mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/ResultTree.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ResultTree.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on December 22, 2003, 9:28 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.beans.*;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.Icon;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JTree;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.border.EmptyBorder;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 /**
2 26 Feb 07 jari 46  *
2 26 Feb 07 jari 47  * @author  braisted
2 26 Feb 07 jari 48  */
2 26 Feb 07 jari 49 public class ResultTree extends JTree implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 50 //    public static final long serialVersionUID = 100010201070001L;
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     /** Root node
2 26 Feb 07 jari 54      */
2 26 Feb 07 jari 55     private DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 56     /** analysis node
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     private DefaultMutableTreeNode analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     Vector dumpVector;
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     public ResultTree(){
2 26 Feb 07 jari 63         // super();
2 26 Feb 07 jari 64         this.setCellRenderer(new ResultTreeNodeRenderer());
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /** Creates a new instance of ResultTree */
2 26 Feb 07 jari 68     public ResultTree(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 69         super(root);
2 26 Feb 07 jari 70         this.root = root;
2 26 Feb 07 jari 71         this.setCellRenderer(new ResultTreeNodeRenderer());
2 26 Feb 07 jari 72         
2 26 Feb 07 jari 73         dumpVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75     public ResultTree(DefaultMutableTreeNode root, DefaultMutableTreeNode analysisNode) {
2 26 Feb 07 jari 76         super(root);
2 26 Feb 07 jari 77         this.root = root;
2 26 Feb 07 jari 78         this.setCellRenderer(new ResultTreeNodeRenderer());
2 26 Feb 07 jari 79         this.analysisNode = analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 80         dumpVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /** Returns the root node.
2 26 Feb 07 jari 85      * @return
2 26 Feb 07 jari 86      */
2 26 Feb 07 jari 87     public DefaultMutableTreeNode getRoot() {
2 26 Feb 07 jari 88         return root;
2 26 Feb 07 jari 89     }
2 26 Feb 07 jari 90     /** Sets the root node.
2 26 Feb 07 jari 91      */
2 26 Feb 07 jari 92     public void setRoot(DefaultMutableTreeNode r) {
2 26 Feb 07 jari 93         this.root = r;
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     /** Returns the analysis node.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     public DefaultMutableTreeNode getAnalysisNode() {
2 26 Feb 07 jari 98         return analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     /** Sets the analysis node.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     public void setAnalysisNode(DefaultMutableTreeNode n) {
2 26 Feb 07 jari 103         this.analysisNode = n;
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /** Inserts a node.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     public void insertNode(DefaultMutableTreeNode node, DefaultMutableTreeNode parentNode, int locationIndex){
2 26 Feb 07 jari 109         if(node == null || parentNode == null)
2 26 Feb 07 jari 110             return;
2 26 Feb 07 jari 111         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)getModel();
2 26 Feb 07 jari 112         treeModel.insertNodeInto((DefaultMutableTreeNode)node, (DefaultMutableTreeNode)parentNode, locationIndex);
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     /** Removes a Node.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     public void removeNode(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 118         DefaultTreeModel treeModel = (DefaultTreeModel)getModel();
2 26 Feb 07 jari 119         treeModel.removeNodeFromParent(node);
2 26 Feb 07 jari 120     }
2 26 Feb 07 jari 121     
2 26 Feb 07 jari 122     /**
2 26 Feb 07 jari 123      * @param object
2 26 Feb 07 jari 124      * @return  */
2 26 Feb 07 jari 125     public DefaultMutableTreeNode getNode(Object object) {
2 26 Feb 07 jari 126         Enumeration _enum = root.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 127         DefaultMutableTreeNode node;
2 26 Feb 07 jari 128         while(_enum.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 129             node = (DefaultMutableTreeNode)_enum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 130             if(node.getUserObject() == object)
2 26 Feb 07 jari 131                 return node;
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         return null;
2 26 Feb 07 jari 134     }
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     /** Returns the terminal node give a node name
2 26 Feb 07 jari 137      * path from root to termial node.
2 26 Feb 07 jari 138      * @param nodeNames
2 26 Feb 07 jari 139      * @return
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     public DefaultMutableTreeNode getNode(String [] nodeNames) {
2 26 Feb 07 jari 142         DefaultMutableTreeNode node = root;
2 26 Feb 07 jari 143         
2 26 Feb 07 jari 144         for(int i = 0; i < nodeNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 145             for(int j = 0; j < node.getChildCount(); j++){
2 26 Feb 07 jari 146                 if( (node.getChildAt(j).toString()).equals(nodeNames[i])){
2 26 Feb 07 jari 147                     node = (DefaultMutableTreeNode)node.getChildAt(j);
2 26 Feb 07 jari 148                     continue;
2 26 Feb 07 jari 149                 }
2 26 Feb 07 jari 150             }
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         //If final node string equals last node name return node
2 26 Feb 07 jari 154         if(node.toString().equals(nodeNames[nodeNames.length-1]))
2 26 Feb 07 jari 155             return node;
2 26 Feb 07 jari 156         
2 26 Feb 07 jari 157         return null;
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159     
2 26 Feb 07 jari 160     /**
2 26 Feb 07 jari 161     * EH - for state-saving
2 26 Feb 07 jari 162     * Returns a hashtable of all the experiments contained within the result tree,
2 26 Feb 07 jari 163     * keyed on their ExptID.  Used by state-saving methods.  
