mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/MultipleArrayHeader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MultipleArrayHeader.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:44:13 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 public class MultipleArrayHeader extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 31     private Insets insets;
2 26 Feb 07 jari 32     private int contentWidth;
2 26 Feb 07 jari 33     private int elementWidth = 20;
2 26 Feb 07 jari 34     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 35     private boolean isTracing = false;
2 26 Feb 07 jari 36     private int tracespace;
2 26 Feb 07 jari 37     private final int RECT_HEIGHT = 15;
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     BufferedImage negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 40     BufferedImage posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 41     private float maxValue;
2 26 Feb 07 jari 42     private float minValue;
2 26 Feb 07 jari 43     private float midValue;
2 26 Feb 07 jari 44     private boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * Constructs a <code>MultipleArrayHeader</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 48      * insets and trace space.
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public MultipleArrayHeader(Insets insets, int tracespace) {
2 26 Feb 07 jari 51         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 52         this.insets = insets;
2 26 Feb 07 jari 53         this.tracespace = tracespace;
2 26 Feb 07 jari 54         this.maxValue = 3.0f;
2 26 Feb 07 jari 55         this.minValue = -3.0f;
2 26 Feb 07 jari 56         this.midValue = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     /**
2 26 Feb 07 jari 60      * Sets the component data.
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 63         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 64         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 65         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Sets the anti-aliasing attribute.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public void setAntiAliasing(boolean isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 72         this.isAntiAliasing = isAntiAliasing;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Sets the element width attribute.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     void setElementWidth(int width) {
2 26 Feb 07 jari 79         this.elementWidth = width;
2 26 Feb 07 jari 80         setFontSize(width);
2 26 Feb 07 jari 81         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 82         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Sets the content width attribute.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     void setContentWidth(int width) {
2 26 Feb 07 jari 89         this.contentWidth = width;
2 26 Feb 07 jari 90         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     public void setUseDoubleGradient(boolean useDouble) {
2 26 Feb 07 jari 94       this.useDoubleGradient = useDouble;    
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Sets min and max ratio values
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     public void setMinAndMaxRatios(float min, float max){
2 26 Feb 07 jari 101         this.minValue = min;
2 26 Feb 07 jari 102         this.maxValue = max;
2 26 Feb 07 jari 103         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * Sets min and max ratio values
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     public void setMinAndMaxAndMidRatios(float min, float mid, float max){
2 26 Feb 07 jari 110         this.minValue = min;
2 26 Feb 07 jari 111         this.midValue = mid;
2 26 Feb 07 jari 112         this.maxValue = max;        
2 26 Feb 07 jari 113         this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * Sets positive and negative color images
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     public void setNegativeAndPositiveColorImages(BufferedImage neg, BufferedImage pos){
2 26 Feb 07 jari 120         this.negColorImage = neg;
2 26 Feb 07 jari 121         this.posColorImage = pos;
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * Sets the isTracing attribute.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     void setTracing(boolean isTracing) {
2 26 Feb 07 jari 128         this.isTracing = isTracing;
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130     
2 26 Feb 07 jari 131     /**
2 26 Feb 07 jari 132      * Returns a trace space value.
2 26 Feb 07 jari 133      */
2 26 Feb 07 jari 134     private int getSpacing() {
2 26 Feb 07 jari 135         if (isTracing) {
2 26 Feb 07 jari 136             return tracespace;
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         return 0;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     /**
2 26 Feb 07 jari 142      * Sets the component font size.
2 26 Feb 07 jari 143      */
2 26 Feb 07 jari 144     private void setFontSize(int width) {
2 26 Feb 07 jari 145         if (width > 12) {
2 26 Feb 07 jari 146             width = 12;
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         setFont(new Font("monospaced", Font.PLAIN, width));
2 26 Feb 07 jari 149     }
2 26 Feb 07 jari 150     
2 26 Feb 07 jari 151     /**
2 26 Feb 07 jari 152      * Updates the header size.
