mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/SearchResultDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SearchResultDialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:41 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  * SearchResultDialog.java
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * Created on September 8, 2004, 3:56 PM
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.JList;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.JTable;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JTree;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.swing.tree.TreeNode;
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59 /**
2 26 Feb 07 jari 60  *
2 26 Feb 07 jari 61  * @author  braisted
2 26 Feb 07 jari 62  */
2 26 Feb 07 jari 63 public class SearchResultDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     private int result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 68     private JTree nodeTree;
2 26 Feb 07 jari 69     private JList expViewNodeList;
2 26 Feb 07 jari 70     private JList tableViewNodeList;
2 26 Feb 07 jari 71     private Hashtable expViewHash;
2 26 Feb 07 jari 72     private Hashtable tableViewHash;
2 26 Feb 07 jari 73     private int [] indices;
2 26 Feb 07 jari 74     private boolean geneResult;
2 26 Feb 07 jari 75     private ResultTable resultTable;
2 26 Feb 07 jari 76     private boolean noViewers = false;
2 26 Feb 07 jari 77     private AlgorithmData searchCriteria;
2 26 Feb 07 jari 78     private String [] inputIds;
2 26 Feb 07 jari 79     private boolean isListImportResult = false;
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /** Creates a new instance of SearchResultDialog */
2 26 Feb 07 jari 82     public SearchResultDialog(IFramework framework, AlgorithmData searchCriteria, JTree resultTree, Hashtable expViewNodeHash, Hashtable tableViewNodeHash, int [] indices) {
2 26 Feb 07 jari 83         super(framework.getFrame(), "Search Result", false);
2 26 Feb 07 jari 84         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 85         nodeTree = resultTree;
2 26 Feb 07 jari 86         this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 87         this.searchCriteria = searchCriteria;
2 26 Feb 07 jari 88         this.geneResult = searchCriteria.getParams().getBoolean("gene-search");
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         TreeListener listener = new TreeListener();
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         nodeTree.addTreeSelectionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         this.expViewHash = expViewNodeHash;
2 26 Feb 07 jari 95         this.tableViewHash = tableViewNodeHash;
2 26 Feb 07 jari 96         
2 26 Feb 07 jari 97         if(resultTree.getModel().getRoot() == null || ((TreeNode)resultTree.getModel().getRoot()).getChildCount() < 1)
2 26 Feb 07 jari 98             initElementOnlyResult();
2 26 Feb 07 jari 99         else {
2 26 Feb 07 jari 100             initFullResult();
2 26 Feb 07 jari 101             
2 26 Feb 07 jari 102             expViewNodeList.addListSelectionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 103             tableViewNodeList.addListSelectionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 104         }
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         //use setListData to update
2 26 Feb 07 jari 107         
2 26 Feb 07 jari 108         okButton.setText("Close");
2 26 Feb 07 jari 109         okButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 110             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 111                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 112                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 113             }
2 26 Feb 07 jari 114         });
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         infoButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 117             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 118                 HelpWindow hw = new HelpWindow(SearchResultDialog.this, "Search Result Dialog");
2 26 Feb 07 jari 119                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 120                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 121                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 122                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 123                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 124                     return;
2 26 Feb 07 jari 125                 }
2 26 Feb 07 jari 126                 else {
2 26 Feb 07 jari 127                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 128                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 129                     return;
2 26 Feb 07 jari 130                 }
2 26 Feb 07 jari 131             }
2 26 Feb 07 jari 132         });
2 26 Feb 07 jari 133         resetButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 134         cancelButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 135         pack();
2 26 Feb 07 jari 136         setSize(550, 500);
2 26 Feb 07 jari 137     }
2 26 Feb 07 jari 138     
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     /** Creates a new instance of SearchResultDialog */
2 26 Feb 07 jari 141     public SearchResultDialog(IFramework framework, AlgorithmData searchCriteria, int [] indices) {
2 26 Feb 07 jari 142         super(framework.getFrame(), "Search Result", false);
2 26 Feb 07 jari 143         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 146         this.geneResult = searchCriteria.getParams().getBoolean("gene-search");
2 26 Feb 07 jari 147         
2 26 Feb 07 jari 148         this.noViewers = true;
2 26 Feb 07 jari 149         
2 26 Feb 07 jari 150         initElementOnlyResult();
2 26 Feb 07 jari 151         
2 26 Feb 07 jari 152         this.expViewHash = null;
2 26 Feb 07 jari 153         this.tableViewHash = null;
2 26 Feb 07 jari 154         
2 26 Feb 07 jari 155         okButton.setText("Close");
2 26 Feb 07 jari 156         okButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 157             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 158                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 159                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 160             }
2 26 Feb 07 jari 161         });
2 26 Feb 07 jari 162         
2 26 Feb 07 jari 163         infoButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 164             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 165                 HelpWindow hw = new HelpWindow(SearchResultDialog.this, "Search Result Dialog");
