mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/MultipleArrayMenubar.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MultipleArrayMenubar.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.16 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/12 15:09:12 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GradientPaint;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.Action;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JMenuBar;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.action.ActionManager;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.action.DefaultAction;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 public class MultipleArrayMenubar extends JMenuBar {
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     private DisplayMenu displayMenu = new DisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 44     private DistanceMenu distanceMenu = new DistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 45     private JMenu normalizationMenu;
2 26 Feb 07 jari 46     private JMenu labelMenu;
2 26 Feb 07 jari 47     private JMenu expLabelSelectionMenu;
2 26 Feb 07 jari 48     private JMenu adjustMenu;
2 26 Feb 07 jari 49     private JMenu filterMenu;
2 26 Feb 07 jari 50     private ButtonGroup labelGroup;
2 26 Feb 07 jari 51     private ActionListener listener;
2 26 Feb 07 jari 52     private boolean affyNormAdded = false;
2 26 Feb 07 jari 53     private ButtonGroup experimentLabelGroup;
2 26 Feb 07 jari 54   /**
2 26 Feb 07 jari 55      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 56      * CGH Specific Menus
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     private JMenu cloneValuesMenu;
2 26 Feb 07 jari 59     private JMenu cghDispMenu;
2 26 Feb 07 jari 60     private JMenu cghAnalysisMenu;
2 26 Feb 07 jari 61     private JMenu helpMenu;
2 26 Feb 07 jari 62     CGHDisplayMenu cghDisplayMenu = new CGHDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 63     CGHCloneValueMenu cghCloneValueMenu = new CGHCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 64    
2 26 Feb 07 jari 65     private ActionManager actionManager;
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Constructs a <code>MultipleArrayMenubar</code> using specified
2 26 Feb 07 jari 69      * action maneger.
2 26 Feb 07 jari 70      * @see ActionManager
2 26 Feb 07 jari 71      */
2 26 Feb 07 jari 72     public MultipleArrayMenubar(ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 73         listener = manager.getListener();
2 26 Feb 07 jari 74         actionManager = manager;
2 26 Feb 07 jari 75         JMenu fileMenu = new JMenu("File");
2 26 Feb 07 jari 76         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.LOAD_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 77         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 78         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.LOAD_ANALYSIS_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 79         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 80         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.SAVE_ANALYSIS_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 81         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 82         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 83         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.NEW_SCRIPT_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 84         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 85         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.LOAD_SCRIPT_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 86         
2 26 Feb 07 jari 87         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.SAVE_MATRIX_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 90         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 91         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.SAVE_IMAGE_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 92         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 93         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.PRINT_IMAGE_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 94         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 95         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.NEW_MULTIPLEARRAYVIEWER)));
2 26 Feb 07 jari 96         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 97         fileMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.CLOSE_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 98         add(fileMenu);
2 26 Feb 07 jari 99         
2 26 Feb 07 jari 100         adjustMenu = new JMenu("Adjust Data");
2 26 Feb 07 jari 101         
2 26 Feb 07 jari 102         JMenu spotMenu = new JMenu("Gene/Row Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 103         spotMenu.add(createJMenuItem("Normalize Genes/Rows", ActionManager.NORMALIZE_SPOTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 104         spotMenu.add(createJMenuItem("Divide Genes/Rows by RMS", ActionManager.DIVIDE_SPOTS_RMS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 105         spotMenu.add(createJMenuItem("Divide Genes/Rows by SD", ActionManager.DIVIDE_SPOTS_SD_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 106         spotMenu.add(createJMenuItem("Mean Center Genes/Rows", ActionManager.MEAN_CENTER_SPOTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 107         spotMenu.add(createJMenuItem("Median Center Genes/Rows", ActionManager.MEDIAN_CENTER_SPOTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 108         spotMenu.add(createJMenuItem("Digitalize Genes/Rows", ActionManager.DIGITAL_SPOTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 109         adjustMenu.add(spotMenu);
2 26 Feb 07 jari 110         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         JMenu sampMenu = new JMenu("Sample/Column Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 114         sampMenu.add(createJMenuItem("Normalize Samples/Columns", ActionManager.NORMALIZE_EXPERIMENTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 115         sampMenu.add(createJMenuItem("Divide Samples/Columns by RMS", ActionManager.DIVIDE_EXPERIMENTS_RMS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 116         sampMenu.add(createJMenuItem("Divide Samples/Columns by SD", ActionManager.DIVIDE_EXPERIMENTS_SD_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 117         sampMenu.add(createJMenuItem("Mean Center Samples/Columns", ActionManager.MEAN_CENTER_EXPERIMENTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 118         sampMenu.add(createJMenuItem("Median Center Samples/Columns", ActionManager.MEDIAN_CENTER_EXPERIMENTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 119         sampMenu.add(createJMenuItem("Digitalize Samples/Columns", ActionManager.DIGITAL_EXPERIMENTS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 120         adjustMenu.add(sampMenu);
2 26 Feb 07 jari 121         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 122 //      vu 7.22.05
2 26 Feb 07 jari 123       JMenu repMenu = new JMenu( "Replicate Analysis" );
2 26 Feb 07 jari 124         repMenu.add( createJMenuItem( "Rama Documentation", ActionManager.RAMA_DOC_CMD, listener ) );
2 26 Feb 07 jari 125       repMenu.add( createJMenuItem( "Rama", ActionManager.RAMA_CMD, listener ) );
2 26 Feb 07 jari 126       adjustMenu.add( repMenu );
2 26 Feb 07 jari 127       adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129         JMenu logMenu = new JMenu("Log Transformations");
2 26 Feb 07 jari 130         logMenu.add(createJMenuItem("Log2 Transform", ActionManager.LOG2_TRANSFORM_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 131         logMenu.add(createJMenuItem("UnLog2 Transform", ActionManager.UNLOG2_TRANSFORM_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 132         logMenu.add(createJMenuItem("Log10 to Log2", ActionManager.LOG10_TO_LOG2_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 133         logMenu.add(createJMenuItem("Log2 to Log10", ActionManager.LOG2_TO_LOG10_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 134         adjustMenu.add(logMenu);
2 26 Feb 07 jari 135         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         //wwang add low intensity filter of affy data and cdna
2 26 Feb 07 jari 138         filterMenu = new JMenu("Data Filters"); 
2 26 Feb 07 jari 139         JMenu lowIntensityMenu=new JMenu("Low Intensity Cutoff Filter");
2 26 Feb 07 jari 140         lowIntensityMenu.add(manager.getAction(ActionManager.CDNA_LOW_INTENSITY_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 141          lowIntensityMenu.add(manager.getAction(ActionManager.OLIGEN_LOW_INTENSITY_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 142         filterMenu.add(lowIntensityMenu);
2 26 Feb 07 jari 143         filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         //wwang
2 26 Feb 07 jari 146         filterMenu.add(createJMenuItem("Affymetrix detection call Noise Filter", ActionManager.USE_GCOS_PERCENTAGE_CUTOFF_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 147         //filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 148         filterMenu.add(createJMenuItem("Affymetrix P-value Filter", ActionManager.USE_PVALUE_CUTOFF_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 149         //filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 150         
2 26 Feb 07 jari 151         filterMenu.add(createJMenuItem("Bioconductor detection call Noise Filter", ActionManager.USE_PRESENT_CALL_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 152         filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 153         filterMenu.add(createJMenuItem("GenePix Flags Filter", ActionManager.USE_GENEPIXFLAGS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 154         filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 155         filterMenu.add(createJMenuItem("Percentage Cutoff Filter", ActionManager.USE_PERCENTAGE_CUTOFFS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 156         filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 157         filterMenu.add(createJMenuItem("Variance Filter", ActionManager.USE_VARIANCE_FILTER_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 158         adjustMenu.add(filterMenu);        
2 26 Feb 07 jari 159         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 160                 
2 26 Feb 07 jari 161         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 162         normalizationMenu = new JMenu("Normalization");
2 26 Feb 07 jari 163         normalizationMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Total Intensity", ActionManager.TOTAL_INTENSITY_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 164         normalizationMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Linear Regression", ActionManager.LINEAR_REGRESSION_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 165         normalizationMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Ratio Statistics", ActionManager.RATIO_STATISTICS_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 166         normalizationMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Iterative Log", ActionManager.ITERATIVE_LOG_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 167         normalizationMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 168         normalizationMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("No Normalization", ActionManager.NO_NORMALIZATION_CMD, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 169         
2 26 Feb 07 jari 170         adjustMenu.add(normalizationMenu);
2 26 Feb 07 jari 171         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 172         adjustMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Adjust Intensities of '0'", ActionManager.ADJUST_INTENSITIES_0_CMD, listener, true));
2 26 Feb 07 jari 173         
2 26 Feb 07 jari 174         add(adjustMenu);
2 26 Feb 07 jari 175         
2 26 Feb 07 jari 176         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 177         JMenu distanceMenu = new JMenu("Metrics");
2 26 Feb 07 jari 178         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Default Distance", ActionManager.DEFAULT_DISTANCE_CMD, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 179         
2 26 Feb 07 jari 180         distanceMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 181         
2 26 Feb 07 jari 182         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Euclidean Distance", ActionManager.EUCLIDEAN_DISTANCE_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 183         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Manhattan Distance", ActionManager.MANHATTAN_DISTANCE_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 184         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Average Dot Product", ActionManager.AVERAGE_DOT_PRODUCT_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 185         
2 26 Feb 07 jari 186         distanceMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 187         
2 26 Feb 07 jari 188         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Pearson Correlation", ActionManager.PEARSON_CORRELATION_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 189         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Pearson Uncentered", ActionManager.PEARSON_UNCENTERED_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 190         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Pearson Squared", ActionManager.PEARSON_SQUARED_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 191         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Cosine Correlation", ActionManager.COSINE_CORRELATION_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 192         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Covariance Value", ActionManager.COVARIANCE_VALUE_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 193         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Spearman Rank Correlation", ActionManager.SPEARMAN_RANK_CORRELATION_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 194         
2 26 Feb 07 jari 195         distanceMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 196         
2 26 Feb 07 jari 197         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Kendall's Tau", ActionManager.KENDALLS_TAU_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 198         distanceMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Mutual Information", ActionManager.MUTUAL_INFORMATION_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 199         distanceMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 200         distanceMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Absolute distance", ActionManager.ABSOLUTE_DISTANCE_CMD, listener, false));
2 26 Feb 07 jari 201         add(distanceMenu);
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         JMenu analysisMenu = new JMenu("Analysis");
2 26 Feb 07 jari 204         // add analysis menu here
2 26 Feb 07 jari 205         addAnalysisMenu(analysisMenu, manager);
2 26 Feb 07 jari 206         add(analysisMenu);
2 26 Feb 07 jari 207         
2 26 Feb 07 jari 208         JMenu displayMenu = new JMenu("Display");
2 26 Feb 07 jari 209         
2 26 Feb 07 jari 210         
2 26 Feb 07 jari 211         JMenu expLabelMenu = new JMenu("Sample/Column Labels");   
2 26 Feb 07 jari 212
2 26 Feb 07 jari 213         expLabelSelectionMenu = new JMenu("Select Sample Label");
2 26 Feb 07 jari 214         expLabelMenu.add(expLabelSelectionMenu);
2 26 Feb 07 jari 215         expLabelMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 216         expLabelMenu.add(this.createJMenuItem("Edit Labels/Reorder Samples", ActionManager.ADD_NEW_EXPERIMENT_LABEL_CMD, listener));        
2 26 Feb 07 jari 217         expLabelMenu.add(createJMenuItem("Abbr. Sample Names", ActionManager.TOGGLE_ABBR_EXPT_NAMES_CMD, listener));          
2 26 Feb 07 jari 218         experimentLabelGroup = new ButtonGroup();        
2 26 Feb 07 jari 219         displayMenu.add(expLabelMenu);
2 26 Feb 07 jari 220         
2 26 Feb 07 jari 221         labelMenu = new JMenu("Gene/Row Labels");        
2 26 Feb 07 jari 222         labelGroup = new ButtonGroup();      
2 26 Feb 07 jari 223         displayMenu.add(labelMenu);
2 26 Feb 07 jari 224         displayMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 225
2 26 Feb 07 jari 226         JMenu colorSchemeMenu = new JMenu("Color Scheme");
2 26 Feb 07 jari 227         colorSchemeMenu.add(createJMenuItem("Green-Black-Red Scheme", ActionManager.GREEN_RED_COLOR_SCHEME_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 228         colorSchemeMenu.add(createJMenuItem("Blue-Black-Yellow Scheme", ActionManager.BLUE_YELLOW_COLOR_SCHEME_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 229         colorSchemeMenu.add(createJMenuItem("Rainbow Scheme", ActionManager.RAINBOW_COLOR_SCHEME_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 230         colorSchemeMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 231         colorSchemeMenu.add(createJMenuItem("Custom Color Scheme", ActionManager.CUSTOM_COLOR_SCHEME_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 232         colorSchemeMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 233         colorSchemeMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Use Color Gradient on Graphs", ActionManager.COLOR_GRADIENT_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 234         displayMenu.add(colorSchemeMenu);
2 26 Feb 07 jari 235                 
2 26 Feb 07 jari 236         displayMenu.add(createJMenuItem("Set Color Scale Limits", ActionManager.DISPLAY_SET_RATIO_SCALE_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 237         displayMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 238         
2 26 Feb 07 jari 239         JMenu sizeMenu = new JMenu("Set Element Size");
2 26 Feb 07 jari 240         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 241         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5 x 2", ActionManager.DISPLAY_5X2_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 242         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10 x 10", ActionManager.DISPLAY_10X10_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 243         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("20 x 5", ActionManager.DISPLAY_20X5_CMD, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 244         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("50 x 10", ActionManager.DISPLAY_50X10_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 245         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Custom", ActionManager.DISPLAY_OTHER_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 246         displayMenu.add(sizeMenu);
2 26 Feb 07 jari 247
2 26 Feb 07 jari 248         displayMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Draw Borders", ActionManager.DISPLAY_DRAW_BORDERS_CMD, listener, false));        
2 26 Feb 07 jari 249         
2 26 Feb 07 jari 250         add(displayMenu);
2 26 Feb 07 jari 251         
2 26 Feb 07 jari 252         JMenu utilMenu = new JMenu("Utilities");
2 26 Feb 07 jari 253         utilMenu.add(createJMenuItem(manager.getAction(ActionManager.SEARCH_ACTION)));
2 26 Feb 07 jari 254         utilMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 255         
2 26 Feb 07 jari 256         JMenu clusterMenu = new JMenu("Cluster Utilities");
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         JMenu importMenu = new JMenu("Import Cluster");                
2 26 Feb 07 jari 259         importMenu.add(manager.getAction(ActionManager.IMPORT_GENE_LIST_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 260         importMenu.add(manager.getAction(ActionManager.IMPORT_SAMPLE_LIST_ACTION));        
2 26 Feb 07 jari 261         clusterMenu.add(importMenu);
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263         clusterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 264         
2 26 Feb 07 jari 265         clusterMenu.add(manager.getAction(ActionManager.DELETE_ALL_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 266         clusterMenu.add(manager.getAction(ActionManager.DELETE_ALL_EXPERIMENT_CLUSTERS_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 267         utilMenu.add(clusterMenu);
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         utilMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 270                 
2 26 Feb 07 jari 271         utilMenu.add(manager.getAction(ActionManager.APPEND_GENE_ANNOTATION_ACTION));        
2 26 Feb 07 jari 272         utilMenu.add(manager.getAction(ActionManager.APPEND_SAMPLE_ANNOTATION_ACTION));
2 26 Feb 07 jari 273                         
2 26 Feb 07 jari 274         add(utilMenu);      
2 26 Feb 07 jari 275     }
2 26 Feb 07 jari 276     
2 26 Feb 07 jari 277     
2 26 Feb 07 jari 278     
2 26 Feb 07 jari 279     /**
2 26 Feb 07 jari 280      * Constructs a <code>MultipleArrayMenubar</code> using specified
2 26 Feb 07 jari 281      * action maneger.
