mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/MultipleArrayViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7 24 Aug 07 jari 1 // $Id$
7 24 Aug 07 jari 2
2 26 Feb 07 jari 3 /*
2 26 Feb 07 jari 4 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 5 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 6  */
2 26 Feb 07 jari 7 /*
2 26 Feb 07 jari 8  * $RCSfile: MultipleArrayViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Revision: 1.48 $
2 26 Feb 07 jari 10  * $Date: 2006/08/22 18:12:08 $
2 26 Feb 07 jari 11  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 12  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 13  */
2 26 Feb 07 jari 14 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Cursor;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.Point;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 35 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 36 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 37 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 38 import java.awt.event.WindowListener;
2 26 Feb 07 jari 39 import java.awt.geom.AffineTransform;
2 26 Feb 07 jari 40 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 41 import java.awt.print.PageFormat;
2 26 Feb 07 jari 42 import java.awt.print.Printable;
2 26 Feb 07 jari 43 import java.awt.print.PrinterException;
2 26 Feb 07 jari 44 import java.awt.print.PrinterJob;
2 26 Feb 07 jari 45 import java.io.DataInputStream;
2 26 Feb 07 jari 46 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 47 import java.io.FileInputStream;
2 26 Feb 07 jari 48 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 49 import java.io.*;
2 26 Feb 07 jari 50 import java.text.DateFormat;
2 26 Feb 07 jari 51 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 52 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 53 import java.util.Date;
2 26 Feb 07 jari 54 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 55 import java.util.EventObject;
2 26 Feb 07 jari 56 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 57 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 58 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 59 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 60 import java.util.TimeZone;
2 26 Feb 07 jari 61 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63 import javax.media.jai.JAI;
2 26 Feb 07 jari 64 import javax.swing.AbstractButton;
2 26 Feb 07 jari 65 import javax.swing.Action;
2 26 Feb 07 jari 66 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 67 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 68 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 69 import javax.swing.JDialog;
2 26 Feb 07 jari 70 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 71 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 72 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 73 import javax.swing.JMenuBar;
2 26 Feb 07 jari 74 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 75 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 76 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 77 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 78 import javax.swing.JScrollBar;
2 26 Feb 07 jari 79 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 80 import javax.swing.JSplitPane;
2 26 Feb 07 jari 81 import javax.swing.JTree;
2 26 Feb 07 jari 82 import javax.swing.JViewport;
2 26 Feb 07 jari 83 import javax.swing.KeyStroke;
2 26 Feb 07 jari 84 import javax.swing.ToolTipManager;
2 26 Feb 07 jari 85 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
2 26 Feb 07 jari 86 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 87 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 88 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
2 26 Feb 07 jari 89 import javax.swing.tree.TreeNode;
2 26 Feb 07 jari 90 import javax.swing.tree.TreePath;
2 26 Feb 07 jari 91 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93 import org.tigr.microarray.file.AnnFileParser;
2 26 Feb 07 jari 94 import org.tigr.microarray.mev.action.ActionManager;
2 26 Feb 07 jari 95 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.CGHAlgorithmFactory;
2 26 Feb 07 jari 96 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.AlterationsComparator.CompareExperiments;
2 26 Feb 07 jari 97 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.NumberOfAlterations.NumberOfAlterationsCalculator;
2 26 Feb 07 jari 98 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.NumberOfAlterations.GeneAlterations.LoadGeneList;
2 26 Feb 07 jari 99 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.NumberOfAlterations.GeneAlterations.GeneAmplifications;
2 26 Feb 07 jari 100 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.NumberOfAlterations.GeneAlterations.GeneDeletions;
2 26 Feb 07 jari 101 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataGenerator.FlankingRegionCalculator;
2 26 Feb 07 jari 102 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHAnnotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 103 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHChartDataModel;
2 26 Feb 07 jari 104 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHChartDataModelDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 105 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHChartDataModelNoDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 106 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHCircleViewerModel;
2 26 Feb 07 jari 107 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHPositionGraphDataModel;
2 26 Feb 07 jari 108 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHTableDataModel;
2 26 Feb 07 jari 109 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHTableDataModelDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 110 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHTableDataModelNoDyeSwap;
2 26 Feb 07 jari 111 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 112 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.AlterationRegion;
2 26 Feb 07 jari 113 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHDataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 114 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CytoBands;
2 26 Feb 07 jari 115 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.DataRegionGeneData;
2 26 Feb 07 jari 116 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.GeneDataSet;
2 26 Feb 07 jari 117 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.ICGHDataRegion;
2 26 Feb 07 jari 118 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHDataValuesDisplay;
2 26 Feb 07 jari 119 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHDisplayOrderChanger;
2 26 Feb 07 jari 120 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHThresholdSetter;
2 26 Feb 07 jari 121 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.AlgorithmResultsViewers.NumberOfAlterationsViewers.NumberOfAlterationsViewer;
2 26 Feb 07 jari 122 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.AlgorithmResultsViewers.NumberOfAlterationsViewers.NumberOfDeletionsAmpilficationsDataModel;
2 26 Feb 07 jari 123 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHBrowser.CGHBrowser;
2 26 Feb 07 jari 124 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHCircleViewer.CGHCircleViewerPanel;
2 26 Feb 07 jari 125 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph.CGHPositionGraphCombinedHeader;
2 26 Feb 07 jari 126 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph.CGHPositionGraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 127 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.GuiUtil.GuiUtil;
2 26 Feb 07 jari 128 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.GuiUtil.SingleValueSelectorDialog;
2 26 Feb 07 jari 129 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHListenerObj.ICGHListener;
2 26 Feb 07 jari 130 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHListenerObj.IDataRegionSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 131 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHUtil.CGHUtility;
2 26 Feb 07 jari 132 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AbortException;
2 26 Feb 07 jari 133 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 134 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 135 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmFactory;
2 26 Feb 07 jari 136 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 137 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 138 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterAttributesDialog;
2 26 Feb 07 jari 139 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 140 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterTable;
2 26 Feb 07 jari 141 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 142 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 143 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 144 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHViewer;
2 26 Feb 07 jari 145 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 146 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 147 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 148 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 149 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 150 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 151 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 152 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 153 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 154 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 155 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.TextViewer;
2 26 Feb 07 jari 156 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.HTMLMessageFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 157 import org.tigr.microarray.mev.file.AnnFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 158 import org.tigr.microarray.mev.file.CGHStanfordFileLoader;
2 26 Feb 07 jari 159 import org.tigr.microarray.mev.GenePixCutoffDialog;
2 26 Feb 07 jari 160
2 26 Feb 07 jari 161 import org.tigr.microarray.mev.file.SuperExpressionFileLoader;
2 26 Feb 07 jari 162 import org.tigr.microarray.mev.r.Rama;
2 26 Feb 07 jari 163 import org.tigr.microarray.mev.script.ScriptManager;
2 26 Feb 07 jari 164 import org.tigr.microarray.util.awt.ColorSchemeSelectionDialog;
2 26 Feb 07 jari 165 import org.tigr.microarray.util.awt.SetElementSizeDialog;
2 26 Feb 07 jari 166 import org.tigr.microarray.util.awt.SetSlideFilenameDialog;
2 26 Feb 07 jari 167 import org.tigr.util.BrowserLauncher;
2 26 Feb 07 jari 168 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 169 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 170 import org.tigr.util.swing.BMPFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 171 import org.tigr.util.swing.ImageFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 172 import org.tigr.util.swing.JPGFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 173 import org.tigr.util.swing.PNGFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 174 import org.tigr.util.swing.TIFFFileFilter;
2 26 Feb 07 jari 175
2 26 Feb 07 jari 176 //EH
2 26 Feb 07 jari 177 import java.beans.*;
2 26 Feb 07 jari 178 import java.util.zip.ZipEntry;
2 26 Feb 07 jari 179 import java.util.zip.ZipFile;
2 26 Feb 07 jari 180 import java.util.zip.ZipInputStream;
2 26 Feb 07 jari 181 import java.util.zip.ZipOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 182 import org.tigr.microarray.mev.persistence.*;
2 26 Feb 07 jari 183
2 26 Feb 07 jari 184 import com.sun.media.jai.codec.ImageEncodeParam;
2 26 Feb 07 jari 185
2 26 Feb 07 jari 186 public class MultipleArrayViewer extends ArrayViewer implements Printable {
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     private MultipleArrayMenubar menubar;
2 26 Feb 07 jari 189     private MultipleArrayToolbar toolbar;
2 26 Feb 07 jari 190     private JSplitPane splitPane;
2 26 Feb 07 jari 191     private JScrollPane viewScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 192     private JLabel statusLabel;
2 26 Feb 07 jari 193     // the tree and special nodes and scroll pane
2 26 Feb 07 jari 194     private JScrollPane treeScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 195     private ResultTree tree;
2 26 Feb 07 jari 196     private DefaultMutableTreeNode mainViewerNode;
2 26 Feb 07 jari 197     private DefaultMutableTreeNode clusterNode;
2 26 Feb 07 jari 198     private DefaultMutableTreeNode analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 199     private DefaultMutableTreeNode scriptNode;
2 26 Feb 07 jari 200     private DefaultMutableTreeNode historyNode;
2 26 Feb 07 jari 201     // current viewer
2 26 Feb 07 jari 202     private IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 203     // callback reference
2 26 Feb 07 jari 204     private IFramework framework = new FrameworkImpl();
2 26 Feb 07 jari 205     // features data
2 26 Feb 07 jari 206     private MultipleArrayData data = new MultipleArrayData();
2 26 Feb 07 jari 207     private float sortedValues[];
2 26 Feb 07 jari 208     //Action Manager
2 26 Feb 07 jari 209     private ActionManager manager;
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     private int resultCount = 1;
2 26 Feb 07 jari 212     private boolean auto_scale=false;
2 26 Feb 07 jari 213     private ClusterRepository geneClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 214     private ClusterRepository experimentClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 215     private ClusterTable geneClusterManager;
2 26 Feb 07 jari 216     private ClusterTable experimentClusterManager;
2 26 Feb 07 jari 217     private ScriptManager scriptManager;
2 26 Feb 07 jari 218     private HistoryViewer historyLog;
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     private File currentAnalysisFile;
2 26 Feb 07 jari 221     private boolean modifiedResult = false;
2 26 Feb 07 jari 222     /* Raktim, CGH Model for Cytoband */
2 26 Feb 07 jari 223     private CytoBandsModel cytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 224         //EH state-saving
2 26 Feb 07 jari 225     XMLDecoder ois;
2 26 Feb 07 jari 226   DataInputStream dis;
2 26 Feb 07 jari 227   boolean keepRunning;
2 26 Feb 07 jari 228   StateSavingProgressPanel progressPanel;
2 26 Feb 07 jari 229   SessionMetaData smd;
2 26 Feb 07 jari 230   
2 26 Feb 07 jari 231   public static String CURRENT_TEMP_DIR = "mev_temp";
2 26 Feb 07 jari 232     
2 26 Feb 07 jari 233     /**
2 26 Feb 07 jari 234      * Construct a <code>MultipleArrayViewer</code> with default title,
2 26 Feb 07 jari 235      * creates menu and tool bars from new instance of action manager,
2 26 Feb 07 jari 236      * creates the navigation tree and the scroll pane to be used to display
2 26 Feb 07 jari 237      * a calculation result, creates a status bar.
2 26 Feb 07 jari 238      */
2 26 Feb 07 jari 239     public MultipleArrayViewer() {
2 26 Feb 07 jari 240         super(new JFrame("Multiple Array Viewer"));
2 26 Feb 07 jari 241         
2 26 Feb 07 jari 242         initSessionMetaData();
2 26 Feb 07 jari 243         
2 26 Feb 07 jari 244         // listener
2 26 Feb 07 jari 245         EventListener eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 246         mainframe.addWindowListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 247 //        manager = new ActionManager(eventListener, TMEV.getFieldNames(), TMEV.getGUIFactory());
2 26 Feb 07 jari 248         //EH
2 26 Feb 07 jari 249         /*
2 26 Feb 07 jari 250         * 06/27/05 moved FieldNames out of TMEV, so replacing 
2 26 Feb 07 jari 251         * the argument with empty string array
2 26 Feb 07 jari 252         * The actionmanager should be recreated by MultipleArrayData when data is loaded
2 26 Feb 07 jari 253         * Field names should be given to that new manager.  
2 26 Feb 07 jari 254         * manager = new ActionManager(eventListener, TMEV.getFieldNames(), TMEV.getGUIFactory());
2 26 Feb 07 jari 255         */
2 26 Feb 07 jari 256         manager = new ActionManager(eventListener, new String[0], TMEV.getGUIFactory());
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         menubar = new MultipleArrayMenubar(manager);
2 26 Feb 07 jari 259               
2 26 Feb 07 jari 260         mainframe.setJMenuBar(menubar);
2 26 Feb 07 jari 261         
2 26 Feb 07 jari 262         toolbar = new MultipleArrayToolbar(manager);
2 26 Feb 07 jari 263         mainframe.getContentPane().add(toolbar, BorderLayout.NORTH);
2 26 Feb 07 jari 264         
2 26 Feb 07 jari 265         viewScrollPane = createViewScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 266         viewScrollPane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 267         
2 26 Feb 07 jari 268         treeScrollPane = createTreeScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 269         
2 26 Feb 07 jari 270         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT, treeScrollPane, viewScrollPane);
2 26 Feb 07 jari 271         splitPane.setOneTouchExpandable(true);
2 26 Feb 07 jari 272         mainframe.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 273         
2 26 Feb 07 jari 274         statusLabel = new JLabel("MultiExperiment Viewer");
2 26 Feb 07 jari 275         mainframe.getContentPane().add(statusLabel, BorderLayout.SOUTH);
2 26 Feb 07 jari 276         mainframe.pack();
2 26 Feb 07 jari 277         splitPane.setDividerLocation(150);
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         systemDisable(TMEV.DB_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 280         systemDisable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 281     }
2 26 Feb 07 jari 282     
2 26 Feb 07 jari 283     
2 26 Feb 07 jari 284     /**
2 26 Feb 07 jari 285      * Construct a <code>MultipleArrayViewer</code> with default title,
2 26 Feb 07 jari 286      * creates menu and tool bars from new instance of action manager,
2 26 Feb 07 jari 287      * creates the navigation tree and the scroll pane to be used to display
2 26 Feb 07 jari 288      * a calculation result, creates a status bar.
2 26 Feb 07 jari 289      */
2 26 Feb 07 jari 290     public MultipleArrayViewer(MultipleArrayData arrayData) {
2 26 Feb 07 jari 291         super(new JFrame("Multiple Array Viewer"));
2 26 Feb 07 jari 292         //EH
2 26 Feb 07 jari 293         initSessionMetaData();
2 26 Feb 07 jari 294         
2 26 Feb 07 jari 295         // listener
2 26 Feb 07 jari 296         EventListener eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 297         mainframe.addWindowListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 298         manager = new ActionManager(eventListener, arrayData.getFieldNames(), TMEV.getGUIFactory());
2 26 Feb 07 jari 299         
2 26 Feb 07 jari 300         data = arrayData;
2 26 Feb 07 jari 301         
2 26 Feb 07 jari 302         menubar = new MultipleArrayMenubar(manager);
2 26 Feb 07 jari 303         
2 26 Feb 07 jari 304         //jcb 7/10/06 the Manager constructor takes care of adding field names
2 26 Feb 07 jari 305         //arrayData now has field names but don't add them again
2 26 Feb 07 jari 306         //menubar.addLabelMenuItems(arrayData.getFieldNames());       
2 26 Feb 07 jari 307        
2 26 Feb 07 jari 308         //menubar.addLabelMenuItems(arrayData.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 309        
2 26 Feb 07 jari 310         //need to populate the experiment label menu items
2 26 Feb 07 jari 311         menubar.addExperimentLabelMenuItems(arrayData.getSlideNameKeyVectorUnion());
2 26 Feb 07 jari 312               
2 26 Feb 07 jari 313         mainframe.setJMenuBar(menubar);
2 26 Feb 07 jari 314         
2 26 Feb 07 jari 315         toolbar = new MultipleArrayToolbar(manager);
2 26 Feb 07 jari 316         mainframe.getContentPane().add(toolbar, BorderLayout.NORTH);
2 26 Feb 07 jari 317         
2 26 Feb 07 jari 318         viewScrollPane = createViewScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 319         viewScrollPane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 320         
2 26 Feb 07 jari 321         treeScrollPane = createTreeScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 322         
2 26 Feb 07 jari 323         //have the main scroll pane
2 26 Feb 07 jari 324         ((MultipleArrayCanvas)this.viewer).addSortMenuItems(arrayData.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 325          
2 26 Feb 07 jari 326         //Add the time stamp node
2 26 Feb 07 jari 327         Date date = new Date(System.currentTimeMillis());
2 26 Feb 07 jari 328         DateFormat format = DateFormat.getDateTimeInstance();
2 26 Feb 07 jari 329         format.setTimeZone(TimeZone.getDefault());
2 26 Feb 07 jari 330         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(format.format(date));
2 26 Feb 07 jari 331         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 332         treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, analysisNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 333         
2 26 Feb 07 jari 334         setNormalizedState(arrayData.getNormalizationState());
2 26 Feb 07 jari 335         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT, treeScrollPane, viewScrollPane);
2 26 Feb 07 jari 336         splitPane.setOneTouchExpandable(true);
2 26 Feb 07 jari 337         mainframe.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 338         
2 26 Feb 07 jari 339         statusLabel = new JLabel("MultiExperiment Viewer");
2 26 Feb 07 jari 340         mainframe.getContentPane().add(statusLabel, BorderLayout.SOUTH);
2 26 Feb 07 jari 341         mainframe.pack();
2 26 Feb 07 jari 342         splitPane.setDividerLocation(150);
2 26 Feb 07 jari 343
2 26 Feb 07 jari 344         if (data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY || data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 345             this.menubar.enableNormalizationMenu(false);
2 26 Feb 07 jari 346         }        
2 26 Feb 07 jari 347         
2 26 Feb 07 jari 348         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 349         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 350         
2 26 Feb 07 jari 351         //systemDisable(TMEV.DB_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 352         //systemDisable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 353     }
2 26 Feb 07 jari 354     
2 26 Feb 07 jari 355     /**
2 26 Feb 07 jari 356      * Construct a <code>MultipleArrayViewer</code> with default title,
2 26 Feb 07 jari 357      * creates menu and tool bars from new instance of action manager,
2 26 Feb 07 jari 358      * creates the navigation tree and the scroll pane to be used to display
2 26 Feb 07 jari 359      * a calculation result, creates a status bar.  Uses passed MultipleArrayMenubar
2 26 Feb 07 jari 360      * to dictate initial settings.
2 26 Feb 07 jari 361      */
2 26 Feb 07 jari 362     public MultipleArrayViewer(MultipleArrayData arrayData, MultipleArrayMenubar origMenubar) {
2 26 Feb 07 jari 363         super(new JFrame("Multiple Array Viewer"));
2 26 Feb 07 jari 364  
2 26 Feb 07 jari 365         //EH
2 26 Feb 07 jari 366         initSessionMetaData();
2 26 Feb 07 jari 367         
2 26 Feb 07 jari 368         // listener
2 26 Feb 07 jari 369         EventListener eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 370         mainframe.addWindowListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 371         manager = new ActionManager(eventListener, arrayData.getFieldNames(), TMEV.getGUIFactory());
2 26 Feb 07 jari 372         
2 26 Feb 07 jari 373         data = arrayData;
2 26 Feb 07 jari 374         
2 26 Feb 07 jari 375         menubar = new MultipleArrayMenubar(origMenubar, manager);
2 26 Feb 07 jari 376         
2 26 Feb 07 jari 377         //jcb 7/10/06 the Manager constructor takes care of adding field names
2 26 Feb 07 jari 378         //arrayData now has field names but don't add them again
2 26 Feb 07 jari 379         //menubar.addLabelMenuItems(arrayData.getFieldNames());       
2 26 Feb 07 jari 380
2 26 Feb 07 jari 381         menubar.synchronizeSettings(origMenubar);
2 26 Feb 07 jari 382         
2 26 Feb 07 jari 383         //need to populate the experiment label menu items
2 26 Feb 07 jari 384         menubar.addExperimentLabelMenuItems(arrayData.getSlideNameKeyVectorUnion());
2 26 Feb 07 jari 385        
2 26 Feb 07 jari 386         mainframe.setJMenuBar(menubar);
2 26 Feb 07 jari 387         
2 26 Feb 07 jari 388         toolbar = new MultipleArrayToolbar(manager);
2 26 Feb 07 jari 389         mainframe.getContentPane().add(toolbar, BorderLayout.NORTH);
2 26 Feb 07 jari 390         
2 26 Feb 07 jari 391         viewScrollPane = createViewScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 392         viewScrollPane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 393         
2 26 Feb 07 jari 394         treeScrollPane = createTreeScrollPane(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 395
2 26 Feb 07 jari 396         //have the main scroll pane
2 26 Feb 07 jari 397         ((MultipleArrayCanvas)this.viewer).addSortMenuItems(arrayData.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 398           
2 26 Feb 07 jari 399         //Add the time stamp node
2 26 Feb 07 jari 400         Date date = new Date(System.currentTimeMillis());
2 26 Feb 07 jari 401         DateFormat format = DateFormat.getDateTimeInstance();
2 26 Feb 07 jari 402         format.setTimeZone(TimeZone.getDefault());
2 26 Feb 07 jari 403         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(format.format(date));
2 26 Feb 07 jari 404         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 405         treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, analysisNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 406         
2 26 Feb 07 jari 407         //set IData as primary and selected
2 26 Feb 07 jari 408         data.setUseMainData(true);
2 26 Feb 07 jari 409         ((LeafInfo)(mainViewerNode.getUserObject())).setSelectedDataSource(true);
2 26 Feb 07 jari 410         //record main data as source      
2 26 Feb 07 jari 411         createDataSelectionNode((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0)), data.getExperiment(), data.getExperiment().getNumberOfGenes(), Cluster.GENE_CLUSTER);              
2 26 Feb 07 jari 412         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 413         
2 26 Feb 07 jari 414         
2 26 Feb 07 jari 415         setNormalizedState(arrayData.getNormalizationState());
2 26 Feb 07 jari 416         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT, treeScrollPane, viewScrollPane);
2 26 Feb 07 jari 417         splitPane.setOneTouchExpandable(true);
2 26 Feb 07 jari 418         mainframe.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         statusLabel = new JLabel("MultiExperiment Viewer");
2 26 Feb 07 jari 421         mainframe.getContentPane().add(statusLabel, BorderLayout.SOUTH);
2 26 Feb 07 jari 422         mainframe.pack();
2 26 Feb 07 jari 423         splitPane.setDividerLocation(150);
2 26 Feb 07 jari 424
2 26 Feb 07 jari 425         if (data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY || data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 426             this.menubar.enableNormalizationMenu(false);
2 26 Feb 07 jari 427         }
2 26 Feb 07 jari 428           
2 26 Feb 07 jari 429         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 430         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 431         
2 26 Feb 07 jari 432         //systemDisable(TMEV.DB_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 433         //systemDisable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 434     }
2 26 Feb 07 jari 435    
2 26 Feb 07 jari 436     /**
2 26 Feb 07 jari 437      * Sets toolbar and menubar states.
2 26 Feb 07 jari 438      */
2 26 Feb 07 jari 439     public void systemDisable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 440         menubar.systemDisable(state);
2 26 Feb 07 jari 441         toolbar.systemDisable(state);
2 26 Feb 07 jari 442     }
2 26 Feb 07 jari 443     
2 26 Feb 07 jari 444     /**
2 26 Feb 07 jari 445      * Sets toolbar and menubar states.
2 26 Feb 07 jari 446      */
2 26 Feb 07 jari 447     public void systemEnable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 448         menubar.systemEnable(state);
2 26 Feb 07 jari 449         toolbar.systemEnable(state);
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451     
2 26 Feb 07 jari 452     /**
2 26 Feb 07 jari 453      * Returns a reference to an instance of algorithm factory.
2 26 Feb 07 jari 454      */
2 26 Feb 07 jari 455     public AlgorithmFactory getAlgorithmFactory() {
2 26 Feb 07 jari 456         return TMEV.getAlgorithmFactory();
2 26 Feb 07 jari 457     }
2 26 Feb 07 jari 458     
2 26 Feb 07 jari 459     /**
2 26 Feb 07 jari 460      * Returns a reference to an instance of microarrays data.
2 26 Feb 07 jari 461      */
2 26 Feb 07 jari 462     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 463         return data;
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465     
2 26 Feb 07 jari 466     /**
2 26 Feb 07 jari 467      * Runs a single array viewer for specified column.
2 26 Feb 07 jari 468      */
2 26 Feb 07 jari 469     private void displaySingleArrayViewer(int column) {
2 26 Feb 07 jari 470         Manager.createNewSingleArrayViewer(data.getFeature(column));
2 26 Feb 07 jari 471     }
2 26 Feb 07 jari 472     
2 26 Feb 07 jari 473     /**
2 26 Feb 07 jari 474      * Runs a slide element info dialog for a specified spot.
2 26 Feb 07 jari 475      */
2 26 Feb 07 jari 476     private void displaySlideElementInfo(int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 477         Manager.displaySlideElementInfo(mainframe, data, column, row);
2 26 Feb 07 jari 478     }
2 26 Feb 07 jari 479     
2 26 Feb 07 jari 480     /*********************************************
2 26 Feb 07 jari 481      *  This section of code defines methods to save the state of MeV
2 26 Feb 07 jari 482      *  to file.
2 26 Feb 07 jari 483      *
2 26 Feb 07 jari 484      *  Process:
2 26 Feb 07 jari 485      *
2 26 Feb 07 jari 486      *  -Save a time stamp
2 26 Feb 07 jari 487      *  -Save MultipleArrayData
2 26 Feb 07 jari 488      *  -Save Analysis Counter
2 26 Feb 07 jari 489      *  -Save the Analysis Node via ResultTree
2 26 Feb 07 jari 490      *  -Save the ClusterRepositories
2 26 Feb 07 jari 491      *  -Save the History Node via ResultTree
2 26 Feb 07 jari 492      *
2 26 Feb 07 jari 493      */
2 26 Feb 07 jari 494     public void saveAnalysisAs() {
2 26 Feb 07 jari 495         try {
2 26 Feb 07 jari 496             
2 26 Feb 07 jari 497             String dataPath = TMEV.getDataPath();
2 26 Feb 07 jari 498             File fileLoc = TMEV.getFile("data/"); 
2 26 Feb 07 jari 499             // if the data path is null go to default, if not null and not exist then to to default
2 26 Feb 07 jari 500             // else use the dataPath
2 26 Feb 07 jari 501             if(dataPath != null) {
2 26 Feb 07 jari 502                 fileLoc = new File(dataPath);
2 26 Feb 07 jari 503                 if(!fileLoc.exists()) {
2 26 Feb 07 jari 504                     fileLoc = TMEV.getFile("data/");
2 26 Feb 07 jari 505                 }
2 26 Feb 07 jari 506             }
2 26 Feb 07 jari 507             final JFileChooser chooser = new JFileChooser(fileLoc);
2 26 Feb 07 jari 508             chooser.setFileView(new AnalysisFileView());
2 26 Feb 07 jari 509             chooser.setFileFilter(new AnalysisFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 510             chooser.setApproveButtonText("Save");
2 26 Feb 07 jari 511             JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 512             
2 26 Feb 07 jari 513             final javax.swing.JDialog dialog = new javax.swing.JDialog(getFrame(), "Save Dialog", true);
2 26 Feb 07 jari 514             
2 26 Feb 07 jari 515             chooser.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 516                 public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 517                     String cmd = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 518                     if(cmd.equals(JFileChooser.APPROVE_SELECTION)) {
2 26 Feb 07 jari 519                         File file = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 520                         dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 521                         try {
2 26 Feb 07 jari 522                             AnalysisFileFilter filter = new AnalysisFileFilter();
2 26 Feb 07 jari 523                             String ext = filter.getExtension(file);
2 26 Feb 07 jari 524                             
2 26 Feb 07 jari 525                             if(ext == null)
2 26 Feb 07 jari 526                                 file = new File(file.getPath() + ".anl");
2 26 Feb 07 jari 527                             
2 26 Feb 07 jari 528                             saveState(file);
2 26 Feb 07 jari 529                             //set tmev.cfg path to match formatted path
2 26 Feb 07 jari 530                             TMEV.updateDataPath(formatDataPath(file.getPath()));
2 26 Feb 07 jari 531                             //set variable to OS specific path format
2 26 Feb 07 jari 532                             TMEV.setDataPath(file.getParentFile().getPath());
2 26 Feb 07 jari 533                         } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 534                             JOptionPane.showMessageDialog(MultipleArrayViewer.this, "I/O Exception, Error saving analysis. File ("+(file != null ? file.getName() : "name unknown")+")", "Save Analysis", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 535                             ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 536                         }
2 26 Feb 07 jari 537                     } else {
2 26 Feb 07 jari 538                         dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 539                     }
2 26 Feb 07 jari 540                 }
2 26 Feb 07 jari 541             });
2 26 Feb 07 jari 542             
2 26 Feb 07 jari 543             
2 26 Feb 07 jari 544             javax.swing.JTextPane pane = new javax.swing.JTextPane();
2 26 Feb 07 jari 545             pane.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 546             pane.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 547             
2 26 Feb 07 jari 548             String text = "<html><body><font face=arial size=4><b><center>Analysis Save and Restoration Warning</center><b><hr size=3><br>";//<hr size=3>";
2 26 Feb 07 jari 549             text += "<font face=arial size=4>Proper restoration of analysis files is dependent on the Java and Java Virtual Machine versions used to open the file. ";
2 26 Feb 07 jari 550             text += "Analysis files should be opened using Java and Java Virtual Machine versions that match the versions used to save the file.<br><br>";
2 26 Feb 07 jari 551             
2 26 Feb 07 jari 552             text += "If version inconsistencies are found when loading an analysis file the saved and current versions " ;
2 26 Feb 07 jari 553             text +=  "will be reported at that time.  This problem only arises when moving analysis files between computers ";
2 26 Feb 07 jari 554             text += "running different versions of Java.<br><br></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 555             
2 26 Feb 07 jari 556             pane.setMargin(new Insets(10,10,10,10));
2 26 Feb 07 jari 557             pane.setFont(new java.awt.Font("arial", java.awt.Font.PLAIN, 4));
2 26 Feb 07 jari 558             pane.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 559             
2 26 Feb 07 jari 560             JPanel panePanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 561             panePanel.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
2 26 Feb 07 jari 562             panePanel.add(pane,  new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,2,2,2), 0, 0) );
2 26 Feb 07 jari 563             panePanel.setPreferredSize(new Dimension(chooser.getPreferredSize().width,((int)(chooser.getPreferredSize().height/1.4))));
2 26 Feb 07 jari 564             
2 26 Feb 07 jari 565             panel.add(panePanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.NORTH, GridBagConstraints.NONE, new Insets(5,5,5,5), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 566             panel.add(chooser, new GridBagConstraints(0,1,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,5,5,5), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 567             
2 26 Feb 07 jari 568             
2 26 Feb 07 jari 569             dialog.getContentPane().add(panel);
2 26 Feb 07 jari 570             dialog.pack();
2 26 Feb 07 jari 571             
2 26 Feb 07 jari 572             Dimension screenSize = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 573             dialog.setLocation((screenSize.width - dialog.getSize().width)/2, (screenSize.height - dialog.getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 574             dialog.show();
2 26 Feb 07 jari 575             
2 26 Feb 07 jari 576         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 577             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 578         }
2 26 Feb 07 jari 579     }
2 26 Feb 07 jari 580     
2 26 Feb 07 jari 581     private String formatDataPath(String dataPath) {
2 26 Feb 07 jari 582         if(dataPath == null)
2 26 Feb 07 jari 583             return " ";
2 26 Feb 07 jari 584         
2 26 Feb 07 jari 585         String renderedSep = "/";
2 26 Feb 07 jari 586         String renderedPath = new String();
2 26 Feb 07 jari 587         
2 26 Feb 07 jari 588         String sep = System.getProperty("file.separator");
2 26 Feb 07 jari 589         
2 26 Feb 07 jari 590         StringTokenizer stok = new StringTokenizer(dataPath, sep);
2 26 Feb 07 jari 591         
2 26 Feb 07 jari 592         String newDataPath = new String();
2 26 Feb 07 jari 593         
2 26 Feb 07 jari 594         String str;
2 26 Feb 07 jari 595         while(stok.hasMoreTokens() && stok.countTokens() > 1){
2 26 Feb 07 jari 596             str = stok.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 597             renderedPath += str + renderedSep;
2 26 Feb 07 jari 598             newDataPath += str + sep;
2 26 Feb 07 jari 599         }
2 26 Feb 07 jari 600         return renderedPath;
2 26 Feb 07 jari 601     }
2 26 Feb 07 jari 602     
2 26 Feb 07 jari 603     public void saveAnalysis() {
2 26 Feb 07 jari 604         if(this.currentAnalysisFile != null) {
2 26 Feb 07 jari 605             try {
2 26 Feb 07 jari 606                 saveState(currentAnalysisFile);
2 26 Feb 07 jari 607             } catch (IOException e) {
2 26 Feb 07 jari 608                 e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 609             }
2 26 Feb 07 jari 610         } else {
2 26 Feb 07 jari 611             JOptionPane.showMessageDialog(this, "State was not saved.  Error finding file to save. \n"+
2 26 Feb 07 jari 612             "Please use the \"Save As...\" menu item.", "Save Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 613         }
2 26 Feb 07 jari 614     }
2 26 Feb 07 jari 615     
2 26 Feb 07 jari 616     /**
2 26 Feb 07 jari 617      * Save MultipleArrayData state.
2 26 Feb 07 jari 618      * @param file
2 26 Feb 07 jari 619      * @throws FileNotFoundException
2 26 Feb 07 jari 620      * @throws IOException
2 26 Feb 07 jari 621      */
2 26 Feb 07 jari 622     private void saveState(File file) throws FileNotFoundException, IOException {
2 26 Feb 07 jari 623 //      try {
2 26 Feb 07 jari 624         this.currentAnalysisFile = file;
2 26 Feb 07 jari 625       final boolean debug = true;
2 26 Feb 07 jari 626       String javaTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir");
2 26 Feb 07 jari 627       if(!javaTempDir.endsWith(System.getProperty("file.separator")))
2 26 Feb 07 jari 628          javaTempDir = javaTempDir + System.getProperty("file.separator");
2 26 Feb 07 jari 629          
2 26 Feb 07 jari 630       final String tempFilePath = javaTempDir + MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator");
2 26 Feb 07 jari 631       final File tempDir = new File(javaTempDir + MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator"));
2 26 Feb 07 jari 632         if (!tempDir.mkdir()) {
2 26 Feb 07 jari 633             System.out.println("Couldn't create directory for saving: " + tempFilePath);
2 26 Feb 07 jari 634             //TODO handle this better
2 26 Feb 07 jari 635         }
2 26 Feb 07 jari 636         File tmpXML = new File(tempFilePath + "mev_state" + ".xml");
2 26 Feb 07 jari 637 //        System.out.println("mev state file: " + tmpXML);
2 26 Feb 07 jari 638       BufferedOutputStream os = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(tmpXML));
2 26 Feb 07 jari 639       final XMLEncoder oos = XMLEncoderFactory.getMAVEncoder(new XMLEncoder(os), tree);    
2 26 Feb 07 jari 640       if(!debug)
2 26 Feb 07 jari 641            tmpXML.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 642        
2 26 Feb 07 jari 643
2 26 Feb 07 jari 644       //Directs XMLEncoder errors to a log file. Very useful when debugging new
2 26 Feb 07 jari 645        //state-saving functions.
2 26 Feb 07 jari 646         System.out.println("Any save errors will be written to saving.log");
2 26 Feb 07 jari 647     oos.setExceptionListener(new ExceptionListener() {
2 26 Feb 07 jari 648             public void exceptionThrown(Exception exception) {
2 26 Feb 07 jari 649               try {
2 26 Feb 07 jari 650                 if(exception.toString().indexOf("Listener")==-1){
2 26 Feb 07 jari 651                       PrintStream log = new PrintStream(new FileOutputStream(new File("saving.log"), false));//OutputStream(new FileOutputStream(new File("log.log"))));
2 26 Feb 07 jari 652                       log.println(new Date());
2 26 Feb 07 jari 653                   exception.printStackTrace(log);
2 26 Feb 07 jari 654                   System.out.println(exception.toString());
2 26 Feb 07 jari 655                 }
2 26 Feb 07 jari 656               } catch (IOException ioe){
2 26 Feb 07 jari 657                 System.out.println("Could not open save log file.");
2 26 Feb 07 jari 658               }
2 26 Feb 07 jari 659             }
2 26 Feb 07 jari 660         });
2 26 Feb 07 jari 661     
2 26 Feb 07 jari 662     progressPanel = new StateSavingProgressPanel("Saving Current Analysis", this);
2 26 Feb 07 jari 663     progressPanel.setLocationRelativeTo(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 664     progressPanel.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 665
2 26 Feb 07 jari 666     prepSessionMetaData(smd.getMevSessionPrefs());
2 26 Feb 07 jari 667     
2 26 Feb 07 jari 668         Thread thread = new Thread(new Runnable() {
2 26 Feb 07 jari 669             public void run() {
2 26 Feb 07 jari 670               try {
2 26 Feb 07 jari 671               setCursor(new Cursor(Cursor.WAIT_CURSOR));
2 26 Feb 07 jari 672           
2 26 Feb 07 jari 673           progressPanel.update("Writing Metadata");
2 26 Feb 07 jari 674           progressPanel.setIndeterminate(true);
2 26 Feb 07 jari 675           oos.writeObject(smd);
2 26 Feb 07 jari 676             
2 26 Feb 07 jari 677           progressPanel.update("Writing Intensities");
2 26 Feb 07 jari 678           progressPanel.setIndeterminate(true);
2 26 Feb 07 jari 679               oos.writeObject(data);
2 26 Feb 07 jari 680               
2 26 Feb 07 jari 681           progressPanel.update("Writing Clusters");
2 26 Feb 07 jari 682               saveClusterRepositories(oos);
2 26 Feb 07 jari 683       
2 26 Feb 07 jari 684           progressPanel.update("Writing Analysis Results");
2 26 Feb 07 jari 685             oos.writeObject(tree.getAnalysisNode());
2 26 Feb 07 jari 686             
2 26 Feb 07 jari 687           progressPanel.update("Writing History");
2 26 Feb 07 jari 688             oos.writeObject(historyNode);
2 26 Feb 07 jari 689             
2 26 Feb 07 jari 690           oos.flush();
2 26 Feb 07 jari 691           oos.close();
2 26 Feb 07 jari 692       
2 26 Feb 07 jari 693           progressPanel.setIndeterminate(false);
2 26 Feb 07 jari 694           progressPanel.update("Compressing Data");
2 26 Feb 07 jari 695           
2 26 Feb 07 jari 696               //Zip all files in temp saving directory (one xml file, many binary files) into final .anl file
2 26 Feb 07 jari 697               ZipOutputStream zos = new ZipOutputStream(new FileOutputStream(currentAnalysisFile));
2 26 Feb 07 jari 698               zipTempFiles(zos, tempFilePath, tempDir);
2 26 Feb 07 jari 699             zos.close();
2 26 Feb 07 jari 700           //End Zipping of temp files
2 26 Feb 07 jari 701       
2 26 Feb 07 jari 702           progressPanel.update("Cleaning Up");
2 26 Feb 07 jari 703           progressPanel.setIndeterminate(false);
2 26 Feb 07 jari 704           //Delete all temp files, including temp folder
2 26 Feb 07 jari 705           File aFile;
2 26 Feb 07 jari 706             String[] files = tempDir.list();
2 26 Feb 07 jari 707             for(int i=0; i<files.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 708               aFile = new File(tempFilePath + files[i]);
2 26 Feb 07 jari 709               aFile.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 710               if(!(new File(tempFilePath + files[i]).delete()))
2 26 Feb 07 jari 711                 System.out.println("Couldn't delete " + tempFilePath + files[i]);
2 26 Feb 07 jari 712             }
2 26 Feb 07 jari 713             tempDir.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 714             if(!tempDir.delete())
2 26 Feb 07 jari 715               System.out.println("Couldn't delete " + tempDir.toString());
2 26 Feb 07 jari 716       
2 26 Feb 07 jari 717             progressPanel.dispose();
2 26 Feb 07 jari 718             modifiedResult = false;
2 26 Feb 07 jari 719               } catch (IOException ioe){
2 26 Feb 07 jari 720                     setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 721                     JOptionPane.showMessageDialog(MultipleArrayViewer.this, "Analysis was not saved.  Error writing output file.",
2 26 Feb 07 jari 722                     "Save Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 723                     ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 724                     TMEV.activeSave = false;
2 26 Feb 07 jari 725                     /*
2 26 Feb 07 jari 726               } catch (Throwable t) {
2 26 Feb 07 jari 727                 System.out.println("Catching throwable");
2 26 Feb 07 jari 728             //      thread.destroy();
2 26 Feb 07 jari 729                 //ShowThrowableDialog.show(MultipleArrayViewer.this, "Out of Memory", false, t);
2 26 Feb 07 jari 730                 JOptionPane.showMessageDialog(MultipleArrayViewer.this, "Analysis was not saved.  Not enough memory.",
2 26 Feb 07 jari 731                             "Save Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 732                 
2 26 Feb 07 jari 733                 */
2 26 Feb 07 jari 734                 }
2 26 Feb 07 jari 735             }
2 26 Feb 07 jari 736            });
2 26 Feb 07 jari 737      
2 26 Feb 07 jari 738           thread.setPriority(Thread.NORM_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 739            thread.start();
2 26 Feb 07 jari 740            /* } catch (Throwable t){
2 26 Feb 07 jari 741         
2 26 Feb 07 jari 742         System.out.println("Catching outer throwable");
2 26 Feb 07 jari 743         JOptionPane.showMessageDialog(MultipleArrayViewer.this, "Analysis was not saved.  Not enough memory.",
2 26 Feb 07 jari 744                     "Save Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 745         progressPanel.dispose();
2 26 Feb 07 jari 746       
2 26 Feb 07 jari 747            }
2 26 Feb 07 jari 748       */
2 26 Feb 07 jari 749     }
2 26 Feb 07 jari 750     
2 26 Feb 07 jari 751
2 26 Feb 07 jari 752
2 26 Feb 07 jari 753   private void zipTempFiles(ZipOutputStream zos, String tempFilePath, File tempDir) throws IOException{
2 26 Feb 07 jari 754       byte[] buf = new byte[1024];
2 26 Feb 07 jari 755       int len;
2 26 Feb 07 jari 756       //Zips all files in temp saving directory saveDir into a zip file specified by user
2 26 Feb 07 jari 757       ZipEntry entry;
2 26 Feb 07 jari 758       File aFile;
2 26 Feb 07 jari 759       FileInputStream fis;
2 26 Feb 07 jari 760       String[] fileNames = tempDir.list();
2 26 Feb 07 jari 761     progressPanel.setMaximum(fileNames.length);
2 26 Feb 07 jari 762       
2 26 Feb 07 jari 763       for(int i=0; i<fileNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 764         aFile = new File(tempFilePath + fileNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 765         entry = new ZipEntry(aFile.getName());
2 26 Feb 07 jari 766         zos.putNextEntry(entry);
2 26 Feb 07 jari 767         fis = new FileInputStream(aFile);
2 26 Feb 07 jari 768           while ((len = fis.read(buf)) > 0) {
2 26 Feb 07 jari 769               zos.write(buf, 0, len);
2 26 Feb 07 jari 770           }
2 26 Feb 07 jari 771         zos.closeEntry();
2 26 Feb 07 jari 772         fis.close();
2 26 Feb 07 jari 773       progressPanel.increment();
2 26 Feb 07 jari 774         
2 26 Feb 07 jari 775       }
2 26 Feb 07 jari 776     }
2 26 Feb 07 jari 777     
2 26 Feb 07 jari 778   /**
2 26 Feb 07 jari 779   * EH
2 26 Feb 07 jari 780   * 
2 26 Feb 07 jari 781   */
2 26 Feb 07 jari 782     public void cancelLoadState(){
2 26 Feb 07 jari 783       keepRunning = false;
2 26 Feb 07 jari 784     }
2 26 Feb 07 jari 785     /**
2 26 Feb 07 jari 786      * EH
2 26 Feb 07 jari 787      * Clean up the MultipleArrayViewer and return it to an empty state.  
