, clone, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 2881         }else if(cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION){
2 26 Feb 07 jari 2882             return getCopyNumberDeterminationByLogCloneDistribution(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2883         }else if(cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION){
2 26 Feb 07 jari 2884             return getCopyNumberDeterminationByThresholdOrCloneDistribution(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2885         }
2 26 Feb 07 jari 2886         return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 2887     }
2 26 Feb 07 jari 2888     /**
2 26 Feb 07 jari 2889      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2890      * Calculates the log average inverted value
2 26 Feb 07 jari 2891      * for a dye swap experiment.  Returns the log
2 26 Feb 07 jari 2892      * value if the experiment was not done in dye swap
2 26 Feb 07 jari 2893      */
2 26 Feb 07 jari 2894     public float getLogAverageInvertedValue(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2895         if(!hasDyeSwap){
2 26 Feb 07 jari 2896             return getRatio(experiment, clone, LOG);
2 26 Feb 07 jari 2897         }
2 26 Feb 07 jari 2898         float cy3Ratio = getCY3(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2899         float cy5Ratio = getCY5(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2900         if(cy3Ratio == IData.BAD_CLONE || cy5Ratio == IData.BAD_CLONE){
2 26 Feb 07 jari 2901             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 2902         }
2 26 Feb 07 jari 2903         if(cy3Ratio == 0 || cy5Ratio == 0){
2 26 Feb 07 jari 2904             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 2905         }
2 26 Feb 07 jari 2906         try{
2 26 Feb 07 jari 2907             float ratio = (float) (Arithmetic.log2(cy3Ratio) - Arithmetic.log2(cy5Ratio)) / 2;
2 26 Feb 07 jari 2908             return ratio;
2 26 Feb 07 jari 2909         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 2910             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 2911         }
2 26 Feb 07 jari 2912     }
2 26 Feb 07 jari 2913     /** Alterts that the method of calculating a probe copy number
2 26 Feb 07 jari 2914      * has changed.  This can be either a change in the determination
2 26 Feb 07 jari 2915      * method or in the thresholds appropriate for classification
2 26 Feb 07 jari 2916      *
2 26 Feb 07 jari 2917      * @param menu
2 26 Feb 07 jari 2918      */
2 26 Feb 07 jari 2919     public void onCopyDeterminationChanged(ICGHCloneValueMenu menu){
2 26 Feb 07 jari 2920         this.cloneValueType = menu.getCloneValueType();
2 26 Feb 07 jari 2921         System.out.println("Print onCopyDeterminationChanged().this.cloneValueType " + this.cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 2922         this.copyNumberCalculator.onCopyDeterminationChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 2923     }
2 26 Feb 07 jari 2924     /**
2 26 Feb 07 jari 2925      * Raktim OCt 31, 05, CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2926      * Calculates the copy number of a probe based
2 26 Feb 07 jari 2927      * on probe value thresholding
2 26 Feb 07 jari 2928      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2929      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2930      * @return
2 26 Feb 07 jari 2931      */
2 26 Feb 07 jari 2932     public int getCopyNumberDetermination(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2933         return copyNumberCalculator.getCopyNumberDetermination(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2934     }
2 26 Feb 07 jari 2935     /**
2 26 Feb 07 jari 2936      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 2937      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2938      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2939      * @param chromosome
2 26 Feb 07 jari 2940      * @return  */
2 26 Feb 07 jari 2941     public int getCopyNumberDetermination(int experiment, int clone, int chromosome){
2 26 Feb 07 jari 2942         return copyNumberCalculator.getCopyNumberDetermination(experiment, clone, chromosome);
2 26 Feb 07 jari 2943     }
2 26 Feb 07 jari 2944     /**
2 26 Feb 07 jari 2945      * Raktim OCt 31, 05, CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2946      * Calculates the copy number of a probe based
2 26 Feb 07 jari 2947      * on the probe's normal distribution
2 26 Feb 07 jari 2948      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2949      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2950      * @return
2 26 Feb 07 jari 2951      */
2 26 Feb 07 jari 2952     public int getCopyNumberDeterminationByLogCloneDistribution(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2953         return copyNumberCalculator.getCopyNumberDeterminationByLogCloneDistribution(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2954     }
2 26 Feb 07 jari 2955     /**
2 26 Feb 07 jari 2956      * Raktim OCt 31, 05, CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2957      * Calculates the copy number of a probe based
2 26 Feb 07 jari 2958      * on the probe's normal distribution or probe value thresholding
2 26 Feb 07 jari 2959      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2960      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2961      * @return
2 26 Feb 07 jari 2962      */
2 26 Feb 07 jari 2963     public int getCopyNumberDeterminationByThresholdOrCloneDistribution(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2964         return copyNumberCalculator.getCopyNumberDeterminationByThresholdOrCloneDistribution(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 2965     }
2 26 Feb 07 jari 2966     /** Calculates the p-value of the probe's value
2 26 Feb 07 jari 2967      * based on the normal distribution curve corresponding
2 26 Feb 07 jari 2968      * to the probe, for an experiment not done in dye swap
2 26 Feb 07 jari 2969      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 2970      * @param clone
2 26 Feb 07 jari 2971      * @param logState
2 26 Feb 07 jari 2972      * @return  */
2 26 Feb 07 jari 2973     public float getPValueByLogCloneDistribution(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 2974         double ratio = getRatio(experiment, clone, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 2975         Distribution dist = getDistributionAt(clone);
2 26 Feb 07 jari 2976         if(dist == null){
2 26 Feb 07 jari 2977             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 2978         }else{
2 26 Feb 07 jari 2979             double mean = dist.getMean();
2 26 Feb 07 jari 2980             double sd = dist.getSd();
2 26 Feb 07 jari 2981             //double z = Probability.normal(mean, Descriptive.variance(sd), ratio);
2 26 Feb 07 jari 2982             double z = (ratio - mean) / sd;
2 26 Feb 07 jari 2983             double p = Probability.normal(z);
2 26 Feb 07 jari 2984             return (float)p;
2 26 Feb 07 jari 2985         }
2 26 Feb 07 jari 2986     }
2 26 Feb 07 jari 2987     /**
2 26 Feb 07 jari 2988      * Raktim Oct31, 2005
2 26 Feb 07 jari 2989      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2990      * Getter for property cloneDistributions.
