mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/SingleArrayViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SingleArrayViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/15 20:25:23 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Cursor;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Label;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.AdjustmentListener;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 35 import java.awt.event.MouseListener;
2 26 Feb 07 jari 36 import java.awt.event.MouseMotionListener;
2 26 Feb 07 jari 37 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 38 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 39 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 40 import java.awt.print.PageFormat;
2 26 Feb 07 jari 41 import java.awt.print.Printable;
2 26 Feb 07 jari 42 import java.awt.print.PrinterException;
2 26 Feb 07 jari 43 import java.awt.print.PrinterJob;
2 26 Feb 07 jari 44 import java.io.BufferedOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 45 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 46 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 47 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 48 import java.io.PrintStream;
2 26 Feb 07 jari 49 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 50 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 51 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53 import javax.media.jai.JAI;
2 26 Feb 07 jari 54 import javax.media.jai.RenderedOp;
2 26 Feb 07 jari 55 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 56 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 57 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 58 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 59 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 60 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 61 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 62 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 63 import javax.swing.JMenuBar;
2 26 Feb 07 jari 64 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 65 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 66 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 67 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 68 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 69 import javax.swing.JScrollBar;
2 26 Feb 07 jari 70 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 71 import javax.swing.JSlider;
2 26 Feb 07 jari 72 import javax.swing.KeyStroke;
2 26 Feb 07 jari 73 import javax.swing.ScrollPaneConstants;
2 26 Feb 07 jari 74 import javax.swing.SwingConstants;
2 26 Feb 07 jari 75 import javax.swing.event.ChangeEvent;
2 26 Feb 07 jari 76 import javax.swing.event.ChangeListener;
2 26 Feb 07 jari 77 import javax.swing.filechooser.FileFilter;
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 80 import org.tigr.graph.GraphBar;
2 26 Feb 07 jari 81 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 82 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 83 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 84 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 85 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.IterativeLogMCNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 86 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.LinRegNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 87 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.normalization.RatioStatsNormInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 88 import org.tigr.microarray.util.SlideDataSorter;
2 26 Feb 07 jari 89 import org.tigr.microarray.util.awt.SetSlideFilenameDialog;
2 26 Feb 07 jari 90 import org.tigr.microarray.util.swing.SlideDataLoader;
2 26 Feb 07 jari 91 import org.tigr.util.Xcon;
2 26 Feb 07 jari 92 import org.tigr.util.awt.ActionInfoEvent;
2 26 Feb 07 jari 93 import org.tigr.util.awt.ActionInfoListener;
2 26 Feb 07 jari 94 import org.tigr.util.awt.GBA;
2 26 Feb 07 jari 95 import org.tigr.util.awt.MessageDisplay;
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97 import com.sun.media.jai.codec.JPEGEncodeParam;
2 26 Feb 07 jari 98 import com.sun.media.jai.codec.TIFFEncodeParam;
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101 //Graph package
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104 public class SingleArrayViewer extends ArrayViewer implements Printable {
2 26 Feb 07 jari 105     private ISlideData slideData;
2 26 Feb 07 jari 106     private int[] indices;
2 26 Feb 07 jari 107     public SingleArrayViewerPanel panel;
2 26 Feb 07 jari 108     private SingleArrayViewerCanvas canvas;
2 26 Feb 07 jari 109     private SingleArrayViewerInfoBox infoBox;
2 26 Feb 07 jari 110     private EventListener eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 111     private GBA gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 112     JScrollPane scrollPane;
2 26 Feb 07 jari 113     private int oldX = -1;
2 26 Feb 07 jari 114     private int oldY = -1;
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     JMenuBar menuBar = null;
2 26 Feb 07 jari 117     JMenu fileMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 118     JMenuItem newDatabaseItem = null;
2 26 Feb 07 jari 119     JMenuItem newFileItem = null;
2 26 Feb 07 jari 120     JMenuItem newSpotfireItem = null;
2 26 Feb 07 jari 121     JMenuItem newReportItem = null;
2 26 Feb 07 jari 122     JMenuItem saveImageItem = null;
2 26 Feb 07 jari 123     JMenuItem printImageItem = null;
2 26 Feb 07 jari 124     JMenuItem closeItem = null;
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     JMenu viewsMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 127     JMenu viewGraphMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 128     JMenuItem newPlotItem = null;
2 26 Feb 07 jari 129     JMenuItem newPlotLogItem = null;
2 26 Feb 07 jari 130     JMenuItem newLogRatioProductItem = null;
2 26 Feb 07 jari 131     JMenuItem newLogRatioProductByBlockItem = null;
2 26 Feb 07 jari 132     JMenuItem newHistogramItem = null;
2 26 Feb 07 jari 133     JMenuItem newHistogramLogItem = null;
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     JMenuItem subArrayItem = null;
2 26 Feb 07 jari 136     JMenuItem regionArrayItem = null;
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     JMenu normalizationMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 139     JRadioButtonMenuItem totalIntensityItem = null;
2 26 Feb 07 jari 140     JRadioButtonMenuItem leastSquaresItem = null;
2 26 Feb 07 jari 141     JRadioButtonMenuItem linearRegressionItem = null;
2 26 Feb 07 jari 142     JRadioButtonMenuItem ratioStatisticsItem = null;
2 26 Feb 07 jari 143     JRadioButtonMenuItem iterativeLogItem = null;
2 26 Feb 07 jari 144     // JRadioButtonMenuItem lowessItem = null;
2 26 Feb 07 jari 145     JRadioButtonMenuItem totalIntensityListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 146     JRadioButtonMenuItem leastSquaresListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 147     JRadioButtonMenuItem linearRegressionListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 148     JRadioButtonMenuItem ratioStatisticsListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 149     JRadioButtonMenuItem iterativeLogListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 150     JRadioButtonMenuItem noNormalizationItem = null;
2 26 Feb 07 jari 151     //   JRadioButtonMenuItem lowessListItem = null;
2 26 Feb 07 jari 152     
2 26 Feb 07 jari 153     JMenu sortMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 154     JRadioButtonMenuItem sortByLocationItem = null;
2 26 Feb 07 jari 155     JRadioButtonMenuItem sortByRatioItem = null;
2 26 Feb 07 jari 156     JRadioButtonMenuItem[] sortMenuItems = null;
2 26 Feb 07 jari 157     
2 26 Feb 07 jari 158     JMenu displayMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 159     JCheckBoxMenuItem logItem = null;
2 26 Feb 07 jari 160     JMenu sizeMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 161     JRadioButtonMenuItem defaultSize1Item = null;
2 26 Feb 07 jari 162     JRadioButtonMenuItem defaultSize2Item = null;
2 26 Feb 07 jari 163     JRadioButtonMenuItem defaultSize3Item = null;
2 26 Feb 07 jari 164     JRadioButtonMenuItem defaultSize4Item = null;
2 26 Feb 07 jari 165     JRadioButtonMenuItem setElementSizeItem = null;
2 26 Feb 07 jari 166     JCheckBoxMenuItem changeColorsItem = null;
2 26 Feb 07 jari 167     JRadioButtonMenuItem blueToRedItem = null;
2 26 Feb 07 jari 168     JRadioButtonMenuItem greenRedItem = null;
2 26 Feb 07 jari 169     JRadioButtonMenuItem overlayItem = null;
2 26 Feb 07 jari 170     
2 26 Feb 07 jari 171     JMenu controlMenu = null;
2 26 Feb 07 jari 172     JMenuItem setUpperLimitsItem = null;
2 26 Feb 07 jari 173     JMenuItem setGreenRedThresholdsItem = null;
2 26 Feb 07 jari 174     JMenuItem setConfidenceItem = null;
2 26 Feb 07 jari 175     JCheckBoxMenuItem setThresholdsItem = null;
2 26 Feb 07 jari 176     JCheckBoxMenuItem setScaleItem = null;
2 26 Feb 07 jari 177     ButtonGroup buttonGroup = null;
2 26 Feb 07 jari 178     
2 26 Feb 07 jari 179     private final static int startingXSize = 400;
2 26 Feb 07 jari 180     private final static int startingYSize = 400;
2 26 Feb 07 jari 181     
2 26 Feb 07 jari 182     private final static int LINEAR = 0;
2 26 Feb 07 jari 183     private final static int LOG = 1;
2 26 Feb 07 jari 184     
2 26 Feb 07 jari 185     public SingleArrayViewer(JFrame frame, ISlideData inputData) {
2 26 Feb 07 jari 186         super(frame);
2 26 Feb 07 jari 187         initializeViewer();
2 26 Feb 07 jari 188         initializePanel();
2 26 Feb 07 jari 189         initializeCanvas();
2 26 Feb 07 jari 190         initializeFrame();
2 26 Feb 07 jari 191         
2 26 Feb 07 jari 192         setSlideData(inputData);
2 26 Feb 07 jari 193         //this.slideData = new SlideData(inputData);
2 26 Feb 07 jari 194         //System.out.println("*****SAV 1:");
2 26 Feb 07 jari 195         //inputData.output();
2 26 Feb 07 jari 196         //System.out.println("*****SAV 2:");
2 26 Feb 07 jari 197         //slideData.output();
2 26 Feb 07 jari 198         //Draw the data
2 26 Feb 07 jari 199         
2 26 Feb 07 jari 200         panel.setXYScrollbars((long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), (long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 201         
2 26 Feb 07 jari 202         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 203     }
2 26 Feb 07 jari 204     
2 26 Feb 07 jari 205     public SingleArrayViewer(JFrame frame) {
2 26 Feb 07 jari 206         super(frame);
2 26 Feb 07 jari 207         initializeFrame();
2 26 Feb 07 jari 208         initializeViewer();
2 26 Feb 07 jari 209         initializePanel();
2 26 Feb 07 jari 210         initializeCanvas();
2 26 Feb 07 jari 211         
2 26 Feb 07 jari 212         //Redundant?
2 26 Feb 07 jari 213         systemDisable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 214         systemDisable(TMEV.DB_LOGIN);
2 26 Feb 07 jari 215     }
2 26 Feb 07 jari 216     
2 26 Feb 07 jari 217     public SingleArrayViewer(ISlideData slideData) {
2 26 Feb 07 jari 218         super(new JFrame("Single Array Viewer"));
2 26 Feb 07 jari 219         setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 220         initializeViewer();
2 26 Feb 07 jari 221         initializePanel();
2 26 Feb 07 jari 222         initializeCanvas();
2 26 Feb 07 jari 223         //Draw the data
2 26 Feb 07 jari 224         
2 26 Feb 07 jari 225         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 226     }
2 26 Feb 07 jari 227     
2 26 Feb 07 jari 228     public SingleArrayViewer() {
2 26 Feb 07 jari 229         super(new JFrame("Single Array Viewer"));
2 26 Feb 07 jari 230         initializeViewer();
2 26 Feb 07 jari 231         initializePanel();
2 26 Feb 07 jari 232         initializeCanvas();
2 26 Feb 07 jari 233     }
2 26 Feb 07 jari 234     
2 26 Feb 07 jari 235     public JFrame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 236         return mainframe;
2 26 Feb 07 jari 237     }
2 26 Feb 07 jari 238     
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     private int[] createIndices() {
2 26 Feb 07 jari 241         int[] indices = new int[slideData.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 242         for (int i=0; i<indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 243             indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 244         }
2 26 Feb 07 jari 245         return indices;
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     
2 26 Feb 07 jari 248     private void initializeViewer() {
2 26 Feb 07 jari 249         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 250         //setSize(startingXSize, startingYSize);
2 26 Feb 07 jari 251     }
2 26 Feb 07 jari 252     
2 26 Feb 07 jari 253     private void initializePanel() {
2 26 Feb 07 jari 254         panel = new SingleArrayViewerPanel();
2 26 Feb 07 jari 255         gba.add(this, panel, 0, 0, 1, 2, 0, 0, GBA.NONE, GBA.W, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         infoBox = new SingleArrayViewerInfoBox();
2 26 Feb 07 jari 258         gba.add(this, infoBox, 0, 2, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.SW, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 259     }
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     private void initializeCanvas() {
2 26 Feb 07 jari 262         canvas = new SingleArrayViewerCanvas(20, 20, 50, 20);
2 26 Feb 07 jari 263         canvas.addMouseListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 264         canvas.addMouseMotionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 265         canvas.addKeyListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 266         canvas.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 267         scrollPane = new JScrollPane(canvas, ScrollPaneConstants.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS, ScrollPaneConstants.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 268         scrollPane.getViewport().setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 269         scrollPane.getVerticalScrollBar().setToolTipText("Use up/down/pgup/pgdown to scroll image");
2 26 Feb 07 jari 270         gba.add(this, scrollPane, 1, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.NW);
2 26 Feb 07 jari 271         //Setting the lineup, linedown, pageup, pagedown keystrokes
2 26 Feb 07 jari 272         KeyStroke up = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_UP, 0);
2 26 Feb 07 jari 273         KeyStroke down = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_DOWN, 0);
2 26 Feb 07 jari 274         KeyStroke pgup = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_PAGE_UP, 0);
2 26 Feb 07 jari 275         KeyStroke pgdown = KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_PAGE_DOWN, 0);
2 26 Feb 07 jari 276         scrollPane.registerKeyboardAction(eventListener, "lineup", up, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 277         scrollPane.registerKeyboardAction(eventListener, "linedown", down, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 278         scrollPane.registerKeyboardAction(eventListener, "pageup", pgup, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 279         scrollPane.registerKeyboardAction(eventListener, "pagedown", pgdown, JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
2 26 Feb 07 jari 280     }
2 26 Feb 07 jari 281     
2 26 Feb 07 jari 282     private void initializeFrame() {
2 26 Feb 07 jari 283         mainframe.setTitle("Single Array Viewer");
2 26 Feb 07 jari 284         mainframe.getContentPane().setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 285         mainframe.setResizable(true);
2 26 Feb 07 jari 286         mainframe.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 287         //mainframe.setIconImage((new ImageIcon(org.tigr.microarray.SingleArrayViewer.class.getResource("/org/tigr/images/expression.gif"))).getImage());
2 26 Feb 07 jari 288         mainframe.addWindowListener(new WindowAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 289             public void windowClosing(WindowEvent e) {close();}
2 26 Feb 07 jari 290         });
2 26 Feb 07 jari 291         initializeMenuBar(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 292         gba.add(mainframe.getContentPane(), this, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C);
2 26 Feb 07 jari 293         mainframe.pack();
2 26 Feb 07 jari 294         
2 26 Feb 07 jari 295         //Any initial MenuItem enables/disables go here
2 26 Feb 07 jari 296         newDatabaseItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 297         sortByLocationItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 298         logItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 299         changeColorsItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 300         overlayItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 301         setThresholdsItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 302         setScaleItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 303         noNormalizationItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 304         setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 305         defaultSize3Item.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 306     }
2 26 Feb 07 jari 307     
2 26 Feb 07 jari 308     private void initializeMenuBar(JFrame frame) {
2 26 Feb 07 jari 309         menuBar = new JMenuBar();
2 26 Feb 07 jari 310         
2 26 Feb 07 jari 311         fileMenu = new JMenu("File");
2 26 Feb 07 jari 312         
2 26 Feb 07 jari 313         newDatabaseItem = new JMenuItem("Open Experiment from DB");
2 26 Feb 07 jari 314         newDatabaseItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 315         fileMenu.add(newDatabaseItem);
2 26 Feb 07 jari 316         fileMenu.getMenuComponent(0).setEnabled(false); //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 317         
2 26 Feb 07 jari 318         newFileItem = new JMenuItem("Open Experiment From File");
2 26 Feb 07 jari 319         newFileItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 320         fileMenu.add(newFileItem);
2 26 Feb 07 jari 321         
2 26 Feb 07 jari 322         newReportItem = new JMenuItem("Generate Report");
2 26 Feb 07 jari 323         newReportItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 324         fileMenu.add(newReportItem);
2 26 Feb 07 jari 325         
2 26 Feb 07 jari 326         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 327         
2 26 Feb 07 jari 328         saveImageItem = new JMenuItem("Save Image");
2 26 Feb 07 jari 329         saveImageItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 330         fileMenu.add(saveImageItem);
2 26 Feb 07 jari 331         
2 26 Feb 07 jari 332         printImageItem = new JMenuItem("Print Image");
2 26 Feb 07 jari 333         printImageItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 334         fileMenu.add(printImageItem);
2 26 Feb 07 jari 335         
2 26 Feb 07 jari 336         fileMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338         newSpotfireItem = new JMenuItem("Export to Spotfire");
2 26 Feb 07 jari 339         newSpotfireItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 340         //fileMenu.add(newSpotfireItem);
2 26 Feb 07 jari 341         
2 26 Feb 07 jari 342         closeItem = new JMenuItem("Close");
2 26 Feb 07 jari 343         closeItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 344         fileMenu.add(closeItem);
2 26 Feb 07 jari 345         
2 26 Feb 07 jari 346         menuBar.add(fileMenu);
2 26 Feb 07 jari 347         
2 26 Feb 07 jari 348         viewsMenu = new JMenu("Views");
2 26 Feb 07 jari 349         
2 26 Feb 07 jari 350         viewGraphMenu = new JMenu("View Graph");
2 26 Feb 07 jari 351         viewsMenu.add(viewGraphMenu);
2 26 Feb 07 jari 352         
2 26 Feb 07 jari 353         newPlotItem = new JMenuItem("Intensity Scatterplot");
2 26 Feb 07 jari 354         newPlotItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 355         viewGraphMenu.add(newPlotItem);
2 26 Feb 07 jari 356         
2 26 Feb 07 jari 357         newPlotLogItem = new JMenuItem("Intensity Scatterplot (log)");
2 26 Feb 07 jari 358         newPlotLogItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 359         viewGraphMenu.add(newPlotLogItem);
2 26 Feb 07 jari 360         
2 26 Feb 07 jari 361         newLogRatioProductItem = new JMenuItem("Log Ratio x Log Product");
2 26 Feb 07 jari 362         newLogRatioProductItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 363         viewGraphMenu.add(newLogRatioProductItem);
2 26 Feb 07 jari 364         
2 26 Feb 07 jari 365         newLogRatioProductByBlockItem = new JMenuItem("Log Ratio x Log Product, by Metablock");
2 26 Feb 07 jari 366         newLogRatioProductByBlockItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 367         viewGraphMenu.add(newLogRatioProductByBlockItem);
2 26 Feb 07 jari 368         
2 26 Feb 07 jari 369         newHistogramItem = new JMenuItem("Ratio Histogram");
2 26 Feb 07 jari 370         newHistogramItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 371         viewGraphMenu.add(newHistogramItem);
2 26 Feb 07 jari 372         
2 26 Feb 07 jari 373         newHistogramLogItem = new JMenuItem("Ratio Histogram (log)");
2 26 Feb 07 jari 374         newHistogramLogItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 375         viewGraphMenu.add(newHistogramLogItem);
2 26 Feb 07 jari 376         
2 26 Feb 07 jari 377         subArrayItem = new JMenuItem("View SubArray");
2 26 Feb 07 jari 378         subArrayItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 379         viewsMenu.add(subArrayItem);
2 26 Feb 07 jari 380         
2 26 Feb 07 jari 381         regionArrayItem = new JMenuItem("View Region");
2 26 Feb 07 jari 382         regionArrayItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 383         viewsMenu.add(regionArrayItem);
2 26 Feb 07 jari 384         
2 26 Feb 07 jari 385         menuBar.add(viewsMenu);
2 26 Feb 07 jari 386         
2 26 Feb 07 jari 387         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 388         normalizationMenu = new JMenu("Normalization");
2 26 Feb 07 jari 389         
2 26 Feb 07 jari 390         totalIntensityItem = new JRadioButtonMenuItem("Total Intensity");
2 26 Feb 07 jari 391         totalIntensityItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 392         normalizationMenu.add(totalIntensityItem);
2 26 Feb 07 jari 393         buttonGroup.add(totalIntensityItem);
2 26 Feb 07 jari 394         
2 26 Feb 07 jari 395         linearRegressionItem = new JRadioButtonMenuItem("Linear Regression");
2 26 Feb 07 jari 396         linearRegressionItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 397         normalizationMenu.add(linearRegressionItem);
2 26 Feb 07 jari 398         buttonGroup.add(linearRegressionItem);
2 26 Feb 07 jari 399         
2 26 Feb 07 jari 400         ratioStatisticsItem = new JRadioButtonMenuItem("Ratio Statistics");
2 26 Feb 07 jari 401         ratioStatisticsItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 402         normalizationMenu.add(ratioStatisticsItem);
2 26 Feb 07 jari 403         buttonGroup.add(ratioStatisticsItem);
2 26 Feb 07 jari 404         
2 26 Feb 07 jari 405         iterativeLogItem = new JRadioButtonMenuItem("Iterative Log");
2 26 Feb 07 jari 406         iterativeLogItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 407         normalizationMenu.add(iterativeLogItem);
2 26 Feb 07 jari 408         buttonGroup.add(iterativeLogItem);
2 26 Feb 07 jari 409         
2 26 Feb 07 jari 410         
2 26 Feb 07 jari 411         normalizationMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 412         
2 26 Feb 07 jari 413         noNormalizationItem = new JRadioButtonMenuItem("No Normalization");
2 26 Feb 07 jari 414         noNormalizationItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 415         normalizationMenu.add(noNormalizationItem);
2 26 Feb 07 jari 416         buttonGroup.add(noNormalizationItem);