2 26 Feb 07 jari 166                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 167                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 168                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 169                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 170                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 171                     return;
2 26 Feb 07 jari 172                 }
2 26 Feb 07 jari 173                 else {
2 26 Feb 07 jari 174                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 175                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 176                     return;
2 26 Feb 07 jari 177                 }
2 26 Feb 07 jari 178             }
2 26 Feb 07 jari 179         });
2 26 Feb 07 jari 180         
2 26 Feb 07 jari 181         resetButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 182         cancelButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 183         pack();
2 26 Feb 07 jari 184         setSize(550, 400);
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     
2 26 Feb 07 jari 189     /** Creates a new SearchResultDialog for list input results
2 26 Feb 07 jari 190      */
2 26 Feb 07 jari 191     public SearchResultDialog(IFramework framework, int [] indices, String [] idList, boolean [] foundTerms, boolean geneResult) {
2 26 Feb 07 jari 192         super(framework.getFrame(), "Import Results", true);
2 26 Feb 07 jari 193         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 194         this.isListImportResult = true;
2 26 Feb 07 jari 195         this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 196         this.inputIds = idList;
2 26 Feb 07 jari 197         
2 26 Feb 07 jari 198         this.geneResult = geneResult;
2 26 Feb 07 jari 199         
2 26 Feb 07 jari 200         this.noViewers = true;
2 26 Feb 07 jari 201         
2 26 Feb 07 jari 202         initListImportResult(idList, foundTerms);
2 26 Feb 07 jari 203         
2 26 Feb 07 jari 204         this.expViewHash = null;
2 26 Feb 07 jari 205         this.tableViewHash = null;
2 26 Feb 07 jari 206         
2 26 Feb 07 jari 207         //modify buttons
2 26 Feb 07 jari 208         resetButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 209         okButton.setText("Store Cluster");
2 26 Feb 07 jari 210         okButton.setSize(100,30);
2 26 Feb 07 jari 211         okButton.setPreferredSize(new Dimension(100,30));
2 26 Feb 07 jari 212         
2 26 Feb 07 jari 213         okButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 214             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 215                 result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 216                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 217             }
2 26 Feb 07 jari 218         });
2 26 Feb 07 jari 219         
2 26 Feb 07 jari 220         cancelButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 221             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 222                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 223                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 224             }
2 26 Feb 07 jari 225         });
2 26 Feb 07 jari 226         
2 26 Feb 07 jari 227         
2 26 Feb 07 jari 228         
2 26 Feb 07 jari 229         infoButton.addActionListener( new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 230             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 231                 HelpWindow hw = new HelpWindow(SearchResultDialog.this, "Import Result Dialog");
2 26 Feb 07 jari 232                 hw.setTitle("Identifier List Import Result");
2 26 Feb 07 jari 233                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 234                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 235                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 236                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 237                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 238                     return;
2 26 Feb 07 jari 239                 }
2 26 Feb 07 jari 240                 else {
2 26 Feb 07 jari 241                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 242                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 243                     return;
2 26 Feb 07 jari 244                 }
2 26 Feb 07 jari 245             }
2 26 Feb 07 jari 246         });
2 26 Feb 07 jari 247         
2 26 Feb 07 jari 248         super.validate();
2 26 Feb 07 jari 249         
2 26 Feb 07 jari 250         pack();
2 26 Feb 07 jari 251         setSize(550, 500);
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     
2 26 Feb 07 jari 255     private void initFullResult() {
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         expViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 258         tableViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 259         
2 26 Feb 07 jari 260         JScrollPane treePane = new JScrollPane(nodeTree);
2 26 Feb 07 jari 261         JScrollPane expViewPane = new JScrollPane(expViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 262         JScrollPane tableViewPane = new JScrollPane(tableViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 263         
2 26 Feb 07 jari 264         JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 265         mainPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 266         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 267         //border?
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         //  ParameterPanel primaryPanel = new ParameterPanel("Result Nodes");
2 26 Feb 07 jari 270         JPanel primaryPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 271         primaryPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 272         primaryPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 273         primaryPanel.add(treePane, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 274         
2 26 Feb 07 jari 275         ParameterPanel expViewPanel = new ParameterPanel("Expression Viewers");
2 26 Feb 07 jari 276         expViewPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 277         expViewPanel.add(expViewPane, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         ParameterPanel tableViewPanel = new ParameterPanel("Table Viewers");
2 26 Feb 07 jari 280         tableViewPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 281         tableViewPanel.add(tableViewPane, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 282         
2 26 Feb 07 jari 283         if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 284             resultTable = new ResultTable("Genes Found", framework.getData(), indices, geneResult, false);