2 26 Feb 07 jari 282      * @see ActionManager
2 26 Feb 07 jari 283      */
2 26 Feb 07 jari 284     public MultipleArrayMenubar(MultipleArrayMenubar origMenubar, ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 285         //run main constructor
2 26 Feb 07 jari 286         this(manager);
2 26 Feb 07 jari 287         
2 26 Feb 07 jari 288         IDisplayMenu origDisplayMenu = origMenubar.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 289         
2 26 Feb 07 jari 290         this.setColorSchemeIndex(origDisplayMenu.getColorScheme());
2 26 Feb 07 jari 291         Dimension dim = origDisplayMenu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 292         this.setElementSize(dim.width, dim.height);
2 26 Feb 07 jari 293         this.setAntiAliasing(origDisplayMenu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 294         this.setTracing(origDisplayMenu.isTracing());
2 26 Feb 07 jari 295         this.setLabelIndex(origDisplayMenu.getLabelIndex());
2 26 Feb 07 jari 296         this.setPaletteStyle(origDisplayMenu.getPaletteStyle());
2 26 Feb 07 jari 297         this.setGRScale(origDisplayMenu.isGRScale());
2 26 Feb 07 jari 298         this.setDrawBorders(origDisplayMenu.isDrawingBorder());
2 26 Feb 07 jari 299         this.setMaxRatioScale(origDisplayMenu.getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 300         this.setMinRatioScale(origDisplayMenu.getMinRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 301         this.setMidRatioValue(origDisplayMenu.getMidRatioValue());
2 26 Feb 07 jari 302         this.setColorGradientState(origDisplayMenu.getColorGradientState());
2 26 Feb 07 jari 303         this.setNegativeCustomGradient(origDisplayMenu.getNegativeGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 304         this.setPositiveCustomGradient(origDisplayMenu.getPositiveGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 305         this.setUseDoubleGradient(origDisplayMenu.getUseDoubleGradient());
2 26 Feb 07 jari 306         this.addLabelMenuItems((origMenubar).getLabelMenuItems());
2 26 Feb 07 jari 307         
2 26 Feb 07 jari 308         IDistanceMenu origDistanceMenu = origMenubar.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 309         
2 26 Feb 07 jari 310         this.setDistanceAbsolute(origDistanceMenu.isAbsoluteDistance());
2 26 Feb 07 jari 311         this.setDistanceFunction(origDistanceMenu.getDistanceFunction());
2 26 Feb 07 jari 312         //now have the full menu, minus probably the full sort and label menu
2 26 Feb 07 jari 313     }
2 26 Feb 07 jari 314     
2 26 Feb 07 jari 315     public void synchronizeSettings(MultipleArrayMenubar origMenuBar) {
2 26 Feb 07 jari 316         
2 26 Feb 07 jari 317         //first synchronize the distance menu
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         JMenu origMenu = origMenuBar.getMenu(2);
2 26 Feb 07 jari 320         JMenu menu = getMenu(2);
2 26 Feb 07 jari 321         Object menuObject, origMenuObject;
2 26 Feb 07 jari 322         
2 26 Feb 07 jari 323         for(int i = 0; i < menu.getMenuComponentCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 324             menuObject = menu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 325             origMenuObject = origMenu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 326             
2 26 Feb 07 jari 327             if(origMenuObject instanceof JRadioButtonMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 328                 ((JRadioButtonMenuItem)menuObject).setSelected( ((JRadioButtonMenuItem)origMenuObject).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 329             } else if (origMenuObject instanceof JCheckBoxMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 330                 ((JCheckBoxMenuItem)menuObject).setSelected( ((JCheckBoxMenuItem)origMenuObject).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 331             }
2 26 Feb 07 jari 332         }
2 26 Feb 07 jari 333         
2 26 Feb 07 jari 334         // now synchronize the display menu
2 26 Feb 07 jari 335         origMenu = origMenuBar.getMenu(4);
2 26 Feb 07 jari 336         menu = getMenu(4);
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338         //strategy: if it's a JMenu send it to the sync method else deal with it directly
2 26 Feb 07 jari 339         Component comp, origComp;
2 26 Feb 07 jari 340         int numComponents = origMenu.getMenuComponentCount();
2 26 Feb 07 jari 341         for(int i = 0; i < numComponents; i++) {
2 26 Feb 07 jari 342             origComp = origMenu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 343             comp = menu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 344             
2 26 Feb 07 jari 345             if(origComp instanceof JMenu) {
2 26 Feb 07 jari 346                 syncMenus((JMenu) origComp, (JMenu)comp);
2 26 Feb 07 jari 347             } else {
2 26 Feb 07 jari 348                 if(origComp instanceof JRadioButtonMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 349                     ((JRadioButtonMenuItem)comp).setSelected( ((JRadioButtonMenuItem)origComp).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 350                 } else if (origComp instanceof JCheckBoxMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 351                     ((JCheckBoxMenuItem)comp).setSelected( ((JCheckBoxMenuItem)origComp).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 352                 }
2 26 Feb 07 jari 353             }
2 26 Feb 07 jari 354         }
2 26 Feb 07 jari 355     }
2 26 Feb 07 jari 356     
2 26 Feb 07 jari 357     private void syncMenus(JMenu origMenu, JMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 358         Object menuObject, origMenuObject;
2 26 Feb 07 jari 359         
2 26 Feb 07 jari 360         for(int i = 0; i < menu.getMenuComponentCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 361             menuObject = menu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 362             origMenuObject = origMenu.getMenuComponent(i);
2 26 Feb 07 jari 363             
2 26 Feb 07 jari 364             if(origMenuObject instanceof JRadioButtonMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 365                 ((JRadioButtonMenuItem)menuObject).setSelected( ((JRadioButtonMenuItem)origMenuObject).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 366             } else if (origMenuObject instanceof JCheckBoxMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 367                 ((JCheckBoxMenuItem)menuObject).setSelected( ((JCheckBoxMenuItem)origMenuObject).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 368             } else if(origMenuObject instanceof JMenu) {
2 26 Feb 07 jari 369                 syncMenus((JMenu)origMenuObject, (JMenu)menuObject);
2 26 Feb 07 jari 370             }
2 26 Feb 07 jari 371         }
2 26 Feb 07 jari 372     }
2 26 Feb 07 jari 373     
2 26 Feb 07 jari 374     /**
2 26 Feb 07 jari 375      * Enables some menu items according to specified state.
2 26 Feb 07 jari 376      */
2 26 Feb 07 jari 377     public void systemEnable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 378         switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 379             case TMEV.SYSTEM:
2 26 Feb 07 jari 380                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 381                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_STANFORD_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 382                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 383                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 384                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 385                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 386                 break;
2 26 Feb 07 jari 387             case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 388                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 389                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 390                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 391                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_MATRIX_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 392                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_IMAGE_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 393                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 394                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 395                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.PRINT_IMAGE_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 396                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_MAV_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 397                 setEnableMenu("Adjust Data", true);
2 26 Feb 07 jari 398                 setEnableMenu("Normalization", true);
2 26 Feb 07 jari 399                 setEnableMenu("Metrics", true);
2 26 Feb 07 jari 400                 setEnableMenu("Utilities", true);
2 26 Feb 07 jari 401                 setEnableMenu("Analysis", true);
2 26 Feb 07 jari 402                 setEnableMenu("Display", true);
2 26 Feb 07 jari 403                 setEnableMenu("Sort", true);
2 26 Feb 07 jari 404                 break;
2 26 Feb 07 jari 405             case TMEV.ANALYSIS_LOADED:
2 26 Feb 07 jari 406                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 407                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 408             case TMEV.DB_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 409                 break;
2 26 Feb 07 jari 410             case TMEV.DB_LOGIN:
2 26 Feb 07 jari 411                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_DB_COMMAND, true);
2 26 Feb 07 jari 412                 break;
2 26 Feb 07 jari 413         }
2 26 Feb 07 jari 414     }
2 26 Feb 07 jari 415     
2 26 Feb 07 jari 416     /**
2 26 Feb 07 jari 417      * Disables some menu items according to specified state.
2 26 Feb 07 jari 418      */
2 26 Feb 07 jari 419     public void systemDisable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 420         switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 421             case TMEV.SYSTEM:
2 26 Feb 07 jari 422                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 423                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_DB_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 424                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_FILE_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 425                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 426                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 427                 //  setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 428                 //  setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 429                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 430                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 431                 
2 26 Feb 07 jari 432                 
2 26 Feb 07 jari 433                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_DIRECTORY_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 434                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_STANFORD_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 435                 break;
2 26 Feb 07 jari 436             case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 437                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 438                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 439                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 440                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 441                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 442                 
2 26 Feb 07 jari 443                 
2 26 Feb 07 jari 444                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_MATRIX_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 445                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.SAVE_IMAGE_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 446                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.PRINT_IMAGE_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 447                 setEnableMenu("Adjust Data", false);
2 26 Feb 07 jari 448                 setEnableMenu("Normalization", false);
2 26 Feb 07 jari 449                 setEnableMenu("Metrics", false);
2 26 Feb 07 jari 450                 setEnableMenu("Utilities", false);
2 26 Feb 07 jari 451                 break;
2 26 Feb 07 jari 452             case TMEV.DB_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 453                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 454                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_DB_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 455                 break;
2 26 Feb 07 jari 456             case TMEV.DB_LOGIN:
2 26 Feb 07 jari 457                 setEnableMenu("File", true);
2 26 Feb 07 jari 458                 setEnableMenuItem("File", ActionManager.LOAD_DB_COMMAND, false);
2 26 Feb 07 jari 459                 break;
2 26 Feb 07 jari 460         }
2 26 Feb 07 jari 461         setEnableMenu("Analysis", false);
2 26 Feb 07 jari 462         setEnableMenu("Display", false);
2 26 Feb 07 jari 463         setEnableMenu("Sort", false);
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465     
2 26 Feb 07 jari 466     
2 26 Feb 07 jari 467     public void enableNormalizationMenu(boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 468         normalizationMenu.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 469     }
2 26 Feb 07 jari 470     
2 26 Feb 07 jari 471     /**
2 26 Feb 07 jari 472      * Adds label menu items.