2 26 Feb 07 jari 417         
2 26 Feb 07 jari 418         menuBar.add(normalizationMenu);
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 421         sortMenu = new JMenu("Sort");
2 26 Feb 07 jari 422         
2 26 Feb 07 jari 423         sortByLocationItem = new JRadioButtonMenuItem("By Location");
2 26 Feb 07 jari 424         sortByLocationItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 425         sortMenu.add(sortByLocationItem);
2 26 Feb 07 jari 426         buttonGroup.add(sortByLocationItem);
2 26 Feb 07 jari 427         
2 26 Feb 07 jari 428         sortByRatioItem = new JRadioButtonMenuItem("By Cy5/Cy3 Ratio");
2 26 Feb 07 jari 429         sortByRatioItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 430         sortMenu.add(sortByRatioItem);
2 26 Feb 07 jari 431         buttonGroup.add(sortByRatioItem);
2 26 Feb 07 jari 432         
2 26 Feb 07 jari 433         try {
2 26 Feb 07 jari 434           if (getFieldNames() != null) addSortMenuItems(getFieldNames(), buttonGroup);
2 26 Feb 07 jari 435         } catch (NullPointerException npe){}
2 26 Feb 07 jari 436         
2 26 Feb 07 jari 437         menuBar.add(sortMenu);
2 26 Feb 07 jari 438         
2 26 Feb 07 jari 439         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 440         displayMenu = new JMenu("Display");
2 26 Feb 07 jari 441         
2 26 Feb 07 jari 442         blueToRedItem = new JRadioButtonMenuItem("Blue -> Red");
2 26 Feb 07 jari 443         blueToRedItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 444         displayMenu.add(blueToRedItem);
2 26 Feb 07 jari 445         buttonGroup.add(blueToRedItem);
2 26 Feb 07 jari 446         
2 26 Feb 07 jari 447         greenRedItem = new JRadioButtonMenuItem("Green / Red");
2 26 Feb 07 jari 448         greenRedItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 449         displayMenu.add(greenRedItem);
2 26 Feb 07 jari 450         buttonGroup.add(greenRedItem);
2 26 Feb 07 jari 451         
2 26 Feb 07 jari 452         overlayItem = new JRadioButtonMenuItem("G/R Overlay");
2 26 Feb 07 jari 453         overlayItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 454         displayMenu.add(overlayItem);
2 26 Feb 07 jari 455         buttonGroup.add(overlayItem);
2 26 Feb 07 jari 456         
2 26 Feb 07 jari 457         displayMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 458         
2 26 Feb 07 jari 459         logItem = new JCheckBoxMenuItem("Log Scale");
2 26 Feb 07 jari 460         logItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 461         displayMenu.add(logItem);
2 26 Feb 07 jari 462         
2 26 Feb 07 jari 463         displayMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 464         
2 26 Feb 07 jari 465         changeColorsItem = new JCheckBoxMenuItem("Change Colors");
2 26 Feb 07 jari 466         changeColorsItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 467         displayMenu.add(changeColorsItem);
2 26 Feb 07 jari 468         
2 26 Feb 07 jari 469         displayMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 470         
2 26 Feb 07 jari 471         sizeMenu = new JMenu("Element Size");
2 26 Feb 07 jari 472         sizeMenu.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 473         displayMenu.add(sizeMenu);
2 26 Feb 07 jari 474         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 475         
2 26 Feb 07 jari 476         defaultSize1Item = new JRadioButtonMenuItem("5 x 2");
2 26 Feb 07 jari 477         defaultSize1Item.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 478         sizeMenu.add(defaultSize1Item);
2 26 Feb 07 jari 479         buttonGroup.add(defaultSize1Item);
2 26 Feb 07 jari 480         
2 26 Feb 07 jari 481         defaultSize2Item = new JRadioButtonMenuItem("10 x 10");
2 26 Feb 07 jari 482         defaultSize2Item.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 483         sizeMenu.add(defaultSize2Item);
2 26 Feb 07 jari 484         buttonGroup.add(defaultSize2Item);
2 26 Feb 07 jari 485         
2 26 Feb 07 jari 486         defaultSize3Item = new JRadioButtonMenuItem("20 x 5");
2 26 Feb 07 jari 487         defaultSize3Item.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 488         sizeMenu.add(defaultSize3Item);
2 26 Feb 07 jari 489         buttonGroup.add(defaultSize3Item);
2 26 Feb 07 jari 490         
2 26 Feb 07 jari 491         defaultSize4Item = new JRadioButtonMenuItem("50 x 10");
2 26 Feb 07 jari 492         defaultSize4Item.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 493         sizeMenu.add(defaultSize4Item);
2 26 Feb 07 jari 494         buttonGroup.add(defaultSize4Item);
2 26 Feb 07 jari 495         
2 26 Feb 07 jari 496         setElementSizeItem = new JRadioButtonMenuItem("Other");
2 26 Feb 07 jari 497         setElementSizeItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 498         sizeMenu.add(setElementSizeItem);
2 26 Feb 07 jari 499         buttonGroup.add(setElementSizeItem);
2 26 Feb 07 jari 500         
2 26 Feb 07 jari 501         
2 26 Feb 07 jari 502         menuBar.add(displayMenu);
2 26 Feb 07 jari 503         
2 26 Feb 07 jari 504         controlMenu = new JMenu("Control");
2 26 Feb 07 jari 505         
2 26 Feb 07 jari 506         setUpperLimitsItem = new JMenuItem("Set Thresholds");
2 26 Feb 07 jari 507         setUpperLimitsItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 508         controlMenu.add(setUpperLimitsItem);
2 26 Feb 07 jari 509         
2 26 Feb 07 jari 510         setGreenRedThresholdsItem = new JMenuItem("Set Expression Ratio");
2 26 Feb 07 jari 511         setGreenRedThresholdsItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 512         controlMenu.add(setGreenRedThresholdsItem);
2 26 Feb 07 jari 513         
2 26 Feb 07 jari 514         setConfidenceItem = new JMenuItem("Set Confidence Level");
2 26 Feb 07 jari 515         setConfidenceItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 516         controlMenu.add(setConfidenceItem);
2 26 Feb 07 jari 517         
2 26 Feb 07 jari 518         controlMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 519         
2 26 Feb 07 jari 520         setThresholdsItem = new JCheckBoxMenuItem("Expression Ratio");
2 26 Feb 07 jari 521         setThresholdsItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 522         controlMenu.add(setThresholdsItem);
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524         controlMenu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 525         
2 26 Feb 07 jari 526         setScaleItem = new JCheckBoxMenuItem("G/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 527         setScaleItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 528         controlMenu.add(setScaleItem);
2 26 Feb 07 jari 529         
2 26 Feb 07 jari 530         menuBar.add(controlMenu);
2 26 Feb 07 jari 531         
2 26 Feb 07 jari 532         frame.setJMenuBar(menuBar);
2 26 Feb 07 jari 533     }
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     public void addSortMenuItems(String[] sortTypes, ButtonGroup group) {
2 26 Feb 07 jari 536         sortMenuItems = new JRadioButtonMenuItem[sortTypes.length];
2 26 Feb 07 jari 537         for (int i = 0; i < sortMenuItems.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 538             sortMenuItems[i] = new JRadioButtonMenuItem("Sort by " + sortTypes[i]);
2 26 Feb 07 jari 539             sortMenuItems[i].addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 540             sortMenu.add(sortMenuItems[i]);
2 26 Feb 07 jari 541             group.add(sortMenuItems[i]);
2 26 Feb 07 jari 542         }
2 26 Feb 07 jari 543     }
2 26 Feb 07 jari 544     
2 26 Feb 07 jari 545     /*
2 26 Feb 07 jari 546     public void loadFirstData()
2 26 Feb 07 jari 547         {
2 26 Feb 07 jari 548         try
2 26 Feb 07 jari 549             {
2 26 Feb 07 jari 550             String inputPreference = TMEV.getSettingForOption("Input Preference");
2 26 Feb 07 jari 551      
2 26 Feb 07 jari 552             if (inputPreference.equals("Database"))
2 26 Feb 07 jari 553                 {
2 26 Feb 07 jari 554                 databaseLogin();
2 26 Feb 07 jari 555                 //loadDataFromDatabase();
2 26 Feb 07 jari 556                 }
2 26 Feb 07 jari 557             else if (inputPreference.equals("File"))
2 26 Feb 07 jari 558                 {
2 26 Feb 07 jari 559                 databaseLogin();
2 26 Feb 07 jari 560                 //loadDataFromDatabase();
2 26 Feb 07 jari 561                 }
2 26 Feb 07 jari 562             else if (inputPreference.equals("Only File"))
2 26 Feb 07 jari 563                 {
2 26 Feb 07 jari 564                 //selectFile();
2 26 Feb 07 jari 565                 }
2 26 Feb 07 jari 566             else
2 26 Feb 07 jari 567                 {
2 26 Feb 07 jari 568                 Manager.message(frame, "Error: Invalid Preferences File");
2 26 Feb 07 jari 569                 }
2 26 Feb 07 jari 570             }
2 26 Feb 07 jari 571         catch (Exception e) {System.out.println("Exception (MultipleArrayViewer.loadData()): " + e);}
2 26 Feb 07 jari 572         }
2 26 Feb 07 jari 573      */
2 26 Feb 07 jari 574     /**
2 26 Feb 07 jari 575      * Returns all annotation fields
2 26 Feb 07 jari 576      */
2 26 Feb 07 jari 577     public String[] getFieldNames() {        
2 26 Feb 07 jari 578         return slideData.getSlideMetaData().getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 579     }
2 26 Feb 07 jari 580     
2 26 Feb 07 jari 581     public ISlideData loadDataFromDatabase() {
2 26 Feb 07 jari 582         ISlideData slideData = null;
2 26 Feb 07 jari 583         
2 26 Feb 07 jari 584         try {
2 26 Feb 07 jari 585             //Query query = new Query("exec get_experiment_name");
2 26 Feb 07 jari 586             //Vector resultVector = query.executeQuery(TMEV.getConnection());
2 26 Feb 07 jari 587             // STUB:
2 26 Feb 07 jari 588             SetSlideFilenameDialog ssfd = new SetSlideFilenameDialog(mainframe, new String[] {});
2 26 Feb 07 jari 589             if (ssfd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 590                 String filename = ssfd.getFileName();
2 26 Feb 07 jari 591                 loadDataFromDatabase(filename);
2 26 Feb 07 jari 592             }
2 26 Feb 07 jari 593         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 594             System.out.println("Exception (SingleArrayViewer.loadDataFromDatabase()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 595             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 596         }
2 26 Feb 07 jari 597         return slideData;
2 26 Feb 07 jari 598     }
2 26 Feb 07 jari 599     
2 26 Feb 07 jari 600     public void loadDataFromDatabase(String filename) {
2 26 Feb 07 jari 601         /*SlideData slideData = super.loadDataFromDatabase(filename);
2 26 Feb 07 jari 602         panel.setXYScrollbars(slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 603         setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 604         refreshSlide();*/
2 26 Feb 07 jari 605     }
2 26 Feb 07 jari 606     
2 26 Feb 07 jari 607     public void loadFile() {
2 26 Feb 07 jari 608         JFileChooser jfc = new JFileChooser(TMEV.getFile("preferences/"));
2 26 Feb 07 jari 609         FileFilter ff = new FileFilter() {
2 26 Feb 07 jari 610             public boolean accept(File file) {
2 26 Feb 07 jari 611                 if (file.isDirectory()) return true;
2 26 Feb 07 jari 612                 String filename = file.getName();
2 26 Feb 07 jari 613                 if (filename.endsWith("Preferences")) return true;
2 26 Feb 07 jari 614                 else if (filename.endsWith("preferences")) return true;
2 26 Feb 07 jari 615                 else if (filename.endsWith(".pref")) return true;
2 26 Feb 07 jari 616                 else return false;
2 26 Feb 07 jari 617             }
2 26 Feb 07 jari 618             
2 26 Feb 07 jari 619             public String getDescription() {
2 26 Feb 07 jari 620                 return "Preference Files";
2 26 Feb 07 jari 621             }
2 26 Feb 07 jari 622         };
2 26 Feb 07 jari 623         jfc.setFileFilter(ff);
2 26 Feb 07 jari 624         int activityCode = jfc.showDialog(this, "Select");
2 26 Feb 07 jari 625         
2 26 Feb 07 jari 626         if (activityCode == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 627             File target = jfc.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 628             TMEV.readPreferencesFile(target);
2 26 Feb 07 jari 629         }
2 26 Feb 07 jari 630         
2 26 Feb 07 jari 631         
2 26 Feb 07 jari 632         
2 26 Feb 07 jari 633         try {
2 26 Feb 07 jari 634             ISlideData slideData = loadSlideData(null);
2 26 Feb 07 jari 635             if (slideData != null) {
2 26 Feb 07 jari 636                 setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 637                 panel.setXYScrollbars((long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), (long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 638                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 639             }
2 26 Feb 07 jari 640         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 641             Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 642         }
2 26 Feb 07 jari 643     }
2 26 Feb 07 jari 644     
2 26 Feb 07 jari 645     /*public SlideData loadDataFromFile(String filename) {
2 26 Feb 07 jari 646         SlideData slideData = super.loadSlideData(filename);
2 26 Feb 07 jari 647         setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 648         panel.setXYScrollbars(slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 649         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 650         return slideData;
2 26 Feb 07 jari 651     }*/
2 26 Feb 07 jari 652     
2 26 Feb 07 jari 653     public ISlideData getSlideData() {
2 26 Feb 07 jari 654         return this.slideData;
2 26 Feb 07 jari 655     }
2 26 Feb 07 jari 656     
2 26 Feb 07 jari 657     public void setSlideData(ISlideData newData) {
2 26 Feb 07 jari 658         if(newData instanceof SlideData){
2 26 Feb 07 jari 659             SlideData dataClone = (SlideData)((SlideData)newData).clone();
2 26 Feb 07 jari 660             this.slideData = SlideDataLoader.fillBlankSpots(dataClone);
2 26 Feb 07 jari 661         }
2 26 Feb 07 jari 662         else if(newData instanceof FloatSlideData){
2 26 Feb 07 jari 663             this.slideData = new SlideData(newData);
2 26 Feb 07 jari 664             this.slideData = SlideDataLoader.fillBlankSpots(this.slideData);
2 26 Feb 07 jari 665         }
2 26 Feb 07 jari 666         else
2 26 Feb 07 jari 667             this.slideData = newData;
2 26 Feb 07 jari 668         indices = createIndices();
2 26 Feb 07 jari 669         canvas.updateSizes();
2 26 Feb 07 jari 670     }
2 26 Feb 07 jari 671     
2 26 Feb 07 jari 672     public void createSubArray() {
2 26 Feb 07 jari 673         String source;
2 26 Feb 07 jari 674         SingleArrayViewer subViewer;
2 26 Feb 07 jari 675         Vector holding;
2 26 Feb 07 jari 676         ISlideData newSlideData;
2 26 Feb 07 jari 677         ISlideDataElement sde, sdo;
2 26 Feb 07 jari 678         double low = canvas.getLowDifference();
2 26 Feb 07 jari 679         double high = canvas.getHighDifference();
2 26 Feb 07 jari 680         
2 26 Feb 07 jari 681         if (canvas.getThresholds()) source = "SubArray: Lower " + (Math.rint(low * 100) / 100) + ", Higher " + (Math.rint(high * 100) / 100);
2 26 Feb 07 jari 682         else source = "SubArray: No Thresholds";
2 26 Feb 07 jari 683         
2 26 Feb 07 jari 684         JFrame subFrame = new JFrame(source);
2 26 Feb 07 jari 685         subViewer = new SingleArrayViewer(subFrame);
2 26 Feb 07 jari 686         subViewer.changePaletteStyle(canvas.getPaletteStyle());
2 26 Feb 07 jari 687         subViewer.setThresholds(canvas.getThresholds());
2 26 Feb 07 jari 688         //Should this be nice?
2 26 Feb 07 jari 689         subViewer.canvas.setScale(canvas.getScale());
2 26 Feb 07 jari 690         
2 26 Feb 07 jari 691         if (canvas.getThresholds()) {
2 26 Feb 07 jari 692             holding = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 693             for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 694                 try {
2 26 Feb 07 jari 695                     sdo = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 696                     sde = new SlideDataElement(new int[]{sdo.getRow(ISlideDataElement.BASE),
2 26 Feb 07 jari 697                     sdo.getRow(ISlideDataElement.META),
2 26 Feb 07 jari 698                     sdo.getRow(ISlideDataElement.SUB)},
2 26 Feb 07 jari 699                     new int[]{sdo.getColumn(ISlideDataElement.BASE),
2 26 Feb 07 jari 700                     sdo.getColumn(ISlideDataElement.META),
2 26 Feb 07 jari 701                     sdo.getColumn(ISlideDataElement.SUB)},
2 26 Feb 07 jari 702                     new float[]{sdo.getIntensity(ISlideDataElement.CY3),
2 26 Feb 07 jari 703                     sdo.getIntensity(ISlideDataElement.CY5)},
2 26 Feb 07 jari 704                     sdo.getExtraFields());
2 26 Feb 07 jari 705                     int cy3 = (int) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 706                     int cy5 = (int) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 707                     if ((cy3 + cy5 > 0) && (((double) cy3 / (cy3 + cy5) > high)
2 26 Feb 07 jari 708                     || ((double) cy3 / (cy3 + cy5) < low))) holding.addElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 709                 } catch (NullPointerException npe) {
2 26 Feb 07 jari 710                     npe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 711                 }
2 26 Feb 07 jari 712             }
2 26 Feb 07 jari 713             
2 26 Feb 07 jari 714             if (holding.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 715                 int columns = (int) Math.ceil(Math.sqrt(holding.size() / 6));
2 26 Feb 07 jari 716                 int rows = columns * 6;
2 26 Feb 07 jari 717                 
2 26 Feb 07 jari 718                 for (; (columns * rows) - holding.size() >= columns; rows--) {
2 26 Feb 07 jari 719                     ;
2 26 Feb 07 jari 720                 }
2 26 Feb 07 jari 721                 
2 26 Feb 07 jari 722                 newSlideData = new SlideData(rows, columns);
2 26 Feb 07 jari 723                 newSlideData.setSlideDataName(slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 724                 newSlideData.setNormalizedState(slideData.getNormalizedState());
2 26 Feb 07 jari 725                 int maxColumns = newSlideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 726                 
2 26 Feb 07 jari 727                 for (int i = 0; i < holding.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 728                     try {
2 26 Feb 07 jari 729                         sde = (ISlideDataElement)holding.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 730                         sde.setColumn(ISlideDataElement.BASE, (i % maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 731                         sde.setRow(ISlideDataElement.BASE, (i / maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 732                         
2 26 Feb 07 jari 733                         newSlideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 734                     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 735                         System.out.println("Exception (SingleArrayViewer.createSubArray(): " + e);
2 26 Feb 07 jari 736                         e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 737                     }
2 26 Feb 07 jari 738                 }
2 26 Feb 07 jari 739                 subViewer.setSlideData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 740                 subViewer.setUpperLimits(canvas.getTopCy3(), canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 741                 subViewer.panel.setXYScrollbars((long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), (long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 742                 subViewer.panel.updateXUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 743                 subViewer.panel.updateYUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 744                 subFrame.setSize(650, 650);
2 26 Feb 07 jari 745                 subFrame.setLocation(150, 150);
2 26 Feb 07 jari 746                 subFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 747             }
2 26 Feb 07 jari 748         } else {
2 26 Feb 07 jari 749             subViewer.setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 750             subViewer.setUpperLimits(canvas.getTopCy3(), canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 751             subViewer.panel.setXYScrollbars((long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), (long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 752             subViewer.panel.updateXUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 753             subViewer.panel.updateYUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 754             subFrame.setSize(650, 650);
2 26 Feb 07 jari 755             subFrame.setLocation(150, 150);
2 26 Feb 07 jari 756             subFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 757         }
2 26 Feb 07 jari 758     }
2 26 Feb 07 jari 759     
2 26 Feb 07 jari 760     public void createRegion(int metaRow, int metaColumn) {
2 26 Feb 07 jari 761         SingleArrayViewer subViewer;
2 26 Feb 07 jari 762         Vector holding;
2 26 Feb 07 jari 763         ISlideData newSlideData;
2 26 Feb 07 jari 764         ISlideDataElement sde, sdo;
2 26 Feb 07 jari 765         int maxSubRow = 0, maxSubColumn = 0;
2 26 Feb 07 jari 766         
2 26 Feb 07 jari 767         holding = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 768         for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 769             try {
2 26 Feb 07 jari 770                 sdo = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 771                 sde = new SlideDataElement(new int[]{sdo.getRow(ISlideDataElement.BASE),
2 26 Feb 07 jari 772                 sdo.getRow(ISlideDataElement.META),
2 26 Feb 07 jari 773                 sdo.getRow(ISlideDataElement.SUB)},
2 26 Feb 07 jari 774                 new int[]{sdo.getColumn(ISlideDataElement.BASE),
2 26 Feb 07 jari 775                 sdo.getColumn(ISlideDataElement.META),
2 26 Feb 07 jari 776                 sdo.getColumn(ISlideDataElement.SUB)},
2 26 Feb 07 jari 777                 new float[]{sdo.getIntensity(ISlideDataElement.CY3),
2 26 Feb 07 jari 778                 sdo.getIntensity(ISlideDataElement.CY5)},
2 26 Feb 07 jari 779                 sdo.getExtraFields());
2 26 Feb 07 jari 780                 if ((sde.getRow(ISlideDataElement.META) == metaRow) && (sde.getColumn(ISlideDataElement.META) == metaColumn)) {
2 26 Feb 07 jari 781                     holding.addElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 782                     if (sde.getRow(ISlideDataElement.SUB) > maxSubRow) maxSubRow = sde.getRow(ISlideDataElement.SUB);
2 26 Feb 07 jari 783                     if (sde.getColumn(ISlideDataElement.SUB) > maxSubColumn) maxSubColumn = sde.getColumn(ISlideDataElement.SUB);
2 26 Feb 07 jari 784                 }
2 26 Feb 07 jari 785             } catch (NullPointerException npe) {
2 26 Feb 07 jari 786                 npe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 787             }
2 26 Feb 07 jari 788         }
2 26 Feb 07 jari 789         
2 26 Feb 07 jari 790         if (holding.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 791             JFrame subFrame = new JFrame("Region: MetaColumn " + metaColumn + ", MetaRow " + metaRow);
2 26 Feb 07 jari 792             subViewer = new SingleArrayViewer(subFrame);
2 26 Feb 07 jari 793             subViewer.changePaletteStyle(canvas.getPaletteStyle());
2 26 Feb 07 jari 794             subViewer.setThresholds(canvas.getThresholds());
2 26 Feb 07 jari 795             //Should this be nice?