2 26 Feb 07 jari 285         else
2 26 Feb 07 jari 286             resultTable = new ResultTable("Samples Found", framework.getData(), indices, geneResult, false);
2 26 Feb 07 jari 287         
2 26 Feb 07 jari 288         ParameterPanel shortCutPanel = new ParameterPanel("Viewer Shortcuts");
2 26 Feb 07 jari 289         shortCutPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 290         
2 26 Feb 07 jari 291         shortCutPanel.add(primaryPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,2,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 292         shortCutPanel.add(expViewPanel, new GridBagConstraints(1,0,1,1,1.0,0.5, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 293         shortCutPanel.add(tableViewPanel, new GridBagConstraints(1,1,1,1,1.0,0.5, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 294         
2 26 Feb 07 jari 295         
2 26 Feb 07 jari 296         mainPanel.add(resultTable, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 297         
2 26 Feb 07 jari 298         mainPanel.add(shortCutPanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 299         
2 26 Feb 07 jari 300         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 301     }
2 26 Feb 07 jari 302     
2 26 Feb 07 jari 303     /**
2 26 Feb 07 jari 304      * Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 305      */
2 26 Feb 07 jari 306     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 307         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 308         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 309         show();
2 26 Feb 07 jari 310         return result;
2 26 Feb 07 jari 311     }
2 26 Feb 07 jari 312     
2 26 Feb 07 jari 313     
2 26 Feb 07 jari 314     private void initListImportResult(String [] inputIDs, boolean [] foundIDs) {
2 26 Feb 07 jari 315         expViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 316         tableViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 317         
2 26 Feb 07 jari 318         JScrollPane treePane = new JScrollPane(nodeTree);
2 26 Feb 07 jari 319         JScrollPane expViewPane = new JScrollPane(expViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 320         JScrollPane tableViewPane = new JScrollPane(tableViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 321         
2 26 Feb 07 jari 322         JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 323         mainPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 324         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 325         
2 26 Feb 07 jari 326         Vector found = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 327         Vector lost = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 328         
2 26 Feb 07 jari 329         for(int i = 0; i < foundIDs.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 330             if(foundIDs[i])
2 26 Feb 07 jari 331                 found.addElement(inputIDs[i]);
2 26 Feb 07 jari 332             else
2 26 Feb 07 jari 333                 lost.addElement(inputIDs[i]);
2 26 Feb 07 jari 334         }
2 26 Feb 07 jari 335         
2 26 Feb 07 jari 336         String resultDescription = "<html><center>"+String.valueOf(found.size())+" of "+String.valueOf(inputIDs.length)+" input IDs were matched.<br>"+
2 26 Feb 07 jari 337             String.valueOf("(List length = "+indices.length+")</center><html>");
2 26 Feb 07 jari 338
2 26 Feb 07 jari 339         if(geneResult) {
2 26 Feb 07 jari 340             resultTable = new ResultTable("Genes Matched", framework.getData(), indices, geneResult, true);
2 26 Feb 07 jari 341             resultTable.setResultText(resultDescription);      
2 26 Feb 07 jari 342         } else {
2 26 Feb 07 jari 343             resultTable = new ResultTable("Samples Matched", framework.getData(), indices, geneResult, true);
2 26 Feb 07 jari 344             resultTable.setResultText(resultDescription);
2 26 Feb 07 jari 345         }
2 26 Feb 07 jari 346
2 26 Feb 07 jari 347         //construct the found and not found lists
2 26 Feb 07 jari 348         ParameterPanel lostAndFoundPanel = new ParameterPanel("Matching Results");
2 26 Feb 07 jari 349         lostAndFoundPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 350                 
2 26 Feb 07 jari 351         JLabel foundLabel = new JLabel("IDs Found ("+found.size()+" of "+inputIDs.length+")");
2 26 Feb 07 jari 352         JScrollPane foundPane = new JScrollPane(new JList(found));
2 26 Feb 07 jari 353         
2 26 Feb 07 jari 354         JLabel lostLabel = new JLabel("IDs Not Found ("+lost.size()+" of "+inputIDs.length+")");
2 26 Feb 07 jari 355         JScrollPane lostPane = new JScrollPane(new JList(lost));
2 26 Feb 07 jari 356         
2 26 Feb 07 jari 357         lostAndFoundPanel.add(foundLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,.5, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,5,0,15), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 358         lostAndFoundPanel.add(lostLabel, new GridBagConstraints(1,0,1,1,1,.5, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,15,0,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 359         lostAndFoundPanel.add(foundPane, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,5,0,15), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 360         lostAndFoundPanel.add(lostPane, new GridBagConstraints(1,1,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,15,0,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 361                 
2 26 Feb 07 jari 362         mainPanel.add(resultTable, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 363         mainPanel.add(lostAndFoundPanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,0.5, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 364         
2 26 Feb 07 jari 365         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 366     }
2 26 Feb 07 jari 367     
2 26 Feb 07 jari 368     private void initElementOnlyResult() {
2 26 Feb 07 jari 369         expViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 370         tableViewNodeList = new JList(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 371         
2 26 Feb 07 jari 372         JScrollPane treePane = new JScrollPane(nodeTree);
2 26 Feb 07 jari 373         JScrollPane expViewPane = new JScrollPane(expViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 374         JScrollPane tableViewPane = new JScrollPane(tableViewNodeList);
2 26 Feb 07 jari 375         
2 26 Feb 07 jari 376         JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 377         mainPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 378         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 379         //border?