2 26 Feb 07 jari 473      */
2 26 Feb 07 jari 474     private void addLabelMenuItems(JMenu menu, ActionManager manager, ButtonGroup buttonGroup) {
2 26 Feb 07 jari 475         int index = -1;
2 26 Feb 07 jari 476         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 477         Action action;
2 26 Feb 07 jari 478         while ((action = manager.getAction(ActionManager.DISPLAY_LABEL_ACTION+String.valueOf(index)))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 479             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 480             buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 481             if (index < 1) { // try to select next item if exists
2 26 Feb 07 jari 482                 item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 483                 String indexStr = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 484                 displayMenu.labelIndex = Integer.parseInt(indexStr);
2 26 Feb 07 jari 485             }
2 26 Feb 07 jari 486             menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 487             index++;
2 26 Feb 07 jari 488         }
2 26 Feb 07 jari 489     }
2 26 Feb 07 jari 490     public String[] getLabelMenuItems(){
2 26 Feb 07 jari 491       //String[] temp = new String[labelGroup.getElements().];
2 26 Feb 07 jari 492       Vector temp = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 493       Enumeration labels = labelGroup.getElements();
2 26 Feb 07 jari 494       while(labels.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 495         JRadioButtonMenuItem aButton = (JRadioButtonMenuItem)labels.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 496         temp.add((String)aButton.getLabel());
2 26 Feb 07 jari 497       }
2 26 Feb 07 jari 498       String[] temp2 = new String[temp.size()];
2 26 Feb 07 jari 499       for(int i=0; i<temp.size();i++)
2 26 Feb 07 jari 500         temp2[i] = (String)temp.get(i);
2 26 Feb 07 jari 501        return temp2;
2 26 Feb 07 jari 502     }
2 26 Feb 07 jari 503     public void addLabelMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 504         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 505         ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 506         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 507         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 508             action = new DefaultAction(actionManager, "Label by "+fieldNames[i], ActionManager.DISPLAY_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 509             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, String.valueOf(i));
2 26 Feb 07 jari 510             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 511             labelGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 512             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 513                 item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 514             this.labelMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 515         }
2 26 Feb 07 jari 516     }
2 26 Feb 07 jari 517     
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519     public void addExperimentLabelMenuItems(Vector fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 520         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 521         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 522         for(int i = 0; i < fieldNames.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 523             action = new DefaultAction(actionManager, "Label by "+(String)fieldNames.elementAt(i), ActionManager.DISPLAY_EXPERIMENT_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 524             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, (String)(fieldNames.elementAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 525             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 526             experimentLabelGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 527             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 528                 item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 529             this.expLabelSelectionMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 530         }
2 26 Feb 07 jari 531     }
2 26 Feb 07 jari 532     
2 26 Feb 07 jari 533     public void addNewExperimentLabelMenuItem(String label) {
2 26 Feb 07 jari 534         DefaultAction action = new DefaultAction(actionManager, "Label by "+label, ActionManager.DISPLAY_EXPERIMENT_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 535         action.putValue(ActionManager.PARAMETER, label);
2 26 Feb 07 jari 536         JRadioButtonMenuItem item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 537         experimentLabelGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 538         expLabelSelectionMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 539     }
2 26 Feb 07 jari 540     
2 26 Feb 07 jari 541     
2 26 Feb 07 jari 542     public void replaceExperimentLabelMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 543         //remove all menu items
2 26 Feb 07 jari 544         
2 26 Feb 07 jari 545         //ButtonModel model =
2 26 Feb 07 jari 546         //String currentKey = (this.experimentLabelGroup.getSelection()).getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 547         
2 26 Feb 07 jari 548         this.expLabelSelectionMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 549         
2 26 Feb 07 jari 550         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 551         ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 552         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 553         String cmd;
2 26 Feb 07 jari 554         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 555             cmd = "Label by "+fieldNames[i];
2 26 Feb 07 jari 556             action = new DefaultAction(actionManager, cmd, ActionManager.DISPLAY_EXPERIMENT_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 557             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, fieldNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 558             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 559             experimentLabelGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 560             this.expLabelSelectionMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 561             item.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 562             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 563                 item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 564         }
2 26 Feb 07 jari 565     }
2 26 Feb 07 jari 566     
2 26 Feb 07 jari 567     public void replaceLabelMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 568         //remove all menu items
2 26 Feb 07 jari 569         this.labelMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 570         
2 26 Feb 07 jari 571         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 572         ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 573         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 574         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 575             action = new DefaultAction(actionManager, "Label by "+fieldNames[i], ActionManager.DISPLAY_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 576             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, String.valueOf(i));
2 26 Feb 07 jari 577             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 578             labelGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 579             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 580                 item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 581             this.labelMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 582         }
2 26 Feb 07 jari 583     }
2 26 Feb 07 jari 584     
2 26 Feb 07 jari 585     
2 26 Feb 07 jari 586     public void addAffyFilterMenuItems(){
2 26 Feb 07 jari 587         filterMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 588         filterMenu.add(createJMenuItem("Set Detection Filter", ActionManager.SET_DETECTION_FILTER_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 589         filterMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Use Detection Filter", ActionManager.USE_DETECTION_FILTER_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 590         filterMenu.add(createJMenuItem("Set Fold Filter", ActionManager.SET_FOLD_FILTER_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 591         filterMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Use Fold Filter", ActionManager.USE_FOLD_FILTER_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 592     }
2 26 Feb 07 jari 593     
2 26 Feb 07 jari 594     
2 26 Feb 07 jari 595     public void addAffyNormMenuItems() {
2 26 Feb 07 jari 596         adjustMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 597         JMenu menu = new JMenu("Affymetrix Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 598         menu.add(createJMenuItem("Divide Genes by Median", ActionManager.DIVIDE_GENES_MEDIAN_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 599         menu.add(createJMenuItem("Divide Genes by Mean", ActionManager.DIVIDE_GENES_MEAN_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 600         adjustMenu.add(menu);
2 26 Feb 07 jari 601         this.set_affyNormAddded(true);
2 26 Feb 07 jari 602     }
2 26 Feb 07 jari 603     
2 26 Feb 07 jari 604     /**
2 26 Feb 07 jari 605      * Adds sort menu items.
2 26 Feb 07 jari 606      */
2 26 Feb 07 jari 607     private void addSortMenuItems(JMenu menu, ActionManager manager, ButtonGroup buttonGroup) {
2 26 Feb 07 jari 608         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 609         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 610         Action action;
2 26 Feb 07 jari 611         while ((action = manager.getAction(ActionManager.SORT_LABEL_ACTION+String.valueOf(index)))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 612             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 613             buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 614             menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 615             index++;
2 26 Feb 07 jari 616         }
2 26 Feb 07 jari 617     }
2 26 Feb 07 jari 618     
2 26 Feb 07 jari 619     public void addSortMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 620        /* JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 621         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 622         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 623             action = new DefaultAction(actionManager, "Sort by "+fieldNames[i], ActionManager.SORT_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 624             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, String.valueOf(i));
2 26 Feb 07 jari 625             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 626             sortGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 627             this.sortMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 628         }
2 26 Feb 07 jari 629         */
2 26 Feb 07 jari 630     }
2 26 Feb 07 jari 631     
2 26 Feb 07 jari 632     public void replaceSortMenuItems(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 633         //Remove all items
2 26 Feb 07 jari 634      /*   this.sortMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 635         
2 26 Feb 07 jari 636         //Restore defaults
2 26 Feb 07 jari 637         sortMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Sort by Location", ActionManager.SORT_BY_LOCATION_CMD, listener, sortGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 638         sortMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Sort by Ratio", ActionManager.SORT_BY_RATIO_CMD, listener, sortGroup));
2 26 Feb 07 jari 639         
2 26 Feb 07 jari 640         JRadioButtonMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 641         DefaultAction action;
2 26 Feb 07 jari 642         for(int i = 0; i < fieldNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 643             action = new DefaultAction(actionManager, "Sort by "+fieldNames[i], ActionManager.SORT_LABEL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 644             action.putValue(ActionManager.PARAMETER, String.valueOf(i));
2 26 Feb 07 jari 645             item = new JRadioButtonMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 646             sortGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 647             this.sortMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649     */
2 26 Feb 07 jari 650         
2 26 Feb 07 jari 651       
2 26 Feb 07 jari 652     }
2 26 Feb 07 jari 653     
2 26 Feb 07 jari 654     /**
2 26 Feb 07 jari 655      * Adds analysis menu items.
2 26 Feb 07 jari 656      */
2 26 Feb 07 jari 657     private void addAnalysisMenu(JMenu menu, ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 658        
2 26 Feb 07 jari 659       int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 660         Action action;
2 26 Feb 07 jari 661         String []category={"Clustering","Statistics","Classification","Data Reduction","Meta Analysis","Visualization","Miscellaneous"};
2 26 Feb 07 jari 662         //System.out.print(manager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(0)));
2 26 Feb 07 jari 663         //while ((action = manager.getAction("HCL"))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 664         for(int i=0;i<category.length;i++){
2 26 Feb 07 jari 665           //while ((action = manager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(index)))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 666             menu.add(createJMenuItem(category[i],manager));
2 26 Feb 07 jari 667             //index++;
2 26 Feb 07 jari 668           }
2 26 Feb 07 jari 669         }
2 26 Feb 07 jari 670       
2 26 Feb 07 jari 671     
2 26 Feb 07 jari 672     
2 26 Feb 07 jari 673     
2 26 Feb 07 jari 674     /**
2 26 Feb 07 jari 675      * Returns an implementation of <code>IDisplayMenu</code> interface.
2 26 Feb 07 jari 676      */
2 26 Feb 07 jari 677     public IDisplayMenu getDisplayMenu() {
2 26 Feb 07 jari 678         return displayMenu;
2 26 Feb 07 jari 679     }
2 26 Feb 07 jari 680     
2 26 Feb 07 jari 681     /**
2 26 Feb 07 jari 682      * Returns an implementation of <code>IDistanceMenu</code> interface.
2 26 Feb 07 jari 683      */
2 26 Feb 07 jari 684     public IDistanceMenu getDistanceMenu() {
2 26 Feb 07 jari 685         return distanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 686     }
2 26 Feb 07 jari 687     
2 26 Feb 07 jari 688     /**
2 26 Feb 07 jari 689      * Creates a menu item from specified action.
2 26 Feb 07 jari 690      */
2 26 Feb 07 jari 691     private JMenuItem createJMenuItem(Action action) {
2 26 Feb 07 jari 692         JMenuItem item = new JMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 693         item.setActionCommand((String)action.getValue(Action.ACTION_COMMAND_KEY));
2 26 Feb 07 jari 694         return item;
2 26 Feb 07 jari 695     }
2 26 Feb 07 jari 696     
2 26 Feb 07 jari 697     /**
2 26 Feb 07 jari 698      * Creates a menu item from specified action and category.
2 26 Feb 07 jari 699      * add by wwang
2 26 Feb 07 jari 700      */
2 26 Feb 07 jari 701     private JMenu createJMenuItem(String category,ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 702       /*
2 26 Feb 07 jari 703         JMenuItem item = new JMenuItem(action);
2 26 Feb 07 jari 704         item.setActionCommand((String)action.getValue(Action.ACTION_COMMAND_KEY));
2 26 Feb 07 jari 705         */
2 26 Feb 07 jari 706       int index=0;
2 26 Feb 07 jari 707       Action action;
2 26 Feb 07 jari 708       JMenu item = new JMenu(category);
2 26 Feb 07 jari 709       while ((action = manager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(index)))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 710         if((action.getValue(ActionManager.CATEGORY)).equals(category))
2 26 Feb 07 jari 711           item.add(createJMenuItem(action));
2 26 Feb 07 jari 712         index++;
2 26 Feb 07 jari 713       }
2 26 Feb 07 jari 714         return item;
2 26 Feb 07 jari 715     }
2 26 Feb 07 jari 716     
2 26 Feb 07 jari 717     /**
2 26 Feb 07 jari 718      * Creates a menu item with specified name and acton command.