2 26 Feb 07 jari 2991      * @return Value of property cloneDistributions.
2 26 Feb 07 jari 2992      */
2 26 Feb 07 jari 2993     public Distribution[] getCloneDistributions() {
2 26 Feb 07 jari 2994         return cloneDistributions;
2 26 Feb 07 jari 2995     }
2 26 Feb 07 jari 2996     /**
2 26 Feb 07 jari 2997      * Raktim Oct31, 2005
2 26 Feb 07 jari 2998      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 2999      * Setter for property cloneDistributions.
2 26 Feb 07 jari 3000      * @param cloneDistributions New value of property cloneDistributions.
2 26 Feb 07 jari 3001      */
2 26 Feb 07 jari 3002     public void setCloneDistributions(Distribution[] cloneDistributions) {
2 26 Feb 07 jari 3003         this.cloneDistributions = cloneDistributions;
2 26 Feb 07 jari 3004     }
2 26 Feb 07 jari 3005     /**
2 26 Feb 07 jari 3006      * Raktim Oct31, 2005
2 26 Feb 07 jari 3007      * CGH Function
2 26 Feb 07 jari 3008      * @param index
2 26 Feb 07 jari 3009      * @return
2 26 Feb 07 jari 3010      */
2 26 Feb 07 jari 3011     public Distribution getDistributionAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 3012         try{
2 26 Feb 07 jari 3013             return cloneDistributions[index];
2 26 Feb 07 jari 3014         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 3015             return null;
2 26 Feb 07 jari 3016         }
2 26 Feb 07 jari 3017     }
2 26 Feb 07 jari 3018     /**
2 26 Feb 07 jari 3019      * Raktim October 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 3020      * CGH createExperiment Function
2 26 Feb 07 jari 3021      */
2 26 Feb 07 jari 3022     public Experiment createExperiment(Object results){
2 26 Feb 07 jari 3023       /*
2 26 Feb 07 jari 3024         ExperimentWizard wiz = new ExperimentWizard(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 3025         if(wiz.showModal() == javax.swing.JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 3026         */
2 26 Feb 07 jari 3027             //Object results = wiz.getResults();
2 26 Feb 07 jari 3028             if(results instanceof BacClonesExperimentParameters){
2 26 Feb 07 jari 3029                 return createBacClonesExperiment((BacClonesExperimentParameters)results);
2 26 Feb 07 jari 3030             }else if(results instanceof GenesExperimentParameters){
2 26 Feb 07 jari 3031                 return createGenesExperiment((GenesExperimentParameters)results);
2 26 Feb 07 jari 3032             }else if(results instanceof DataRegionsExperimentParameters){
2 26 Feb 07 jari 3033                 return createDataRegionsExperiment((DataRegionsExperimentParameters)results);
2 26 Feb 07 jari 3034             }
2 26 Feb 07 jari 3035         /*
2 26 Feb 07 jari 3036         }else{
2 26 Feb 07 jari 3037             System.out.println("cancelled");
2 26 Feb 07 jari 3038         }
2 26 Feb 07 jari 3039         wiz = null;
2 26 Feb 07 jari 3040         */
2 26 Feb 07 jari 3041         return null;
2 26 Feb 07 jari 3042     }
2 26 Feb 07 jari 3043     /**
2 26 Feb 07 jari 3044      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3045      * Helper Method
2 26 Feb 07 jari 3046      * @param chromosomeIndices
2 26 Feb 07 jari 3047      * @return
2 26 Feb 07 jari 3048      */
2 26 Feb 07 jari 3049     private int getNumSelectedDataPoints(int[] chromosomeIndices){
2 26 Feb 07 jari 3050         int numBacs = 0;
2 26 Feb 07 jari 3051         for(int i = 0; i < chromosomeIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3052             if(chromosomeIndices[i] == BacClonesExperimentParameters.ALL_CHROMOSOMES){
2 26 Feb 07 jari 3053                 return getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 3054             }
2 26 Feb 07 jari 3055             numBacs += getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 3056         }
2 26 Feb 07 jari 3057         return numBacs;
2 26 Feb 07 jari 3058     }
2 26 Feb 07 jari 3059     /**
2 26 Feb 07 jari 3060      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3061      * Helper Method
2 26 Feb 07 jari 3062      * @return
2 26 Feb 07 jari 3063      */
2 26 Feb 07 jari 3064     public int[] createDefaultColumns(){
2 26 Feb 07 jari 3065         int[] defaultCols = new int[getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3066         for(int i = 0; i < defaultCols.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3067             defaultCols[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 3068         }
2 26 Feb 07 jari 3069         return defaultCols;
2 26 Feb 07 jari 3070     }
2 26 Feb 07 jari 3071     /**
2 26 Feb 07 jari 3072      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3073      * Helper Method
2 26 Feb 07 jari 3074      * @param row
2 26 Feb 07 jari 3075      * @return
2 26 Feb 07 jari 3076      */
2 26 Feb 07 jari 3077     public boolean isMissingData(int row){