2 26 Feb 07 jari 380         
2 26 Feb 07 jari 381         ParameterPanel emptyViewerPanel = new ParameterPanel("Viewers");
2 26 Feb 07 jari 382         emptyViewerPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 383         
2 26 Feb 07 jari 384         JLabel label;
2 26 Feb 07 jari 385         
2 26 Feb 07 jari 386         if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 387             label = new JLabel("<html><body><center>No expression or table viewers were found<br>containing the matching genes.</center></body></html>");
2 26 Feb 07 jari 388         else
2 26 Feb 07 jari 389             label = new JLabel("<html><body><center>No expression or table viewers were found<br>containing the matching samples.</center></body></html>");
2 26 Feb 07 jari 390         
2 26 Feb 07 jari 391         label.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 392         label.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 393         emptyViewerPanel.add(label, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 394         
2 26 Feb 07 jari 395         if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 396             resultTable = new ResultTable("Genes Found", framework.getData(), indices, geneResult, false);
2 26 Feb 07 jari 397         else
2 26 Feb 07 jari 398             resultTable = new ResultTable("Samples Found", framework.getData(), indices, geneResult, false);
2 26 Feb 07 jari 399         
2 26 Feb 07 jari 400         mainPanel.add(resultTable, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 401         mainPanel.add(emptyViewerPanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,0.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 402         
2 26 Feb 07 jari 403         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 404     }
2 26 Feb 07 jari 405     
2 26 Feb 07 jari 406     public static void main(String [] args) {
2 26 Feb 07 jari 407         JFrame frame = new JFrame();
2 26 Feb 07 jari 408         frame.setSize(400,400);
2 26 Feb 07 jari 409         frame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 410         
2 26 Feb 07 jari 411         DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode("Analysis Results");
2 26 Feb 07 jari 412         DefaultMutableTreeNode a1 = new DefaultMutableTreeNode("KMC - genes(1)");
2 26 Feb 07 jari 413         DefaultMutableTreeNode a2 = new DefaultMutableTreeNode("SOM - genes(2)");
2 26 Feb 07 jari 414         root.add(a1);
2 26 Feb 07 jari 415         root.add(a2);
2 26 Feb 07 jari 416         
2 26 Feb 07 jari 417         DefaultMutableTreeNode c1 = new DefaultMutableTreeNode("Cluster 2");
2 26 Feb 07 jari 418         DefaultMutableTreeNode c2 = new DefaultMutableTreeNode("Cluster 8");
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         Vector expVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 421         expVector.add(c1);
2 26 Feb 07 jari 422         expVector.add(c2);
2 26 Feb 07 jari 423         
2 26 Feb 07 jari 424         Hashtable expTable = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 425         expTable.put(a1, expVector);
2 26 Feb 07 jari 426         expTable.put(a2, expVector);
2 26 Feb 07 jari 427         
2 26 Feb 07 jari 428         Hashtable tabTable = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 429         tabTable.put(a1, expVector);
2 26 Feb 07 jari 430         tabTable.put(a2, expVector);
2 26 Feb 07 jari 431         
2 26 Feb 07 jari 432         
2 26 Feb 07 jari 433         ResultTree tree = new ResultTree(root);
2 26 Feb 07 jari 434         
2 26 Feb 07 jari 435         // SearchResultDialog d = new SearchResultDialog(frame, new AlgorithmData(), tree, expTable, tabTable);
2 26 Feb 07 jari 436         //d.showModal();
2 26 Feb 07 jari 437     }
2 26 Feb 07 jari 438     
2 26 Feb 07 jari 439     private void updateLists(DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 440         
2 26 Feb 07 jari 441         Vector v1 = ((Vector)expViewHash.get(node));
2 26 Feb 07 jari 442         if(v1 == null)
2 26 Feb 07 jari 443             v1= new Vector();
2 26 Feb 07 jari 444         
2 26 Feb 07 jari 445         expViewNodeList.setListData(v1);
2 26 Feb 07 jari 446         
2 26 Feb 07 jari 447         Vector v2 = ((Vector)tableViewHash.get(node));
2 26 Feb 07 jari 448         if(v2 ==null)
2 26 Feb 07 jari 449             v2 = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 450         tableViewNodeList.setListData(v2);
2 26 Feb 07 jari 451     }
2 26 Feb 07 jari 452     
2 26 Feb 07 jari 453     private void updateViewerResults(int [] ind) {
2 26 Feb 07 jari 454         if(ind.length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 455             JOptionPane.showMessageDialog(this, "No element indices are selected in the table as a basis for viewer update.", "Empty Element List", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 456             return;
2 26 Feb 07 jari 457         } else if(ind.length == this.indices.length) {
2 26 Feb 07 jari 458             repaint();
2 26 Feb 07 jari 459             return;
2 26 Feb 07 jari 460         }
2 26 Feb 07 jari 461         
2 26 Feb 07 jari 462         ResultTree resultTree = framework.getResultTree();
2 26 Feb 07 jari 463         Vector result =  resultTree.findViewerCollection(ind, this.geneResult);
2 26 Feb 07 jari 464         
2 26 Feb 07 jari 465         if(result != null) {
2 26 Feb 07 jari 466             
2 26 Feb 07 jari 467             Vector primaryNodes = (Vector)(result.elementAt(0));
2 26 Feb 07 jari 468             Hashtable eViewHash = (Hashtable)(result.elementAt(1));
2 26 Feb 07 jari 469             Hashtable tViewHash = (Hashtable)(result.elementAt(2));
2 26 Feb 07 jari 470             
2 26 Feb 07 jari 471             DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode("Analysis Results");
2 26 Feb 07 jari 472             for(int i = 0; i < primaryNodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 473                 root.add((DefaultMutableTreeNode)(primaryNodes.elementAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 474             }
2 26 Feb 07 jari 475             
2 26 Feb 07 jari 476             JTree tree = new JTree(root);