2 26 Feb 07 jari 788      *
2 26 Feb 07 jari 789      */
2 26 Feb 07 jari 790     private void cleanUp(){
2 26 Feb 07 jari 791       this.data = new MultipleArrayData();
2 26 Feb 07 jari 792       this.analysisNode.removeAllChildren();
2 26 Feb 07 jari 793       this.geneClusterRepository = null;
2 26 Feb 07 jari 794       this.experimentClusterRepository = null;
2 26 Feb 07 jari 795       this.clusterNode.removeAllChildren();
2 26 Feb 07 jari 796       this.experimentClusterManager = null;
2 26 Feb 07 jari 797         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 798         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 799         fireHeaderChanged();
2 26 Feb 07 jari 800       progressPanel.dispose();
2 26 Feb 07 jari 801     }
2 26 Feb 07 jari 802    
2 26 Feb 07 jari 803
2 26 Feb 07 jari 804     private void loadHistoryNode(DefaultMutableTreeNode d) throws IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 805         DefaultMutableTreeNode node = d;
2 26 Feb 07 jari 806         if(node != null){
2 26 Feb 07 jari 807             tree.removeNode(historyNode);
2 26 Feb 07 jari 808             historyNode = node;
2 26 Feb 07 jari 809             tree.insertNode(historyNode, tree.getRoot(), tree.getRoot().getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 810             this.historyNode = node;
2 26 Feb 07 jari 811             historyLog = (HistoryViewer)(((LeafInfo)(((DefaultMutableTreeNode)historyNode.getChildAt(0)).getUserObject())).getViewer());
2 26 Feb 07 jari 812         }
2 26 Feb 07 jari 813     }
2 26 Feb 07 jari 814
2 26 Feb 07 jari 815     /**
2 26 Feb 07 jari 816      * Raktim 4/25
2 26 Feb 07 jari 817      * Initializes cgh menus when data loaded is cgh data
2 26 Feb 07 jari 818      * For State Saving
2 26 Feb 07 jari 819      */
2 26 Feb 07 jari 820    private void initializeCGH(){   
2 26 Feb 07 jari 821       System.out.println("data.isCGHData(): " + data.isCGHData());
2 26 Feb 07 jari 822       if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 823         this.data.setChromosomeIndices(CGHStanfordFileLoader.calculateChromosomeIndices(this.data.getClones()));
2 26 Feb 07 jari 824         this.data.setHasDyeSwap(this.data.isHasDyeSwap());
2 26 Feb 07 jari 825         //this.data.setLog2Data(isLog2);
2 26 Feb 07 jari 826         //this.data.setHasCloneDistribution(false);
2 26 Feb 07 jari 827         //this.data.setCGHData();
2 26 Feb 07 jari 828         //this.data.setCGHSpecies(species);
2 26 Feb 07 jari 829           
2 26 Feb 07 jari 830         //From FireDataLoaded
2 26 Feb 07 jari 831         loadCytoBandFile();
2 26 Feb 07 jari 832       manager.initCghAnalysiActions(new org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.CGHAlgorithmFactory());
2 26 Feb 07 jari 833       this.menubar.addCGHMenus();
2 26 Feb 07 jari 834       mainframe.validate();
2 26 Feb 07 jari 835       
2 26 Feb 07 jari 836       /*
2 26 Feb 07 jari 837         ExperimentsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 838         onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 839         */
2 26 Feb 07 jari 840       }
2 26 Feb 07 jari 841   }
2 26 Feb 07 jari 842   
2 26 Feb 07 jari 843    /**
2 26 Feb 07 jari 844     * Raktim CGH 4/26
2 26 Feb 07 jari 845     * for State Saving
2 26 Feb 07 jari 846     */
2 26 Feb 07 jari 847   private void initializeCGHViews(){
2 26 Feb 07 jari 848     ExperimentsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 849     onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 850   }
2 26 Feb 07 jari 851   
2 26 Feb 07 jari 852   /**
2 26 Feb 07 jari 853    * Raktim CGH 4/26
2 26 Feb 07 jari 854    * for State Saving
2 26 Feb 07 jari 855    */
2 26 Feb 07 jari 856   private void createCGHAnalysisNodes(){
2 26 Feb 07 jari 857     if (this.analysisNode == null) return;
2 26 Feb 07 jari 858     
2 26 Feb 07 jari 859     float ampThresh, ampThresh_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 860         float delThresh, delThresh_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 861         float ampThresh2Copy, ampThresh2Copy_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 862         float delThresh2Copy, delThresh2Copy_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 863         Vector extraParam = null;
2 26 Feb 07 jari 864         int index = -1;
2 26 Feb 07 jari 865         
2 26 Feb 07 jari 866         //For restoring later
2 26 Feb 07 jari 867         ICGHCloneValueMenu menu = framework.getCghCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 868         ampThresh = menu.getAmpThresh();
2 26 Feb 07 jari 869         delThresh = menu.getDelThresh();
2 26 Feb 07 jari 870         ampThresh2Copy = menu.getAmpThresh2Copy();
2 26 Feb 07 jari 871         delThresh2Copy = menu.getDelThresh2Copy();
2 26 Feb 07 jari 872                 
2 26 Feb 07 jari 873     DefaultMutableTreeNode analysisRoot;
2 26 Feb 07 jari 874         DefaultMutableTreeNode currentNode;
2 26 Feb 07 jari 875         Object object;
2 26 Feb 07 jari 876         
2 26 Feb 07 jari 877     int childCount = this.analysisNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 878     System.out.println("analysisNode Child Count: " + childCount);
2 26 Feb 07 jari 879         String algName= "";
2 26 Feb 07 jari 880         String trimName = "";
2 26 Feb 07 jari 881         Enumeration treeEnum;
2 26 Feb 07 jari 882         
2 26 Feb 07 jari 883         for(int i = 0; i < childCount; i++){
2 26 Feb 07 jari 884           index = -1;
2 26 Feb 07 jari 885           ampThresh_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 886             delThresh_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 887             ampThresh2Copy_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 888             delThresh2Copy_T = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 889             
2 26 Feb 07 jari 890             analysisRoot = ((DefaultMutableTreeNode)(analysisNode.getChildAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 891             object = analysisRoot.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 892             if(object != null){
2 26 Feb 07 jari 893                 if(object instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 894                     algName = ((LeafInfo)object).toString();
2 26 Feb 07 jari 895                 } else if(object instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 896                     algName = (String)object;
2 26 Feb 07 jari 897                 }
2 26 Feb 07 jari 898                 System.out.println(algName);
2 26 Feb 07 jari 899                 trimName = getCGHAlgoNameWihtoutIndex(algName);
2 26 Feb 07 jari 900                 if(trimName != null) {
2 26 Feb 07 jari 901                   index = findCGHAlgoIndexFromFactory(trimName);
2 26 Feb 07 jari 902                   System.out.println("CGH Algo index: " + index);
2 26 Feb 07 jari 903                 }
2 26 Feb 07 jari 904                 
2 26 Feb 07 jari 905                 if(index != -1) {
2 26 Feb 07 jari 906                   extraParam = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 907                   treeEnum = analysisRoot.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 908                   while (treeEnum.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 909                       currentNode = (DefaultMutableTreeNode)treeEnum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 910                       if(currentNode.getUserObject() instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 911                         //System.out.println("\tLeafInfo");
2 26 Feb 07 jari 912                         System.out.print("\t");
2 26 Feb 07 jari 913                         System.out.println(((LeafInfo)currentNode.getUserObject()).getName());
2 26 Feb 07 jari 914                       } else if(currentNode.getUserObject() instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 915                         //System.out.println("\tString");
2 26 Feb 07 jari 916                         System.out.print("\t");
2 26 Feb 07 jari 917                         String nodeStr = (String)currentNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 918                         System.out.println(nodeStr);
2 26 Feb 07 jari 919                         int i_T = nodeStr.lastIndexOf(":");
2 26 Feb 07 jari 920                         if (i_T != -1) {
2 26 Feb 07 jari 921                           String nodeSubStr = nodeStr.substring(0, i_T);
2 26 Feb 07 jari 922                           float floatVal = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 923                           boolean notFloat = false;
2 26 Feb 07 jari 924                           try {
2 26 Feb 07 jari 925                             floatVal = Float.parseFloat(nodeStr.substring(i_T+1, nodeStr.length()).trim());
2 26 Feb 07 jari 926                           } catch (NumberFormatException ne){
2 26 Feb 07 jari 927                             System.out.println("File Name or InValid parameter");
2 26 Feb 07 jari 928                             notFloat = true;
2 26 Feb 07 jari 929                             if(index == 8 || index == 9) {
2 26 Feb 07 jari 930                               extraParam.add((nodeStr.substring(i_T+1, nodeStr.length()).trim()));
2 26 Feb 07 jari 931                             }
2 26 Feb 07 jari 932                           }
2 26 Feb 07 jari 933                           if(!notFloat) {
2 26 Feb 07 jari 934                             if(nodeSubStr.equals("Amplification Threshold")){
2 26 Feb 07 jari 935                               ampThresh_T = floatVal;
2 26 Feb 07 jari 936                             } else if (nodeSubStr.equals("Deletion Threshold")) {
2 26 Feb 07 jari 937                               delThresh_T = floatVal;
2 26 Feb 07 jari 938                             } else if (nodeSubStr.equals("Amplification 2 Copy Threshold")) {
2 26 Feb 07 jari 939                               ampThresh2Copy_T = floatVal;
2 26 Feb 07 jari 940                             } else if (nodeSubStr.equals("Deletion 2 Copy Threshold")) {
2 26 Feb 07 jari 941                               delThresh2Copy_T = floatVal;
2 26 Feb 07 jari 942                             } 
2 26 Feb 07 jari 943                           } 
2 26 Feb 07 jari 944                         }
2 26 Feb 07 jari 945                       }
2 26 Feb 07 jari 946                   }
2 26 Feb 07 jari 947                   //Re-creating analysis node
2 26 Feb 07 jari 948                   System.out.println(algName + " " + ampThresh_T + " " + delThresh_T + " " + ampThresh2Copy_T + " " + delThresh2Copy_T);
2 26 Feb 07 jari 949                   menu.setAmpThresh(ampThresh_T);
2 26 Feb 07 jari 950                   menu.setDelThresh(delThresh_T);
2 26 Feb 07 jari 951                   menu.setAmpThresh2Copy(ampThresh2Copy_T);
2 26 Feb 07 jari 952                   menu.setDelThresh2Copy(delThresh2Copy_T);
2 26 Feb 07 jari 953                   data.onCopyDeterminationChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 954                   
2 26 Feb 07 jari 955                   Action action = manager.getAction(ActionManager.CGH_ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(index));
2 26 Feb 07 jari 956                   if(index == 4 || index == 5 || index == 6 || index == 7 || index == 8){
2 26 Feb 07 jari 957                     onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 958                   }
2 26 Feb 07 jari 959                   runCghAnalysis(action, algName, i, extraParam);
2 26 Feb 07 jari 960                   
2 26 Feb 07 jari 961                   //Restore original thresholds
2 26 Feb 07 jari 962                   menu.setAmpThresh(ampThresh);
2 26 Feb 07 jari 963                   menu.setDelThresh(delThresh);
2 26 Feb 07 jari 964                   menu.setAmpThresh2Copy(ampThresh2Copy);
2 26 Feb 07 jari 965                   menu.setDelThresh2Copy(delThresh2Copy);
2 26 Feb 07 jari 966                   data.onCopyDeterminationChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 967                   
2 26 Feb 07 jari 968                   removeCGHAnalysisNode(analysisRoot);
2 26 Feb 07 jari 969                 }
2 26 Feb 07 jari 970             }
2 26 Feb 07 jari 971         }
2 26 Feb 07 jari 972   }
2 26 Feb 07 jari 973   
2 26 Feb 07 jari 974   /**
2 26 Feb 07 jari 975    * Raktim CGH 4/26
2 26 Feb 07 jari 976    * for State Saving
2 26 Feb 07 jari 977    * @param name
2 26 Feb 07 jari 978    * @return
2 26 Feb 07 jari 979    */
2 26 Feb 07 jari 980   private String getCGHAlgoNameWihtoutIndex(String name) {
2 26 Feb 07 jari 981     int last_Ind = name.lastIndexOf("(");
2 26 Feb 07 jari 982     if (last_Ind == -1) return null;
2 26 Feb 07 jari 983     return name.substring(0,last_Ind-1).trim();
2 26 Feb 07 jari 984   }
2 26 Feb 07 jari 985   /**
2 26 Feb 07 jari 986    * Raktim CGH 4/26
2 26 Feb 07 jari 987    * for State Saving
2 26 Feb 07 jari 988    * @param name
2 26 Feb 07 jari 989    * @return
2 26 Feb 07 jari 990    */
2 26 Feb 07 jari 991   private int findCGHAlgoIndexFromFactory(String name){
2 26 Feb 07 jari 992     String algNames[] = CGHAlgorithmFactory.getAlgorithimNames();
2 26 Feb 07 jari 993     int i = 0;
2 26 Feb 07 jari 994     for(;i < algNames.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 995       if (name.equals(algNames[i]))
2 26 Feb 07 jari 996         return i;
2 26 Feb 07 jari 997     }
2 26 Feb 07 jari 998     //Special case for "LoadGeneList" option in CGHAnalysis Menu
2 26 Feb 07 jari 999     if(name.equals("GeneAlterations")) return 8;
2 26 Feb 07 jari 1000     
2 26 Feb 07 jari 1001     return -1;
2 26 Feb 07 jari 1002   }
2 26 Feb 07 jari 1003   /**
2 26 Feb 07 jari 1004    * Raktim CGH 4.26
2 26 Feb 07 jari 1005      * Deletes a CGH Analysis node for re-creation.
2 26 Feb 07 jari 1006      * For State Saving
2 26 Feb 07 jari 1007      */
2 26 Feb 07 jari 1008     private String removeCGHAnalysisNode(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 1009         if (node == null || node.getParent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 1010             return null;
2 26 Feb 07 jari 1011         }
2 26 Feb 07 jari 1012         
2 26 Feb 07 jari 1013         TreePath parentPath = new TreePath(((DefaultMutableTreeNode)node.getParent()).getPath());
2 26 Feb 07 jari 1014         ((DefaultTreeModel)tree.getModel()).removeNodeFromParent(node);
2 26 Feb 07 jari 1015         ((TreeSelectionModel)tree.getSelectionModel()).setSelectionPath(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 1016         tree.scrollPathToVisible(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 1017         
2 26 Feb 07 jari 1018         String nodeName = " ";
2 26 Feb 07 jari 1019         Object object = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 1020         if(object instanceof LeafInfo)
2 26 Feb 07 jari 1021             nodeName = ((LeafInfo)object).toString();
2 26 Feb 07 jari 1022         else if(object instanceof String)
2 26 Feb 07 jari 1023             nodeName = (String)object;
2 26 Feb 07 jari 1024       
2 26 Feb 07 jari 1025         return nodeName;
2 26 Feb 07 jari 1026         
2 26 Feb 07 jari 1027     }
2 26 Feb 07 jari 1028     
2 26 Feb 07 jari 1029     /**
2 26 Feb 07 jari 1030      * Raktim CGH 4/26
2 26 Feb 07 jari 1031      * Inserts a specified CGH Analysis node into the analysis node at a specific location.
2 26 Feb 07 jari 1032      * For State Saving
2 26 Feb 07 jari 1033      */
2 26 Feb 07 jari 1034     public synchronized void insertAnalysisResult(DefaultMutableTreeNode node, String nodeTitle, int location) {
2 26 Feb 07 jari 1035         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 1036             return;
2 26 Feb 07 jari 1037         }
2 26 Feb 07 jari 1038         
2 26 Feb 07 jari 1039         modifiedResult = true;
2 26 Feb 07 jari 1040         node.setUserObject(nodeTitle);
2 26 Feb 07 jari 1041         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 1042         treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, location);
2 26 Feb 07 jari 1043         TreeSelectionModel selModel = tree.getSelectionModel();
2 26 Feb 07 jari 1044         TreePath treePath = new TreePath(node.getPath());
2 26 Feb 07 jari 1045         selModel.setSelectionPath(treePath);
2 26 Feb 07 jari 1046         tree.scrollPathToVisible(treePath);
2 26 Feb 07 jari 1047         JScrollBar bar = this.treeScrollPane.getHorizontalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 1048         if(bar != null)
2 26 Feb 07 jari 1049             bar.setValue(0);
2 26 Feb 07 jari 1050     }
2 26 Feb 07 jari 1051     
2 26 Feb 07 jari 1052     /**
2 26 Feb 07 jari 1053      * Raktim 4/25
2 26 Feb 07 jari 1054      * For State Saving
2 26 Feb 07 jari 1055      * @param action
2 26 Feb 07 jari 1056      */
2 26 Feb 07 jari 1057     private void runCghAnalysis(Action action, String nodeName, int location, Vector paramBuff){
2 26 Feb 07 jari 1058       //System.out.println("onCghAnalysis ");
2 26 Feb 07 jari 1059       DefaultMutableTreeNode result = null;
2 26 Feb 07 jari 1060       String className = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 1061         try {
2 26 Feb 07 jari 1062             Class clazz = Class.forName(className);
2 26 Feb 07 jari 1063             NumberOfAlterationsCalculator gui = (NumberOfAlterationsCalculator)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 1064             if(gui instanceof LoadGeneList) {
2 26 Feb 07 jari 1065               File file = new File((String)paramBuff.get(0));
2 26 Feb 07 jari 1066               result = ((LoadGeneList)gui).execute(framework, file);
2 26 Feb 07 jari 1067             } else if (gui instanceof CompareExperiments) {
2 26 Feb 07 jari 1068               int[] indices = {getSampleIndex((String)paramBuff.get(0)),getSampleIndex((String)paramBuff.get(1))};
2 26 Feb 07 jari 1069               System.out.println("Exprs: " + (String)paramBuff.get(0) + " " + (String)paramBuff.get(1));
2 26 Feb 07 jari 1070               System.out.println("Indices: " + indices[0] + " " + indices[1]);
2 26 Feb 07 jari 1071               result = ((CompareExperiments)gui).execute(framework, indices);
2 26 Feb 07 jari 1072             } else {
2 26 Feb 07 jari 1073               result = gui.execute(framework);
2 26 Feb 07 jari 1074             }
2 26 Feb 07 jari 1075             insertAnalysisResult(result, nodeName, location);
2 26 Feb 07 jari 1076             //addAnalysisResult(result);
2 26 Feb 07 jari 1077         } catch (ClassCastException e) {
2 26 Feb 07 jari 1078             System.out.println("Error: org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI interface is expected.");
2 26 Feb 07 jari 1079             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 1080         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1081             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 1082         }
2 26 Feb 07 jari 1083     }
2 26 Feb 07 jari 1084     
2 26 Feb 07 jari 1085     /**
2 26 Feb 07 jari 1086      * Raktim 4/27
2 26 Feb 07 jari 1087      * @param sampleName
2 26 Feb 07 jari 1088      * @return
2 26 Feb 07 jari 1089      */
2 26 Feb 07 jari 1090     private int getSampleIndex(String sampleName) {
2 26 Feb 07 jari 1091       if (data == null) return -1;
2 26 Feb 07 jari 1092       
2 26 Feb 07 jari 1093       ArrayList featuresList = data.getFeaturesList();
2 26 Feb 07 jari 1094       for(int i = 0; i < featuresList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 1095         if (((ISlideData)featuresList.get(i)).getSlideDataName().equals(sampleName))
2 26 Feb 07 jari 1096           return i;
2 26 Feb 07 jari 1097       }
2 26 Feb 07 jari 1098       return -1;
2 26 Feb 07 jari 1099     }
2 26 Feb 07 jari 1100     
2 26 Feb 07 jari 1101     private void saveClusterRepositories(XMLEncoder oos) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1102     Boolean isGeneClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 1103     Boolean isExperimentClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 1104  
2 26 Feb 07 jari 1105     if(this.geneClusterRepository == null) {
2 26 Feb 07 jari 1106       isGeneClusterRepository = new Boolean(false);
2 26 Feb 07 jari 1107       oos.writeObject(isGeneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1108     } else {
2 26 Feb 07 jari 1109       isGeneClusterRepository = new Boolean(true);
2 26 Feb 07 jari 1110         oos.writeObject(isGeneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1111             oos.writeObject(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1112         }
2 26 Feb 07 jari 1113     if(this.experimentClusterRepository == null) {
2 26 Feb 07 jari 1114       isExperimentClusterRepository = new Boolean(false);
2 26 Feb 07 jari 1115       oos.writeObject(isExperimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1116     } else{
2 26 Feb 07 jari 1117       isExperimentClusterRepository = new Boolean(true);
2 26 Feb 07 jari 1118       oos.writeObject(isExperimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1119             oos.writeObject(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1120         }
2 26 Feb 07 jari 1121     }
2 26 Feb 07 jari 1122     private void loadAnalysisFromFile(final File file) throws IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 1123       
2 26 Feb 07 jari 1124       progressPanel = new StateSavingProgressPanel("Loading Saved Analysis", this);
2 26 Feb 07 jari 1125     progressPanel.setLocationRelativeTo(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 1126     progressPanel.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1127         
2 26 Feb 07 jari 1128         Thread thread = new Thread( new Runnable(){
2 26 Feb 07 jari 1129             public void run() {
2 26 Feb 07 jari 1130                 try {
2 26 Feb 07 jari 1131                   String javaTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir");
2 26 Feb 07 jari 1132                   if(!javaTempDir.endsWith(System.getProperty("file.separator")))
2 26 Feb 07 jari 1133                     javaTempDir = javaTempDir + System.getProperty("file.separator");
2 26 Feb 07 jari 1134                   File unzipDir = new File(javaTempDir + MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR);
2 26 Feb 07 jari 1135                   if (!unzipDir.mkdir()) {
2 26 Feb 07 jari 1136                       System.out.println("Couldn't create directory for unzipping:" + unzipDir);
2 26 Feb 07 jari 1137                   }
2 26 Feb 07 jari 1138                   
2 26 Feb 07 jari 1139                   ZipFile zipFile = new ZipFile(file);
2 26 Feb 07 jari 1140                   ZipInputStream zis = new ZipInputStream(new FileInputStream(file));
2 26 Feb 07 jari 1141                   File tmpXML = new File(unzipDir + System.getProperty("file.separator") + "mev_state.xml");
2 26 Feb 07 jari 1142                   tmpXML.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 1143
2 26 Feb 07 jari 1144           progressPanel.update("Uncompressing Data");
2 26 Feb 07 jari 1145             progressPanel.setIndeterminate(false);
2 26 Feb 07 jari 1146           progressPanel.setMaximum(zipFile.size());
2 26 Feb 07 jari 1147             int len;
2 26 Feb 07 jari 1148             byte[] buf = new byte[1024];
2 26 Feb 07 jari 1149             ZipEntry entry;
2 26 Feb 07 jari 1150             while((entry = zis.getNextEntry()) != null){
2 26 Feb 07 jari 1151               if(entry.getName().endsWith(".xml")){    //XML file is only ascii file in there. 
2 26 Feb 07 jari 1152                     InputStreamReader isr = new InputStreamReader(zis);
2 26 Feb 07 jari 1153                     FileWriter fw = new FileWriter(tmpXML);
2 26 Feb 07 jari 1154                   while ((len = isr.read()) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1155                       fw.write(len);
2 26 Feb 07 jari 1156                   }
2 26 Feb 07 jari 1157                     fw.close();
2 26 Feb 07 jari 1158               } else {
2 26 Feb 07 jari 1159                 String outFile = unzipDir + System.getProperty("file.separator") + entry.getName();
2 26 Feb 07 jari 1160                 DataOutputStream dos = new DataOutputStream(new FileOutputStream(new File(outFile)));
2 26 Feb 07 jari 1161                      while ((len = zis.read(buf)) > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1162                       dos.write(buf, 0, len);
2 26 Feb 07 jari 1163                   }
2 26 Feb 07 jari 1164                     dos.close();
2 26 Feb 07 jari 1165               }
2 26 Feb 07 jari 1166                 zis.closeEntry();
2 26 Feb 07 jari 1167             progressPanel.increment();
2 26 Feb 07 jari 1168             }
2 26 Feb 07 jari 1169             zis.close();
2 26 Feb 07 jari 1170           zipFile.close();
2 26 Feb 07 jari 1171           
2 26 Feb 07 jari 1172           BufferedInputStream ois = new BufferedInputStream(new FileInputStream(tmpXML));
2 26 Feb 07 jari 1173                 XMLDecoder xmld = new XMLDecoder(ois);
2 26 Feb 07 jari 1174     
2 26 Feb 07 jari 1175
2 26 Feb 07 jari 1176           progressPanel.update("Loading Metadata");
2 26 Feb 07 jari 1177             progressPanel.setIndeterminate(true);
2 26 Feb 07 jari 1178       
2 26 Feb 07 jari 1179             smd = (SessionMetaData)xmld.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1180             processMeVPrefs(smd.getMevSessionPrefs());
2 26 Feb 07 jari 1181             
2 26 Feb 07 jari 1182           progressPanel.update("Loading Experiment Data");
2 26 Feb 07 jari 1183               data = (MultipleArrayData)xmld.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1184               int data_type = data.getDataType();
2 26 Feb 07 jari 1185               if (data_type!=0 || data_type!=1){
2 26 Feb 07 jari 1186                   TMEV.setDataType(TMEV.DATA_TYPE_AFFY);
2 26 Feb 07 jari 1187               }
2 26 Feb 07 jari 1188               
2 26 Feb 07 jari 1189               if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 1190                 initializeCGH();
2 26 Feb 07 jari 1191               }
2 26 Feb 07 jari 1192               
2 26 Feb 07 jari 1193           progressPanel.update("Loading Clusters");
2 26 Feb 07 jari 1194             if(((Boolean)xmld.readObject()).booleanValue()){
2 26 Feb 07 jari 1195                   geneClusterRepository = (ClusterRepository)xmld.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1196                   data.setGeneClusterRepository(geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1197                   geneClusterRepository.setFramework(framework);
2 26 Feb 07 jari 1198                   geneClusterManager = new ClusterTable(geneClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 1199                   DefaultMutableTreeNode genesNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Gene Clusters", geneClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 1200                   addNode(clusterNode, genesNode);
2 26 Feb 07 jari 1201                   
2 26 Feb 07 jari 1202               }
2 26 Feb 07 jari 1203               if(((Boolean)xmld.readObject()).booleanValue()){
2 26 Feb 07 jari 1204                   experimentClusterRepository = (ClusterRepository)xmld.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1205                   data.setExperimentClusterRepository(experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 1206                   experimentClusterRepository.setFramework(framework);
2 26 Feb 07 jari 1207                   
2 26 Feb 07 jari 1208                   experimentClusterManager = new ClusterTable(experimentClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 1209                   DefaultMutableTreeNode experimentNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sample Clusters", experimentClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 1210                   addNode(clusterNode, experimentNode);
2 26 Feb 07 jari 1211               }
2 26 Feb 07 jari 1212               
2 26 Feb 07 jari 1213
2 26 Feb 07 jari 1214           progressPanel.update("Loading Analysis Results");
2 26 Feb 07 jari 1215               int location = tree.getModel().getIndexOfChild(tree.getRoot(), analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 1216               tree.removeNode(analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 1217               analysisNode = (DefaultMutableTreeNode)xmld.readObject();
2 26 Feb 07 jari 1218               tree.insertNode(analysisNode, tree.getRoot(), location);
2 26 Feb 07 jari 1219               tree.setAnalysisNode(analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 1220       
2 26 Feb 07 jari 1221             loadHistoryNode((DefaultMutableTreeNode)xmld.readObject());
2 26 Feb 07 jari 1222
2 26 Feb 07 jari 1223               if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 1224                 initializeCGH();
2 26 Feb 07 jari 1225               }
2 26 Feb 07 jari 1226               
2 26 Feb 07 jari 1227               //Refresh views, etc
2 26 Feb 07 jari 1228               data.updateSpotColors();
2 26 Feb 07 jari 1229               data.updateExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1230       
2 26 Feb 07 jari 1231               //get the experiment label keys
2 26 Feb 07 jari 1232               menubar.replaceExperimentLabelMenuItems(data.getSlideNameKeyArray());
2 26 Feb 07 jari 1233                data.setSampleLabelKey(MultipleArrayData.DEFAULT_SAMPLE_ANNOTATION_KEY);
2 26 Feb 07 jari 1234               //populate the display menu
2 26 Feb 07 jari 1235               menubar.replaceLabelMenuItems(data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 1236               menubar.replaceSortMenuItems(data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 1237               
2 26 Feb 07 jari 1238               if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 1239                 createCGHAnalysisNodes();
2 26 Feb 07 jari 1240                 initializeCGHViews();
2 26 Feb 07 jari 1241               }
2 26 Feb 07 jari 1242               
2 26 Feb 07 jari 1243               setMaxCY3AndCY5();
2 26 Feb 07 jari 1244               systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 1245               fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 1246               fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 1247               fireHeaderChanged();
2 26 Feb 07 jari 1248               
2 26 Feb 07 jari 1249       
2 26 Feb 07 jari 1250               //Add time node to the analysis node
2 26 Feb 07 jari 1251               Date date = new Date(System.currentTimeMillis());
2 26 Feb 07 jari 1252               DateFormat format = DateFormat.getDateTimeInstance();
2 26 Feb 07 jari 1253               
2 26 Feb 07 jari 1254               format.setTimeZone(TimeZone.getDefault());
2 26 Feb 07 jari 1255               DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(format.format(date));
2 26 Feb 07 jari 1256               DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 1257               treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, analysisNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 1258               
2 26 Feb 07 jari 1259               TreePath path = new TreePath(((DefaultTreeModel)tree.getModel()).getPathToRoot(analysisNode));
2 26 Feb 07 jari 1260               tree.expandPath(path);
2 26 Feb 07 jari 1261               path = new TreePath(((DefaultTreeModel)tree.getModel()).getPathToRoot(historyNode));
2 26 Feb 07 jari 1262               tree.expandPath(path);
2 26 Feb 07 jari 1263               
2 26 Feb 07 jari 1264               //signal mev analysis loaded
2 26 Feb 07 jari 1265               menubar.systemEnable(TMEV.ANALYSIS_LOADED);
2 26 Feb 07 jari 1266               
2 26 Feb 07 jari 1267               //pcahan
2 26 Feb 07 jari 1268               if(TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY){
2 26 Feb 07 jari 1269                   menubar.addAffyFilterMenuItems();
2 26 Feb 07 jari 1270               }
2 26 Feb 07 jari 1271                     
2 26 Feb 07 jari 1272                     //signal mev analysis loaded
2 26 Feb 07 jari 1273                     menubar.systemEnable(TMEV.ANALYSIS_LOADED);
2 26 Feb 07 jari 1274                     
2 26 Feb 07 jari 1275                     //pcahan
2 26 Feb 07 jari 1276                     if(TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY){
2 26 Feb 07 jari 1277                         menubar.addAffyFilterMenuItems();
2 26 Feb 07 jari 1278                     }
2 26 Feb 07 jari 1279               progressPanel.setIndeterminate(false);
2 26 Feb 07 jari 1280               ((HistoryViewer)(((LeafInfo)(((DefaultMutableTreeNode)historyNode.getChildAt(0)).getUserObject())).getViewer())).addHistory("Load analysis: " + currentAnalysisFile);
2 26 Feb 07 jari 1281
2 26 Feb 07 jari 1282                 ois.close();
2 26 Feb 07 jari 1283               xmld.close();
2 26 Feb 07 jari 1284               
2 26 Feb 07 jari 1285                 currentAnalysisFile = file;
2 26 Feb 07 jari 1286                 //set tmev.cfg to formatted path
2 26 Feb 07 jari 1287                 TMEV.updateDataPath(formatDataPath(file.getPath()));
2 26 Feb 07 jari 1288                 //set variable to OS format path
2 26 Feb 07 jari 1289                 TMEV.setDataPath(file.getParentFile().getPath());
2 26 Feb 07 jari 1290                 
2 26 Feb 07 jari 1291               String[] files = unzipDir.list();
2 26 Feb 07 jari 1292               for(int i=0; i<files.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1293                 if(!new File(unzipDir + System.getProperty("file.separator") + files[i]).delete())
2 26 Feb 07 jari 1294                   System.out.println("Can't delete " + unzipDir + System.getProperty("file.separator") + files[i]);
2 26 Feb 07 jari 1295               }
2 26 Feb 07 jari 1296               if(!unzipDir.delete())
2 26 Feb 07 jari 1297                 System.out.println("Couldn't delete " + unzipDir.toString());
2 26 Feb 07 jari 1298               
2 26 Feb 07 jari 1299               ((HistoryViewer)(((LeafInfo)(((DefaultMutableTreeNode)historyNode.getChildAt(0)).getUserObject())).getViewer())).addHistory("Load analysis: " + file);
2 26 Feb 07 jari 1300
2 26 Feb 07 jari 1301                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1302               e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1303                 cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 1304                     JOptionPane.showMessageDialog(MultipleArrayViewer.this, "Analysis was not loaded.  Error reading input file.",
2 26 Feb 07 jari 1305                     "Load Analysis Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 1306                     System.out.println(e.getMessage());
2 26 Feb 07 jari 1307                 }
2 26 Feb 07 jari 1308                 progressPanel.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1309             }
2 26 Feb 07 jari 1310         });
2 26 Feb 07 jari 1311         thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 1312         thread.start();
2 26 Feb 07 jari 1313   }
2 26 Feb 07 jari 1314     /**
2 26 Feb 07 jari 1315    * Store MultipleArrayViewer graphical preferences here.  
2 26 Feb 07 jari 1316    */
2 26 Feb 07 jari 1317   private void prepSessionMetaData(MEVSessionPrefs msp) {
2 26 Feb 07 jari 1318     try {
2 26 Feb 07 jari 1319       msp.setMaxRatioScale(menubar.getDisplayMenu().getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 1320     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1321     try {
2 26 Feb 07 jari 1322       msp.setMinRatioScale(menubar.getDisplayMenu().getMinRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 1323     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1324     try {
2 26 Feb 07 jari 1325       msp.setMidRatioScale(menubar.getDisplayMenu().getMidRatioValue());
2 26 Feb 07 jari 1326     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1327     try {
2 26 Feb 07 jari 1328       msp.setMaxCY3(menubar.getDisplayMenu().getMaxCY3Scale());
2 26 Feb 07 jari 1329     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1330     try {
2 26 Feb 07 jari 1331       msp.setMaxCY5(menubar.getDisplayMenu().getMaxCY5Scale());
2 26 Feb 07 jari 1332     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1333     try {
2 26 Feb 07 jari 1334       msp.setColorGradientState(menubar.getDisplayMenu().getColorGradientState());
2 26 Feb 07 jari 1335     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1336     try {
2 26 Feb 07 jari 1337       msp.setColorScheme(menubar.getColorScheme());
2 26 Feb 07 jari 1338     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1339     try {
2 26 Feb 07 jari 1340       msp.setPositiveGradientImageWrapper(new BufferedImageWrapper(menubar.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage()));
2 26 Feb 07 jari 1341     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1342     try {
2 26 Feb 07 jari 1343       msp.setNegativeGradientImageWrapper(new BufferedImageWrapper(menubar.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage()));
2 26 Feb 07 jari 1344     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1345     try {
2 26 Feb 07 jari 1346       msp.setAutoScale(auto_scale);
2 26 Feb 07 jari 1347     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1348     try {
2 26 Feb 07 jari 1349       msp.setElementSize(menubar.getDisplayMenu().getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 1350     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}    
2 26 Feb 07 jari 1351   }
2 26 Feb 07 jari 1352   private void processMeVPrefs(MEVSessionPrefs msp) {
2 26 Feb 07 jari 1353     try {
2 26 Feb 07 jari 1354       menubar.setMaxRatioScale(msp.getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 1355     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1356     try {
2 26 Feb 07 jari 1357       menubar.setMidRatioValue(msp.getMidRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 1358     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1359     try {
2 26 Feb 07 jari 1360       menubar.setMinRatioScale(msp.getMinRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 1361     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1362     try {
2 26 Feb 07 jari 1363       this.menubar.setMaxCY3Scale(msp.getMaxCY3());
2 26 Feb 07 jari 1364     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1365     try {
2 26 Feb 07 jari 1366       this.menubar.setMaxCY5Scale(msp.getMaxCY5());
2 26 Feb 07 jari 1367     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1368     try {
2 26 Feb 07 jari 1369       this.menubar.setColorGradientState(msp.isColorGradientState());
2 26 Feb 07 jari 1370     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1371     try {
2 26 Feb 07 jari 1372       this.menubar.setColorSchemeIndex(msp.getColorScheme());
2 26 Feb 07 jari 1373     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1374     try {
2 26 Feb 07 jari 1375       this.menubar.setPositiveCustomGradient(msp.getPositiveGradientImageWrapper().getBufferedImage());
2 26 Feb 07 jari 1376     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1377     try {
2 26 Feb 07 jari 1378       this.menubar.setNegativeCustomGradient(msp.getNegativeGradientImageWrapper().getBufferedImage());
2 26 Feb 07 jari 1379     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1380     try {
2 26 Feb 07 jari 1381       this.auto_scale = msp.isAutoScale();
2 26 Feb 07 jari 1382     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1383     try {
2 26 Feb 07 jari 1384       this.menubar.setElementSize(msp.getElementSize().width, msp.getElementSize().height);
2 26 Feb 07 jari 1385     } catch (NullPointerException npe){npe.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 1386     
2 26 Feb 07 jari 1387   }
2 26 Feb 07 jari 1388
2 26 Feb 07 jari 1389     private void loadAnalysis() {
2 26 Feb 07 jari 1390         String dataPath = TMEV.getDataPath();
2 26 Feb 07 jari 1391         File pathFile = TMEV.getFile("data/");
2 26 Feb 07 jari 1392         
2 26 Feb 07 jari 1393         if(dataPath != null) {
2 26 Feb 07 jari 1394             pathFile = new File(dataPath);
2 26 Feb 07 jari 1395             if(!pathFile.exists())
2 26 Feb 07 jari 1396                 pathFile = TMEV.getFile("data/");
2 26 Feb 07 jari 1397         }
2 26 Feb 07 jari 1398         
2 26 Feb 07 jari 1399         File file;
2 26 Feb 07 jari 1400         try {
2 26 Feb 07 jari 1401                   
2 26 Feb 07 jari 1402             //opens a single zip file, unzips it, and reads from
2 26 Feb 07 jari 1403             //the resulting files
2 26 Feb 07 jari 1404             JFileChooser chooser = new JFileChooser(pathFile);
2 26 Feb 07 jari 1405             chooser.setFileView(new AnalysisFileView());
2 26 Feb 07 jari 1406             chooser.setFileFilter(new AnalysisFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 1407                 
2 26 Feb 07 jari 1408             if(chooser.showOpenDialog(this) == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1409                 file = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 1410                 loadAnalysisFromFile(file);
2 26 Feb 07 jari 1411             }
2 26 Feb 07 jari 1412         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1413             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1414         }
2 26 Feb 07 jari 1415     }
2 26 Feb 07 jari 1416     
2 26 Feb 07 jari 1417     /*****************************
2 26 Feb 07 jari 1418      *
2 26 Feb 07 jari 1419      * Script code
2 26 Feb 07 jari 1420      */
2 26 Feb 07 jari 1421     private void onNewScript() {
2 26 Feb 07 jari 1422         if(this.scriptManager == null) {
2 26 Feb 07 jari 1423             scriptManager = new ScriptManager(framework, scriptNode, manager);
2 26 Feb 07 jari 1424         }
2 26 Feb 07 jari 1425         scriptManager.addNewScript();
2 26 Feb 07 jari 1426     }
2 26 Feb 07 jari 1427     
2 26 Feb 07 jari 1428     private void onLoadScript() {
2 26 Feb 07 jari 1429         if(this.scriptManager == null) {
2 26 Feb 07 jari 1430             scriptManager = new ScriptManager(framework, scriptNode, manager);
2 26 Feb 07 jari 1431         }
2 26 Feb 07 jari 1432         scriptManager.loadScript();
2 26 Feb 07 jari 1433     }
2 26 Feb 07 jari 1434     
2 26 Feb 07 jari 1435     
2 26 Feb 07 jari 1436     /**
2 26 Feb 07 jari 1437      * Returns the status bar text.