2 26 Feb 07 jari 3078         for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3079             if(Float.isNaN(getRatio(row, col, this.logState))){
2 26 Feb 07 jari 3080                 return true;
2 26 Feb 07 jari 3081             }
2 26 Feb 07 jari 3082         }
2 26 Feb 07 jari 3083         return false;
2 26 Feb 07 jari 3084     }
2 26 Feb 07 jari 3085     /**
2 26 Feb 07 jari 3086      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 3087      * @param parameters
2 26 Feb 07 jari 3088      * @return
2 26 Feb 07 jari 3089      */
2 26 Feb 07 jari 3090     private CGHExperiment createBacClonesExperiment(BacClonesExperimentParameters parameters){
2 26 Feb 07 jari 3091         if(parameters.isIncludeMissingBacs()){
2 26 Feb 07 jari 3092             return createBacClonesExperimentAllValues(parameters);
2 26 Feb 07 jari 3093         }else{
2 26 Feb 07 jari 3094             return createBacClonesExperimentNoMissing(parameters);
2 26 Feb 07 jari 3095         }
2 26 Feb 07 jari 3096     }
2 26 Feb 07 jari 3097     /**
2 26 Feb 07 jari 3098      *
2 26 Feb 07 jari 3099      * @param parameters
2 26 Feb 07 jari 3100      * @return
2 26 Feb 07 jari 3101      */
2 26 Feb 07 jari 3102     private CGHExperiment createBacClonesExperimentAllValues(BacClonesExperimentParameters parameters){
2 26 Feb 07 jari 3103         int[] chromosomeIndices = parameters.getChromosomeIndices();
2 26 Feb 07 jari 3104         int numSelectedBacs = getNumSelectedDataPoints(chromosomeIndices);
2 26 Feb 07 jari 3105         if(numSelectedBacs == getFeaturesSize()){
2 26 Feb 07 jari 3106             return createBacClonesExperimentAllValuesAllChromosomes();
2 26 Feb 07 jari 3107         }
2 26 Feb 07 jari 3108         float[][] fmData = new float[numSelectedBacs][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3109         String[] annotations = new String[numSelectedBacs];
2 26 Feb 07 jari 3110         int counter = 0;
2 26 Feb 07 jari 3111         for(int chrom = 0; chrom < chromosomeIndices.length; chrom++){
2 26 Feb 07 jari 3112             int chromosomeIndex = chromosomeIndices[chrom];
2 26 Feb 07 jari 3113             for(int cloneIndex = 0; cloneIndex < getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex); cloneIndex++){
2 26 Feb 07 jari 3114                 for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3115                     fmData[counter][col] = getRatio(getCloneIndex(cloneIndex, chromosomeIndex), col, this.logState); //data.getRatio(col, cloneIndex, chromosomeIndex, 1);
2 26 Feb 07 jari 3116                     annotations[counter] = getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex).getName();
2 26 Feb 07 jari 3117                 }
2 26 Feb 07 jari 3118                 counter++;
2 26 Feb 07 jari 3119             }
2 26 Feb 07 jari 3120         }
2 26 Feb 07 jari 3121         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3122         CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3123         return exp;
2 26 Feb 07 jari 3124     }
2 26 Feb 07 jari 3125     /**
2 26 Feb 07 jari 3126      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3127      * @return
2 26 Feb 07 jari 3128      */
2 26 Feb 07 jari 3129     private CGHExperiment createBacClonesExperimentAllValuesAllChromosomes(){
2 26 Feb 07 jari 3130         float[][] fmData = new float[getFeaturesSize()][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3131         String[] annotations = new String[getFeaturesSize()];
2 26 Feb 07 jari 3132         for(int row = 0; row < getFeaturesSize(); row++){
2 26 Feb 07 jari 3133             for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3134                 fmData[row][col] = getRatio(row,col,this.logState);
2 26 Feb 07 jari 3135                 annotations[row] = getCloneAt(row).getName();
2 26 Feb 07 jari 3136             }
2 26 Feb 07 jari 3137         }
2 26 Feb 07 jari 3138         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3139         CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3140         return exp;
2 26 Feb 07 jari 3141     }
2 26 Feb 07 jari 3142     /**
2 26 Feb 07 jari 3143      *
2 26 Feb 07 jari 3144      * @param parameters
2 26 Feb 07 jari 3145      * @return
2 26 Feb 07 jari 3146      */
2 26 Feb 07 jari 3147     private CGHExperiment createBacClonesExperimentNoMissing(BacClonesExperimentParameters parameters){
2 26 Feb 07 jari 3148         int[] chromosomeIndices = parameters.getChromosomeIndices();
2 26 Feb 07 jari 3149         int numSelectedBacs = getNumSelectedDataPoints(chromosomeIndices);
2 26 Feb 07 jari 3150         if(numSelectedBacs == getFeaturesSize()){
2 26 Feb 07 jari 3151             return createBacClonesExperimentAllChromosomesNoMissing();
2 26 Feb 07 jari 3152         }
2 26 Feb 07 jari 3153         float[][] fmDataTmp = new float[numSelectedBacs][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3154         String[] annotationsTmp = new String[numSelectedBacs];