2 26 Feb 07 jari 719      */
2 26 Feb 07 jari 720     private JMenuItem createJMenuItem(String name, String command, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 721         JMenuItem item = new JMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 722         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 723         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 724         return item;
2 26 Feb 07 jari 725     }
2 26 Feb 07 jari 726     
2 26 Feb 07 jari 727     /**
2 26 Feb 07 jari 728      * Creates a check box menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 729      */
2 26 Feb 07 jari 730     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 731         JCheckBoxMenuItem item = new JCheckBoxMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 732         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 733         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 734         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 735         return item;
2 26 Feb 07 jari 736     }
2 26 Feb 07 jari 737     
2 26 Feb 07 jari 738     /**
2 26 Feb 07 jari 739      * Creates a check box menu item with specified name and acton command.
2 26 Feb 07 jari 740      */
2 26 Feb 07 jari 741     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 742         return createJCheckBoxMenuItem(name, command, listener, false);
2 26 Feb 07 jari 743     }
2 26 Feb 07 jari 744     
2 26 Feb 07 jari 745     /**
2 26 Feb 07 jari 746      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 747      */
2 26 Feb 07 jari 748     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, ButtonGroup buttonGroup, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 749         JRadioButtonMenuItem item = new JRadioButtonMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 750         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 751         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 752         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 753         if (buttonGroup != null) {
2 26 Feb 07 jari 754             buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 755         }
2 26 Feb 07 jari 756         return item;
2 26 Feb 07 jari 757     }
2 26 Feb 07 jari 758     
2 26 Feb 07 jari 759     /**
2 26 Feb 07 jari 760      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and button group.
2 26 Feb 07 jari 761      */
2 26 Feb 07 jari 762     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, ActionListener listener, ButtonGroup buttonGroup) {
2 26 Feb 07 jari 763         return createJRadioButtonMenuItem(name, command, listener, buttonGroup, false);
2 26 Feb 07 jari 764     }
2 26 Feb 07 jari 765     
2 26 Feb 07 jari 766     /**
2 26 Feb 07 jari 767      * Returns a menu by it name.
2 26 Feb 07 jari 768      */
2 26 Feb 07 jari 769     private JMenu getJMenu(String name) {
2 26 Feb 07 jari 770         JMenu jmenu;
2 26 Feb 07 jari 771         for (int i = 0; i < getMenuCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 772             jmenu = getMenu(i);
2 26 Feb 07 jari 773             if (jmenu != null && jmenu.getText().equals(name))
2 26 Feb 07 jari 774                 return jmenu;
2 26 Feb 07 jari 775         }
2 26 Feb 07 jari 776         return null;
2 26 Feb 07 jari 777     }
2 26 Feb 07 jari 778     
2 26 Feb 07 jari 779     /**
2 26 Feb 07 jari 780      * Returns a menu item from specified menu and item action command.
2 26 Feb 07 jari 781      */
2 26 Feb 07 jari 782     private JMenuItem getJMenuItem(String menu_name, String item_command) {
2 26 Feb 07 jari 783         JMenu menu = getJMenu(menu_name);
2 26 Feb 07 jari 784         if (menu == null) {
2 26 Feb 07 jari 785             return null;
2 26 Feb 07 jari 786         }
2 26 Feb 07 jari 787         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 788         for (int i=0; i<menu.getItemCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 789             item = menu.getItem(i);
2 26 Feb 07 jari 790             if (item != null && item.getActionCommand().equals(item_command)) {
2 26 Feb 07 jari 791                 return item;
2 26 Feb 07 jari 792             }
2 26 Feb 07 jari 793         }
2 26 Feb 07 jari 794         return null;
2 26 Feb 07 jari 795     }
2 26 Feb 07 jari 796     
2 26 Feb 07 jari 797     /**
2 26 Feb 07 jari 798      * Sets a menu state with specified name.
2 26 Feb 07 jari 799      */
2 26 Feb 07 jari 800     private void setEnableMenu(String name, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 801         JMenu menu = getJMenu(name);
2 26 Feb 07 jari 802         if (menu == null) {
2 26 Feb 07 jari 803             return;
2 26 Feb 07 jari 804         }
2 26 Feb 07 jari 805         menu.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 806     }
2 26 Feb 07 jari 807     
2 26 Feb 07 jari 808     /**
2 26 Feb 07 jari 809      * Sets a menu item state with specified name.
2 26 Feb 07 jari 810      */
2 26 Feb 07 jari 811     private void setEnableMenuItem(String menu_name, String item_command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 812         JMenuItem item = getJMenuItem(menu_name, item_command);
2 26 Feb 07 jari 813         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 814             return;
2 26 Feb 07 jari 815         }
2 26 Feb 07 jari 816         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 817     }
2 26 Feb 07 jari 818     
2 26 Feb 07 jari 819     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 820     boolean get_affyNormAdded(){
2 26 Feb 07 jari 821         return this.affyNormAdded;
2 26 Feb 07 jari 822     }
2 26 Feb 07 jari 823     
2 26 Feb 07 jari 824     void set_affyNormAddded(boolean set){
2 26 Feb 07 jari 825         this.affyNormAdded = set;
2 26 Feb 07 jari 826     }
2 26 Feb 07 jari 827     
2 26 Feb 07 jari 828     /**
2 26 Feb 07 jari 829      * Sets current index of label menu.
2 26 Feb 07 jari 830      */
2 26 Feb 07 jari 831     void setLabelIndex(int index) {
2 26 Feb 07 jari 832         displayMenu.labelIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 833     }
2 26 Feb 07 jari 834     
2 26 Feb 07 jari 835     /**
2 26 Feb 07 jari 836      * Sets element size attribute.
2 26 Feb 07 jari 837      */
2 26 Feb 07 jari 838     void setElementSize(int width, int height) {
2 26 Feb 07 jari 839         displayMenu.elementSize.setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 840     }
2 26 Feb 07 jari 841     
2 26 Feb 07 jari 842     /**
2 26 Feb 07 jari 843      * Sets a palette style.
2 26 Feb 07 jari 844      */
2 26 Feb 07 jari 845     void setPaletteStyle(int style) {
2 26 Feb 07 jari 846         displayMenu.paletteStyle = style;
2 26 Feb 07 jari 847     }
2 26 Feb 07 jari 848     
2 26 Feb 07 jari 849     /**
2 26 Feb 07 jari 850      * Sets tracing attribute.
2 26 Feb 07 jari 851      */
2 26 Feb 07 jari 852     void setTracing(boolean tracing) {
2 26 Feb 07 jari 853         displayMenu.tracing = tracing;
2 26 Feb 07 jari 854     }
2 26 Feb 07 jari 855     
2 26 Feb 07 jari 856     /**
2 26 Feb 07 jari 857      * Sets draw borders attribute.
2 26 Feb 07 jari 858      */
2 26 Feb 07 jari 859     void setDrawBorders(boolean drawBorders) {
2 26 Feb 07 jari 860         displayMenu.drawBorders = drawBorders;
2 26 Feb 07 jari 861     }
2 26 Feb 07 jari 862     
2 26 Feb 07 jari 863     /**
2 26 Feb 07 jari 864      * Sets anti-aliasing attribute.
2 26 Feb 07 jari 865      */
2 26 Feb 07 jari 866     void setAntiAliasing(boolean antialiasing) {
2 26 Feb 07 jari 867         displayMenu.antialiasing = antialiasing;
2 26 Feb 07 jari 868     }
2 26 Feb 07 jari 869     
2 26 Feb 07 jari 870     /**
2 26 Feb 07 jari 871      * Sets GR scale attribute.
2 26 Feb 07 jari 872      */
2 26 Feb 07 jari 873     void setGRScale(boolean grscale) {
2 26 Feb 07 jari 874         displayMenu.grscale = grscale;
2 26 Feb 07 jari 875     }
2 26 Feb 07 jari 876     
2 26 Feb 07 jari 877     /**
2 26 Feb 07 jari 878      * Sets the absolute attribute value.
2 26 Feb 07 jari 879      */
2 26 Feb 07 jari 880     void setDistanceAbsolute(boolean absolute) {
2 26 Feb 07 jari 881         distanceMenu.absolute = absolute;
2 26 Feb 07 jari 882     }
2 26 Feb 07 jari 883     
2 26 Feb 07 jari 884     /**
2 26 Feb 07 jari 885      * Sets the distance function attribute.
2 26 Feb 07 jari 886      */
2 26 Feb 07 jari 887     void setDistanceFunction(int function) {
2 26 Feb 07 jari 888         distanceMenu.function = function;
2 26 Feb 07 jari 889     }
2 26 Feb 07 jari 890     
2 26 Feb 07 jari 891     /**
2 26 Feb 07 jari 892      * Sets min ratio scale value.
2 26 Feb 07 jari 893      */
2 26 Feb 07 jari 894     void setMinRatioScale(float scale) {
2 26 Feb 07 jari 895         displayMenu.minRatioScale = scale;
2 26 Feb 07 jari 896     }
2 26 Feb 07 jari 897     
2 26 Feb 07 jari 898     /**
2 26 Feb 07 jari 899      * Sets max ratio scale value.
2 26 Feb 07 jari 900      */
2 26 Feb 07 jari 901     void setMaxRatioScale(float scale) {
2 26 Feb 07 jari 902         displayMenu.maxRatioScale = scale;
2 26 Feb 07 jari 903       //displayMenu.maxRatioScale=200;
2 26 Feb 07 jari 904     }
2 26 Feb 07 jari 905     
2 26 Feb 07 jari 906     /**
2 26 Feb 07 jari 907      *  Sets mid ratio scale value.
2 26 Feb 07 jari 908      */
2 26 Feb 07 jari 909     void setMidRatioValue(float value) {
2 26 Feb 07 jari 910       displayMenu.midRatioValue = value;
2 26 Feb 07 jari 911     }
2 26 Feb 07 jari 912     
2 26 Feb 07 jari 913     /**
2 26 Feb 07 jari 914      * Sets max CY3 scale value.
2 26 Feb 07 jari 915      */
2 26 Feb 07 jari 916     void setMaxCY3Scale(float scale) {
2 26 Feb 07 jari 917         displayMenu.maxCY3Scale = scale;
2 26 Feb 07 jari 918     }
2 26 Feb 07 jari 919     
2 26 Feb 07 jari 920     /**
2 26 Feb 07 jari 921      * Sets max CY5 scale value.
2 26 Feb 07 jari 922      */
2 26 Feb 07 jari 923     void setMaxCY5Scale(float scale) {
2 26 Feb 07 jari 924         displayMenu.maxCY5Scale = scale;
2 26 Feb 07 jari 925     }
2 26 Feb 07 jari 926     
2 26 Feb 07 jari 927     /**
2 26 Feb 07 jari 928      * Sets positive color image
2 26 Feb 07 jari 929      */
2 26 Feb 07 jari 930     void setPositiveCustomGradient(BufferedImage image){
2 26 Feb 07 jari 931         displayMenu.posCustomColorImage = image;
2 26 Feb 07 jari 932     }
2 26 Feb 07 jari 933     
2 26 Feb 07 jari 934     /**
2 26 Feb 07 jari 935      * Sets negative color image
2 26 Feb 07 jari 936      */
2 26 Feb 07 jari 937     void setNegativeCustomGradient(BufferedImage image){
2 26 Feb 07 jari 938         displayMenu.negCustomColorImage = image;
2 26 Feb 07 jari 939     }
2 26 Feb 07 jari 940     
2 26 Feb 07 jari 941     /**
2 26 Feb 07 jari 942      * Sets color scheme index
2 26 Feb 07 jari 943      */
2 26 Feb 07 jari 944     void setColorSchemeIndex(int index){
2 26 Feb 07 jari 945       displayMenu.colorScheme = index;
2 26 Feb 07 jari 946     }
2 26 Feb 07 jari 947     
2 26 Feb 07 jari 948     int getColorScheme(){
2 26 Feb 07 jari 949         return displayMenu.getColorScheme();
2 26 Feb 07 jari 950     }
2 26 Feb 07 jari 951     
2 26 Feb 07 jari 952     
2 26 Feb 07 jari 953     /**
2 26 Feb 07 jari 954      * Return current positive gradient image
2 26 Feb 07 jari 955      */
2 26 Feb 07 jari 956     public BufferedImage getPositiveGradientImage() {
2 26 Feb 07 jari 957         return displayMenu.getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 958     }
2 26 Feb 07 jari 959     
2 26 Feb 07 jari 960     
2 26 Feb 07 jari 961     /**
2 26 Feb 07 jari 962      * Return current negative gradient image
2 26 Feb 07 jari 963      */
2 26 Feb 07 jari 964     public BufferedImage getNegativeGradientImage() {
2 26 Feb 07 jari 965         return displayMenu.getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 966     }
2 26 Feb 07 jari 967     
2 26 Feb 07 jari 968     public boolean getColorGradientState(){
2 26 Feb 07 jari 969         return this.displayMenu.getColorGradientState();
2 26 Feb 07 jari 970     }
2 26 Feb 07 jari 971     
2 26 Feb 07 jari 972     public void setColorGradientState(boolean state){
2 26 Feb 07 jari 973         this.displayMenu.setColorGradientState(state);
2 26 Feb 07 jari 974     }
2 26 Feb 07 jari 975     
2 26 Feb 07 jari 976     public void setNormalizedButtonState(int index){
2 26 Feb 07 jari 977         JRadioButtonMenuItem button = (JRadioButtonMenuItem)(this.normalizationMenu.getMenuComponent(index));
2 26 Feb 07 jari 978         button.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 979     }
2 26 Feb 07 jari 980     
2 26 Feb 07 jari 981     public void setUseDoubleGradient(boolean useDouble) {
2 26 Feb 07 jari 982       this.displayMenu.setUseDoubleGradient(useDouble);
2 26 Feb 07 jari 983     }
2 26 Feb 07 jari 984     
2 26 Feb 07 jari 985     /**
2 26 Feb 07 jari 986      * The class to present a state of the display menu.