2 26 Feb 07 jari 164     */
2 26 Feb 07 jari 165     public Hashtable getAllExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 166       Hashtable allExpts = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 167     Enumeration allTreeNodes = ((DefaultMutableTreeNode)analysisNode).breadthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 168     DefaultMutableTreeNode dmtn;
2 26 Feb 07 jari 169     while(allTreeNodes.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 170       dmtn = (DefaultMutableTreeNode)allTreeNodes.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 171       Object o = dmtn.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 172       if(o instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 173         LeafInfo l = (LeafInfo)o;
2 26 Feb 07 jari 174         if(l.getViewer() != null){
2 26 Feb 07 jari 175           Experiment e = l.getViewer().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 176           if(e != null){
2 26 Feb 07 jari 177             allExpts.put(new Integer(e.getId()), l.getViewer().getExperiment());
2 26 Feb 07 jari 178         }
2 26 Feb 07 jari 179         }
2 26 Feb 07 jari 180     }
2 26 Feb 07 jari 181                     }
2 26 Feb 07 jari 182     return allExpts;
2 26 Feb 07 jari 183                 }
2 26 Feb 07 jari 184                 
2 26 Feb 07 jari 185     
2 26 Feb 07 jari 186     public Hashtable getResultHash(){
2 26 Feb 07 jari 187         Hashtable table = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 188         DefaultMutableTreeNode analysisRoot;
2 26 Feb 07 jari 189         DefaultMutableTreeNode currentNode;
2 26 Feb 07 jari 190         Object object;
2 26 Feb 07 jari 191         Object [] vals;
2 26 Feb 07 jari 192         boolean stop = false;
2 26 Feb 07 jari 193         
2 26 Feb 07 jari 194         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 195         Experiment exp;
2 26 Feb 07 jari 196         int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 197         
2 26 Feb 07 jari 198         int childCount = analysisNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 199         //String algTitles = new String[analysisNode.getChildCount()];
2 26 Feb 07 jari 200         String algName = "";
2 26 Feb 07 jari 201         Enumeration _enum;
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         for(int i = 0; i < childCount; i++){
2 26 Feb 07 jari 204             analysisRoot = ((DefaultMutableTreeNode)(analysisNode.getChildAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 205             object = analysisRoot.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 206             if(object != null){
2 26 Feb 07 jari 207                 if(object instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 208                     algName = ((LeafInfo)object).toString();
2 26 Feb 07 jari 209                 } else if(object instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 210                     algName = (String)object;
2 26 Feb 07 jari 211                 }
2 26 Feb 07 jari 212                 
2 26 Feb 07 jari 213                 _enum = analysisRoot.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 214                 while (!stop && _enum.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 215                     currentNode = (DefaultMutableTreeNode)_enum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 216                     if(currentNode.getUserObject() instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 217                         viewer = ((LeafInfo)currentNode.getUserObject()).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 218                         if(viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 219                             exp = viewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 220                             clusters = viewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 221                             if(exp != null && clusters != null) {
2 26 Feb 07 jari 222                                 vals = new Object[2];
2 26 Feb 07 jari 223                                 vals[0] = exp;
2 26 Feb 07 jari 224                                 vals[1] = clusters;
2 26 Feb 07 jari 225                                 table.put(algName, vals);
2 26 Feb 07 jari 226                                 stop = true;
2 26 Feb 07 jari 227                             }
2 26 Feb 07 jari 228                         }
2 26 Feb 07 jari 229                     }
2 26 Feb 07 jari 230                     
2 26 Feb 07 jari 231                 }
2 26 Feb 07 jari 232                 stop = false;
2 26 Feb 07 jari 233             }
2 26 Feb 07 jari 234         }
2 26 Feb 07 jari 235         return table;
2 26 Feb 07 jari 236     }
2 26 Feb 07 jari 237     
2 26 Feb 07 jari 238     /** Support for gene or experiment search, retrieval of nodes for the
2 26 Feb 07 jari 239      * SearchResultDialg
2 26 Feb 07 jari 240      */
2 26 Feb 07 jari 241     
2 26 Feb 07 jari 242     public Vector findViewerCollection(int [] indices, boolean geneSearch) {
2 26 Feb 07 jari 243         Vector result = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 244         
2 26 Feb 07 jari 245         
2 26 Feb 07 jari 246         
2 26 Feb 07 jari 247         Vector analysisNodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 248         Hashtable expViewHash = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 249         Hashtable tabViewHash = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         Vector childNodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 252         DefaultMutableTreeNode node;
2 26 Feb 07 jari 253         
2 26 Feb 07 jari 254         
2 26 Feb 07 jari 255         int childCount = analysisNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 256         boolean hasResult = false;
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         for(int analysis = 0; analysis < childCount ; analysis++) {
2 26 Feb 07 jari 259             
2 26 Feb 07 jari 260             node = (DefaultMutableTreeNode)(analysisNode.getChildAt(analysis));
2 26 Feb 07 jari 261             
2 26 Feb 07 jari 262             //for each analysis node accumulate result nodes
2 26 Feb 07 jari 263             DefaultMutableTreeNode aNode = getSearchResults(indices, node, expViewHash, tabViewHash, geneSearch);
2 26 Feb 07 jari 264          
2 26 Feb 07 jari 265             if(aNode != null)
2 26 Feb 07 jari 266                 analysisNodes.addElement(aNode);
2 26 Feb 07 jari 267         }
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         
2 26 Feb 07 jari 270         result.add(analysisNodes);
2 26 Feb 07 jari 271         result.add(expViewHash);
2 26 Feb 07 jari 272         result.add(tabViewHash);
2 26 Feb 07 jari 273         
2 26 Feb 07 jari 274         if(expViewHash.size() == 0 && expViewHash.size() == 0)
2 26 Feb 07 jari 275             return null;
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         return result;
2 26 Feb 07 jari 278     }
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280     private DefaultMutableTreeNode getSearchResults(int [] indices, DefaultMutableTreeNode analRoot, Hashtable expHash, Hashtable tabHash, boolean geneSearch) {