2 26 Feb 07 jari 3155         int counter = 0;
2 26 Feb 07 jari 3156         for(int chrom = 0; chrom < chromosomeIndices.length; chrom++){
2 26 Feb 07 jari 3157             int chromosomeIndex = chromosomeIndices[chrom];
2 26 Feb 07 jari 3158             for(int cloneIndex = 0; cloneIndex < getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex); cloneIndex++){
2 26 Feb 07 jari 3159                 if(!isMissingData(getCloneIndex(cloneIndex, chromosomeIndex))){
2 26 Feb 07 jari 3160                     for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3161                         //fmDataTmp[counter][col] = data.getRatio(col, cloneIndex, chromosomeIndex, 1);
2 26 Feb 07 jari 3162                         fmDataTmp[counter][col] = getRatio(getCloneIndex(cloneIndex, chromosomeIndex), col, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 3163                         annotationsTmp[counter] = getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex).getName();
2 26 Feb 07 jari 3164                     }
2 26 Feb 07 jari 3165                     counter++;
2 26 Feb 07 jari 3166                 }
2 26 Feb 07 jari 3167             }
2 26 Feb 07 jari 3168         }
2 26 Feb 07 jari 3169         float[][] fmData = new float[counter][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3170         String[] annotations = new String[counter];
2 26 Feb 07 jari 3171         for(int row = 0; row < counter; row++){
2 26 Feb 07 jari 3172             for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3173                 fmData[row][col] = fmDataTmp[row][col];
2 26 Feb 07 jari 3174                 annotations[row] = annotationsTmp[row];
2 26 Feb 07 jari 3175             }
2 26 Feb 07 jari 3176         }
2 26 Feb 07 jari 3177         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3178         CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3179         return exp;
2 26 Feb 07 jari 3180     }
2 26 Feb 07 jari 3181     /**
2 26 Feb 07 jari 3182      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3183      * @return
2 26 Feb 07 jari 3184      */
2 26 Feb 07 jari 3185     private CGHExperiment createBacClonesExperimentAllChromosomesNoMissing(){
2 26 Feb 07 jari 3186         float[][] fmDataTmp = new float[getFeaturesSize()][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3187         String[] annotationsTmp = new String[getFeaturesSize()];
2 26 Feb 07 jari 3188         int counter = 0;
2 26 Feb 07 jari 3189         for(int row = 0; row < getFeaturesSize(); row++){
2 26 Feb 07 jari 3190             if(!isMissingData(row)){
2 26 Feb 07 jari 3191                 for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3192                     //fmDataTmp[counter][col] = data.getRatio(col, counter, 1);
2 26 Feb 07 jari 3193                     fmDataTmp[counter][col] = getRatio(row, col, this.logState);
2 26 Feb 07 jari 3194                     annotationsTmp[counter] = getCloneAt(counter).getName();
2 26 Feb 07 jari 3195                 }
2 26 Feb 07 jari 3196                 counter++;
2 26 Feb 07 jari 3197             }
2 26 Feb 07 jari 3198         }
2 26 Feb 07 jari 3199         float[][] fmData = new float[counter][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3200         String[] annotations = new String[counter];
2 26 Feb 07 jari 3201         for(int row = 0; row < counter; row++){
2 26 Feb 07 jari 3202             for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3203                 fmData[row][col] = fmDataTmp[row][col];
2 26 Feb 07 jari 3204                 annotations[row] = annotationsTmp[row];
2 26 Feb 07 jari 3205             }
2 26 Feb 07 jari 3206         }
2 26 Feb 07 jari 3207         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3208         CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3209         return exp;
2 26 Feb 07 jari 3210     }
2 26 Feb 07 jari 3211     /**
2 26 Feb 07 jari 3212      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3213      * Should **NOT** be used without verification
2 26 Feb 07 jari 3214      * @param parameters
2 26 Feb 07 jari 3215      * @return
2 26 Feb 07 jari 3216      */
2 26 Feb 07 jari 3217     private CGHExperiment createGenesExperiment(GenesExperimentParameters parameters){
2 26 Feb 07 jari 3218         File genesFile = parameters.getGenesFile();
2 26 Feb 07 jari 3219         try{
2 26 Feb 07 jari 3220             BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(genesFile));
2 26 Feb 07 jari 3221             String line;
2 26 Feb 07 jari 3222             Vector geneNames = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 3223             while((line = reader.readLine()) != null){
2 26 Feb 07 jari 3224                 geneNames.add(line);
2 26 Feb 07 jari 3225             }
2 26 Feb 07 jari 3226             GeneDataSet geneDataSet = new GeneDataSet();