2 26 Feb 07 jari 987      */
2 26 Feb 07 jari 988     private class DisplayMenu implements IDisplayMenu {
2 26 Feb 07 jari 989         
2 26 Feb 07 jari 990         private final Dimension elementSize = new Dimension(20, 5);
2 26 Feb 07 jari 991         private int labelIndex;
2 26 Feb 07 jari 992         private int paletteStyle = IDisplayMenu.RATIOSPLIT;
2 26 Feb 07 jari 993         private boolean tracing = false;
2 26 Feb 07 jari 994         private boolean drawBorders = false;
2 26 Feb 07 jari 995         private boolean antialiasing = true;
2 26 Feb 07 jari 996         private boolean grscale = true;
2 26 Feb 07 jari 997         private boolean useColorGradient = false;
2 26 Feb 07 jari 998         private float minRatioScale = -3f;
2 26 Feb 07 jari 999         private float maxRatioScale = 3f;
2 26 Feb 07 jari 1000         private float midRatioValue = 0f;
2 26 Feb 07 jari 1001         private float maxCY3Scale = 0f;
2 26 Feb 07 jari 1002         private float maxCY5Scale = 0f;
2 26 Feb 07 jari 1003         
2 26 Feb 07 jari 1004         private int colorScheme = IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME;
2 26 Feb 07 jari 1005         private BufferedImage negGreenColorImage = createGradientImage(Color.green, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1006         private BufferedImage posRedColorImage = createGradientImage(Color.black, Color.red);
2 26 Feb 07 jari 1007         private BufferedImage negBlueColorImage = createGradientImage(Color.blue, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1008         private BufferedImage posYellowColorImage = createGradientImage(Color.black, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1009         private BufferedImage rainbowImage = createRainbowImage();
2 26 Feb 07 jari 1010         private BufferedImage negCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1011         private BufferedImage posCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1012         private boolean useDoubleGradient = true;
2 26 Feb 07 jari 1013         
2 26 Feb 07 jari 1014         public int getPaletteStyle() {
2 26 Feb 07 jari 1015             return paletteStyle;
2 26 Feb 07 jari 1016         }
2 26 Feb 07 jari 1017         
2 26 Feb 07 jari 1018         public boolean isGRScale() {
2 26 Feb 07 jari 1019             return grscale;
2 26 Feb 07 jari 1020         }
2 26 Feb 07 jari 1021         
2 26 Feb 07 jari 1022         public Dimension getElementSize() {
2 26 Feb 07 jari 1023             return elementSize;
2 26 Feb 07 jari 1024         }
2 26 Feb 07 jari 1025         
2 26 Feb 07 jari 1026         public boolean getUseDoubleGradient() {
2 26 Feb 07 jari 1027           return useDoubleGradient;        
2 26 Feb 07 jari 1028         }
2 26 Feb 07 jari 1029         
2 26 Feb 07 jari 1030         public void setUseDoubleGradient(boolean useDouble) {
2 26 Feb 07 jari 1031           useDoubleGradient = useDouble;         
2 26 Feb 07 jari 1032         }
2 26 Feb 07 jari 1033         
2 26 Feb 07 jari 1034         public boolean isDrawingBorder() {
2 26 Feb 07 jari 1035             return drawBorders;
2 26 Feb 07 jari 1036         }
2 26 Feb 07 jari 1037         
2 26 Feb 07 jari 1038         public boolean isTracing() {
2 26 Feb 07 jari 1039             return tracing;
2 26 Feb 07 jari 1040         }
2 26 Feb 07 jari 1041         
2 26 Feb 07 jari 1042         public boolean isAntiAliasing() {
2 26 Feb 07 jari 1043             return antialiasing;
2 26 Feb 07 jari 1044         }
2 26 Feb 07 jari 1045         
2 26 Feb 07 jari 1046         public int getLabelIndex() {
2 26 Feb 07 jari 1047             return labelIndex;
2 26 Feb 07 jari 1048         }
2 26 Feb 07 jari 1049         
2 26 Feb 07 jari 1050         public float getMaxRatioScale() {
2 26 Feb 07 jari 1051             return maxRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 1052         }
2 26 Feb 07 jari 1053         
2 26 Feb 07 jari 1054         public float getMinRatioScale() {
2 26 Feb 07 jari 1055             return minRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 1056         }
2 26 Feb 07 jari 1057         
2 26 Feb 07 jari 1058         public float getMidRatioValue() {
2 26 Feb 07 jari 1059           return midRatioValue;        
2 26 Feb 07 jari 1060         }
2 26 Feb 07 jari 1061         
2 26 Feb 07 jari 1062         public float getMaxCY3Scale() {
2 26 Feb 07 jari 1063             return maxCY3Scale;
2 26 Feb 07 jari 1064         }
2 26 Feb 07 jari 1065         
2 26 Feb 07 jari 1066         public float getMaxCY5Scale() {
2 26 Feb 07 jari 1067             return maxCY5Scale;
2 26 Feb 07 jari 1068         }
2 26 Feb 07 jari 1069         
2 26 Feb 07 jari 1070         public int getColorScheme() {
2 26 Feb 07 jari 1071             return colorScheme;
2 26 Feb 07 jari 1072         }
2 26 Feb 07 jari 1073         
2 26 Feb 07 jari 1074         /**
2 26 Feb 07 jari 1075          * Return current positive gradient image
2 26 Feb 07 jari 1076          */
2 26 Feb 07 jari 1077         public BufferedImage getPositiveGradientImage() {
2 26 Feb 07 jari 1078           BufferedImage image = this.posRedColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1079             switch (this.colorScheme){
2 26 Feb 07 jari 1080                 case IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1081                     break;
2 26 Feb 07 jari 1082                 case IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1083                     image = this.posYellowColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1084                     break;
2 26 Feb 07 jari 1085                 case IDisplayMenu.CUSTOM_COLOR_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1086                     if(this.posCustomColorImage != null)
2 26 Feb 07 jari 1087                         image = this.posCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1088                     break;
2 26 Feb 07 jari 1089                 case IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME:                  
2 26 Feb 07 jari 1090                     image = this.rainbowImage;
2 26 Feb 07 jari 1091             }
2 26 Feb 07 jari 1092             return image;
2 26 Feb 07 jari 1093         }
2 26 Feb 07 jari 1094         
2 26 Feb 07 jari 1095         
2 26 Feb 07 jari 1096         /**
2 26 Feb 07 jari 1097          * Return current negative gradient image
2 26 Feb 07 jari 1098          */
2 26 Feb 07 jari 1099         public BufferedImage getNegativeGradientImage() {
2 26 Feb 07 jari 1100             BufferedImage image = this.negGreenColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1101             switch (this.colorScheme){
2 26 Feb 07 jari 1102                 case IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1103                     break;
2 26 Feb 07 jari 1104                 case IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1105                     image = this.negBlueColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1106                     break;
2 26 Feb 07 jari 1107                 case IDisplayMenu.CUSTOM_COLOR_SCHEME:
2 26 Feb 07 jari 1108                     if(this.negCustomColorImage != null)
2 26 Feb 07 jari 1109                         image = this.negCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 1110             }
2 26 Feb 07 jari 1111             return image;
2 26 Feb 07 jari 1112         }
2 26 Feb 07 jari 1113         
2 26 Feb 07 jari 1114         /**
2 26 Feb 07 jari 1115          * Creates a gradient image given specifiedColors
2 26 Feb 07 jari 1116          */
2 26 Feb 07 jari 1117         public BufferedImage createGradientImage(Color color1, Color color2) {
2 26 Feb 07 jari 1118             // BufferedImage image = (BufferedImage)createCompatibleImage(256,1);
2 26 Feb 07 jari 1119             
2 26 Feb 07 jari 1120             BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(256,1);
2 26 Feb 07 jari 1121             Graphics2D graphics = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1122             GradientPaint gp = new GradientPaint(0, 0, color1, 255, 0, color2);
2 26 Feb 07 jari 1123             graphics.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 1124             graphics.drawRect(0, 0, 255, 1);
2 26 Feb 07 jari 1125             return image;
2 26 Feb 07 jari 1126         }
2 26 Feb 07 jari 1127         
2 26 Feb 07 jari 1128         /**
2 26 Feb 07 jari 1129          * Returns true if the use gradient color box is selected
2 26 Feb 07 jari 1130          */
2 26 Feb 07 jari 1131         public boolean getColorGradientState(){
2 26 Feb 07 jari 1132             return useColorGradient;
2 26 Feb 07 jari 1133         }
2 26 Feb 07 jari 1134         
2 26 Feb 07 jari 1135         public void setColorGradientState(boolean state){
2 26 Feb 07 jari 1136             useColorGradient = state;
2 26 Feb 07 jari 1137         }
2 26 Feb 07 jari 1138         
2 26 Feb 07 jari 1139         private BufferedImage createRainbowImage() {
2 26 Feb 07 jari 1140           Vector palette = buildPalette();
2 26 Feb 07 jari 1141           
2 26 Feb 07 jari 1142             BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(256,1);
2 26 Feb 07 jari 1143             Graphics2D graphics = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1144
2 26 Feb 07 jari 1145             drawScale((Graphics2D)graphics, palette);
2 26 Feb 07 jari 1146             
2 26 Feb 07 jari 1147             return image;
2 26 Feb 07 jari 1148         }
2 26 Feb 07 jari 1149         
2 26 Feb 07 jari 1150         private void drawScale(Graphics2D g, Vector palette) {  
2 26 Feb 07 jari 1151             for (int i = 0; i < palette.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1152               g.setColor((Color) palette.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1153                 g.fillRect(i, 0, 1, 1);
2 26 Feb 07 jari 1154             }
2 26 Feb 07 jari 1155         }        
2 26 Feb 07 jari 1156         
2 26 Feb 07 jari 1157         private Vector buildPalette() {
2 26 Feb 07 jari 1158             Vector palette = new Vector(256);
2 26 Feb 07 jari 1159             Color newColor;
2 26 Feb 07 jari 1160             double r, g, b;
2 26 Feb 07 jari 1161             
2 26 Feb 07 jari 1162             newColor = new Color(0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 1163             palette.addElement(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1164             
2 26 Feb 07 jari 1165             for (int i = 1; i < 256; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1166                 i = 255 - i;
2 26 Feb 07 jari 1167                 
2 26 Feb 07 jari 1168                 r = 0; g = 0; b = 0;
2 26 Feb 07 jari 1169                 
2 26 Feb 07 jari 1170                 if (i < 33) r = 255;
2 26 Feb 07 jari 1171                 else if (i > 32 && i < 108) r = Math.abs( 255 * Math.cos((i - 32) * Math.PI / 151));
2 26 Feb 07 jari 1172                 else if (i > 107) r = 0;
2 26 Feb 07 jari 1173                 
2 26 Feb 07 jari 1174                 if (i < 5) g = 0;
2 26 Feb 07 jari 1175                 else if (i > 4 && i < 101) g = Math.abs((255 * Math.cos((i - 100) * Math.PI / 189)));
2 26 Feb 07 jari 1176                 else if (i > 100 && i < 229) g = Math.abs((255 * Math.cos((i - 100) * Math.PI / 294)));
2 26 Feb 07 jari 1177                 else if (i > 230) g = 0;
2 26 Feb 07 jari 1178                 
2 26 Feb 07 jari 1179                 if (i < 72) b = 0;
2 26 Feb 07 jari 1180                 else if (i > 71 && i < 200) b = Math.abs((255 * Math.cos((i - 199) * Math.PI / 256)));
2 26 Feb 07 jari 1181                 else if (i > 199) b = Math.abs((255 * Math.cos((i - 199) * Math.PI / 175)));
2 26 Feb 07 jari 1182                 
2 26 Feb 07 jari 1183                 newColor = new Color((float) r / 255, (float) g / 255, (float) b / 255);
2 26 Feb 07 jari 1184                 palette.addElement(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1185                 
2 26 Feb 07 jari 1186                 i = 255 - i;
2 26 Feb 07 jari 1187             }
2 26 Feb 07 jari 1188             
2 26 Feb 07 jari 1189             return palette;
2 26 Feb 07 jari 1190         }
2 26 Feb 07 jari 1191
2 26 Feb 07 jari 1192         
2 26 Feb 07 jari 1193
2 26 Feb 07 jari 1194     }
2 26 Feb 07 jari 1195     
2 26 Feb 07 jari 1196     /**
2 26 Feb 07 jari 1197      * The class to present a state of the distance menu.