2 26 Feb 07 jari 1438      */
2 26 Feb 07 jari 1439     private String getStatusText() {
2 26 Feb 07 jari 1440       if(statusLabel == null)
2 26 Feb 07 jari 1441         return " ";
2 26 Feb 07 jari 1442         return statusLabel.getText();
2 26 Feb 07 jari 1443     }
2 26 Feb 07 jari 1444     
2 26 Feb 07 jari 1445     /**
2 26 Feb 07 jari 1446      * Sets the status bar text.
2 26 Feb 07 jari 1447      */
2 26 Feb 07 jari 1448     private void setStatusText(String text) {
2 26 Feb 07 jari 1449         statusLabel.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 1450     }
2 26 Feb 07 jari 1451     
2 26 Feb 07 jari 1452     /**
2 26 Feb 07 jari 1453      * Returns an user object of a selected LeafInfo.
2 26 Feb 07 jari 1454      */
2 26 Feb 07 jari 1455     private Object getUserObject() {
2 26 Feb 07 jari 1456         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 1457         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 1458             return null;
2 26 Feb 07 jari 1459         }
2 26 Feb 07 jari 1460         Object leaf = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 1461         if (!(leaf instanceof LeafInfo)) {
2 26 Feb 07 jari 1462             return null;
2 26 Feb 07 jari 1463         }
2 26 Feb 07 jari 1464         return((LeafInfo)leaf).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 1465     }
2 26 Feb 07 jari 1466     
2 26 Feb 07 jari 1467     /**
2 26 Feb 07 jari 1468      * Returns the framework main frame.
2 26 Feb 07 jari 1469      */
2 26 Feb 07 jari 1470     public JFrame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 1471         return mainframe;
2 26 Feb 07 jari 1472     }
2 26 Feb 07 jari 1473     
2 26 Feb 07 jari 1474     /**
2 26 Feb 07 jari 1475      * Moves the scroll pane content into specified coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 1476      */
2 26 Feb 07 jari 1477     public void setContentLocation(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 1478         Dimension viewSize = viewScrollPane.getViewport().getViewSize();
2 26 Feb 07 jari 1479         Dimension extSize  = viewScrollPane.getViewport().getExtentSize();
2 26 Feb 07 jari 1480         if (extSize.height+y > viewSize.height) {
2 26 Feb 07 jari 1481             y = viewSize.height - extSize.height;
2 26 Feb 07 jari 1482         }
2 26 Feb 07 jari 1483         viewScrollPane.getViewport().setViewPosition(new Point(x, y));
2 26 Feb 07 jari 1484     }
2 26 Feb 07 jari 1485     
2 26 Feb 07 jari 1486     /**
2 26 Feb 07 jari 1487      * Creates the navigation tree.
2 26 Feb 07 jari 1488      */
2 26 Feb 07 jari 1489     private JScrollPane createTreeScrollPane(EventListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1490         DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode("MultipleExperimentViewer");
2 26 Feb 07 jari 1491         
2 26 Feb 07 jari 1492         this.viewer = new MultipleArrayCanvas(this.framework, new Insets(0, 10, 0, 20));
2 26 Feb 07 jari 1493         
2 26 Feb 07 jari 1494         LeafInfo mainViewLeafInfo = new LeafInfo("Main View", viewer);
2 26 Feb 07 jari 1495         //mainViewerNode = new DefaultMutableTreeNode(mainViewLeafInfo, false);
2 26 Feb 07 jari 1496         mainViewerNode = new DefaultMutableTreeNode(mainViewLeafInfo, true); /* To add new nodes at this level */
2 26 Feb 07 jari 1497         
2 26 Feb 07 jari 1498         root.add(mainViewerNode);
2 26 Feb 07 jari 1499         
2 26 Feb 07 jari 1500         clusterNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster Manager"));
2 26 Feb 07 jari 1501         root.add(clusterNode);
2 26 Feb 07 jari 1502         
2 26 Feb 07 jari 1503         analysisNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Analysis Results"));
2 26 Feb 07 jari 1504         root.add(analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 1505         
2 26 Feb 07 jari 1506         scriptNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Script Manager"));
2 26 Feb 07 jari 1507         root.add(scriptNode);
2 26 Feb 07 jari 1508         
2 26 Feb 07 jari 1509         historyNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("History"));
2 26 Feb 07 jari 1510         root.add(historyNode);
2 26 Feb 07 jari 1511         historyLog = new HistoryViewer();
2 26 Feb 07 jari 1512         historyNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("History Log", historyLog)));
2 26 Feb 07 jari 1513         
2 26 Feb 07 jari 1514         tree = new ResultTree(root);
2 26 Feb 07 jari 1515         tree.setAnalysisNode(analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 1516         
2 26 Feb 07 jari 1517         tree.addTreeSelectionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1518         tree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1519         tree.getSelectionModel().setSelectionMode(TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
2 26 Feb 07 jari 1520         tree.setSelectionPath(new TreePath(mainViewerNode.getPath()));
2 26 Feb 07 jari 1521         tree.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 1522         
2 26 Feb 07 jari 1523         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(tree);
2 26 Feb 07 jari 1524         
2 26 Feb 07 jari 1525         
2 26 Feb 07 jari 1526         
2 26 Feb 07 jari 1527         return new JScrollPane(tree);
2 26 Feb 07 jari 1528     }
2 26 Feb 07 jari 1529     
2 26 Feb 07 jari 1530     /**
2 26 Feb 07 jari 1531      * Creates the scroll pane to display calculation results.
2 26 Feb 07 jari 1532      */
2 26 Feb 07 jari 1533     private JScrollPane createViewScrollPane(EventListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1534         JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
2 26 Feb 07 jari 1535         //scrollPane.getViewport().setScrollMode(JViewport.BACKINGSTORE_SCROLL_MODE);
2 26 Feb 07 jari 1536         
2 26 Feb 07 jari 1537         scrollPane.getViewport().setScrollMode(JViewport.SIMPLE_SCROLL_MODE);
2 26 Feb 07 jari 1538         //scrollPane.getVerticalScrollBar().setToolTipText("Use up/down/pgup/pgdown to scroll image");
2 26 Feb 07 jari 1539         KeyStroke up = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_UP, 0);
2 26 Feb 07 jari 1540         KeyStroke down = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_DOWN, 0);
2 26 Feb 07 jari 1541         KeyStroke pgup = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_PAGE_UP, 0);
2 26 Feb 07 jari 1542         KeyStroke pgdown = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_PAGE_DOWN, 0);
2 26 Feb 07 jari 1543         scrollPane.registerKeyboardAction(listener, "lineup", up, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 1544         scrollPane.registerKeyboardAction(listener, "linedown", down, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 1545         scrollPane.registerKeyboardAction(listener, "pageup", pgup, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 1546         scrollPane.registerKeyboardAction(listener, "pagedown", pgdown, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 1547         return scrollPane;
2 26 Feb 07 jari 1548     }
2 26 Feb 07 jari 1549     
2 26 Feb 07 jari 1550     /**
2 26 Feb 07 jari 1551      * Sets a current viewer. The viewer content will be inserted
2 26 Feb 07 jari 1552      * into the scroll pane view port and the viewer header will
2 26 Feb 07 jari 1553      * be used as the scroll pane header view.
2 26 Feb 07 jari 1554      */
2 26 Feb 07 jari 1555     /*private void setCurrentViewer(IViewer viewer) {
2 26 Feb 07 jari 1556         if (viewer == null || viewer.getContentComponent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 1557             return;
2 26 Feb 07 jari 1558         }
2 26 Feb 07 jari 1559         if (this.viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 1560             this.viewer.onDeselected();
2 26 Feb 07 jari 1561         }
2 26 Feb 07 jari 1562         this.viewer = viewer;
2 26 Feb 07 jari 1563         this.viewScrollPane.setViewportView(this.viewer.getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1564      
2 26 Feb 07 jari 1565         JPanel emptycorner = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 1566         emptycorner.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 1567         emptycorner.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 1568      
2 26 Feb 07 jari 1569         if (viewer instanceof GDMGeneViewer == true) {
2 26 Feb 07 jari 1570      
2 26 Feb 07 jari 1571                 GDMGeneViewer gdmV = (GDMGeneViewer)viewer;
2 26 Feb 07 jari 1572      
2 26 Feb 07 jari 1573                 gdmV.setMultipleArrayData(data);
2 26 Feb 07 jari 1574      
2 26 Feb 07 jari 1575                 gdmV.setMainFrame(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 1576      
2 26 Feb 07 jari 1577                 JComponent colHeader = gdmV.getColumnHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1578                 if (colHeader != null) {
2 26 Feb 07 jari 1579                     this.viewScrollPane.setColumnHeaderView(colHeader);
2 26 Feb 07 jari 1580                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1581                     this.viewScrollPane.setColumnHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1582                 }
2 26 Feb 07 jari 1583      
2 26 Feb 07 jari 1584                 JComponent rowHeader = gdmV.getRowHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1585                 if (rowHeader != null) {
2 26 Feb 07 jari 1586                     this.viewScrollPane.setRowHeaderView(rowHeader);
2 26 Feb 07 jari 1587                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1588                     this.viewScrollPane.setRowHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1589                 }
2 26 Feb 07 jari 1590      
2 26 Feb 07 jari 1591                 JComponent upperRightCornerSB = gdmV.getUpperRightCornerSB();
2 26 Feb 07 jari 1592                 if (upperRightCornerSB != null) {
2 26 Feb 07 jari 1593                     this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.UPPER_RIGHT_CORNER, upperRightCornerSB);
2 26 Feb 07 jari 1594                 }
2 26 Feb 07 jari 1595      
2 26 Feb 07 jari 1596                 JComponent lowerLeftCornerSB = gdmV.getLowerLeftCornerSB();
2 26 Feb 07 jari 1597                 if (lowerLeftCornerSB != null) {
2 26 Feb 07 jari 1598                     this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.LOWER_LEFT_CORNER, lowerLeftCornerSB);
2 26 Feb 07 jari 1599                 }
2 26 Feb 07 jari 1600      
2 26 Feb 07 jari 1601                 this.viewScrollPane.setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 1602                 this.viewScrollPane.setVerticalScrollBarPolicy(JScrollPane.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 1603      
2 26 Feb 07 jari 1604         } else if (viewer instanceof GDMExpViewer == true) {
2 26 Feb 07 jari 1605      
2 26 Feb 07 jari 1606                 GDMExpViewer gdmV = (GDMExpViewer)viewer;
2 26 Feb 07 jari 1607      
2 26 Feb 07 jari 1608                 gdmV.setMultipleArrayData(data);
2 26 Feb 07 jari 1609      
2 26 Feb 07 jari 1610                 gdmV.setMainFrame(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 1611      
2 26 Feb 07 jari 1612                 JComponent colHeader = gdmV.getColumnHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1613                 if (colHeader != null) {
2 26 Feb 07 jari 1614                     this.viewScrollPane.setColumnHeaderView(colHeader);
2 26 Feb 07 jari 1615                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1616                     this.viewScrollPane.setColumnHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1617                 }
2 26 Feb 07 jari 1618      
2 26 Feb 07 jari 1619                 JComponent rowHeader = gdmV.getRowHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1620                 if (rowHeader != null) {
2 26 Feb 07 jari 1621                     this.viewScrollPane.setRowHeaderView(rowHeader);
2 26 Feb 07 jari 1622                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1623                     this.viewScrollPane.setRowHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1624                 }
2 26 Feb 07 jari 1625      
2 26 Feb 07 jari 1626                 JComponent upperRightCornerSB = gdmV.getUpperRightCornerSB();
2 26 Feb 07 jari 1627                 if (upperRightCornerSB != null) {
2 26 Feb 07 jari 1628                     this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.UPPER_RIGHT_CORNER, upperRightCornerSB);
2 26 Feb 07 jari 1629                 }
2 26 Feb 07 jari 1630      
2 26 Feb 07 jari 1631                 JComponent lowerLeftCornerSB = gdmV.getLowerLeftCornerSB();
2 26 Feb 07 jari 1632                 if (lowerLeftCornerSB != null) {
2 26 Feb 07 jari 1633                     this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.LOWER_LEFT_CORNER, lowerLeftCornerSB);
2 26 Feb 07 jari 1634                 }
2 26 Feb 07 jari 1635      
2 26 Feb 07 jari 1636                 this.viewScrollPane.setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 1637                 this.viewScrollPane.setVerticalScrollBarPolicy(JScrollPane.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 1638      
2 26 Feb 07 jari 1639         } else {
2 26 Feb 07 jari 1640      
2 26 Feb 07 jari 1641                 JComponent header = viewer.getHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1642                 if (header != null) {
2 26 Feb 07 jari 1643                     this.viewScrollPane.setColumnHeaderView(header);
2 26 Feb 07 jari 1644      
2 26 Feb 07 jari 1645                     if (this.viewScrollPane.getCorner(JScrollPane.UPPER_RIGHT_CORNER) != null) {
2 26 Feb 07 jari 1646                         this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.UPPER_RIGHT_CORNER, emptycorner);
2 26 Feb 07 jari 1647                     }
2 26 Feb 07 jari 1648      
2 26 Feb 07 jari 1649                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1650                     this.viewScrollPane.setColumnHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1651                 }
2 26 Feb 07 jari 1652                 this.viewScrollPane.setRowHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1653      
2 26 Feb 07 jari 1654         }
2 26 Feb 07 jari 1655      
2 26 Feb 07 jari 1656         this.viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 1657         doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 1658         handleThumbnailButton(this.viewer);
2 26 Feb 07 jari 1659     }
2 26 Feb 07 jari 1660      */
2 26 Feb 07 jari 1661     
2 26 Feb 07 jari 1662     /**
2 26 Feb 07 jari 1663      * Sets a current viewer. The viewer content will be inserted
2 26 Feb 07 jari 1664      * into the scroll pane view port and the viewer header will
2 26 Feb 07 jari 1665      * be used as the scroll pane header view.
2 26 Feb 07 jari 1666      */
2 26 Feb 07 jari 1667     
2 26 Feb 07 jari 1668     private void setCurrentViewer(IViewer viewer) {
2 26 Feb 07 jari 1669         
2 26 Feb 07 jari 1670         /*
2 26 Feb 07 jari 1671         if (viewer == null || viewer.getContentComponent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 1672             return;
2 26 Feb 07 jari 1673         }
2 26 Feb 07 jari 1674          *
2 26 Feb 07 jari 1675          *        
2 26 Feb 07 jari 1676          * Above wascode changed to support nodes that have viewers with null content
2 26 Feb 07 jari 1677          * These 'viewers' still implement onSelected for the sake of initialization
2 26 Feb 07 jari 1678          * of node-based popups created after deserialization (loading an analysis)
2 26 Feb 07 jari 1679          * 
2 26 Feb 07 jari 1680          * The new corresponding code is in two blocks below marked by '&&'.
2 26 Feb 07 jari 1681          *
2 26 Feb 07 jari 1682          * 12.16.2004 implemented for this purpose to handle new menus in PCA
2 26 Feb 07 jari 1683          * for selection of displayed components.
2 26 Feb 07 jari 1684          */
2 26 Feb 07 jari 1685         
2 26 Feb 07 jari 1686         // && handles the cases where selected node does not have an IViewer
2 26 Feb 07 jari 1687         if(viewer == null) {
2 26 Feb 07 jari 1688             return;
2 26 Feb 07 jari 1689         }
2 26 Feb 07 jari 1690         
2 26 Feb 07 jari 1691         // && handles viewers that contain a null content component, *See Above*
2 26 Feb 07 jari 1692         if(viewer.getContentComponent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 1693             viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 1694             return;
2 26 Feb 07 jari 1695         }
2 26 Feb 07 jari 1696         
2 26 Feb 07 jari 1697         if (this.viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 1698             this.viewer.onDeselected();
2 26 Feb 07 jari 1699         }
2 26 Feb 07 jari 1700         this.viewer = viewer;
2 26 Feb 07 jari 1701         /* Raktim Nov 15, 2005 - CGH Specific
2 26 Feb 07 jari 1702          * Special case to handle CGHPositionGraphViewer.
2 26 Feb 07 jari 1703      * CGHPositionGraphViewer needs onSelected called before setting the viewport
2 26 Feb 07 jari 1704      */
2 26 Feb 07 jari 1705     if (this.viewer instanceof CGHPositionGraphViewer) {
2 26 Feb 07 jari 1706       this.viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 1707         }
2 26 Feb 07 jari 1708      
2 26 Feb 07 jari 1709         this.viewScrollPane.setViewportView(this.viewer.getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1710         
2 26 Feb 07 jari 1711         //Top Header (column header)
2 26 Feb 07 jari 1712         JComponent header = viewer.getHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1713         if (header != null) {
2 26 Feb 07 jari 1714             this.viewScrollPane.setColumnHeaderView(header);
2 26 Feb 07 jari 1715         } else {
2 26 Feb 07 jari 1716             this.viewScrollPane.setColumnHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1717         }
2 26 Feb 07 jari 1718         
2 26 Feb 07 jari 1719         //Left header (row header)
2 26 Feb 07 jari 1720         JComponent rowHeader = viewer.getRowHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1721         if (rowHeader != null) {
2 26 Feb 07 jari 1722             this.viewScrollPane.setRowHeaderView(rowHeader);
2 26 Feb 07 jari 1723         } else {
2 26 Feb 07 jari 1724             this.viewScrollPane.setRowHeader(null);
2 26 Feb 07 jari 1725         }
2 26 Feb 07 jari 1726         
2 26 Feb 07 jari 1727         //Corner components
2 26 Feb 07 jari 1728         JComponent cornerComponent = viewer.getCornerComponent(IViewer.UPPER_LEFT_CORNER);
2 26 Feb 07 jari 1729         if (cornerComponent != null)
2 26 Feb 07 jari 1730             this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.UPPER_LEFT_CORNER, cornerComponent);
2 26 Feb 07 jari 1731         
2 26 Feb 07 jari 1732         cornerComponent = viewer.getCornerComponent(IViewer.UPPER_RIGHT_CORNER);
2 26 Feb 07 jari 1733         if (cornerComponent != null)
2 26 Feb 07 jari 1734             this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.UPPER_RIGHT_CORNER, cornerComponent);
2 26 Feb 07 jari 1735         
2 26 Feb 07 jari 1736         cornerComponent = viewer.getCornerComponent(IViewer.LOWER_LEFT_CORNER);
2 26 Feb 07 jari 1737         if (cornerComponent != null)
2 26 Feb 07 jari 1738             this.viewScrollPane.setCorner(JScrollPane.LOWER_LEFT_CORNER, cornerComponent);
2 26 Feb 07 jari 1739         
2 26 Feb 07 jari 1740         //this.viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 1741         /* Raktim Nov 15, 2005 - CGH Specific
2 26 Feb 07 jari 1742      * New if condition.
2 26 Feb 07 jari 1743      * Do not call onSelected if viewer id of type CGHPositionGraphViewer
2 26 Feb 07 jari 1744      */
2 26 Feb 07 jari 1745     if (!(this.viewer instanceof CGHPositionGraphViewer)) {
2 26 Feb 07 jari 1746       this.viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 1747         }
2 26 Feb 07 jari 1748         doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 1749     }
2 26 Feb 07 jari 1750     
2 26 Feb 07 jari 1751
2 26 Feb 07 jari 1752     /**
2 26 Feb 07 jari 1753      * Returns a current viewer.
2 26 Feb 07 jari 1754      */
2 26 Feb 07 jari 1755     private IViewer getCurrentViewer() {
2 26 Feb 07 jari 1756         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 1757     }
2 26 Feb 07 jari 1758     
2 26 Feb 07 jari 1759     /**
2 26 Feb 07 jari 1760      * Invokes onClose method for all the viewers when the framework is
2 26 Feb 07 jari 1761      * going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 1762      */
2 26 Feb 07 jari 1763     private void fireOnCloseEvent(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 1764         Object userObject = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 1765         if (userObject instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 1766             LeafInfo leafInfo = (LeafInfo)userObject;
2 26 Feb 07 jari 1767             IViewer viewer = leafInfo.getViewer();
2 26 Feb 07 jari 1768             if (viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 1769                 viewer.onClosed();
2 26 Feb 07 jari 1770             }
2 26 Feb 07 jari 1771         }
2 26 Feb 07 jari 1772         for (int i=0; i<node.getChildCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1773             fireOnCloseEvent((DefaultMutableTreeNode)node.getChildAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1774         }
2 26 Feb 07 jari 1775     }
2 26 Feb 07 jari 1776     
2 26 Feb 07 jari 1777     /**
2 26 Feb 07 jari 1778      * Invoked by a window listener when frame close button was pressed.
2 26 Feb 07 jari 1779      */
2 26 Feb 07 jari 1780     private void onClose() {
2 26 Feb 07 jari 1781         onSaveCheck();
2 26 Feb 07 jari 1782         
2 26 Feb 07 jari 1783         addHistory("Close Viewer");
2 26 Feb 07 jari 1784         
2 26 Feb 07 jari 1785         TMEV.setDataType(TMEV.DATA_TYPE_TWO_DYE);  //default type
2 26 Feb 07 jari 1786         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 1787         fireOnCloseEvent((DefaultMutableTreeNode)model.getRoot());
2 26 Feb 07 jari 1788         mainframe.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1789         Manager.removeComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 1790     }
2 26 Feb 07 jari 1791     
2 26 Feb 07 jari 1792     /**
2 26 Feb 07 jari 1793      * Checks to see if the session should be saved
2 26 Feb 07 jari 1794      */
2 26 Feb 07 jari 1795     private void onSaveCheck() {
2 26 Feb 07 jari 1796       //meets three criteria, has data loaded, result is modified, allowed to prompt
2 26 Feb 07 jari 1797         if(this.modifiedResult && this.data != null && TMEV.permitSavePrompt){
2 26 Feb 07 jari 1798             AnalysisSaveDialog dialog = new AnalysisSaveDialog(this.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 1799             int result = dialog.showModal();
2 26 Feb 07 jari 1800             boolean permitSave = dialog.askAgain();
2 26 Feb 07 jari 1801             if(result == JOptionPane.YES_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1802                 saveAnalysisAs();
2 26 Feb 07 jari 1803             }
2 26 Feb 07 jari 1804             if(TMEV.permitSavePrompt != permitSave) {
2 26 Feb 07 jari 1805                 TMEV.setPermitPrompt(permitSave);
2 26 Feb 07 jari 1806             }
2 26 Feb 07 jari 1807         }
2 26 Feb 07 jari 1808     }
2 26 Feb 07 jari 1809     
2 26 Feb 07 jari 1810     /**
2 26 Feb 07 jari 1811      * Creates an image for specified viewer.
2 26 Feb 07 jari 1812      */
2 26 Feb 07 jari 1813     private BufferedImage createDefaultImage(IViewer viewer) {
2 26 Feb 07 jari 1814         JComponent content = viewer.getContentComponent();
2 26 Feb 07 jari 1815         JComponent header  = viewer.getHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 1816         int width  = content.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 1817         int height = content.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 1818         if (header != null) {
2 26 Feb 07 jari 1819             width = Math.max(width, header.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 1820             height += header.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 1821         }
2 26 Feb 07 jari 1822         // BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(256,1);
2 26 Feb 07 jari 1823         BufferedImage image = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);  //need to use this type for image creation
2 26 Feb 07 jari 1824         Graphics2D g = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1825         g.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 1826         g.fillRect(0, 0, image.getWidth(), image.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 1827         
2 26 Feb 07 jari 1828         if (header != null) {
2 26 Feb 07 jari 1829             int headerHeight = header.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 1830             g.setClip(0, 0, width, headerHeight);
2 26 Feb 07 jari 1831             header.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 1832             g.translate(0, headerHeight);
2 26 Feb 07 jari 1833             g.setClip(0, 0, width, height-headerHeight);
2 26 Feb 07 jari 1834         } else {
2 26 Feb 07 jari 1835             g.setClip(0, 0, width, height);
2 26 Feb 07 jari 1836         }
2 26 Feb 07 jari 1837         content.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 1838         return image;
2 26 Feb 07 jari 1839     }
2 26 Feb 07 jari 1840     
2 26 Feb 07 jari 1841     /**
2 26 Feb 07 jari 1842      * Saves a current viewer image into the user specified file.
2 26 Feb 07 jari 1843      */
2 26 Feb 07 jari 1844     private void onSaveImage() {
2 26 Feb 07 jari 1845       String dataPath = TMEV.getDataPath();
2 26 Feb 07 jari 1846         File fileLoc = TMEV.getFile("data/");
2 26 Feb 07 jari 1847         
2 26 Feb 07 jari 1848         // if the data path is null go to default, if not null and not exist then to to default
2 26 Feb 07 jari 1849         // else use the dataPath
2 26 Feb 07 jari 1850         
2 26 Feb 07 jari 1851         if(dataPath != null) {
2 26 Feb 07 jari 1852             fileLoc = new File(dataPath);
2 26 Feb 07 jari 1853             
2 26 Feb 07 jari 1854             if(!fileLoc.exists()) {
2 26 Feb 07 jari 1855                 fileLoc = TMEV.getFile("data/");
2 26 Feb 07 jari 1856             }
2 26 Feb 07 jari 1857         }
2 26 Feb 07 jari 1858       
2 26 Feb 07 jari 1859         final JFileChooser chooser = new JFileChooser(fileLoc);
2 26 Feb 07 jari 1860         chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
2 26 Feb 07 jari 1861         chooser.addChoosableFileFilter(new BMPFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 1862         chooser.addChoosableFileFilter(new JPGFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 1863         chooser.addChoosableFileFilter(new PNGFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 1864         chooser.addChoosableFileFilter(new TIFFFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 1865         int chooserState = chooser.showSaveDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 1866         if (chooserState == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1867             IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 1868             BufferedImage image = viewer.getImage();
2 26 Feb 07 jari 1869             if (image == null) {
2 26 Feb 07 jari 1870                 image = createDefaultImage(viewer);
2 26 Feb 07 jari 1871             }
2 26 Feb 07 jari 1872             final File fFile = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 1873             final BufferedImage fImage = image;
2 26 Feb 07 jari 1874             final String fFormat = ((ImageFileFilter)chooser.getFileFilter()).getFileFormat();
2 26 Feb 07 jari 1875             final ImageEncodeParam fParam = ((ImageFileFilter)chooser.getFileFilter()).getImageEncodeParam();
2 26 Feb 07 jari 1876             try {
2 26 Feb 07 jari 1877                 Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 1878                     public void run() {
2 26 Feb 07 jari 1879                         JAI.create("filestore", fImage, fFile.getPath(), fFormat, fParam);
2 26 Feb 07 jari 1880                         Manager.message(getFrame(), "Image saved: "+fFile.getPath());
2 26 Feb 07 jari 1881                     }
2 26 Feb 07 jari 1882                 };
2 26 Feb 07 jari 1883                 thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 1884                 thread.start();
2 26 Feb 07 jari 1885             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1886                 Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 1887             }
2 26 Feb 07 jari 1888         }
2 26 Feb 07 jari 1889     }
2 26 Feb 07 jari 1890     
2 26 Feb 07 jari 1891     //wwang customized MAV
2 26 Feb 07 jari 1892     private void onNewMultipleArrayViewer(){
2 26 Feb 07 jari 1893       MultipleArrayViewer mav;
2 26 Feb 07 jari 1894       CustomToolbarInitDialog ctg=new CustomToolbarInitDialog(manager);
2 26 Feb 07 jari 1895        if (ctg.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {  
2 26 Feb 07 jari 1896          TMEV.setCustomerStatSave();
2 26 Feb 07 jari 1897          mav = new MultipleArrayViewer();
2 26 Feb 07 jari 1898         onClose();
2 26 Feb 07 jari 1899         
2 26 Feb 07 jari 1900         Manager.addComponent(mav);
2 26 Feb 07 jari 1901         
2 26 Feb 07 jari 1902         //TMEV.clearFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 1903         //Remove the next two lines (about DB system enabling)
2 26 Feb 07 jari 1904         //mav.systemEnable(TMEV.DB_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 1905         //mav.systemEnable(TMEV.DB_LOGIN);
2 26 Feb 07 jari 1906         mav.getFrame().setSize(1150, 700);
2 26 Feb 07 jari 1907         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 1908         mav.getFrame().setLocation((screenSize.width - mav.getFrame().getSize().width)/2, (screenSize.height - mav.getFrame().getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 1909         mav.getFrame().setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1910        }
2 26 Feb 07 jari 1911     }
2 26 Feb 07 jari 1912     /**
2 26 Feb 07 jari 1913      * Loads file with a microarray data.
2 26 Feb 07 jari 1914      */
2 26 Feb 07 jari 1915     private void onLoadFile() {
2 26 Feb 07 jari 1916         try {
2 26 Feb 07 jari 1917             ISlideData slideData = loadSlideData(data.getSlideMetaData());
2 26 Feb 07 jari 1918             if (slideData != null){
2 26 Feb 07 jari 1919                 addFeature(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1920                 setMaxCY3AndCY5();
2 26 Feb 07 jari 1921             }
2 26 Feb 07 jari 1922         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1923             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Load File Error", e);
2 26 Feb 07 jari 1924         }
2 26 Feb 07 jari 1925     }
2 26 Feb 07 jari 1926     
2 26 Feb 07 jari 1927     /**
2 26 Feb 07 jari 1928      * Loads microarrays data from cluster formatted file.
2 26 Feb 07 jari 1929      */
2 26 Feb 07 jari 1930     private void onLoadCluster() {
2 26 Feb 07 jari 1931         loadFromStanfordFile("Select a Cluster File to Open");
2 26 Feb 07 jari 1932     }
2 26 Feb 07 jari 1933     
2 26 Feb 07 jari 1934     /**
2 26 Feb 07 jari 1935      * Loads microarrays data from stanford formatted file.
2 26 Feb 07 jari 1936      */
2 26 Feb 07 jari 1937     private void onLoadStanford() {
2 26 Feb 07 jari 1938         loadFromStanfordFile("Select a Stanford File to Open");
2 26 Feb 07 jari 1939     }
2 26 Feb 07 jari 1940     
2 26 Feb 07 jari 1941     /**
2 26 Feb 07 jari 1942      * Loads microarrays data from a database.
2 26 Feb 07 jari 1943      *
2 26 Feb 07 jari 1944      * Note: does'nt implemented at the moment.
2 26 Feb 07 jari 1945      */
2 26 Feb 07 jari 1946     private void onLoadDatabase() {
2 26 Feb 07 jari 1947         SetDatabaseDialog sdd = new SetDatabaseDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 1948         if (sdd.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1949             return;
2 26 Feb 07 jari 1950         }
2 26 Feb 07 jari 1951         String database = sdd.getDatabase();
2 26 Feb 07 jari 1952         
2 26 Feb 07 jari 1953         // STUB: file names shold be loaded from the 'database'
2 26 Feb 07 jari 1954         String[] files = new String[] {"L4A1", "L4A2", "L4A3"};
2 26 Feb 07 jari 1955         
2 26 Feb 07 jari 1956         SetSlideFilenameDialog ssfd = new SetSlideFilenameDialog(getFrame(), files);
2 26 Feb 07 jari 1957         if (ssfd.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1958             return;
2 26 Feb 07 jari 1959         }
2 26 Feb 07 jari 1960         String filename = ssfd.getFileName();
2 26 Feb 07 jari 1961         System.out.println("db  : "+database);
2 26 Feb 07 jari 1962         System.out.println("file: "+filename);
2 26 Feb 07 jari 1963     }
2 26 Feb 07 jari 1964     
2 26 Feb 07 jari 1965     /**
2 26 Feb 07 jari 1966      * Loads stanford file.
2 26 Feb 07 jari 1967      * @param title the title for standard file chooser dialog.
2 26 Feb 07 jari 1968      */
2 26 Feb 07 jari 1969     private void loadFromStanfordFile(String title) {
2 26 Feb 07 jari 1970         try {
2 26 Feb 07 jari 1971             ISlideData[] slideData = super.loadStanfordFile(title);
2 26 Feb 07 jari 1972             if (slideData != null) {
2 26 Feb 07 jari 1973                 addFeatures(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1974                 setMaxCY3AndCY5();
2 26 Feb 07 jari 1975             }
2 26 Feb 07 jari 1976         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1977             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Load Data Error", e);
2 26 Feb 07 jari 1978         }
2 26 Feb 07 jari 1979     }
2 26 Feb 07 jari 1980     
2 26 Feb 07 jari 1981     /**
2 26 Feb 07 jari 1982      * Loads data from the user specified directory.
2 26 Feb 07 jari 1983      */
2 26 Feb 07 jari 1984     private void onLoadDirectory() {
2 26 Feb 07 jari 1985         try {
2 26 Feb 07 jari 1986             ISlideData[] slideData = loadDirectory(data.getSlideMetaData());
2 26 Feb 07 jari 1987             if (slideData != null) {
2 26 Feb 07 jari 1988                 addFeatures(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1989                 setMaxCY3AndCY5();
2 26 Feb 07 jari 1990             }
2 26 Feb 07 jari 1991         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1992             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Load Directory Error", e);
2 26 Feb 07 jari 1993         }
2 26 Feb 07 jari 1994     }
2 26 Feb 07 jari 1995     
2 26 Feb 07 jari 1996     /**
2 26 Feb 07 jari 1997      * Sets Initial Max CY3 and CY5 in menu
2 26 Feb 07 jari 1998      */
2 26 Feb 07 jari 1999     private void setMaxCY3AndCY5(){
2 26 Feb 07 jari 2000       this.menubar.setMaxCY3Scale(data.getMaxCY3());
2 26 Feb 07 jari 2001       this.menubar.setMaxCY5Scale(data.getMaxCY5());
2 26 Feb 07 jari 2002     }
2 26 Feb 07 jari 2003     
2 26 Feb 07 jari 2004     /**
2 26 Feb 07 jari 2005      * Invoked when a label menu item is selected.
2 26 Feb 07 jari 2006      */
2 26 Feb 07 jari 2007     private void onLabelChanged(Action action) {
2 26 Feb 07 jari 2008         String index = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 2009         menubar.setLabelIndex(Integer.parseInt(index));
2 26 Feb 07 jari 2010         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2011     }
2 26 Feb 07 jari 2012     
2 26 Feb 07 jari 2013     /**
2 26 Feb 07 jari 2014      * Invoked when a label menu item is selected.
2 26 Feb 07 jari 2015      */
2 26 Feb 07 jari 2016     private void onExperimentLabelChanged(Action action) {
2 26 Feb 07 jari 2017         String key = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 2018         //menubar.setExperimentLabelIndex(Integer.parseInt(index));
2 26 Feb 07 jari 2019         this.data.setSampleLabelKey(key);
2 26 Feb 07 jari 2020         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2021     }
2 26 Feb 07 jari 2022     
2 26 Feb 07 jari 2023     
2 26 Feb 07 jari 2024     private void onExperimentLabelAdded() {
2 26 Feb 07 jari 2025         
2 26 Feb 07 jari 2026         boolean safeToReorderExperiments = false;
2 26 Feb 07 jari 2027         
2 26 Feb 07 jari 2028         //make sure no results exist and cluster repositories are null, then safe to reorder.
2 26 Feb 07 jari 2029         //note that result counter starts at 1 and holds the index for the next result
2 26 Feb 07 jari 2030         safeToReorderExperiments = (this.resultCount < 2 && this.geneClusterRepository == null && this.experimentClusterRepository == null);
2 26 Feb 07 jari 2031         
2 26 Feb 07 jari 2032         //get the longest key set from loaded samples
2 26 Feb 07 jari 2033         Vector featureAttributes = this.data.getSlideNameKeyVectorUnion();
2 26 Feb 07 jari 2034         
2 26 Feb 07 jari 2035         
2 26 Feb 07 jari 2036         ExperimentLabelEditor editor = new ExperimentLabelEditor(this.getFrame(), featureAttributes, this.data, safeToReorderExperiments);
2 26 Feb 07 jari 2037         
2 26 Feb 07 jari 2038         //return if not OK
2 26 Feb 07 jari 2039         if(editor.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION)
2 26 Feb 07 jari 2040             return;
2 26 Feb 07 jari 2041         
2 26 Feb 07 jari 2042         //get data and keys
2 26 Feb 07 jari 2043         String [][] data = editor.getLabelDataWithoutKeys();
2 26 Feb 07 jari 2044         String [] keys = editor.getLabelKeys();
2 26 Feb 07 jari 2045         
2 26 Feb 07 jari 2046         //add/update features
2 26 Feb 07 jari 2047         for(int i=0; i < keys.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 2048             this.data.addNewExperimentLabel(keys[i], data[i]);
2 26 Feb 07 jari 2049         
2 26 Feb 07 jari 2050         //add the new label to the experiment label menu
2 26 Feb 07 jari 2051         this.menubar.replaceExperimentLabelMenuItems(keys);
2 26 Feb 07 jari 2052         
2 26 Feb 07 jari 2053         //now the data has been updated, check for reordering request
2 26 Feb 07 jari 2054         if(safeToReorderExperiments && editor.isReorderedSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2055             int [] order = editor.getNewOrderScheme();
2 26 Feb 07 jari 2056             ArrayList featuresList = new ArrayList(order.length);
2 26 Feb 07 jari 2057             for(int i = 0; i < order.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2058                 featuresList.add(this.data.getFeature(order[i]));
2 26 Feb 07 jari 2059             }
2 26 Feb 07 jari 2060             //set new features list
2 26 Feb 07 jari 2061             this.data.setFeaturesList(featuresList);
2 26 Feb 07 jari 2062         }
2 26 Feb 07 jari 2063         this.fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2064     }
2 26 Feb 07 jari 2065     
2 26 Feb 07 jari 2066     /**
2 26 Feb 07 jari 2067      * Adds a microarray data into the framework.
2 26 Feb 07 jari 2068      */
2 26 Feb 07 jari 2069     private void addFeature(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 2070         data.addFeature(slideData);
2 26 Feb 07 jari 2071         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 2072         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2073     }
2 26 Feb 07 jari 2074     
2 26 Feb 07 jari 2075     /**
2 26 Feb 07 jari 2076      * Adds an array of microarrays data into the framework.
2 26 Feb 07 jari 2077      */
2 26 Feb 07 jari 2078     private void addFeatures(ISlideData[] slideData) {
2 26 Feb 07 jari 2079         data.addFeatures(slideData);
2 26 Feb 07 jari 2080         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 2081         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2082     }
2 26 Feb 07 jari 2083     
2 26 Feb 07 jari 2084     /**
2 26 Feb 07 jari 2085      * Notifies a current viewer what the framework data is changed.