2 26 Feb 07 jari 796             subViewer.canvas.setScale(canvas.getScale());
2 26 Feb 07 jari 797             
2 26 Feb 07 jari 798             newSlideData = new SlideData(maxSubColumn, maxSubRow);
2 26 Feb 07 jari 799             newSlideData.setSlideDataName(slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 800             newSlideData.setNormalizedState(slideData.getNormalizedState());
2 26 Feb 07 jari 801             int maxColumns = newSlideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 802             
2 26 Feb 07 jari 803             for (int i = 0; i < holding.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 804                 try {
2 26 Feb 07 jari 805                     sde = (ISlideDataElement) holding.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 806                     sde.setColumn(ISlideDataElement.BASE, (i % maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 807                     sde.setRow(ISlideDataElement.BASE, (i / maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 808                     
2 26 Feb 07 jari 809                     newSlideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 810                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 811                     System.out.println("Exception (SingleArrayViewer.createRegion(): " + e);
2 26 Feb 07 jari 812                 }
2 26 Feb 07 jari 813             }
2 26 Feb 07 jari 814             
2 26 Feb 07 jari 815             subViewer.setSlideData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 816             subViewer.setUpperLimits(canvas.getTopCy3(), canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 817             subViewer.panel.setXYScrollbars((long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), (long)slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 818             subViewer.panel.updateXUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 819             subViewer.panel.updateYUpperLimitScrollbar((long)canvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 820             subFrame.setSize(650, 650);
2 26 Feb 07 jari 821             subFrame.setLocation(150, 150);
2 26 Feb 07 jari 822             subFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 823         }
2 26 Feb 07 jari 824         
2 26 Feb 07 jari 825         else {
2 26 Feb 07 jari 826             MessageDisplay messageDisplay = new MessageDisplay(((JFrame) getParent()), "No region: Row " + metaRow + ", Column " + metaColumn, "");
2 26 Feb 07 jari 827         }
2 26 Feb 07 jari 828     }
2 26 Feb 07 jari 829     
2 26 Feb 07 jari 830     public void setReportFilename() {
2 26 Feb 07 jari 831         JFileChooser chooser = new JFileChooser(TMEV.getFile("data/"));
2 26 Feb 07 jari 832         chooser.setDialogTitle("Choose a Report Name");
2 26 Feb 07 jari 833         chooser.setMultiSelectionEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 834         if (chooser.showSaveDialog(getParent()) == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 835             generateReport(chooser.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 836         }
2 26 Feb 07 jari 837     }
2 26 Feb 07 jari 838     
2 26 Feb 07 jari 839     public void generateReport(final File reportFile) {
2 26 Feb 07 jari 840         Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 841             public void run() {
2 26 Feb 07 jari 842                 String filename = reportFile.getName();
2 26 Feb 07 jari 843                 FileOutputStream out = null;
2 26 Feb 07 jari 844                 PrintStream ps = null;
2 26 Feb 07 jari 845                 
2 26 Feb 07 jari 846                 String outputString = "";
2 26 Feb 07 jari 847                 float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 848                 
2 26 Feb 07 jari 849                 try {
2 26 Feb 07 jari 850                     ps = new PrintStream(new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(reportFile)));
2 26 Feb 07 jari 851                 } catch (IOException e) {
2 26 Feb 07 jari 852                     MessageDisplay messageDisplay = new MessageDisplay(getFrame(), "Can't write output file: " + filename, "");
2 26 Feb 07 jari 853                 }
2 26 Feb 07 jari 854                 try {
2 26 Feb 07 jari 855                     int size = slideData.getSize();
2 26 Feb 07 jari 856                     
2 26 Feb 07 jari 857                     org.tigr.util.awt.ProgressBar pb = new org.tigr.util.awt.ProgressBar(getFrame(), "Writing report: " + filename, Color.green, Color.green, Color.black, size);
2 26 Feb 07 jari 858                     pb.drawProgressBar();
2 26 Feb 07 jari 859                     
2 26 Feb 07 jari 860                     ps.println("Report for SlideFile: " + slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 861                     ps.println("Normalization: " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()) + "\tThresholds: " + canvas.getLowDifference() + "/" + canvas.getHighDifference());
2 26 Feb 07 jari 862                     outputString = "Row\tColumn\tMetaRow\tMetaColumn\tSubRow\tSubColumn\tCy3\tCy5\tCy5/Cy3";
2 26 Feb 07 jari 863                     for (int i = 0; i < getFieldNames().length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 864                         outputString += "\t" + getFieldNames()[i];
2 26 Feb 07 jari 865                     }
2 26 Feb 07 jari 866                     ps.println(outputString);
2 26 Feb 07 jari 867                     ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 868                     for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 869                         outputString = "";
2 26 Feb 07 jari 870                         
2 26 Feb 07 jari 871                         sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 872                         //!
2 26 Feb 07 jari 873                         if (sde != null) {
2 26 Feb 07 jari 874                             for (int j = 0; j < getFieldNames().length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 875                                 outputString += "\t" + sde.getFieldAt(j);
2 26 Feb 07 jari 876                             }
2 26 Feb 07 jari 877                             cy3 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 878                             cy5 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 879                             
2 26 Feb 07 jari 880                             if (canvas.getThresholds() == true) {
2 26 Feb 07 jari 881                                 if ((cy3+cy5 > 0) &&
2 26 Feb 07 jari 882                                 (cy3/(cy3+cy5) > canvas.getHighDifference() ||
2 26 Feb 07 jari 883                                 (cy3/(cy3+cy5) < canvas.getLowDifference()))) {
2 26 Feb 07 jari 884                                     ps.println(sde.getRow(ISlideDataElement.BASE) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 885                                     sde.getColumn(ISlideDataElement.BASE) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 886                                     sde.getRow(ISlideDataElement.META) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 887                                     sde.getColumn(ISlideDataElement.META) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 888                                     sde.getRow(ISlideDataElement.SUB) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 889                                     sde.getColumn(ISlideDataElement.SUB) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 890                                     cy3 + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 891                                     cy5 + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 892                                     sde.getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.BASE) +
2 26 Feb 07 jari 893                                     outputString);
2 26 Feb 07 jari 894                                 }
2 26 Feb 07 jari 895                             } else {
2 26 Feb 07 jari 896                                 ps.println(sde.getRow(ISlideDataElement.BASE) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 897                                 sde.getColumn(ISlideDataElement.BASE) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 898                                 sde.getRow(ISlideDataElement.META) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 899                                 sde.getColumn(ISlideDataElement.META) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 900                                 sde.getRow(ISlideDataElement.SUB) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 901                                 sde.getColumn(ISlideDataElement.SUB) + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 902                                 cy3 + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 903                                 cy5 + "\t" +
2 26 Feb 07 jari 904                                 sde.getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.BASE) +
2 26 Feb 07 jari 905                                 outputString);
2 26 Feb 07 jari 906                             }
2 26 Feb 07 jari 907                         }
2 26 Feb 07 jari 908                         
2 26 Feb 07 jari 909                         pb.increment(1);
2 26 Feb 07 jari 910                     }
2 26 Feb 07 jari 911                     ps.close();
2 26 Feb 07 jari 912                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 913                     MessageDisplay messageDisplay = new MessageDisplay(getFrame(), "Can't write: " + filename, "");
2 26 Feb 07 jari 914                 }
2 26 Feb 07 jari 915             }
2 26 Feb 07 jari 916         };
2 26 Feb 07 jari 917         thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 918         thread.run();
2 26 Feb 07 jari 919     }
2 26 Feb 07 jari 920     
2 26 Feb 07 jari 921     public void normalizeData(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 922         //SlideData slideData = getData(); IS THIS IMPORTANT?
2 26 Feb 07 jari 923         //DisplayPanel displayPanel = ((DisplayFrame) parent).getDisplayPanel();
2 26 Feb 07 jari 924         
2 26 Feb 07 jari 925         Properties properties = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 926         if(mode == ISlideData.LINEAR_REGRESSION){
2 26 Feb 07 jari 927             LinRegNormInitDialog dialog = new LinRegNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 928             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 929                 properties.setProperty("standard-deviation", Float.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 930                 properties.setProperty("mode", dialog.getMode());
2 26 Feb 07 jari 931                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 932             }
2 26 Feb 07 jari 933             else{
2 26 Feb 07 jari 934                 return;
2 26 Feb 07 jari 935             }
2 26 Feb 07 jari 936         }
2 26 Feb 07 jari 937         
2 26 Feb 07 jari 938         else if(mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_95 || mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_99){
2 26 Feb 07 jari 939             RatioStatsNormInitDialog dialog = new RatioStatsNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 940             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 941                 properties.setProperty("confidence-interval", Integer.toString(dialog.getCI()));
2 26 Feb 07 jari 942                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 943             }
2 26 Feb 07 jari 944             else{
2 26 Feb 07 jari 945                 return;
2 26 Feb 07 jari 946             }
2 26 Feb 07 jari 947         }
2 26 Feb 07 jari 948         
2 26 Feb 07 jari 949         else if(mode == ISlideData.ITERATIVE_LOG){
2 26 Feb 07 jari 950             IterativeLogMCNormInitDialog dialog = new IterativeLogMCNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 951             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 952                 properties.setProperty("standard-deviation", Float.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 953                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 954             }
2 26 Feb 07 jari 955             else{
2 26 Feb 07 jari 956                 return;
2 26 Feb 07 jari 957             }
2 26 Feb 07 jari 958         }
2 26 Feb 07 jari 959         
2 26 Feb 07 jari 960         
2 26 Feb 07 jari 961         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 962         
2 26 Feb 07 jari 963         slideData.applyNormalization(mode, properties);
2 26 Feb 07 jari 964         
2 26 Feb 07 jari 965         //Handle all drawing as necessary
2 26 Feb 07 jari 966         //long xVal, yVal;
2 26 Feb 07 jari 967         //xVal = displayPanel.xLastValue;
2 26 Feb 07 jari 968         //yVal = displayPanel.yLastValue;
2 26 Feb 07 jari 969         
2 26 Feb 07 jari 970         //canvas.setSlideData(slideData); IS THIS NECESSARY?
2 26 Feb 07 jari 971         //canvas.setUpperLimits(xVal, yVal); //Should be done, but think about the panel
2 26 Feb 07 jari 972         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 973         //canvas.setXYScrollbars(slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3), slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 974         //if (xVal <= displayPanel.xUpperLimitScrollbar.getMaximum()) displayPanel.updateXUpperLimitScrollbar(xVal);
2 26 Feb 07 jari 975         //else displayPanel.updateXUpperLimitScrollbar(displayPanel.xUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 976         //if (yVal <= displayPanel.yUpperLimitScrollbar.getMaximum()) displayPanel.updateYUpperLimitScrollbar(yVal);
2 26 Feb 07 jari 977         //else displayPanel.updateYUpperLimitScrollbar(displayPanel.yUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 978         //Should this second one be necessary?
2 26 Feb 07 jari 979         //canvas.drawSlide();
2 26 Feb 07 jari 980         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 981     }
2 26 Feb 07 jari 982     
2 26 Feb 07 jari 983     public void normalizeDataList(int mode) {
2 26 Feb 07 jari 984         //SlideData slideData = getData(); IS THIS IMPORTANT?
2 26 Feb 07 jari 985         
2 26 Feb 07 jari 986         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 987         Properties properties = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 988         if(mode == ISlideData.LINEAR_REGRESSION){
2 26 Feb 07 jari 989             LinRegNormInitDialog dialog = new LinRegNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 990             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 991                 properties.setProperty("standard-deviation", Double.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 992                 properties.setProperty("mode", dialog.getMode());
2 26 Feb 07 jari 993                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 994             }
2 26 Feb 07 jari 995             else{
2 26 Feb 07 jari 996                 return;
2 26 Feb 07 jari 997             }
2 26 Feb 07 jari 998         }
2 26 Feb 07 jari 999         
2 26 Feb 07 jari 1000         else if(mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_95 || mode == ISlideData.RATIO_STATISTICS_99){
2 26 Feb 07 jari 1001             RatioStatsNormInitDialog dialog = new RatioStatsNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 1002             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1003                 properties.setProperty("confidence-interval", Integer.toString(dialog.getCI()));
2 26 Feb 07 jari 1004                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1005             }
2 26 Feb 07 jari 1006             else{
2 26 Feb 07 jari 1007                 return;
2 26 Feb 07 jari 1008             }
2 26 Feb 07 jari 1009         }
2 26 Feb 07 jari 1010         
2 26 Feb 07 jari 1011         else if(mode == ISlideData.ITERATIVE_LOG){
2 26 Feb 07 jari 1012             IterativeLogMCNormInitDialog dialog = new IterativeLogMCNormInitDialog();
2 26 Feb 07 jari 1013             if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1014                 properties.setProperty("standard-deviation", Double.toString(dialog.getSD()));
2 26 Feb 07 jari 1015                 dialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1016             }
2 26 Feb 07 jari 1017             else{
2 26 Feb 07 jari 1018                 return;
2 26 Feb 07 jari 1019             }
2 26 Feb 07 jari 1020         }
2 26 Feb 07 jari 1021         //Should change to -> slideData.applyNormalizationList(normalizationMode);
2 26 Feb 07 jari 1022         slideData.applyNormalization(mode, properties);
2 26 Feb 07 jari 1023         
2 26 Feb 07 jari 1024         //Handle all drawing as necessary
2 26 Feb 07 jari 1025         //canvas.setSlideData(slideData); IS THIS NECESSARY?
2 26 Feb 07 jari 1026         //canvas.setUpperLimits(((DisplayFrame) parent).getDisplayPanel().xLastValue, ((DisplayFrame) parent).getDisplayPanel().yLastValue);
2 26 Feb 07 jari 1027         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 1028         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1029     }
2 26 Feb 07 jari 1030     
2 26 Feb 07 jari 1031     public void refreshSlide() {
2 26 Feb 07 jari 1032         systemEnable(TMEV.DATA_AVAILABLE);
2 26 Feb 07 jari 1033         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1034     }
2 26 Feb 07 jari 1035     
2 26 Feb 07 jari 1036     public void createScatterPlot(int scale) {
2 26 Feb 07 jari 1037         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 1038         GraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 1039         GraphPoint gp;
2 26 Feb 07 jari 1040         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 1041         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 1042         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1043         
2 26 Feb 07 jari 1044         try {
2 26 Feb 07 jari 1045             if (scale == AC.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 1046                 int maxCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1047                 int maxCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1048                 int minCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY3, false));
2 26 Feb 07 jari 1049                 int minCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY5, false));
2 26 Feb 07 jari 1050                 
2 26 Feb 07 jari 1051                 int xGap = ((int) (maxCy3 - minCy3));
2 26 Feb 07 jari 1052                 int yGap = ((int) (maxCy5 - minCy5));
2 26 Feb 07 jari 1053                 
2 26 Feb 07 jari 1054                 //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY3, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3));
2 26 Feb 07 jari 1055                 //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY5, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 1056                 
2 26 Feb 07 jari 1057                 //System.out.println(minCy3 + "\t" + maxCy3);
2 26 Feb 07 jari 1058                 //System.out.println(minCy5 + "\t" + maxCy5);
2 26 Feb 07 jari 1059                 //System.out.println(xGap + "\t" + yGap);
2 26 Feb 07 jari 1060                 
2 26 Feb 07 jari 1061                 graphFrame = new JFrame("Log Cy3 vs. Log Cy5");
2 26 Feb 07 jari 1062                 graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, minCy3, maxCy3, minCy5, maxCy5, 100, 100, 100, 100, "Log Cy3 vs. Log Cy5 - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Log Cy3", "Log Cy5");
2 26 Feb 07 jari 1063                 
2 26 Feb 07 jari 1064                 graph.setXAxisValue(minCy5);
2 26 Feb 07 jari 1065                 graph.setYAxisValue(minCy3);
2 26 Feb 07 jari 1066                 
2 26 Feb 07 jari 1067                 for (int i = minCy3 + 1; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1068                     gl = new GraphLine(i, minCy5, i, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1069                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1070                 }
2 26 Feb 07 jari 1071                 
2 26 Feb 07 jari 1072                 for (int i = minCy5 + 1; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1073                     gl = new GraphLine(minCy3, i, maxCy3, i, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1074                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1075                 }
2 26 Feb 07 jari 1076                 
2 26 Feb 07 jari 1077                 float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1078                 double logCy3, logCy5;
2 26 Feb 07 jari 1079                 for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1080                     sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1081                     
2 26 Feb 07 jari 1082                     cy3 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1083                     cy5 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1084                     logCy3 = Xcon.log10(cy3);
2 26 Feb 07 jari 1085                     logCy5 = Xcon.log10(cy5);
2 26 Feb 07 jari 1086                     
2 26 Feb 07 jari 1087                     if (canvas.thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 1088                         if ((cy3 + cy5 > 0) && ((cy3/(cy3+cy5) > canvas.highDifference) || ((double) cy3 / (cy3 + cy5) < canvas.lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 1089                             gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.red, 3);
2 26 Feb 07 jari 1090                             graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1091                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1092                             gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1093                             graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1094                         }
2 26 Feb 07 jari 1095                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1096                         gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1097                         graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1098                     }
2 26 Feb 07 jari 1099                 }
2 26 Feb 07 jari 1100                 for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1101                     gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1102                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1103                 }
2 26 Feb 07 jari 1104                 for (int i = minCy3; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1105                     gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1106                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1107                 }
2 26 Feb 07 jari 1108                 
2 26 Feb 07 jari 1109                 graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1110                 graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1111             } else if (scale == AC.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 1112                 float maxCy3 = slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1113                 float maxCy5 = slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1114                 
2 26 Feb 07 jari 1115                 float cy3Partition = maxCy3;
2 26 Feb 07 jari 1116                 float cy5Partition = maxCy5;
2 26 Feb 07 jari 1117                 long cy3Block = 0, cy5Block = 0;
2 26 Feb 07 jari 1118                 int power;
2 26 Feb 07 jari 1119                 
2 26 Feb 07 jari 1120                 for (power = 0; (! ((cy3Partition < 10) && (cy3Partition > 0))); power++) cy3Partition /= 10;
2 26 Feb 07 jari 1121                 cy3Block = (long) ((int) (cy3Partition * 10) * Math.pow(10, (power - 2)));
2 26 Feb 07 jari 1122                 for (power = 0; (! ((cy5Partition < 10) && (cy5Partition > 0))); power++) cy5Partition /= 10;
2 26 Feb 07 jari 1123                 cy5Block = (long) ((int) (cy5Partition * 10) * Math.pow(10, (power - 2)));
2 26 Feb 07 jari 1124                 
2 26 Feb 07 jari 1125                 maxCy3 = cy3Block * 11;
2 26 Feb 07 jari 1126                 maxCy5 = cy5Block * 11;
2 26 Feb 07 jari 1127                 
2 26 Feb 07 jari 1128                 graphFrame = new JFrame("Cy3 vs. Cy5");
2 26 Feb 07 jari 1129                 graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, 0, maxCy3, 0, maxCy5, 75, 75, 75, 75, "Cy3 vs. Cy5 - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Cy3", "Cy5");
2 26 Feb 07 jari 1130                 
2 26 Feb 07 jari 1131                 for (int i = 1; i < 12; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1132                     gl = new GraphLine(0, i * cy5Block, maxCy3, i * cy5Block, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1133                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1134                     gl = new GraphLine(i * cy3Block, 0, i * cy3Block, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1135                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1136                 }
2 26 Feb 07 jari 1137                 
2 26 Feb 07 jari 1138                 float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1139                 for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1140                     sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1141                     cy3 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1142                     cy5 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1143                     if (canvas.thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 1144                         if ((cy3 + cy5 > 0) && ((cy3 / (cy3 + cy5) > canvas.highDifference) || ((double) cy3 / (cy3 + cy5) < canvas.lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 1145                             gp = new GraphPoint(cy3, cy5, Color.red, 3);