2 26 Feb 07 jari 1198      */
2 26 Feb 07 jari 1199     private class DistanceMenu implements IDistanceMenu {
2 26 Feb 07 jari 1200         private boolean absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 1201         private int function = Algorithm.DEFAULT;
2 26 Feb 07 jari 1202         
2 26 Feb 07 jari 1203         public boolean isAbsoluteDistance() {
2 26 Feb 07 jari 1204             return absolute;
2 26 Feb 07 jari 1205         }
2 26 Feb 07 jari 1206         
2 26 Feb 07 jari 1207         public int getDistanceFunction() {
2 26 Feb 07 jari 1208             return function;
2 26 Feb 07 jari 1209         }
2 26 Feb 07 jari 1210         
2 26 Feb 07 jari 1211         public String getFunctionName(int function) {
2 26 Feb 07 jari 1212             String name;
2 26 Feb 07 jari 1213             switch (function) {
2 26 Feb 07 jari 1214                 case Algorithm.PEARSON: name="Pearson Correlation"; break;
2 26 Feb 07 jari 1215                 case Algorithm.COSINE: name="Cosine Correlation"; break;
2 26 Feb 07 jari 1216                 case Algorithm.COVARIANCE: name="Covariance"; break;
2 26 Feb 07 jari 1217                 case Algorithm.EUCLIDEAN: name="Euclidean Distance"; break;
2 26 Feb 07 jari 1218                 case Algorithm.DOTPRODUCT: name="Average Dot Product"; break;
2 26 Feb 07 jari 1219                 case Algorithm.PEARSONUNCENTERED: name="Pearson Uncentered"; break;
2 26 Feb 07 jari 1220                 case Algorithm.PEARSONSQARED: name="Pearson Squared"; break;
2 26 Feb 07 jari 1221                 case Algorithm.MANHATTAN: name="Manhattan Distance"; break;
2 26 Feb 07 jari 1222                 case Algorithm.SPEARMANRANK: name="Spearman Rank Correlation"; break;
2 26 Feb 07 jari 1223                 case Algorithm.KENDALLSTAU: name="Kendall's Tau"; break;
2 26 Feb 07 jari 1224                 case Algorithm.MUTUALINFORMATION: name="Mutual Information"; break;
2 26 Feb 07 jari 1225                 default: { name="not defined";}
2 26 Feb 07 jari 1226             }
2 26 Feb 07 jari 1227             return name;
2 26 Feb 07 jari 1228         }
2 26 Feb 07 jari 1229     }
2 26 Feb 07 jari 1230     
2 26 Feb 07 jari 1231     static {
2 26 Feb 07 jari 1232         JPopupMenu.setDefaultLightWeightPopupEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 1233     }
2 26 Feb 07 jari 1234     /**
2 26 Feb 07 jari 1235      * Raktim CGH Menus
2 26 Feb 07 jari 1236      * NOT USED
2 26 Feb 07 jari 1237      */
2 26 Feb 07 jari 1238     public void addCGHMenus2() {
2 26 Feb 07 jari 1239       System.out.println("In addCGHMenus2()");
2 26 Feb 07 jari 1240         cloneValuesMenu = new JMenu("CloneValues");
2 26 Feb 07 jari 1241         add(cloneValuesMenu);
2 26 Feb 07 jari 1242         //Add conditional ClonesMenu
2 26 Feb 07 jari 1243         //initCloneValuesMenu(cloneValuesMenu, manager, boolean hasDyeSwap, int cloneValueType, int flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 1244         setCloneValueType(TMEV.defaultCloneValue);
2 26 Feb 07 jari 1245         setFlankingRegionType(TMEV.defaultFlankingRegionValue);
2 26 Feb 07 jari 1246         initCloneValuesMenu(cloneValuesMenu, listener, false, cghCloneValueMenu.getCloneValueType(), cghCloneValueMenu.getFlankingRegionType());
2 26 Feb 07 jari 1247         //cghCloneValueMenu.setCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION);
2 26 Feb 07 jari 1248         //cghCloneValueMenu.setFlankingRegionType(ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD);
2 26 Feb 07 jari 1249         cghDispMenu = new JMenu("CGH Display");
2 26 Feb 07 jari 1250         cghDispMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Flanking Regions", ActionManager.SHOW_FLANKING_REGIONS, listener, false));
2 26 Feb 07 jari 1251         cghDispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1252         JMenu cghSizeMenu = new JMenu("Element Length");
2 26 Feb 07 jari 1253         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1254         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_5, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1255         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_10, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1256         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("20", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_20, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1257         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("50", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_50, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1258         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("100", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_100, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1259         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Other", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_OTHER, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1260         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Fit", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_FIT, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1261         cghDispMenu.add(cghSizeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1262         JMenu widthMenu = new JMenu("Element Width");
2 26 Feb 07 jari 1263         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1264         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_5, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1265         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_10, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1266         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("20", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_20, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1267         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("50", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_50, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1268         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("100", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_100, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1269         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Other", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_OTHER, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1270         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Fit", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_FIT, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1271         cghDispMenu.add(widthMenu);
2 26 Feb 07 jari 1272         cghDispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1273         JMenu displayTypeMenu = new JMenu("Display Type");
2 26 Feb 07 jari 1274         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1275         displayTypeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Mixed", ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_COMBINED, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1276         displayTypeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Separated", ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_SEPARATED, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1277         cghDispMenu.add(displayTypeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1278         cghDispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1279         cghDispMenu.add(createJMenuItem("Display Order", ActionManager.CGH_DISPLAY_ORDER, listener));
2 26 Feb 07 jari 1280         //cghDisplayMenu.add(createJMenuItem("Circle Viewer Background", CGHActionManager.CIRCLE_VIEWER_BACKGROUND, listener));
2 26 Feb 07 jari 1281         cghDispMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Show Header", ActionManager.SHOW_HEADER, listener, true));
2 26 Feb 07 jari 1282         cghDispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1283         cghDispMenu.add(createJMenuItem("Clear Annotations", ActionManager.CGH_CLEAR_ANNOTATIONS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1284         add(cghDispMenu);
2 26 Feb 07 jari 1285         cghAnalysisMenu = new JMenu("CGH Analysis");
2 26 Feb 07 jari 1286         addCghAnalysisMenu(cghAnalysisMenu, /*manager*/ actionManager);
2 26 Feb 07 jari 1287         cghAnalysisMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1288         cghAnalysisMenu.add(createJMenuItem("Find Gene", ActionManager.FIND_GENE, listener));
2 26 Feb 07 jari 1289         /*
2 26 Feb 07 jari 1290         cghAnalysisMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1291         cghAnalysisMenu.add(createJMenuItem("Compare Experiments", ActionManager.COMPARE_EXPERIMENTS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1292         */
2 26 Feb 07 jari 1293         add(cghAnalysisMenu);
2 26 Feb 07 jari 1294         helpMenu = new JMenu("Help");
2 26 Feb 07 jari 1295         helpMenu.add(createJMenuItem("Default Distances", ActionManager.DEFAULT_DISTANCES_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 1296         helpMenu.add(createJMenuItem("Support Tree Legend", ActionManager.SHOW_SUPPORTTREE_LEGEND_COMMAND, listener));
2 26 Feb 07 jari 1297         add(helpMenu);
2 26 Feb 07 jari 1298         setDefaultValues();
2 26 Feb 07 jari 1299         //enableCloneDistributions(false);
2 26 Feb 07 jari 1300     }
2 26 Feb 07 jari 1301     public void addCGHMenus() {
2 26 Feb 07 jari 1302       System.out.println("In addCGHMenus()");
2 26 Feb 07 jari 1303         cloneValuesMenu = new JMenu("CloneValues");
2 26 Feb 07 jari 1304         add(cloneValuesMenu);
2 26 Feb 07 jari 1305         //Add conditional ClonesMenu
2 26 Feb 07 jari 1306         //initCloneValuesMenu(cloneValuesMenu, manager, boolean hasDyeSwap, int cloneValueType, int flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 1307         setCloneValueType(TMEV.defaultCloneValue);
2 26 Feb 07 jari 1308         setFlankingRegionType(TMEV.defaultFlankingRegionValue);
2 26 Feb 07 jari 1309         initCloneValuesMenu(cloneValuesMenu, listener, false, cghCloneValueMenu.getCloneValueType(), cghCloneValueMenu.getFlankingRegionType());
2 26 Feb 07 jari 1310         //cghCloneValueMenu.setCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION);
2 26 Feb 07 jari 1311         //cghCloneValueMenu.setFlankingRegionType(ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD);
2 26 Feb 07 jari 1312         JMenu dispMenu = getJMenu("Display");
2 26 Feb 07 jari 1313         dispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1314         dispMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Flanking Regions", ActionManager.SHOW_FLANKING_REGIONS, listener, false));
2 26 Feb 07 jari 1315         dispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1316         JMenu cghSizeMenu = new JMenu("Element Length");
2 26 Feb 07 jari 1317         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1318         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_5, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1319         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_10, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1320         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("20", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_20, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1321         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("50", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_50, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1322         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("100", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_100, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1323         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Other", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_OTHER, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1324         cghSizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Fit", ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_FIT, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1325         dispMenu.add(cghSizeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1326         JMenu widthMenu = new JMenu("Element Width");
2 26 Feb 07 jari 1327         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1328         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_5, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1329         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_10, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1330         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("20", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_20, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1331         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("50", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_50, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1332         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("100", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_100, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1333         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Other", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_OTHER, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1334         widthMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Fit", ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_FIT, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1335         dispMenu.add(widthMenu);
2 26 Feb 07 jari 1336         dispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1337         JMenu displayTypeMenu = new JMenu("Display Type");
2 26 Feb 07 jari 1338         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1339         displayTypeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Mixed", ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_COMBINED, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1340         displayTypeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Separated", ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_SEPARATED, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1341         dispMenu.add(displayTypeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1342         dispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1343         dispMenu.add(createJMenuItem("Display Order", ActionManager.CGH_DISPLAY_ORDER, listener));
2 26 Feb 07 jari 1344         //cghDisplayMenu.add(createJMenuItem("Circle Viewer Background", CGHActionManager.CIRCLE_VIEWER_BACKGROUND, listener));
2 26 Feb 07 jari 1345         dispMenu.add(createJCheckBoxMenuItem("Show Header", ActionManager.SHOW_HEADER, listener, true));
2 26 Feb 07 jari 1346         dispMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1347         dispMenu.add(createJMenuItem("Clear Annotations", ActionManager.CGH_CLEAR_ANNOTATIONS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1348         cghAnalysisMenu = new JMenu("CGH Analysis");
2 26 Feb 07 jari 1349         addCghAnalysisMenu(cghAnalysisMenu, /*manager*/ actionManager);
2 26 Feb 07 jari 1350         cghAnalysisMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1351         cghAnalysisMenu.add(createJMenuItem("Find Gene", ActionManager.FIND_GENE, listener));
2 26 Feb 07 jari 1352         /*
2 26 Feb 07 jari 1353         cghAnalysisMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1354         cghAnalysisMenu.add(createJMenuItem("Compare Experiments", ActionManager.COMPARE_EXPERIMENTS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1355         */
2 26 Feb 07 jari 1356         add(cghAnalysisMenu);
2 26 Feb 07 jari 1357         helpMenu = new JMenu("Help");
2 26 Feb 07 jari 1358         helpMenu.add(createJMenuItem("Default Distances", ActionManager.DEFAULT_DISTANCES_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 1359         helpMenu.add(createJMenuItem("Support Tree Legend", ActionManager.SHOW_SUPPORTTREE_LEGEND_COMMAND, listener));
2 26 Feb 07 jari 1360         add(helpMenu);
2 26 Feb 07 jari 1361         setDefaultValues();
2 26 Feb 07 jari 1362         //enableCloneDistributions(false);
2 26 Feb 07 jari 1363         // End Raktim CGH Menus
2 26 Feb 07 jari 1364     }
2 26 Feb 07 jari 1365   /**
2 26 Feb 07 jari 1366      * Adds CGH analysis menu items.