2 26 Feb 07 jari 153      */
2 26 Feb 07 jari 154     void updateSize() {
2 26 Feb 07 jari 155         Graphics2D g = (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 156         if (g == null) {
2 26 Feb 07 jari 157             return;
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 160             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 161             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 162         }
2 26 Feb 07 jari 163         FontMetrics hfm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 164         int maxHeight = 0;
2 26 Feb 07 jari 165         String name;
2 26 Feb 07 jari 166         final int size = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 167         for (int feature = 0; feature < size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 168             name = data.getSampleName(feature);
2 26 Feb 07 jari 169             maxHeight = Math.max(maxHeight, hfm.stringWidth(name));
2 26 Feb 07 jari 170         }
2 26 Feb 07 jari 171         
2 26 Feb 07 jari 172     //    if(!this.isTracing)
2 26 Feb 07 jari 173      //   contentWidth = this.data.getFeaturesCount() * this.elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 174     //    else
2 26 Feb 07 jari 175     //   contentWidth = (this.data.getFeaturesCount() - 1) * (this.elementWidth + getSpacing()) + this.elementWidth ;    
2 26 Feb 07 jari 176         
2 26 Feb 07 jari 177         setSize(contentWidth, maxHeight+10+this.RECT_HEIGHT+hfm.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 178         setPreferredSize(new Dimension(contentWidth, maxHeight+10+this.RECT_HEIGHT+hfm.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 179     }
2 26 Feb 07 jari 180     
2 26 Feb 07 jari 181     /**
2 26 Feb 07 jari 182      * Paints the header into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 183      */
2 26 Feb 07 jari 184     public void paint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 185         super.paint(g1D);
2 26 Feb 07 jari 186         if (this.data == null || this.data.getFeaturesCount() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 187             return;
2 26 Feb 07 jari 188         }
2 26 Feb 07 jari 189
2 26 Feb 07 jari 190         Graphics2D g = (Graphics2D)g1D;
2 26 Feb 07 jari 191         int width;
2 26 Feb 07 jari 192         if(!this.isTracing)
2 26 Feb 07 jari 193             width = this.data.getFeaturesCount() * this.elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 194         else
2 26 Feb 07 jari 195             width = (this.data.getFeaturesCount() - 1) * (this.elementWidth + getSpacing()) + this.elementWidth ;    
2 26 Feb 07 jari 196         if(useDoubleGradient) {
2 26 Feb 07 jari 197           g.drawImage(this.negColorImage, insets.left, 0, (int)(width/2f), RECT_HEIGHT, null);
2 26 Feb 07 jari 198           g.drawImage(this.posColorImage, (int)(width/2f)+insets.left, 0, (int)(width/2.0), RECT_HEIGHT, null);
2 26 Feb 07 jari 199         } else {          
2 26 Feb 07 jari 200           g.drawImage(this.posColorImage, insets.left, 0, width, RECT_HEIGHT, null);
2 26 Feb 07 jari 201         }
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         FontMetrics hfm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 204         int descent = hfm.getDescent();
2 26 Feb 07 jari 205         int fHeight = hfm.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 206         
2 26 Feb 07 jari 207         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 208         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 209             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 210             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 211         }
2 26 Feb 07 jari 212         int textWidth;
2 26 Feb 07 jari 213         g.drawString(String.valueOf(this.minValue), insets.left, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 214         textWidth = hfm.stringWidth(String.valueOf(midValue));
2 26 Feb 07 jari 215         if(useDoubleGradient)
2 26 Feb 07 jari 216           g.drawString(String.valueOf(midValue), (int)(width/2f)-textWidth/2 + insets.left, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 217         textWidth = hfm.stringWidth(String.valueOf(this.maxValue));
2 26 Feb 07 jari 218         g.drawString(String.valueOf(this.maxValue), (width-textWidth)+insets.left, RECT_HEIGHT+fHeight);
2 26 Feb 07 jari 219                 
2 26 Feb 07 jari 220         drawColumnHeaders(g);
2 26 Feb 07 jari 221     }
2 26 Feb 07 jari 222     
2 26 Feb 07 jari 223     /**
2 26 Feb 07 jari 224      * Draws microarrays names.
2 26 Feb 07 jari 225      */
2 26 Feb 07 jari 226     private void drawColumnHeaders(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 227         final int size = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 228         if (size == 0) {
2 26 Feb 07 jari 229             return;
2 26 Feb 07 jari 230         }
2 26 Feb 07 jari 231         FontMetrics hfm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 232         int descent = hfm.getDescent();
2 26 Feb 07 jari 233         g.rotate(-Math.PI/2);
2 26 Feb 07 jari 234         String name;
2 26 Feb 07 jari 235         for (int feature = 0; feature < size; feature++) {
2 26 Feb 07 jari 236             name = data.getSampleName(feature);
2 26 Feb 07 jari 237             g.drawString(name, insets.bottom - getSize().height +5, insets.left + descent + (elementWidth+getSpacing())*feature + elementWidth/2);
2 26 Feb 07 jari 238         }
2 26 Feb 07 jari 239         g.rotate(Math.PI/2);
2 26 Feb 07 jari 240     }
2 26 Feb 07 jari 241 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)