2 26 Feb 07 jari 1146                             graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1147                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1148                             gp = new GraphPoint(cy3, cy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1149                             graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1150                         }
2 26 Feb 07 jari 1151                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1152                         gp = new GraphPoint(cy3, cy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1153                         graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1154                     }
2 26 Feb 07 jari 1155                 }
2 26 Feb 07 jari 1156                 for (int i = 0; i < 12; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1157                     gt = new GraphTick(i * cy3Block, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "" + i * cy3Block, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1158                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1159                     gt = new GraphTick(i * cy5Block, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "" + i * cy5Block, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1160                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1161                 }
2 26 Feb 07 jari 1162                 graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1163                 graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1164             }
2 26 Feb 07 jari 1165         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1166             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1167         }
2 26 Feb 07 jari 1168         /*
2 26 Feb 07 jari 1169         Graph2D graph;
2 26 Feb 07 jari 1170         double[] rawData = new double[slideData.size() * 2];
2 26 Feb 07 jari 1171         DataSet dataSet;
2 26 Feb 07 jari 1172         Axis xAxis, yAxis;
2 26 Feb 07 jari 1173         Markers markers;
2 26 Feb 07 jari 1174         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1175          
2 26 Feb 07 jari 1176         graph = new Graph2D();
2 26 Feb 07 jari 1177         graph.drawzero = false;
2 26 Feb 07 jari 1178         graph.drawgrid = false;
2 26 Feb 07 jari 1179         graph.borderTop = 50;
2 26 Feb 07 jari 1180         graph.borderRight = 50;
2 26 Feb 07 jari 1181         graph.setDataBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 1182          
2 26 Feb 07 jari 1183         markers = new Markers();
2 26 Feb 07 jari 1184         markers.AddMarker(2, new boolean[]{true, true}, new int[]{0, 0}, new int[]{0, 0});
2 26 Feb 07 jari 1185         boolean[] moveDraw = new boolean[]{false, true, true, true, true};
2 26 Feb 07 jari 1186         int[] xValues = new int[]{-1, 1, 1, -1, -1};
2 26 Feb 07 jari 1187         int[] yValues = new int[]{1, 1, -1, -1, 1};
2 26 Feb 07 jari 1188         markers.AddMarker(5, moveDraw, xValues, yValues);
2 26 Feb 07 jari 1189          
2 26 Feb 07 jari 1190         graph.setMarkers(markers);
2 26 Feb 07 jari 1191         plotFrame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 1192         plotFrame.getContentPane().add("Center", graph);
2 26 Feb 07 jari 1193          
2 26 Feb 07 jari 1194         for (int i = 0; i < slideData.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1195             {
2 26 Feb 07 jari 1196             sde = slideData.getElementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1197             rawData[i*2] = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1198             rawData[i*2+1] = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1199             }
2 26 Feb 07 jari 1200          
2 26 Feb 07 jari 1201         dataSet = graph.loadDataSet(rawData, slideData.size());
2 26 Feb 07 jari 1202         dataSet.linestyle = DataSet.NOLINE;
2 26 Feb 07 jari 1203         dataSet.marker = 1;
2 26 Feb 07 jari 1204         dataSet.markerscale = 1;
2 26 Feb 07 jari 1205         dataSet.markercolor = new Color(0, 0, 255);
2 26 Feb 07 jari 1206         //dataSet.legend(200, 100, "Array Data");
2 26 Feb 07 jari 1207         dataSet.legendColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1208          
2 26 Feb 07 jari 1209         xAxis = graph.createAxis(Axis.BOTTOM);
2 26 Feb 07 jari 1210         xAxis.attachDataSet(dataSet);
2 26 Feb 07 jari 1211         xAxis.setTitleText("Cy3");
2 26 Feb 07 jari 1212         xAxis.setTitleFont(new Font("TimesRoman",Font.PLAIN,20));
2 26 Feb 07 jari 1213         xAxis.setLabelFont(new Font("Helvetica",Font.PLAIN,15));
2 26 Feb 07 jari 1214          
2 26 Feb 07 jari 1215         yAxis = graph.createAxis(Axis.LEFT);
2 26 Feb 07 jari 1216         yAxis.attachDataSet(dataSet);
2 26 Feb 07 jari 1217         yAxis.setTitleText("Cy5");
2 26 Feb 07 jari 1218         yAxis.setTitleFont(new Font("TimesRoman",Font.PLAIN,20));
2 26 Feb 07 jari 1219         yAxis.setLabelFont(new Font("Helvetica",Font.PLAIN,15));
2 26 Feb 07 jari 1220          
2 26 Feb 07 jari 1221         plotFrame.move(200, 200);
2 26 Feb 07 jari 1222         plotFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1223         plotFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1224          */
2 26 Feb 07 jari 1225     }
2 26 Feb 07 jari 1226     
2 26 Feb 07 jari 1227     public void createRatioProductPlotByBlock() {
2 26 Feb 07 jari 1228         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 1229         BlockGraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 1230         GraphPoint gp;
2 26 Feb 07 jari 1231         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 1232         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 1233         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1234         
2 26 Feb 07 jari 1235         try {
2 26 Feb 07 jari 1236             int maxCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxProduct(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1237             int maxCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1238             int minCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinProduct(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, false, 2));
2 26 Feb 07 jari 1239             int minCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR));
2 26 Feb 07 jari 1240             
2 26 Feb 07 jari 1241             int xGap = ((int) (maxCy3 - minCy3));
2 26 Feb 07 jari 1242             int yGap = ((int) (maxCy5 - minCy5));
2 26 Feb 07 jari 1243             
2 26 Feb 07 jari 1244             //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY3, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3));
2 26 Feb 07 jari 1245             //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY5, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 1246             
2 26 Feb 07 jari 1247             //System.out.println(minCy3 + "\t" + maxCy3);
2 26 Feb 07 jari 1248             //System.out.println(minCy5 + "\t" + maxCy5);
2 26 Feb 07 jari 1249             //System.out.println(xGap + "\t" + yGap);
2 26 Feb 07 jari 1250             int metaRows, metaColumns;
2 26 Feb 07 jari 1251             metaRows =  ((ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(slideData.getSize()-1)).getRow(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 1252             metaColumns =  ((ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(slideData.getSize()-1)).getColumn(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 1253             
2 26 Feb 07 jari 1254             //    System.out.println("metarows = "+metaRows+"metacols"+metaColumns);
2 26 Feb 07 jari 1255             
2 26 Feb 07 jari 1256             graphFrame = new JFrame("Log Product vs. Log Ratio, by Metablock");
2 26 Feb 07 jari 1257             graph = new BlockGraphViewer(graphFrame, metaRows, metaColumns, 0, 500, 0, 500, minCy3, maxCy3, minCy5, maxCy5, 100, 100, 100, 100, "Log Product vs. Log Ratio - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Log (Cy3 x Cy5)", "Log (Cy5 / Cy3)");
2 26 Feb 07 jari 1258             
2 26 Feb 07 jari 1259             graph.setXAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 1260             graph.setYAxisValue(minCy3);
2 26 Feb 07 jari 1261             
2 26 Feb 07 jari 1262             for (int i = minCy3 + 1; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1263                 gl = new GraphLine(i, minCy5, i, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1264                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1265             }
2 26 Feb 07 jari 1266             
2 26 Feb 07 jari 1267             for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1268                 if (i != 0) {
2 26 Feb 07 jari 1269                     gl = new GraphLine(minCy3, i, maxCy3, i, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1270                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1271                 }
2 26 Feb 07 jari 1272             }
2 26 Feb 07 jari 1273             
2 26 Feb 07 jari 1274             float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1275             double logCy3, logCy5;
2 26 Feb 07 jari 1276             int metaBlock, metaRow, metaCol;
2 26 Feb 07 jari 1277             Color[] metaColors = graph.getColors();
2 26 Feb 07 jari 1278             for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1279                 sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1280                 
2 26 Feb 07 jari 1281                 cy3 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1282                 cy5 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1283                 metaRow = sde.getRow(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 1284                 metaCol = sde.getColumn(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 1285                 metaBlock = (metaRow * metaCol) + ((metaRow - 1) * (metaColumns - metaCol))-1;
2 26 Feb 07 jari 1286                 //System.out.println("metablock = " + metaBlock);
2 26 Feb 07 jari 1287                 //metaBlock = (2 * (sde.getRow(ISlideDataElement.META) - 1) + sde.getColumn(ISlideDataElement.META) - 1); //Hardcoded for 2x6 block configuration
2 26 Feb 07 jari 1288                 logCy3 = Xcon.log10(cy3 * cy5);
2 26 Feb 07 jari 1289                 logCy5 = Xcon.log10((double) cy5 / (double) cy3);
2 26 Feb 07 jari 1290                 
2 26 Feb 07 jari 1291                 if(metaBlock < metaColors.length)
2 26 Feb 07 jari 1292                     gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, metaColors[metaBlock], 3);
2 26 Feb 07 jari 1293                 else
2 26 Feb 07 jari 1294                     gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.black, 3);
2 26 Feb 07 jari 1295                 graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1296             }
2 26 Feb 07 jari 1297             
2 26 Feb 07 jari 1298             for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1299                 if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "0" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1300                 else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1301                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1302             }
2 26 Feb 07 jari 1303             
2 26 Feb 07 jari 1304             for (int i = minCy3; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1305                 if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "0" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1306                 else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1307                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1308             }
2 26 Feb 07 jari 1309             
2 26 Feb 07 jari 1310             graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1311             graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1312         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1313             System.out.println("Exception (createRatioProduct()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 1314             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1315         }
2 26 Feb 07 jari 1316     }
2 26 Feb 07 jari 1317     
2 26 Feb 07 jari 1318     public void createRatioProductPlot() {
2 26 Feb 07 jari 1319         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 1320         GraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 1321         GraphPoint gp;
2 26 Feb 07 jari 1322         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 1323         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 1324         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1325         
2 26 Feb 07 jari 1326         try {
2 26 Feb 07 jari 1327             int maxCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxProduct(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1328             int maxCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMaxRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR)) + 1;
2 26 Feb 07 jari 1329             int minCy3 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinProduct(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, false));
2 26 Feb 07 jari 1330             int minCy5 = (int) Xcon.log10(slideData.getMinRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR));
2 26 Feb 07 jari 1331             
2 26 Feb 07 jari 1332             int xGap = ((int) (maxCy3 - minCy3));
2 26 Feb 07 jari 1333             int yGap = ((int) (maxCy5 - minCy5));
2 26 Feb 07 jari 1334             
2 26 Feb 07 jari 1335             //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY3, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3));
2 26 Feb 07 jari 1336             //System.out.println(slideData.getMinIntensity(ISlideDataElement.CY5, false) + "\t" + slideData.getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 1337             
2 26 Feb 07 jari 1338             //System.out.println(minCy3 + "\t" + maxCy3);
2 26 Feb 07 jari 1339             //System.out.println(minCy5 + "\t" + maxCy5);
2 26 Feb 07 jari 1340             //System.out.println(xGap + "\t" + yGap);
2 26 Feb 07 jari 1341             
2 26 Feb 07 jari 1342             graphFrame = new JFrame("Log Product vs. Log Ratio");
2 26 Feb 07 jari 1343             graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, minCy3, maxCy3, minCy5, maxCy5, 100, 100, 100, 100, "Log Product vs. Log Ratio - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Log (Cy3 x Cy5)", "Log (Cy5 / Cy3)");
2 26 Feb 07 jari 1344             
2 26 Feb 07 jari 1345             graph.setXAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 1346             graph.setYAxisValue(minCy3);
2 26 Feb 07 jari 1347             
2 26 Feb 07 jari 1348             for (int i = minCy3 + 1; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1349                 gl = new GraphLine(i, minCy5, i, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1350                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1351             }
2 26 Feb 07 jari 1352             
2 26 Feb 07 jari 1353             for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1354                 if (i != 0) {
2 26 Feb 07 jari 1355                     gl = new GraphLine(minCy3, i, maxCy3, i, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1356                     graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1357                 }
2 26 Feb 07 jari 1358             }
2 26 Feb 07 jari 1359             
2 26 Feb 07 jari 1360             float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 1361             double logCy3, logCy5;
2 26 Feb 07 jari 1362             for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1363                 sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1364                 
2 26 Feb 07 jari 1365                 cy3 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1366                 cy5 = sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1367                 logCy3 = Xcon.log10(cy3 * cy5);
2 26 Feb 07 jari 1368                 logCy5 = Xcon.log10(cy5/cy3);
2 26 Feb 07 jari 1369                 
2 26 Feb 07 jari 1370                 if (canvas.thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 1371                     if ((cy3 + cy5 > 0) && ((cy3/(cy3+cy5) > canvas.highDifference) || ((double) cy3 / (cy3 + cy5) < canvas.lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 1372                         gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.red, 3);
2 26 Feb 07 jari 1373                         graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1374                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1375                         gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1376                         graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1377                     }
2 26 Feb 07 jari 1378                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1379                     gp = new GraphPoint(logCy3, logCy5, Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 1380                     graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 1381                 }
2 26 Feb 07 jari 1382             }
2 26 Feb 07 jari 1383             
2 26 Feb 07 jari 1384             for (int i = minCy5; i <= maxCy5; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1385                 if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "0" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1386                 else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1387                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1388             }
2 26 Feb 07 jari 1389             
2 26 Feb 07 jari 1390             for (int i = minCy3; i <= maxCy3; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1391                 if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "0" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1392                 else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "1.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1393                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1394             }
2 26 Feb 07 jari 1395             
2 26 Feb 07 jari 1396             graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1397             graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1398         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1399             System.out.println("Exception (createRatioProduct()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 1400         }
2 26 Feb 07 jari 1401     }
2 26 Feb 07 jari 1402     
2 26 Feb 07 jari 1403     public void createHistogram(int scale) {
2 26 Feb 07 jari 1404         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 1405         GraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 1406         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 1407         GraphBar gb;
2 26 Feb 07 jari 1408         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 1409         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1410         
2 26 Feb 07 jari 1411         try {
2 26 Feb 07 jari 1412             if (scale == AC.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 1413                 int partitions = 103;
2 26 Feb 07 jari 1414                 double spread = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1415                 
2 26 Feb 07 jari 1416                 double bottomValue = -5.0, topValue = 5.0;
2 26 Feb 07 jari 1417                 double ratio = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1418                 int maxCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1419                 int[] bin = new int[partitions];
2 26 Feb 07 jari 1420                 
2 26 Feb 07 jari 1421                 double tempDouble = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1422                 
2 26 Feb 07 jari 1423                 if (partitions % 2 == 1) { //Odd number
2 26 Feb 07 jari 1424                     spread = (double) (topValue - bottomValue) / (partitions - 3);
2 26 Feb 07 jari 1425                 }
2 26 Feb 07 jari 1426                 
2 26 Feb 07 jari 1427                 double tx, ty;
2 26 Feb 07 jari 1428                 for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1429                     sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1430                     ratio = sde.getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LOG);
2 26 Feb 07 jari 1431                     
2 26 Feb 07 jari 1432                     for (int j = 0; j < partitions; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1433                         if (j == 0) {
2 26 Feb 07 jari 1434                             tx = Double.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 1435                             ty = bottomValue - (spread / 2);
2 26 Feb 07 jari 1436                         } else if (j == partitions - 1) {
2 26 Feb 07 jari 1437                             tx = topValue + (spread / 2);
2 26 Feb 07 jari 1438                             ty = Double.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 1439                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1440                             tx = bottomValue - (spread / 2) + ((j - 1) * spread);
2 26 Feb 07 jari 1441                             ty = tx + spread;
2 26 Feb 07 jari 1442                         }
2 26 Feb 07 jari 1443                         
2 26 Feb 07 jari 1444                         if (((ratio >= tx) && (ratio <= ty)) && (sde.hasNoZeros())) bin[j]++;
2 26 Feb 07 jari 1445                     }
2 26 Feb 07 jari 1446                 }
2 26 Feb 07 jari 1447                 
2 26 Feb 07 jari 1448                 for (int i = 0; i < bin.length; i++) if (maxCount < bin[i]) maxCount = bin[i];
2 26 Feb 07 jari 1449                 int power, maxBlock = 0;
2 26 Feb 07 jari 1450                 float maxPartition = (float) maxCount;
2 26 Feb 07 jari 1451                 for (power = 0; (! ((maxPartition < 10) && (maxPartition > 0))); power++) maxPartition /= 10;
2 26 Feb 07 jari 1452                 maxBlock = (int) ((int) (maxPartition * 10) * Math.pow(10, (power - 2)));
2 26 Feb 07 jari 1453                 maxCount = maxBlock * 11;
2 26 Feb 07 jari 1454                 
2 26 Feb 07 jari 1455                 graphFrame = new JFrame("Log (Cy5 / Cy3)");
2 26 Feb 07 jari 1456                 graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, bottomValue - (3 * spread / 2), topValue + (3 * spread / 2), 0, maxCount, 75, 75, 75, 75, "Log (Cy5 / Cy3) - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Ratio", "Count");
2 26 Feb 07 jari 1457                 
2 26 Feb 07 jari 1458                 for (int i = 1; i < 12; i++) { //Guide lines
2 26 Feb 07 jari 1459                     //gl = new GraphLine(bottomValue, i * cy5Block, topValue, i * cy5Block, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1460                     //graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1461                     //gl = new GraphLine(i * cy3Block, 0, i * cy3Block, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1462                     //graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1463                 }
2 26 Feb 07 jari 1464                 double lowLog = Math.log(1 / canvas.getFactor());
2 26 Feb 07 jari 1465                 double highLog = Math.log(canvas.getFactor());
2 26 Feb 07 jari 1466                 
2 26 Feb 07 jari 1467                 for (int i = 0; i < bin.length; i++) { //Histogram Bars
2 26 Feb 07 jari 1468                     if (canvas.thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 1469                         if (((bottomValue + ((i - 1) * spread)) <= lowLog) || ((bottomValue + ((i - 1) * spread)) >= highLog)) {
2 26 Feb 07 jari 1470                             gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1471                             bin[i], Color.red, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1472                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1473                             gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1474                             bin[i], Color.blue, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1475                         }
2 26 Feb 07 jari 1476                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1477                         gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1478                         bin[i], Color.blue, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1479                     }
2 26 Feb 07 jari 1480                     graph.addGraphElement(gb);
2 26 Feb 07 jari 1481                 }
2 26 Feb 07 jari 1482                 
2 26 Feb 07 jari 1483                 /*if (false) // For a tick on every bin
2 26 Feb 07 jari 1484                     {
2 26 Feb 07 jari 1485                     for (int i = 0; i < bin.length + 1; i++) //X-Axis ticks
2 26 Feb 07 jari 1486                         {
2 26 Feb 07 jari 1487                         tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread);
2 26 Feb 07 jari 1488                         if (i == 0) gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Minimum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1489                         else if (i == bin.length) gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Maximum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1490                         else