2 26 Feb 07 jari 2086      */
2 26 Feb 07 jari 2087     public void fireDataChanged() {
2 26 Feb 07 jari 2088         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 2089         if (viewer == null) {
2 26 Feb 07 jari 2090             return;
2 26 Feb 07 jari 2091         }
2 26 Feb 07 jari 2092         viewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 2093         doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 2094     }
2 26 Feb 07 jari 2095     
2 26 Feb 07 jari 2096     /**
2 26 Feb 07 jari 2097      * Notifies a current viewer what the framework menu is changed.
2 26 Feb 07 jari 2098      */
2 26 Feb 07 jari 2099     private void fireMenuChanged() {
2 26 Feb 07 jari 2100         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 2101         if (viewer == null) {
2 26 Feb 07 jari 2102             return;
2 26 Feb 07 jari 2103         }
2 26 Feb 07 jari 2104         /* Raktim, Handle differently for CGH Menu */
2 26 Feb 07 jari 2105         if(viewer instanceof ICGHViewer){
2 26 Feb 07 jari 2106           ((ICGHViewer)viewer).onMenuChanged(menubar.getCghDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 2107           ((ICGHViewer)viewer).onMenuChanged(menubar.getDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 2108         } else {
2 26 Feb 07 jari 2109           viewer.onMenuChanged(menubar.getDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 2110         }
2 26 Feb 07 jari 2111         doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 2112     }
2 26 Feb 07 jari 2113     
2 26 Feb 07 jari 2114     
2 26 Feb 07 jari 2115     /**
2 26 Feb 07 jari 2116      * Invoked when the header name is truncated or expanded.
2 26 Feb 07 jari 2117      */
2 26 Feb 07 jari 2118     private void fireHeaderChanged() {
2 26 Feb 07 jari 2119         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 2120         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 2121             return;
2 26 Feb 07 jari 2122         }
2 26 Feb 07 jari 2123         Object userObject = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2124         if (!(userObject instanceof LeafInfo)) {
2 26 Feb 07 jari 2125             return;
2 26 Feb 07 jari 2126         }
2 26 Feb 07 jari 2127         setCurrentViewer(((LeafInfo)userObject).getViewer());
2 26 Feb 07 jari 2128     }
2 26 Feb 07 jari 2129     
2 26 Feb 07 jari 2130     /**
2 26 Feb 07 jari 2131      * Updates the scroll pane size according to a current
2 26 Feb 07 jari 2132      * viewer one.
2 26 Feb 07 jari 2133      */
2 26 Feb 07 jari 2134     private void doViewLayout() {
2 26 Feb 07 jari 2135         JViewport header = viewScrollPane.getColumnHeader();
2 26 Feb 07 jari 2136         if (header != null) {
2 26 Feb 07 jari 2137             header.doLayout();
2 26 Feb 07 jari 2138         }
2 26 Feb 07 jari 2139         viewScrollPane.getViewport().doLayout();
2 26 Feb 07 jari 2140         viewScrollPane.doLayout();
2 26 Feb 07 jari 2141         viewScrollPane.repaint();
2 26 Feb 07 jari 2142     }
2 26 Feb 07 jari 2143     
2 26 Feb 07 jari 2144     /**
2 26 Feb 07 jari 2145      * Normalize the framework data with specified mode.
2 26 Feb 07 jari 2146      */
2 26 Feb 07 jari 2147     private void onNormalizeData(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 2148         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2149         data.normalize(mode, this);
2 26 Feb 07 jari 2150         addHistory("Normalization State: "+SlideData.normalizationString(mode));
2 26 Feb 07 jari 2151         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2152     }
2 26 Feb 07 jari 2153     
2 26 Feb 07 jari 2154     /**
2 26 Feb 07 jari 2155      * Normalize the framework data with specified mode.
2 26 Feb 07 jari 2156      */
2 26 Feb 07 jari 2157     private void onNormalizeDataList(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 2158         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2159         data.normalizeList(mode);
2 26 Feb 07 jari 2160         addHistory(SlideData.normalizationString(mode));
2 26 Feb 07 jari 2161         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2162     }
2 26 Feb 07 jari 2163     
2 26 Feb 07 jari 2164     /**
2 26 Feb 07 jari 2165      * Invoked when the navigation tree node is changed.
2 26 Feb 07 jari 2166      */
2 26 Feb 07 jari 2167     private void onNodeChanged(TreeSelectionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2168         JTree tree = (JTree)event.getSource();
2 26 Feb 07 jari 2169         TreePath path = event.getPath();
2 26 Feb 07 jari 2170         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 2171         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 2172             return;
2 26 Feb 07 jari 2173         }
2 26 Feb 07 jari 2174         Object userObject = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2175         if (!(userObject instanceof LeafInfo)) {
2 26 Feb 07 jari 2176             return;
2 26 Feb 07 jari 2177         }
2 26 Feb 07 jari 2178         setCurrentViewer(((LeafInfo)userObject).getViewer());
2 26 Feb 07 jari 2179     }
2 26 Feb 07 jari 2180     
2 26 Feb 07 jari 2181     /**
2 26 Feb 07 jari 2182      * Sets a spot size.
2 26 Feb 07 jari 2183      */
2 26 Feb 07 jari 2184     private void onElementSizeChanged(int width, int height) {
2 26 Feb 07 jari 2185         menubar.setElementSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 2186         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2187     }
2 26 Feb 07 jari 2188     
2 26 Feb 07 jari 2189     /**
2 26 Feb 07 jari 2190      * Sets the user specified spot size.
2 26 Feb 07 jari 2191      */
2 26 Feb 07 jari 2192     private void onElementSizeChanged() {
2 26 Feb 07 jari 2193         SetElementSizeDialog sesd = new SetElementSizeDialog(getFrame(), menubar.getDisplayMenu().getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 2194         if (sesd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2195             Dimension size = sesd.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 2196             onElementSizeChanged(size.width, size.height);
2 26 Feb 07 jari 2197         }
2 26 Feb 07 jari 2198     }
2 26 Feb 07 jari 2199     
2 26 Feb 07 jari 2200     /**
2 26 Feb 07 jari 2201      * Sets the color pallete colors
2 26 Feb 07 jari 2202      */
2 26 Feb 07 jari 2203     private void onColorSchemeChange(int colorScheme){
2 26 Feb 07 jari 2204         int initColorScheme = menubar.getColorScheme();
2 26 Feb 07 jari 2205         if(colorScheme == IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME || colorScheme == IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME || colorScheme == IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 2206             this.menubar.setColorSchemeIndex(colorScheme);
2 26 Feb 07 jari 2207             if(colorScheme == IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 2208               this.menubar.setUseDoubleGradient(false); //rainbow uses single gradient (pos)
2 26 Feb 07 jari 2209             } else {
2 26 Feb 07 jari 2210                 this.menubar.setUseDoubleGradient(true);  //use double gradient
2 26 Feb 07 jari 2211             }
2 26 Feb 07 jari 2212         } else { 
2 26 Feb 07 jari 2213           //select a custom color scheme
2 26 Feb 07 jari 2214           
2 26 Feb 07 jari 2215           // using rainbow scheme set current to standard green/black/red first
2 26 Feb 07 jari 2216           boolean rainbowScheme = (initColorScheme == IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 2217           if(rainbowScheme) {
2 26 Feb 07 jari 2218             menubar.setColorSchemeIndex(IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 2219             menubar.setUseDoubleGradient(true);
2 26 Feb 07 jari 2220           }
2 26 Feb 07 jari 2221             ColorSchemeSelectionDialog dialog = new ColorSchemeSelectionDialog((Frame)getFrame(), true, menubar.getNegativeGradientImage(), menubar.getPositiveGradientImage(), this.menubar.getDisplayMenu().getUseDoubleGradient());            
2 26 Feb 07 jari 2222             if(dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2223               //if not ok and using rainbow, set back
2 26 Feb 07 jari 2224               if(rainbowScheme) { 
2 26 Feb 07 jari 2225                 menubar.setColorSchemeIndex(IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME);                
2 26 Feb 07 jari 2226                 menubar.setUseDoubleGradient(false);
2 26 Feb 07 jari 2227               }
2 26 Feb 07 jari 2228               return;
2 26 Feb 07 jari 2229             }
2 26 Feb 07 jari 2230             this.menubar.setPositiveCustomGradient(dialog.getPositiveGradient());
2 26 Feb 07 jari 2231             this.menubar.setNegativeCustomGradient(dialog.getNegativeGradient());
2 26 Feb 07 jari 2232             this.menubar.setColorSchemeIndex(colorScheme);
2 26 Feb 07 jari 2233             this.menubar.setUseDoubleGradient(dialog.getUseDoubleGradient());                      
2 26 Feb 07 jari 2234         }
2 26 Feb 07 jari 2235         
2 26 Feb 07 jari 2236         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2237     }
2 26 Feb 07 jari 2238     
2 26 Feb 07 jari 2239
2 26 Feb 07 jari 2240     /**
2 26 Feb 07 jari 2241      *  Sets the current (selected) state of gradient use
2 26 Feb 07 jari 2242      */
2 26 Feb 07 jari 2243     private void onColorGradientChange(boolean gradientState){
2 26 Feb 07 jari 2244         menubar.setColorGradientState(gradientState);
2 26 Feb 07 jari 2245         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2246     }
2 26 Feb 07 jari 2247     
2 26 Feb 07 jari 2248     
2 26 Feb 07 jari 2249     /**
2 26 Feb 07 jari 2250      * Invoked when draw borders menu item is changed.
2 26 Feb 07 jari 2251      */
2 26 Feb 07 jari 2252     private void onDrawBorders() {
2 26 Feb 07 jari 2253         menubar.setDrawBorders(!menubar.getDisplayMenu().isDrawingBorder());
2 26 Feb 07 jari 2254         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 2255     }
2 26 Feb 07 jari 2256     
2 26 Feb 07 jari 2257     
2 26 Feb 07 jari 2258     /**
2 26 Feb 07 jari 2259      * Shows the system info dialog.
2 26 Feb 07 jari 2260      */
2 26 Feb 07 jari 2261     private void onSystemInfo() {
2 26 Feb 07 jari 2262         int width = 640, height = 550;
2 26 Feb 07 jari 2263         InformationPanel infoPanel = new InformationPanel();
2 26 Feb 07 jari 2264         JFrame frame = new JFrame("System Information");
2 26 Feb 07 jari 2265         frame.getContentPane().add(infoPanel);
2 26 Feb 07 jari 2266         frame.setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 2267         Dimension screenSize = getToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 2268         frame.setLocation(screenSize.width/2 - width/2, screenSize.height/2 - height/2);
2 26 Feb 07 jari 2269         frame.setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 2270         frame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 2271         infoPanel.Start();
2 26 Feb 07 jari 2272     }
2 26 Feb 07 jari 2273     
2 26 Feb 07 jari 2274     /**
2 26 Feb 07 jari 2275      * Shows algorithms default distance functions.
2 26 Feb 07 jari 2276      */
2 26 Feb 07 jari 2277     private void onDefaultDistance() {
2 26 Feb 07 jari 2278         String defaultText = "<html>"+
2 26 Feb 07 jari 2279         "<font color=\"#000000\"><b><u>Default Distances</u></b></font>"+
2 26 Feb 07 jari 2280         "<p>"+
2 26 Feb 07 jari 2281         "<table border=20 cellspacing=10 cellpadding = 10 width= 380 height= 400>"+
2 26 Feb 07 jari 2282         "<tr><th><u><center><width=200>Algorithm</center></u></th><th width = 150><u><center>Default Metric</center></u></th></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2283         "<tr><td><center>HCL, ST, SOTA, KMC, KMS, SOM, CAST, GSH, FOM</center></td><td><center>Euclidean</center></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2284         // "<tr><td></td></td><td></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2285         //"<tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2286         "<tr><td><center>PCA</center></td><td><center>Covariance</center></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2287         "<tr><td><center>SVM</center></td><td><center>Dot Product</center></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2288         "<tr><td><center>RN, QTC, PTM</center></td><td><center>Pearson Correlation</center></td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 2289         "</center></table>"+
2 26 Feb 07 jari 2290         "</html>";
2 26 Feb 07 jari 2291         JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), new JLabel(defaultText), "Default Distances", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 2292     }
2 26 Feb 07 jari 2293     
2 26 Feb 07 jari 2294     private void setNormalizedState(int originalMode){
2 26 Feb 07 jari 2295         if(originalMode == ISlideData.NO_NORMALIZATION){
2 26 Feb 07 jari 2296             menubar.setNormalizedButtonState(5);
2 26 Feb 07 jari 2297         } else {
2 26 Feb 07 jari 2298             addHistory(SlideData.normalizationString(originalMode));
2 26 Feb 07 jari 2299             if(originalMode == ISlideData.TOTAL_INTENSITY){
2 26 Feb 07 jari 2300                 menubar.setNormalizedButtonState(0);
2 26 Feb 07 jari 2301             } else if(originalMode == ISlideData.LINEAR_REGRESSION){
2 26 Feb 07 jari 2302                 menubar.setNormalizedButtonState(1);
2 26 Feb 07 jari 2303             } else if(originalMode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_95 ||
2 26 Feb 07 jari 2304             originalMode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_99){
2 26 Feb 07 jari 2305                 menubar.setNormalizedButtonState(2);
2 26 Feb 07 jari 2306             } else if(originalMode == ISlideData.ITERATIVE_LOG){
2 26 Feb 07 jari 2307                 menubar.setNormalizedButtonState(3);
2 26 Feb 07 jari 2308             }
2 26 Feb 07 jari 2309         }
2 26 Feb 07 jari 2310     }
2 26 Feb 07 jari 2311     
2 26 Feb 07 jari 2312     /**
2 26 Feb 07 jari 2313      * Normalize the framework data.
2 26 Feb 07 jari 2314      */
2 26 Feb 07 jari 2315     private void onNormalize(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 2316         final int originalMode = data.getFeature(0).getNormalizedState();
2 26 Feb 07 jari 2317         final int Mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 2318         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2319         try{
2 26 Feb 07 jari 2320             Thread thread = new Thread(new Runnable(){
2 26 Feb 07 jari 2321                 public void run(){
2 26 Feb 07 jari 2322                     String result = data.normalize(Mode, MultipleArrayViewer.this);
2 26 Feb 07 jari 2323                     if(!result.equals("no_change")){                // if not aborted in dialog before start
2 26 Feb 07 jari 2324                         if(result.equals("normalized"))                // if normalized
2 26 Feb 07 jari 2325                             addHistory(SlideData.normalizationString(Mode));
2 26 Feb 07 jari 2326                         else if(result.equals("process_abort_reset")){  // if process started then aborted, reset to no norm.
2 26 Feb 07 jari 2327                             addHistory("Norm. aborted, reset to raw state");
2 26 Feb 07 jari 2328                             menubar.setNormalizedButtonState(5); //move radio button
2 26 Feb 07 jari 2329                         }
2 26 Feb 07 jari 2330                         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2331                         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2332                     } else {
2 26 Feb 07 jari 2333                         // process aborted before it starts no change in data, return button state
2 26 Feb 07 jari 2334                         if(originalMode == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 2335                             menubar.setNormalizedButtonState(5);
2 26 Feb 07 jari 2336                         else if(originalMode == ISlideData.TOTAL_INTENSITY)
2 26 Feb 07 jari 2337                             menubar.setNormalizedButtonState(0);
2 26 Feb 07 jari 2338                         else if(originalMode == ISlideData.LINEAR_REGRESSION)
2 26 Feb 07 jari 2339                             menubar.setNormalizedButtonState(1);
2 26 Feb 07 jari 2340                         else if(originalMode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_95 ||
2 26 Feb 07 jari 2341                         originalMode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_99)
2 26 Feb 07 jari 2342                             menubar.setNormalizedButtonState(2);
2 26 Feb 07 jari 2343                         else if(originalMode == ISlideData.ITERATIVE_LOG)
2 26 Feb 07 jari 2344                             menubar.setNormalizedButtonState(3);
2 26 Feb 07 jari 2345                     }
2 26 Feb 07 jari 2346                 }
2 26 Feb 07 jari 2347             });
2 26 Feb 07 jari 2348             thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2349             thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2350         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2351             e.printStackTrace(); }
2 26 Feb 07 jari 2352         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2353         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2354     }
2 26 Feb 07 jari 2355     
2 26 Feb 07 jari 2356     
2 26 Feb 07 jari 2357     /**
2 26 Feb 07 jari 2358      * Normalize the framework data.
2 26 Feb 07 jari 2359      */
2 26 Feb 07 jari 2360     private void onNormalizeList(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 2361         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2362         data.normalizeList(mode);
2 26 Feb 07 jari 2363         addHistory(SlideData.normalizationString(mode));
2 26 Feb 07 jari 2364         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2365         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2366     }
2 26 Feb 07 jari 2367     
2 26 Feb 07 jari 2368     /**
2 26 Feb 07 jari 2369      * Runs a printer job.
2 26 Feb 07 jari 2370      */
2 26 Feb 07 jari 2371     private void onPrintImage() {
2 26 Feb 07 jari 2372         PrinterJob pj = PrinterJob.getPrinterJob();
2 26 Feb 07 jari 2373         pj.setPrintable(this, pj.defaultPage());
2 26 Feb 07 jari 2374         if (pj.printDialog()) {
2 26 Feb 07 jari 2375             try {
2 26 Feb 07 jari 2376                 pj.print();
2 26 Feb 07 jari 2377             } catch (PrinterException pe) {
2 26 Feb 07 jari 2378                 pe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 2379             }
2 26 Feb 07 jari 2380         }
2 26 Feb 07 jari 2381     }
2 26 Feb 07 jari 2382     
2 26 Feb 07 jari 2383     /**
2 26 Feb 07 jari 2384      * Prints a current viewer image.
2 26 Feb 07 jari 2385      */
2 26 Feb 07 jari 2386     public int print(Graphics g, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException {
2 26 Feb 07 jari 2387         if (pi >= 1) {
2 26 Feb 07 jari 2388             return Printable.NO_SUCH_PAGE;
2 26 Feb 07 jari 2389         }
2 26 Feb 07 jari 2390         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 2391         BufferedImage bImage = viewer.getImage();
2 26 Feb 07 jari 2392         if (bImage == null) {
2 26 Feb 07 jari 2393             bImage = createDefaultImage(viewer);
2 26 Feb 07 jari 2394         }
2 26 Feb 07 jari 2395         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
2 26 Feb 07 jari 2396         AffineTransform t2d = new AffineTransform();
2 26 Feb 07 jari 2397         t2d.translate(pf.getImageableX(), pf.getImageableY());
2 26 Feb 07 jari 2398         double xscale  = pf.getImageableWidth() / (double)bImage.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 2399         double yscale  = pf.getImageableHeight() / (double)bImage.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 2400         double scale = Math.min(xscale, yscale);
2 26 Feb 07 jari 2401         t2d.scale(scale, scale);
2 26 Feb 07 jari 2402         try {
2 26 Feb 07 jari 2403             g2.drawImage(bImage, t2d, this);
2 26 Feb 07 jari 2404         } catch (Exception ex) {
2 26 Feb 07 jari 2405             ex.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 2406             return Printable.NO_SUCH_PAGE;
2 26 Feb 07 jari 2407         }
2 26 Feb 07 jari 2408         return Printable.PAGE_EXISTS;
2 26 Feb 07 jari 2409     }
2 26 Feb 07 jari 2410     
2 26 Feb 07 jari 2411     /**
2 26 Feb 07 jari 2412      * Adds a specified node into the analysis node.
2 26 Feb 07 jari 2413      */
2 26 Feb 07 jari 2414     public synchronized void addAnalysisResult(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 2415         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 2416             return;
2 26 Feb 07 jari 2417         }
2 26 Feb 07 jari 2418         String nodeTitle = (String) node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2419         nodeTitle += " ("+resultCount+")";
2 26 Feb 07 jari 2420         resultCount++;
2 26 Feb 07 jari 2421         modifiedResult = true;
2 26 Feb 07 jari 2422         node.setUserObject(nodeTitle);
2 26 Feb 07 jari 2423         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 2424         treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, analysisNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 2425         TreeSelectionModel selModel = tree.getSelectionModel();
2 26 Feb 07 jari 2426         TreePath treePath = new TreePath(node.getPath());
2 26 Feb 07 jari 2427         selModel.setSelectionPath(treePath);
2 26 Feb 07 jari 2428         tree.scrollPathToVisible(treePath);
2 26 Feb 07 jari 2429         JScrollBar bar = this.treeScrollPane.getHorizontalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 2430         if(bar != null)
2 26 Feb 07 jari 2431             bar.setValue(0);
2 26 Feb 07 jari 2432         
2 26 Feb 07 jari 2433         addHistory("Analysis Result: "+nodeTitle);
2 26 Feb 07 jari 2434         /// this.saveAnalysis();
2 26 Feb 07 jari 2435         // this.loadAnalysis();
2 26 Feb 07 jari 2436    /*     try{
2 26 Feb 07 jari 2437              ObjectOutputStream oos = new ObjectOutputStream(new FileOutputStream("c:/Temp/out.out"));
2 26 Feb 07 jari 2438              tree.writeResults(oos);
2 26 Feb 07 jari 2439              oos.flush();
2 26 Feb 07 jari 2440              oos.close();
2 26 Feb 07 jari 2441     
2 26 Feb 07 jari 2442              ObjectInputStream ois = new ObjectInputStream(new FileInputStream("c:/Temp/out.out"));
2 26 Feb 07 jari 2443     
2 26 Feb 07 jari 2444              treeModel.insertNodeInto(tree.loadResults(ois), analysisNode, analysisNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 2445     
2 26 Feb 07 jari 2446         } catch (Exception e) { e.printStackTrace();}
2 26 Feb 07 jari 2447     **/
2 26 Feb 07 jari 2448     }
2 26 Feb 07 jari 2449     
2 26 Feb 07 jari 2450     /**
2 26 Feb 07 jari 2451      * Adds info into the history node.
2 26 Feb 07 jari 2452      */
2 26 Feb 07 jari 2453     private void addHistory(String info) {
2 26 Feb 07 jari 2454         historyLog.addHistory(info);
2 26 Feb 07 jari 2455     }
2 26 Feb 07 jari 2456     
2 26 Feb 07 jari 2457     /**
2 26 Feb 07 jari 2458      * Runs an analysis task and inserts its result into the analysis node.
2 26 Feb 07 jari 2459      */
2 26 Feb 07 jari 2460     private void onAnalysis(Action action) {
2 26 Feb 07 jari 2461         String className = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 2462         try {
2 26 Feb 07 jari 2463             Class clazz = Class.forName(className);
2 26 Feb 07 jari 2464             final IClusterGUI gui = (IClusterGUI)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 2465             Thread thread = new Thread(new Runnable() {
2 26 Feb 07 jari 2466                 public void run() {
2 26 Feb 07 jari 2467                     try {
2 26 Feb 07 jari 2468                         DefaultMutableTreeNode result = gui.execute(framework);
2 26 Feb 07 jari 2469                         addAnalysisResult(result);
2 26 Feb 07 jari 2470                     } catch (AbortException e) {
2 26 Feb 07 jari 2471                         // analysis was canceled by the user
2 26 Feb 07 jari 2472                     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2473                         ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 2474                     } catch (Throwable t) {
2 26 Feb 07 jari 2475                       ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Out of Memory", false, t);
2 26 Feb 07 jari 2476                     }
2 26 Feb 07 jari 2477                 }
2 26 Feb 07 jari 2478             });
2 26 Feb 07 jari 2479             thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2480             thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2481         } catch (ClassCastException e) {
2 26 Feb 07 jari 2482             System.out.println("Error: org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI interface is expected.");
2 26 Feb 07 jari 2483             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 2484         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2485             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 2486         }
2 26 Feb 07 jari 2487     }
2 26 Feb 07 jari 2488     
2 26 Feb 07 jari 2489     /**
2 26 Feb 07 jari 2490      * Deletes a selected navigation tree node.
2 26 Feb 07 jari 2491      */
2 26 Feb 07 jari 2492     private void onDeleteNode() {
2 26 Feb 07 jari 2493         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 2494         if (node == null || node.getParent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 2495             return;
2 26 Feb 07 jari 2496         }
2 26 Feb 07 jari 2497         fireOnCloseEvent(node);
2 26 Feb 07 jari 2498         TreePath parentPath = new TreePath(((DefaultMutableTreeNode)node.getParent()).getPath());
2 26 Feb 07 jari 2499         ((DefaultTreeModel)tree.getModel()).removeNodeFromParent(node);
2 26 Feb 07 jari 2500         ((TreeSelectionModel)tree.getSelectionModel()).setSelectionPath(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 2501         tree.scrollPathToVisible(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 2502         
2 26 Feb 07 jari 2503         String nodeName = " ";
2 26 Feb 07 jari 2504         Object object = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2505         if(object instanceof LeafInfo)
2 26 Feb 07 jari 2506             nodeName = ((LeafInfo)object).toString();
2 26 Feb 07 jari 2507         else if(object instanceof String)
2 26 Feb 07 jari 2508             nodeName = (String)object;
2 26 Feb 07 jari 2509         addHistory("Deleted Node: "+nodeName);
2 26 Feb 07 jari 2510         
2 26 Feb 07 jari 2511     }
2 26 Feb 07 jari 2512     
2 26 Feb 07 jari 2513     /**
2 26 Feb 07 jari 2514      *
2 26 Feb 07 jari 2515      */
2 26 Feb 07 jari 2516     private void onSetData(boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 2517         boolean selected = isSelected;
2 26 Feb 07 jari 2518         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 2519         Object object = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2520         String nodeName;
2 26 Feb 07 jari 2521         Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 2522         int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 2523         LeafInfo leafInfo;
2 26 Feb 07 jari 2524         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 2525         int viewerType;
2 26 Feb 07 jari 2526         
2 26 Feb 07 jari 2527         if (node == null || node.getParent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 2528             return;
2 26 Feb 07 jari 2529         }
2 26 Feb 07 jari 2530         
2 26 Feb 07 jari 2531         if(object instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 2532             leafInfo = (LeafInfo)object;
2 26 Feb 07 jari 2533             
2 26 Feb 07 jari 2534             IViewer viewer = leafInfo.getViewer();
2 26 Feb 07 jari 2535             if(viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 2536                 experiment = viewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 2537                 clusters = viewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 2538                 
2 26 Feb 07 jari 2539                 //special case, reset to main view data
2 26 Feb 07 jari 2540                 if(leafInfo.toString().equals("Main View")) {
2 26 Feb 07 jari 2541                     tree.clearDataSelection();
2 26 Feb 07 jari 2542                     leafInfo.setSelectedDataSource(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 2543                     data.setUseMainData(true);
2 26 Feb 07 jari 2544                     //createDataSelectionNode((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0)), data.getExperiment());
2 26 Feb 07 jari 2545                     createDataSelectionNode((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0)), data.getExperiment(), data.getExperiment().getNumberOfGenes(), Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 2546                     tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 2547                     return;
2 26 Feb 07 jari 2548                 }
2 26 Feb 07 jari 2549                 
2 26 Feb 07 jari 2550                 if(experiment == null || clusters == null)
2 26 Feb 07 jari 2551                     return;
2 26 Feb 07 jari 2552                 
2 26 Feb 07 jari 2553                 Object leafUserObject = leafInfo.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 2554                 if(leafUserObject instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 2555                     index = ((Integer)leafUserObject).intValue();
2 26 Feb 07 jari 2556                 } else if (leafUserObject instanceof CentroidUserObject) {
2 26 Feb 07 jari 2557                     index = ((CentroidUserObject)leafUserObject).getClusterIndex();
2 26 Feb 07 jari 2558                 } else {
2 26 Feb 07 jari 2559                     //need to consider status of check box, log report
2 26 Feb 07 jari 2560                     return;
2 26 Feb 07 jari 2561                 }
2 26 Feb 07 jari 2562                 
2 26 Feb 07 jari 2563                 viewerType = viewer.getViewerType();
2 26 Feb 07 jari 2564                 
2 26 Feb 07 jari 2565                 if(viewerType == -1)
2 26 Feb 07 jari 2566                     return;
2 26 Feb 07 jari 2567                 
2 26 Feb 07 jari 2568                 //have clusters, experiment, cluster index, and viewer type
2 26 Feb 07 jari 2569                 
2 26 Feb 07 jari 2570                 //Need to traverse result tree and set all LeafInfo selections to false.
2 26 Feb 07 jari 2571                 tree.clearDataSelection();
2 26 Feb 07 jari 2572                 
2 26 Feb 07 jari 2573                 //set as selected data source
2 26 Feb 07 jari 2574                 leafInfo.setSelectedDataSource(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 2575                 
2 26 Feb 07 jari 2576                 if(isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 2577                     data.constructAndSetAlternateExperiment(experiment, clusters[index], viewerType);
2 26 Feb 07 jari 2578                     createDataSelectionNode(node, experiment, clusters[index].length, viewerType);
2 26 Feb 07 jari 2579                 } else {
2 26 Feb 07 jari 2580                     //reset to main data set due to de-selection of node
2 26 Feb 07 jari 2581                     data.setUseMainData(true);
2 26 Feb 07 jari 2582                     ((LeafInfo)((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0))).getUserObject()).setSelectedDataSource(true);
2 26 Feb 07 jari 2583                     createDataSelectionNode((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0)), data.getExperiment(), data.getExperiment().getNumberOfGenes(), Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 2584                 }
2 26 Feb 07 jari 2585             }
2 26 Feb 07 jari 2586         }
2 26 Feb 07 jari 2587         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 2588     }
2 26 Feb 07 jari 2589     
2 26 Feb 07 jari 2590     private void createDataSelectionNode(DefaultMutableTreeNode node, Experiment experiment, int clusterSize, int clusterType) {
2 26 Feb 07 jari 2591         int numGenes;
2 26 Feb 07 jari 2592         int numSamples;
2 26 Feb 07 jari 2593         String dataSourcePath = "";
2 26 Feb 07 jari 2594         String msg = "<html><body>";
2 26 Feb 07 jari 2595         
2 26 Feb 07 jari 2596         msg += "<h1>Data Source Selection Information</h1>";
2 26 Feb 07 jari 2597         msg += "<table align=left>";
2 26 Feb 07 jari 2598         
2 26 Feb 07 jari 2599         TreeNode [] path = node.getPath();
2 26 Feb 07 jari 2600         String indent = "   ";
2 26 Feb 07 jari 2601         
2 26 Feb 07 jari 2602         msg += "<tr><td><b>Data Source Path:</b></td><td>";
2 26 Feb 07 jari 2603         dataSourcePath += "Data Source Path: ";
2 26 Feb 07 jari 2604         
2 26 Feb 07 jari 2605         for(int i = 1; i < path.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2606             msg+= path[i].toString();
2 26 Feb 07 jari 2607             msg+=" : ";
2 26 Feb 07 jari 2608             
2 26 Feb 07 jari 2609             dataSourcePath += path[i].toString();
2 26 Feb 07 jari 2610             dataSourcePath += " : ";
2 26 Feb 07 jari 2611         }
2 26 Feb 07 jari 2612         
2 26 Feb 07 jari 2613         msg += path[path.length-1]+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 2614         dataSourcePath += path[path.length-1];
2 26 Feb 07 jari 2615         
2 26 Feb 07 jari 2616         if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER) {
2 26 Feb 07 jari 2617             numGenes = clusterSize;
2 26 Feb 07 jari 2618             numSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 2619             msg += "<tr><td><b>Number of Genes:</b></td><td>"+clusterSize+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 2620             msg += "<tr><td><b>Number of Samples:</b></td><td>"+experiment.getNumberOfSamples()+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 2621         } else {
2 26 Feb 07 jari 2622             numGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 2623             numSamples = clusterSize;
2 26 Feb 07 jari 2624             msg += "<tr><td><b>Number of Genes:</b></td><td>"+experiment.getNumberOfGenes()+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 2625             msg += "<tr><td><b>Number of Samples:</b></td><td>"+clusterSize+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 2626         }
2 26 Feb 07 jari 2627         
2 26 Feb 07 jari 2628         msg += "</table></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 2629         
2 26 Feb 07 jari 2630         DefaultMutableTreeNode dataInfoNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Data Source Selection", new TextViewer(msg)));
2 26 Feb 07 jari 2631         addNode(this.analysisNode, dataInfoNode);
2 26 Feb 07 jari 2632         //  tree.scrollToVisible(dataInfoNode);
2 26 Feb 07 jari 2633         String historyString = "Data Source Selection\n";
2 26 Feb 07 jari 2634         historyString +=        "=====================\n";
2 26 Feb 07 jari 2635         historyString += dataSourcePath + "\n";
2 26 Feb 07 jari 2636         historyString += "Number of Genes: "+String.valueOf(numGenes)+"\n";
2 26 Feb 07 jari 2637         historyString += "Number of Samples: "+String.valueOf(numSamples);
2 26 Feb 07 jari 2638         addHistory(historyString);
2 26 Feb 07 jari 2639     }
2 26 Feb 07 jari 2640     //vu 7.22.05
2 26 Feb 07 jari 2641        private void onRama() {
2 26 Feb 07 jari 2642            //to modularize code as much as possible, will create object here that
2 26 Feb 07 jari 2643            //handles rama stuff
2 26 Feb 07 jari 2644            Rama rama = new Rama(this, this.menubar);
2 26 Feb 07 jari 2645        }
2 26 Feb 07 jari 2646        private void onRamaDoc() {
2 26 Feb 07 jari 2647              try {
2 26 Feb 07 jari 2648                     BrowserLauncher.openURL( "http://www.expression.washington.edu/ramaDoc/MeV-R_Documentation.html" );
2 26 Feb 07 jari 2649                              //BrowserLauncher.openURL( "http://192.168.200.50:8080/ramaDoc/MeV-R_Documentation.html" );
2 26 Feb 07 jari 2650                      } catch( IOException e ) {
2 26 Feb 07 jari 2651                              e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 2652                              //BrowserLauncher doesn't work on this system, display dialog
2 26 Feb 07 jari 2653                              JOptionPane.showMessageDialog( framework.getFrame(),
2 26 Feb 07 jari 2654                                              "Please see MeV-R_Documentation.html in the documentation folder",
2 26 Feb 07 jari 2655                                              "Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2 26 Feb 07 jari 2656                      }
2 26 Feb 07 jari 2657          }
2 26 Feb 07 jari 2658     /** pcahan
2 26 Feb 07 jari 2659      * Sets the user specified Detection Filter.