2 26 Feb 07 jari 1367      */
2 26 Feb 07 jari 1368     protected void addCghAnalysisMenu(JMenu menu, ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 1369         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 1370         Action action;
2 26 Feb 07 jari 1371         while ((action = manager.getAction(ActionManager.CGH_ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(index)))!=null) {
2 26 Feb 07 jari 1372             menu.add(createJMenuItem(action));
2 26 Feb 07 jari 1373             index++;
2 26 Feb 07 jari 1374         }
2 26 Feb 07 jari 1375     }
2 26 Feb 07 jari 1376     /**
2 26 Feb 07 jari 1377      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 1378      * CGH SetDefaultValues()
2 26 Feb 07 jari 1379      *
2 26 Feb 07 jari 1380      */
2 26 Feb 07 jari 1381     protected void setDefaultValues(){
2 26 Feb 07 jari 1382         setMinRatioScale(-1f);
2 26 Feb 07 jari 1383         setMaxRatioScale(1f);
2 26 Feb 07 jari 1384     }
2 26 Feb 07 jari 1385     /**
2 26 Feb 07 jari 1386      * Raktim CGH
2 26 Feb 07 jari 1387      * If CGH data is Ratio only, and/or Log2 transformed, Clone distribution
2 26 Feb 07 jari 1388      * is not avialable. Enable/Diasble ClonesMenu based on those.
2 26 Feb 07 jari 1389      */
2 26 Feb 07 jari 1390     public void enableCloneDistributions(boolean CloneDistState, boolean log2state){
2 26 Feb 07 jari 1391       setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION, !log2state);
2 26 Feb 07 jari 1392         setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, CloneDistState);
2 26 Feb 07 jari 1393         setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, CloneDistState);
2 26 Feb 07 jari 1394         setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, CloneDistState);
2 26 Feb 07 jari 1395         setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, CloneDistState);
2 26 Feb 07 jari 1396         setEnableMenuItem("CloneValues", ActionManager.CLONE_P_THRESH, CloneDistState);
2 26 Feb 07 jari 1397     }
2 26 Feb 07 jari 1398     /**
2 26 Feb 07 jari 1399      * Raktim CGH Dsiplay Menu
2 26 Feb 07 jari 1400      * A class to maintain state for CGH Display Menu
2 26 Feb 07 jari 1401      */
2 26 Feb 07 jari 1402     private class CGHDisplayMenu implements ICGHDisplayMenu {
2 26 Feb 07 jari 1403       private boolean showFlankingRegions = false;
2 26 Feb 07 jari 1404         private double unitLength = ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE;
2 26 Feb 07 jari 1405         private int elementWidth = (int)ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE;
2 26 Feb 07 jari 1406         private int displayType;
2 26 Feb 07 jari 1407         private int displayLabelType = ICGHDisplayMenu.DISPLAY_WSL_ID;
2 26 Feb 07 jari 1408         Color circleViewerBackgroundColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 1409         /** Getter for property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1410          * @return Value of property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1411          */
2 26 Feb 07 jari 1412         public boolean isShowFlankingRegions() {
2 26 Feb 07 jari 1413             return showFlankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1414         }
2 26 Feb 07 jari 1415         /** Setter for property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1416          * @param showFlankingRegions New value of property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1417          */
2 26 Feb 07 jari 1418         public void setShowFlankingRegions(boolean showFlankingRegions) {
2 26 Feb 07 jari 1419             this.showFlankingRegions = showFlankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1420         }
2 26 Feb 07 jari 1421         /** Getter for property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 1422          * @return Value of property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 1423          */
2 26 Feb 07 jari 1424         public double getUnitLength() {
2 26 Feb 07 jari 1425             return unitLength;
2 26 Feb 07 jari 1426         }
2 26 Feb 07 jari 1427         /** Setter for property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 1428          * @param unitLength New value of property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 1429          */
2 26 Feb 07 jari 1430         public void setUnitLength(double unitLength) {
2 26 Feb 07 jari 1431             if(unitLength == ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE){
2 26 Feb 07 jari 1432                 this.unitLength = unitLength;
2 26 Feb 07 jari 1433             }else{
2 26 Feb 07 jari 1434                 this.unitLength = unitLength / 1000000;
2 26 Feb 07 jari 1435             }
2 26 Feb 07 jari 1436         }
2 26 Feb 07 jari 1437         /** Getter for property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 1438          * @return Value of property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 1439          */
2 26 Feb 07 jari 1440         public int getElementWidth() {
2 26 Feb 07 jari 1441             return elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 1442         }
2 26 Feb 07 jari 1443         /** Setter for property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 1444          * @param elementWidth New value of property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 1445          */
2 26 Feb 07 jari 1446         public void setElementWidth(int elementWidth) {
2 26 Feb 07 jari 1447             this.elementWidth = elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 1448         }
2 26 Feb 07 jari 1449         /** Getter for property displayType.
2 26 Feb 07 jari 1450          * @return Value of property displayType.
2 26 Feb 07 jari 1451          */
2 26 Feb 07 jari 1452         public int getDisplayType() {
2 26 Feb 07 jari 1453             return displayType;
2 26 Feb 07 jari 1454         }
2 26 Feb 07 jari 1455         /** Setter for property displayType.
2 26 Feb 07 jari 1456          * @param displayType New value of property displayType.
2 26 Feb 07 jari 1457          */
2 26 Feb 07 jari 1458         public void setDisplayType(int displayType) {
2 26 Feb 07 jari 1459             this.displayType = displayType;
2 26 Feb 07 jari 1460         }
2 26 Feb 07 jari 1461         /** Getter for property circleViewerBackgroundColor.
2 26 Feb 07 jari 1462          * @return Value of property circleViewerBackgroundColor.
2 26 Feb 07 jari 1463          */
2 26 Feb 07 jari 1464         public Color getCircleViewerBackgroundColor() {
2 26 Feb 07 jari 1465             return circleViewerBackgroundColor;
2 26 Feb 07 jari 1466         }
2 26 Feb 07 jari 1467         /** Setter for property circleViewerBackgroundColor.
2 26 Feb 07 jari 1468          * @param circleViewerBackgroundColor New value of property circleViewerBackgroundColor.
2 26 Feb 07 jari 1469          */
2 26 Feb 07 jari 1470         public void setCircleViewerBackgroundColor(java.awt.Color circleViewerBackgroundColor) {
2 26 Feb 07 jari 1471             this.circleViewerBackgroundColor = circleViewerBackgroundColor;
2 26 Feb 07 jari 1472         }
2 26 Feb 07 jari 1473         /** Getter for property displayLabel.
2 26 Feb 07 jari 1474          * @return Value of property displayLabel.
2 26 Feb 07 jari 1475          */
2 26 Feb 07 jari 1476         public int getDisplayLabelType() {
2 26 Feb 07 jari 1477             return displayLabelType;
2 26 Feb 07 jari 1478         }
2 26 Feb 07 jari 1479         /** Setter for property displayLabel.
2 26 Feb 07 jari 1480          * @param displayLabel New value of property displayLabel.
2 26 Feb 07 jari 1481          */
2 26 Feb 07 jari 1482         public void setDisplayLabelType(int displayLabelType) {
2 26 Feb 07 jari 1483             this.displayLabelType = displayLabelType;
2 26 Feb 07 jari 1484         }
2 26 Feb 07 jari 1485     }
2 26 Feb 07 jari 1486     /**
2 26 Feb 07 jari 1487      * Toggles the view of flanking regions
2 26 Feb 07 jari 1488      * @param show
2 26 Feb 07 jari 1489      */
2 26 Feb 07 jari 1490     public void setShowFlankingRegions(boolean show){
2 26 Feb 07 jari 1491         cghDisplayMenu.setShowFlankingRegions(show);
2 26 Feb 07 jari 1492     }
2 26 Feb 07 jari 1493     /**
2 26 Feb 07 jari 1494      * @param elementLength
2 26 Feb 07 jari 1495      */
2 26 Feb 07 jari 1496     public void setCghElementLength(double elementLength){
2 26 Feb 07 jari 1497         cghDisplayMenu.setUnitLength(elementLength);
2 26 Feb 07 jari 1498     }
2 26 Feb 07 jari 1499     /**
2 26 Feb 07 jari 1500      * @param elementWidth
2 26 Feb 07 jari 1501      */
2 26 Feb 07 jari 1502     public void setCghElementWidth(int elementWidth){
2 26 Feb 07 jari 1503         cghDisplayMenu.setElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 1504     }
2 26 Feb 07 jari 1505     /**
2 26 Feb 07 jari 1506      * @param displayType
2 26 Feb 07 jari 1507      */
2 26 Feb 07 jari 1508     public void setCghDisplayType(int displayType){
2 26 Feb 07 jari 1509         cghDisplayMenu.setDisplayType(displayType);
2 26 Feb 07 jari 1510     }
2 26 Feb 07 jari 1511     /**
2 26 Feb 07 jari 1512      * Getter for property cghDisplayMenu.
2 26 Feb 07 jari 1513      * @return Value of property cghDisplayMenu.