2 26 Feb 07 jari 477             
2 26 Feb 07 jari 478             SearchResultDialog resultDialog = new SearchResultDialog(this.framework, searchCriteria, tree, eViewHash, tViewHash, ind);
2 26 Feb 07 jari 479             resultDialog.showModal();            
2 26 Feb 07 jari 480         }
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482     }
2 26 Feb 07 jari 483     
2 26 Feb 07 jari 484     
2 26 Feb 07 jari 485     private void storeCluster() {
2 26 Feb 07 jari 486         if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 487             framework.storeOperationCluster("Search Result", "Selected Genes", this.resultTable.getSelectedIndices(), geneResult);
2 26 Feb 07 jari 488         else
2 26 Feb 07 jari 489             framework.storeOperationCluster("Search Result", "Selected Samples", this.resultTable.getSelectedIndices(), geneResult);
2 26 Feb 07 jari 490         
2 26 Feb 07 jari 491         repaint();
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493     
2 26 Feb 07 jari 494     
2 26 Feb 07 jari 495     public int [] getSelectedIndices() {
2 26 Feb 07 jari 496         return resultTable.getSelectedIndices();
2 26 Feb 07 jari 497     }
2 26 Feb 07 jari 498     
2 26 Feb 07 jari 499     
2 26 Feb 07 jari 500     private class TreeListener implements TreeSelectionListener, ListSelectionListener {
2 26 Feb 07 jari 501         
2 26 Feb 07 jari 502         public void valueChanged(TreeSelectionEvent treeSelectionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 503             
2 26 Feb 07 jari 504             DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)nodeTree.getLastSelectedPathComponent();
2 26 Feb 07 jari 505             if(node == null)
2 26 Feb 07 jari 506                 return;
2 26 Feb 07 jari 507             
2 26 Feb 07 jari 508             updateLists(node);
2 26 Feb 07 jari 509         }
2 26 Feb 07 jari 510         
2 26 Feb 07 jari 511         public void valueChanged(ListSelectionEvent lse) {
2 26 Feb 07 jari 512             JList list = (JList)lse.getSource();
2 26 Feb 07 jari 513             if(list == expViewNodeList)
2 26 Feb 07 jari 514                 tableViewNodeList.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 515             else
2 26 Feb 07 jari 516                 expViewNodeList.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 517             
2 26 Feb 07 jari 518             DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)(list.getSelectedValue());
2 26 Feb 07 jari 519             if(node != null && framework != null)
2 26 Feb 07 jari 520                 framework.setTreeNode(node);
2 26 Feb 07 jari 521         }
2 26 Feb 07 jari 522         
2 26 Feb 07 jari 523     }
2 26 Feb 07 jari 524     
2 26 Feb 07 jari 525     
2 26 Feb 07 jari 526     
2 26 Feb 07 jari 527     private class ResultTable extends ParameterPanel {
2 26 Feb 07 jari 528         
2 26 Feb 07 jari 529         private JTable table;
2 26 Feb 07 jari 530         private ResultDataModel model;
2 26 Feb 07 jari 531         private JLabel elementLabel;
2 26 Feb 07 jari 532         private JButton updateViewerListsButton;
2 26 Feb 07 jari 533         private JButton saveClusterButton;
2 26 Feb 07 jari 534         
2 26 Feb 07 jari 535         public ResultTable(String title, IData data, int [] indices, boolean geneResult, boolean listImportResult) {
2 26 Feb 07 jari 536             super(title);
2 26 Feb 07 jari 537             setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 538             
2 26 Feb 07 jari 539             String [] headerNames;
2 26 Feb 07 jari 540             String [] fields;
2 26 Feb 07 jari 541             if(geneResult) {
2 26 Feb 07 jari 542                 fields = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 543                 headerNames = new String[fields.length+3];
2 26 Feb 07 jari 544                 headerNames[0] = "Selected";
2 26 Feb 07 jari 545                 headerNames[1] = "File Index";
2 26 Feb 07 jari 546                 headerNames[2] = "Color";
2 26 Feb 07 jari 547                 for(int i = 0; i < fields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 548                     headerNames[i+3] = fields[i];
2 26 Feb 07 jari 549                 }
2 26 Feb 07 jari 550             } else {
2 26 Feb 07 jari 551                 Vector slideKeys = getSlideNameKeyVectorUnion(data);
2 26 Feb 07 jari 552                 headerNames = new String[slideKeys.size()+3];
2 26 Feb 07 jari 553                 headerNames[0] = "Selected";
2 26 Feb 07 jari 554                 headerNames[1] = "File Index";
2 26 Feb 07 jari 555                 headerNames[2] = "Color";
2 26 Feb 07 jari 556                 for(int i = 0; i < slideKeys.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 557                     headerNames[i+3] = (String)(slideKeys.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 558                 }
2 26 Feb 07 jari 559             }
2 26 Feb 07 jari 560             
2 26 Feb 07 jari 561             model = new ResultDataModel(data, indices, headerNames, geneResult);
2 26 Feb 07 jari 562             table = new JTable(model);
2 26 Feb 07 jari 563             table.setCellSelectionEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 564             table.getColumn("Color").setCellRenderer(new SearchTableCellRenderer());
2 26 Feb 07 jari 565             
2 26 Feb 07 jari 566             JScrollPane pane = new JScrollPane(table);
2 26 Feb 07 jari 567             pane.setColumnHeaderView(table.getTableHeader());
2 26 Feb 07 jari 568             
2 26 Feb 07 jari 569             if(!listImportResult) {
2 26 Feb 07 jari 570                 if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 571                     elementLabel = new JLabel("Number of genes matching the search: "+indices.length);
2 26 Feb 07 jari 572                 else
2 26 Feb 07 jari 573                     elementLabel = new JLabel("Number of samples matching the search: "+indices.length);
2 26 Feb 07 jari 574             } else {
2 26 Feb 07 jari 575                 if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 576                     elementLabel = new JLabel("<html>Number of genes matching the "+inputIds.length+" input ids : "+indices.length+"<br>(Note that replicates for an id may exist)</html>");