2 26 Feb 07 jari 281         boolean result = false;
2 26 Feb 07 jari 282         
2 26 Feb 07 jari 283         Enumeration _enum = analRoot.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 284         DefaultMutableTreeNode currNode;
2 26 Feb 07 jari 285         Object currUserObject;
2 26 Feb 07 jari 286         IViewer currViewer;
2 26 Feb 07 jari 287         LeafInfo currLeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 288         Experiment currExperiment;
2 26 Feb 07 jari 289         int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 290         int clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 291         Object currIndexObject;
2 26 Feb 07 jari 292         boolean containsIndex;
2 26 Feb 07 jari 293         
2 26 Feb 07 jari 294         Vector expViewers = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 295         Vector tabViewers = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         DefaultMutableTreeNode newNode;
2 26 Feb 07 jari 298         
2 26 Feb 07 jari 299         DefaultMutableTreeNode newRoot = new DefaultMutableTreeNode(analRoot.getUserObject());
2 26 Feb 07 jari 300         
2 26 Feb 07 jari 301       
2 26 Feb 07 jari 302         while(_enum.hasMoreElements()) {
2 26 Feb 07 jari 303             
2 26 Feb 07 jari 304             currNode = (DefaultMutableTreeNode)(_enum.nextElement());
2 26 Feb 07 jari 305             currUserObject = currNode.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 306             
2 26 Feb 07 jari 307             if(currUserObject instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 308                 currLeafInfo = (LeafInfo)currUserObject;
2 26 Feb 07 jari 309                 currViewer = (currLeafInfo).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 310                 
2 26 Feb 07 jari 311                 if(currViewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 312                     
2 26 Feb 07 jari 313                     if(geneSearch) {                    
2 26 Feb 07 jari 314                         if( currViewer instanceof ExperimentViewer ) {
2 26 Feb 07 jari 315                             currIndexObject = ((LeafInfo)currUserObject).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 316                             if(currIndexObject != null && currIndexObject instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 317                                 clusterIndex = ((Integer)currIndexObject).intValue();
2 26 Feb 07 jari 318                                 
2 26 Feb 07 jari 319                                 clusters = currViewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 320                                 currExperiment = currViewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 321                                 
2 26 Feb 07 jari 322                                 if(clusters != null && currExperiment != null) {
2 26 Feb 07 jari 323                                     if(containsGeneIndices(indices, clusters[clusterIndex], currExperiment)) {
2 26 Feb 07 jari 324                                         result = true;
2 26 Feb 07 jari 325                                         expViewers.addElement(currNode);
2 26 Feb 07 jari 326                                         //newNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(currLeafInfo.getName(), currLeafInfo.getViewer(), currLeafInfo.getJPopupMenu(), currLeafInfo.getUserObject()));
2 26 Feb 07 jari 327                                         //expViewers.addElement(newNode);
2 26 Feb 07 jari 328                                     }
2 26 Feb 07 jari 329                                 }
2 26 Feb 07 jari 330                             }
2 26 Feb 07 jari 331                         } else if(currViewer instanceof ClusterTableViewer) {
2 26 Feb 07 jari 332                             currIndexObject = ((LeafInfo)currUserObject).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 333                             if(currIndexObject != null && currIndexObject instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 334                                 clusterIndex = ((Integer)currIndexObject).intValue();
2 26 Feb 07 jari 335                                 
2 26 Feb 07 jari 336                                 clusters = currViewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 337                                 currExperiment = currViewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 338                                 
2 26 Feb 07 jari 339                                 if(clusters != null && currExperiment != null) {
2 26 Feb 07 jari 340                                     if(containsGeneIndices(indices, clusters[clusterIndex], currExperiment)) {
2 26 Feb 07 jari 341                                         result = true;                                                                                
2 26 Feb 07 jari 342                                         tabViewers.addElement(currNode);
2 26 Feb 07 jari 343                                         //newNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(currLeafInfo.getName(), currLeafInfo.getViewer(), currLeafInfo.getJPopupMenu(), currLeafInfo.getUserObject()));                                                                                
2 26 Feb 07 jari 344                                         //tabViewers.addElement(newNode);
2 26 Feb 07 jari 345                                     }
2 26 Feb 07 jari 346                                 }
2 26 Feb 07 jari 347                             }             
2 26 Feb 07 jari 348                         }
2 26 Feb 07 jari 349                         
2 26 Feb 07 jari 350            
2 26 Feb 07 jari 351                         
2 26 Feb 07 jari 352                         
2 26 Feb 07 jari 353                     } else { //experiment search
2 26 Feb 07 jari 354                         
2 26 Feb 07 jari 355                         if(currViewer instanceof ExperimentClusterViewer) {
2 26 Feb 07 jari 356                             currIndexObject = ((LeafInfo)currUserObject).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 357                             if(currIndexObject != null && currIndexObject instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 358                                 clusterIndex = ((Integer)currIndexObject).intValue();
2 26 Feb 07 jari 359                                 
2 26 Feb 07 jari 360                                 clusters = currViewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 361                                 currExperiment = currViewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 362                                 
2 26 Feb 07 jari 363                                 if(clusters != null && currExperiment != null) {
2 26 Feb 07 jari 364                                     if(containsExperimentIndices(indices, clusters[clusterIndex], currExperiment)) {
2 26 Feb 07 jari 365                                         result = true;                 
2 26 Feb 07 jari 366                                         expViewers.addElement(currNode);