2 26 Feb 07 jari 3227             geneDataSet.loadGeneDataByGeneNames(geneNames, this.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 3228             Vector geneData = geneDataSet.getGeneData();
2 26 Feb 07 jari 3229             float[][] fmData = new float[geneData.size()][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3230             String[] annotations = new String[geneData.size()];
2 26 Feb 07 jari 3231             for(int row = 0; row < geneData.size(); row++){
2 26 Feb 07 jari 3232                 for(int col = 0; col < getFeaturesCount(); col++){
2 26 Feb 07 jari 3233                     fmData[row][col] = getExperimentGeneValue((IGeneData)geneData.get(row), col);
2 26 Feb 07 jari 3234                     annotations[row] = ((IGeneData)geneData.get(row)).getName();
2 26 Feb 07 jari 3235                 }
2 26 Feb 07 jari 3236             }
2 26 Feb 07 jari 3237             FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3238             CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3239             return exp;
2 26 Feb 07 jari 3240         }catch (IOException e){
2 26 Feb 07 jari 3241             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 3242         }
2 26 Feb 07 jari 3243         return null;
2 26 Feb 07 jari 3244     }
2 26 Feb 07 jari 3245     /**
2 26 Feb 07 jari 3246      * Helper for above
2 26 Feb 07 jari 3247      * Should **NOT** be used
2 26 Feb 07 jari 3248      * @param geneData
2 26 Feb 07 jari 3249      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 3250      * @return
2 26 Feb 07 jari 3251      */
2 26 Feb 07 jari 3252     private float getExperimentGeneValue(IGeneData geneData, int experiment){
2 26 Feb 07 jari 3253         int geneStart = geneData.getStart();
2 26 Feb 07 jari 3254         int geneEnd = geneData.getStop();
2 26 Feb 07 jari 3255         if(geneData.getChromosomeIndex() < 0){
2 26 Feb 07 jari 3256             System.out.println("Gene " + geneData.getName() + " Chrom = " + geneData.getChromosomeIndex());
2 26 Feb 07 jari 3257             return 0;
2 26 Feb 07 jari 3258         }
2 26 Feb 07 jari 3259         ISlideData featureData = (ISlideData)getFeaturesList().get(experiment);
2 26 Feb 07 jari 3260         Vector[] allFrs = featureData.getFlankingRegions();
2 26 Feb 07 jari 3261         Vector chromFrs = allFrs[geneData.getChromosomeIndex()];
2 26 Feb 07 jari 3262         Iterator it = chromFrs.iterator();
2 26 Feb 07 jari 3263         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 3264             FlankingRegion fr = (FlankingRegion)it.next();
2 26 Feb 07 jari 3265             int frStart = fr.getStart();
2 26 Feb 07 jari 3266             int frStop = fr.getStop();
2 26 Feb 07 jari 3267             if( (geneStart < frStop && geneStart > frStart) || (geneEnd < frStop && geneStart > frStart)  ){
2 26 Feb 07 jari 3268                 if(fr.getType() == FlankingRegion.DELETION){
2 26 Feb 07 jari 3269                     return -1;
2 26 Feb 07 jari 3270                 }else if(fr.getType() == FlankingRegion.AMPLIFICATION){
2 26 Feb 07 jari 3271                     return 1;
2 26 Feb 07 jari 3272                 }
2 26 Feb 07 jari 3273             }
2 26 Feb 07 jari 3274         }
2 26 Feb 07 jari 3275         return 0;
2 26 Feb 07 jari 3276     }
2 26 Feb 07 jari 3277     /**
2 26 Feb 07 jari 3278      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3279      * @param parameters
2 26 Feb 07 jari 3280      * @return
2 26 Feb 07 jari 3281      */
2 26 Feb 07 jari 3282     private CGHExperiment createDataRegionsExperiment(DataRegionsExperimentParameters parameters){
2 26 Feb 07 jari 3283         int[] chromosomeIndices = parameters.getChromosomeIndices();
2 26 Feb 07 jari 3284         Vector dataRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 3285         dataRegions.addAll(getDataRegionsValues(FlankingRegion.DELETION, chromosomeIndices));
2 26 Feb 07 jari 3286         dataRegions.addAll(getDataRegionsValues(FlankingRegion.AMPLIFICATION, chromosomeIndices));
2 26 Feb 07 jari 3287         float[][] fmData = new float[dataRegions.size()][getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3288         String[] annotations = new String[dataRegions.size()];
2 26 Feb 07 jari 3289         for(int row = 0; row < fmData.length; row++){
2 26 Feb 07 jari 3290             fmData[row] = ((AlterationRegion)dataRegions.get(row)).getAlteredExperimentValues();
2 26 Feb 07 jari 3291             annotations[row] = ((AlterationRegion)dataRegions.get(row)).getName();
2 26 Feb 07 jari 3292         }
2 26 Feb 07 jari 3293         FloatMatrix fm = new FloatMatrix(fmData);
2 26 Feb 07 jari 3294         CGHExperiment exp = new CGHExperiment(fm, createDefaultColumns(), annotations);
2 26 Feb 07 jari 3295         return exp;
2 26 Feb 07 jari 3296     }
2 26 Feb 07 jari 3297     /**
2 26 Feb 07 jari 3298      * Helper for createDataRegionsExperiment(...)