2 26 Feb 07 jari 577                 else
2 26 Feb 07 jari 578                     elementLabel = new JLabel("<html>Number of samples matching the "+inputIds.length+" input ids : "+indices.length);
2 26 Feb 07 jari 579             }
2 26 Feb 07 jari 580             elementLabel.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
2 26 Feb 07 jari 581             elementLabel.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 582             elementLabel.setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 583             elementLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 584             
2 26 Feb 07 jari 585             //buttons to clear, select all, and modify viewer results on subset selected.
2 26 Feb 07 jari 586             ButtonListener listener = new ButtonListener();
2 26 Feb 07 jari 587             
2 26 Feb 07 jari 588             JButton clearButton = new JButton("Clear");
2 26 Feb 07 jari 589             clearButton.setActionCommand("clear-all-command");
2 26 Feb 07 jari 590             clearButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 591             clearButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 592             clearButton.setPreferredSize(new Dimension(80, 30));
2 26 Feb 07 jari 593             clearButton.setSize(80,30);
2 26 Feb 07 jari 594             
2 26 Feb 07 jari 595             JButton selectAllButton = new JButton("Select All");
2 26 Feb 07 jari 596             selectAllButton.setActionCommand("select-all-command");
2 26 Feb 07 jari 597             selectAllButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 598             selectAllButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 599             selectAllButton.setPreferredSize(new Dimension(80, 30));
2 26 Feb 07 jari 600             selectAllButton.setSize(80,30);
2 26 Feb 07 jari 601             
2 26 Feb 07 jari 602             if(!listImportResult) {
2 26 Feb 07 jari 603                 saveClusterButton = new JButton("Store Cluster");
2 26 Feb 07 jari 604                 saveClusterButton.setActionCommand("store-cluster-command");
2 26 Feb 07 jari 605                 saveClusterButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 606                 saveClusterButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 607                 saveClusterButton.setPreferredSize(new Dimension(100, 30));
2 26 Feb 07 jari 608                 saveClusterButton.setSize(100,30);
2 26 Feb 07 jari 609                 
2 26 Feb 07 jari 610                 updateViewerListsButton = new JButton("Update Shortcuts");
2 26 Feb 07 jari 611                 updateViewerListsButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 612                 updateViewerListsButton.setActionCommand("update-viewer-lists-command");
2 26 Feb 07 jari 613                 updateViewerListsButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 614                 updateViewerListsButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 615                 updateViewerListsButton.setPreferredSize(new Dimension(100, 30));
2 26 Feb 07 jari 616                 updateViewerListsButton.setSize(100,30);
2 26 Feb 07 jari 617             }
2 26 Feb 07 jari 618             
2 26 Feb 07 jari 619             JPanel buttonPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 620             buttonPanel.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 621             
2 26 Feb 07 jari 622             if(!listImportResult) {
2 26 Feb 07 jari 623                 buttonPanel.add(selectAllButton, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0.5,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,5,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 624                 buttonPanel.add(clearButton, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0.5,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,5,0,0), 0,0));                
2 26 Feb 07 jari 625                 buttonPanel.add(saveClusterButton, new GridBagConstraints(2,0,1,1,0.5,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,20,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 626                 buttonPanel.add(updateViewerListsButton, new GridBagConstraints(3,0,1,1,1.0,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,30,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 627                 
2 26 Feb 07 jari 628                 add(elementLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,0.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,5,5,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 629                 add(pane, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,1.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,5,5,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 630                 add(buttonPanel, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1.0,0.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,5,5,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 631
2 26 Feb 07 jari 632                 setPreferredSize(new Dimension(450, 150));                 
2 26 Feb 07 jari 633                 setSize(450, 150);
2 26 Feb 07 jari 634
2 26 Feb 07 jari 635             } else {
2 26 Feb 07 jari 636                 buttonPanel.add(selectAllButton, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0.5,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,25,0,15), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 637                 buttonPanel.add(clearButton, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0.5,1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.HORIZONTAL, new Insets(0,15,0,25), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 638      
2 26 Feb 07 jari 639                 add(elementLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,0.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,5,5,5), 0,0));                          