2 26 Feb 07 jari 367                                         //newNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(currLeafInfo.getName(), currLeafInfo.getViewer(), currLeafInfo.getJPopupMenu(), currLeafInfo.getUserObject()));
2 26 Feb 07 jari 368                                         //expViewers.addElement(newNode);
2 26 Feb 07 jari 369                                     }
2 26 Feb 07 jari 370                                 }
2 26 Feb 07 jari 371                             }
2 26 Feb 07 jari 372                         } else if(currViewer instanceof ExperimentClusterTableViewer){
2 26 Feb 07 jari 373                             currIndexObject = ((LeafInfo)currUserObject).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 374                             if(currIndexObject != null && currIndexObject instanceof Integer) {
2 26 Feb 07 jari 375                                 clusterIndex = ((Integer)currIndexObject).intValue();
2 26 Feb 07 jari 376                                 
2 26 Feb 07 jari 377                                 clusters = currViewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 378                                 currExperiment = currViewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 379                                 
2 26 Feb 07 jari 380                                 if(clusters != null && currExperiment != null) {
2 26 Feb 07 jari 381                                     if(containsExperimentIndices(indices, clusters[clusterIndex], currExperiment)) {
2 26 Feb 07 jari 382                                         result = true;
2 26 Feb 07 jari 383                                         tabViewers.addElement(currNode);
2 26 Feb 07 jari 384                                         //newNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(currLeafInfo.getName(), currLeafInfo.getViewer(), currLeafInfo.getJPopupMenu(), currLeafInfo.getUserObject()));
2 26 Feb 07 jari 385                                         //tabViewers.addElement(newNode);
2 26 Feb 07 jari 386                                     }
2 26 Feb 07 jari 387                                 }
2 26 Feb 07 jari 388                             }
2 26 Feb 07 jari 389                             
2 26 Feb 07 jari 390                             
2 26 Feb 07 jari 391                             
2 26 Feb 07 jari 392                         }
2 26 Feb 07 jari 393                         
2 26 Feb 07 jari 394                     }
2 26 Feb 07 jari 395                 }
2 26 Feb 07 jari 396             } 
2 26 Feb 07 jari 397             
2 26 Feb 07 jari 398         }
2 26 Feb 07 jari 399         
2 26 Feb 07 jari 400         if(result) {
2 26 Feb 07 jari 401             expHash.put(newRoot, expViewers);
2 26 Feb 07 jari 402             tabHash.put(newRoot, tabViewers);
2 26 Feb 07 jari 403             return newRoot;
2 26 Feb 07 jari 404         }
2 26 Feb 07 jari 405         
2 26 Feb 07 jari 406         return null;
2 26 Feb 07 jari 407     }
2 26 Feb 07 jari 408     
2 26 Feb 07 jari 409     
2 26 Feb 07 jari 410     private boolean containsGeneIndices(int [] indices, int [] clusterIndices, Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 411         for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 412             for(int j = 0; j < clusterIndices.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 413                 if(indices[i] == experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[j]))
2 26 Feb 07 jari 414                     return true;
2 26 Feb 07 jari 415             }
2 26 Feb 07 jari 416         }        
2 26 Feb 07 jari 417         return false;
2 26 Feb 07 jari 418     }
2 26 Feb 07 jari 419     
2 26 Feb 07 jari 420     private boolean containsExperimentIndices(int [] indices, int [] clusterIndices, Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 421         int [] colIndices = experiment.getColumnIndicesCopy();
2 26 Feb 07 jari 422         
2 26 Feb 07 jari 423         for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 424             for(int j = 0; j < clusterIndices.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 425                 if(indices[i] == colIndices[clusterIndices[j]])
2 26 Feb 07 jari 426                     return true;
2 26 Feb 07 jari 427             }
2 26 Feb 07 jari 428         }
2 26 Feb 07 jari 429         
2 26 Feb 07 jari 430         return false;
2 26 Feb 07 jari 431     }    
2 26 Feb 07 jari 432     
2 26 Feb 07 jari 433     /**
2 26 Feb 07 jari 434      *  Clears data selection over the tree
2 26 Feb 07 jari 435      */
2 26 Feb 07 jari 436     public void clearDataSelection() {
2 26 Feb 07 jari 437         Enumeration  _enum = this.root.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 438         DefaultMutableTreeNode node;
2 26 Feb 07 jari 439         while(_enum.hasMoreElements()) {
2 26 Feb 07 jari 440             node = (DefaultMutableTreeNode)(_enum.nextElement());
2 26 Feb 07 jari 441             if(node.getUserObject() != null && node.getUserObject() instanceof LeafInfo)
2 26 Feb 07 jari 442                 ((LeafInfo)node.getUserObject()).setSelectedDataSource(false);
2 26 Feb 07 jari 443         }
2 26 Feb 07 jari 444     }
2 26 Feb 07 jari 445     
2 26 Feb 07 jari 446     /** Renders the <CODE>ResultTree</CODE>.
2 26 Feb 07 jari 447      */
2 26 Feb 07 jari 448     public class ResultTreeNodeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer {
2 26 Feb 07 jari 449         
2 26 Feb 07 jari 450         /** Default leaf icon to display
2 26 Feb 07 jari 451          */
2 26 Feb 07 jari 452         private Icon defaultLeafIcon;
2 26 Feb 07 jari 453         /** Icon for primary level results
2 26 Feb 07 jari 454          */
2 26 Feb 07 jari 455         private Icon primaryResultIcon = GUIFactory.getIcon("PrimaryResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 456         /** Expression Image Icon
2 26 Feb 07 jari 457          */
2 26 Feb 07 jari 458         private Icon expressionImageIcon = GUIFactory.getIcon("ExpressionImageResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 459         /** Centroid Graph Icon
2 26 Feb 07 jari 460          */
2 26 Feb 07 jari 461         private Icon centroidGraphIcon = GUIFactory.getIcon("CentroidResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 462         /** Expression Graph Icon
2 26 Feb 07 jari 463          */
2 26 Feb 07 jari 464         private Icon expressionGraphIcon = GUIFactory.getIcon("ExpressionGraphResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 465         /** HCL tree icon
2 26 Feb 07 jari 466          */
2 26 Feb 07 jari 467         private Icon hclIcon = GUIFactory.getIcon("HCLResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 468         /** Node Height Graph Icon
2 26 Feb 07 jari 469          */
2 26 Feb 07 jari 470         private Icon nodeHeightIcon = GUIFactory.getIcon("NodeHeightResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 471         /** SAM Graph Icon
2 26 Feb 07 jari 472          */
2 26 Feb 07 jari 473         private Icon samGraphIcon = GUIFactory.getIcon("SAMGraphResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 474         /** Volcano Plot Icon
2 26 Feb 07 jari 475          */
2 26 Feb 07 jari 476         private Icon volcanoIcon = GUIFactory.getIcon("VolcanoPlotResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 477         /** Network Icon