2 26 Feb 07 jari 3299      * @param flankingRegionType
2 26 Feb 07 jari 3300      * @param chromosomeIndices
2 26 Feb 07 jari 3301      * @return
2 26 Feb 07 jari 3302      */
2 26 Feb 07 jari 3303     public Vector getDataRegionsValues(int flankingRegionType, int[] chromosomeIndices){
2 26 Feb 07 jari 3304         Vector allAlterationRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 3305         //for(int chromIndex = 0; chromIndex < data.getNumChromosomes(); chromIndex++){
2 26 Feb 07 jari 3306         for(int curChrom = 0; curChrom < chromosomeIndices.length; curChrom++){
2 26 Feb 07 jari 3307             int chromIndex = chromosomeIndices[curChrom];
2 26 Feb 07 jari 3308             AlterationRegions curAlterationRegions = new AlterationRegions(chromIndex);
2 26 Feb 07 jari 3309             Vector curFlankingRegions = new Vector(getFeaturesCount());
2 26 Feb 07 jari 3310             Iterator featuresIt = getFeaturesList().iterator();
2 26 Feb 07 jari 3311             while(featuresIt.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 3312                 Vector curFrs = ((ISlideData)featuresIt.next()).getFlankingRegions()[chromIndex];
2 26 Feb 07 jari 3313                 curFlankingRegions.add( curFrs.clone() );
2 26 Feb 07 jari 3314             }
2 26 Feb 07 jari 3315             int[] indices = new int[getFeaturesCount()];
2 26 Feb 07 jari 3316             for(int i = 0; i < getFeaturesCount(); i++){
2 26 Feb 07 jari 3317                 indices[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 3318             }
2 26 Feb 07 jari 3319             boolean more = true;
2 26 Feb 07 jari 3320             while(more){
2 26 Feb 07 jari 3321                 for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3322                     Vector expRegions = (Vector) curFlankingRegions.get(i);
2 26 Feb 07 jari 3323                     while(indices[i] < expRegions.size() && ((FlankingRegion)expRegions.get(indices[i])).getType() != flankingRegionType  ){
2 26 Feb 07 jari 3324                         indices[i] += 1;
2 26 Feb 07 jari 3325                     }
2 26 Feb 07 jari 3326                 }
2 26 Feb 07 jari 3327                 int minStartIndex = getMinStartIndex(curFlankingRegions, indices);
2 26 Feb 07 jari 3328                 int minEndIndex = getMinEndIndex(curFlankingRegions, indices, minStartIndex);
2 26 Feb 07 jari 3329                 for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3330                     Vector expRegions = (Vector) curFlankingRegions.get(i);
2 26 Feb 07 jari 3331                     if(indices[i] < expRegions.size()){
2 26 Feb 07 jari 3332                         FlankingRegion fr = (FlankingRegion) expRegions.get(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 3333                         int start = fr.getStart();
2 26 Feb 07 jari 3334                         int stop = fr.getStop();
2 26 Feb 07 jari 3335                         if(start == minStartIndex){
2 26 Feb 07 jari 3336                             AlterationRegion curAlterationRegion = curAlterationRegions.getAlterationRegion(minStartIndex, minEndIndex, flankingRegionType, getFeaturesCount());
2 26 Feb 07 jari 3337                             curAlterationRegion.incrementAlterations();
2 26 Feb 07 jari 3338                             if(flankingRegionType == FlankingRegion.AMPLIFICATION){
2 26 Feb 07 jari 3339                                 curAlterationRegion.getAlteredExperimentValues()[i] = 1;
2 26 Feb 07 jari 3340                             }else{
2 26 Feb 07 jari 3341                                 curAlterationRegion.getAlteredExperimentValues()[i] = -1;
2 26 Feb 07 jari 3342                             }
2 26 Feb 07 jari 3343                             if(stop == minEndIndex){
2 26 Feb 07 jari 3344                                 indices[i] += 1;
2 26 Feb 07 jari 3345                             }else{
2 26 Feb 07 jari 3346                                 FlankingRegion tmp = new FlankingRegion(minEndIndex, fr.getStop(),
2 26 Feb 07 jari 3347                                 flankingRegionType, chromIndex);
2 26 Feb 07 jari 3348                                 expRegions.set(indices[i], tmp);
2 26 Feb 07 jari 3349                             }
2 26 Feb 07 jari 3350                         }
2 26 Feb 07 jari 3351                     }
2 26 Feb 07 jari 3352                 }
2 26 Feb 07 jari 3353                 more = false;
2 26 Feb 07 jari 3354                 for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3355                     Vector expRegions = (Vector) curFlankingRegions.get(i);
2 26 Feb 07 jari 3356                     if(indices[i] < expRegions.size()){
2 26 Feb 07 jari 3357                         more = true;
2 26 Feb 07 jari 3358                     }
2 26 Feb 07 jari 3359                 }
2 26 Feb 07 jari 3360             }
2 26 Feb 07 jari 3361             allAlterationRegions.addAll(curAlterationRegions.getAlterationRegions());
2 26 Feb 07 jari 3362         }
2 26 Feb 07 jari 3363         java.util.Collections.sort(allAlterationRegions, new AlterationRegionsComparator());
2 26 Feb 07 jari 3364         return allAlterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 3365     }
2 26 Feb 07 jari 3366     /**
2 26 Feb 07 jari 3367      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3368      * Helper for getDataRegionsValues
2 26 Feb 07 jari 3369      * @param flankingRegions
2 26 Feb 07 jari 3370      * @param indices
2 26 Feb 07 jari 3371      * @return
2 26 Feb 07 jari 3372      */
2 26 Feb 07 jari 3373     private int getMinStartIndex(Vector flankingRegions, int[] indices){
2 26 Feb 07 jari 3374         int min = Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 3375         for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3376             Vector expRegions = (Vector) flankingRegions.get(i);
2 26 Feb 07 jari 3377             if(indices[i] < expRegions.size()){
2 26 Feb 07 jari 3378                 min = Math.min(min, ((FlankingRegion) expRegions.get(indices[i])).getStart());
2 26 Feb 07 jari 3379             }
2 26 Feb 07 jari 3380         }
2 26 Feb 07 jari 3381         return min;
2 26 Feb 07 jari 3382     }
2 26 Feb 07 jari 3383     /**
2 26 Feb 07 jari 3384      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3385      * Helper for getDataRegionsValues
2 26 Feb 07 jari 3386      * @param flankingRegions
2 26 Feb 07 jari 3387      * @param indices
2 26 Feb 07 jari 3388      * @param minStartIndex
2 26 Feb 07 jari 3389      * @return
2 26 Feb 07 jari 3390      */
2 26 Feb 07 jari 3391     private int getMinEndIndex(Vector flankingRegions, int[] indices, int minStartIndex) {
2 26 Feb 07 jari 3392         int min = Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 3393         for(int i = 0; i < indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3394             Vector expRegions = (Vector) flankingRegions.get(i);
2 26 Feb 07 jari 3395             if(indices[i] < expRegions.size()){
2 26 Feb 07 jari 3396                 int start = ((FlankingRegion) expRegions.get(indices[i])).getStart();
2 26 Feb 07 jari 3397                 if(start == minStartIndex){
2 26 Feb 07 jari 3398                     start = ((FlankingRegion) expRegions.get(indices[i])).getStop();
2 26 Feb 07 jari 3399                 }
2 26 Feb 07 jari 3400                 min = Math.min(min, start);
2 26 Feb 07 jari 3401             }
2 26 Feb 07 jari 3402         }
2 26 Feb 07 jari 3403         return min;
2 26 Feb 07 jari 3404     }
2 26 Feb 07 jari 3405     /**
2 26 Feb 07 jari 3406      * CGH Getter for property clones.