2 26 Feb 07 jari 1514      */
2 26 Feb 07 jari 1515     public ICGHDisplayMenu getCghDisplayMenu() {
2 26 Feb 07 jari 1516         return cghDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 1517     }
2 26 Feb 07 jari 1518     /**
2 26 Feb 07 jari 1519      * @param thresh
2 26 Feb 07 jari 1520      */
2 26 Feb 07 jari 1521     public void setAmpThresh(float thresh){
2 26 Feb 07 jari 1522         cghCloneValueMenu.setAmpThresh(thresh);
2 26 Feb 07 jari 1523     }
2 26 Feb 07 jari 1524     /**
2 26 Feb 07 jari 1525      * @param thresh
2 26 Feb 07 jari 1526      */
2 26 Feb 07 jari 1527     public void setDelThresh(float thresh){
2 26 Feb 07 jari 1528         cghCloneValueMenu.setDelThresh(thresh);
2 26 Feb 07 jari 1529     }
2 26 Feb 07 jari 1530     /**
2 26 Feb 07 jari 1531      * @param thresh
2 26 Feb 07 jari 1532      */
2 26 Feb 07 jari 1533     public void setAmpThresh2Copy(float thresh){
2 26 Feb 07 jari 1534         cghCloneValueMenu.setAmpThresh2Copy(thresh);
2 26 Feb 07 jari 1535     }
2 26 Feb 07 jari 1536     /**
2 26 Feb 07 jari 1537      * @param thresh
2 26 Feb 07 jari 1538      */
2 26 Feb 07 jari 1539     public void setDelThresh2Copy(float thresh){
2 26 Feb 07 jari 1540         cghCloneValueMenu.setDelThresh2Copy(thresh);
2 26 Feb 07 jari 1541     }
2 26 Feb 07 jari 1542     public void setCircleViewerBackgroundColor(java.awt.Color circleViewerBackgroundColor) {
2 26 Feb 07 jari 1543         cghDisplayMenu.circleViewerBackgroundColor = circleViewerBackgroundColor;
2 26 Feb 07 jari 1544     }
2 26 Feb 07 jari 1545     /**
2 26 Feb 07 jari 1546      * @return
2 26 Feb 07 jari 1547      */
2 26 Feb 07 jari 1548     public ICGHCloneValueMenu getCloneValueMenu(){
2 26 Feb 07 jari 1549         return cghCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 1550     }
2 26 Feb 07 jari 1551     /** sets the threshold to consider a probe as aberrant is probe
2 26 Feb 07 jari 1552      * distributions are used as the copy determination type
2 26 Feb 07 jari 1553      * @param clonePThresh
2 26 Feb 07 jari 1554      */
2 26 Feb 07 jari 1555     public void setClonePThresh(float clonePThresh){
2 26 Feb 07 jari 1556         this.cghCloneValueMenu.setClonePThresh(clonePThresh);
2 26 Feb 07 jari 1557     }
2 26 Feb 07 jari 1558     /** Sets the method by which to calculate flanking regions
2 26 Feb 07 jari 1559      * @param flankingRegionsType
2 26 Feb 07 jari 1560      */
2 26 Feb 07 jari 1561     public void setFlankingRegionType(int flankingRegionsType){
2 26 Feb 07 jari 1562         this.cghCloneValueMenu.setFlankingRegionType(flankingRegionsType);
2 26 Feb 07 jari 1563     }
2 26 Feb 07 jari 1564     /**
2 26 Feb 07 jari 1565      * @param cloneValueType  */
2 26 Feb 07 jari 1566     public void setCloneValueType(int cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 1567         this.cghCloneValueMenu.setCloneValueType(cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 1568     }
2 26 Feb 07 jari 1569     public void setCghDisplayLabelType(int displayLabelType){
2 26 Feb 07 jari 1570         this.cghDisplayMenu.setDisplayLabelType(displayLabelType);
2 26 Feb 07 jari 1571     }
2 26 Feb 07 jari 1572     /**
2 26 Feb 07 jari 1573      * Raktim CGH CGH Clones Value Menu Init
2 26 Feb 07 jari 1574      * Oct 3, 2005
2 26 Feb 07 jari 1575      * Make separate methods in case we want to give different
2 26 Feb 07 jari 1576      * options for determining clone values under different circumstances
2 26 Feb 07 jari 1577      */
2 26 Feb 07 jari 1578     public void initCloneValuesMenu(/*JMenu cloneValuesMenu, ActionListener listener,*/ boolean hasDyeSwap /*, int cloneValueType, int flankingRegionType*/){
2 26 Feb 07 jari 1579         //cloneValuesMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 1580       JMenu cloneMenu = getJMenu("CloneValues");
2 26 Feb 07 jari 1581       cloneMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 1582       ICGHCloneValueMenu cloneValuesMenu =  getCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 1583       setCloneValueType(TMEV.defaultCloneValue);
2 26 Feb 07 jari 1584       setFlankingRegionType(TMEV.defaultFlankingRegionValue);
2 26 Feb 07 jari 1585         if(hasDyeSwap){
2 26 Feb 07 jari 1586             initCloneValuesMenuDyeSwap(cloneMenu, listener, cloneValuesMenu.getCloneValueType(), cloneValuesMenu.getFlankingRegionType());
2 26 Feb 07 jari 1587         }else{
2 26 Feb 07 jari 1588             initCloneValuesMenuNoDyeSwap(cloneMenu, listener, cloneValuesMenu.getCloneValueType(), cloneValuesMenu.getFlankingRegionType());
2 26 Feb 07 jari 1589         }
2 26 Feb 07 jari 1590     }
2 26 Feb 07 jari 1591     public void initCloneValuesMenu(JMenu cloneValuesMenu, ActionListener listener, boolean hasDyeSwap, int cloneValueType, int flankingRegionType){
2 26 Feb 07 jari 1592         cloneValuesMenu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 1593       if(hasDyeSwap){
2 26 Feb 07 jari 1594             initCloneValuesMenuDyeSwap(cloneValuesMenu, listener, cloneValueType, flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 1595         }else{
2 26 Feb 07 jari 1596             initCloneValuesMenuNoDyeSwap(cloneValuesMenu, listener, cloneValueType, flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 1597         }
2 26 Feb 07 jari 1598     }
2 26 Feb 07 jari 1599     /**
2 26 Feb 07 jari 1600      * boolean isRatioOnly, boolean log2RatioOnly, boolean cloneDist
2 26 Feb 07 jari 1601      */
2 26 Feb 07 jari 1602     public void initCloneValuesMenuDyeSwap(JMenu cloneValuesMenu, ActionListener listener, int cloneValueType, int flankingRegionType){
2 26 Feb 07 jari 1603         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1604         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Clone Ratio Threshold", ActionManager.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION));
2 26 Feb 07 jari 1605         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Log Invert Average", ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED));
2 26 Feb 07 jari 1606         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Log Clone Distribution", ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1607         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Ratio Threshold or Clone Distribution", ActionManager.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1608         cloneValuesMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1609         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1610         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Flanking Regions By Threshold", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD));
2 26 Feb 07 jari 1611         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Flanking Regions By Clone Distribution", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1612         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Threshold or Clone Distribution", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1613         cloneValuesMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1614         cloneValuesMenu.add(createJMenuItem("Clone P Threshold", ActionManager.CLONE_P_THRESH, listener));
2 26 Feb 07 jari 1615         cloneValuesMenu.add(createJMenuItem("Set Thresholds", ActionManager.CGH_SET_THRESHOLDS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1616     }
2 26 Feb 07 jari 1617     public void initCloneValuesMenuNoDyeSwap(JMenu cloneValuesMenu, ActionListener listener, int cloneValueType, int flankingRegionType){
2 26 Feb 07 jari 1618         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1619         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Clone Ratio Threshold", ActionManager.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION));
2 26 Feb 07 jari 1620         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Log Value", ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED));
2 26 Feb 07 jari 1621         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Log Clone Distribution", ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1622         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Ratio Threshold or Clone Distribution", ActionManager.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, cloneValueType == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1623         cloneValuesMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1624         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1625         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Flanking Regions By Threshold", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD));
2 26 Feb 07 jari 1626         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Flanking Regions By Clone Distribution", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1627         cloneValuesMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Threshold or Clone Distribution", ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION, listener, buttonGroup, flankingRegionType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION));
2 26 Feb 07 jari 1628         cloneValuesMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1629         cloneValuesMenu.add(createJMenuItem("Clone P Threshold", ActionManager.CLONE_P_THRESH, listener));
2 26 Feb 07 jari 1630         cloneValuesMenu.add(createJMenuItem("Set Thresholds", ActionManager.CGH_SET_THRESHOLDS, listener));
2 26 Feb 07 jari 1631     }
2 26 Feb 07 jari 1632     /**
2 26 Feb 07 jari 1633      * Raktim CGH Dsiplay Menu
2 26 Feb 07 jari 1634      * A class to maintain state for CGH Clones Menu
2 26 Feb 07 jari 1635      */
2 26 Feb 07 jari 1636     protected class CGHCloneValueMenu implements ICGHCloneValueMenu {
2 26 Feb 07 jari 1637         //private int cloneValueType = ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION;
2 26 Feb 07 jari 1638         //private int flankingRegionType = ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD;
2 26 Feb 07 jari 1639         /**
2 26 Feb 07 jari 1640          * The following 2 statements needs to be revisited
2 26 Feb 07 jari 1641          */
2 26 Feb 07 jari 1642         private int cloneValueType = TMEV.defaultCloneValue;
2 26 Feb 07 jari 1643         private int flankingRegionType = TMEV.defaultFlankingRegionValue;
2 26 Feb 07 jari 1644         /**
2 26 Feb 07 jari 1645          * Old thresold defaults based on unlogged ratio
2 26 Feb 07 jari 1646         private float ampThresh = 1.2f;
2 26 Feb 07 jari 1647         private float delThresh = .8f;
2 26 Feb 07 jari 1648         private float ampThresh2Copy = 2.0f;
2 26 Feb 07 jari 1649         private float delThresh2Copy = .3f;
2 26 Feb 07 jari 1650         */
2 26 Feb 07 jari 1651         /**
2 26 Feb 07 jari 1652          * New CGH threshold based on log2 ratio cuttoffs
2 26 Feb 07 jari 1653          * Raktim Nov 21, 2005
2 26 Feb 07 jari 1654          */
2 26 Feb 07 jari 1655         private float ampThresh = 0.8f;
2 26 Feb 07 jari 1656         private float delThresh = -0.8f;
2 26 Feb 07 jari 1657         private float ampThresh2Copy = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 1658         private float delThresh2Copy = -1.0f;
2 26 Feb 07 jari 1659         private float clonePThresh = .85f;
2 26 Feb 07 jari 1660         public CGHCloneValueMenu(){  }
2 26 Feb 07 jari 1661         /**
2 26 Feb 07 jari 1662          * @return  */
2 26 Feb 07 jari 1663         public int getCloneValueType() {
2 26 Feb 07 jari 1664             return this.cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 1665         }
2 26 Feb 07 jari 1666         /**
2 26 Feb 07 jari 1667          * @param cloneValueType  */
2 26 Feb 07 jari 1668         public void setCloneValueType(int cloneValueType) {
2 26 Feb 07 jari 1669             this.cloneValueType = cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 1670         }
2 26 Feb 07 jari 1671         /**
2 26 Feb 07 jari 1672          * @return  */
2 26 Feb 07 jari 1673         public float getClonePThresh() {
2 26 Feb 07 jari 1674             return this.clonePThresh;
2 26 Feb 07 jari 1675         }
2 26 Feb 07 jari 1676         /**
2 26 Feb 07 jari 1677          * @param clonePThresh  */
2 26 Feb 07 jari 1678         public void setClonePThresh(float clonePThresh){
2 26 Feb 07 jari 1679             this.clonePThresh = clonePThresh;
2 26 Feb 07 jari 1680         }
2 26 Feb 07 jari 1681         /** Getter for property ampThresh.
2 26 Feb 07 jari 1682          * @return Value of property ampThresh.
2 26 Feb 07 jari 1683          */
2 26 Feb 07 jari 1684         public float getAmpThresh() {
2 26 Feb 07 jari 1685             return ampThresh;
2 26 Feb 07 jari 1686         }
2 26 Feb 07 jari 1687         /** Setter for property ampThresh.
2 26 Feb 07 jari 1688          * @param ampThresh New value of property ampThresh.
2 26 Feb 07 jari 1689          */
2 26 Feb 07 jari 1690         public void setAmpThresh(float ampThresh) {
2 26 Feb 07 jari 1691             this.ampThresh = ampThresh;
2 26 Feb 07 jari 1692         }
2 26 Feb 07 jari 1693         /** Getter for property delThresh.
2 26 Feb 07 jari 1694          * @return Value of property delThresh.
2 26 Feb 07 jari 1695          */
2 26 Feb 07 jari 1696         public float getDelThresh() {
2 26 Feb 07 jari 1697             return delThresh;
2 26 Feb 07 jari 1698         }
2 26 Feb 07 jari 1699         /** Setter for property delThresh.
2 26 Feb 07 jari 1700          * @param delThresh New value of property delThresh.
2 26 Feb 07 jari 1701          */
2 26 Feb 07 jari 1702         public void setDelThresh(float delThresh) {
2 26 Feb 07 jari 1703             this.delThresh = delThresh;
2 26 Feb 07 jari 1704         }
2 26 Feb 07 jari 1705         /** Getter for property ampThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1706          * @return Value of property ampThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1707          */
2 26 Feb 07 jari 1708         public float getAmpThresh2Copy() {
2 26 Feb 07 jari 1709             return ampThresh2Copy;
2 26 Feb 07 jari 1710         }
2 26 Feb 07 jari 1711         /** Setter for property ampThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1712          * @param ampThresh2Copy New value of property ampThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1713          */
2 26 Feb 07 jari 1714         public void setAmpThresh2Copy(float ampThresh2Copy) {
2 26 Feb 07 jari 1715             this.ampThresh2Copy = ampThresh2Copy;
2 26 Feb 07 jari 1716         }
2 26 Feb 07 jari 1717         /** Getter for property delThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1718          * @return Value of property delThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1719          */
2 26 Feb 07 jari 1720         public float getDelThresh2Copy() {
2 26 Feb 07 jari 1721             return delThresh2Copy;
2 26 Feb 07 jari 1722         }
2 26 Feb 07 jari 1723         /** Setter for property delThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1724          * @param delThresh2Copy New value of property delThresh2Copy.
2 26 Feb 07 jari 1725          */
2 26 Feb 07 jari 1726         public void setDelThresh2Copy(float delThresh2Copy) {
2 26 Feb 07 jari 1727             this.delThresh2Copy = delThresh2Copy;
2 26 Feb 07 jari 1728         }
2 26 Feb 07 jari 1729         /** Getter for property flankingRegionType.
2 26 Feb 07 jari 1730          * @return Value of property flankingRegionType.
2 26 Feb 07 jari 1731          */
2 26 Feb 07 jari 1732         public int getFlankingRegionType() {
2 26 Feb 07 jari 1733             return flankingRegionType;
2 26 Feb 07 jari 1734         }
2 26 Feb 07 jari 1735         /** Setter for property flankingRegionType.
2 26 Feb 07 jari 1736          * @param flankingRegionType New value of property flankingRegionType.
2 26 Feb 07 jari 1737          */
2 26 Feb 07 jari 1738         public void setFlankingRegionType(int flankingRegionType) {
2 26 Feb 07 jari 1739             this.flankingRegionType = flankingRegionType;
2 26 Feb 07 jari 1740         }
2 26 Feb 07 jari 1741     }
2 26 Feb 07 jari 1742 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)