2 26 Feb 07 jari 478          */
2 26 Feb 07 jari 479         private Icon networkIcon = GUIFactory.getIcon("NetworkResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 480         /** SOM Display Icon
2 26 Feb 07 jari 481          */
2 26 Feb 07 jari 482         private Icon SOMColorIcon = GUIFactory.getIcon("SOMColorResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 483         /** SOM B/W Icon
2 26 Feb 07 jari 484          */
2 26 Feb 07 jari 485         private Icon SOMBWIcon = GUIFactory.getIcon("SOMBWResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 486         /** GDM Matrix Icon
2 26 Feb 07 jari 487          */
2 26 Feb 07 jari 488         private Icon gdmMatrixIcon = GUIFactory.getIcon("GDMMatrixResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 489         /** Cluster Info Icon
2 26 Feb 07 jari 490          */
2 26 Feb 07 jari 491         private Icon clusterInfoIcon = GUIFactory.getIcon("ClusterInformationResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 492         /** General Information Icon
2 26 Feb 07 jari 493          */
2 26 Feb 07 jari 494         private Icon generalInfoIcon = GUIFactory.getIcon("Information16.gif");
2 26 Feb 07 jari 495         /** Table Icon
2 26 Feb 07 jari 496          */
2 26 Feb 07 jari 497         private Icon tableIcon = GUIFactory.getIcon("TableViewerResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 498         /** PCA 3D icon
2 26 Feb 07 jari 499          */
2 26 Feb 07 jari 500         private Icon pca3DIcon = GUIFactory.getIcon("PCA3DResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 501         /** Terrain Icon
2 26 Feb 07 jari 502          */
2 26 Feb 07 jari 503         private Icon trn3DIcon = GUIFactory.getIcon("TerrainResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 504         
2 26 Feb 07 jari 505         /** MeV Root Icon
2 26 Feb 07 jari 506          */
2 26 Feb 07 jari 507         private Icon mevIcon = GUIFactory.getIcon("mev_mini_splash.gif");
2 26 Feb 07 jari 508         /** Main Expression View Icon
2 26 Feb 07 jari 509          */
2 26 Feb 07 jari 510         private Icon mainViewIcon = GUIFactory.getIcon("MainView.gif");
2 26 Feb 07 jari 511         /** Analysis Icon
2 26 Feb 07 jari 512          */
2 26 Feb 07 jari 513         private Icon analysisIcon = GUIFactory.getIcon("Analysis.gif");
2 26 Feb 07 jari 514         /** Cluster Manager Icon
2 26 Feb 07 jari 515          */
2 26 Feb 07 jari 516         private Icon clusterManagerIcon = GUIFactory.getIcon("ClusterManager.gif");
2 26 Feb 07 jari 517         /** History Icon
2 26 Feb 07 jari 518          */
2 26 Feb 07 jari 519         private Icon historyIcon = GUIFactory.getIcon("History.gif");
2 26 Feb 07 jari 520         
2 26 Feb 07 jari 521         /** String Terminal Icon
2 26 Feb 07 jari 522          */
2 26 Feb 07 jari 523         private Icon dotTerminalIcon = GUIFactory.getIcon("TerminalDot.gif");
2 26 Feb 07 jari 524         /**Script Manager Icon
2 26 Feb 07 jari 525          */
2 26 Feb 07 jari 526         private Icon scriptManagerIcon = GUIFactory.getIcon("ScriptManager.gif");
2 26 Feb 07 jari 527         /**
2 26 Feb 07 jari 528          * Script Object Viewer Icon
2 26 Feb 07 jari 529          */
2 26 Feb 07 jari 530         private Icon scriptIcon = GUIFactory.getIcon("ScriptIcon.gif");
2 26 Feb 07 jari 531         /**
2 26 Feb 07 jari 532          * Script Tree Viewer Icon
2 26 Feb 07 jari 533          */
2 26 Feb 07 jari 534         private Icon scriptTreeViewerIcon = GUIFactory.getIcon("ScriptTreeViewer.gif");
2 26 Feb 07 jari 535         /**
2 26 Feb 07 jari 536          * Script XML Viewer Icon
2 26 Feb 07 jari 537          */
2 26 Feb 07 jari 538         private Icon scriptXMLViewerIcon = GUIFactory.getIcon("ScriptXMLViewer.gif");
2 26 Feb 07 jari 539         /**
2 26 Feb 07 jari 540          * Search Icon         
2 26 Feb 07 jari 541          */
2 26 Feb 07 jari 542         private Icon searchIcon = GUIFactory.getIcon("search_16.gif");   
2 26 Feb 07 jari 543         /**
2 26 Feb 07 jari 544          * GO hierarchy viewer Icon         
2 26 Feb 07 jari 545          */
2 26 Feb 07 jari 546         private Icon goHierarchyViewerIcon = GUIFactory.getIcon("go_hierarchy_viewer.gif"); 
2 26 Feb 07 jari 547         /**
2 26 Feb 07 jari 548          * Data Selection Icon         
2 26 Feb 07 jari 549          */
2 26 Feb 07 jari 550         private Icon dataSelectionIcon = GUIFactory.getIcon("data_selection_icon.gif");         
2 26 Feb 07 jari 551         /**
2 26 Feb 07 jari 552          * Data Filter Icon
2 26 Feb 07 jari 553          */
2 26 Feb 07 jari 554         private Icon dataFilterIcon = GUIFactory.getIcon("DataFilterResult.gif");
2 26 Feb 07 jari 555         /**
2 26 Feb 07 jari 556          * LEM Result Node
2 26 Feb 07 jari 557          */
2 26 Feb 07 jari 558         private Icon lemViewerIcon = GUIFactory.getIcon("LEM_result.gif");   
2 26 Feb 07 jari 559         /**
2 26 Feb 07 jari 560          * CGH Chromosome Views Icon
2 26 Feb 07 jari 561          */
2 26 Feb 07 jari 562         private Icon chrViewIcon = GUIFactory.getIcon("cgh_chrom.gif");
2 26 Feb 07 jari 563         /**
2 26 Feb 07 jari 564          * CGH Experiment Views Icon
2 26 Feb 07 jari 565          */
2 26 Feb 07 jari 566         private Icon exprViewIcon = GUIFactory.getIcon("cgh_circular.gif");
2 26 Feb 07 jari 567         private Icon cirViewIcon = GUIFactory.getIcon("Chr_Circular.gif");
2 26 Feb 07 jari 568         /**
2 26 Feb 07 jari 569          * CGH Sex Chromosomes Icon
2 26 Feb 07 jari 570          */
2 26 Feb 07 jari 571         private Icon chrXYIcon = GUIFactory.getIcon("Chr_XY.gif");
2 26 Feb 07 jari 572         /**
2 26 Feb 07 jari 573          * CGH Autosomes Icon
2 26 Feb 07 jari 574          */
2 26 Feb 07 jari 575         private Icon chrIcon = GUIFactory.getIcon("Chr_Auto.gif");
2 26 Feb 07 jari 576         /**
2 26 Feb 07 jari 577          * CGH Amplification Deletion Icon
2 26 Feb 07 jari 578          */
2 26 Feb 07 jari 579         private Icon ampDelIcon = GUIFactory.getIcon("Cgh_Amp_Del.gif");       
2 26 Feb 07 jari 580         /** Parent node
2 26 Feb 07 jari 581          */
2 26 Feb 07 jari 582         private DefaultMutableTreeNode parent;
2 26 Feb 07 jari 583         /** Grandparent node
2 26 Feb 07 jari 584          */
2 26 Feb 07 jari 585         private DefaultMutableTreeNode  grandParent;
2 26 Feb 07 jari 586         
2 26 Feb 07 jari 587         /** node label
2 26 Feb 07 jari 588          */
2 26 Feb 07 jari 589         private JLabel label;
2 26 Feb 07 jari 590         
2 26 Feb 07 jari 591         /** Creats a new NodeRenderer.
2 26 Feb 07 jari 592          */
2 26 Feb 07 jari 593         public ResultTreeNodeRenderer(){
2 26 Feb 07 jari 594             super();
2 26 Feb 07 jari 595             
2 26 Feb 07 jari 596             this.setIcon(closedIcon);
2 26 Feb 07 jari 597             super.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 598             this.setIconTextGap(2);
2 26 Feb 07 jari 599         }
2 26 Feb 07 jari 600         
2 26 Feb 07 jari 601         
2 26 Feb 07 jari 602         /** Returns the component to display for a given
2 26 Feb 07 jari 603          * tree node.