2 26 Feb 07 jari 3407      * @return Value of property clones.
2 26 Feb 07 jari 3408      */
2 26 Feb 07 jari 3409     public java.util.ArrayList getClones() {
2 26 Feb 07 jari 3410         return clones;
2 26 Feb 07 jari 3411     }
2 26 Feb 07 jari 3412     /**
2 26 Feb 07 jari 3413      * CGH Setter for property clones.
2 26 Feb 07 jari 3414      * @param clones New value of property clones.
2 26 Feb 07 jari 3415      */
2 26 Feb 07 jari 3416     public void setClones(java.util.ArrayList clones) {
2 26 Feb 07 jari 3417         this.clones = clones;
2 26 Feb 07 jari 3418     }
2 26 Feb 07 jari 3419     /**
2 26 Feb 07 jari 3420      * CGH
2 26 Feb 07 jari 3421      * Getter for property annotations.
2 26 Feb 07 jari 3422      * @return Value of property annotations.
2 26 Feb 07 jari 3423      */
2 26 Feb 07 jari 3424     public ICGHDataRegion[][] getAnnotations() {
2 26 Feb 07 jari 3425         return this.annotations;
2 26 Feb 07 jari 3426     }
2 26 Feb 07 jari 3427     /**
2 26 Feb 07 jari 3428      * CGH
2 26 Feb 07 jari 3429      * Setter for property annotations.
2 26 Feb 07 jari 3430      * @param annotations New value of property annotations.
2 26 Feb 07 jari 3431      */
2 26 Feb 07 jari 3432     public void setAnnotations(ICGHDataRegion[][] annotations) {
2 26 Feb 07 jari 3433         this.annotations = annotations;
2 26 Feb 07 jari 3434     }
2 26 Feb 07 jari 3435     /**
2 26 Feb 07 jari 3436      * CGH
2 26 Feb 07 jari 3437      * Getter for data swap status.
2 26 Feb 07 jari 3438      * @return
2 26 Feb 07 jari 3439      */
2 26 Feb 07 jari 3440     public boolean isHasDyeSwap() {
2 26 Feb 07 jari 3441       return this.hasDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 3442     }
2 26 Feb 07 jari 3443     /**
2 26 Feb 07 jari 3444      * CGH
2 26 Feb 07 jari 3445      * Setter for property hasDyeSwap.
2 26 Feb 07 jari 3446      * @param hasDyeSwap New value of property hasDyeSwap.
2 26 Feb 07 jari 3447      */
2 26 Feb 07 jari 3448     public void setHasDyeSwap(boolean hasDyeSwap) {
2 26 Feb 07 jari 3449         this.hasDyeSwap = hasDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 3450         if(hasDyeSwap){
2 26 Feb 07 jari 3451             copyNumberCalculator = new CGHCopyNumberCalculator(this);
2 26 Feb 07 jari 3452         }else{
2 26 Feb 07 jari 3453             copyNumberCalculator = new CGHCopyNumberCalculatorNoDyeSwap(this);
2 26 Feb 07 jari 3454         }
2 26 Feb 07 jari 3455     }
2 26 Feb 07 jari 3456     /**
2 26 Feb 07 jari 3457      * Data is set to CGH Type
2 26 Feb 07 jari 3458      */
2 26 Feb 07 jari 3459     public void setCGHData(){
2 26 Feb 07 jari 3460       CGHData = true;
2 26 Feb 07 jari 3461     }
2 26 Feb 07 jari 3462     /**
2 26 Feb 07 jari 3463      * Return true if data is CGH type
2 26 Feb 07 jari 3464      * @return
2 26 Feb 07 jari 3465      */
2 26 Feb 07 jari 3466     public boolean isCGHData() {
2 26 Feb 07 jari 3467       return CGHData;
2 26 Feb 07 jari 3468     }
2 26 Feb 07 jari 3469     /**
2 26 Feb 07 jari 3470      * Data is set to CGH Type
2 26 Feb 07 jari 3471      */
2 26 Feb 07 jari 3472     public void setLog2Data(boolean isLog2){
2 26 Feb 07 jari 3473       log2Data = isLog2;
2 26 Feb 07 jari 3474     }
2 26 Feb 07 jari 3475     /**
2 26 Feb 07 jari 3476      * Return true if data is CGH type
2 26 Feb 07 jari 3477      * @return
2 26 Feb 07 jari 3478      */
2 26 Feb 07 jari 3479     public boolean isLog2Data() {
2 26 Feb 07 jari 3480       return log2Data;
2 26 Feb 07 jari 3481     }
2 26 Feb 07 jari 3482     /**
2 26 Feb 07 jari 3483      * Setter for CGH Data. Species type.