2 26 Feb 07 jari 640                 add(pane, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,1.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,5,5,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 641                 add(buttonPanel, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1.0,0.3, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,5,5,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 642
2 26 Feb 07 jari 643                 setPreferredSize(new Dimension(450, 200));                 
2 26 Feb 07 jari 644                 setSize(450, 200);
2 26 Feb 07 jari 645             }
2 26 Feb 07 jari 646             
2 26 Feb 07 jari 647             
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649         
2 26 Feb 07 jari 650         public void setResultText(String text) {
2 26 Feb 07 jari 651             elementLabel.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 652             validate();
2 26 Feb 07 jari 653         }
2 26 Feb 07 jari 654         
2 26 Feb 07 jari 655         /**
2 26 Feb 07 jari 656          * Returns the key vector for the sample with the longest sample name key list
2 26 Feb 07 jari 657          */
2 26 Feb 07 jari 658         public Vector getSlideNameKeyVectorUnion(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 659             Vector keyVector;
2 26 Feb 07 jari 660             Vector fullKeyVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 661             String key;
2 26 Feb 07 jari 662             for( int i = 0; i < data.getFeaturesCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 663                 keyVector = (data.getFeature(i)).getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 664                 for(int j = 0; j < keyVector.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 665                     key = (String)(keyVector.elementAt(j));
2 26 Feb 07 jari 666                     if(!fullKeyVector.contains(key))
2 26 Feb 07 jari 667                         fullKeyVector.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 668                 }
2 26 Feb 07 jari 669             }
2 26 Feb 07 jari 670             return fullKeyVector;
2 26 Feb 07 jari 671         }
2 26 Feb 07 jari 672         
2 26 Feb 07 jari 673         private int [] getSelectedIndices() {
2 26 Feb 07 jari 674             return model.getSelectedIndices();
2 26 Feb 07 jari 675         }
2 26 Feb 07 jari 676         
2 26 Feb 07 jari 677         private class ResultDataModel extends AbstractTableModel {
2 26 Feb 07 jari 678             private IData data;
2 26 Feb 07 jari 679             private int [] indices;
2 26 Feb 07 jari 680             private boolean [] selected;
2 26 Feb 07 jari 681             private String [] headerNames;
2 26 Feb 07 jari 682             private int columnCount, rowCount;
2 26 Feb 07 jari 683             private String value;
2 26 Feb 07 jari 684             private boolean geneResult;
2 26 Feb 07 jari 685             private JCheckBox checkBox;
2 26 Feb 07 jari 686             private JLabel colorLabel;
2 26 Feb 07 jari 687             
2 26 Feb 07 jari 688             public ResultDataModel(IData data, int [] indices, String [] headerNames, boolean geneResult) {
2 26 Feb 07 jari 689                 this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 690                 this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 691                 this.headerNames = headerNames;
2 26 Feb 07 jari 692                 this.geneResult = geneResult;
2 26 Feb 07 jari 693                 this.checkBox = new JCheckBox();
2 26 Feb 07 jari 694                 colorLabel = new JLabel();
2 26 Feb 07 jari 695                 colorLabel.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 696                 columnCount = headerNames.length;
2 26 Feb 07 jari 697                 rowCount = indices.length;
2 26 Feb 07 jari 698                 selected = new boolean[rowCount];
2 26 Feb 07 jari 699                 for(int i = 0; i < selected.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 700                     selected[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 701             }
2 26 Feb 07 jari 702             
2 26 Feb 07 jari 703             
2 26 Feb 07 jari 704             
2 26 Feb 07 jari 705             
2 26 Feb 07 jari 706             public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 707                 if(col == 0) {
2 26 Feb 07 jari 708                     return new Boolean(selected[row]);
2 26 Feb 07 jari 709                 } else if(col == 1) {
2 26 Feb 07 jari 710                     return Integer.toString(indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 711                 } else if(col == 2) {
2 26 Feb 07 jari 712                     Color color = data.getProbeColor(indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 713                     if(color != null)
2 26 Feb 07 jari 714                         return color;
2 26 Feb 07 jari 715                     else
2 26 Feb 07 jari 716                         return Color.white;
2 26 Feb 07 jari 717                 }
2 26 Feb 07 jari 718                 
2 26 Feb 07 jari 719                 if(geneResult)
2 26 Feb 07 jari 720                     value = data.getElementAttribute(indices[row], col-3);
2 26 Feb 07 jari 721                 else
2 26 Feb 07 jari 722                     value = (String)(data.getFeature(indices[row]).getSlideDataLabels().get(headerNames[col]));
2 26 Feb 07 jari 723                 
2 26 Feb 07 jari 724                 if(value == null)
2 26 Feb 07 jari 725                     value = " ";
2 26 Feb 07 jari 726                 return value;
2 26 Feb 07 jari 727             }
2 26 Feb 07 jari 728             
2 26 Feb 07 jari 729             public void setValueAt(Object value, int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 730                 if(col == 0) {
2 26 Feb 07 jari 731                     selected[row] = ((Boolean)value).booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 732                     if(!isListImportResult)
2 26 Feb 07 jari 733                         updateViewerListsButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 734                 }
2 26 Feb 07 jari 735             }
2 26 Feb 07 jari 736             
2 26 Feb 07 jari 737             /** Accesses column class information.