2 26 Feb 07 jari 604          */
2 26 Feb 07 jari 605         public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
2 26 Feb 07 jari 606         boolean selected, boolean expanded, boolean isLeaf, int row, boolean hasFocus) {
2 26 Feb 07 jari 607             this.selected = selected;
2 26 Feb 07 jari 608             
2 26 Feb 07 jari 609             String text = "", parentText= "", grandParentText= "";
2 26 Feb 07 jari 610             Object userObj = ((DefaultMutableTreeNode)value).getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 611                         
2 26 Feb 07 jari 612             this.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(1,1,1,1));
2 26 Feb 07 jari 613             
2 26 Feb 07 jari 614             if(!isLeaf){
2 26 Feb 07 jari 615                 
2 26 Feb 07 jari 616                 //set the text
2 26 Feb 07 jari 617                 if(userObj instanceof String){
2 26 Feb 07 jari 618                     text = (String)userObj;
2 26 Feb 07 jari 619                     setText(text);
2 26 Feb 07 jari 620                 } else if(userObj instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 621                     text = ((LeafInfo)userObj).toString();
2 26 Feb 07 jari 622                     setText(text);        
2 26 Feb 07 jari 623                     if(((LeafInfo)userObj).isSelectedDataSource())       
2 26 Feb 07 jari 624                         setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.green, 2));
2 26 Feb 07 jari 625                 }
2 26 Feb 07 jari 626                 
2 26 Feb 07 jari 627                 //assign default icons
2 26 Feb 07 jari 628                 if(expanded){
2 26 Feb 07 jari 629                     setIcon(openIcon);
2 26 Feb 07 jari 630                 } else
2 26 Feb 07 jari 631                     setIcon(closedIcon);
2 26 Feb 07 jari 632                 
2 26 Feb 07 jari 633                 //check for special Icons
2 26 Feb 07 jari 634                 if(text.indexOf("Expression Image") != -1){
2 26 Feb 07 jari 635                     setIcon(expressionImageIcon);
2 26 Feb 07 jari 636                 } else if(text.indexOf("Centroid") != -1){
2 26 Feb 07 jari 637                     setIcon(centroidGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 638                 } else if(text.indexOf("Expression Graph") != -1){
2 26 Feb 07 jari 639                     setIcon(expressionGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 640                 } else if(text.equals("Analysis Results")){
2 26 Feb 07 jari 641                     setIcon(analysisIcon);
2 26 Feb 07 jari 642                 } else if(text.equals("Cluster Manager")){
2 26 Feb 07 jari 643                     setIcon(clusterManagerIcon);
2 26 Feb 07 jari 644                 } else if (text.equals("Script Manager")){
2 26 Feb 07 jari 645                     setIcon(scriptManagerIcon);
2 26 Feb 07 jari 646                 } else if(text.equals("History")){
2 26 Feb 07 jari 647                     setIcon(historyIcon);
2 26 Feb 07 jari 648                 } else if(text.equals("General Information")){
2 26 Feb 07 jari 649                     setIcon(generalInfoIcon);
2 26 Feb 07 jari 650                 } else if(text.indexOf('(') != -1 && ((DefaultMutableTreeNode)value).getParent() == root.getChildAt(2)){
2 26 Feb 07 jari 651                     setIcon(primaryResultIcon);
2 26 Feb 07 jari 652                 } else if(text.indexOf("F-Ratio") != -1 ||
2 26 Feb 07 jari 653                 text.indexOf("Statistic") != -1 || text.indexOf("Table") != -1){
2 26 Feb 07 jari 654                     setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 655                 } else if(text.equals("Cluster Information")){
2 26 Feb 07 jari 656                     setIcon(clusterInfoIcon);
2 26 Feb 07 jari 657                 } else if(text.equals("MultipleExperimentViewer")){
2 26 Feb 07 jari 658                     this.setText("");
2 26 Feb 07 jari 659                     this.setBorder(new EmptyBorder(3,2,3,0));
2 26 Feb 07 jari 660                     setIcon(mevIcon);
2 26 Feb 07 jari 661                 } else if(text.equals("Hierarchical Trees")){
2 26 Feb 07 jari 662                     setIcon(hclIcon);
2 26 Feb 07 jari 663                 } else if(text.equals("SOM Visualization")){
2 26 Feb 07 jari 664                     setIcon(SOMColorIcon);
2 26 Feb 07 jari 665                 } else if(text.indexOf("Network") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 666                     setIcon(networkIcon);
2 26 Feb 07 jari 667                 } else if(text.indexOf("Script (") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 668                     setIcon(scriptIcon);
2 26 Feb 07 jari 669                 } else if(text.equals("Search Result Shortcuts")) {
2 26 Feb 07 jari 670                     setIcon(searchIcon);                    
2 26 Feb 07 jari 671                 } else if(text.indexOf("Data Filter") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 672                         setIcon(dataFilterIcon);
2 26 Feb 07 jari 673                 } else if(text.equals("Main View")){
2 26 Feb 07 jari 674                     setIcon(mainViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 675                 } /* CGH Icons */ else if(text.equals("Chromosome Views")){
2 26 Feb 07 jari 676                     setIcon(chrViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 677                 } else if(text.equals("Chromosome 1") | text.equals("Chromosome 2") | text.equals("Chromosome 3")
2 26 Feb 07 jari 678                      |text.equals("Chromosome 4") | text.equals("Chromosome 5") | text.equals("Chromosome 6")
2 26 Feb 07 jari 679                      |text.equals("Chromosome 7") | text.equals("Chromosome 8") | text.equals("Chromosome 9")
2 26 Feb 07 jari 680                      |text.equals("Chromosome 10") | text.equals("Chromosome 11") | text.equals("Chromosome 12")
2 26 Feb 07 jari 681                      |text.equals("Chromosome 13") | text.equals("Chromosome 14") | text.equals("Chromosome 15")
2 26 Feb 07 jari 682                      |text.equals("Chromosome 16") | text.equals("Chromosome 17") | text.equals("Chromosome 18")
2 26 Feb 07 jari 683                      |text.equals("Chromosome 19") | text.equals("Chromosome 20") | text.equals("Chromosome 21")
2 26 Feb 07 jari 684                      |text.equals("Chromosome 22")){
2 26 Feb 07 jari 685                     setIcon(chrIcon);
2 26 Feb 07 jari 686                 } else if(text.equals("Chromosome X") | text.equals("Chromosome Y")){
2 26 Feb 07 jari 687                     setIcon(chrXYIcon);
2 26 Feb 07 jari 688                 } else if(text.equals("Experiment Views")){
2 26 Feb 07 jari 689                     setIcon(exprViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 690                 } else if(text.equals("Results")| text.equals("A and B") | text.equals("B Only") | text.equals("A Only")) {