2 26 Feb 07 jari 1491                             {
2 26 Feb 07 jari 1492                             tempDouble *= 100;
2 26 Feb 07 jari 1493                             tempDouble /= 100;
2 26 Feb 07 jari 1494                             gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "" + tempDouble, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1495                             }
2 26 Feb 07 jari 1496                         graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1497                         }
2 26 Feb 07 jari 1498                     }
2 26 Feb 07 jari 1499                 else
2 26 Feb 07 jari 1500                     {*/
2 26 Feb 07 jari 1501                 tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (0 * spread);
2 26 Feb 07 jari 1502                 gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Minimum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1503                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1504                 
2 26 Feb 07 jari 1505                 tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (bin.length * spread);
2 26 Feb 07 jari 1506                 gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Maximum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1507                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1508                 
2 26 Feb 07 jari 1509                 for (int i = (int) bottomValue; i <= (int) topValue; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1510                     gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1511                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1512                 }
2 26 Feb 07 jari 1513                 //}
2 26 Feb 07 jari 1514                 
2 26 Feb 07 jari 1515                 for (int i = 1; i < 12; i++) { //Y-Axis ticks
2 26 Feb 07 jari 1516                     gt = new GraphTick(i * maxBlock, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "" + i * maxBlock, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1517                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1518                 }
2 26 Feb 07 jari 1519                 
2 26 Feb 07 jari 1520                 graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1521                 graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1522             } else if (scale == AC.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 1523                 int partitions = 53;
2 26 Feb 07 jari 1524                 double spread = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1525                 
2 26 Feb 07 jari 1526                 double bottomValue = 0.0, topValue = 5.0;
2 26 Feb 07 jari 1527                 double ratio = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1528                 int maxCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 1529                 int[] bin = new int[partitions];
2 26 Feb 07 jari 1530                 
2 26 Feb 07 jari 1531                 double tempDouble = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 1532                 
2 26 Feb 07 jari 1533                 if (partitions % 2 == 1) { //Odd number
2 26 Feb 07 jari 1534                     spread = (double) (topValue - bottomValue) / (partitions - 3);
2 26 Feb 07 jari 1535                 }
2 26 Feb 07 jari 1536                 
2 26 Feb 07 jari 1537                 double tx, ty;
2 26 Feb 07 jari 1538                 for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1539                     sde = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1540                     ratio = sde.getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 1541                     
2 26 Feb 07 jari 1542                     for (int j = 0; j < partitions; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1543                         if (j == 0) {
2 26 Feb 07 jari 1544                             tx = Double.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 1545                             ty = bottomValue - (spread / 2);
2 26 Feb 07 jari 1546                         } else if (j == partitions - 1) {
2 26 Feb 07 jari 1547                             tx = topValue + (spread / 2);
2 26 Feb 07 jari 1548                             ty = Double.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 1549                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1550                             tx = bottomValue - (spread / 2) + ((j - 1) * spread);
2 26 Feb 07 jari 1551                             ty = tx + spread;
2 26 Feb 07 jari 1552                         }
2 26 Feb 07 jari 1553                         
2 26 Feb 07 jari 1554                         if (((ratio >= tx) && (ratio <= ty)) && (sde.hasNoZeros())) bin[j]++;
2 26 Feb 07 jari 1555                     }
2 26 Feb 07 jari 1556                 }
2 26 Feb 07 jari 1557                 
2 26 Feb 07 jari 1558                 for (int i = 0; i < bin.length; i++) if (maxCount < bin[i]) maxCount = bin[i];
2 26 Feb 07 jari 1559                 int power, maxBlock = 0;
2 26 Feb 07 jari 1560                 float maxPartition = (float) maxCount;
2 26 Feb 07 jari 1561                 for (power = 0; (! ((maxPartition < 10) && (maxPartition > 0))); power++) maxPartition /= 10;
2 26 Feb 07 jari 1562                 maxBlock = (int) ((int) (maxPartition * 10) * Math.pow(10, (power - 2)));
2 26 Feb 07 jari 1563                 maxCount = maxBlock * 11;
2 26 Feb 07 jari 1564                 
2 26 Feb 07 jari 1565                 graphFrame = new JFrame("Cy5 / Cy3");
2 26 Feb 07 jari 1566                 graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, bottomValue - (3 * spread / 2), topValue + (3 * spread / 2), 0, maxCount, 75, 75, 75, 75, "Cy5 / Cy3 - " + SlideData.normalizationString(slideData.getNormalizedState()), "Ratio", "Count");
2 26 Feb 07 jari 1567                 
2 26 Feb 07 jari 1568                 for (int i = 1; i < 12; i++) { //Guide lines
2 26 Feb 07 jari 1569                     //gl = new GraphLine(bottomValue, i * cy5Block, topValue, i * cy5Block, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1570                     //graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1571                     //gl = new GraphLine(i * cy3Block, 0, i * cy3Block, maxCy5, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 1572                     //graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 1573                 }
2 26 Feb 07 jari 1574                 
2 26 Feb 07 jari 1575                 double lowLog = 1 / canvas.getFactor();
2 26 Feb 07 jari 1576                 double highLog = canvas.getFactor();
2 26 Feb 07 jari 1577                 
2 26 Feb 07 jari 1578                 for (int i = 0; i < bin.length; i++) { //Histogram Bars
2 26 Feb 07 jari 1579                     if (canvas.thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 1580                         if (((bottomValue + ((i - 1) * spread)) <= lowLog) || ((bottomValue + ((i - 1) * spread)) >= highLog)) {
2 26 Feb 07 jari 1581                             gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1582                             bin[i], Color.red, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1583                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1584                             gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1585                             bin[i], Color.blue, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1586                         }
2 26 Feb 07 jari 1587                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1588                         gb = new GraphBar(bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread), bottomValue - (spread / 2) + (i * spread),
2 26 Feb 07 jari 1589                         bin[i], Color.blue, GraphBar.VERTICAL, GraphBar.SOLID);
2 26 Feb 07 jari 1590                     }
2 26 Feb 07 jari 1591                     graph.addGraphElement(gb);
2 26 Feb 07 jari 1592                 }
2 26 Feb 07 jari 1593                 
2 26 Feb 07 jari 1594                 /*if (false) // For a tick on every bin
2 26 Feb 07 jari 1595                     {
2 26 Feb 07 jari 1596                     for (int i = 0; i < bin.length + 1; i++) //X-Axis ticks
2 26 Feb 07 jari 1597                         {
2 26 Feb 07 jari 1598                         tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (i * spread);
2 26 Feb 07 jari 1599                         if (i == 0) gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Minimum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1600                         else if (i == bin.length) gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Maximum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1601                         else
2 26 Feb 07 jari 1602                             {
2 26 Feb 07 jari 1603                             tempDouble *= 100;
2 26 Feb 07 jari 1604                             tempDouble /= 100;
2 26 Feb 07 jari 1605                             gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "" + tempDouble, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1606                             }
2 26 Feb 07 jari 1607                         graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1608                         }
2 26 Feb 07 jari 1609                     }
2 26 Feb 07 jari 1610                 else
2 26 Feb 07 jari 1611                     {*/
2 26 Feb 07 jari 1612                 tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (0 * spread);
2 26 Feb 07 jari 1613                 gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Minimum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1614                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1615                 
2 26 Feb 07 jari 1616                 tempDouble = bottomValue - (3 * spread / 2) + (bin.length * spread);
2 26 Feb 07 jari 1617                 gt = new GraphTick(tempDouble, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "Maximum", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1618                 graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1619                 
2 26 Feb 07 jari 1620                 for (int i = (int) bottomValue; i <= (int) topValue; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1621                     gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, "" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1622                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1623                 }
2 26 Feb 07 jari 1624                 //}
2 26 Feb 07 jari 1625                 
2 26 Feb 07 jari 1626                 for (int i = 1; i < 12; i++) { //Y-Axis ticks
2 26 Feb 07 jari 1627                     gt = new GraphTick(i * maxBlock, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "" + i * maxBlock, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1628                     graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 1629                 }
2 26 Feb 07 jari 1630                 
2 26 Feb 07 jari 1631                 graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 1632                 graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1633             }
2 26 Feb 07 jari 1634         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1635             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1636         }
2 26 Feb 07 jari 1637         
2 26 Feb 07 jari 1638         
2 26 Feb 07 jari 1639         //HistogramViewer histogramViewer = null;
2 26 Feb 07 jari 1640         //JFrame histogramFrame = null;
2 26 Feb 07 jari 1641         
2 26 Feb 07 jari 1642         /* If this compiles, this is not necessary
2 26 Feb 07 jari 1643         int[] bin;
2 26 Feb 07 jari 1644         int highY = 0;
2 26 Feb 07 jari 1645         Color barColor = Color.blue;
2 26 Feb 07 jari 1646         Color highlightColor = Color.red;
2 26 Feb 07 jari 1647          */
2 26 Feb 07 jari 1648         
2 26 Feb 07 jari 1649         /*
2 26 Feb 07 jari 1650         if (scale == SingleArrayViewer.LOG)
2 26 Feb 07 jari 1651             {
2 26 Feb 07 jari 1652             histogramFrame = new JFrame(slideData.getSlideDataName() + " - Ratio Histogram (Log)");
2 26 Feb 07 jari 1653             histogramViewer = new HistogramViewer(histogramFrame, 0, 400, 0, 400, -1, 1, 0, 200, 50, 50, 50, 50);
2 26 Feb 07 jari 1654             histogramViewer.setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1655             histogramViewer.setScale(AC.LOG);
2 26 Feb 07 jari 1656             histogramFrame.setIconImage(new ImageIcon(org.tigr.microarray.SingleArrayViewer.class.getResource("/org/tigr/images/expression.gif")).getImage());
2 26 Feb 07 jari 1657             histogramFrame.setSize(600, 600);
2 26 Feb 07 jari 1658             histogramFrame.move(300, 100);
2 26 Feb 07 jari 1659             histogramFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1660             }
2 26 Feb 07 jari 1661         else if (scale == SingleArrayViewer.LINEAR)
2 26 Feb 07 jari 1662             {
2 26 Feb 07 jari 1663             histogramFrame = new JFrame(slideData.getSlideDataName() + " - Ratio Histogram (Linear)");
2 26 Feb 07 jari 1664             histogramViewer = new HistogramViewer(histogramFrame, 0, 400, 0, 400, 0, 5, 0, 200, 50, 50, 50, 50);
2 26 Feb 07 jari 1665             histogramViewer.setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1666             histogramViewer.setScale(AC.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 1667             histogramFrame.setIconImage(new ImageIcon(org.tigr.microarray.SingleArrayViewer.class.getResource("/org/tigr/images/expression.gif")).getImage());
2 26 Feb 07 jari 1668             histogramFrame.setSize(600, 600);
2 26 Feb 07 jari 1669             histogramFrame.move(300, 100);
2 26 Feb 07 jari 1670             histogramFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1671             }
2 26 Feb 07 jari 1672          */
2 26 Feb 07 jari 1673     }
2 26 Feb 07 jari 1674     
2 26 Feb 07 jari 1675     /*
2 26 Feb 07 jari 1676     public void newSubArray()
2 26 Feb 07 jari 1677         {
2 26 Feb 07 jari 1678         String source;
2 26 Feb 07 jari 1679         double low = displayCanvas.getLowDifference();
2 26 Feb 07 jari 1680         double high = displayCanvas.getHighDifference();
2 26 Feb 07 jari 1681      
2 26 Feb 07 jari 1682         if (displayCanvas.getThresholds()) source = "SubArray: Lower " + (Math.rint(low * 100) / 100) + ", Higher " + (Math.rint(high * 100) / 100);
2 26 Feb 07 jari 1683         else source = "SubArray: No Thresholds";
2 26 Feb 07 jari 1684      
2 26 Feb 07 jari 1685         SubApplet subApplet = new SubApplet(source);
2 26 Feb 07 jari 1686         SubFrame subFrame = new SubFrame(subApplet);
2 26 Feb 07 jari 1687         SubCanvas subCanvas = subApplet.getSubCanvas();
2 26 Feb 07 jari 1688         SubPanel subPanel = subFrame.getSubPanel();
2 26 Feb 07 jari 1689         Vector holding;
2 26 Feb 07 jari 1690         SlideData newSlideData;
2 26 Feb 07 jari 1691         ISlideDataElement sde, sdo;
2 26 Feb 07 jari 1692      
2 26 Feb 07 jari 1693         subApplet.changePaletteStyle(displayCanvas.getPaletteStyle());
2 26 Feb 07 jari 1694         subApplet.setThresholds(displayCanvas.getThresholds());
2 26 Feb 07 jari 1695         //Should this be nice?
2 26 Feb 07 jari 1696         subCanvas.setScale(displayCanvas.getScale());
2 26 Feb 07 jari 1697         switch (displayCanvas.getPaletteStyle())
2 26 Feb 07 jari 1698             {
2 26 Feb 07 jari 1699             case DisplayCanvas.BLUETORED: subFrame.handleItems(subFrame.blueToRedItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1700             case DisplayCanvas.GREENRED: subFrame.handleItems(subFrame.greenRedItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1701             case DisplayCanvas.OVERLAY: subFrame.handleItems(subFrame.overlayItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1702             }
2 26 Feb 07 jari 1703         if (displayCanvas.getThresholds()) subFrame.handleItems(subFrame.setGreenRedThresholdsOnItem);
2 26 Feb 07 jari 1704         else subFrame.handleItems(subFrame.setGreenRedThresholdsOffItem);
2 26 Feb 07 jari 1705         if (displayCanvas.getScale()) subFrame.handleItems(subFrame.setScaleOnItem);
2 26 Feb 07 jari 1706         else subFrame.handleItems(subFrame.setScaleOffItem);
2 26 Feb 07 jari 1707      
2 26 Feb 07 jari 1708         if (displayCanvas.getThresholds())
2 26 Feb 07 jari 1709             {
2 26 Feb 07 jari 1710             holding = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 1711             for (int i = 0; i < slideData.getSlideDataSize(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1712                 {
2 26 Feb 07 jari 1713                 try
2 26 Feb 07 jari 1714                     {
2 26 Feb 07 jari 1715                     sdo = (ISlideDataElement) slideData.getSlideDataElementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1716                     sde = new SlideDataElement(sdo.getRow(), sdo.getColumn(), sdo.getMetaRow(), sdo.getMetaColumn(),
2 26 Feb 07 jari 1717                                             sdo.getSubRow(), sdo.getSubColumn(), sdo.getCy3(), sdo.getCy5(),
2 26 Feb 07 jari 1718                                             sdo.getValues(), sdo.getIsNull());
2 26 Feb 07 jari 1719                     int cy3 = (int) sde.getCy3();
2 26 Feb 07 jari 1720                     int cy5 = (int) sde.getCy5();
2 26 Feb 07 jari 1721                     if ((cy3 + cy5 > 0) && (((double) cy3 / (cy3 + cy5) > high)
2 26 Feb 07 jari 1722                             || ((double) cy3 / (cy3 + cy5) < low))) holding.addElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 1723                     }
2 26 Feb 07 jari 1724                 catch (NullPointerException npe) {;}
2 26 Feb 07 jari 1725                 }
2 26 Feb 07 jari 1726      
2 26 Feb 07 jari 1727             if (holding.size() > 0)
2 26 Feb 07 jari 1728                 {
2 26 Feb 07 jari 1729                 int columns = (int) Math.ceil(Math.sqrt(holding.size() / 6));
2 26 Feb 07 jari 1730                 int rows = columns * 6;
2 26 Feb 07 jari 1731      
2 26 Feb 07 jari 1732                 for (; (columns * rows) - holding.size() >= columns; rows--) {;}
2 26 Feb 07 jari 1733      
2 26 Feb 07 jari 1734                 newSlideData = new SlideData(columns, rows, slideData.getTrueColumns(), slideData.getTrueRows());
2 26 Feb 07 jari 1735                 newSlideData.setSlideDataName(slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 1736                 newSlideData.setNormalizedState(slideData.getNormalizedState());
2 26 Feb 07 jari 1737                 int maxColumns = newSlideData.getColumns();
2 26 Feb 07 jari 1738                 for (int i = 0; i < holding.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1739                     {
2 26 Feb 07 jari 1740                     try
2 26 Feb 07 jari 1741                         {
2 26 Feb 07 jari 1742                         sde = (ISlideDataElement) holding.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1743                         sde.setColumn((i % maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 1744                         sde.setRow((i / maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 1745      
2 26 Feb 07 jari 1746                         //Should this be one step?
2 26 Feb 07 jari 1747                         sde.setSlideData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1748                         newSlideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 1749                         }
2 26 Feb 07 jari 1750                     catch (Exception e) {System.out.println("Exception (DisplayApplet.createSubarray(): " + e);}
2 26 Feb 07 jari 1751                     }
2 26 Feb 07 jari 1752                 subApplet.setData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1753                 subCanvas.setUpperLimits(displayCanvas.getTopCy3(), displayCanvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 1754                 subPanel.setXYScrollbars(slideData.getMaxCy3(), slideData.getMaxCy5());
2 26 Feb 07 jari 1755                 subPanel.updateXUpperLimitScrollbar(displayCanvas.getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 1756                 subPanel.updateYUpperLimitScrollbar(displayCanvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 1757                 subApplet.drawNewPicture(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1758                 subCanvas.drawSlide();
2 26 Feb 07 jari 1759                 }
2 26 Feb 07 jari 1760             }
2 26 Feb 07 jari 1761         else
2 26 Feb 07 jari 1762             {
2 26 Feb 07 jari 1763             subApplet.setData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1764             subApplet.drawNewPicture(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1765             subCanvas.drawSlide();
2 26 Feb 07 jari 1766             }
2 26 Feb 07 jari 1767         }
2 26 Feb 07 jari 1768      
2 26 Feb 07 jari 1769     public void createRegion(int metaRow, int metaColumn)
2 26 Feb 07 jari 1770         {
2 26 Feb 07 jari 1771         SubApplet subApplet;
2 26 Feb 07 jari 1772         SubFrame subFrame;
2 26 Feb 07 jari 1773         SubCanvas subCanvas;
2 26 Feb 07 jari 1774         SubPanel subPanel;
2 26 Feb 07 jari 1775         Vector holding;
2 26 Feb 07 jari 1776         SlideData newSlideData;
2 26 Feb 07 jari 1777         ISlideDataElement sde, sdo;
2 26 Feb 07 jari 1778         int maxSubRow = 0, maxSubColumn = 0;
2 26 Feb 07 jari 1779      
2 26 Feb 07 jari 1780         holding = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 1781         for (int i = 0; i < slideData.getSlideDataSize(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1782             {
2 26 Feb 07 jari 1783             try
2 26 Feb 07 jari 1784                 {
2 26 Feb 07 jari 1785                 sdo = (ISlideDataElement) slideData.getSlideDataElementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1786                 sde = new SlideDataElement(sdo.getRow(), sdo.getColumn(), sdo.getMetaRow(), sdo.getMetaColumn(),
2 26 Feb 07 jari 1787                                             sdo.getSubRow(), sdo.getSubColumn(), sdo.getCy3(), sdo.getCy5(),
2 26 Feb 07 jari 1788                                             sdo.getValues(), sdo.getIsNull());
2 26 Feb 07 jari 1789                 if ((sde.getMetaRow() == metaRow) && (sde.getMetaColumn() == metaColumn))
2 26 Feb 07 jari 1790                     {
2 26 Feb 07 jari 1791                     holding.addElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 1792                     if (sde.getSubRow() > maxSubRow) maxSubRow = sde.getSubRow();
2 26 Feb 07 jari 1793                     if (sde.getSubColumn() > maxSubColumn) maxSubColumn = sde.getSubColumn();
2 26 Feb 07 jari 1794                     }
2 26 Feb 07 jari 1795                 }
2 26 Feb 07 jari 1796             catch (NullPointerException npe) {;}
2 26 Feb 07 jari 1797             }
2 26 Feb 07 jari 1798      
2 26 Feb 07 jari 1799         if (holding.size() > 0)
2 26 Feb 07 jari 1800             {
2 26 Feb 07 jari 1801             subApplet = new SubApplet("Region: MetaColumn " + metaColumn + ", MetaRow " + metaRow);
2 26 Feb 07 jari 1802             subFrame = new SubFrame(subApplet);
2 26 Feb 07 jari 1803             subCanvas = subApplet.getSubCanvas();
2 26 Feb 07 jari 1804             subPanel = subFrame.getSubPanel();
2 26 Feb 07 jari 1805      
2 26 Feb 07 jari 1806             subApplet.changePaletteStyle(displayCanvas.getPaletteStyle());
2 26 Feb 07 jari 1807             subApplet.setThresholds(displayCanvas.getThresholds());
2 26 Feb 07 jari 1808             //Should this be nice?
2 26 Feb 07 jari 1809             subCanvas.setScale(displayCanvas.getScale());
2 26 Feb 07 jari 1810             switch (displayCanvas.getPaletteStyle())
2 26 Feb 07 jari 1811                 {
2 26 Feb 07 jari 1812                 case DisplayCanvas.BLUETORED: subFrame.handleItems(subFrame.blueToRedItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1813                 case DisplayCanvas.GREENRED: subFrame.handleItems(subFrame.greenRedItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1814                 case DisplayCanvas.OVERLAY: subFrame.handleItems(subFrame.overlayItem); break;
2 26 Feb 07 jari 1815                 }
2 26 Feb 07 jari 1816             if (displayCanvas.getThresholds()) subFrame.handleItems(subFrame.setGreenRedThresholdsOnItem);
2 26 Feb 07 jari 1817             else subFrame.handleItems(subFrame.setGreenRedThresholdsOffItem);
2 26 Feb 07 jari 1818             if (displayCanvas.getScale()) subFrame.handleItems(subFrame.setScaleOnItem);
2 26 Feb 07 jari 1819             else subFrame.handleItems(subFrame.setScaleOffItem);
2 26 Feb 07 jari 1820      
2 26 Feb 07 jari 1821             newSlideData = new SlideData(maxSubColumn, maxSubRow, slideData.getTrueColumns(), slideData.getTrueRows());
2 26 Feb 07 jari 1822             newSlideData.setSlideDataName(slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 1823             newSlideData.setNormalizedState(slideData.getNormalizedState());
2 26 Feb 07 jari 1824             int maxColumns = newSlideData.getColumns();
2 26 Feb 07 jari 1825             for (int i = 0; i < holding.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1826                 {
2 26 Feb 07 jari 1827                 try
2 26 Feb 07 jari 1828                     {
2 26 Feb 07 jari 1829                     sde = (ISlideDataElement) holding.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1830                     sde.setColumn((i % maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 1831                     sde.setRow((i / maxColumns) + 1);
2 26 Feb 07 jari 1832      
2 26 Feb 07 jari 1833                     //Should this be one step?