2 26 Feb 07 jari 738              * @param columnIndex int column index
2 26 Feb 07 jari 739              * @return Returns the class associated with the column index.
2 26 Feb 07 jari 740              */
2 26 Feb 07 jari 741             public Class getColumnClass(int columnIndex) {
2 26 Feb 07 jari 742                 if(columnIndex == 0)
2 26 Feb 07 jari 743                     return Boolean.class;
2 26 Feb 07 jari 744                 else
2 26 Feb 07 jari 745                     return String.class;
2 26 Feb 07 jari 746             }
2 26 Feb 07 jari 747             
2 26 Feb 07 jari 748             public boolean isCellEditable(int rowIndex, int columnIndex) {
2 26 Feb 07 jari 749                 return (columnIndex == 0);
2 26 Feb 07 jari 750             }
2 26 Feb 07 jari 751             
2 26 Feb 07 jari 752             public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 753                 return columnCount;
2 26 Feb 07 jari 754             }
2 26 Feb 07 jari 755             
2 26 Feb 07 jari 756             public int getRowCount() {
2 26 Feb 07 jari 757                 return rowCount;
2 26 Feb 07 jari 758             }
2 26 Feb 07 jari 759             
2 26 Feb 07 jari 760             public String getColumnName(int col) {
2 26 Feb 07 jari 761                 return headerNames[col];
2 26 Feb 07 jari 762             }
2 26 Feb 07 jari 763             
2 26 Feb 07 jari 764             public void selectAll() {
2 26 Feb 07 jari 765                 for(int i = 0; i < selected.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 766                     selected[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 767                 table.repaint();
2 26 Feb 07 jari 768             }
2 26 Feb 07 jari 769             
2 26 Feb 07 jari 770             public void clearAll() {
2 26 Feb 07 jari 771                 for(int i = 0; i < selected.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 772                     selected[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 773                 table.repaint();
2 26 Feb 07 jari 774             }
2 26 Feb 07 jari 775             
2 26 Feb 07 jari 776             public int [] getSelectedIndices() {
2 26 Feb 07 jari 777                 Vector indices = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 778                 for(int i = 0; i < selected.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 779                     if(selected[i])
2 26 Feb 07 jari 780                         indices.add(new Integer((String)(model.getValueAt(i, 1))));
2 26 Feb 07 jari 781                 }
2 26 Feb 07 jari 782                 
2 26 Feb 07 jari 783                 int [] newIndices = new int[indices.size()];
2 26 Feb 07 jari 784                 
2 26 Feb 07 jari 785                 for(int i = 0; i < newIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 786                     newIndices[i] = ((Integer)(indices.elementAt(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 787                 }
2 26 Feb 07 jari 788                 return newIndices;
2 26 Feb 07 jari 789             }
2 26 Feb 07 jari 790         }
2 26 Feb 07 jari 791         
2 26 Feb 07 jari 792         private class SearchTableCellRenderer implements TableCellRenderer {
2 26 Feb 07 jari 793             JPanel colorPanel;
2 26 Feb 07 jari 794             
2 26 Feb 07 jari 795             public SearchTableCellRenderer() {
2 26 Feb 07 jari 796                 colorPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 797                 colorPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 798             }
2 26 Feb 07 jari 799             
2 26 Feb 07 jari 800             public Component getTableCellRendererComponent(JTable jTable, Object obj, boolean param, boolean param3, int param4, int param5) {
2 26 Feb 07 jari 801                 colorPanel.setBackground((Color)obj);
2 26 Feb 07 jari 802                 return colorPanel;
2 26 Feb 07 jari 803             }
2 26 Feb 07 jari 804         }
2 26 Feb 07 jari 805         
2 26 Feb 07 jari 806         
2 26 Feb 07 jari 807         
2 26 Feb 07 jari 808         private class ButtonListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 809             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 810                 String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 811                 if(command.equals("select-all-command")) {
2 26 Feb 07 jari 812                     model.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 813                     if(!isListImportResult)
2 26 Feb 07 jari 814                         updateViewerListsButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 815                 } else if(command.equals("clear-all-command")) {
2 26 Feb 07 jari 816                     model.clearAll();
2 26 Feb 07 jari 817                     if(!isListImportResult)
2 26 Feb 07 jari 818                         updateViewerListsButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 819                 } else if(command.equals("update-viewer-lists-command")) {
2 26 Feb 07 jari 820                     updateViewerResults(model.getSelectedIndices());
2 26 Feb 07 jari 821                     //updateViewerListsButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 822                 } else if(command.equals("store-cluster-command")) {
2 26 Feb 07 jari 823                     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 824                 }
2 26 Feb 07 jari 825                 
2 26 Feb 07 jari 826             }
2 26 Feb 07 jari 827         }
2 26 Feb 07 jari 828     }
2 26 Feb 07 jari 829     
2 26 Feb 07 jari 830 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)