2 26 Feb 07 jari 691                     setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 692                 } else if(text.indexOf("Amplifications") != -1 | text.indexOf("Deletions") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 693                     setIcon(ampDelIcon);
2 26 Feb 07 jari 694                 } /* CGH Icons */
2 26 Feb 07 jari 695                 
2 26 Feb 07 jari 696             } else {  //it's a leaf
2 26 Feb 07 jari 697                 setIcon(leafIcon);
2 26 Feb 07 jari 698                 if(userObj instanceof String){
2 26 Feb 07 jari 699                     text = ((String)userObj);
2 26 Feb 07 jari 700                     setText(text);
2 26 Feb 07 jari 701                     setIcon(dotTerminalIcon);
2 26 Feb 07 jari 702                 } else if(userObj instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 703                     text = ((LeafInfo)userObj).toString();
2 26 Feb 07 jari 704                     setText(text);
2 26 Feb 07 jari 705                     
2 26 Feb 07 jari 706                     if(((LeafInfo)userObj).isSelectedDataSource())       
2 26 Feb 07 jari 707                         setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.green, 2));                    
2 26 Feb 07 jari 708                     
2 26 Feb 07 jari 709                     parent = ((DefaultMutableTreeNode)((DefaultMutableTreeNode)value).getParent());
2 26 Feb 07 jari 710                     //get text
2 26 Feb 07 jari 711                     if(parent.getUserObject() instanceof String)
2 26 Feb 07 jari 712                         parentText = (String)(parent.getUserObject());
2 26 Feb 07 jari 713                     else if(parent.getUserObject() instanceof LeafInfo)
2 26 Feb 07 jari 714                         parentText = ((LeafInfo)(parent.getUserObject())).toString();
2 26 Feb 07 jari 715                     
2 26 Feb 07 jari 716                     grandParent = (DefaultMutableTreeNode)parent.getParent();
2 26 Feb 07 jari 717                     if(grandParent != null){
2 26 Feb 07 jari 718                         if(grandParent.getUserObject() instanceof String)
2 26 Feb 07 jari 719                             grandParentText = (String)(grandParent.getUserObject());
2 26 Feb 07 jari 720                         else if(grandParent.getUserObject() instanceof LeafInfo)
2 26 Feb 07 jari 721                             grandParentText = ((LeafInfo)(grandParent.getUserObject())).toString();
2 26 Feb 07 jari 722                     } else {
2 26 Feb 07 jari 723                         grandParentText = null;
2 26 Feb 07 jari 724                     }
2 26 Feb 07 jari 725                     
2 26 Feb 07 jari 726                     //assign icon
2 26 Feb 07 jari 727                     if(parentText.indexOf("Expression Image") != -1){
2 26 Feb 07 jari 728                         setIcon(expressionImageIcon);
2 26 Feb 07 jari 729                     } else if(parentText.indexOf("Centroid") != -1){
2 26 Feb 07 jari 730                         setIcon(centroidGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 731                     } else if(parentText.indexOf("Expression Graph") != -1){
2 26 Feb 07 jari 732                         setIcon(expressionGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 733                     } else if(parentText.indexOf("Cluster Manager") != -1){
2 26 Feb 07 jari 734                         setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 735                     } else if(parentText.indexOf("F-Ratio") != -1 ||
2 26 Feb 07 jari 736                     parentText.indexOf("Statistic") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 737                         setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 738                     } else if(parentText.equals("Cluster Information") || text.equals("Classification Information")){
2 26 Feb 07 jari 739                         setIcon(clusterInfoIcon);
2 26 Feb 07 jari 740                     } else if(text.equals("MultipleExperimentViewer")){
2 26 Feb 07 jari 741                         setIcon(openIcon);
2 26 Feb 07 jari 742                     } else if(text.equals("Main View")){
2 26 Feb 07 jari 743                         setIcon(mainViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 744                     } else if(text.equalsIgnoreCase("Analysis Results")){
2 26 Feb 07 jari 745                         setIcon(analysisIcon);
2 26 Feb 07 jari 746                     } else if(text.equalsIgnoreCase("Cluster Manager")){
2 26 Feb 07 jari 747                         setIcon(clusterManagerIcon);
2 26 Feb 07 jari 748                     } else if (text.equals("Script Manager")){
2 26 Feb 07 jari 749                         setIcon(scriptManagerIcon);
2 26 Feb 07 jari 750                     } else if(text.equalsIgnoreCase("History")){
2 26 Feb 07 jari 751                         setIcon(historyIcon);
2 26 Feb 07 jari 752                     } else if(text.indexOf("able") != -1){ //table viewer
2 26 Feb 07 jari 753                         setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 754                     } else if(parentText.indexOf("Hierarchical") != -1 || text.indexOf("Dendogram") != -1
2 26 Feb 07 jari 755                     || text.indexOf("HCL Tree") != -1 || text.indexOf("Support Tree") != -1){
2 26 Feb 07 jari 756                         setIcon(hclIcon);
2 26 Feb 07 jari 757                     } else if(text.equals("Expression Image")){
2 26 Feb 07 jari 758                         setIcon(expressionImageIcon);
2 26 Feb 07 jari 759                     } else if(text.equals("Expression Graph")){
2 26 Feb 07 jari 760                         setIcon(expressionGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 761                     } else if(text.equals("Centroid Graph")){
2 26 Feb 07 jari 762                         setIcon(centroidGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 763                     } else if(parentText.indexOf("Table") != -1 || text.indexOf("SVM") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 764                         setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 765                     } else if(text.indexOf("Height Plot") != -1 || text.indexOf("SOTA Diversity") != -1 || text.indexOf("Graph - FOM") != -1){
2 26 Feb 07 jari 766                         setIcon(nodeHeightIcon);
2 26 Feb 07 jari 767                     } else if(text.equals("Volcano Plot")){
2 26 Feb 07 jari 768                         setIcon(volcanoIcon);
2 26 Feb 07 jari 769                     } else if(text.equals("SAM Graph")){
2 26 Feb 07 jari 770                         setIcon(samGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 771                     } else if(text.indexOf("Network") != -1){
2 26 Feb 07 jari 772                         setIcon(networkIcon);
2 26 Feb 07 jari 773                     } else if(text.equals("Matrix View")){