2 26 Feb 07 jari 1834                     sde.setSlideData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1835                     newSlideData.addSlideDataElement(sde);
2 26 Feb 07 jari 1836                     }
2 26 Feb 07 jari 1837                 catch (Exception e) {System.out.println("Exception (SetMetaLocation.actionPerformed(): " + e);}
2 26 Feb 07 jari 1838                 }
2 26 Feb 07 jari 1839             subApplet.setData(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1840             subCanvas.setUpperLimits(displayCanvas.getTopCy3(), displayCanvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 1841             subPanel.setXYScrollbars(slideData.getMaxCy3(), slideData.getMaxCy5());
2 26 Feb 07 jari 1842             subPanel.updateXUpperLimitScrollbar(displayCanvas.getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 1843             subPanel.updateYUpperLimitScrollbar(displayCanvas.getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 1844             subApplet.drawNewPicture(newSlideData);
2 26 Feb 07 jari 1845             subCanvas.drawSlide();
2 26 Feb 07 jari 1846             }
2 26 Feb 07 jari 1847      
2 26 Feb 07 jari 1848         else
2 26 Feb 07 jari 1849             {
2 26 Feb 07 jari 1850             MessageDisplay messageDisplay = new MessageDisplay((DisplayFrame) getParent(), "No region: Row " + metaRow + ", Column " + metaColumn, "");
2 26 Feb 07 jari 1851             }
2 26 Feb 07 jari 1852         }
2 26 Feb 07 jari 1853      */
2 26 Feb 07 jari 1854     
2 26 Feb 07 jari 1855     public void setThresholds(boolean state) {
2 26 Feb 07 jari 1856         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1857         canvas.setThresholds(state);
2 26 Feb 07 jari 1858         //for (int i = 0; i < getPlotAppletVector().size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1859         //  {
2 26 Feb 07 jari 1860         //  plotApplet = (PlotApplet) getPlotAppletVector().elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1861         //  plotApplet.getPlotCanvas().setThresholds(state);
2 26 Feb 07 jari 1862         //  }
2 26 Feb 07 jari 1863         //for (int i = 0; i < getHistogramAppletVector().size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1864         //  {
2 26 Feb 07 jari 1865         //  histogramApplet = (HistogramApplet) histogramAppletVector.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1866         //  histogramApplet.setThresholds(state);
2 26 Feb 07 jari 1867         //  }
2 26 Feb 07 jari 1868         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1869     }
2 26 Feb 07 jari 1870     
2 26 Feb 07 jari 1871     public void setFactor(float factor) {
2 26 Feb 07 jari 1872         double lower;
2 26 Feb 07 jari 1873         double higher;
2 26 Feb 07 jari 1874         
2 26 Feb 07 jari 1875         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1876         canvas.setFactor(factor);
2 26 Feb 07 jari 1877         
2 26 Feb 07 jari 1878         try {
2 26 Feb 07 jari 1879             lower = 1 / (factor + 1);
2 26 Feb 07 jari 1880         } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 1881             lower = 1 / (canvas.getFactor() + 1);
2 26 Feb 07 jari 1882         }
2 26 Feb 07 jari 1883         try {
2 26 Feb 07 jari 1884             higher = factor / (factor + 1);
2 26 Feb 07 jari 1885         } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 1886             higher = canvas.getFactor() / (canvas.getFactor() + 1);
2 26 Feb 07 jari 1887         }
2 26 Feb 07 jari 1888         
2 26 Feb 07 jari 1889         canvas.setLowDifference(lower);
2 26 Feb 07 jari 1890         canvas.setHighDifference(higher);
2 26 Feb 07 jari 1891         
2 26 Feb 07 jari 1892         /*
2 26 Feb 07 jari 1893         for (int i = 0; i < plotAppletVector.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1894             {
2 26 Feb 07 jari 1895             plotApplet = (PlotApplet) plotAppletVector.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1896             plotApplet.getPlotCanvas().setLowDifference(lower);
2 26 Feb 07 jari 1897             plotApplet.getPlotCanvas().setHighDifference(higher);
2 26 Feb 07 jari 1898             plotApplet.getPlotCanvas().setThresholds(true);
2 26 Feb 07 jari 1899             }
2 26 Feb 07 jari 1900         for (int i = 0; i < histogramAppletVector.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1901             {
2 26 Feb 07 jari 1902             histogramApplet = (HistogramApplet) histogramAppletVector.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 1903             histogramApplet.setRegion(lower, higher);
2 26 Feb 07 jari 1904             histogramApplet.setThresholds(true);
2 26 Feb 07 jari 1905             }
2 26 Feb 07 jari 1906         if (displayCanvas.getThresholds() == true) displayCanvas.drawSlide();
2 26 Feb 07 jari 1907         ((DisplayFrame) getParent()).setGreenRedThresholdsOnItem.disable();
2 26 Feb 07 jari 1908         ((DisplayFrame) getParent()).setGreenRedThresholdsOffItem.enable();
2 26 Feb 07 jari 1909          */
2 26 Feb 07 jari 1910         
2 26 Feb 07 jari 1911         panel.updateThresholdScrollbar((double) (Math.rint(factor * 100) / 100));
2 26 Feb 07 jari 1912         
2 26 Feb 07 jari 1913         if (setThresholdsItem.isSelected()) refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 1914         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1915     }
2 26 Feb 07 jari 1916     
2 26 Feb 07 jari 1917     public void setUpperLimits(float cy3, float cy5) {
2 26 Feb 07 jari 1918         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1919         canvas.setUpperLimits(cy3, cy5);
2 26 Feb 07 jari 1920         panel.xUpperLimitScrollbar.setValue((int) cy3);
2 26 Feb 07 jari 1921         panel.yUpperLimitScrollbar.setValue((int) cy5);
2 26 Feb 07 jari 1922         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 1923         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1924     }
2 26 Feb 07 jari 1925     
2 26 Feb 07 jari 1926     public void changePaletteStyle(int paletteStyle) {
2 26 Feb 07 jari 1927         switch (paletteStyle) {
2 26 Feb 07 jari 1928             case SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED:
2 26 Feb 07 jari 1929                 canvas.setPaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED);
2 26 Feb 07 jari 1930                 break;
2 26 Feb 07 jari 1931             case SingleArrayViewerCanvas.GREENRED:
2 26 Feb 07 jari 1932                 canvas.setPaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.GREENRED);
2 26 Feb 07 jari 1933                 break;
2 26 Feb 07 jari 1934             case SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY:
2 26 Feb 07 jari 1935                 canvas.setPaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY);
2 26 Feb 07 jari 1936                 break;
2 26 Feb 07 jari 1937         }
2 26 Feb 07 jari 1938     }
2 26 Feb 07 jari 1939     
2 26 Feb 07 jari 1940     public void sort(int sortType) {
2 26 Feb 07 jari 1941         /*
2 26 Feb 07 jari 1942         If the sortType > 9000, then it is a standard type. Otherwise, it represents the
2 26 Feb 07 jari 1943         index of the additional field on which to sort.
2 26 Feb 07 jari 1944          */
2 26 Feb 07 jari 1945         setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1946         
2 26 Feb 07 jari 1947         //slideData.sort(sortType);
2 26 Feb 07 jari 1948         SlideDataSorter sorter = new SlideDataSorter(slideData);
2 26 Feb 07 jari 1949         indices = sorter.sort(indices, sortType);
2 26 Feb 07 jari 1950         //for (int i=0; i<indices.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1951         //    System.out.println("indices["+i+"]="+((Integer)indices.get(i)).intValue());
2 26 Feb 07 jari 1952         //}
2 26 Feb 07 jari 1953         
2 26 Feb 07 jari 1954         //long hTopCy3 = canvas.getTopCy3();
2 26 Feb 07 jari 1955         //long hTopCy5 = canvas.getTopCy5();
2 26 Feb 07 jari 1956         
2 26 Feb 07 jari 1957         //canvas.setSlideData(slideData); IS THIS NECESSARY?
2 26 Feb 07 jari 1958         //canvas.setUpperLimits(hTopCy3, hTopCy5);
2 26 Feb 07 jari 1959         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 1960         setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 1961     }
2 26 Feb 07 jari 1962     
2 26 Feb 07 jari 1963     public void saveImage() {
2 26 Feb 07 jari 1964         final JFileChooser chooser = new JFileChooser(TMEV.getFile("data/"));
2 26 Feb 07 jari 1965         chooser.addChoosableFileFilter(new FileFilter() {
2 26 Feb 07 jari 1966             public boolean accept(File f) {
2 26 Feb 07 jari 1967                 String extension = "";
2 26 Feb 07 jari 1968                 if (f.isDirectory()) return true;
2 26 Feb 07 jari 1969                 int i = f.getName().lastIndexOf('.');
2 26 Feb 07 jari 1970                 if (i > 0) extension = f.getName().substring(i + 1).toLowerCase();
2 26 Feb 07 jari 1971                 if (extension.equals("bmp")) return true;
2 26 Feb 07 jari 1972                 else return false;
2 26 Feb 07 jari 1973             }
2 26 Feb 07 jari 1974             public String getDescription() {
2 26 Feb 07 jari 1975                 return "Bitmap Files (*.bmp)";
2 26 Feb 07 jari 1976             }
2 26 Feb 07 jari 1977         });
2 26 Feb 07 jari 1978         chooser.addChoosableFileFilter(new FileFilter() {
2 26 Feb 07 jari 1979             public boolean accept(File f) {
2 26 Feb 07 jari 1980                 String extension = "";
2 26 Feb 07 jari 1981                 if (f.isDirectory()) return true;
2 26 Feb 07 jari 1982                 int i = f.getName().lastIndexOf('.');
2 26 Feb 07 jari 1983                 if (i > 0) extension = f.getName().substring(i + 1).toLowerCase();
2 26 Feb 07 jari 1984                 if (extension.equals("jpg") || extension.equals("jpeg")) return true;
2 26 Feb 07 jari 1985                 else return false;
2 26 Feb 07 jari 1986             }
2 26 Feb 07 jari 1987             public String getDescription() {
2 26 Feb 07 jari 1988                 return "JPEG Files (*.jpg; *.jpeg)";
2 26 Feb 07 jari 1989             }
2 26 Feb 07 jari 1990         });
2 26 Feb 07 jari 1991         chooser.addChoosableFileFilter(new FileFilter() {
2 26 Feb 07 jari 1992             public boolean accept(File f) {
2 26 Feb 07 jari 1993                 String extension = "";
2 26 Feb 07 jari 1994                 if (f.isDirectory()) return true;
2 26 Feb 07 jari 1995                 int i = f.getName().lastIndexOf('.');
2 26 Feb 07 jari 1996                 if (i > 0) extension = f.getName().substring(i + 1).toLowerCase();
2 26 Feb 07 jari 1997                 if (extension.equals("png")) return true;
2 26 Feb 07 jari 1998                 else return false;
2 26 Feb 07 jari 1999             }
2 26 Feb 07 jari 2000             public String getDescription() {
2 26 Feb 07 jari 2001                 return "PNG Files (*.png)";
2 26 Feb 07 jari 2002             }
2 26 Feb 07 jari 2003         });
2 26 Feb 07 jari 2004         chooser.addChoosableFileFilter(new FileFilter() {
2 26 Feb 07 jari 2005             public boolean accept(File f) {
2 26 Feb 07 jari 2006                 String extension = "";
2 26 Feb 07 jari 2007                 if (f.isDirectory()) return true;
2 26 Feb 07 jari 2008                 int i = f.getName().lastIndexOf('.');
2 26 Feb 07 jari 2009                 if (i > 0) extension = f.getName().substring(i + 1).toLowerCase();
2 26 Feb 07 jari 2010                 if (extension.equals("tif") || extension.equals("tiff")) return true;
2 26 Feb 07 jari 2011                 else return false;
2 26 Feb 07 jari 2012             }
2 26 Feb 07 jari 2013             public String getDescription() {
2 26 Feb 07 jari 2014                 return "TIFF Files (*.tif; *.tiff)";
2 26 Feb 07 jari 2015             }
2 26 Feb 07 jari 2016         });
2 26 Feb 07 jari 2017         
2 26 Feb 07 jari 2018         int chooserState = chooser.showSaveDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 2019         if (chooserState == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2020             final File imageFile = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 2021             final BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(canvas.getWidth(), canvas.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 2022             
2 26 Feb 07 jari 2023             //final BufferedImage image = (BufferedImage)this.createImage(canvas.getWidth(), canvas.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 2024             Graphics2D g = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 2025             g.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 2026             g.fillRect(0, 0, image.getWidth(), image.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 2027             canvas.controlPaint(g);
2 26 Feb 07 jari 2028             
2 26 Feb 07 jari 2029             if (chooser.getFileFilter().getDescription() == "Bitmap Files (*.bmp)") {
2 26 Feb 07 jari 2030                 try {
2 26 Feb 07 jari 2031                     Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 2032                         public void run() {
2 26 Feb 07 jari 2033                             RenderedOp op = JAI.create("filestore", image, imageFile.getPath(), "BMP");
2 26 Feb 07 jari 2034                             Manager.message(getFrame(), "BMP image saved");
2 26 Feb 07 jari 2035                         }
2 26 Feb 07 jari 2036                     };
2 26 Feb 07 jari 2037                     thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2038                     thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2039                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2040                     Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 2041                 }
2 26 Feb 07 jari 2042             } else if (chooser.getFileFilter().getDescription() == "JPEG Files (*.jpg; *.jpeg)") {
2 26 Feb 07 jari 2043                 try {
2 26 Feb 07 jari 2044                     Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 2045                         public void run() {
2 26 Feb 07 jari 2046                             JPEGEncodeParam encoder = new JPEGEncodeParam();
2 26 Feb 07 jari 2047                             encoder.setQuality(1.0f);
2 26 Feb 07 jari 2048                             RenderedOp op = JAI.create("filestore", image, imageFile.getPath(), "JPEG", encoder);
2 26 Feb 07 jari 2049                             Manager.message(getFrame(), "JPEG image saved");
2 26 Feb 07 jari 2050                         }
2 26 Feb 07 jari 2051                     };
2 26 Feb 07 jari 2052                     thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2053                     thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2054                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2055                     Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 2056                 }
2 26 Feb 07 jari 2057             } else if (chooser.getFileFilter().getDescription() == "PNG Files (*.png)") {
2 26 Feb 07 jari 2058                 try {
2 26 Feb 07 jari 2059                     Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 2060                         public void run() {
2 26 Feb 07 jari 2061                             RenderedOp op = JAI.create("filestore", image, imageFile.getPath(), "PNG");
2 26 Feb 07 jari 2062                             Manager.message(getFrame(), "PNG image saved");
2 26 Feb 07 jari 2063                         }
2 26 Feb 07 jari 2064                     };
2 26 Feb 07 jari 2065                     thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2066                     thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2067                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2068                     Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 2069                 }
2 26 Feb 07 jari 2070             } else if (chooser.getFileFilter().getDescription() == "TIFF Files (*.tif; *.tiff)") {
2 26 Feb 07 jari 2071                 try {
2 26 Feb 07 jari 2072                     Thread thread = new Thread() {
2 26 Feb 07 jari 2073                         public void run() {
2 26 Feb 07 jari 2074                             TIFFEncodeParam encoder = new TIFFEncodeParam();
2 26 Feb 07 jari 2075                             encoder.setCompression(TIFFEncodeParam.COMPRESSION_NONE);
2 26 Feb 07 jari 2076                             RenderedOp op = JAI.create("filestore", image, imageFile.getPath(), "TIFF", encoder);
2 26 Feb 07 jari 2077                             Manager.message(getFrame(), "TIFF image saved");
2 26 Feb 07 jari 2078                         }
2 26 Feb 07 jari 2079                     };
2 26 Feb 07 jari 2080                     thread.setPriority(Thread.MIN_PRIORITY);
2 26 Feb 07 jari 2081                     thread.start();
2 26 Feb 07 jari 2082                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 2083                     Manager.message(getFrame(), e);
2 26 Feb 07 jari 2084                 }
2 26 Feb 07 jari 2085             }
2 26 Feb 07 jari 2086         }
2 26 Feb 07 jari 2087     }
2 26 Feb 07 jari 2088     
2 26 Feb 07 jari 2089     public void printImage() {
2 26 Feb 07 jari 2090         PrinterJob pj = PrinterJob.getPrinterJob();
2 26 Feb 07 jari 2091         pj.setPrintable(this, pj.defaultPage());
2 26 Feb 07 jari 2092         if (pj.printDialog()) {
2 26 Feb 07 jari 2093             try {
2 26 Feb 07 jari 2094                 pj.print();
2 26 Feb 07 jari 2095             } catch (PrinterException pe) {
2 26 Feb 07 jari 2096                 System.out.println(pe);
2 26 Feb 07 jari 2097             }
2 26 Feb 07 jari 2098         }
2 26 Feb 07 jari 2099     }
2 26 Feb 07 jari 2100     
2 26 Feb 07 jari 2101     public int print(Graphics graphics, PageFormat format, int pageNumber) {
2 26 Feb 07 jari 2102         if (pageNumber > 0) return Printable.NO_SUCH_PAGE;
2 26 Feb 07 jari 2103         Graphics2D g = (Graphics2D) graphics;
2 26 Feb 07 jari 2104         Component target = canvas;
2 26 Feb 07 jari 2105         
2 26 Feb 07 jari 2106         g.translate(format.getImageableX(), format.getImageableY());
2 26 Feb 07 jari 2107         Dimension size = target.getSize();
2 26 Feb 07 jari 2108         double pageWidth = format.getImageableWidth();
2 26 Feb 07 jari 2109         double pageHeight = format.getImageableHeight();
2 26 Feb 07 jari 2110         
2 26 Feb 07 jari 2111         /*
2 26 Feb 07 jari 2112         //These two 'if' blocks control scale-to-fit WITHOUT aspect ratio
2 26 Feb 07 jari 2113         if (size.width > pageWidth)
2 26 Feb 07 jari 2114             {
2 26 Feb 07 jari 2115             double factor = pageWidth / size.width;
2 26 Feb 07 jari 2116             g.scale(factor, 1);
2 26 Feb 07 jari 2117             pageWidth /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2118             }
2 26 Feb 07 jari 2119         if (size.height > pageHeight)
2 26 Feb 07 jari 2120             {
2 26 Feb 07 jari 2121             double factor = pageHeight / size.height;
2 26 Feb 07 jari 2122             g.scale(1, factor);
2 26 Feb 07 jari 2123             pageHeight /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2124             }
2 26 Feb 07 jari 2125          */
2 26 Feb 07 jari 2126         
2 26 Feb 07 jari 2127         //These two 'if' blocks control scale-to-fit WITH aspect ratio
2 26 Feb 07 jari 2128         if (size.width > pageWidth) {
2 26 Feb 07 jari 2129             double factor = pageWidth / size.width;
2 26 Feb 07 jari 2130             g.scale(factor, factor);
2 26 Feb 07 jari 2131             pageWidth /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2132             pageHeight /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2133         }
2 26 Feb 07 jari 2134         if (size.height > pageHeight) {
2 26 Feb 07 jari 2135             double factor = pageHeight / size.height;
2 26 Feb 07 jari 2136             g.scale(factor, factor);
2 26 Feb 07 jari 2137             pageWidth /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2138             pageHeight /= factor;
2 26 Feb 07 jari 2139         }
2 26 Feb 07 jari 2140         
2 26 Feb 07 jari 2141         g.translate((pageWidth - size.width) / 2, (pageHeight - size.height) / 2);
2 26 Feb 07 jari 2142         g.drawRect(-1, -1, size.width + 2, size.height + 2);
2 26 Feb 07 jari 2143         g.setClip(0, 0, size.width, size.height);
2 26 Feb 07 jari 2144         
2 26 Feb 07 jari 2145         if (target instanceof JComponent) ((JComponent) target).setDoubleBuffered(false);
2 26 Feb 07 jari 2146         target.paintAll(g);
2 26 Feb 07 jari 2147         if (target instanceof JComponent) ((JComponent) target).setDoubleBuffered(true);
2 26 Feb 07 jari 2148         
2 26 Feb 07 jari 2149         return Printable.PAGE_EXISTS;
2 26 Feb 07 jari 2150     }
2 26 Feb 07 jari 2151     
2 26 Feb 07 jari 2152     public void systemDisable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 2153         slideData = null;
2 26 Feb 07 jari 2154         
2 26 Feb 07 jari 2155         switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 2156             case TMEV.SYSTEM:
2 26 Feb 07 jari 2157                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2158                 newDatabaseItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2159                 newFileItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2160                 newReportItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2161                 newSpotfireItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2162                 saveImageItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2163                 printImageItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2164                 break;
2 26 Feb 07 jari 2165             case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2166                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2167                 newReportItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2168                 newSpotfireItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2169                 newDatabaseItem.setEnabled(false); //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 2170                 break;
2 26 Feb 07 jari 2171             case TMEV.DB_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2172                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2173                 newDatabaseItem.setEnabled(false); //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 2174                 break;
2 26 Feb 07 jari 2175             case TMEV.DB_LOGIN:
2 26 Feb 07 jari 2176                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2177                 newDatabaseItem.setEnabled(false); //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 2178                 break;
2 26 Feb 07 jari 2179         }
2 26 Feb 07 jari 2180         viewsMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2181         normalizationMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2182         sortMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2183         displayMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2184         controlMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2185         
2 26 Feb 07 jari 2186         panel.systemDisable(state);
2 26 Feb 07 jari 2187     }
2 26 Feb 07 jari 2188     
2 26 Feb 07 jari 2189     public void systemEnable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 2190         switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 2191             case TMEV.SYSTEM:
2 26 Feb 07 jari 2192                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2193                 break;
2 26 Feb 07 jari 2194             case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2195                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2196                 newFileItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2197                 newReportItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2198                 newSpotfireItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2199                 saveImageItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2200                 printImageItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2201                 viewsMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2202                 normalizationMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2203                 sortMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2204                 displayMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2205                 controlMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2206                 break;
2 26 Feb 07 jari 2207             case TMEV.DB_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2208                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2209                 break;
2 26 Feb 07 jari 2210             case TMEV.DB_LOGIN:
2 26 Feb 07 jari 2211                 //System.out.println("Enable DB_LOGIN"); //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 2212                 fileMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2213                 //newDatabaseItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2214                 newDatabaseItem.setEnabled(false);  //disable until supported, 4.30.03
2 26 Feb 07 jari 2215                 break;
2 26 Feb 07 jari 2216         }
2 26 Feb 07 jari 2217         
2 26 Feb 07 jari 2218         panel.systemEnable(state);
2 26 Feb 07 jari 2219     }
2 26 Feb 07 jari 2220     
2 26 Feb 07 jari 2221     public void handleItems(Object target) {
2 26 Feb 07 jari 2222         if (target == newDatabaseItem) {
2 26 Feb 07 jari 2223             noNormalizationItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2224         } else if (target == newFileItem) {
2 26 Feb 07 jari 2225             noNormalizationItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2226         } else if (target == totalIntensityItem) {
2 26 Feb 07 jari 2227             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2228         } else if (target == linearRegressionItem) {
2 26 Feb 07 jari 2229             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2230         } else if (target == ratioStatisticsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2231             setConfidenceItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2232         } else if (target == iterativeLogItem) {
2 26 Feb 07 jari 2233             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2234         } else if (target == totalIntensityListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2235             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2236         } else if (target == linearRegressionListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2237             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2238         } else if (target == ratioStatisticsListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2239             setConfidenceItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2240         } else if (target == noNormalizationItem) {
2 26 Feb 07 jari 2241             setConfidenceItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2242         } else if (target == logItem) {
2 26 Feb 07 jari 2243             panel.linearItem.setSelected(logItem.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 2244         } else if (target == setThresholdsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2245             panel.thresholdCheckbox.setSelected(setThresholdsItem.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 2246         } else if (target == setScaleItem) {
2 26 Feb 07 jari 2247             panel.greenRedScaleCheckbox.setSelected(setScaleItem.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 2248         } else if (target == changeColorsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2249             if (greenRedItem.getText().equals("Green / Red")) {
2 26 Feb 07 jari 2250                 greenRedItem.setText("Blue / Red");
2 26 Feb 07 jari 2251                 overlayItem.setText("B/R Overlay");
2 26 Feb 07 jari 2252                 setScaleItem.setText("Use B/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 2253                 panel.greenRedCheckbox.setText("B/R Bar Display");
2 26 Feb 07 jari 2254                 panel.overlayCheckbox.setText("B/R Overlay");
2 26 Feb 07 jari 2255                 panel.greenRedScaleCheckbox.setText("B/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 2256             } else if (greenRedItem.getText().equals("Blue / Red")) {
2 26 Feb 07 jari 2257                 greenRedItem.setText("Green / Red");
2 26 Feb 07 jari 2258                 overlayItem.setText("G/R Overlay");
2 26 Feb 07 jari 2259                 setScaleItem.setText("Use G/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 2260                 panel.greenRedCheckbox.setText("G/R Bar Display");
2 26 Feb 07 jari 2261                 panel.overlayCheckbox.setText("G/R Overlay");
2 26 Feb 07 jari 2262                 panel.greenRedScaleCheckbox.setText("G/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 2263             }
2 26 Feb 07 jari 2264         } else if (target == blueToRedItem) {
2 26 Feb 07 jari 2265             if (!panel.blueRedCheckbox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2266                 panel.blueRedCheckbox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2267             }
2 26 Feb 07 jari 2268         } else if (target == panel.blueRedCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2269             if (panel.blueRedCheckbox.isSelected() && !blueToRedItem.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2270                 blueToRedItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2271             }
2 26 Feb 07 jari 2272         } else if (target == greenRedItem) {
2 26 Feb 07 jari 2273             if (!panel.greenRedCheckbox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2274                 panel.greenRedCheckbox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2275             }
2 26 Feb 07 jari 2276         } else if (target == panel.greenRedCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2277             if (panel.greenRedCheckbox.isSelected() && !greenRedItem.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2278                 greenRedItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2279             }
2 26 Feb 07 jari 2280             panel.greenRedScaleCheckbox.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2281             setScaleItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2282         } else if (target == overlayItem) {
2 26 Feb 07 jari 2283             if (!panel.overlayCheckbox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2284                 panel.overlayCheckbox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2285             }
2 26 Feb 07 jari 2286         } else if (target == panel.overlayCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2287             if (panel.overlayCheckbox.isSelected() && !overlayItem.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2288                 overlayItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2289             }
2 26 Feb 07 jari 2290         }
2 26 Feb 07 jari 2291     }
2 26 Feb 07 jari 2292     
2 26 Feb 07 jari 2293     public void close() {
2 26 Feb 07 jari 2294         mainframe.dispose();
2 26 Feb 07 jari 2295         Manager.removeComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 2296     }
2 26 Feb 07 jari 2297     
2 26 Feb 07 jari 2298     private class EventListener implements ActionListener, AdjustmentListener, ChangeListener, ItemListener, KeyListener, MouseListener, MouseMotionListener {
2 26 Feb 07 jari 2299         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2300             Object source = event.getSource();
2 26 Feb 07 jari 2301             handleItems(source);
2 26 Feb 07 jari 2302             
2 26 Feb 07 jari 2303             if (source == newDatabaseItem) {
2 26 Feb 07 jari 2304                 SetDatabaseDialog sdd = new SetDatabaseDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 2305                 if (sdd.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2306                     loadDataFromDatabase();
2 26 Feb 07 jari 2307                 }
2 26 Feb 07 jari 2308             } else if (source == newFileItem) {
2 26 Feb 07 jari 2309                 loadFile();
2 26 Feb 07 jari 2310                 //setSlideData(slideData);
2 26 Feb 07 jari 2311                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2312             } else if (source == newReportItem) {
2 26 Feb 07 jari 2313                 setReportFilename();
2 26 Feb 07 jari 2314             } else if (source == saveImageItem) {
2 26 Feb 07 jari 2315                 saveImage();
2 26 Feb 07 jari 2316             } else if (source == printImageItem) {
2 26 Feb 07 jari 2317                 printImage();
2 26 Feb 07 jari 2318             } else if (source == newSpotfireItem) {
2 26 Feb 07 jari 2319                 // PC ONLY
2 26 Feb 07 jari 2320                 //displayApplet.exportSpotfire(displayApplet.getData());
2 26 Feb 07 jari 2321                 //
2 26 Feb 07 jari 2322             } else if (source == closeItem) {
2 26 Feb 07 jari 2323                 close();
2 26 Feb 07 jari 2324             } else if (source == newPlotItem) {
2 26 Feb 07 jari 2325                 createScatterPlot(SingleArrayViewer.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2326             } else if (source == newPlotLogItem) {
2 26 Feb 07 jari 2327                 createScatterPlot(SingleArrayViewer.LOG);
2 26 Feb 07 jari 2328             } else if (source == newLogRatioProductItem) {
2 26 Feb 07 jari 2329                 createRatioProductPlot();
2 26 Feb 07 jari 2330             } else if (source == newLogRatioProductByBlockItem) {
2 26 Feb 07 jari 2331                 createRatioProductPlotByBlock();
2 26 Feb 07 jari 2332             } else if (source == newHistogramItem) {
2 26 Feb 07 jari 2333                 createHistogram(SingleArrayViewer.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2334             } else if (source == newHistogramLogItem) {
2 26 Feb 07 jari 2335                 createHistogram(SingleArrayViewer.LOG);
2 26 Feb 07 jari 2336             } else if (source == subArrayItem) {
2 26 Feb 07 jari 2337                 createSubArray();
2 26 Feb 07 jari 2338             } else if (source == regionArrayItem) {
2 26 Feb 07 jari 2339                 SetMetaLocationDialog smld = new SetMetaLocationDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 2340                 smld.addActionInfoListener(new ActionInfoListener() {
2 26 Feb 07 jari 2341                     public void actionInfoPerformed(ActionInfoEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2342                         Hashtable hash = event.getHashtable();
2 26 Feb 07 jari 2343                         //Set row, column ((String) hash.get("row")), ((String) hash.get("column"));
2 26 Feb 07 jari 2344                         createRegion(Integer.parseInt((String) hash.get("row")), Integer.parseInt((String) hash.get("column")));
2 26 Feb 07 jari 2345                     }
2 26 Feb 07 jari 2346                 });
2 26 Feb 07 jari 2347                 smld.show();
2 26 Feb 07 jari 2348             } else if (source == totalIntensityItem) {
2 26 Feb 07 jari 2349                 normalizeData(SlideData.TOTAL_INTENSITY);
2 26 Feb 07 jari 2350             } else if (source == leastSquaresItem) {
2 26 Feb 07 jari 2351                 normalizeData(SlideData.LEAST_SQUARES);
2 26 Feb 07 jari 2352             } else if (source == linearRegressionItem) {
2 26 Feb 07 jari 2353                 normalizeData(SlideData.LINEAR_REGRESSION);
2 26 Feb 07 jari 2354             } else if (source == ratioStatisticsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2355                 normalizeData(SlideData.RATIO_STATISTICS_95);
2 26 Feb 07 jari 2356             } else if (source == iterativeLogItem) {
2 26 Feb 07 jari 2357                 normalizeData(SlideData.ITERATIVE_LOG);
2 26 Feb 07 jari 2358             } else if (source == totalIntensityListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2359                 normalizeDataList(SlideData.TOTAL_INTENSITY_LIST);
2 26 Feb 07 jari 2360             } else if (source == leastSquaresListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2361                 normalizeDataList(SlideData.LEAST_SQUARES_LIST);
2 26 Feb 07 jari 2362             } else if (source == linearRegressionListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2363                 normalizeDataList(SlideData.LINEAR_REGRESSION_LIST);
2 26 Feb 07 jari 2364             } else if (source == ratioStatisticsListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2365                 normalizeDataList(SlideData.RATIO_STATISTICS_95_LIST);
2 26 Feb 07 jari 2366             } else if (source == iterativeLogListItem) {
2 26 Feb 07 jari 2367                 normalizeDataList(SlideData.ITERATIVE_LOG_LIST);
2 26 Feb 07 jari 2368             } else if (source == noNormalizationItem) {
2 26 Feb 07 jari 2369                 normalizeData(SlideData.NO_NORMALIZATION);
2 26 Feb 07 jari 2370             } else if (source == sortByLocationItem) {
2 26 Feb 07 jari 2371                 sort(SlideDataSorter.SORT_BY_LOCATION);
2 26 Feb 07 jari 2372             } else if (source == sortByRatioItem) {
2 26 Feb 07 jari 2373                 sort(SlideDataSorter.SORT_BY_RATIO);
2 26 Feb 07 jari 2374             } else if (source == logItem) {
2 26 Feb 07 jari 2375                 if (logItem.isSelected()) canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LOG);
2 26 Feb 07 jari 2376                 else canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2377             } else if (source == changeColorsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2378                 canvas.changeColorScheme();
2 26 Feb 07 jari 2379             } else if (source == blueToRedItem) {
2 26 Feb 07 jari 2380             } else if (source == greenRedItem) {
2 26 Feb 07 jari 2381             } else if (source == overlayItem) {
2 26 Feb 07 jari 2382             } else if (source == defaultSize1Item) {
2 26 Feb 07 jari 2383                 canvas.setElementSize(5, 2);
2 26 Feb 07 jari 2384                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2385             } else if (source == defaultSize2Item) {
2 26 Feb 07 jari 2386                 canvas.setElementSize(10, 10);
2 26 Feb 07 jari 2387                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2388             } else if (source == defaultSize3Item) {
2 26 Feb 07 jari 2389                 canvas.setElementSize(20, 5);
2 26 Feb 07 jari 2390                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2391             } else if (source == defaultSize4Item) {
2 26 Feb 07 jari 2392                 canvas.setElementSize(50, 10);
2 26 Feb 07 jari 2393                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2394             } else if (source == setElementSizeItem) {
2 26 Feb 07 jari 2395                 /*
2 26 Feb 07 jari 2396                 SetElementSizeDialog sesd = new SetElementSizeDialog(getFrame(), new Dimension(canvas.getXElementSize(), canvas.getYElementSize()));
2 26 Feb 07 jari 2397                 sesd.addActionInfoListener(new ActionInfoListener() {
2 26 Feb 07 jari 2398                     public void actionInfoPerformed(ActionInfoEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2399                         Hashtable hash = event.getHashtable();
2 26 Feb 07 jari 2400                         int width  = canvas.getXElementSize();
2 26 Feb 07 jari 2401                         int height = canvas.getYElementSize();
2 26 Feb 07 jari 2402                         try {
2 26 Feb 07 jari 2403                             width = Integer.parseInt((String)hash.get("width"));
2 26 Feb 07 jari 2404                         }
2 26 Feb 07 jari 2405                         catch (Exception e) {;}
2 26 Feb 07 jari 2406                         try {
2 26 Feb 07 jari 2407                             height = Integer.parseInt((String) hash.get("height"));
2 26 Feb 07 jari 2408                         }
2 26 Feb 07 jari 2409                         catch (Exception e) {;}
2 26 Feb 07 jari 2410                         canvas.setElementSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 2411                         refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2412                     }
2 26 Feb 07 jari 2413                 });
2 26 Feb 07 jari 2414                 sesd.show();*/
2 26 Feb 07 jari 2415             } else if (source == setUpperLimitsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2416                 SetUpperLimitsDialog suld = new SetUpperLimitsDialog(getFrame(), panel.xLastValue, panel.yLastValue);
2 26 Feb 07 jari 2417                 if (suld.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 2418                     setUpperLimits((long)suld.getUpperCY3(), (long)suld.getUpperCY5());
2 26 Feb 07 jari 2419                 }
2 26 Feb 07 jari 2420             } else if (source == setGreenRedThresholdsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2421                 SetGreenRedThresholdDialog sgrtd = new SetGreenRedThresholdDialog(getFrame(), new Double(canvas.getFactor()));
2 26 Feb 07 jari 2422                 sgrtd.addActionInfoListener(new ActionInfoListener() {
2 26 Feb 07 jari 2423                     public void actionInfoPerformed(ActionInfoEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2424                         Hashtable hash = event.getHashtable();
2 26 Feb 07 jari 2425                         setFactor(Float.parseFloat((String) hash.get("factor")));
2 26 Feb 07 jari 2426                         //Set factor ((String) hash.get("factor"))
2 26 Feb 07 jari 2427                     }
2 26 Feb 07 jari 2428                 });
2 26 Feb 07 jari 2429                 sgrtd.show();
2 26 Feb 07 jari 2430             } else if (source == setConfidenceItem) {
2 26 Feb 07 jari 2431                 SetConfidenceDialog scd = new SetConfidenceDialog(getFrame());
2 26 Feb 07 jari 2432                 scd.addActionInfoListener(new ActionInfoListener() {
2 26 Feb 07 jari 2433                     public void actionInfoPerformed(ActionInfoEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2434                         Hashtable hash = event.getHashtable();
2 26 Feb 07 jari 2435                         //Set confidence ((String) hash.get("confidence"))
2 26 Feb 07 jari 2436                     }
2 26 Feb 07 jari 2437                 });
2 26 Feb 07 jari 2438                 scd.show();
2 26 Feb 07 jari 2439             } else if (source == setThresholdsItem) {
2 26 Feb 07 jari 2440                 if (setThresholdsItem.isSelected()) setThresholds(true);
2 26 Feb 07 jari 2441                 else setThresholds(false);
2 26 Feb 07 jari 2442             } else if (source == setScaleItem) {
2 26 Feb 07 jari 2443                 if (setScaleItem.isSelected()) canvas.setScale(true);
2 26 Feb 07 jari 2444                 else canvas.setScale(false);
2 26 Feb 07 jari 2445             }
2 26 Feb 07 jari 2446             //From the components contained within the panel
2 26 Feb 07 jari 2447             else if (source == panel.linearItem) {
2 26 Feb 07 jari 2448                 if (panel.linearItem.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2449                     logItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2450                     canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LOG);
2 26 Feb 07 jari 2451                 } else {
2 26 Feb 07 jari 2452                     logItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2453                     canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2454                 }
2 26 Feb 07 jari 2455             } else if (source == panel.thresholdCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2456                 if (panel.thresholdCheckbox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2457                     setGreenRedThresholdsItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2458                     //canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LOG);
2 26 Feb 07 jari 2459                 } else {
2 26 Feb 07 jari 2460                     setGreenRedThresholdsItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2461                     //canvas.setStyle(SingleArrayViewerCanvas.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 2462                 }
2 26 Feb 07 jari 2463             } else if (source == panel.greenRedScaleCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2464                 if (panel.greenRedScaleCheckbox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 2465                     setScaleItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2466                     canvas.setScale(true);
2 26 Feb 07 jari 2467                 } else {
2 26 Feb 07 jari 2468                     setScaleItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2469                     canvas.setScale(false);
2 26 Feb 07 jari 2470                 }
2 26 Feb 07 jari 2471             } else if (source == panel.blueRedCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2472             } else if (source == panel.greenRedCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2473             } else if (source == panel.overlayCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2474             }
2 26 Feb 07 jari 2475             
2 26 Feb 07 jari 2476             //From the keys defined with the JScrollPane
2 26 Feb 07 jari 2477             else if (event.getActionCommand() == "lineup") {
2 26 Feb 07 jari 2478                 JScrollBar vBar = scrollPane.getVerticalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 2479                 vBar.setValue(vBar.getValue() - canvas.getYElementSize());
2 26 Feb 07 jari 2480             } else if (event.getActionCommand() == "linedown") {
2 26 Feb 07 jari 2481                 JScrollBar vBar = scrollPane.getVerticalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 2482                 vBar.setValue(vBar.getValue() + canvas.getYElementSize());
2 26 Feb 07 jari 2483             } else if (event.getActionCommand() == "pageup") {
2 26 Feb 07 jari 2484                 JScrollBar vBar = scrollPane.getVerticalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 2485                 vBar.setValue(vBar.getValue() - scrollPane.getViewport().getHeight());
2 26 Feb 07 jari 2486             } else if (event.getActionCommand() == "pagedown") {
2 26 Feb 07 jari 2487                 JScrollBar vBar = scrollPane.getVerticalScrollBar();
2 26 Feb 07 jari 2488                 vBar.setValue(vBar.getValue() + scrollPane.getViewport().getHeight());
2 26 Feb 07 jari 2489             } else {
2 26 Feb 07 jari 2490                 for (int i = 0; i < sortMenuItems.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 2491                     if (event.getSource() == sortMenuItems[i]) sort(i);
2 26 Feb 07 jari 2492                 }
2 26 Feb 07 jari 2493             }
2 26 Feb 07 jari 2494         }
2 26 Feb 07 jari 2495         
2 26 Feb 07 jari 2496         public void stateChanged(ChangeEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2497             Object source = event.getSource();
2 26 Feb 07 jari 2498             
2 26 Feb 07 jari 2499             if (source == panel.xUpperLimitScrollbar) {
2 26 Feb 07 jari 2500                 setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2501                 panel.xLastValue = ((JSlider) source).getValue();//event.getValue();
2 26 Feb 07 jari 2502                 panel.xUpperLimitValueLabel.setText(panel.xLastValue + " / " + panel.xUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 2503                 canvas.setTopCy3(panel.xLastValue);
2 26 Feb 07 jari 2504                 //panel.updateXUpperLimitScrollbar(panel.xLastValue);
2 26 Feb 07 jari 2505                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2506                 setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2507             } else if (source == panel.yUpperLimitScrollbar) {
2 26 Feb 07 jari 2508                 setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2509                 panel.yLastValue = ((JSlider) source).getValue();//event.getValue();
2 26 Feb 07 jari 2510                 panel.yUpperLimitValueLabel.setText(panel.yLastValue + " / " + panel.yUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 2511                 canvas.setTopCy5(panel.yLastValue);
2 26 Feb 07 jari 2512                 //panel.updateYUpperLimitScrollbar(panel.yLastValue);
2 26 Feb 07 jari 2513                 refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2514                 setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2515             } else if (source == panel.thresholdScrollbar) {
2 26 Feb 07 jari 2516                 setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2517                 panel.tLastValue = ((JSlider) source).getValue();//event.getValue();
2 26 Feb 07 jari 2518                 setFactor((float) panel.tLastValue / 1000);
2 26 Feb 07 jari 2519                 panel.updateThresholdScrollbar((double) panel.tLastValue / 1000);
2 26 Feb 07 jari 2520                 if (panel.tLastValue > 0) panel.thresholdValueLabel.setText((double) panel.tLastValue / 1000 + "");
2 26 Feb 07 jari 2521                 if (panel.thresholdCheckbox.isSelected()) refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2522                 setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 2523             }
2 26 Feb 07 jari 2524         }
2 26 Feb 07 jari 2525         
2 26 Feb 07 jari 2526         public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2527         }
2 26 Feb 07 jari 2528         
2 26 Feb 07 jari 2529         public void itemStateChanged(ItemEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2530             Object source = event.getSource();
2 26 Feb 07 jari 2531             if (source == panel.blueRedCheckbox && event.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 2532                 changePaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED);