2 26 Feb 07 jari 2660      */
2 26 Feb 07 jari 2661     private void onSetDetectionFilter() {
2 26 Feb 07 jari 2662         //SetDetectionFilterDialog sdfd = new SetDetectionFilterDialog(getFrame(), data.getDetectionFilter() );
2 26 Feb 07 jari 2663         
2 26 Feb 07 jari 2664         int num_samples = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 2665         String[] sample_names = new String[num_samples];
2 26 Feb 07 jari 2666         for (int i = 0; i < num_samples; i++){
2 26 Feb 07 jari 2667             sample_names[i] = data.getFullSampleName(i);
2 26 Feb 07 jari 2668         }
2 26 Feb 07 jari 2669         SetDetectionFilterDialog sdfd;
2 26 Feb 07 jari 2670         if ( data.getdfSet() ) {
2 26 Feb 07 jari 2671             sdfd = new SetDetectionFilterDialog(getFrame(), sample_names, data.getDetectionFilter() );
2 26 Feb 07 jari 2672         }
2 26 Feb 07 jari 2673         else {
2 26 Feb 07 jari 2674             sdfd = new SetDetectionFilterDialog(getFrame(),
2 26 Feb 07 jari 2675             sample_names);
2 26 Feb 07 jari 2676             data.setdfSet(true);
2 26 Feb 07 jari 2677         }
2 26 Feb 07 jari 2678         //SetDetectionFilterDialog sdfd = new SetDetectionFilterDialog(getFrame(), data.getDetectionFilter() );
2 26 Feb 07 jari 2679         if (sdfd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2680             data.setDetectionFilter(sdfd.getDetectionFilter());
2 26 Feb 07 jari 2681             if (data.isDetectionFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2682                 addHistory("Detection Filter (" + data.getDetectionFilter() + ")");
2 26 Feb 07 jari 2683                 addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will used in subsequent analyses");
2 26 Feb 07 jari 2684             }
2 26 Feb 07 jari 2685         }
2 26 Feb 07 jari 2686     }
2 26 Feb 07 jari 2687     
2 26 Feb 07 jari 2688     
2 26 Feb 07 jari 2689     private void onSetFoldFilter() {
2 26 Feb 07 jari 2690         SetFoldFilterDialog ffd;
2 26 Feb 07 jari 2691         int num_samples = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 2692         String[] sample_names = new String[num_samples];
2 26 Feb 07 jari 2693         for (int i = 0; i < num_samples; i++){
2 26 Feb 07 jari 2694             sample_names[i] = data.getFullSampleName(i);
2 26 Feb 07 jari 2695         }
2 26 Feb 07 jari 2696         
2 26 Feb 07 jari 2697         if ( data.getffSet() ) {
2 26 Feb 07 jari 2698             ffd = new SetFoldFilterDialog(getFrame(),sample_names);
2 26 Feb 07 jari 2699         }
2 26 Feb 07 jari 2700         else{
2 26 Feb 07 jari 2701             ffd = new SetFoldFilterDialog(getFrame(),sample_names);
2 26 Feb 07 jari 2702             data.setffSet(true);
2 26 Feb 07 jari 2703         }
2 26 Feb 07 jari 2704         
2 26 Feb 07 jari 2705         if (ffd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2706             data.setFoldFilter(ffd.getFoldFilter());
2 26 Feb 07 jari 2707             if (data.isFoldFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2708                 addHistory("Fold Filter (" + data.getFoldFilter().toString() + ")");
2 26 Feb 07 jari 2709                 addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will used in subsequent analyses");
2 26 Feb 07 jari 2710                 
2 26 Feb 07 jari 2711             }
2 26 Feb 07 jari 2712         }
2 26 Feb 07 jari 2713     }
2 26 Feb 07 jari 2714         
2 26 Feb 07 jari 2715     
2 26 Feb 07 jari 2716     /**
2 26 Feb 07 jari 2717      * Applys the percentage cutoff filter for cDNA
2 26 Feb 07 jari 2718      */
2 26 Feb 07 jari 2719     private void applyLowerCutoffs() {                        
2 26 Feb 07 jari 2720         SetLowerCutoffsDialog slcd = new SetLowerCutoffsDialog(getFrame(), data.getLowerCY3Cutoff(), data.getLowerCY5Cutoff());
2 26 Feb 07 jari 2721         if (slcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2722
2 26 Feb 07 jari 2723             boolean useCutoff = slcd.isLowerCutoffEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2724
2 26 Feb 07 jari 2725             data.setUseLowerCutoffs(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2726             data.setLowerCutoffs(slcd.getLowerCY3Cutoff(), slcd.getLowerCY5Cutoff());
2 26 Feb 07 jari 2727             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2728             props.setProperty("CY3 Cutoff", Float.toString(slcd.getLowerCY3Cutoff()));
2 26 Feb 07 jari 2729             props.setProperty("CY5 Cutoff", Float.toString(slcd.getLowerCY5Cutoff()));
2 26 Feb 07 jari 2730             
2 26 Feb 07 jari 2731             if (data.isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 2732                 addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Low Intensity Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);                
2 26 Feb 07 jari 2733                 addHistory("Low Intensity Cutoff Filter is ON ( cy3= " +Float.toString(slcd.getLowerCY3Cutoff())+"  cy5 ="+Float.toString(slcd.getLowerCY5Cutoff())+" )");
2 26 Feb 07 jari 2734             } else {
2 26 Feb 07 jari 2735                 addHistory("Low Intensity Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2736             }
2 26 Feb 07 jari 2737             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2738         }
2 26 Feb 07 jari 2739     }    
2 26 Feb 07 jari 2740
2 26 Feb 07 jari 2741     /**
2 26 Feb 07 jari 2742      * Applys the percentage cutoff filter for affy cy3=0.0
2 26 Feb 07 jari 2743      */
2 26 Feb 07 jari 2744     private void applySingleLowerCutoffs() {                        
2 26 Feb 07 jari 2745         SetSingleLowerCutoffsDialog slcd = new SetSingleLowerCutoffsDialog(getFrame(),data.getLowerCY5Cutoff());
2 26 Feb 07 jari 2746         if (slcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2747
2 26 Feb 07 jari 2748             boolean useCutoff = slcd.isLowerCutoffEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2749
2 26 Feb 07 jari 2750             data.setUseLowerCutoffs(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2751             data.setLowerCutoffs(0.0f, slcd.getLowerCY5Cutoff());
2 26 Feb 07 jari 2752             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2753             //props.setProperty("CY3 Cutoff", Float.toString(slcd.getLowerCY3Cutoff()));
2 26 Feb 07 jari 2754             props.setProperty("CY5 Cutoff", Float.toString(slcd.getLowerCY5Cutoff()));
2 26 Feb 07 jari 2755             
2 26 Feb 07 jari 2756             if (data.isLowerCutoffs()) {
2 26 Feb 07 jari 2757                 addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Low Intensity Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);                
2 26 Feb 07 jari 2758                 addHistory("Low Intensity Cutoff Filter is ON ( thresholds = " +Float.toString(slcd.getLowerCY5Cutoff())+" )");
2 26 Feb 07 jari 2759             } else {
2 26 Feb 07 jari 2760                 addHistory("Low Intensity Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2761             }
2 26 Feb 07 jari 2762             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2763         }
2 26 Feb 07 jari 2764     }    
2 26 Feb 07 jari 2765     /**
2 26 Feb 07 jari 2766      * Applys the percentage cutoff filter
2 26 Feb 07 jari 2767      */
2 26 Feb 07 jari 2768     private void applyPercentageCutoffs() {                        
2 26 Feb 07 jari 2769         SetPercentageCutoffsDialog spcd = new SetPercentageCutoffsDialog(getFrame(), data.getPercentageCutoff());
2 26 Feb 07 jari 2770         if (spcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2771             boolean useCutoff = spcd.isCutoffFilterEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2772             float percent = spcd.getPercentageCutoff();
2 26 Feb 07 jari 2773
2 26 Feb 07 jari 2774             data.setUsePercentageCutoff(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2775             data.setPercentageCutoff(percent);
2 26 Feb 07 jari 2776             
2 26 Feb 07 jari 2777             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2778             props.setProperty("Percentage", Float.toString(percent));
2 26 Feb 07 jari 2779             
2 26 Feb 07 jari 2780             if (data.isPercentageCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 2781                  addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Percentage Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);
2 26 Feb 07 jari 2782                  addHistory("Percentage Cutoff Filter is ON ( percent = " +Float.toString(percent)+" )");
2 26 Feb 07 jari 2783             } else {
2 26 Feb 07 jari 2784                 addHistory("Percentage Cutoff Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2785             }
2 26 Feb 07 jari 2786             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2787         }
2 26 Feb 07 jari 2788     }
2 26 Feb 07 jari 2789     //add present call noise filter by wwang    
2 26 Feb 07 jari 2790     private void applyPresentCallFilter(){
2 26 Feb 07 jari 2791       SetPresentCallDialog spcd = new SetPresentCallDialog(getFrame(), data.getPercentageCutoff());
2 26 Feb 07 jari 2792         if (spcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2793             boolean useCutoff = spcd.isCutoffFilterEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2794             float percent = spcd.getPercentageCutoff();
2 26 Feb 07 jari 2795
2 26 Feb 07 jari 2796             data.setUsePresentCutoff(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2797             data.setPercentageCutoff(percent);
2 26 Feb 07 jari 2798             
2 26 Feb 07 jari 2799             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2800             props.setProperty("Percentage", Float.toString(percent));
2 26 Feb 07 jari 2801             
2 26 Feb 07 jari 2802             if (data.isPresentCallCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 2803                  addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Percentage Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);
2 26 Feb 07 jari 2804                  addHistory("Percentage Cutoff Filter is ON ( percent = " +Float.toString(percent)+" )");
2 26 Feb 07 jari 2805             } else {
2 26 Feb 07 jari 2806                 addHistory("Percentage Cutoff Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2807             }
2 26 Feb 07 jari 2808             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2809         }
2 26 Feb 07 jari 2810       
2 26 Feb 07 jari 2811     }
2 26 Feb 07 jari 2812 //  add genepix flags filter by wwang    
2 26 Feb 07 jari 2813     private void applyGenePixFlagsFilter(){
2 26 Feb 07 jari 2814       GenePixCutoffDialog spcd = new GenePixCutoffDialog(mainframe,data.getPercentageCutoff() );
2 26 Feb 07 jari 2815       if (spcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2816             boolean useCutoff = spcd.isCutoffFilterEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2817             float percent = spcd.getPercentageCutoff();
2 26 Feb 07 jari 2818
2 26 Feb 07 jari 2819             data.setUseGenePixCutoff(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2820             data.setGenePixCutoff(percent);
2 26 Feb 07 jari 2821             
2 26 Feb 07 jari 2822             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2823             props.setProperty("Percentage", Float.toString(percent));
2 26 Feb 07 jari 2824             
2 26 Feb 07 jari 2825             if (data.isGenePixFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2826                  addAdjustmentResultNodes("Data Filter - GenePix Flags Filter", data.getExperiment(), props);
2 26 Feb 07 jari 2827                  addHistory("GenePix Flags Filter is ON ( percent = " +Float.toString(percent)+" )");
2 26 Feb 07 jari 2828             } else {
2 26 Feb 07 jari 2829                 addHistory("GenePix Flags Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2830             }
2 26 Feb 07 jari 2831             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2832         }
2 26 Feb 07 jari 2833              
2 26 Feb 07 jari 2834     }
2 26 Feb 07 jari 2835     
2 26 Feb 07 jari 2836
2 26 Feb 07 jari 2837     //add present call noise filter by wwang    
2 26 Feb 07 jari 2838     private void applyGCOSPercentageFilter(){
2 26 Feb 07 jari 2839       SetPresentCallDialog spcd = new SetPresentCallDialog(getFrame(), data.getPercentageCutoff());
2 26 Feb 07 jari 2840         if (spcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2841             boolean useCutoff = spcd.isCutoffFilterEnabled();
2 26 Feb 07 jari 2842             float percent = spcd.getPercentageCutoff();
2 26 Feb 07 jari 2843
2 26 Feb 07 jari 2844             data.setUseGCOSPercentageCutoff(useCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2845             data.setPercentageCutoff(percent);
2 26 Feb 07 jari 2846             
2 26 Feb 07 jari 2847             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2848             props.setProperty("Percentage", Float.toString(percent));
2 26 Feb 07 jari 2849             
2 26 Feb 07 jari 2850             if (data.isGCOSPercentCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 2851                  addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Percentage Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);
2 26 Feb 07 jari 2852                  addHistory("Percentage Cutoff Filter is ON ( percent = " +Float.toString(percent)+" )");
2 26 Feb 07 jari 2853             } else {
2 26 Feb 07 jari 2854                 addHistory("Percentage Cutoff Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2855             }
2 26 Feb 07 jari 2856             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2857         }
2 26 Feb 07 jari 2858       
2 26 Feb 07 jari 2859     }
2 26 Feb 07 jari 2860     
2 26 Feb 07 jari 2861     //add p-value filter
2 26 Feb 07 jari 2862     private void applyPvaluePercentageFilter(){
2 26 Feb 07 jari 2863       //SetPresentCallDialog spcd = new SetPresentCallDialog(getFrame(), data.getPercentageCutoff());
2 26 Feb 07 jari 2864         //if (spcd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2865             boolean pvalueCutoff = true;
2 26 Feb 07 jari 2866             float percent = 80.0f;
2 26 Feb 07 jari 2867
2 26 Feb 07 jari 2868             data.setUsePvaluePercentageCutoff(pvalueCutoff);            
2 26 Feb 07 jari 2869             data.setPvaluePercentageCutoff(percent);
2 26 Feb 07 jari 2870             
2 26 Feb 07 jari 2871             Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 2872             props.setProperty("Percentage", Float.toString(percent));
2 26 Feb 07 jari 2873             
2 26 Feb 07 jari 2874             //if (data.isGCOSPercentCutoff()) {
2 26 Feb 07 jari 2875                  addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Percentage Cutoff Filter", data.getExperiment(), props);
2 26 Feb 07 jari 2876                  addHistory("P-value Percentage Cutoff Filter is ON ( percent =  80%)");
2 26 Feb 07 jari 2877             //} else {
2 26 Feb 07 jari 2878              //   addHistory("Percentage Cutoff Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2879             //}
2 26 Feb 07 jari 2880             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2881        // }
2 26 Feb 07 jari 2882       
2 26 Feb 07 jari 2883     }
2 26 Feb 07 jari 2884     /* Applies a variance filter
2 26 Feb 07 jari 2885      */
2 26 Feb 07 jari 2886     private void applyVarianceFilter() {
2 26 Feb 07 jari 2887         VarianceFilterDialog dialog = new VarianceFilterDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 2888         if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2889             Properties props = dialog.getProperties();
2 26 Feb 07 jari 2890             data.setVarianceFilter(props);
2 26 Feb 07 jari 2891                         
2 26 Feb 07 jari 2892             if (data.isVarianceFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2893                 addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Variance Filter", data.getExperiment(), props); 
2 26 Feb 07 jari 2894                 addHistory("Variance Filter is ON ( mode= " + props.getProperty("Filter Mode")+ " value= "+ props.getProperty("Value")+" )");
2 26 Feb 07 jari 2895             } else {
2 26 Feb 07 jari 2896                 addHistory("Variance Filter is OFF");
2 26 Feb 07 jari 2897             }
2 26 Feb 07 jari 2898             
2 26 Feb 07 jari 2899             addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");            
2 26 Feb 07 jari 2900         }
2 26 Feb 07 jari 2901     }
2 26 Feb 07 jari 2902     
2 26 Feb 07 jari 2903     private void addAdjustmentResultNodes(String mainTitle, Experiment experiment, Properties props) {
2 26 Feb 07 jari 2904         DefaultMutableTreeNode filterNode = new DefaultMutableTreeNode(mainTitle);
2 26 Feb 07 jari 2905         int [][] cluster = new int[1][experiment.getNumberOfGenes()];
2 26 Feb 07 jari 2906         
2 26 Feb 07 jari 2907         //default indices for viewer, experiment will handle mapping
2 26 Feb 07 jari 2908         for(int i = 0; i < cluster[0].length; i++)
2 26 Feb 07 jari 2909             cluster[0][i] = i;
2 26 Feb 07 jari 2910         
2 26 Feb 07 jari 2911         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Expression Image", new ExperimentViewer(experiment, cluster), new Integer(0)));
2 26 Feb 07 jari 2912         
2 26 Feb 07 jari 2913         filterNode.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 2914         filterNode.add(new DefaultMutableTreeNode("Gene/Row Count: "+cluster[0].length));
2 26 Feb 07 jari 2915         
2 26 Feb 07 jari 2916         if(props.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 2917             String label = "Parameter";
2 26 Feb 07 jari 2918             if(props.size() > 1)
2 26 Feb 07 jari 2919                 label += "s";
2 26 Feb 07 jari 2920             DefaultMutableTreeNode parameterNode = new DefaultMutableTreeNode(label);
2 26 Feb 07 jari 2921             Enumeration _enum = props.keys();
2 26 Feb 07 jari 2922             String key;
2 26 Feb 07 jari 2923             while(_enum.hasMoreElements()) {
2 26 Feb 07 jari 2924                 key = (String)_enum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 2925                 parameterNode.add(new DefaultMutableTreeNode(key+ ": " + (String)(props.get(key))));
2 26 Feb 07 jari 2926             }
2 26 Feb 07 jari 2927             filterNode.add(parameterNode);
2 26 Feb 07 jari 2928         }
2 26 Feb 07 jari 2929         
2 26 Feb 07 jari 2930         this.addNode(analysisNode, filterNode);
2 26 Feb 07 jari 2931
2 26 Feb 07 jari 2932         Object [] path = new Object[3];
2 26 Feb 07 jari 2933         path[0] = tree.getRoot();
2 26 Feb 07 jari 2934         path[1] = analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 2935         path[2] = filterNode;
2 26 Feb 07 jari 2936         tree.scrollPathToVisible(new TreePath(path));
2 26 Feb 07 jari 2937         //this.addAnalysisResult(filterNode);
2 26 Feb 07 jari 2938     }
2 26 Feb 07 jari 2939     
2 26 Feb 07 jari 2940     
2 26 Feb 07 jari 2941     /**
2 26 Feb 07 jari 2942      * Sets the user specified use detection filter flag.
2 26 Feb 07 jari 2943      * pcahan
2 26 Feb 07 jari 2944      */
2 26 Feb 07 jari 2945     private void onUseDetectionFilter(AbstractButton item) {
2 26 Feb 07 jari 2946         data.setUseDetectionFilter(item.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 2947         if (data.isDetectionFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2948             addHistory("Detection Filter (" + data.getDetectionFilter() + ")");
2 26 Feb 07 jari 2949             addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Affy Detection Filter", data.getExperiment(), new Properties());             
2 26 Feb 07 jari 2950         } else {
2 26 Feb 07 jari 2951             addHistory("Detection Filter not used.");
2 26 Feb 07 jari 2952         }
2 26 Feb 07 jari 2953         addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");
2 26 Feb 07 jari 2954     }
2 26 Feb 07 jari 2955     
2 26 Feb 07 jari 2956     private void onUseFoldFilter(AbstractButton item) {
2 26 Feb 07 jari 2957         data.setUseFoldFilter(item.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 2958         if (data.isFoldFilter()) {
2 26 Feb 07 jari 2959             addHistory("Fold Filter (" + data.getDetectionFilter() + ")");
2 26 Feb 07 jari 2960             addAdjustmentResultNodes("Data Filter - Affy Fold Filter", data.getExperiment(), new Properties());             
2 26 Feb 07 jari 2961         } else {
2 26 Feb 07 jari 2962             addHistory("Fold Filter not used.");
2 26 Feb 07 jari 2963         }
2 26 Feb 07 jari 2964         addHistory(data.getExperiment().getNumberOfGenes() + " genes will be used in subsequent analyses");
2 26 Feb 07 jari 2965     }
2 26 Feb 07 jari 2966     
2 26 Feb 07 jari 2967     ////////////////////////////////////////////////
2 26 Feb 07 jari 2968     //                                            //
2 26 Feb 07 jari 2969     // Some methods to adjust the framework data. //
2 26 Feb 07 jari 2970     //                                            //
2 26 Feb 07 jari 2971     ////////////////////////////////////////////////
2 26 Feb 07 jari 2972     
2 26 Feb 07 jari 2973     private void onLog2Transform() {
2 26 Feb 07 jari 2974         //data.log10toLog2();
2 26 Feb 07 jari 2975         data.log2Transform();
2 26 Feb 07 jari 2976         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2977         addHistory("Log2 Transform");
2 26 Feb 07 jari 2978     }
2 26 Feb 07 jari 2979     private void onUnLog2Transform() {
2 26 Feb 07 jari 2980         //data.log10toLog2();
2 26 Feb 07 jari 2981         data.unlog2Transform();
2 26 Feb 07 jari 2982         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2983         addHistory("Unlog2 Transform");
2 26 Feb 07 jari 2984     }
2 26 Feb 07 jari 2985     private void onNormalizeSpots() {
2 26 Feb 07 jari 2986         data.normalizeSpots();
2 26 Feb 07 jari 2987         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2988         addHistory("Normalize Gene/Row Vectors");
2 26 Feb 07 jari 2989     }
2 26 Feb 07 jari 2990     
2 26 Feb 07 jari 2991     private void onDivideSpotsRMS() {
2 26 Feb 07 jari 2992         data.divideSpotsRMS();
2 26 Feb 07 jari 2993         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 2994         addHistory("Divide by Gene/Row RMS");
2 26 Feb 07 jari 2995     }
2 26 Feb 07 jari 2996     
2 26 Feb 07 jari 2997     private void onDivideSpotsSD() {
2 26 Feb 07 jari 2998         data.divideSpotsSD();
2 26 Feb 07 jari 2999         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3000         addHistory("Divide by Gene/Row SD");
2 26 Feb 07 jari 3001     }
2 26 Feb 07 jari 3002     
2 26 Feb 07 jari 3003     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 3004     private void onDivideGenesMedian() {
2 26 Feb 07 jari 3005         data.divideGenesMedian();
2 26 Feb 07 jari 3006         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3007         addHistory("Divide by Gene/Row Median");
2 26 Feb 07 jari 3008     }
2 26 Feb 07 jari 3009     
2 26 Feb 07 jari 3010     private void onDivideGenesMean() {
2 26 Feb 07 jari 3011         data.divideGenesMean();
2 26 Feb 07 jari 3012         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3013         addHistory("Divide by Gene/Row Mean");
2 26 Feb 07 jari 3014     }
2 26 Feb 07 jari 3015     
2 26 Feb 07 jari 3016     private void onMeanCenterSpots() {
2 26 Feb 07 jari 3017         data.meanCenterSpots();
2 26 Feb 07 jari 3018         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3019         addHistory("Mean Center by Gene/Row Mean");
2 26 Feb 07 jari 3020     }
2 26 Feb 07 jari 3021     
2 26 Feb 07 jari 3022     private void onMedianCenterSpots() {
2 26 Feb 07 jari 3023         data.medianCenterSpots();
2 26 Feb 07 jari 3024         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3025         addHistory("Median Center by Gene/Row Median");
2 26 Feb 07 jari 3026     }
2 26 Feb 07 jari 3027     
2 26 Feb 07 jari 3028     private void onDigitalSpots() {
2 26 Feb 07 jari 3029         data.digitalSpots();
2 26 Feb 07 jari 3030         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3031         addHistory("Digital Rows");
2 26 Feb 07 jari 3032     }
2 26 Feb 07 jari 3033     
2 26 Feb 07 jari 3034     private void onNormalizeExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 3035         data.normalizeExperiments();
2 26 Feb 07 jari 3036         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3037         addHistory("Normalize Sample/Column Vectors");
2 26 Feb 07 jari 3038     }
2 26 Feb 07 jari 3039     
2 26 Feb 07 jari 3040     private void onDivideExperimentsRMS() {
2 26 Feb 07 jari 3041         data.divideExperimentsRMS();
2 26 Feb 07 jari 3042         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3043         addHistory("Divide by Sample/Column RMS");
2 26 Feb 07 jari 3044     }
2 26 Feb 07 jari 3045     
2 26 Feb 07 jari 3046     private void onDivideExperimentsSD() {
2 26 Feb 07 jari 3047         data.divideExperimentsSD();
2 26 Feb 07 jari 3048         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3049         addHistory("Divide by Sample/Column SD");
2 26 Feb 07 jari 3050     }
2 26 Feb 07 jari 3051     
2 26 Feb 07 jari 3052     private void onMeanCenterExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 3053         data.meanCenterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 3054         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3055         addHistory("Mean Center by Column/Sample Mean");
2 26 Feb 07 jari 3056     }
2 26 Feb 07 jari 3057     
2 26 Feb 07 jari 3058     private void onMedianCenterExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 3059         data.medianCenterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 3060         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3061         addHistory("Median Center by Sample/Column Median");
2 26 Feb 07 jari 3062     }
2 26 Feb 07 jari 3063     
2 26 Feb 07 jari 3064     private void onDigitalExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 3065         data.digitalExperiments();
2 26 Feb 07 jari 3066         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3067         addHistory("Digital Samples");
2 26 Feb 07 jari 3068     }
2 26 Feb 07 jari 3069     
2 26 Feb 07 jari 3070     private void onLog10toLog2() {
2 26 Feb 07 jari 3071         data.log10toLog2();
2 26 Feb 07 jari 3072         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3073         addHistory("Log10 to Log2");
2 26 Feb 07 jari 3074     }
2 26 Feb 07 jari 3075     private void onLog2toLog10() {
2 26 Feb 07 jari 3076         data.log2toLog10();
2 26 Feb 07 jari 3077         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3078         addHistory("Log2 to Log10");
2 26 Feb 07 jari 3079     }
2 26 Feb 07 jari 3080     private void onAdjustIntensities(AbstractButton item) {
2 26 Feb 07 jari 3081         data.setNonZero(item.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 3082         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3083     }
2 26 Feb 07 jari 3084     
2 26 Feb 07 jari 3085     /**
2 26 Feb 07 jari 3086      * Saves the framework data ratio values.
2 26 Feb 07 jari 3087      */
2 26 Feb 07 jari 3088     private void onSaveMatrix() {
2 26 Feb 07 jari 3089         try {
2 26 Feb 07 jari 3090             ExperimentUtil.saveExperiment(mainframe, data.getExperiment(), data);
2 26 Feb 07 jari 3091             addHistory("Save Data Matrix to File");
2 26 Feb 07 jari 3092         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3093             JOptionPane.showMessageDialog(mainframe, "Can not save matrix!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3094             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 3095         }
2 26 Feb 07 jari 3096     }
2 26 Feb 07 jari 3097     
2 26 Feb 07 jari 3098     
2 26 Feb 07 jari 3099     /**
2 26 Feb 07 jari 3100      * Sets the user specified ratio scale.
2 26 Feb 07 jari 3101      */
2 26 Feb 07 jari 3102     private void onSetRatioScale() {
2 26 Feb 07 jari 3103         IDisplayMenu menu = menubar.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 3104         SetRatioScaleDialog srsd = new SetRatioScaleDialog(mainframe, framework, menubar, menu.getMaxRatioScale(), menu.getMinRatioScale(), menu.getMidRatioValue(), menu.getUseDoubleGradient());
2 26 Feb 07 jari 3105         if (srsd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3106             menubar.setMaxRatioScale(srsd.getUpperLimit());
2 26 Feb 07 jari 3107             menubar.setMinRatioScale(srsd.getLowerLimit());
2 26 Feb 07 jari 3108             menubar.setMidRatioValue(srsd.getMidValue());
2 26 Feb 07 jari 3109             menubar.setUseDoubleGradient(srsd.getUseDoubleGradient());
2 26 Feb 07 jari 3110     
2 26 Feb 07 jari 3111             if(srsd.isGradientStyleAltered() && srsd.getUseDoubleGradient()) 
2 26 Feb 07 jari 3112               this.menubar.setPositiveCustomGradient(srsd.getPosImage());
2 26 Feb 07 jari 3113                
2 26 Feb 07 jari 3114             fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3115         }
2 26 Feb 07 jari 3116         addHistory("Color Sat. Limits Set: Lower = "+ srsd.getLowerLimit() +" Upper = "+ srsd.getUpperLimit());
2 26 Feb 07 jari 3117     }
2 26 Feb 07 jari 3118     
2 26 Feb 07 jari 3119     /**
2 26 Feb 07 jari 3120      * Removes all published clusters.
2 26 Feb 07 jari 3121      */
2 26 Feb 07 jari 3122     private void onDeleteAll() {
2 26 Feb 07 jari 3123         data.deleteColors();
2 26 Feb 07 jari 3124         if(this.geneClusterManager != null)
2 26 Feb 07 jari 3125             this.geneClusterManager.deleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 3126         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3127         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3128         addHistory("Deleted All Gene Clusters");
2 26 Feb 07 jari 3129     }
2 26 Feb 07 jari 3130     
2 26 Feb 07 jari 3131     /**
2 26 Feb 07 jari 3132      * Removes all published Experiment clusters
2 26 Feb 07 jari 3133      */
2 26 Feb 07 jari 3134     private void onDeleteAllExperimentClusters() {
2 26 Feb 07 jari 3135         data.deleteExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 3136         if(this.experimentClusterManager != null)
2 26 Feb 07 jari 3137             this.experimentClusterManager.deleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 3138         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3139         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3140         addHistory("Deleted All Sample Clusters");
2 26 Feb 07 jari 3141     }
2 26 Feb 07 jari 3142     
2 26 Feb 07 jari 3143
2 26 Feb 07 jari 3144     private void selectNode(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 3145         this.tree.setSelectionPath(new TreePath(node.getPath()));
2 26 Feb 07 jari 3146     }
2 26 Feb 07 jari 3147     
2 26 Feb 07 jari 3148     /**
2 26 Feb 07 jari 3149      *  Allows node additions to tree from objects with a framework reference
2 26 Feb 07 jari 3150      */
2 26 Feb 07 jari 3151     private void addNode(DefaultMutableTreeNode parent, DefaultMutableTreeNode child){
2 26 Feb 07 jari 3152         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3153         model.insertNodeInto(child,parent, parent.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 3154         this.treeScrollPane.getHorizontalScrollBar().setValue(0);
2 26 Feb 07 jari 3155         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3156     }
2 26 Feb 07 jari 3157     
2 26 Feb 07 jari 3158     /***********
2 26 Feb 07 jari 3159      *
2 26 Feb 07 jari 3160      * Cluster saving and repository code
2 26 Feb 07 jari 3161      *
2 26 Feb 07 jari 3162      */
2 26 Feb 07 jari 3163     
2 26 Feb 07 jari 3164     /**
2 26 Feb 07 jari 3165      * Stores a cluster with specified indices.
2 26 Feb 07 jari 3166      */
2 26 Feb 07 jari 3167     private Color storeCluster(int [] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3168         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel) this.tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3169         TreePath path = this.tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3170         DefaultMutableTreeNode clusterNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3171         Object leafInfo = clusterNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3172         if(!(leafInfo instanceof LeafInfo))
2 26 Feb 07 jari 3173             return null;
2 26 Feb 07 jari 3174         if(path.getPathCount() < 3)
2 26 Feb 07 jari 3175             return null;
2 26 Feb 07 jari 3176         Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 3177         Color clusterColor = null;
2 26 Feb 07 jari 3178         String clusterID = ((LeafInfo)clusterNode.getUserObject()).toString();
2 26 Feb 07 jari 3179         DefaultMutableTreeNode algorithmNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getPathComponent(2);
2 26 Feb 07 jari 3180         String algorithmName = (String)algorithmNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3181         if(clusterType == ClusterRepository.GENE_CLUSTER){
2 26 Feb 07 jari 3182             if(this.geneClusterRepository == null){
2 26 Feb 07 jari 3183                 this.geneClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesSize(), framework, true);
2 26 Feb 07 jari 3184                 this.data.setGeneClusterRepository(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3185             }
2 26 Feb 07 jari 3186             cluster = geneClusterRepository.storeCluster(this.resultCount-1, algorithmName, clusterID, indices, clusterNode, experiment);
2 26 Feb 07 jari 3187             if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3188                 clusterColor = cluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 3189                 if(geneClusterManager == null){
2 26 Feb 07 jari 3190                     this.geneClusterManager = new ClusterTable(this.geneClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3191                     DefaultMutableTreeNode genesNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Gene Clusters", this.geneClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3192                     addNode(this.clusterNode, genesNode);
2 26 Feb 07 jari 3193                 } else {
2 26 Feb 07 jari 3194                     geneClusterManager.onRepositoryChanged(geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3195                 }
2 26 Feb 07 jari 3196             }
2 26 Feb 07 jari 3197             geneClusterRepository.printRepository();
2 26 Feb 07 jari 3198         } else {
2 26 Feb 07 jari 3199             if(this.experimentClusterRepository == null){
2 26 Feb 07 jari 3200                 this.experimentClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesCount(), framework);
2 26 Feb 07 jari 3201                 this.data.setExperimentClusterRepository(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3202             }
2 26 Feb 07 jari 3203             cluster = experimentClusterRepository.storeCluster(this.resultCount-1, algorithmName, clusterID, indices, clusterNode, experiment);
2 26 Feb 07 jari 3204             if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3205                 clusterColor = cluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 3206                 if(experimentClusterManager == null){
2 26 Feb 07 jari 3207                     this.experimentClusterManager = new ClusterTable(this.experimentClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3208                     DefaultMutableTreeNode experimentNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sample Clusters", this.experimentClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3209                     addNode(this.clusterNode, experimentNode);
2 26 Feb 07 jari 3210                 } else {
2 26 Feb 07 jari 3211                     experimentClusterManager.onRepositoryChanged(experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3212                 }
2 26 Feb 07 jari 3213             }
2 26 Feb 07 jari 3214             experimentClusterRepository.printRepository();
2 26 Feb 07 jari 3215         }
2 26 Feb 07 jari 3216         
2 26 Feb 07 jari 3217         if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3218             int serNum = cluster.getSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 3219             String algName = cluster.getAlgorithmName();
2 26 Feb 07 jari 3220             
2 26 Feb 07 jari 3221             if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER)
2 26 Feb 07 jari 3222                 addHistory("Save Gene Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3223                 algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3224             else
2 26 Feb 07 jari 3225                 addHistory("Save Experiment Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3226                 algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3227         }
2 26 Feb 07 jari 3228         
2 26 Feb 07 jari 3229         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3230         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 3231         return clusterColor;
2 26 Feb 07 jari 3232     }
2 26 Feb 07 jari 3233     
2 26 Feb 07 jari 3234     /**
2 26 Feb 07 jari 3235      * Stores cluster with provieded indices, allows storage if indices are a subset of
2 26 Feb 07 jari 3236      * the displayed clusters (as in <code>HCLViewer</code>
2 26 Feb 07 jari 3237      */
2 26 Feb 07 jari 3238     private Color storeSubCluster(int [] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3239         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel) this.tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3240         TreePath path = this.tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3241         DefaultMutableTreeNode clusterNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3242         Object leafInfo = clusterNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3243         if(!(leafInfo instanceof LeafInfo))
2 26 Feb 07 jari 3244             return null;
2 26 Feb 07 jari 3245         if(path.getPathCount() < 3)
2 26 Feb 07 jari 3246             return null;
2 26 Feb 07 jari 3247         Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 3248         Color clusterColor = null;
2 26 Feb 07 jari 3249         String clusterID = ((LeafInfo)clusterNode.getUserObject()).toString();
2 26 Feb 07 jari 3250         DefaultMutableTreeNode algorithmNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getPathComponent(2);
2 26 Feb 07 jari 3251         String algorithmName = (String)algorithmNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3252         if(clusterType == ClusterRepository.GENE_CLUSTER){
2 26 Feb 07 jari 3253             if(this.geneClusterRepository == null){
2 26 Feb 07 jari 3254                 this.geneClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesSize(), framework, true);
2 26 Feb 07 jari 3255                 this.data.setGeneClusterRepository(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3256             }
2 26 Feb 07 jari 3257             cluster = geneClusterRepository.storeSubCluster(this.resultCount-1, algorithmName, clusterID, indices, clusterNode, experiment);
2 26 Feb 07 jari 3258             if(cluster != null){
2 26 Feb 07 jari 3259                 clusterColor = cluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 3260                 if(geneClusterManager == null){
2 26 Feb 07 jari 3261                     this.geneClusterManager = new ClusterTable(this.geneClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3262                     DefaultMutableTreeNode genesNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Gene Clusters", this.geneClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3263                     addNode(this.clusterNode, genesNode);
2 26 Feb 07 jari 3264                 } else{
2 26 Feb 07 jari 3265                     geneClusterManager.onRepositoryChanged(geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3266                 }
2 26 Feb 07 jari 3267             }
2 26 Feb 07 jari 3268             geneClusterRepository.printRepository();
2 26 Feb 07 jari 3269         } else {
2 26 Feb 07 jari 3270             if(this.experimentClusterRepository == null){
2 26 Feb 07 jari 3271                 this.experimentClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesCount(), framework);
2 26 Feb 07 jari 3272                 this.data.setExperimentClusterRepository(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3273             }
2 26 Feb 07 jari 3274             cluster = experimentClusterRepository.storeSubCluster(this.resultCount-1, algorithmName, clusterID, indices, clusterNode, experiment);
2 26 Feb 07 jari 3275             if(cluster != null){
2 26 Feb 07 jari 3276                 clusterColor = cluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 3277                 if(experimentClusterManager == null){
2 26 Feb 07 jari 3278                     this.experimentClusterManager = new ClusterTable(this.experimentClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3279                     DefaultMutableTreeNode experimentNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sample Clusters", this.experimentClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3280                     addNode(this.clusterNode, experimentNode);
2 26 Feb 07 jari 3281                 } else{
2 26 Feb 07 jari 3282                     experimentClusterManager.onRepositoryChanged(experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3283                 }
2 26 Feb 07 jari 3284             }
2 26 Feb 07 jari 3285             experimentClusterRepository.printRepository();
2 26 Feb 07 jari 3286         }
2 26 Feb 07 jari 3287         //Record history
2 26 Feb 07 jari 3288         if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3289             int serNum = cluster.getSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 3290             String algName = cluster.getAlgorithmName();
2 26 Feb 07 jari 3291             
2 26 Feb 07 jari 3292             if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER)
2 26 Feb 07 jari 3293                 addHistory("Save Gene Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3294                 algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3295             else
2 26 Feb 07 jari 3296                 addHistory("Save Experiment Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3297                 algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3298         }
2 26 Feb 07 jari 3299         
2 26 Feb 07 jari 3300         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3301         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 3302         return clusterColor;
2 26 Feb 07 jari 3303     }
2 26 Feb 07 jari 3304     
2 26 Feb 07 jari 3305     /**
2 26 Feb 07 jari 3306      *  Stores cluster to manager but doesn't link to a particular viewer node.
2 26 Feb 07 jari 3307      */
2 26 Feb 07 jari 3308     public void storeOperationCluster(String source, String clusterID, int [] indices, boolean geneCluster){
2 26 Feb 07 jari 3309         
2 26 Feb 07 jari 3310         ClusterRepository repository;
2 26 Feb 07 jari 3311         Cluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 3312         
2 26 Feb 07 jari 3313         ClusterAttributesDialog dialog = new ClusterAttributesDialog("Store Cluster Attributes", source, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3314         
2 26 Feb 07 jari 3315         if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3316             Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 3317             if (geneCluster) {
2 26 Feb 07 jari 3318                 FloatMatrix matrix = data.getFullExperiment().getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 3319                 experiment = new Experiment(matrix, indices);
2 26 Feb 07 jari 3320                 repository = getClusterRepository(Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 3321                 cluster = new Cluster(indices, source, dialog.getLabel(), clusterID, "", dialog.getDescription(), -1, repository.takeNextClusterSerialNumber(), dialog.getColor(), experiment);
2 26 Feb 07 jari 3322                 repository.addCluster(repository.getClusterOperationsList(), cluster);
2 26 Feb 07 jari 3323                 //geneClusterManager.onRepositoryChanged(geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3324                 geneClusterManager.addCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 3325                 
2 26 Feb 07 jari 3326             } else {
2 26 Feb 07 jari 3327                 experiment = data.getFullExperiment();
2 26 Feb 07 jari 3328                 repository = getClusterRepository(Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 3329                 cluster = new Cluster(indices, "Search Result", dialog.getLabel(), "Selected Samples", "", dialog.getDescription(), -1, repository.takeNextClusterSerialNumber(), dialog.getColor(), experiment);
2 26 Feb 07 jari 3330                 repository.addCluster(repository.getClusterOperationsList(), cluster);
2 26 Feb 07 jari 3331                 //experimentClusterManager.onRepositoryChanged(experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3332                 experimentClusterManager.addCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 3333             }
2 26 Feb 07 jari 3334             
2 26 Feb 07 jari 3335             if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3336                 int serNum = cluster.getSerialNumber();
2 26 Feb 07 jari 3337                 String algName = cluster.getAlgorithmName();
2 26 Feb 07 jari 3338                 
2 26 Feb 07 jari 3339                 if(geneCluster)
2 26 Feb 07 jari 3340                     addHistory("Save Gene Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3341                     algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3342                 else
2 26 Feb 07 jari 3343                     addHistory("Save Experiment Cluster: Serial #: "+String.valueOf(serNum)+", Algorithm: "+
2 26 Feb 07 jari 3344                     algName+", Cluster: "+clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3345             }
2 26 Feb 07 jari 3346         }
2 26 Feb 07 jari 3347         refreshCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 3348     }
2 26 Feb 07 jari 3349     
2 26 Feb 07 jari 3350     /** Removes a cluster based on indices, Experiment, and cluster type.
2 26 Feb 07 jari 3351      * Returns true if found and removed.
2 26 Feb 07 jari 3352      */
2 26 Feb 07 jari 3353     public boolean removeCluster(int [] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3354         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel) this.tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3355         TreePath path = this.tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3356         DefaultMutableTreeNode clusterNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3357         Object leafInfo = clusterNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3358         boolean removed = false;
2 26 Feb 07 jari 3359         if(!(leafInfo instanceof LeafInfo))
2 26 Feb 07 jari 3360             return removed;
2 26 Feb 07 jari 3361         if(path.getPathCount() < 3)
2 26 Feb 07 jari 3362             return removed;
2 26 Feb 07 jari 3363         String clusterID = ((LeafInfo)clusterNode.getUserObject()).toString();
2 26 Feb 07 jari 3364         DefaultMutableTreeNode algorithmNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getPathComponent(2);
2 26 Feb 07 jari 3365         String algorithmName = (String)algorithmNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3366         
2 26 Feb 07 jari 3367         if(clusterType == ClusterRepository.GENE_CLUSTER){
2 26 Feb 07 jari 3368             if(this.geneClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 3369                 return removed;
2 26 Feb 07 jari 3370             removed = this.geneClusterRepository.removeCluster(indices, algorithmName, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3371             this.geneClusterManager.onRepositoryChanged(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3372         } else {
2 26 Feb 07 jari 3373             if(this.experimentClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 3374                 return removed;
2 26 Feb 07 jari 3375             removed = this.experimentClusterRepository.removeCluster(indices, algorithmName, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3376             this.experimentClusterManager.onRepositoryChanged(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3377         }
2 26 Feb 07 jari 3378         if(removed)
2 26 Feb 07 jari 3379             fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3380         
2 26 Feb 07 jari 3381         return removed;
2 26 Feb 07 jari 3382     }
2 26 Feb 07 jari 3383     
2 26 Feb 07 jari 3384     
2 26 Feb 07 jari 3385     public boolean removeSubCluster(int [] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3386         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel) this.tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3387         TreePath path = this.tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3388         DefaultMutableTreeNode clusterNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3389         Object leafInfo = clusterNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3390         boolean removed = false;
2 26 Feb 07 jari 3391         if(!(leafInfo instanceof LeafInfo))
2 26 Feb 07 jari 3392             return removed;
2 26 Feb 07 jari 3393         if(path.getPathCount() < 3)
2 26 Feb 07 jari 3394             return removed;
2 26 Feb 07 jari 3395         String clusterID = ((LeafInfo)clusterNode.getUserObject()).toString();
2 26 Feb 07 jari 3396         DefaultMutableTreeNode algorithmNode = (DefaultMutableTreeNode)path.getPathComponent(2);
2 26 Feb 07 jari 3397         String algorithmName = (String)algorithmNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3398         
2 26 Feb 07 jari 3399         if(clusterType == ClusterRepository.GENE_CLUSTER){
2 26 Feb 07 jari 3400             if(this.geneClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 3401                 return removed;
2 26 Feb 07 jari 3402             removed = this.geneClusterRepository.removeSubCluster(indices, algorithmName, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3403             this.geneClusterManager.onRepositoryChanged(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3404         } else {
2 26 Feb 07 jari 3405             if(this.experimentClusterRepository == null)
2 26 Feb 07 jari 3406                 return removed;
2 26 Feb 07 jari 3407             removed = this.experimentClusterRepository.removeSubCluster(indices, algorithmName, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 3408             this.experimentClusterManager.onRepositoryChanged(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3409         }
2 26 Feb 07 jari 3410         if(removed)
2 26 Feb 07 jari 3411             fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3412         
2 26 Feb 07 jari 3413         return removed;
2 26 Feb 07 jari 3414     }
2 26 Feb 07 jari 3415
2 26 Feb 07 jari 3416     /** Launches a new MultipleArrayViewer containing the indexed items, Experiment, and cluster type.
2 26 Feb 07 jari 3417      * clusterType specifies whether the indices relate to genes or samples
2 26 Feb 07 jari 3418      */
2 26 Feb 07 jari 3419     private void launchNewMAV(int [] indices, Experiment experiment, String label, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3420         MultipleArrayData newData;
2 26 Feb 07 jari 3421         if(indices.length < 1){
2 26 Feb 07 jari 3422             JOptionPane.showMessageDialog(this.getFrame(), "The selected cluster does not contain any members. The new viewer session has been aborted.", "New Session Abort", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3423             return;
2 26 Feb 07 jari 3424         }
2 26 Feb 07 jari 3425         
2 26 Feb 07 jari 3426         if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER){
2 26 Feb 07 jari 3427             newData = this.data.getDataSubset(indices);
2 26 Feb 07 jari 3428         } else {
2 26 Feb 07 jari 3429             newData = this.data.getDataSubset(indices, experiment.getRowMappingArrayCopy());
2 26 Feb 07 jari 3430         }
2 26 Feb 07 jari 3431         
2 26 Feb 07 jari 3432         //String [] f = newData.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 3433         
2 26 Feb 07 jari 3434        // for(int i = 0; i < f.length; i++) 
2 26 Feb 07 jari 3435        //   System.out.println("f "+1+" "+f[i]);
2 26 Feb 07 jari 3436         
2 26 Feb 07 jari 3437         Manager.createNewMultipleArrayViewer(this.menubar, newData, label);
2 26 Feb 07 jari 3438         
2 26 Feb 07 jari 3439         addHistory("Launch New MAV: "+label);
2 26 Feb 07 jari 3440     }
2 26 Feb 07 jari 3441     
2 26 Feb 07 jari 3442     /** Opens the specified cluster node based on parent algorithm name and the cluster's node name
2 26 Feb 07 jari 3443      */
2 26 Feb 07 jari 3444     private void openClusterNode(String algorithmNode, String clusterNode){
2 26 Feb 07 jari 3445         DefaultMutableTreeNode node = findNode(algorithmNode, clusterNode);
2 26 Feb 07 jari 3446         if(node == null){
2 26 Feb 07 jari 3447             return;
2 26 Feb 07 jari 3448         }
2 26 Feb 07 jari 3449         selectNode(node);
2 26 Feb 07 jari 3450     }
2 26 Feb 07 jari 3451     
2 26 Feb 07 jari 3452     
2 26 Feb 07 jari 3453     /** Finds the specified child node given node name (child) and the parent's name.