2 26 Feb 07 jari 774                         setIcon(gdmMatrixIcon);
2 26 Feb 07 jari 775                     } else if(text.equals("U-Matrix Color")){
2 26 Feb 07 jari 776                         setIcon(SOMColorIcon);
2 26 Feb 07 jari 777                     } else if(text.equals("U-Matrix Distance")){
2 26 Feb 07 jari 778                         setIcon(SOMBWIcon);
2 26 Feb 07 jari 779                     } else if(text.equals("3D view")) {
2 26 Feb 07 jari 780                         setIcon(pca3DIcon);
2 26 Feb 07 jari 781                     } else if(text.equals("Map") && parentText.indexOf("Terrain") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 782                         setIcon(trn3DIcon);
2 26 Feb 07 jari 783                     } else if(text.indexOf("Script Tree") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 784                         setIcon(scriptTreeViewerIcon);
2 26 Feb 07 jari 785                     } else if(text.equals("Script XML Viewer")) {
2 26 Feb 07 jari 786                         setIcon(scriptXMLViewerIcon);
2 26 Feb 07 jari 787                     } else if(text.indexOf("GO") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 788                         setIcon(goHierarchyViewerIcon);
2 26 Feb 07 jari 789                     } else if(text.equals("Data Source Selection")) {
2 26 Feb 07 jari 790                         setIcon(dataSelectionIcon);
2 26 Feb 07 jari 791                     } else if(text.indexOf("LEM Viewer") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 792                       setIcon(lemViewerIcon);
2 26 Feb 07 jari 793                     } /* CGH Icons */else if (text.equals("Experiment Views")) {
2 26 Feb 07 jari 794                         setIcon(exprViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 795                     } else if(parentText.equals("Experiment Views")) {
2 26 Feb 07 jari 796                         setIcon(cirViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 797                     } else if (text.equals("Chromosome Views")) {
2 26 Feb 07 jari 798                         setIcon(chrViewIcon);
2 26 Feb 07 jari 799                     } else if(text.equals("Chromosome 1") | text.equals("Chromosome 2") | text.equals("Chromosome 3")
2 26 Feb 07 jari 800                        |text.equals("Chromosome 4") | text.equals("Chromosome 5") | text.equals("Chromosome 6")
2 26 Feb 07 jari 801                        |text.equals("Chromosome 7") | text.equals("Chromosome 8") | text.equals("Chromosome 9")
2 26 Feb 07 jari 802                        |text.equals("Chromosome 10") | text.equals("Chromosome 11") | text.equals("Chromosome 12")
2 26 Feb 07 jari 803                        |text.equals("Chromosome 13") | text.equals("Chromosome 14") | text.equals("Chromosome 15")
2 26 Feb 07 jari 804                        |text.equals("Chromosome 16") | text.equals("Chromosome 17") | text.equals("Chromosome 18")
2 26 Feb 07 jari 805                        |text.equals("Chromosome 19") | text.equals("Chromosome 20") | text.equals("Chromosome 21")
2 26 Feb 07 jari 806                        |text.equals("Chromosome 22") ){
2 26 Feb 07 jari 807                       setIcon(chrIcon);
2 26 Feb 07 jari 808                     } else if(text.equals("Chromosome X") | text.equals("Chromosome Y")){
2 26 Feb 07 jari 809                         setIcon(chrXYIcon);
2 26 Feb 07 jari 810                     } else if(text.equals("Results") | text.equals("A and B") | text.equals("B Only") | text.equals("A Only")) {
2 26 Feb 07 jari 811                         setIcon(tableIcon);
2 26 Feb 07 jari 812                     } else if(text.indexOf("Amplifications") != -1 | text.indexOf("Deletions") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 813                         setIcon(ampDelIcon);
2 26 Feb 07 jari 814                     } /* CGH Icons */
2 26 Feb 07 jari 815                     //add new icons here for leaf icons
2 26 Feb 07 jari 816                     
2 26 Feb 07 jari 817                     
2 26 Feb 07 jari 818                     else if(grandParentText != null){
2 26 Feb 07 jari 819                         if(grandParentText.indexOf("Expression Image") != -1){
2 26 Feb 07 jari 820                             setIcon(expressionImageIcon);
2 26 Feb 07 jari 821                         } else if(grandParentText.indexOf("Centroid") != -1){
2 26 Feb 07 jari 822                             setIcon(centroidGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 823                         } else if(grandParentText.indexOf("Expression Graph") != -1){
2 26 Feb 07 jari 824                             setIcon(expressionGraphIcon);
2 26 Feb 07 jari 825                         }
2 26 Feb 07 jari 826                     }
2 26 Feb 07 jari 827                 }
2 26 Feb 07 jari 828             }
2 26 Feb 07 jari 829             
2 26 Feb 07 jari 830             if(selected){
2 26 Feb 07 jari 831                 setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 832             } else {
2 26 Feb 07 jari 833                 setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 834             }
2 26 Feb 07 jari 835             
2 26 Feb 07 jari 836             return this;
2 26 Feb 07 jari 837         }
2 26 Feb 07 jari 838         
2 26 Feb 07 jari 839         /** Repaints the component.
2 26 Feb 07 jari 840          * @param g Graphics Object
2 26 Feb 07 jari 841          */
2 26 Feb 07 jari 842         public void paint(Graphics g){
2 26 Feb 07 jari 843             
2 26 Feb 07 jari 844             if(g == null)
2 26 Feb 07 jari 845                 return;
2 26 Feb 07 jari 846             
2 26 Feb 07 jari 847             Color c;
2 26 Feb 07 jari 848             if (this.selected)
2 26 Feb 07 jari 849                 c = this.getBackgroundSelectionColor();
2 26 Feb 07 jari 850             else
2 26 Feb 07 jari 851                 c = this.getBackgroundNonSelectionColor();
2 26 Feb 07 jari 852             
2 26 Feb 07 jari 853             g.setColor(c);
2 26 Feb 07 jari 854             
2 26 Feb 07 jari 855             int width = this.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 856             
2 26 Feb 07 jari 857             if(this.getIcon() != null)
2 26 Feb 07 jari 858                 width -= this.getIcon().getIconWidth();
2 26 Feb 07 jari 859             
2 26 Feb 07 jari 860             g.fillRect((this.getWidth() - width)+1, 0, width+1, this.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 861             
2 26 Feb 07 jari 862             super.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 863             super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 864         }
2 26 Feb 07 jari 865         
2 26 Feb 07 jari 866         
2 26 Feb 07 jari 867         
2 26 Feb 07 jari 868     }
2 26 Feb 07 jari 869     
2 26 Feb 07 jari 870 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)