2 26 Feb 07 jari 3484      * @param species
2 26 Feb 07 jari 3485      */
2 26 Feb 07 jari 3486     public void setCGHSpecies(int species){
2 26 Feb 07 jari 3487       if (species == TMEV.CGH_SPECIES_HS){
2 26 Feb 07 jari 3488         CGH_SPECIES = TMEV.CGH_SPECIES_HS;
2 26 Feb 07 jari 3489       } else if (species == TMEV.CGH_SPECIES_MM){
2 26 Feb 07 jari 3490         CGH_SPECIES = TMEV.CGH_SPECIES_MM;
2 26 Feb 07 jari 3491       } else {
2 26 Feb 07 jari 3492         CGH_SPECIES = TMEV.CGH_SPECIES_Undef;
2 26 Feb 07 jari 3493       }
2 26 Feb 07 jari 3494     }
2 26 Feb 07 jari 3495     /**
2 26 Feb 07 jari 3496      * Return CGH data Species
2 26 Feb 07 jari 3497      * @return
2 26 Feb 07 jari 3498      */
2 26 Feb 07 jari 3499     public int getCGHSpecies(){
2 26 Feb 07 jari 3500       return CGH_SPECIES;
2 26 Feb 07 jari 3501     }
2 26 Feb 07 jari 3502     public void setHasCloneDistribution(boolean cloneDistribution) {
2 26 Feb 07 jari 3503       hasCloneDistribution = cloneDistribution;
2 26 Feb 07 jari 3504     }
2 26 Feb 07 jari 3505     public boolean hasCloneDistribution() {
2 26 Feb 07 jari 3506       return hasCloneDistribution;
2 26 Feb 07 jari 3507     }
2 26 Feb 07 jari 3508     /*******************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 3509      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3510      * End CGH Functions
2 26 Feb 07 jari 3511      ******************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 3512
2 26 Feb 07 jari 3513   //EH state-saving
2 26 Feb 07 jari 3514     public String getCurrentSampleLabelKey() {
2 26 Feb 07 jari 3515       return ((ISlideData)featuresList.get(0)).getSlideDataName();
2 26 Feb 07 jari 3516     }
2 26 Feb 07 jari 3517     public static PersistenceDelegate getPersistenceDelegate() {
2 26 Feb 07 jari 3518       return new MultipleArrayDataPersistenceDelegate();
2 26 Feb 07 jari 3519     }
2 26 Feb 07 jari 3520     public ClusterRepository getExperimentClusterRepository() {
2 26 Feb 07 jari 3521       return expClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 3522     }
2 26 Feb 07 jari 3523     public ClusterRepository getGeneClusterRepository() {
2 26 Feb 07 jari 3524       return geneClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 3525     }
2 26 Feb 07 jari 3526     public MultipleArrayData(boolean useMainData) {
2 26 Feb 07 jari 3527       this.useMainData = useMainData;
2 26 Feb 07 jari 3528     }
2 26 Feb 07 jari 3529     public Experiment getAltExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 3530       return alternateExperiment;
2 26 Feb 07 jari 3531     }
2 26 Feb 07 jari 3532
2 26 Feb 07 jari 3533     public ArrayList getExperimentColorsSaved(){return experimentColors;}
2 26 Feb 07 jari 3534     //EH end state-saving
2 26 Feb 07 jari 3535   /**
2 26 Feb 07 jari 3536    * @return Returns the maxCy3.
2 26 Feb 07 jari 3537    */
2 26 Feb 07 jari 3538   public float getMaxCy3() {
2 26 Feb 07 jari 3539     return maxCy3;
2 26 Feb 07 jari 3540   }
2 26 Feb 07 jari 3541   /**
2 26 Feb 07 jari 3542    * @param maxCy3 The maxCy3 to set.
2 26 Feb 07 jari 3543    */
2 26 Feb 07 jari 3544   public void setMaxCy3(float maxCy3) {
2 26 Feb 07 jari 3545     this.maxCy3 = maxCy3;
2 26 Feb 07 jari 3546   }
2 26 Feb 07 jari 3547   /**
2 26 Feb 07 jari 3548    * @return Returns the maxCy5.
2 26 Feb 07 jari 3549    */
2 26 Feb 07 jari 3550   public float getMaxCy5() {
2 26 Feb 07 jari 3551     return maxCy5;
2 26 Feb 07 jari 3552   }
2 26 Feb 07 jari 3553   /**
2 26 Feb 07 jari 3554    * @param maxCy5 The maxCy5 to set.
2 26 Feb 07 jari 3555    */
2 26 Feb 07 jari 3556   public void setMaxCy5(float maxCy5) {
2 26 Feb 07 jari 3557     this.maxCy5 = maxCy5;
2 26 Feb 07 jari 3558   }
2 26 Feb 07 jari 3559   
2 26 Feb 07 jari 3560
2 26 Feb 07 jari 3561 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)