2 26 Feb 07 jari 3454      */
2 26 Feb 07 jari 3455     private DefaultMutableTreeNode findNode(String parent, String child){
2 26 Feb 07 jari 3456         int childCount = this.analysisNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 3457         DefaultMutableTreeNode curr = this.analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 3458         DefaultMutableTreeNode target = null;
2 26 Feb 07 jari 3459         for(int i = 0; i < childCount; i++){
2 26 Feb 07 jari 3460             curr = (DefaultMutableTreeNode)(analysisNode.getChildAt(i));
2 26 Feb 07 jari 3461             Object userObject = curr.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3462             if(userObject instanceof String && ((String)userObject).equals(parent)){
2 26 Feb 07 jari 3463                 target = curr;
2 26 Feb 07 jari 3464                 break;
2 26 Feb 07 jari 3465             }
2 26 Feb 07 jari 3466             else if(userObject instanceof LeafInfo && (((LeafInfo)userObject).toString()).equals(parent)){
2 26 Feb 07 jari 3467                 target = curr;
2 26 Feb 07 jari 3468                 break;
2 26 Feb 07 jari 3469             }
2 26 Feb 07 jari 3470         }
2 26 Feb 07 jari 3471         
2 26 Feb 07 jari 3472         if(target == null)
2 26 Feb 07 jari 3473             return null;
2 26 Feb 07 jari 3474         
2 26 Feb 07 jari 3475         childCount = target.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 3476         
2 26 Feb 07 jari 3477         for(int i = 0; i < childCount; i++){
2 26 Feb 07 jari 3478             curr = (DefaultMutableTreeNode)(target.getChildAt(i));
2 26 Feb 07 jari 3479             Object userObject = curr.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3480             if(userObject instanceof String && ((String)userObject).equals(child)){
2 26 Feb 07 jari 3481                 target = curr;
2 26 Feb 07 jari 3482                 break;
2 26 Feb 07 jari 3483             }
2 26 Feb 07 jari 3484             else if(userObject instanceof LeafInfo && (((LeafInfo)userObject).toString()).equals(parent)){
2 26 Feb 07 jari 3485                 target = curr;
2 26 Feb 07 jari 3486                 break;
2 26 Feb 07 jari 3487             }
2 26 Feb 07 jari 3488         }
2 26 Feb 07 jari 3489         
2 26 Feb 07 jari 3490         if(target != curr)
2 26 Feb 07 jari 3491             return null;
2 26 Feb 07 jari 3492         
2 26 Feb 07 jari 3493         return (DefaultMutableTreeNode)curr;
2 26 Feb 07 jari 3494     }
2 26 Feb 07 jari 3495     
2 26 Feb 07 jari 3496     /** Returns the currently selected node
2 26 Feb 07 jari 3497      */
2 26 Feb 07 jari 3498     public DefaultMutableTreeNode getCurrentNode(){
2 26 Feb 07 jari 3499         TreePath path = this.tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3500         if(path == null)
2 26 Feb 07 jari 3501             return null;
2 26 Feb 07 jari 3502         return (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3503     }
2 26 Feb 07 jari 3504     
2 26 Feb 07 jari 3505     public DefaultMutableTreeNode getNode(Object object) {
2 26 Feb 07 jari 3506         return this.tree.getNode(object);
2 26 Feb 07 jari 3507     }
2 26 Feb 07 jari 3508     /** add for sort MAD for auto-color scale
2 26 Feb 07 jari 3509      * by wwang
2 26 Feb 07 jari 3510      * @param m
2 26 Feb 07 jari 3511      * @return
2 26 Feb 07 jari 3512      */
2 26 Feb 07 jari 3513     public float [] initSortedValues(FloatMatrix m) {
2 26 Feb 07 jari 3514     float [] vals = m.getColumnPackedCopy();
2 26 Feb 07 jari 3515     QSort qsort = new QSort(vals, QSort.ASCENDING);
2 26 Feb 07 jari 3516     vals = qsort.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 3517     
2 26 Feb 07 jari 3518     int numberNaN = 0;
2 26 Feb 07 jari 3519     
2 26 Feb 07 jari 3520     for(int i = 0; i < vals.length; i++) {    
2 26 Feb 07 jari 3521       if(Float.isNaN(vals[i]))
2 26 Feb 07 jari 3522         numberNaN++;
2 26 Feb 07 jari 3523       else
2 26 Feb 07 jari 3524         break;
2 26 Feb 07 jari 3525     }
2 26 Feb 07 jari 3526     
2 26 Feb 07 jari 3527     int validN = vals.length-numberNaN;
2 26 Feb 07 jari 3528     
2 26 Feb 07 jari 3529     float [] values = new float[validN];
2 26 Feb 07 jari 3530     
2 26 Feb 07 jari 3531     for(int i = 0; i < values.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3532       values[i] = vals[i+numberNaN];      
2 26 Feb 07 jari 3533     }
2 26 Feb 07 jari 3534     
2 26 Feb 07 jari 3535     return values;
2 26 Feb 07 jari 3536     
2 26 Feb 07 jari 3537   }
2 26 Feb 07 jari 3538     public boolean autoScale(float[] val){
2 26 Feb 07 jari 3539           int count=0;
2 26 Feb 07 jari 3540       for(int i=0;i<val.length;i++)
2 26 Feb 07 jari 3541         if(val[i]>0)
2 26 Feb 07 jari 3542           count++;
2 26 Feb 07 jari 3543       if((count*1.0)/(val.length*1.0)>0.8){
2 26 Feb 07 jari 3544         auto_scale=true;
2 26 Feb 07 jari 3545       }
2 26 Feb 07 jari 3546       return auto_scale;
2 26 Feb 07 jari 3547     }
2 26 Feb 07 jari 3548     
2 26 Feb 07 jari 3549     /** by wwang
2 26 Feb 07 jari 3550    *  returns the median from the sorted array
2 26 Feb 07 jari 3551    * @return
2 26 Feb 07 jari 3552    */
2 26 Feb 07 jari 3553   public float getMedian() {
2 26 Feb 07 jari 3554     float median;
2 26 Feb 07 jari 3555     if(sortedValues.length % 2 == 0)
2 26 Feb 07 jari 3556       median = (sortedValues[sortedValues.length/2] + sortedValues[sortedValues.length/2 + 1])/2.0f;
2 26 Feb 07 jari 3557     else
2 26 Feb 07 jari 3558       median = sortedValues[sortedValues.length/2 + 1];  
2 26 Feb 07 jari 3559     return median;
2 26 Feb 07 jari 3560   }
2 26 Feb 07 jari 3561   
2 26 Feb 07 jari 3562   /** by wwang
2 26 Feb 07 jari 3563    *  returns the maxScale(80% of total data)from the sorted array
2 26 Feb 07 jari 3564    * @return
2 26 Feb 07 jari 3565    */    
2 26 Feb 07 jari 3566   public float getMaxScale() {
2 26 Feb 07 jari 3567     int index=(int)Math.floor(sortedValues.length*0.8);
2 26 Feb 07 jari 3568     float max=sortedValues[index];
2 26 Feb 07 jari 3569     return max;
2 26 Feb 07 jari 3570   }
2 26 Feb 07 jari 3571
2 26 Feb 07 jari 3572   
2 26 Feb 07 jari 3573     /**
2 26 Feb 07 jari 3574      *  Handles new data load.  Vector contains ISlideData objects.
2 26 Feb 07 jari 3575      */
2 26 Feb 07 jari 3576     public void fireDataLoaded(ISlideData [] features, int dataType){
2 26 Feb 07 jari 3577       //add for auto-color scaling format(onedecimalformat)
2 26 Feb 07 jari 3578       DecimalFormat oneDecimalFormat = new DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 3579     oneDecimalFormat.setMaximumFractionDigits(1);
2 26 Feb 07 jari 3580     //oneDecimalFormat.setMaximumIntegerDigits(5);
2 26 Feb 07 jari 3581         if(features == null || features.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 3582             return;
2 26 Feb 07 jari 3583         data.addFeatures(features);
2 26 Feb 07 jari 3584         data.setDataType(dataType);
2 26 Feb 07 jari 3585         if(this.data.getFieldNames() != null && this.data.getFeaturesCount() > 0){
2 26 Feb 07 jari 3586             this.menubar.addLabelMenuItems(this.data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 3587             //add the experiment key vector that is longest
2 26 Feb 07 jari 3588             this.menubar.addExperimentLabelMenuItems(getSlideNameKeyVectorUnion(features));
2 26 Feb 07 jari 3589             //this.menubar.addSortMenuItems(this.data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 3590             
2 26 Feb 07 jari 3591             //have the main scroll pane and canvas
2 26 Feb 07 jari 3592             ((MultipleArrayCanvas)this.viewer).addSortMenuItems(data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 3593   
2 26 Feb 07 jari 3594             this.menubar.setLabelIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 3595             
2 26 Feb 07 jari 3596             //pcahan
2 26 Feb 07 jari 3597             //TODO change this to get the Data Type from an IData 
2 26 Feb 07 jari 3598             //first need to make sure that IData has that information.  Don't know yet.
2 26 Feb 07 jari 3599             if (TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY){
2 26 Feb 07 jari 3600                 this.menubar.addAffyFilterMenuItems();
2 26 Feb 07 jari 3601             }
2 26 Feb 07 jari 3602             /**
2 26 Feb 07 jari 3603        * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3604        * Place to load CytoBand Information
2 26 Feb 07 jari 3605        * Place to add CGH Menus if datatype is of such type
2 26 Feb 07 jari 3606        * Load CGH Analysis factory here
2 26 Feb 07 jari 3607        */
2 26 Feb 07 jari 3608       if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 3609         loadCytoBandFile();
2 26 Feb 07 jari 3610         manager.initCghAnalysiActions(new org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHAlgorithms.CGHAlgorithmFactory());
2 26 Feb 07 jari 3611         this.menubar.addCGHMenus();
2 26 Feb 07 jari 3612         mainframe.validate();
2 26 Feb 07 jari 3613             }
2 26 Feb 07 jari 3614         }
2 26 Feb 07 jari 3615         
2 26 Feb 07 jari 3616         // by wwang add for auto color scaling(for affy data) 
2 26 Feb 07 jari 3617         sortedValues=initSortedValues(data.getExperiment().getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 3618         auto_scale=autoScale(sortedValues);
2 26 Feb 07 jari 3619         if(data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS || auto_scale==true){
2 26 Feb 07 jari 3620            this.menubar.setMinRatioScale(0f);
2 26 Feb 07 jari 3621            this.menubar.setMidRatioValue(getMedian());
2 26 Feb 07 jari 3622            this.menubar.setMaxRatioScale(getMaxScale());      
2 26 Feb 07 jari 3623           //EH  added so the data are considered affy data whenever they are scaled as
2 26 Feb 07 jari 3624            //affy data.
2 26 Feb 07 jari 3625            data.setDataType(IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS);
2 26 Feb 07 jari 3626          }
2 26 Feb 07 jari 3627
2 26 Feb 07 jari 3628         // pcahan - convoluted but it works
2 26 Feb 07 jari 3629         if ( (TMEV.getDataType() == TMEV.DATA_TYPE_AFFY) &&
2 26 Feb 07 jari 3630         (data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS) &&
2 26 Feb 07 jari 3631         (!this.menubar.get_affyNormAdded())) {
2 26 Feb 07 jari 3632             this.menubar.addAffyNormMenuItems();
2 26 Feb 07 jari 3633         }
2 26 Feb 07 jari 3634                 
2 26 Feb 07 jari 3635         if (data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY || data.getDataType() == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS){
2 26 Feb 07 jari 3636             this.menubar.enableNormalizationMenu(false);
2 26 Feb 07 jari 3637         }
2 26 Feb 07 jari 3638
2 26 Feb 07 jari 3639         //set IData as primary and selected
2 26 Feb 07 jari 3640         data.setUseMainData(true);
2 26 Feb 07 jari 3641         ((LeafInfo)(mainViewerNode.getUserObject())).setSelectedDataSource(true);
2 26 Feb 07 jari 3642         //record main data as source      
2 26 Feb 07 jari 3643         createDataSelectionNode((DefaultMutableTreeNode)(tree.getRoot().getChildAt(0)), data.getExperiment(), data.getExperiment().getNumberOfGenes(), Cluster.GENE_CLUSTER);              
2 26 Feb 07 jari 3644         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 3645     /**
2 26 Feb 07 jari 3646          * Add CGH Specific Views & Menus
2 26 Feb 07 jari 3647          */
2 26 Feb 07 jari 3648         if(data.isCGHData()) {
2 26 Feb 07 jari 3649           ExperimentsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 3650           onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 3651         }
2 26 Feb 07 jari 3652         
2 26 Feb 07 jari 3653         setMaxCY3AndCY5();
2 26 Feb 07 jari 3654         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 3655         this.viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 3656         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3657         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 3658         fireHeaderChanged();
2 26 Feb 07 jari 3659         
2 26 Feb 07 jari 3660         // record it for history's sake
2 26 Feb 07 jari 3661         String [] featureNames = new String[features.length];
2 26 Feb 07 jari 3662         for(int i = 0; i < features.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 3663             featureNames[i] = features[i].getSlideFileName();
2 26 Feb 07 jari 3664             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 3665                 addHistory("Load Data File: "+featureNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 3666             else {
2 26 Feb 07 jari 3667                 if(featureNames[i].equals(featureNames[i-1]))
2 26 Feb 07 jari 3668                     break;
2 26 Feb 07 jari 3669                 addHistory("Load Data File: "+featureNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 3670             }
2 26 Feb 07 jari 3671         }
2 26 Feb 07 jari 3672         if(features.length > 1)
2 26 Feb 07 jari 3673             addHistory(features.length+" samples loaded.");
2 26 Feb 07 jari 3674         else
2 26 Feb 07 jari 3675             addHistory("1 sample loaded.");
2 26 Feb 07 jari 3676         
2 26 Feb 07 jari 3677         if(features.length > 0)
2 26 Feb 07 jari 3678             addHistory(features[0].getSize()+" genes loaded.");
2 26 Feb 07 jari 3679     }
2 26 Feb 07 jari 3680     
2 26 Feb 07 jari 3681     
2 26 Feb 07 jari 3682     
2 26 Feb 07 jari 3683     /**
2 26 Feb 07 jari 3684      * Returns the key vector for the sample with the longest sample name key list
2 26 Feb 07 jari 3685      */
2 26 Feb 07 jari 3686     private Vector getSlideNameKeyVectorUnion(ISlideData [] features) {
2 26 Feb 07 jari 3687         Vector keyVector;
2 26 Feb 07 jari 3688         Vector fullKeyVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 3689         String key;
2 26 Feb 07 jari 3690         for( int i = 0; i < features.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3691             keyVector = features[i].getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 3692             for(int j = 0; j < keyVector.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 3693                 key = (String)(keyVector.elementAt(j));
2 26 Feb 07 jari 3694                 if(!fullKeyVector.contains(key))
2 26 Feb 07 jari 3695                     fullKeyVector.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 3696             }
2 26 Feb 07 jari 3697         }
2 26 Feb 07 jari 3698         return fullKeyVector;
2 26 Feb 07 jari 3699     }
2 26 Feb 07 jari 3700     
2 26 Feb 07 jari 3701     /**
2 26 Feb 07 jari 3702      *  Loads data using <code>SuperExpressionFileLoader</code>.
2 26 Feb 07 jari 3703      */
7 24 Aug 07 jari 3704   public void loadData(){
2 26 Feb 07 jari 3705         SuperExpressionFileLoader loader = new SuperExpressionFileLoader(this);
2 26 Feb 07 jari 3706         
2 26 Feb 07 jari 3707         //Add time node to the analysis node
2 26 Feb 07 jari 3708         Date date = new Date(System.currentTimeMillis());
2 26 Feb 07 jari 3709         DateFormat format = DateFormat.getDateTimeInstance();
2 26 Feb 07 jari 3710         format.setTimeZone(TimeZone.getDefault());
2 26 Feb 07 jari 3711         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(format.format(date));
2 26 Feb 07 jari 3712         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 3713         treeModel.insertNodeInto(node, analysisNode, analysisNode.getChildCount());        
7 24 Aug 07 jari 3714         loader.onLoad();
2 26 Feb 07 jari 3715     }
2 26 Feb 07 jari 3716     
2 26 Feb 07 jari 3717     /**
2 26 Feb 07 jari 3718      * Returns specfied the cluster repository, possibly null
2 26 Feb 07 jari 3719      */
2 26 Feb 07 jari 3720     protected ClusterRepository getClusterRepository(int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 3721         if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER) {
2 26 Feb 07 jari 3722             if(this.geneClusterRepository == null) {
2 26 Feb 07 jari 3723                 this.geneClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesSize(), framework, true);
2 26 Feb 07 jari 3724                 this.data.setGeneClusterRepository(this.geneClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3725             }
2 26 Feb 07 jari 3726             
2 26 Feb 07 jari 3727             
2 26 Feb 07 jari 3728             if(geneClusterManager == null){
2 26 Feb 07 jari 3729                 this.geneClusterManager = new ClusterTable(this.geneClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3730                 DefaultMutableTreeNode genesNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Gene Clusters", this.geneClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3731                 addNode(this.clusterNode, genesNode);
2 26 Feb 07 jari 3732                 
2 26 Feb 07 jari 3733             }
2 26 Feb 07 jari 3734             return this.geneClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 3735             
2 26 Feb 07 jari 3736         } else {
2 26 Feb 07 jari 3737             if(this.experimentClusterRepository == null) {
2 26 Feb 07 jari 3738                 this.experimentClusterRepository = new ClusterRepository(data.getFeaturesCount(), framework);
2 26 Feb 07 jari 3739                 this.data.setExperimentClusterRepository(this.experimentClusterRepository);
2 26 Feb 07 jari 3740             }
2 26 Feb 07 jari 3741             if(experimentClusterManager == null) {
2 26 Feb 07 jari 3742                 this.experimentClusterManager = new ClusterTable(this.experimentClusterRepository, framework);
2 26 Feb 07 jari 3743                 DefaultMutableTreeNode experimentNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sample Clusters", this.experimentClusterManager), false);
2 26 Feb 07 jari 3744                 addNode(this.clusterNode, experimentNode);
2 26 Feb 07 jari 3745             }
2 26 Feb 07 jari 3746             return this.experimentClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 3747         }
2 26 Feb 07 jari 3748     }
2 26 Feb 07 jari 3749     
2 26 Feb 07 jari 3750     /**
2 26 Feb 07 jari 3751      *  Returns the <CODE>ResultTree</CODE> object
2 26 Feb 07 jari 3752      */
2 26 Feb 07 jari 3753     protected ResultTree getResultTree() {
2 26 Feb 07 jari 3754         return this.tree;
2 26 Feb 07 jari 3755     }
2 26 Feb 07 jari 3756     
2 26 Feb 07 jari 3757     
2 26 Feb 07 jari 3758     /**
2 26 Feb 07 jari 3759      * Perform a search for elements based on keys
2 26 Feb 07 jari 3760      */
2 26 Feb 07 jari 3761     private void search() {
2 26 Feb 07 jari 3762         SearchDialog dialog = new SearchDialog(this.getFrame(), this.data.getFieldNames(), this.data.getSlideNameKeyArray());
2 26 Feb 07 jari 3763         if( dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3764             AlgorithmData searchParameters = dialog.getSearchCriteria();
2 26 Feb 07 jari 3765             
2 26 Feb 07 jari 3766             AlgorithmParameters params = searchParameters.getParams();
2 26 Feb 07 jari 3767             boolean geneSearch = params.getBoolean("gene-search");
2 26 Feb 07 jari 3768             boolean caseSens = params.getBoolean("case-sensitive");
2 26 Feb 07 jari 3769             boolean fullTerm = params.getBoolean("full-term");
2 26 Feb 07 jari 3770             String searchTerm = params.getString("search-term");
2 26 Feb 07 jari 3771             String [] fields = searchParameters.getStringArray("field-names");
2 26 Feb 07 jari 3772             
2 26 Feb 07 jari 3773             ResultTree resultTree = framework.getResultTree();
2 26 Feb 07 jari 3774             
2 26 Feb 07 jari 3775             //get IData indices
2 26 Feb 07 jari 3776             int [] indices = data.search(searchParameters);
2 26 Feb 07 jari 3777             
2 26 Feb 07 jari 3778             if(indices.length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 3779                 
2 26 Feb 07 jari 3780                 //returns Vector of result objects (Vector, Hashtable, Hashtable), #0 ExperimentViewers, #2 TableViewers
2 26 Feb 07 jari 3781                 Vector result =  resultTree.findViewerCollection(indices, searchParameters.getParams().getBoolean("gene-search"));
2 26 Feb 07 jari 3782                 
2 26 Feb 07 jari 3783                 if(result != null) {
2 26 Feb 07 jari 3784                     
2 26 Feb 07 jari 3785                     Vector primaryNodes = (Vector)(result.elementAt(0));
2 26 Feb 07 jari 3786                     Hashtable expViewHash = (Hashtable)(result.elementAt(1));
2 26 Feb 07 jari 3787                     Hashtable tableViewHash = (Hashtable)(result.elementAt(2));
2 26 Feb 07 jari 3788                     
2 26 Feb 07 jari 3789                     DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode("Search Result Shortcuts");
2 26 Feb 07 jari 3790                     for(int i = 0; i < primaryNodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 3791                         root.add((DefaultMutableTreeNode)(primaryNodes.elementAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 3792                     }
2 26 Feb 07 jari 3793                     JTree tree = new JTree(root);
2 26 Feb 07 jari 3794                     tree.setCellRenderer(resultTree.getCellRenderer());
2 26 Feb 07 jari 3795                     
2 26 Feb 07 jari 3796                     SearchResultDialog resultDialog = new SearchResultDialog(this.framework, searchParameters, tree, expViewHash, tableViewHash, indices);
2 26 Feb 07 jari 3797                     resultDialog.showModal();
2 26 Feb 07 jari 3798                 } else {
2 26 Feb 07 jari 3799                     SearchResultDialog resultDialog = new SearchResultDialog(this.framework, searchParameters, indices);
2 26 Feb 07 jari 3800                     resultDialog.showModal();
2 26 Feb 07 jari 3801                 }
2 26 Feb 07 jari 3802                 
2 26 Feb 07 jari 3803                 
2 26 Feb 07 jari 3804             } else {
2 26 Feb 07 jari 3805                 if(geneSearch)
2 26 Feb 07 jari 3806                     JOptionPane.showMessageDialog(framework.getFrame(), "No genes matching the search criteria were found.", "Empty Search Result", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3807                 else
2 26 Feb 07 jari 3808                     JOptionPane.showMessageDialog(framework.getFrame(), "No samples matching the search criteria were found.", "Empty Search Result", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3809                 return;
2 26 Feb 07 jari 3810             }
2 26 Feb 07 jari 3811         }
2 26 Feb 07 jari 3812     }
2 26 Feb 07 jari 3813     
2 26 Feb 07 jari 3814     /** Refreshes the current viewer by calling <code>IViewer</code> onSelected(IFramework)
2 26 Feb 07 jari 3815      */
2 26 Feb 07 jari 3816     private void refreshCurrentViewer() {
2 26 Feb 07 jari 3817         TreePath path = tree.getSelectionPath();
2 26 Feb 07 jari 3818         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)path.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 3819         
2 26 Feb 07 jari 3820         Object leafInfo = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 3821         
2 26 Feb 07 jari 3822         if(leafInfo instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 3823             IViewer viewer = ((LeafInfo)leafInfo).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 3824             if(viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 3825                 viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 3826             }
2 26 Feb 07 jari 3827         }
2 26 Feb 07 jari 3828     }
2 26 Feb 07 jari 3829     
2 26 Feb 07 jari 3830     /** Imports a list of gene or sample identifiers based on matching an annotation key
2 26 Feb 07 jari 3831      * Imported cluster will be added to the proper repository.
2 26 Feb 07 jari 3832      */
2 26 Feb 07 jari 3833     private void onImportList(int clusterType) {
2 26 Feb 07 jari 3834         ClusterRepository cr = getClusterRepository(clusterType);
2 26 Feb 07 jari 3835         
2 26 Feb 07 jari 3836         Cluster cluster = cr.createClusterFromList();
2 26 Feb 07 jari 3837         
2 26 Feb 07 jari 3838         if(cluster != null) {
2 26 Feb 07 jari 3839             if(clusterType == Cluster.GENE_CLUSTER) {
2 26 Feb 07 jari 3840                 this.geneClusterManager.onRepositoryChanged(cr);
2 26 Feb 07 jari 3841                 addHistory("Save Gene Cluster: Serial #: "+cluster.getSerialNumber()+", Source: List Import");
2 26 Feb 07 jari 3842             } else {
2 26 Feb 07 jari 3843                 this.experimentClusterManager.onRepositoryChanged(cr);
2 26 Feb 07 jari 3844                 addHistory("Save Sample Cluster: Serial #: "+cluster.getSerialNumber()+", Source: List Import");
2 26 Feb 07 jari 3845             }
2 26 Feb 07 jari 3846             refreshCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 3847         }
2 26 Feb 07 jari 3848     }
2 26 Feb 07 jari 3849     
2 26 Feb 07 jari 3850     /** Appends Sample annoation.  Loads annoation using the loaded order.
2 26 Feb 07 jari 3851      */
2 26 Feb 07 jari 3852     private void appendSampleAnnotation() {
2 26 Feb 07 jari 3853            
2 26 Feb 07 jari 3854         String msg = "<html><center><h1>Import Sample Annotation</h1></center>";
2 26 Feb 07 jari 3855         msg += "The sample annotation file should be a tab-delimited text file containing one header row for annotation labels (field names).";
2 26 Feb 07 jari 3856         msg += "The file may contain multiple columns of annotation with each column containing a header entry that indicates the nature of the annotation.";
2 26 Feb 07 jari 3857         msg += "The annotation for each sample is organized in rows corresponding to the order of the loaded samples.";
2 26 Feb 07 jari 3858         msg += "If annotation is missing for a sample the entry in that sample row may be left blank.  Please see the manual appendix on file formats for more information. </html>";
2 26 Feb 07 jari 3859         
2 26 Feb 07 jari 3860         HTMLMessageFileChooser dialog = new HTMLMessageFileChooser(getFrame(), "Sample Annotation File Selection", msg, TMEV.getFile("data"), true);
2 26 Feb 07 jari 3861         dialog.setApproveButtonText("Load");
2 26 Feb 07 jari 3862         dialog.setSize(500, 600);
2 26 Feb 07 jari 3863         if(dialog.showModal() == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3864             File file = dialog.getSelectedFile();           
2 26 Feb 07 jari 3865             try {
2 26 Feb 07 jari 3866                 if(data.addNewSampleLabels(getFrame(), file)) {                            
2 26 Feb 07 jari 3867                     //add the new label to the experiment label menu
2 26 Feb 07 jari 3868                     this.menubar.replaceExperimentLabelMenuItems(data.getSlideNameKeyArray());
2 26 Feb 07 jari 3869                 }
2 26 Feb 07 jari 3870             } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 3871                 JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Error processing sample annotation file. Check file format.", "Sample Annotation Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3872             }
2 26 Feb 07 jari 3873         }                    
2 26 Feb 07 jari 3874     }
2 26 Feb 07 jari 3875     
2 26 Feb 07 jari 3876     
2 26 Feb 07 jari 3877     /** Appends gene annoation from an annotation file.  Mapping depends on a key selected from the loaded data     
2 26 Feb 07 jari 3878      *
2 26 Feb 07 jari 3879      *  and a second key selected from the annotation file.  These keys map annoation to genes.
2 26 Feb 07 jari 3880      */
2 26 Feb 07 jari 3881     private void appendGeneAnnotation() {
2 26 Feb 07 jari 3882         
2 26 Feb 07 jari 3883         String msg = "<html><center><h1>Import Gene Annotation</h1></center>";
2 26 Feb 07 jari 3884         msg += "Please select an annotation file to import.  The file should contain a column that can be used ";
2 26 Feb 07 jari 3885         msg += "to map annotation in the file to the proper genes.  After file selection you will be asked to identify ";
2 26 Feb 07 jari 3886         msg += "a key from the data and from the input file to be used to insure proper mapping of annotation. ";
2 26 Feb 07 jari 3887         msg += "Note that this file format should conform the MeV annotation file format conventions (.ann) file ";
2 26 Feb 07 jari 3888         msg += "described in the appendix of the manual</html>";
2 26 Feb 07 jari 3889         
2 26 Feb 07 jari 3890         HTMLMessageFileChooser dialog = new HTMLMessageFileChooser(getFrame(), "Gene Annotation File Selection", msg, TMEV.getFile("data"), true);
2 26 Feb 07 jari 3891         dialog.setFileFilter(new AnnFileFilter());
2 26 Feb 07 jari 3892         dialog.setApproveButtonText("Load");
2 26 Feb 07 jari 3893         dialog.setSize(500, 600);
2 26 Feb 07 jari 3894
2 26 Feb 07 jari 3895         if(dialog.showModal() == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3896             File file = dialog.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 3897             try {
2 26 Feb 07 jari 3898                 
2 26 Feb 07 jari 3899                 //parse the file
2 26 Feb 07 jari 3900                 AnnFileParser parser = new AnnFileParser();
2 26 Feb 07 jari 3901                 parser.loadFile(file);
2 26 Feb 07 jari 3902                 Vector headerVector;
2 26 Feb 07 jari 3903                 String [] headers;
2 26 Feb 07 jari 3904                 String [][] annMatrix = null;
2 26 Feb 07 jari 3905                 if(parser.isAnnFileLoaded()) {
2 26 Feb 07 jari 3906                     headerVector = parser.getColumnHeaders();
2 26 Feb 07 jari 3907                     annMatrix = parser.getDataMatrix(true);                    
2 26 Feb 07 jari 3908                 } else {
2 26 Feb 07 jari 3909                     JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Error processing gene annotation file. Please check file format.", "Sample Annotation Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3910                     return;
2 26 Feb 07 jari 3911                 }
2 26 Feb 07 jari 3912                 
2 26 Feb 07 jari 3913                 //get field names from current data and add UID as an option
2 26 Feb 07 jari 3914                 String [] dataFieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 3915                 String [] fieldNamesWithUID = new String[dataFieldNames.length+1];
2 26 Feb 07 jari 3916                 fieldNamesWithUID[0] = "UID";
2 26 Feb 07 jari 3917                 for(int i = 0; i < dataFieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3918                     fieldNamesWithUID[i+1] = dataFieldNames[i];
2 26 Feb 07 jari 3919                 }
2 26 Feb 07 jari 3920                                 
2 26 Feb 07 jari 3921                 //get annotation keys for mapping
2 26 Feb 07 jari 3922                 GeneAnnotationImportDialog importDialog = new GeneAnnotationImportDialog(getFrame(), fieldNamesWithUID, annMatrix[0]);
2 26 Feb 07 jari 3923
2 26 Feb 07 jari 3924                 //select columns of annoation to append
2 26 Feb 07 jari 3925                 
2 26 Feb 07 jari 3926                 
2 26 Feb 07 jari 3927                 if(importDialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 3928
2 26 Feb 07 jari 3929                     String [] newFields = importDialog.getSelectedAnnotationFields();
2 26 Feb 07 jari 3930                     
2 26 Feb 07 jari 3931                     int updateCount = data.addNewGeneAnnotation(annMatrix, importDialog.getDataAnnotationKey(), importDialog.getFileAnnotationKey(), newFields);
2 26 Feb 07 jari 3932                     
2 26 Feb 07 jari 3933                     if(updateCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 3934                         
2 26 Feb 07 jari 3935                         //update menubar and TMEV field names
2 26 Feb 07 jari 3936                         
2 26 Feb 07 jari 3937                         //EH - moved field names to IData class instead of TMEV
2 26 Feb 07 jari 3938 //                      TMEV.appendFieldNames(newFields);
2 26 Feb 07 jari 3939                       data.getSlideMetaData().appendFieldNames(newFields);
2 26 Feb 07 jari 3940                       
2 26 Feb 07 jari 3941                         menubar.replaceLabelMenuItems(data.getFieldNames());
2 26 Feb 07 jari 3942                         
2 26 Feb 07 jari 3943                         //add event to history log
2 26 Feb 07 jari 3944                         String historyMsg = "New Gene Annotation\n";
2 26 Feb 07 jari 3945                         historyMsg += "Annotation File = " + file.getAbsolutePath() + "\n";
2 26 Feb 07 jari 3946                         historyMsg += "New Annotation Fields: ";
2 26 Feb 07 jari 3947                         for(int i = 0; i < newFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3948                             historyMsg += newFields[i];
2 26 Feb 07 jari 3949                             if(i < newFields.length-1)
2 26 Feb 07 jari 3950                                 historyMsg += ", ";
2 26 Feb 07 jari 3951                         }
2 26 Feb 07 jari 3952                         addHistory(historyMsg);
2 26 Feb 07 jari 3953                         
2 26 Feb 07 jari 3954                         JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "<html>Gene annotation has been successfully added.<br>Check the history node for field information.</html>", "Append Gene Annotation", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3955                         
2 26 Feb 07 jari 3956                     } else {
2 26 Feb 07 jari 3957                         String eMsg = "<html>Gene annotation addition has failed.  The identifying keys in the loaded data ("+importDialog.getDataAnnotationKey()+")<br>";
2 26 Feb 07 jari 3958                         eMsg += "and the keys in the file ("+importDialog.getFileAnnotationKey()+") did not have any matches.<br<br>The new annotation could not be mapped to the data.</html>";
2 26 Feb 07 jari 3959                         JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), eMsg, "Append Gene Annotation", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3960                     }
2 26 Feb 07 jari 3961                 }
2 26 Feb 07 jari 3962             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3963                 JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Error processing gene annotation file. Please check file format.", "Sample Annotation Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3964                 e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 3965             }
2 26 Feb 07 jari 3966         }
2 26 Feb 07 jari 3967     }
2 26 Feb 07 jari 3968   /* Start CGH Functions */
2 26 Feb 07 jari 3969     /**
2 26 Feb 07 jari 3970      * Raktim Nov 11, 05
2 26 Feb 07 jari 3971      * Adding CGH Listener Functions
2 26 Feb 07 jari 3972      */
2 26 Feb 07 jari 3973     public void onSetShowFlankingRegions(boolean show){
2 26 Feb 07 jari 3974       //System.out.println("CGH onSetShowFlankingRegions " + show);
2 26 Feb 07 jari 3975       menubar.setShowFlankingRegions(show);
2 26 Feb 07 jari 3976         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3977       fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3978     }
2 26 Feb 07 jari 3979   /**
2 26 Feb 07 jari 3980      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3981      * CGH display element change
2 26 Feb 07 jari 3982      */
2 26 Feb 07 jari 3983     private void onChangeCghElementLength(double length){
2 26 Feb 07 jari 3984       //System.out.println("CGH onChangeCghElementLength " + length);
2 26 Feb 07 jari 3985         menubar.setCghElementLength(length);
2 26 Feb 07 jari 3986         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3987         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 3988     }
2 26 Feb 07 jari 3989   /**
2 26 Feb 07 jari 3990      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 3991      * CGH display element change
2 26 Feb 07 jari 3992      */
2 26 Feb 07 jari 3993     private void onChangeCghElementLengthOther(){
2 26 Feb 07 jari 3994         String s = (String)JOptionPane.showInputDialog(
2 26 Feb 07 jari 3995             new JFrame(), "Enter Element Length", "Element Length", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 3996         if(s == null || s.length() == 0){
2 26 Feb 07 jari 3997             return;
2 26 Feb 07 jari 3998         }
2 26 Feb 07 jari 3999         try{
2 26 Feb 07 jari 4000             int val = Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 4001             onChangeCghElementLength(val);
2 26 Feb 07 jari 4002         }catch (NumberFormatException e){
2 26 Feb 07 jari 4003             JOptionPane.showMessageDialog(null, "Input Must Be An Integer", "Number Format Error", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4004         }
2 26 Feb 07 jari 4005     }
2 26 Feb 07 jari 4006   /**
2 26 Feb 07 jari 4007      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4008      * CGH display element change
2 26 Feb 07 jari 4009      */
2 26 Feb 07 jari 4010     private void onChangeCghElementWidth(int width){
2 26 Feb 07 jari 4011       //System.out.println("CGH onChangeCghElementWidth " + width);
2 26 Feb 07 jari 4012         menubar.setCghElementWidth(width);
2 26 Feb 07 jari 4013         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4014         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4015     }
2 26 Feb 07 jari 4016   /**
2 26 Feb 07 jari 4017      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4018      * CGH display element change
2 26 Feb 07 jari 4019      */
2 26 Feb 07 jari 4020     private void onChangeCghElementWidthOther(){
2 26 Feb 07 jari 4021       //System.out.println("onChangeCghElementWidthOther ");
2 26 Feb 07 jari 4022       String s = (String)JOptionPane.showInputDialog(
2 26 Feb 07 jari 4023         new JFrame(), "Enter Element Width", "Element Width", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4024         if(s == null || s.length() == 0){ return; }
2 26 Feb 07 jari 4025         try{
2 26 Feb 07 jari 4026             int val = Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 4027             onChangeCghElementWidth(val);
2 26 Feb 07 jari 4028         }catch (NumberFormatException e){
2 26 Feb 07 jari 4029             JOptionPane.showMessageDialog(null, "Input Must Be An Integer", "Number Format Error", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4030         }
2 26 Feb 07 jari 4031     }
2 26 Feb 07 jari 4032     /**
2 26 Feb 07 jari 4033    * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4034    * CGH display type change
2 26 Feb 07 jari 4035      */
2 26 Feb 07 jari 4036     private void onChangeCghDisplayType(int displayType){
2 26 Feb 07 jari 4037       //System.out.println("CGH onChangeCghDisplayType " + displayType);
2 26 Feb 07 jari 4038         menubar.setCghDisplayType(displayType);
2 26 Feb 07 jari 4039         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4040       fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4041       /**
2 26 Feb 07 jari 4042        * Remember to change setCurrentViewer function
2 26 Feb 07 jari 4043        */
2 26 Feb 07 jari 4044         setCurrentViewer(getCurrentViewer());
2 26 Feb 07 jari 4045     }
2 26 Feb 07 jari 4046     /**
2 26 Feb 07 jari 4047      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4048      * CGH display label change
2 26 Feb 07 jari 4049      */
2 26 Feb 07 jari 4050     private void onChangeDisplayLabelType(int displayLabelType){
2 26 Feb 07 jari 4051       //System.out.println("CGH onChangeDisplayLabelType " + displayLabelType);
2 26 Feb 07 jari 4052         menubar.setCghDisplayLabelType(displayLabelType);
2 26 Feb 07 jari 4053         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4054         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4055     }
2 26 Feb 07 jari 4056     /**
2 26 Feb 07 jari 4057      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4058      * Sets the p-value threshold for deeming probes as aberrant if using the
2 26 Feb 07 jari 4059      * probe value distribution method of copy number determination
2 26 Feb 07 jari 4060      */
2 26 Feb 07 jari 4061     public void onSetClonePThresh(){
2 26 Feb 07 jari 4062       //System.out.println("CGH onSetClonePThresh ");
2 26 Feb 07 jari 4063         SingleValueSelectorDialog dlg = new SingleValueSelectorDialog(framework.getFrame(), menubar.getCloneValueMenu().getClonePThresh() + "");
2 26 Feb 07 jari 4064         if(dlg.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 4065             String value = dlg.getValue();
2 26 Feb 07 jari 4066             try{
2 26 Feb 07 jari 4067                 float val = Float.parseFloat(value);
2 26 Feb 07 jari 4068                 menubar.setClonePThresh(val);
2 26 Feb 07 jari 4069             }catch (NumberFormatException e){
2 26 Feb 07 jari 4070                 JOptionPane.showMessageDialog(null, "Input Must Be An Number", "Number Format Error", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4071             }
2 26 Feb 07 jari 4072             fireThresholdsChanged();
2 26 Feb 07 jari 4073         }
2 26 Feb 07 jari 4074     }
2 26 Feb 07 jari 4075     /**
2 26 Feb 07 jari 4076      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4077      * On CGH threshold change
2 26 Feb 07 jari 4078      */
2 26 Feb 07 jari 4079     private void fireThresholdsChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4080         onThresholdsChanged();
2 26 Feb 07 jari 4081         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 4082         if (viewer == null) {
2 26 Feb 07 jari 4083             return;
2 26 Feb 07 jari 4084         }
2 26 Feb 07 jari 4085         doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 4086     }
2 26 Feb 07 jari 4087     /**
2 26 Feb 07 jari 4088      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4089      * Event processed when the probe copy determination thresholds
2 26 Feb 07 jari 4090      * have changed
2 26 Feb 07 jari 4091      */
2 26 Feb 07 jari 4092     public void onThresholdsChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4093         ICGHCloneValueMenu menu = framework.getCghCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 4094         data.onCopyDeterminationChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 4095         onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 4096     }
2 26 Feb 07 jari 4097     /**
2 26 Feb 07 jari 4098      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4099      * event that is processed when the method of calculating
2 26 Feb 07 jari 4100      * flanking regions has changed
2 26 Feb 07 jari 4101      */
2 26 Feb 07 jari 4102     public void onFlankingRegionDeterminationChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4103         int flankingRegionType = framework.getCghCloneValueMenu().getFlankingRegionType();
2 26 Feb 07 jari 4104         calculateFlankingRegions(flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 4105     }
2 26 Feb 07 jari 4106     /**
2 26 Feb 07 jari 4107      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4108      * Calculates flanking regions for the data
2 26 Feb 07 jari 4109      * @param flankingRegionType the copy number determination method used to
2 26 Feb 07 jari 4110      * calculate the flanking regions
2 26 Feb 07 jari 4111      */
2 26 Feb 07 jari 4112     public void calculateFlankingRegions(int flankingRegionType){
2 26 Feb 07 jari 4113         FlankingRegionCalculator flCalc = new FlankingRegionCalculator();
2 26 Feb 07 jari 4114         flCalc.setExperiments(data.getFeaturesList());
2 26 Feb 07 jari 4115         flCalc.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 4116         flCalc.setCopyDeterminationType(flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 4117         flCalc.calculateFlankingRegions();
2 26 Feb 07 jari 4118     }
2 26 Feb 07 jari 4119     /**
2 26 Feb 07 jari 4120      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4121      * If CGH circle viewer background changes
2 26 Feb 07 jari 4122      */
2 26 Feb 07 jari 4123     private void onSetCircleViewerBackground(){
2 26 Feb 07 jari 4124       //System.out.println("CGH onSetCircleViewerBackground ");
2 26 Feb 07 jari 4125         Color newColor = javax.swing.JColorChooser.showDialog(
2 26 Feb 07 jari 4126         new JFrame(), "Choose Background Color", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 4127         menubar.setCircleViewerBackgroundColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 4128         //fireCghMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4129         fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4130     }
2 26 Feb 07 jari 4131     /**
2 26 Feb 07 jari 4132      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4133      * Changes the order in which experiments are displayed in the
2 26 Feb 07 jari 4134      * position graph
2 26 Feb 07 jari 4135      */
2 26 Feb 07 jari 4136     private void onChangeCghDisplayOrder(){
2 26 Feb 07 jari 4137       //System.out.println("CGH onChangeCghDisplayOrder ");
2 26 Feb 07 jari 4138       CGHDisplayOrderChanger changer = new CGHDisplayOrderChanger(data, framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 4139       changer.show(true);
2 26 Feb 07 jari 4140       if (changer.isCancelled())
2 26 Feb 07 jari 4141         return;
2 26 Feb 07 jari 4142         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 4143     }
2 26 Feb 07 jari 4144     /**
2 26 Feb 07 jari 4145      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4146      * UN-Used
2 26 Feb 07 jari 4147      * Need to carefully take care of removing samples.
2 26 Feb 07 jari 4148      * Remember to revisit.
2 26 Feb 07 jari 4149      */
2 26 Feb 07 jari 4150     private void onDeleteSample(){
2 26 Feb 07 jari 4151       System.out.println("CGH onDeleteSample. Code ready not validated");
2 26 Feb 07 jari 4152         //ctl.onDeleteSample();
2 26 Feb 07 jari 4153       /*
2 26 Feb 07 jari 4154       CGHSampleDeleter deleter = new CGHSampleDeleter(data, framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 4155         if(deleter.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 4156             int deletedSampleIndex = deleter.getDeletedIndex();
2 26 Feb 07 jari 4157             if(deletedSampleIndex != -1){
2 26 Feb 07 jari 4158                 deleteSample(deletedSampleIndex);
2 26 Feb 07 jari 4159             }
2 26 Feb 07 jari 4160         }
2 26 Feb 07 jari 4161         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 4162         */
2 26 Feb 07 jari 4163     }
2 26 Feb 07 jari 4164     /**
2 26 Feb 07 jari 4165      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4166      * UN-Used
2 26 Feb 07 jari 4167      * Need to revisit for syncing
2 26 Feb 07 jari 4168      * @param sampleIndex
2 26 Feb 07 jari 4169      */
2 26 Feb 07 jari 4170     private void deleteSample(int sampleIndex){
2 26 Feb 07 jari 4171         int[] indicesOrder = data.getSamplesOrder();
2 26 Feb 07 jari 4172         int deletedSampleIndex = indicesOrder[sampleIndex];
2 26 Feb 07 jari 4173         data.getFeaturesList().remove(deletedSampleIndex);
2 26 Feb 07 jari 4174         int[] newIndicesOrder = new int[indicesOrder.length - 1];
2 26 Feb 07 jari 4175         int curIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 4176         for(int i = 0; i < indicesOrder.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 4177             if(i != sampleIndex){
2 26 Feb 07 jari 4178                 if(indicesOrder[i] > deletedSampleIndex){
2 26 Feb 07 jari 4179                     newIndicesOrder[curIndex] = indicesOrder[i] - 1;
2 26 Feb 07 jari 4180                 }else{
2 26 Feb 07 jari 4181                     newIndicesOrder[curIndex] = indicesOrder[i];
2 26 Feb 07 jari 4182                 }
2 26 Feb 07 jari 4183                 curIndex++;
2 26 Feb 07 jari 4184             }
2 26 Feb 07 jari 4185         }
2 26 Feb 07 jari 4186         data.setSamplesOrder(newIndicesOrder);
2 26 Feb 07 jari 4187     }
2 26 Feb 07 jari 4188     /**
2 26 Feb 07 jari 4189      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4190      * Clear annotations if any from CGH views
2 26 Feb 07 jari 4191      */
2 26 Feb 07 jari 4192     private void onClearAnnotations(){
2 26 Feb 07 jari 4193       //System.out.println("CGH onClearAnnotations ");
2 26 Feb 07 jari 4194         //ctl.onClearAnnotations();
2 26 Feb 07 jari 4195       data.setAnnotations(new ICGHDataRegion[0][0]);
2 26 Feb 07 jari 4196         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 4197     }
2 26 Feb 07 jari 4198     /**
2 26 Feb 07 jari 4199      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4200      * Changes the method of calculating probe values
2 26 Feb 07 jari 4201      * @param cloneValueType
2 26 Feb 07 jari 4202      */
2 26 Feb 07 jari 4203     public void onChangeCloneValueType(int cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 4204       //System.out.println("CGH onChangeCloneValueType " + cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 4205         menubar.setCloneValueType(cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 4206         //onChangeCloneValueType(cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 4207         fireCloneValuesChanged();
2 26 Feb 07 jari 4208     }
2 26 Feb 07 jari 4209     /**
2 26 Feb 07 jari 4210      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4211      * Changes the method of calculating flanking regions
2 26 Feb 07 jari 4212      * @param flankingRegionType
2 26 Feb 07 jari 4213      */
2 26 Feb 07 jari 4214     public void onChangeFlankingRegionType(int flankingRegionType){
2 26 Feb 07 jari 4215       //System.out.println("CGH onChangeFlankingRegionType " + flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 4216         menubar.setFlankingRegionType(flankingRegionType);
2 26 Feb 07 jari 4217         onFlankingRegionDeterminationChanged();
2 26 Feb 07 jari 4218         fireCloneValuesChanged();
2 26 Feb 07 jari 4219     }
2 26 Feb 07 jari 4220     /**
2 26 Feb 07 jari 4221      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4222      * Sets the threshold parameters for copy number determination based
2 26 Feb 07 jari 4223      * on probe value thresholds
2 26 Feb 07 jari 4224      */
2 26 Feb 07 jari 4225     private void onCghSetThresholds(){
2 26 Feb 07 jari 4226       //System.out.println("CGH onCghSetThresholds ");
2 26 Feb 07 jari 4227         ICGHCloneValueMenu menu = menubar.getCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 4228         CGHThresholdSetter setter = new CGHThresholdSetter(getFrame(), menu.getAmpThresh(),
2 26 Feb 07 jari 4229         menu.getDelThresh(), menu.getAmpThresh2Copy(), menu.getDelThresh2Copy());
2 26 Feb 07 jari 4230         if(setter.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 4231             menubar.setAmpThresh(setter.getAmpThresh());
2 26 Feb 07 jari 4232             menubar.setDelThresh(setter.getDelThresh());
2 26 Feb 07 jari 4233             menubar.setAmpThresh2Copy(setter.getAmpThresh2Copy());
2 26 Feb 07 jari 4234             menubar.setDelThresh2Copy(setter.getDelThresh2Copy());
2 26 Feb 07 jari 4235             fireThresholdsChanged();
2 26 Feb 07 jari 4236         }
2 26 Feb 07 jari 4237     }
2 26 Feb 07 jari 4238     /**
2 26 Feb 07 jari 4239      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4240      * Renames a selected navigation tree node.
2 26 Feb 07 jari 4241      */
2 26 Feb 07 jari 4242     private void onRenameNode() {
2 26 Feb 07 jari 4243         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)tree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 4244         if (node == null || node.getParent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 4245             return;
2 26 Feb 07 jari 4246         }
2 26 Feb 07 jari 4247         if(node.getUserObject() instanceof org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 4248             String name = JOptionPane.showInputDialog(getFrame(), "Enter New Name");
2 26 Feb 07 jari 4249             if(name != null && name.length() > 0){
2 26 Feb 07 jari 4250                 ((org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo)node.getUserObject()).setName(name);
2 26 Feb 07 jari 4251                 ((DefaultTreeModel)tree.getModel()).nodeChanged(node);
2 26 Feb 07 jari 4252             }
2 26 Feb 07 jari 4253         }else if(node.getUserObject() instanceof String){
2 26 Feb 07 jari 4254             String name = JOptionPane.showInputDialog(getFrame(), "Enter New Name");
2 26 Feb 07 jari 4255             if(name != null && name.length() > 0){
2 26 Feb 07 jari 4256                 node.setUserObject(name);
2 26 Feb 07 jari 4257                 ((DefaultTreeModel)tree.getModel()).nodeChanged(node);
2 26 Feb 07 jari 4258             }
2 26 Feb 07 jari 4259         }
2 26 Feb 07 jari 4260     }
2 26 Feb 07 jari 4261     /**
2 26 Feb 07 jari 4262      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4263      * Adds a CGH Data View
2 26 Feb 07 jari 4264      */
2 26 Feb 07 jari 4265     private void addDataView(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 4266       //System.out.println("addDataView ");
2 26 Feb 07 jari 4267         if (node == null) {
2 26 Feb 07 jari 4268             return;
2 26 Feb 07 jari 4269         }
2 26 Feb 07 jari 4270         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 4271         //treeModel.insertNodeInto(node, mainViewNode, mainViewNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 4272         if (!mainViewerNode.getAllowsChildren()){
2 26 Feb 07 jari 4273           mainViewerNode.setAllowsChildren(true);
2 26 Feb 07 jari 4274           treeModel.insertNodeInto(node, mainViewerNode, mainViewerNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 4275           mainViewerNode.setAllowsChildren(false);
2 26 Feb 07 jari 4276         } else {
2 26 Feb 07 jari 4277           treeModel.insertNodeInto(node, mainViewerNode, mainViewerNode.getChildCount());
2 26 Feb 07 jari 4278         }
2 26 Feb 07 jari 4279         TreeSelectionModel selModel = tree.getSelectionModel();
2 26 Feb 07 jari 4280         TreePath treePath = new TreePath(node.getPath());
2 26 Feb 07 jari 4281         selModel.setSelectionPath(treePath);
2 26 Feb 07 jari 4282         tree.scrollPathToVisible(treePath);
2 26 Feb 07 jari 4283     }
2 26 Feb 07 jari 4284     /**
2 26 Feb 07 jari 4285      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4286      * Remember to revisit CGH algorithims after views are ready
2 26 Feb 07 jari 4287      * @param action
2 26 Feb 07 jari 4288      */
2 26 Feb 07 jari 4289     private void onCghAnalysis(Action action){
2 26 Feb 07 jari 4290       //System.out.println("onCghAnalysis ");
2 26 Feb 07 jari 4291       String className = (String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER);
2 26 Feb 07 jari 4292         try {
2 26 Feb 07 jari 4293             Class clazz = Class.forName(className);
2 26 Feb 07 jari 4294             NumberOfAlterationsCalculator gui = (NumberOfAlterationsCalculator)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 4295             DefaultMutableTreeNode result = gui.execute(framework);
2 26 Feb 07 jari 4296             addAnalysisResult(result);
2 26 Feb 07 jari 4297         } catch (ClassCastException e) {
2 26 Feb 07 jari 4298             System.out.println("Error: org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI interface is expected.");
2 26 Feb 07 jari 4299             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 4300         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 4301             ShowThrowableDialog.show(mainframe, "Analysis Error", false, e);
2 26 Feb 07 jari 4302         }
2 26 Feb 07 jari 4303     }
2 26 Feb 07 jari 4304     /**
2 26 Feb 07 jari 4305      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4306      * ICGHListener impl
2 26 Feb 07 jari 4307      * Event that is processed what the underlying data
2 26 Feb 07 jari 4308      * has changed
2 26 Feb 07 jari 4309      */
2 26 Feb 07 jari 4310     public void onDataChanged() {
2 26 Feb 07 jari 4311         fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 4312     }
2 26 Feb 07 jari 4313     /**
2 26 Feb 07 jari 4314      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4315      * ICGHListener impl
2 26 Feb 07 jari 4316      * Event that is processed when the method of
2 26 Feb 07 jari 4317      * probe value calculation has changed
2 26 Feb 07 jari 4318      */
2 26 Feb 07 jari 4319     public void onCloneValuesChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4320         fireCloneValuesChanged();
2 26 Feb 07 jari 4321     }
2 26 Feb 07 jari 4322     /**
2 26 Feb 07 jari 4323      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4324      * Once CGH clone values have been updated
2 26 Feb 07 jari 4325      */
2 26 Feb 07 jari 4326     private void fireCloneValuesChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4327       //System.out.println("fireCloneValuesChanged ");
2 26 Feb 07 jari 4328         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 4329         if(viewer instanceof ICGHViewer){
2 26 Feb 07 jari 4330             ((ICGHViewer)viewer).onCloneValuesChanged(framework.getCghCloneValueMenu());
2 26 Feb 07 jari 4331             doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 4332         }
2 26 Feb 07 jari 4333     }
2 26 Feb 07 jari 4334     /**
2 26 Feb 07 jari 4335      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4336      * @param boolean show
2 26 Feb 07 jari 4337      * Removes/Adds the viewer header
2 26 Feb 07 jari 4338      */
2 26 Feb 07 jari 4339     private void onShowHeader(boolean show){
2 26 Feb 07 jari 4340       //System.out.println("onShowHeader ");
2 26 Feb 07 jari 4341       if(show){
2 26 Feb 07 jari 4342             getCurrentViewer().getHeaderComponent().setVisible(show);
2 26 Feb 07 jari 4343             viewScrollPane.getColumnHeader().setVisible(show);
2 26 Feb 07 jari 4344         }else{
2 26 Feb 07 jari 4345             getCurrentViewer().getHeaderComponent().setVisible(show);
2 26 Feb 07 jari 4346             viewScrollPane.getColumnHeader().setVisible(show);
2 26 Feb 07 jari 4347         }
2 26 Feb 07 jari 4348     }
2 26 Feb 07 jari 4349     /**
2 26 Feb 07 jari 4350      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4351      * ICGHListener Impl
2 26 Feb 07 jari 4352      * Event that is processed when a chromosome is selected to be displayed
2 26 Feb 07 jari 4353      * @param eventObj
2 26 Feb 07 jari 4354      */
2 26 Feb 07 jari 4355     public void onChromosomeSelected(java.util.EventObject eventObj) {
2 26 Feb 07 jari 4356       //System.out.println("onChromosomeSelected ");
2 26 Feb 07 jari 4357         int chromosomeIndex = ((Integer)eventObj.getSource()).intValue();
2 26 Feb 07 jari 4358         TreeNode selectedNode = mainViewerNode.getChildAt(1).getChildAt(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 4359         tree.setSelectionPath(new TreePath(((DefaultMutableTreeNode)selectedNode).getPath()));
2 26 Feb 07 jari 4360     }
2 26 Feb 07 jari 4361     /**
2 26 Feb 07 jari 4362      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4363      * ICGHListener Impl
2 26 Feb 07 jari 4364      * Event that is processed when clone distributions have been loaded
2 26 Feb 07 jari 4365      * Remember to re-visit
2 26 Feb 07 jari 4366      */
2 26 Feb 07 jari 4367     public void CloneDistributionsLoaded() {
2 26 Feb 07 jari 4368       System.out.println("onCloneDistributionsLoaded ");
2 26 Feb 07 jari 4369         //menubar.onCloneDistributionsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 4370     }
2 26 Feb 07 jari 4371     /**
2 26 Feb 07 jari 4372      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4373      * Remember
2 26 Feb 07 jari 4374      * Event that is processed when the window has been closed
2 26 Feb 07 jari 4375      * Clash with onClose() of MAV So renamed to onCGHClose() for time being
2 26 Feb 07 jari 4376      */
2 26 Feb 07 jari 4377     protected void onCGHClose(){
2 26 Feb 07 jari 4378       /*
2 26 Feb 07 jari 4379         DefaultTreeModel model = (DefaultTreeModel)tree.getModel();
2 26 Feb 07 jari 4380         fireOnCloseEvent((DefaultMutableTreeNode)model.getRoot());
2 26 Feb 07 jari 4381         mainframe.dispose();
2 26 Feb 07 jari 4382         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 4383         */
2 26 Feb 07 jari 4384     }
2 26 Feb 07 jari 4385     /**
2 26 Feb 07 jari 4386      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4387      * Getter for property menubar.
2 26 Feb 07 jari 4388      * @return Value of property menubar.
2 26 Feb 07 jari 4389      */
2 26 Feb 07 jari 4390     public MultipleArrayMenubar getMenubar() {
2 26 Feb 07 jari 4391         return menubar;
2 26 Feb 07 jari 4392     }
2 26 Feb 07 jari 4393     /**
2 26 Feb 07 jari 4394      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4395      * Setter for property menubar.
2 26 Feb 07 jari 4396      * @param menubar New value of property menubar.
2 26 Feb 07 jari 4397      */
2 26 Feb 07 jari 4398     //public void setMenubar(org.abramson.microarray.cgh.CGHMenubar menubar) {
2 26 Feb 07 jari 4399     public void setMenubar(MultipleArrayMenubar menubar) {
2 26 Feb 07 jari 4400         //this.menubar = menubar;
2 26 Feb 07 jari 4401         //super.menubar = menubar;
2 26 Feb 07 jari 4402     }
2 26 Feb 07 jari 4403     /**
2 26 Feb 07 jari 4404      * Raktim Nov 01, 2005
2 26 Feb 07 jari 4405      * CGH Event Handler
2 26 Feb 07 jari 4406      * Not Used Merged with MeV fireMenuChanged()
2 26 Feb 07 jari 4407     private void fireCghMenuChanged(){
2 26 Feb 07 jari 4408         IViewer viewer = getCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 4409         if(viewer instanceof ICGHViewer){
2 26 Feb 07 jari 4410             //((ICGHViewer)viewer).onMenuChanged(((CGHMenubar)menubar).getCghDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 4411           ((ICGHViewer)viewer).onMenuChanged(menubar.getCghDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 4412             doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 4413         }
2 26 Feb 07 jari 4414     }
2 26 Feb 07 jari 4415     */
2 26 Feb 07 jari 4416     /**
2 26 Feb 07 jari 4417      * Raktim Nov 02, 2005
2 26 Feb 07 jari 4418      * Function to create Chr & Expr views
2 26 Feb 07 jari 4419      * CGH Specific
2 26 Feb 07 jari 4420      *
2 26 Feb 07 jari 4421      */
2 26 Feb 07 jari 4422     private Vector initializeViews(){
2 26 Feb 07 jari 4423         DefaultMutableTreeNode experimentViews = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Experiment Views"), true);
2 26 Feb 07 jari 4424         DefaultMutableTreeNode chromosomeViews = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Chromosome Views"), true);
2 26 Feb 07 jari 4425         /**
2 26 Feb 07 jari 4426          * Circle Viewer
2 26 Feb 07 jari 4427          */
2 26 Feb 07 jari 4428         for(int i = 0; i < data.getFeaturesCount(); i++){
2 26 Feb 07 jari 4429             CGHCircleViewerPanel circlePanel = new CGHCircleViewerPanel(new CGHCircleViewerModel(framework));
2 26 Feb 07 jari 4430             circlePanel.setExperimentIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 4431             circlePanel.setBackground(Color.darkGray);
2 26 Feb 07 jari 4432             circlePanel.setDrsListener((EventListener)manager.getListener());
2 26 Feb 07 jari 4433             String name = data.getSampleName(i);
2 26 Feb 07 jari 4434             DefaultMutableTreeNode circleViewerNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(name, circlePanel), false);
2 26 Feb 07 jari 4435             experimentViews.add(circleViewerNode);
2 26 Feb 07 jari 4436         }
2 26 Feb 07 jari 4437         /**
2 26 Feb 07 jari 4438          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4439          * Chromomosome Viewer
2 26 Feb 07 jari 4440          */
2 26 Feb 07 jari 4441         CGHPositionGraphCombinedHeader combinedHeader = new CGHPositionGraphCombinedHeader(new java.awt.Insets(0,0,0,0));
2 26 Feb 07 jari 4442         for(int i = 0; i < data.getNumChromosomes(); i++){
2 26 Feb 07 jari 4443             CGHPositionGraphDataModel posModel = new CGHPositionGraphDataModel(/*fcd,*/ framework, i);
2 26 Feb 07 jari 4444             CGHAnnotationsModel annotationsModel = new CGHAnnotationsModel(/*fcd,*/ framework, i);
2 26 Feb 07 jari 4445             CGHPositionGraphViewer posGraphViewer = new CGHPositionGraphViewer(framework, combinedHeader);
2 26 Feb 07 jari 4446             posGraphViewer.setPositionGraphModel(posModel);
2 26 Feb 07 jari 4447             posGraphViewer.setAnnotationsModel(annotationsModel);
2 26 Feb 07 jari 4448             posGraphViewer.setCytoBandsModel(framework.getCytoBandsModel());
2 26 Feb 07 jari 4449             posGraphViewer.setDrsListener((EventListener)manager.getListener());
2 26 Feb 07 jari 4450             String name = CGHUtility.convertChromToLongString(i+1, data.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 4451             DefaultMutableTreeNode chromosomeViewerNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(name, posGraphViewer), false);
2 26 Feb 07 jari 4452             chromosomeViews.add(chromosomeViewerNode);
2 26 Feb 07 jari 4453         }
2 26 Feb 07 jari 4454         Vector viewerNodes = new Vector(2);
2 26 Feb 07 jari 4455         viewerNodes.add(experimentViews);
2 26 Feb 07 jari 4456         viewerNodes.add(chromosomeViews);
2 26 Feb 07 jari 4457         //fireExperimentsLoaded(new EventObject(viewerNodes));
2 26 Feb 07 jari 4458         //onExperimentsLoaded(new EventObject(viewerNodes));
2 26 Feb 07 jari 4459         return viewerNodes;
2 26 Feb 07 jari 4460     }
2 26 Feb 07 jari 4461     /**
2 26 Feb 07 jari 4462      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4463      * IDataRegionSelection function impl for CGH view
2 26 Feb 07 jari 4464      * Imported from MevCtl class
2 26 Feb 07 jari 4465      * Shows a dialog displaying all of the data values in a data region
2 26 Feb 07 jari 4466      * @param eventObj contains the CGHDataRegionInfo object specifying the region for which
2 26 Feb 07 jari 4467      * to display the data values
2 26 Feb 07 jari 4468      */
2 26 Feb 07 jari 4469     public void DisplayDataValues(EventObject eventObj) {
2 26 Feb 07 jari 4470         CGHDataRegionInfo dataRegionInfo = (CGHDataRegionInfo)eventObj.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4471         CGHDataValuesDisplay display = new CGHDataValuesDisplay(framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 4472         display.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 4473         display.setDataRegionInfo(dataRegionInfo);
2 26 Feb 07 jari 4474         display.createTextDocument();
2 26 Feb 07 jari 4475         display.show();
2 26 Feb 07 jari 4476     }
2 26 Feb 07 jari 4477     /**
2 26 Feb 07 jari 4478      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4479      * Finds a Gene in RefGene DB and displays in how many samy samples its
2 26 Feb 07 jari 4480      * copy number has altered.
2 26 Feb 07 jari 4481      */
2 26 Feb 07 jari 4482     public void searchForGene(){
2 26 Feb 07 jari 4483         String geneName = (String)JOptionPane.showInputDialog(framework.getFrame(), "", "Enter Gene Name", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4484         if(geneName == null || geneName.length() == 0){
2 26 Feb 07 jari 4485             return;
2 26 Feb 07 jari 4486         }
2 26 Feb 07 jari 4487         GeneDataSet geneDataSet = new GeneDataSet();
2 26 Feb 07 jari 4488         geneDataSet.loadGeneDataByGeneName(geneName, data.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 4489         Vector vecGeneData = geneDataSet.getGeneData();
2 26 Feb 07 jari 4490         showGeneDataDlg(vecGeneData);
2 26 Feb 07 jari 4491     }
2 26 Feb 07 jari 4492     /**
2 26 Feb 07 jari 4493      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4494      * IDataRegionSelection function impl for CGH view
2 26 Feb 07 jari 4495      * Imported from MevCtl class
2 26 Feb 07 jari 4496      * Displays the genes in a data region
2 26 Feb 07 jari 4497      * @param eventObj contains the CGHDataRegionInfo object specifying the region for which
2 26 Feb 07 jari 4498      * to display the genes
2 26 Feb 07 jari 4499      */
2 26 Feb 07 jari 4500     public void ShowGenes(EventObject eventObj) {
2 26 Feb 07 jari 4501       //Raktim
2 26 Feb 07 jari 4502       System.out.println("Show Genes in Region");
2 26 Feb 07 jari 4503         CGHDataRegionInfo dataRegionInfo = (CGHDataRegionInfo)eventObj.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4504         ICGHDataRegion dataRegion = dataRegionInfo.getDataRegion();
2 26 Feb 07 jari 4505         DataRegionGeneData geneDataSet = new DataRegionGeneData(dataRegion);
2 26 Feb 07 jari 4506         geneDataSet.loadGeneData(data.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 4507         Vector vecGeneData = geneDataSet.getGeneData();
2 26 Feb 07 jari 4508         //Raktim
2 26 Feb 07 jari 4509         //System.out.println("Vector vecGeneData size: " + vecGeneData.size());
2 26 Feb 07 jari 4510         showGeneDataDlg(vecGeneData);
2 26 Feb 07 jari 4511     }
2 26 Feb 07 jari 4512     /**
2 26 Feb 07 jari 4513      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4514      * Helper for above
2 26 Feb 07 jari 4515      * @param vecGeneData
2 26 Feb 07 jari 4516      */
2 26 Feb 07 jari 4517     private void showGeneDataDlg(Vector vecGeneData){
2 26 Feb 07 jari 4518         GeneAmplifications amps = new GeneAmplifications(framework);
2 26 Feb 07 jari 4519         amps.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 4520         GeneDeletions dels = new GeneDeletions(framework);
2 26 Feb 07 jari 4521         dels.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 4522         Iterator it = vecGeneData.iterator();
2 26 Feb 07 jari 4523         Vector alterationRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 4524         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 4525             AlterationRegion alterationRegion = new AlterationRegion();
2 26 Feb 07 jari 4526             ICGHDataRegion dataRegion = (ICGHDataRegion)it.next();
2 26 Feb 07 jari 4527             alterationRegion.setDataRegion(dataRegion);
2 26 Feb 07 jari 4528             alterationRegion.setNumDeletions(dels.getNumAlterations(dataRegion));
2 26 Feb 07 jari 4529             alterationRegion.setNumAmplifications(amps.getNumAlterations(dataRegion));
2 26 Feb 07 jari 4530             alterationRegion.setNumSamples(data.getFeaturesCount());
2 26 Feb 07 jari 4531             alterationRegions.add(alterationRegion);
2 26 Feb 07 jari 4532         }
2 26 Feb 07 jari 4533         NumberOfDeletionsAmpilficationsDataModel dataModel = new NumberOfDeletionsAmpilficationsDataModel();
2 26 Feb 07 jari 4534         dataModel.setAlterationRegions((AlterationRegion[])alterationRegions.toArray(new AlterationRegion[(alterationRegions.size())]));
2 26 Feb 07 jari 4535         NumberOfAlterationsViewer viewer = new NumberOfAlterationsViewer();
2 26 Feb 07 jari 4536         viewer.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 4537         viewer.addDrsListener((EventListener)manager.getListener());
2 26 Feb 07 jari 4538         viewer.setDataModel(dataModel);
2 26 Feb 07 jari 4539         JDialog dlg = new JDialog(framework.getFrame(), "Gene Alterations");
2 26 Feb 07 jari 4540         dlg.getContentPane().add(viewer);
2 26 Feb 07 jari 4541         dlg.setJMenuBar((JMenuBar)viewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 4542         dlg.setSize(1000, 500);
2 26 Feb 07 jari 4543         GuiUtil.center(dlg);
2 26 Feb 07 jari 4544         dlg.show();
2 26 Feb 07 jari 4545     }
2 26 Feb 07 jari 4546     /**
2 26 Feb 07 jari 4547      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4548      * IDataRegionSelection function impl for CGH view
2 26 Feb 07 jari 4549      * Imported from MevCtl class
2 26 Feb 07 jari 4550      * Launches the CGH Browser
2 26 Feb 07 jari 4551      * @param eventObj contains the CGHDataRegionInfo object specifying
2 26 Feb 07 jari 4552      * the region to be displayed and highlighted on the browser
2 26 Feb 07 jari 4553      */
2 26 Feb 07 jari 4554     public void ShowBrowser(EventObject eventObj) {
2 26 Feb 07 jari 4555         CGHDataRegionInfo dataRegionInfo = (CGHDataRegionInfo)eventObj.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4556         int experimentIndex = dataRegionInfo.getExperimentIndex();
2 26 Feb 07 jari 4557         ICGHDataRegion dataRegion = dataRegionInfo.getDataRegion();
2 26 Feb 07 jari 4558         int chromosomeIndex = dataRegion.getChromosomeIndex();
2 26 Feb 07 jari 4559         CGHChartDataModel chartModel;
2 26 Feb 07 jari 4560         CGHTableDataModel tableModel;
2 26 Feb 07 jari 4561         int browserCloneValues;
2 26 Feb 07 jari 4562         if(data.isHasDyeSwap()){
2 26 Feb 07 jari 4563             chartModel = new CGHChartDataModelDyeSwap(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 4564             tableModel = new CGHTableDataModelDyeSwap(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 4565             browserCloneValues = TMEV.browserDefaultDyeSwapValue;
2 26 Feb 07 jari 4566         }else{
2 26 Feb 07 jari 4567             chartModel = new CGHChartDataModelNoDyeSwap(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 4568             tableModel = new CGHTableDataModelNoDyeSwap(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 4569             browserCloneValues = TMEV.browserDefaultNoDyeSwapValue;
2 26 Feb 07 jari 4570         }
2 26 Feb 07 jari 4571         CGHBrowser browser = new CGHBrowser(data, experimentIndex, chromosomeIndex, chartModel, tableModel, browserCloneValues, data.isHasDyeSwap());
2 26 Feb 07 jari 4572         browser.show();
2 26 Feb 07 jari 4573         browser.setSelectedRegion(dataRegion);
2 26 Feb 07 jari 4574     }
2 26 Feb 07 jari 4575     /**
2 26 Feb 07 jari 4576      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4577      * IDataRegionSelection function impl for CGH view
2 26 Feb 07 jari 4578      * Imported from MevCtl class
2 26 Feb 07 jari 4579      * @param eventObj
2 26 Feb 07 jari 4580      */
2 26 Feb 07 jari 4581     public void AnnotationsSelected(EventObject eventObj) {
2 26 Feb 07 jari 4582         ICGHDataRegion[][] annotationRegions = (ICGHDataRegion[][])eventObj.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4583         int chromIndex = getMinChromosomeIndex(annotationRegions);
2 26 Feb 07 jari 4584         if(chromIndex != -1){
2 26 Feb 07 jari 4585             fireChromosomeSelected(new EventObject(new Integer(chromIndex)));
2 26 Feb 07 jari 4586         }
2 26 Feb 07 jari 4587     }
2 26 Feb 07 jari 4588     /**
2 26 Feb 07 jari 4589      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4590      * @param annotationRegions
2 26 Feb 07 jari 4591      * @return
2 26 Feb 07 jari 4592      */
2 26 Feb 07 jari 4593     public int getMinChromosomeIndex(ICGHDataRegion[][] annotationRegions){
2 26 Feb 07 jari 4594         for(int i = 0; i < annotationRegions.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 4595             if(annotationRegions[i].length > 0){
2 26 Feb 07 jari 4596                 return i;
2 26 Feb 07 jari 4597             }
2 26 Feb 07 jari 4598         }
2 26 Feb 07 jari 4599         return -1;
2 26 Feb 07 jari 4600     }
2 26 Feb 07 jari 4601     /**
2 26 Feb 07 jari 4602      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4603      * @param eventObject
2 26 Feb 07 jari 4604      */
2 26 Feb 07 jari 4605     private void fireChromosomeSelected(EventObject eventObject){
2 26 Feb 07 jari 4606       /*
2 26 Feb 07 jari 4607         Iterator it = cghArrayViewerListeners.iterator();
2 26 Feb 07 jari 4608         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 4609             ((ICGHListener)it.next()).onChromosomeSelected(eventObject);
2 26 Feb 07 jari 4610         }
2 26 Feb 07 jari 4611         */
2 26 Feb 07 jari 4612       this.onChromosomeSelected(eventObject);
2 26 Feb 07 jari 4613     }
2 26 Feb 07 jari 4614     /**
2 26 Feb 07 jari 4615      * ICGHListenr Impl
2 26 Feb 07 jari 4616      * Raktim CGH
2 26 Feb 07 jari 4617      */
2 26 Feb 07 jari 4618     /**
2 26 Feb 07 jari 4619      * Not needed moved to onExperimentsLoaded(...)
2 26 Feb 07 jari 4620     public void onExperimentsInitialized(java.util.EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 4621         //initialize the clone values menu after the experiments have been loaded in order to
2 26 Feb 07 jari 4622         //create different menus based on the type of experiment that has been loaded.  For now,
2 26 Feb 07 jari 4623         //just dye swap or non dye swap experiments
2 26 Feb 07 jari 4624       menubar.initCloneValuesMenu(data.isHasDyeSwap());
2 26 Feb 07 jari 4625     }
2 26 Feb 07 jari 4626     */
2 26 Feb 07 jari 4627     /**
2 26 Feb 07 jari 4628      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4629      * ICGHListner Impl
2 26 Feb 07 jari 4630      * Notifies viewer that experiments have been loaded
2 26 Feb 07 jari 4631      * Called from MAV.fireDataLoaded
2 26 Feb 07 jari 4632      * @param eventObj
2 26 Feb 07 jari 4633      */
2 26 Feb 07 jari 4634     public void ExperimentsLoaded(){
2 26 Feb 07 jari 4635         //initialize the clone values menu after the experiments have been loaded in order to
2 26 Feb 07 jari 4636         //create different menus based on the type of experiment that has been loaded. Moved
2 26 Feb 07 jari 4637       //from onExperimentsInitialized(java.util.EventObject eventObj) to here
2 26 Feb 07 jari 4638       menubar.initCloneValuesMenu(data.isHasDyeSwap());
2 26 Feb 07 jari 4639       menubar.enableCloneDistributions(data.hasCloneDistribution(), data.isLog2Data());
2 26 Feb 07 jari 4640       ICGHCloneValueMenu menu = framework.getCghCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 4641       //Remember to replace with data.isHasDyeSwap()
2 26 Feb 07 jari 4642       //data.setHasDyeSwap(TMEV.hasDyeSwap);
2 26 Feb 07 jari 4643       //data.setCGHCopyNumberCalculator();
2 26 Feb 07 jari 4644         data.onCopyDeterminationChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 4645         //initializeViews() creates Chr & Circle viewers
2 26 Feb 07 jari 4646         //Vector viewerNodes = (Vector)eventObj.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4647         Vector viewerNodes = initializeViews();
2 26 Feb 07 jari 4648         //Delete existing nodes from the main view
2 26 Feb 07 jari 4649         //removeChildren(mainViewNode);
2 26 Feb 07 jari 4650         removeChildren(mainViewerNode);
2 26 Feb 07 jari 4651         /* Raktim Removed for Sate Saving 4/24 */
2 26 Feb 07 jari 4652         //removeChildren(analysisNode);
2 26 Feb 07 jari 4653         Iterator it = viewerNodes.iterator();
2 26 Feb 07 jari 4654         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 4655             addDataView((DefaultMutableTreeNode)it.next());
2 26 Feb 07 jari 4656         }
2 26 Feb 07 jari 4657         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 4658         //systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 4659     }
2 26 Feb 07 jari 4660     /**
2 26 Feb 07 jari 4661      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4662      * CGH Cytobands
2 26 Feb 07 jari 4663      */
2 26 Feb 07 jari 4664     private void loadCytoBandFile(){
2 26 Feb 07 jari 4665       CytoBands cytoBands = new CytoBands();
2 26 Feb 07 jari 4666       File cytoBandsFile = null;
2 26 Feb 07 jari 4667       if (data.getCGHSpecies() == TMEV.CGH_SPECIES_HS)
2 26 Feb 07 jari 4668         cytoBandsFile = new File("data/CGH/Hs_CytoBands.txt");
2 26 Feb 07 jari 4669       else if (data.getCGHSpecies() == TMEV.CGH_SPECIES_MM)
2 26 Feb 07 jari 4670         cytoBandsFile = new File("data/CGH/Mm_CytoBands.txt");
2 26 Feb 07 jari 4671         cytoBands.loadAllCytoBands(cytoBandsFile, data.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 4672         cytoBandsModel = new CytoBandsModel(cytoBands);
2 26 Feb 07 jari 4673     }
2 26 Feb 07 jari 4674     /**
2 26 Feb 07 jari 4675      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 4676      * Remove a node from View
2 26 Feb 07 jari 4677      */
2 26 Feb 07 jari 4678     protected void removeChildren(DefaultMutableTreeNode removeNode){
2 26 Feb 07 jari 4679         while(removeNode.getChildCount() > 0){
2 26 Feb 07 jari 4680             DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)removeNode.getFirstChild();
2 26 Feb 07 jari 4681             if (node == null || node.getParent() == null) {
2 26 Feb 07 jari 4682                 return;
2 26 Feb 07 jari 4683             }
2 26 Feb 07 jari 4684             fireOnCloseEvent(node);
2 26 Feb 07 jari 4685             TreePath parentPath = new TreePath(((DefaultMutableTreeNode)node.getParent()).getPath());
2 26 Feb 07 jari 4686             ((DefaultTreeModel)tree.getModel()).removeNodeFromParent(node);
2 26 Feb 07 jari 4687             ((TreeSelectionModel)tree.getSelectionModel()).setSelectionPath(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 4688             tree.scrollPathToVisible(parentPath);
2 26 Feb 07 jari 4689         }
2 26 Feb 07 jari 4690     }
2 26 Feb 07 jari 4691   /* End CGH Functions*/
2 26 Feb 07 jari 4692      /**
2 26 Feb 07 jari 4693      * Initializes the SessionMetaData object associated with this MultipleArrayViewer.
2 26 Feb 07 jari 4694      * This object stores session-specific metadata, such as the current jvm version, 
2 26 Feb 07 jari 4695      * current MeV version, and other important items.  This class is used in state-saving
2 26 Feb 07 jari 4696      * for version compatability purposes.  
2 26 Feb 07 jari 4697      * EH
2 26 Feb 07 jari 4698      */
2 26 Feb 07 jari 4699     private void initSessionMetaData(){
2 26 Feb 07 jari 4700       smd = new SessionMetaData();
2 26 Feb 07 jari 4701       smd.setSaveDate(new Date());
2 26 Feb 07 jari 4702       smd.setJREVersion(System.getProperty("java.version"));
2 26 Feb 07 jari 4703       smd.setJVMVersion(System.getProperty("java.vm.version"));
2 26 Feb 07 jari 4704       smd.setMevMajorVersion(4);
2 26 Feb 07 jari 4705       smd.setMevMinorVersion(0);
2 26 Feb 07 jari 4706       smd.setMevMicroVersion(01);
2 26 Feb 07 jari 4707       smd.setBeta(false);
2 26 Feb 07 jari 4708     }
2 26 Feb 07 jari 4709
2 26 Feb 07 jari 4710
2 26 Feb 07 jari 4711     /**
2 26 Feb 07 jari 4712      * The listener to listen to mouse, action, tree, keyboard and window events.
2 26 Feb 07 jari 4713      */
2 26 Feb 07 jari 4714     private class EventListener extends MouseAdapter implements ActionListener, TreeSelectionListener, KeyListener, WindowListener, java.io.Serializable, IDataRegionSelectionListener, ICGHListener  {
2 26 Feb 07 jari 4715         
2 26 Feb 07 jari 4716         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 4717             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 4718             if (command.equals(ActionManager.CLOSE_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4719                 onClose();
2 26 Feb 07 jari 4720             } else if (command.equals(ActionManager.NEW_MAV_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4721                 onNewMultipleArrayViewer();   
2 26 Feb 07 jari 4722             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_FILE_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4723                 onLoadFile();
2 26 Feb 07 jari 4724             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_EXPRESSION_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4725                 //onLoadExpressionFile();
2 26 Feb 07 jari 4726             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_DIRECTORY_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4727                 onLoadDirectory();
2 26 Feb 07 jari 4728             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4729                 loadData();
2 26 Feb 07 jari 4730             }else if (command.equals(ActionManager.LOAD_CLUSTER_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4731                 onLoadCluster();
2 26 Feb 07 jari 4732             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_STANFORD_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4733                 onLoadStanford();
2 26 Feb 07 jari 4734             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_DB_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4735                 onLoadDatabase();
2 26 Feb 07 jari 4736             } else if(command.equals(ActionManager.TOGGLE_ABBR_EXPT_NAMES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4737                 data.toggleExptNameLength();
2 26 Feb 07 jari 4738                 fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 4739                 fireMenuChanged();
2 26 Feb 07 jari 4740                 fireHeaderChanged();
2 26 Feb 07 jari 4741                 doViewLayout();
2 26 Feb 07 jari 4742             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_LABEL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4743                 onLabelChanged((Action)event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4744             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_EXPERIMENT_LABEL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4745                 onExperimentLabelChanged((Action)event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4746             } else if (command.equals(ActionManager.ADD_NEW_EXPERIMENT_LABEL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4747                 onExperimentLabelAdded();
2 26 Feb 07 jari 4748             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_10X10_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4749                 onElementSizeChanged(10, 10);
2 26 Feb 07 jari 4750             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_20X5_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4751                 onElementSizeChanged(20,  5);
2 26 Feb 07 jari 4752             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_50X10_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4753                 onElementSizeChanged(50, 10);
2 26 Feb 07 jari 4754             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_5X2_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4755                 onElementSizeChanged( 5,  2);
2 26 Feb 07 jari 4756             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_OTHER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4757                 onElementSizeChanged();
2 26 Feb 07 jari 4758             } else if (command.equals(ActionManager.GREEN_RED_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 4759                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 4760             } else if (command.equals(ActionManager.BLUE_YELLOW_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 4761                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 4762             } else if (command.equals(ActionManager.RAINBOW_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 4763                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.RAINBOW_COLOR_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 4764             } else if (command.equals(ActionManager.CUSTOM_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 4765                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.CUSTOM_COLOR_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 4766             } else if (command.equals(ActionManager.COLOR_GRADIENT_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 4767                 onColorGradientChange(((javax.swing.JCheckBoxMenuItem)(event.getSource())).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 4768             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_DRAW_BORDERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4769                 onDrawBorders();
2 26 Feb 07 jari 4770             } else if (command.equals(ActionManager.SYSTEM_INFO_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4771                 onSystemInfo();
2 26 Feb 07 jari 4772             } else if (command.equals(ActionManager.DEFAULT_DISTANCES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4773                 onDefaultDistance();
2 26 Feb 07 jari 4774             } else if (command.equals(ActionManager.TOTAL_INTENSITY_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4775                 onNormalize(ISlideData.TOTAL_INTENSITY);
2 26 Feb 07 jari 4776             } else if (command.equals(ActionManager.LINEAR_REGRESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4777                 onNormalize(ISlideData.LINEAR_REGRESSION);
2 26 Feb 07 jari 4778             } else if (command.equals(ActionManager.RATIO_STATISTICS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4779                 onNormalize(ISlideData.RATIO_STATISTICS_99);
2 26 Feb 07 jari 4780             } else if (command.equals(ActionManager.ITERATIVE_LOG_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4781                 onNormalize(ISlideData.ITERATIVE_LOG);
2 26 Feb 07 jari 4782             } else if (command.equals(ActionManager.TOTAL_INTENSITY_LIST_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4783                 onNormalizeList(ISlideData.TOTAL_INTENSITY_LIST);
2 26 Feb 07 jari 4784             } else if (command.equals(ActionManager.LINEAR_REGRESSION_LIST_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4785                 onNormalizeList(ISlideData.LINEAR_REGRESSION_LIST);
2 26 Feb 07 jari 4786             } else if (command.equals(ActionManager.RATIO_STATISTICS_LIST_CMD )) {
2 26 Feb 07 jari 4787                 onNormalizeList(ISlideData.RATIO_STATISTICS_99_LIST);
2 26 Feb 07 jari 4788             } else if (command.equals(ActionManager.ITERATIVE_LOG_LIST_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4789                 onNormalizeList(ISlideData.ITERATIVE_LOG_LIST);
2 26 Feb 07 jari 4790             } else if (command.equals(ActionManager.NO_NORMALIZATION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4791                 onNormalize(ISlideData.NO_NORMALIZATION);
2 26 Feb 07 jari 4792             } else if (command.equals(ActionManager.SAVE_IMAGE_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4793                 onSaveImage();
2 26 Feb 07 jari 4794             } else if (command.equals(ActionManager.PRINT_IMAGE_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4795                 onPrintImage();
2 26 Feb 07 jari 4796             } else if (command.equals(ActionManager.ANALYSIS_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4797                 onAnalysis((Action)event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4798             } else if (command.equals(ActionManager.DEFAULT_DISTANCE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4799                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.DEFAULT);
2 26 Feb 07 jari 4800             } else if (command.equals(ActionManager.PEARSON_CORRELATION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4801                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.PEARSON);
2 26 Feb 07 jari 4802             } else if (command.equals(ActionManager.PEARSON_UNCENTERED_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4803                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.PEARSONUNCENTERED);
2 26 Feb 07 jari 4804             } else if (command.equals(ActionManager.PEARSON_SQUARED_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4805                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.PEARSONSQARED);
2 26 Feb 07 jari 4806             } else if (command.equals(ActionManager.COSINE_CORRELATION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4807                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.COSINE);
2 26 Feb 07 jari 4808             } else if (command.equals(ActionManager.COVARIANCE_VALUE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4809                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.COVARIANCE);
2 26 Feb 07 jari 4810             } else if (command.equals(ActionManager.EUCLIDEAN_DISTANCE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4811                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.EUCLIDEAN);
2 26 Feb 07 jari 4812             } else if (command.equals(ActionManager.AVERAGE_DOT_PRODUCT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4813                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.DOTPRODUCT);
2 26 Feb 07 jari 4814             } else if (command.equals(ActionManager.MANHATTAN_DISTANCE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4815                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.MANHATTAN);
2 26 Feb 07 jari 4816             } else if (command.equals(ActionManager.MUTUAL_INFORMATION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4817                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.MUTUALINFORMATION);
2 26 Feb 07 jari 4818             } else if (command.equals(ActionManager.SPEARMAN_RANK_CORRELATION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4819                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.SPEARMANRANK);
2 26 Feb 07 jari 4820             } else if (command.equals(ActionManager.KENDALLS_TAU_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4821                 menubar.setDistanceFunction(Algorithm.KENDALLSTAU);
2 26 Feb 07 jari 4822             } else if (command.equals(ActionManager.ABSOLUTE_DISTANCE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4823                 menubar.setDistanceAbsolute(((AbstractButton)event.getSource()).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 4824             } else if (command.equals(ActionManager.DELETE_NODE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4825                 onDeleteNode();
2 26 Feb 07 jari 4826             } else if (command.equals(ActionManager.SET_DATA_SOURCE_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4827                 Object source = event.getSource();
2 26 Feb 07 jari 4828                 if(source instanceof JCheckBoxMenuItem)
2 26 Feb 07 jari 4829                     onSetData(((JCheckBoxMenuItem)event.getSource()).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 4830                 else
2 26 Feb 07 jari 4831                     onSetData(true);  //reset main view
2 26 Feb 07 jari 4832             } else if (command.equals(ActionManager.USE_PERCENTAGE_CUTOFFS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4833                 applyPercentageCutoffs();
2 26 Feb 07 jari 4834                 //add mas5 present call noise filter
2 26 Feb 07 jari 4835             }else if(command.equals(ActionManager.USE_PRESENT_CALL_CMD)){   
2 26 Feb 07 jari 4836               applyPresentCallFilter();
2 26 Feb 07 jari 4837             }else if(command.equals(ActionManager.USE_GENEPIXFLAGS_CMD)){   
2 26 Feb 07 jari 4838               applyGenePixFlagsFilter();  
2 26 Feb 07 jari 4839             }else if(command.equals(ActionManager.USE_GCOS_PERCENTAGE_CUTOFF_CMD)){   
2 26 Feb 07 jari 4840               applyGCOSPercentageFilter();  
2 26 Feb 07 jari 4841             }else if(command.equals(ActionManager.USE_PVALUE_CUTOFF_CMD)){  
2 26 Feb 07 jari 4842               applyPvaluePercentageFilter();  
2 26 Feb 07 jari 4843             } else if (command.equals(ActionManager.USE_LOWER_CUTOFFS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4844                 applyLowerCutoffs();
2 26 Feb 07 jari 4845             } else if (command.equals(ActionManager.USE_VARIANCE_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4846                 applyVarianceFilter();
2 26 Feb 07 jari 4847             } else if (command.equals(ActionManager.IMPORT_GENE_LIST_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4848                 onImportList(Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 4849             } else if (command.equals(ActionManager.IMPORT_SAMPLE_LIST_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4850                 onImportList(Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 4851           } else if (command.equals(ActionManager.CDNA_LOW_INTENSITY_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4852             applyLowerCutoffs();
2 26 Feb 07 jari 4853           }else if (command.equals(ActionManager.OLIGEN_LOW_INTENSITY_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4854             applySingleLowerCutoffs();
2 26 Feb 07 jari 4855           }
2 26 Feb 07 jari 4856             // pcahan
2 26 Feb 07 jari 4857             /*else if (command.equals(ActionManager.SET_DETECTION_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4858                 onSetDetectionFilter();
2 26 Feb 07 jari 4859             } else if (command.equals(ActionManager.SET_FOLD_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4860                 onSetFoldFilter();
2 26 Feb 07 jari 4861             } else if (command.equals(ActionManager.USE_DETECTION_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4862                 onUseDetectionFilter( (AbstractButton) event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4863             } else if (command.equals(ActionManager.USE_FOLD_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4864                 onUseFoldFilter( (AbstractButton) event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4865             }
2 26 Feb 07 jari 4866              */
2 26 Feb 07 jari 4867 //          vu 7.22.05
2 26 Feb 07 jari 4868           else if ( command.equals( ActionManager.RAMA_CMD ) ) {
2 26 Feb 07 jari 4869                    onRama();
2 26 Feb 07 jari 4870          } else if( command.equals( ActionManager.RAMA_DOC_CMD ) ) {
2 26 Feb 07 jari 4871                    onRamaDoc();
2 26 Feb 07 jari 4872                }
2 26 Feb 07 jari 4873             
2 26 Feb 07 jari 4874             // pcahan
2 26 Feb 07 jari 4875             else if (command.equals(ActionManager.SET_DETECTION_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4876                 onSetDetectionFilter();
2 26 Feb 07 jari 4877             } else if (command.equals(ActionManager.SET_FOLD_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4878                 onSetFoldFilter();
2 26 Feb 07 jari 4879             } else if (command.equals(ActionManager.USE_DETECTION_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4880                 onUseDetectionFilter( (AbstractButton) event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4881             } else if (command.equals(ActionManager.USE_FOLD_FILTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4882                 onUseFoldFilter( (AbstractButton) event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4883             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_GENES_MEDIAN_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4884                 onDivideGenesMedian();
2 26 Feb 07 jari 4885             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_GENES_MEAN_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4886                 onDivideGenesMean();                
2 26 Feb 07 jari 4887             } else if (command.equals(ActionManager.LOG2_TRANSFORM_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4888                 onLog2Transform();
2 26 Feb 07 jari 4889             } else if (command.equals(ActionManager.UNLOG2_TRANSFORM_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4890                 onUnLog2Transform();    
2 26 Feb 07 jari 4891             } else if (command.equals(ActionManager.NORMALIZE_SPOTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4892                 onNormalizeSpots();
2 26 Feb 07 jari 4893             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_SPOTS_RMS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4894                 onDivideSpotsRMS();
2 26 Feb 07 jari 4895             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_SPOTS_SD_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4896                 onDivideSpotsSD();
2 26 Feb 07 jari 4897             } else if (command.equals(ActionManager.MEAN_CENTER_SPOTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4898                 onMeanCenterSpots();
2 26 Feb 07 jari 4899             } else if (command.equals(ActionManager.MEDIAN_CENTER_SPOTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4900                 onMedianCenterSpots();
2 26 Feb 07 jari 4901             } else if (command.equals(ActionManager.DIGITAL_SPOTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4902                 onDigitalSpots();
2 26 Feb 07 jari 4903             } else if (command.equals(ActionManager.NORMALIZE_EXPERIMENTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4904                 onNormalizeExperiments();
2 26 Feb 07 jari 4905             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_EXPERIMENTS_RMS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4906                 onDivideExperimentsRMS();
2 26 Feb 07 jari 4907             } else if (command.equals(ActionManager.DIVIDE_EXPERIMENTS_SD_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4908                 onDivideExperimentsSD();
2 26 Feb 07 jari 4909             } else if (command.equals(ActionManager.MEAN_CENTER_EXPERIMENTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4910                 onMeanCenterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 4911             } else if (command.equals(ActionManager.MEDIAN_CENTER_EXPERIMENTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4912                 onMedianCenterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 4913             } else if (command.equals(ActionManager.DIGITAL_EXPERIMENTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4914                 onDigitalExperiments();
2 26 Feb 07 jari 4915             } else if (command.equals(ActionManager.LOG10_TO_LOG2_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4916                 onLog10toLog2();
2 26 Feb 07 jari 4917             } else if (command.equals(ActionManager.LOG2_TO_LOG10_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4918                 onLog2toLog10();    
2 26 Feb 07 jari 4919             } else if (command.equals(ActionManager.ADJUST_INTENSITIES_0_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4920                 onAdjustIntensities((AbstractButton)event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 4921             } else if (command.equals(ActionManager.SAVE_MATRIX_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4922                 onSaveMatrix();
2 26 Feb 07 jari 4923             } else if (command.equals(ActionManager.DISPLAY_SET_RATIO_SCALE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 4924                 onSetRatioScale();
2 26 Feb 07 jari 4925             } else if (command.equals(ActionManager.DELETE_ALL_EXPERIMENT_CLUSTERS_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4926                 onDeleteAllExperimentClusters();
2 26 Feb 07 jari 4927             } else if (command.equals(ActionManager.DELETE_ALL_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4928                 onDeleteAll();
2 26 Feb 07 jari 4929             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_ANALYSIS_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4930                 loadAnalysis();
2 26 Feb 07 jari 4931             } else if (command.equals(ActionManager.SAVE_ANALYSIS_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4932                 saveAnalysis();
2 26 Feb 07 jari 4933             } else if (command.equals(ActionManager.SAVE_ANALYSIS_AS_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4934                 saveAnalysisAs();
2 26 Feb 07 jari 4935             } else if (command.equals(ActionManager.NEW_SCRIPT_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4936                 onNewScript();
2 26 Feb 07 jari 4937             } else if (command.equals(ActionManager.LOAD_SCRIPT_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4938                 onLoadScript();
2 26 Feb 07 jari 4939             } else if (command.equals(ActionManager.SEARCH_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4940                 search();
2 26 Feb 07 jari 4941             } else if (command.equals(ActionManager.APPEND_SAMPLE_ANNOTATION_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4942                 appendSampleAnnotation();
2 26 Feb 07 jari 4943             } else if (command.equals(ActionManager.APPEND_GENE_ANNOTATION_COMMAND)) {
2 26 Feb 07 jari 4944                 appendGeneAnnotation();
2 26 Feb 07 jari 4945             } 
2 26 Feb 07 jari 4946             /**
2 26 Feb 07 jari 4947              * Raktim Sept 29, 05
2 26 Feb 07 jari 4948              * CGH Command Handlers
2 26 Feb 07 jari 4949              */
2 26 Feb 07 jari 4950             else if(command.equals(ActionManager.LOAD_CLONE_DISTRIBUTIONS_FROM_FILE_ACTION)){
2 26 Feb 07 jari 4951                 //ctl.loadCloneDistributionsFromFile();
2 26 Feb 07 jari 4952               //System.out.println("Called " + ActionManager.LOAD_CLONE_DISTRIBUTIONS_FROM_FILE_ACTION);
2 26 Feb 07 jari 4953               JOptionPane.showMessageDialog(null, "Called " + ActionManager.LOAD_CLONE_DISTRIBUTIONS_FROM_FILE_ACTION, "alert", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 4954             }else if(command.equals(ActionManager.SHOW_FLANKING_REGIONS)) {
2 26 Feb 07 jari 4955                 onSetShowFlankingRegions( ((AbstractButton)event.getSource()).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 4956             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_5)){
2 26 Feb 07 jari 4957                 onChangeCghElementLength(5);
2 26 Feb 07 jari 4958             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_10)){
2 26 Feb 07 jari 4959                 onChangeCghElementLength(10);
2 26 Feb 07 jari 4960             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_20)){
2 26 Feb 07 jari 4961                 onChangeCghElementLength(20);
2 26 Feb 07 jari 4962             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_50)){
2 26 Feb 07 jari 4963                 onChangeCghElementLength(50);
2 26 Feb 07 jari 4964             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_100)){
2 26 Feb 07 jari 4965                 onChangeCghElementLength(100);
2 26 Feb 07 jari 4966             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_OTHER)){
2 26 Feb 07 jari 4967                 onChangeCghElementLengthOther();
2 26 Feb 07 jari 4968             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_LENGTH_FIT)){
2 26 Feb 07 jari 4969                 onChangeCghElementLength(ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 4970             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_5)){
2 26 Feb 07 jari 4971                 onChangeCghElementWidth(5);
2 26 Feb 07 jari 4972             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_10)){
2 26 Feb 07 jari 4973                 onChangeCghElementWidth(10);
2 26 Feb 07 jari 4974             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_20)){
2 26 Feb 07 jari 4975                 onChangeCghElementWidth(20);
2 26 Feb 07 jari 4976             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_50)){
2 26 Feb 07 jari 4977                 onChangeCghElementWidth(50);
2 26 Feb 07 jari 4978             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_100)){
2 26 Feb 07 jari 4979                 onChangeCghElementWidth(100);
2 26 Feb 07 jari 4980             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_OTHER)){
2 26 Feb 07 jari 4981                 onChangeCghElementWidthOther();
2 26 Feb 07 jari 4982             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ELEMENT_WIDTH_FIT)){
2 26 Feb 07 jari 4983                 onChangeCghElementWidth((int)ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 4984             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_COMBINED)){
2 26 Feb 07 jari 4985                 onChangeCghDisplayType(ICGHDisplayMenu.DISPLAY_TYPE_COMBINED);
2 26 Feb 07 jari 4986             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_TYPE_SEPARATED)){
2 26 Feb 07 jari 4987                 onChangeCghDisplayType(ICGHDisplayMenu.DISPLAY_TYPE_SEPARATED);
2 26 Feb 07 jari 4988             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_ORDER)){
2 26 Feb 07 jari 4989                 onChangeCghDisplayOrder();
2 26 Feb 07 jari 4990             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DELETE_SAMPLE)){
2 26 Feb 07 jari 4991                 onDeleteSample();
2 26 Feb 07 jari 4992             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_LABEL_WSL_ID)){
2 26 Feb 07 jari 4993                 onChangeDisplayLabelType(ICGHDisplayMenu.DISPLAY_WSL_ID);
2 26 Feb 07 jari 4994             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_LABEL_ALIAS)){
2 26 Feb 07 jari 4995                 onChangeDisplayLabelType(ICGHDisplayMenu.DISPLAY_ALIAS);
2 26 Feb 07 jari 4996             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_DISPLAY_LABEL_ID1)){
2 26 Feb 07 jari 4997                 onChangeDisplayLabelType(ICGHDisplayMenu.DISPLAY_ID1);
2 26 Feb 07 jari 4998             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_SET_THRESHOLDS)){
2 26 Feb 07 jari 4999                 onCghSetThresholds();
2 26 Feb 07 jari 5000             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_CLEAR_ANNOTATIONS)){
2 26 Feb 07 jari 5001                 onClearAnnotations();
2 26 Feb 07 jari 5002             }else if(command.equals(ActionManager.CGH_ANALYSIS_COMMAND)){
2 26 Feb 07 jari 5003                 onCghAnalysis((Action)event.getSource());
2 26 Feb 07 jari 5004             }else if(command.equals(ActionManager.FIND_GENE)){
2 26 Feb 07 jari 5005               searchForGene();
2 26 Feb 07 jari 5006             }else if(command.equals(ActionManager.CIRCLE_VIEWER_BACKGROUND)){
2 26 Feb 07 jari 5007                 onSetCircleViewerBackground();
2 26 Feb 07 jari 5008             }else if(command.equals(ActionManager.COMPARE_EXPERIMENTS)){
2 26 Feb 07 jari 5009             }else if(command.equals(ActionManager.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION)){
2 26 Feb 07 jari 5010                 onChangeCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION);
2 26 Feb 07 jari 5011             }else if(command.equals(ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED)){
2 26 Feb 07 jari 5012                 onChangeCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_AVERAGE_INVERTED);
2 26 Feb 07 jari 5013             }else if(command.equals(ActionManager.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION)){
2 26 Feb 07 jari 5014                 onChangeCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION);
2 26 Feb 07 jari 5015             }else if(command.equals(ActionManager.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION)){
2 26 Feb 07 jari 5016                 onChangeCloneValueType(ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION);
2 26 Feb 07 jari 5017             }else if(command.equals(ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD)){
2 26 Feb 07 jari 5018                 onChangeFlankingRegionType(ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD);
2 26 Feb 07 jari 5019             }else if(command.equals(ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION)){
2 26 Feb 07 jari 5020                 onChangeFlankingRegionType(ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION);
2 26 Feb 07 jari 5021             }else if(command.equals(ActionManager.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION)){
2 26 Feb 07 jari 5022                 onChangeFlankingRegionType(ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION);
2 26 Feb 07 jari 5023             }else if(command.equals(ActionManager.SHOW_HEADER)){
2 26 Feb 07 jari 5024                 onShowHeader( ((AbstractButton)event.getSource()).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 5025             }else if(command.equals(ActionManager.CLONE_P_THRESH)){
2 26 Feb 07 jari 5026                 onSetClonePThresh();
2 26 Feb 07 jari 5027             }else if (command.equals(ActionManager.RENAME_NODE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 5028                 onRenameNode();
2 26 Feb 07 jari 5029             }
2 26 Feb 07 jari 5030             /* End CGH Command Handlers  */      
2 26 Feb 07 jari 5031             else {
2 26 Feb 07 jari 5032                 System.out.println("unhandled command = " + command);
2 26 Feb 07 jari 5033             }
2 26 Feb 07 jari 5034         }
2 26 Feb 07 jari 5035         
2 26 Feb 07 jari 5036         public void valueChanged(TreeSelectionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 5037             onNodeChanged(event);
2 26 Feb 07 jari 5038         }
2 26 Feb 07 jari 5039         
2 26 Feb 07 jari 5040         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 5041             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 5042         }
2 26 Feb 07 jari 5043         
2 26 Feb 07 jari 5044         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 5045             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 5046         }
2 26 Feb 07 jari 5047         
2 26 Feb 07 jari 5048         /**
2 26 Feb 07 jari 5049          * Shows a popup menu for a selected navigation tree node.
2 26 Feb 07 jari 5050          */
2 26 Feb 07 jari 5051         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 5052             
2 26 Feb 07 jari 5053             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 5054                 return;
2 26 Feb 07 jari 5055             }
2 26 Feb 07 jari 5056             TreePath selPath = tree.getPathForLocation(e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 5057             if (selPath == null) {
2 26 Feb 07 jari 5058                 return;
2 26 Feb 07 jari 5059             }
2 26 Feb 07 jari 5060             tree.setSelectionPaths(new TreePath[] {selPath});
2 26 Feb 07 jari 5061             JPopupMenu popup = null;
2 26 Feb 07 jari 5062             DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)selPath.getLastPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 5063             Object userObject = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 5064             if (userObject instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 5065                 popup = ((LeafInfo)userObject).getJPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 5066             }
2 26 Feb 07 jari 5067             // adds the delete menu item for a custom node
2 26 Feb 07 jari 5068             if (selPath.getPathCount() > 2) {
2 26 Feb 07 jari 5069                 if(node.getParent() == clusterNode)
2 26 Feb 07 jari 5070                     return;
2 26 Feb 07 jari 5071                 if (popup == null) {
2 26 Feb 07 jari 5072                     popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 5073                     if(userObject instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 5074                         Object viewerObj = ((LeafInfo)userObject).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 5075                         if(viewerObj == null) {
2 26 Feb 07 jari 5076                             popup.add(createDeleteMenuItem());
2 26 Feb 07 jari 5077                         } else if(viewerObj instanceof IViewer && ((IViewer)viewerObj).getClusters() != null && ((IViewer)viewerObj).getExperiment() != null && ((IViewer)viewerObj).getViewerType() != -1) {
2 26 Feb 07 jari 5078                             popup.add(createDeleteMenuItem());
2 26 Feb 07 jari 5079                             popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 5080                             popup.add(createSetDataMenuItem(((LeafInfo)userObject).isSelectedDataSource()));
2 26 Feb 07 jari 5081                         }
2 26 Feb 07 jari 5082                     } else {
2 26 Feb 07 jari 5083                         popup.add(createDeleteMenuItem());
2 26 Feb 07 jari 5084                     }
2 26 Feb 07 jari 5085                 } else {
2 26 Feb 07 jari 5086                     if (!isContainsDeleteItem(popup)) {
2 26 Feb 07 jari 5087                         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 5088                         popup.add(createDeleteMenuItem());
2 26 Feb 07 jari 5089                     }
2 26 Feb 07 jari 5090                 }
2 26 Feb 07 jari 5091             } else if( ((LeafInfo)userObject).toString().equals("Main View") && data.getFeaturesCount() != 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 5092                 popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 5093                 JMenuItem item = new JMenuItem("Set as Data Source");
2 26 Feb 07 jari 5094                 item.setActionCommand(ActionManager.SET_DATA_SOURCE_COMMAND);
2 26 Feb 07 jari 5095                 item.addActionListener(this);
2 26 Feb 07 jari 5096                 popup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 5097             }
2 26 Feb 07 jari 5098             if (popup != null) {
2 26 Feb 07 jari 5099                 popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 5100             }
2 26 Feb 07 jari 5101         }
2 26 Feb 07 jari 5102         
2 26 Feb 07 jari 5103         /**
2 26 Feb 07 jari 5104          * Creates a delete menu item.
2 26 Feb 07 jari 5105          */
2 26 Feb 07 jari 5106         private JMenuItem createDeleteMenuItem() {
2 26 Feb 07 jari 5107             JMenuItem menuItem = new JMenuItem("Delete");
2 26 Feb 07 jari 5108             menuItem.setActionCommand(ActionManager.DELETE_NODE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 5109             menuItem.addActionListener(this);
2 26 Feb 07 jari 5110             return menuItem;
2 26 Feb 07 jari 5111         }
2 26 Feb 07 jari 5112         
2 26 Feb 07 jari 5113         
2 26 Feb 07 jari 5114         /**
2 26 Feb 07 jari 5115          * Creates a data source CheckBox menu item.
2 26 Feb 07 jari 5116          */
2 26 Feb 07 jari 5117         private JCheckBoxMenuItem createSetDataMenuItem(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 5118             JCheckBoxMenuItem box = new JCheckBoxMenuItem("Set as Data Source", selected);
2 26 Feb 07 jari 5119             box.setActionCommand(ActionManager.SET_DATA_SOURCE_COMMAND);
2 26 Feb 07 jari 5120             box.addActionListener(this);
2 26 Feb 07 jari 5121             return box;
2 26 Feb 07 jari 5122         }
2 26 Feb 07 jari 5123         
2 26 Feb 07 jari 5124         
2 26 Feb 07 jari 5125         /**
2 26 Feb 07 jari 5126          * Checkes if node already contains the delete item.
2 26 Feb 07 jari 5127          */
2 26 Feb 07 jari 5128         private boolean isContainsDeleteItem(JPopupMenu popup) {
2 26 Feb 07 jari 5129             Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 5130             for (int i=components.length; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 5131                 if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 5132                     if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(ActionManager.DELETE_NODE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 5133                         return true;
2 26 Feb 07 jari 5134                     }
2 26 Feb 07 jari 5135                 }
2 26 Feb 07 jari 5136             }
2 26 Feb 07 jari 5137             return false;
2 26 Feb 07 jari 5138         }
2 26 Feb 07 jari 5139         
2 26 Feb 07 jari 5140         public void keyReleased(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 5141         public void keyPressed(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5142         public void keyTyped(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5143         
2 26 Feb 07 jari 5144         public void windowOpened(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5145         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 5146             onClose();
2 26 Feb 07 jari 5147         }
2 26 Feb 07 jari 5148         public void windowClosed(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5149         public void windowIconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5150         public void windowDeiconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5151         public void windowActivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5152         public void windowDeactivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 5153         /**
2 26 Feb 07 jari 5154          * Raktim Sept 29, 05
2 26 Feb 07 jari 5155          * Adding CGH Listener Functions
2 26 Feb 07 jari 5156          * IDataRegionSelectionListener functions
2 26 Feb 07 jari 5157          */
2 26 Feb 07 jari 5158         public void onShowBrowser(EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 5159             ShowBrowser(eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5160         }
2 26 Feb 07 jari 5161         public void onDisplayDataValues(EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 5162           DisplayDataValues(eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5163         }
2 26 Feb 07 jari 5164         public void onShowGenes(EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 5165           ShowGenes(eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5166         }
2 26 Feb 07 jari 5167         public void onAnnotationsSelected(EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 5168           AnnotationsSelected(eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5169         }
2 26 Feb 07 jari 5170          /**
2 26 Feb 07 jari 5171           * Raktim Sept 29, 05
2 26 Feb 07 jari 5172           * Adding CGH Listener Functions
2 26 Feb 07 jari 5173           * ICGHListener functions
2 26 Feb 07 jari 5174           */
2 26 Feb 07 jari 5175         public void onDataChanged(){
2 26 Feb 07 jari 5176           fireDataChanged();
2 26 Feb 07 jari 5177         }
2 26 Feb 07 jari 5178         public void onCloneValuesChanged(){
2 26 Feb 07 jari 5179           fireCloneValuesChanged();
2 26 Feb 07 jari 5180         }
2 26 Feb 07 jari 5181         public void onChromosomeSelected(java.util.EventObject eventObj){
2 26 Feb 07 jari 5182           fireChromosomeSelected(eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5183         }
2 26 Feb 07 jari 5184         public void onCloneDistributionsLoaded(){
2 26 Feb 07 jari 5185           CloneDistributionsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 5186         }
2 26 Feb 07 jari 5187         //public void onExperimentsLoaded(java.util.EventObject eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5188         //public void onExperimentsInitialized(java.util.EventObject eventObj);
2 26 Feb 07 jari 5189         public void onExperimentsLoaded(){
2 26 Feb 07 jari 5190           ExperimentsLoaded();
2 26 Feb 07 jari 5191         }
2 26 Feb 07 jari 5192         /**
2 26 Feb 07 jari 5193          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 5194          * Loads data from the user specified directory.
2 26 Feb 07 jari 5195          */
2 26 Feb 07 jari 5196         protected void onLoadDirectory() {
2 26 Feb 07 jari 5197           onLoadDirectory();
2 26 Feb 07 jari 5198           //ctl.onLoadDirectory();
2 26 Feb 07 jari 5199         }        
2 26 Feb 07 jari 5200     }
2 26 Feb 07 jari 5201     
2 26 Feb 07 jari 5202     /**
2 26 Feb 07 jari 5203      * This <code>IFramework</code> implementation delegates
2 26 Feb 07 jari 5204      * all its invokations to the outer class.
2 26 Feb 07 jari 5205      */
2 26 Feb 07 jari 5206     private class FrameworkImpl implements IFramework {
2 26 Feb 07 jari 5207         //public static final long serialVersionUID = 10201020001L;
2 26 Feb 07 jari 5208         
2 26 Feb 07 jari 5209         public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 5210             return MultipleArrayViewer.this.getData();
2 26 Feb 07 jari 5211         }
2 26 Feb 07 jari 5212         public JFrame getJFrame() {
2 26 Feb 07 jari 5213           return mainframe;
2 26 Feb 07 jari 5214         }
2 26 Feb 07 jari 5215         public AlgorithmFactory getAlgorithmFactory() {
2 26 Feb 07 jari 5216             return MultipleArrayViewer.this.getAlgorithmFactory();
2 26 Feb 07 jari 5217         }
2 26 Feb 07 jari 5218         public IDisplayMenu getDisplayMenu() {
2 26 Feb 07 jari 5219             return menubar.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 5220         }
2 26 Feb 07 jari 5221         public IDistanceMenu getDistanceMenu() {
2 26 Feb 07 jari 5222             return menubar.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 5223         }
2 26 Feb 07 jari 5224         public Frame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 5225             return MultipleArrayViewer.this.getFrame();
2 26 Feb 07 jari 5226         }
2 26 Feb 07 jari 5227         public void setContentLocation(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 5228             MultipleArrayViewer.this.setContentLocation(x, y);
2 26 Feb 07 jari 5229         }
2 26 Feb 07 jari 5230         public void displaySingleArrayViewer(int feature) {
2 26 Feb 07 jari 5231             MultipleArrayViewer.this.displaySingleArrayViewer(feature);
2 26 Feb 07 jari 5232         }
2 26 Feb 07 jari 5233         public void displaySlideElementInfo(int feature, int probe) {
2 26 Feb 07 jari 5234             MultipleArrayViewer.this.displaySlideElementInfo(feature, probe);
2 26 Feb 07 jari 5235         }
2 26 Feb 07 jari 5236         public String getStatusText() {
2 26 Feb 07 jari 5237             return MultipleArrayViewer.this.getStatusText();
2 26 Feb 07 jari 5238         }
2 26 Feb 07 jari 5239         public void setStatusText(String text) {
2 26 Feb 07 jari 5240             MultipleArrayViewer.this.setStatusText(text);
2 26 Feb 07 jari 5241         }
2 26 Feb 07 jari 5242         public Object getUserObject() {
2 26 Feb 07 jari 5243             return MultipleArrayViewer.this.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 5244         }
2 26 Feb 07 jari 5245         public void setTreeNode(DefaultMutableTreeNode node){
2 26 Feb 07 jari 5246             MultipleArrayViewer.this.selectNode(node);
2 26 Feb 07 jari 5247         }
2 26 Feb 07 jari 5248         
2 26 Feb 07 jari 5249         public void addNode(DefaultMutableTreeNode parent, DefaultMutableTreeNode child) {
2 26 Feb 07 jari 5250             MultipleArrayViewer.this.addNode(parent, child);
2 26 Feb 07 jari 5251         }
2 26 Feb 07 jari 5252         
2 26 Feb 07 jari 5253         public Color storeCluster(int[] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 5254             return MultipleArrayViewer.this.storeCluster(indices, experiment, clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5255         }
2 26 Feb 07 jari 5256         
2 26 Feb 07 jari 5257         public Color storeSubCluster(int[] indices, Experiment experiment, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 5258             return MultipleArrayViewer.this.storeSubCluster(indices, experiment, clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5259         }
2 26 Feb 07 jari 5260         
2 26 Feb 07 jari 5261         public boolean removeSubCluster(int[] indices, Experiment experiment, int clusterType) {
2 26 Feb 07 jari 5262             return MultipleArrayViewer.this.removeSubCluster(indices, experiment, clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5263         }
2 26 Feb 07 jari 5264         
2 26 Feb 07 jari 5265         public boolean removeCluster(int[] indices, Experiment experiment, int clusterType) {
2 26 Feb 07 jari 5266             return MultipleArrayViewer.this.removeCluster(indices, experiment, clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5267         }
2 26 Feb 07 jari 5268         
2 26 Feb 07 jari 5269         public void launchNewMAV(int[] indices, Experiment experiment, String label, int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 5270             MultipleArrayViewer.this.launchNewMAV(indices, experiment, label, clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5271         }
2 26 Feb 07 jari 5272         
2 26 Feb 07 jari 5273         public void openClusterNode(String algorithmNode, String clusterID) {
2 26 Feb 07 jari 5274             MultipleArrayViewer.this.openClusterNode(algorithmNode, clusterID);
2 26 Feb 07 jari 5275         }
2 26 Feb 07 jari 5276         
2 26 Feb 07 jari 5277         public ClusterRepository getClusterRepository(int clusterType){
2 26 Feb 07 jari 5278             return MultipleArrayViewer.this.getClusterRepository(clusterType);
2 26 Feb 07 jari 5279         }
2 26 Feb 07 jari 5280         
2 26 Feb 07 jari 5281         /** Returns the currently selected node.
2 26 Feb 07 jari 5282          */
2 26 Feb 07 jari 5283         public DefaultMutableTreeNode getCurrentNode() {
2 26 Feb 07 jari 5284             return MultipleArrayViewer.this.getCurrentNode();
2 26 Feb 07 jari 5285         }
2 26 Feb 07 jari 5286         
2 26 Feb 07 jari 5287         /** Returns the result node containing the supplied object
2 26 Feb 07 jari 5288          */
2 26 Feb 07 jari 5289         public DefaultMutableTreeNode getNode(Object object) {
2 26 Feb 07 jari 5290             return MultipleArrayViewer.this.getNode(object);
2 26 Feb 07 jari 5291         }
2 26 Feb 07 jari 5292         
2 26 Feb 07 jari 5293         /** Adds string to history node
2 26 Feb 07 jari 5294          */
2 26 Feb 07 jari 5295         public void addHistory(String historyEvent) {
2 26 Feb 07 jari 5296             MultipleArrayViewer.this.addHistory(historyEvent);
2 26 Feb 07 jari 5297         }
2 26 Feb 07 jari 5298         
2 26 Feb 07 jari 5299         /** Returns the ResultTree object
2 26 Feb 07 jari 5300          */
2 26 Feb 07 jari 5301         public ResultTree getResultTree() {
2 26 Feb 07 jari 5302             return MultipleArrayViewer.this.getResultTree();
2 26 Feb 07 jari 5303         }
2 26 Feb 07 jari 5304         
2 26 Feb 07 jari 5305         /** Adds result to the ResultTree
2 26 Feb 07 jari 5306          */
2 26 Feb 07 jari 5307         public void addAnalysisResult(DefaultMutableTreeNode resultNode) {
2 26 Feb 07 jari 5308             MultipleArrayViewer.this.addAnalysisResult(resultNode);
2 26 Feb 07 jari 5309         }
2 26 Feb 07 jari 5310         
2 26 Feb 07 jari 5311         /** Refreshes current viewer if it's an IViewer  */
2 26 Feb 07 jari 5312         public void refreshCurrentViewer() {
2 26 Feb 07 jari 5313             MultipleArrayViewer.this.refreshCurrentViewer();
2 26 Feb 07 jari 5314         }
2 26 Feb 07 jari 5315         
2 26 Feb 07 jari 5316         /**  Stores indices to a cluster in the manager but doesn't link to a particular viewer node.
2 26 Feb 07 jari 5317          */
2 26 Feb 07 jari 5318         public void storeOperationCluster(String source, String clusterID, int[] indices, boolean geneCluster) {
2 26 Feb 07 jari 5319             MultipleArrayViewer.this.storeOperationCluster(source, clusterID, indices, geneCluster);
2 26 Feb 07 jari 5320         }
2 26 Feb 07 jari 5321         
2 26 Feb 07 jari 5322         /**
2 26 Feb 07 jari 5323          * Raktim Nov 02, 2005
2 26 Feb 07 jari 5324          * CGH Specific methods
2 26 Feb 07 jari 5325          */
2 26 Feb 07 jari 5326         /**
2 26 Feb 07 jari 5327          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 5328          * CGH Display Menu accessor
2 26 Feb 07 jari 5329          */
2 26 Feb 07 jari 5330         public ICGHDisplayMenu getCghDisplayMenu(){
2 26 Feb 07 jari 5331           return menubar.getCghDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 5332         }
2 26 Feb 07 jari 5333         /**
2 26 Feb 07 jari 5334          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 5335          * CGH Clone Menu accessor
2 26 Feb 07 jari 5336          */
2 26 Feb 07 jari 5337         public ICGHCloneValueMenu getCghCloneValueMenu(){
2 26 Feb 07 jari 5338           return menubar.getCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 5339         }
2 26 Feb 07 jari 5340         /**
2 26 Feb 07 jari 5341          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 5342          * @return
2 26 Feb 07 jari 5343          */
2 26 Feb 07 jari 5344         public Rectangle getViewerBounds(){
2 26 Feb 07 jari 5345           return viewScrollPane.getViewportBorderBounds();
2 26 Feb 07 jari 5346         }
2 26 Feb 07 jari 5347         /**
2 26 Feb 07 jari 5348          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 5349          * Returns the cytoband model of the a species
2 26 Feb 07 jari 5350          */
2 26 Feb 07 jari 5351         public CytoBandsModel getCytoBandsModel(){
2 26 Feb 07 jari 5352           return cytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 5353         }
2 26 Feb 07 jari 5354     }
2 26 Feb 07 jari 5355 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:59 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)