2 26 Feb 07 jari 2533                 handleItems(source);
2 26 Feb 07 jari 2534             } else if (source == panel.greenRedCheckbox && event.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 2535                 changePaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.GREENRED);
2 26 Feb 07 jari 2536                 handleItems(source);
2 26 Feb 07 jari 2537             } else if (source == panel.overlayCheckbox && event.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 2538                 changePaletteStyle(SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY);
2 26 Feb 07 jari 2539                 handleItems(source);
2 26 Feb 07 jari 2540             } else if (source == panel.thresholdCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2541                 if (canvas.getThresholds() == false) {
2 26 Feb 07 jari 2542                     setThresholdsItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2543                     setThresholds(true);
2 26 Feb 07 jari 2544                 } else if (canvas.getThresholds() == true) {
2 26 Feb 07 jari 2545                     setThresholdsItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2546                     setThresholds(false);
2 26 Feb 07 jari 2547                 }
2 26 Feb 07 jari 2548             } else if (source == panel.greenRedScaleCheckbox) {
2 26 Feb 07 jari 2549                 if (canvas.getScale() == false) {
2 26 Feb 07 jari 2550                     setScaleItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2551                     canvas.setScale(true);
2 26 Feb 07 jari 2552                 } else if (canvas.getScale() == true) {
2 26 Feb 07 jari 2553                     setScaleItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 2554                     canvas.setScale(false);
2 26 Feb 07 jari 2555                 }
2 26 Feb 07 jari 2556             }
2 26 Feb 07 jari 2557         }
2 26 Feb 07 jari 2558         
2 26 Feb 07 jari 2559         public void mouseClicked(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2560             if (canvas.inPosition(event.getX(), event.getY())) {
2 26 Feb 07 jari 2561                 if (! event.isShiftDown()) {
2 26 Feb 07 jari 2562                     try {
2 26 Feb 07 jari 2563                         ISlideDataElement element = canvas.getSlideDataElementAt(event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 2564                         if (element == null) {
2 26 Feb 07 jari 2565                             return;
2 26 Feb 07 jari 2566                         }
2 26 Feb 07 jari 2567                         int row = canvas.findRow(event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 2568                         int col = canvas.findColumn(event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 2569                         final int columns = slideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 2570                         int index = (row-1)*columns +col -1;
2 26 Feb 07 jari 2571                         //   System.out.println("row, col, columns index "+ row +" "+col+" "+columns+  "   "+((columns*(row-1))+(col-1)));
2 26 Feb 07 jari 2572                         Manager.displaySlideElementInfo(getFrame(), slideData, element, ((columns*(row-1))+(col-1)));
2 26 Feb 07 jari 2573                         //canvas.findRow(event.getX(), event.getY())-1);
2 26 Feb 07 jari 2574                     } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
2 26 Feb 07 jari 2575                         ;
2 26 Feb 07 jari 2576                     }
2 26 Feb 07 jari 2577                 }
2 26 Feb 07 jari 2578             }
2 26 Feb 07 jari 2579         }
2 26 Feb 07 jari 2580         
2 26 Feb 07 jari 2581         public void mouseMoved(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 2582             if (slideData == null || event.isShiftDown())
2 26 Feb 07 jari 2583                 return;
2 26 Feb 07 jari 2584             if ((slideData.getSize() > 0)) {
2 26 Feb 07 jari 2585                 int x = event.getX();
2 26 Feb 07 jari 2586                 int y = event.getY();
2 26 Feb 07 jari 2587                 if (canvas.inPosition(x, y)) {
2 26 Feb 07 jari 2588                     if (canvas.getHighlight() == true) {
2 26 Feb 07 jari 2589                         canvas.drawColoredBoxAt((Graphics2D)canvas.getGraphics(), x, y, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 2590                     }
2 26 Feb 07 jari 2591                     setXOldEvent(x);
2 26 Feb 07 jari 2592                     setYOldEvent(y);
2 26 Feb 07 jari 2593                 }
2 26 Feb 07 jari 2594             }
2 26 Feb 07 jari 2595         }
2 26 Feb 07 jari 2596         
2 26 Feb 07 jari 2597         public void mouseEntered(MouseEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2598         public void mouseExited(MouseEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2599         public void mousePressed(MouseEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2600         public void mouseReleased(MouseEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2601         public void mouseDragged(MouseEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2602         public void keyPressed(KeyEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2603         public void keyReleased(KeyEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2604         public void keyTyped(KeyEvent event) {;}
2 26 Feb 07 jari 2605     }
2 26 Feb 07 jari 2606     
2 26 Feb 07 jari 2607     public class SingleArrayViewerPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 2608         GridBagLayout displayPanelLayout;
2 26 Feb 07 jari 2609         ButtonGroup displayCheckboxGroup;
2 26 Feb 07 jari 2610         JRadioButton blueRedCheckbox;
2 26 Feb 07 jari 2611         JRadioButton greenRedCheckbox;
2 26 Feb 07 jari 2612         JRadioButton overlayCheckbox;
2 26 Feb 07 jari 2613         JCheckBox thresholdCheckbox;
2 26 Feb 07 jari 2614         JCheckBox greenRedScaleCheckbox;
2 26 Feb 07 jari 2615         JCheckBox linearItem;
2 26 Feb 07 jari 2616         JLabel xUpperLimitLabel;
2 26 Feb 07 jari 2617         JLabel yUpperLimitLabel;
2 26 Feb 07 jari 2618         JLabel xUpperLimitValueLabel;
2 26 Feb 07 jari 2619         JLabel yUpperLimitValueLabel;
2 26 Feb 07 jari 2620         JLabel thresholdValueLabel;
2 26 Feb 07 jari 2621         JSlider xUpperLimitScrollbar;
2 26 Feb 07 jari 2622         JSlider yUpperLimitScrollbar;
2 26 Feb 07 jari 2623         JSlider thresholdScrollbar;
2 26 Feb 07 jari 2624         
2 26 Feb 07 jari 2625         long xLastValue = 0, yLastValue = 0, tLastValue = 0;
2 26 Feb 07 jari 2626         
2 26 Feb 07 jari 2627         public SingleArrayViewerPanel() {
2 26 Feb 07 jari 2628             GridBagConstraints gbc;
2 26 Feb 07 jari 2629             
2 26 Feb 07 jari 2630             displayPanelLayout = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 2631             buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 2632             
2 26 Feb 07 jari 2633             Font valueLabelFont = new Font("monospaced", Font.PLAIN, 9);
2 26 Feb 07 jari 2634             
2 26 Feb 07 jari 2635             blueRedCheckbox = new JRadioButton("Blue -> Red",false);
2 26 Feb 07 jari 2636             blueRedCheckbox.addItemListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2637             gbc = createConstraints(1, 1, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2638             displayPanelLayout.setConstraints(blueRedCheckbox, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2639             buttonGroup.add(blueRedCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2640             
2 26 Feb 07 jari 2641             greenRedCheckbox = new JRadioButton("G/R Bar Display", false);
2 26 Feb 07 jari 2642             greenRedCheckbox.addItemListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2643             gbc = createConstraints(1, 2, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2644             displayPanelLayout.setConstraints(greenRedCheckbox, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2645             buttonGroup.add(greenRedCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2646             
2 26 Feb 07 jari 2647             overlayCheckbox = new JRadioButton("G/R Overlay", true);
2 26 Feb 07 jari 2648             overlayCheckbox.addItemListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2649             gbc = createConstraints(1, 3, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2650             displayPanelLayout.setConstraints(overlayCheckbox, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2651             buttonGroup.add(overlayCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2652             
2 26 Feb 07 jari 2653             greenRedScaleCheckbox = new JCheckBox("G/R Scale");
2 26 Feb 07 jari 2654             greenRedScaleCheckbox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 2655             greenRedScaleCheckbox.addItemListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2656             gbc = createConstraints(1, 4, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2657             displayPanelLayout.setConstraints(greenRedScaleCheckbox, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2658             
2 26 Feb 07 jari 2659             linearItem = new JCheckBox("Log Scale");
2 26 Feb 07 jari 2660             linearItem.addActionListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2661             gbc = createConstraints(1, 5, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2662             displayPanelLayout.setConstraints(linearItem, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2663             
2 26 Feb 07 jari 2664             xUpperLimitLabel = new JLabel("Cy3 Upper Limit");
2 26 Feb 07 jari 2665             gbc = createConstraints(1, 6, new Insets(10, 5, 0, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2666             displayPanelLayout.setConstraints(xUpperLimitLabel, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2667             
2 26 Feb 07 jari 2668             xUpperLimitScrollbar = new JSlider(SwingConstants.HORIZONTAL, 0, 10000, 0);
2 26 Feb 07 jari 2669             xUpperLimitScrollbar.addChangeListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2670             gbc = createConstraints(1, 7, new Insets(10, 5, 0, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2671             displayPanelLayout.setConstraints(xUpperLimitScrollbar, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2672             
2 26 Feb 07 jari 2673             xUpperLimitValueLabel = new JLabel("0/0", Label.RIGHT);
2 26 Feb 07 jari 2674             xUpperLimitValueLabel.setFont(valueLabelFont);
2 26 Feb 07 jari 2675             gbc = createConstraints(1, 8, new Insets(10, 5, 10, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2676             displayPanelLayout.setConstraints(xUpperLimitValueLabel, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2677             
2 26 Feb 07 jari 2678             yUpperLimitLabel = new JLabel("Cy5 Upper Limit");
2 26 Feb 07 jari 2679             gbc = createConstraints(1, 9, new Insets(10, 5, 0, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2680             displayPanelLayout.setConstraints(yUpperLimitLabel, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2681             
2 26 Feb 07 jari 2682             yUpperLimitScrollbar = new JSlider(SwingConstants.HORIZONTAL, 0, 10000, 0);
2 26 Feb 07 jari 2683             yUpperLimitScrollbar.addChangeListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2684             gbc = createConstraints(1, 10, new Insets(10, 5, 0, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2685             displayPanelLayout.setConstraints(yUpperLimitScrollbar, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2686             
2 26 Feb 07 jari 2687             yUpperLimitValueLabel = new JLabel("0/0", Label.RIGHT);
2 26 Feb 07 jari 2688             yUpperLimitValueLabel.setFont(valueLabelFont);
2 26 Feb 07 jari 2689             gbc = createConstraints(1, 11, new Insets(10, 5, 10, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2690             displayPanelLayout.setConstraints(yUpperLimitValueLabel, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2691             
2 26 Feb 07 jari 2692             thresholdCheckbox = new JCheckBox("Expression Ratio");
2 26 Feb 07 jari 2693             thresholdCheckbox.addItemListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2694             gbc = createConstraints(1, 12, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE);
2 26 Feb 07 jari 2695             displayPanelLayout.setConstraints(thresholdCheckbox, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2696             
2 26 Feb 07 jari 2697             thresholdScrollbar = new JSlider(SwingConstants.HORIZONTAL, 0, 10000, 2000);
2 26 Feb 07 jari 2698             thresholdScrollbar.addChangeListener(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 2699             gbc = createConstraints(1, 13, new Insets(10, 5, 0, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2700             displayPanelLayout.setConstraints(thresholdScrollbar, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2701             
2 26 Feb 07 jari 2702             thresholdValueLabel = new JLabel("2.0", Label.RIGHT);
2 26 Feb 07 jari 2703             thresholdValueLabel.setFont(valueLabelFont);
2 26 Feb 07 jari 2704             gbc = createConstraints(1, 14, new Insets(10, 5, 10, 0), GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 2705             displayPanelLayout.setConstraints(thresholdValueLabel, gbc);
2 26 Feb 07 jari 2706             
2 26 Feb 07 jari 2707             setLayout(displayPanelLayout);
2 26 Feb 07 jari 2708             add(blueRedCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2709             add(greenRedCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2710             add(overlayCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2711             add(thresholdCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2712             add(greenRedScaleCheckbox);
2 26 Feb 07 jari 2713             add(linearItem);
2 26 Feb 07 jari 2714             add(xUpperLimitLabel);
2 26 Feb 07 jari 2715             add(yUpperLimitLabel);
2 26 Feb 07 jari 2716             add(xUpperLimitValueLabel);
2 26 Feb 07 jari 2717             add(yUpperLimitValueLabel);
2 26 Feb 07 jari 2718             add(thresholdValueLabel);
2 26 Feb 07 jari 2719             add(xUpperLimitScrollbar);
2 26 Feb 07 jari 2720             add(yUpperLimitScrollbar);
2 26 Feb 07 jari 2721             add(thresholdScrollbar);
2 26 Feb 07 jari 2722         }
2 26 Feb 07 jari 2723         
2 26 Feb 07 jari 2724         public void setXYScrollbars(long xMax, long yMax) {
2 26 Feb 07 jari 2725             if (xMax > yMax) {
2 26 Feb 07 jari 2726                 //xUpperLimitScrollbar.setValues((int) xMax, 1000, 0, (int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2727                 //yUpperLimitScrollbar.setValues((int) yMax, 1000, 0, (int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2728                 //xUpperLimitValueLabel.setText(xMax + " / " + xMax);
2 26 Feb 07 jari 2729                 //yUpperLimitValueLabel.setText(yMax + " / " + xMax);
2 26 Feb 07 jari 2730                 xUpperLimitScrollbar.setMinimum(0);
2 26 Feb 07 jari 2731                 xUpperLimitScrollbar.setMaximum((int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2732                 xUpperLimitScrollbar.setValue((int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2733                 yUpperLimitScrollbar.setMinimum(0);
2 26 Feb 07 jari 2734                 yUpperLimitScrollbar.setMaximum((int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2735                 yUpperLimitScrollbar.setValue((int) yMax);
2 26 Feb 07 jari 2736                 xUpperLimitValueLabel.setText(xMax + " / " + xMax);
2 26 Feb 07 jari 2737                 yUpperLimitValueLabel.setText(yMax + " / " + xMax);
2 26 Feb 07 jari 2738             } else {
2 26 Feb 07 jari 2739                 xUpperLimitScrollbar.setMinimum(0);
2 26 Feb 07 jari 2740                 xUpperLimitScrollbar.setMaximum((int) yMax);
2 26 Feb 07 jari 2741                 xUpperLimitScrollbar.setValue((int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2742                 yUpperLimitScrollbar.setMinimum(0);
2 26 Feb 07 jari 2743                 yUpperLimitScrollbar.setMaximum((int) yMax);
2 26 Feb 07 jari 2744                 yUpperLimitScrollbar.setValue((int) yMax);
2 26 Feb 07 jari 2745                 xUpperLimitValueLabel.setText(xMax + " / " + yMax);
2 26 Feb 07 jari 2746                 yUpperLimitValueLabel.setText(yMax + " / " + yMax);
2 26 Feb 07 jari 2747             }
2 26 Feb 07 jari 2748             xLastValue = xMax;
2 26 Feb 07 jari 2749             yLastValue = yMax;
2 26 Feb 07 jari 2750         }
2 26 Feb 07 jari 2751         
2 26 Feb 07 jari 2752         public void setThresholdScrollbar(double ratio) {
2 26 Feb 07 jari 2753             thresholdScrollbar.setMinimum(0);
2 26 Feb 07 jari 2754             thresholdScrollbar.setMaximum(10000);
2 26 Feb 07 jari 2755             thresholdScrollbar.setValue((int) (1000 * ratio));
2 26 Feb 07 jari 2756             if (ratio >= 0) thresholdValueLabel.setText(ratio + "");
2 26 Feb 07 jari 2757             else thresholdValueLabel.setText("Off");
2 26 Feb 07 jari 2758             tLastValue = (long) (1000 * ratio);
2 26 Feb 07 jari 2759         }
2 26 Feb 07 jari 2760         
2 26 Feb 07 jari 2761         public void updateXUpperLimitScrollbar(long xMax) {
2 26 Feb 07 jari 2762             xUpperLimitScrollbar.setValue((int) xMax);
2 26 Feb 07 jari 2763             xUpperLimitValueLabel.setText(xMax + " / " + xUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 2764             xLastValue = xMax;
2 26 Feb 07 jari 2765         }
2 26 Feb 07 jari 2766         
2 26 Feb 07 jari 2767         public void updateYUpperLimitScrollbar(long yMax) {
2 26 Feb 07 jari 2768             yUpperLimitScrollbar.setValue((int) yMax);
2 26 Feb 07 jari 2769             yUpperLimitValueLabel.setText(yMax + " / " + yUpperLimitScrollbar.getMaximum());
2 26 Feb 07 jari 2770             yLastValue = yMax;
2 26 Feb 07 jari 2771         }
2 26 Feb 07 jari 2772         
2 26 Feb 07 jari 2773         public void updateThresholdScrollbar(double ratio) {
2 26 Feb 07 jari 2774             thresholdScrollbar.setValue((int) (1000 * ratio));
2 26 Feb 07 jari 2775             if (ratio >= 0) thresholdValueLabel.setText(ratio + "");
2 26 Feb 07 jari 2776             else thresholdValueLabel.setText("Off");
2 26 Feb 07 jari 2777             tLastValue = (long) (1000 * ratio);
2 26 Feb 07 jari 2778         }
2 26 Feb 07 jari 2779         
2 26 Feb 07 jari 2780         public GridBagConstraints createConstraints(int gridx, int gridy, int anchor, int fill) {
2 26 Feb 07 jari 2781             GridBagConstraints gridBagConstraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 2782             gridBagConstraints.gridx = gridx;
2 26 Feb 07 jari 2783             gridBagConstraints.gridy = gridy;
2 26 Feb 07 jari 2784             gridBagConstraints.anchor = anchor;
2 26 Feb 07 jari 2785             gridBagConstraints.fill = fill;
2 26 Feb 07 jari 2786             return gridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 2787         }
2 26 Feb 07 jari 2788         
2 26 Feb 07 jari 2789         public GridBagConstraints createConstraints(int gridx, int gridy, Insets insets, int anchor, int fill) {
2 26 Feb 07 jari 2790             GridBagConstraints gridBagConstraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 2791             gridBagConstraints.gridx = gridx;
2 26 Feb 07 jari 2792             gridBagConstraints.gridy = gridy;
2 26 Feb 07 jari 2793             gridBagConstraints.insets = insets;
2 26 Feb 07 jari 2794             gridBagConstraints.anchor = anchor;
2 26 Feb 07 jari 2795             gridBagConstraints.fill = fill;
2 26 Feb 07 jari 2796             return gridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 2797         }
2 26 Feb 07 jari 2798         
2 26 Feb 07 jari 2799         public GridBagConstraints createConstraints(int gridx, int gridy, int gridwidth, int gridheight, int anchor, int fill) {
2 26 Feb 07 jari 2800             GridBagConstraints gridBagConstraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 2801             gridBagConstraints.gridx = gridx;
2 26 Feb 07 jari 2802             gridBagConstraints.gridy = gridy;
2 26 Feb 07 jari 2803             gridBagConstraints.anchor = anchor;
2 26 Feb 07 jari 2804             gridBagConstraints.fill = fill;
2 26 Feb 07 jari 2805             gridBagConstraints.gridwidth = gridwidth;
2 26 Feb 07 jari 2806             gridBagConstraints.gridheight = gridheight;
2 26 Feb 07 jari 2807             return gridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 2808         }
2 26 Feb 07 jari 2809         
2 26 Feb 07 jari 2810         public void systemDisable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 2811             switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 2812                 case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2813                     blueRedCheckbox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2814                     greenRedCheckbox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2815                     overlayCheckbox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2816                     thresholdCheckbox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2817                     greenRedScaleCheckbox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2818                     linearItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2819                     xUpperLimitScrollbar.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2820                     yUpperLimitScrollbar.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2821                     thresholdScrollbar.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 2822                     break;
2 26 Feb 07 jari 2823             }
2 26 Feb 07 jari 2824         }
2 26 Feb 07 jari 2825         
2 26 Feb 07 jari 2826         public void systemEnable(int state) {
2 26 Feb 07 jari 2827             switch (state) {
2 26 Feb 07 jari 2828                 case TMEV.DATA_AVAILABLE:
2 26 Feb 07 jari 2829                     blueRedCheckbox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2830                     greenRedCheckbox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2831                     overlayCheckbox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2832                     thresholdCheckbox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2833                     greenRedScaleCheckbox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2834                     linearItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2835                     xUpperLimitScrollbar.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2836                     yUpperLimitScrollbar.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2837                     thresholdScrollbar.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 2838                     break;
2 26 Feb 07 jari 2839             }
2 26 Feb 07 jari 2840         }
2 26 Feb 07 jari 2841     }
2 26 Feb 07 jari 2842     
2 26 Feb 07 jari 2843     private class SingleArrayViewerInfoBox extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 2844         private GBA gba;
2 26 Feb 07 jari 2845         private JLabel slideLabel;
2 26 Feb 07 jari 2846         private JLabel normalizationLabel;
2 26 Feb 07 jari 2847         
2 26 Feb 07 jari 2848         public SingleArrayViewerInfoBox() {
2 26 Feb 07 jari 2849             gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 2850             
2 26 Feb 07 jari 2851             setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 2852             
2 26 Feb 07 jari 2853             slideLabel = new JLabel("Sample Text");
2 26 Feb 07 jari 2854             // gba.add(this, slideLabel, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.N, GBA.B);
2 26 Feb 07 jari 2855             
2 26 Feb 07 jari 2856             normalizationLabel = new JLabel("Normalization Text");
2 26 Feb 07 jari 2857             // gba.add(this, normalizationLabel, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.S, GBA.B);
2 26 Feb 07 jari 2858         }
2 26 Feb 07 jari 2859         
2 26 Feb 07 jari 2860         public JLabel getSlideLabel() {return this.slideLabel;}
2 26 Feb 07 jari 2861         public JLabel getNormalizationLabel() {return this.normalizationLabel;}
2 26 Feb 07 jari 2862     }
2 26 Feb 07 jari 2863     
2 26 Feb 07 jari 2864     private class SingleArrayViewerCanvas extends ArrayViewerCanvas {
2 26 Feb 07 jari 2865         //For use with style
2 26 Feb 07 jari 2866         public final static int LINEAR = 0;
2 26 Feb 07 jari 2867         public final static int LOG = 1;
2 26 Feb 07 jari 2868         //For use with paletteStyle
2 26 Feb 07 jari 2869         public final static int BLUETORED = 1;
2 26 Feb 07 jari 2870         public final static int GREENRED = 2;
2 26 Feb 07 jari 2871         public final static int OVERLAY = 3;
2 26 Feb 07 jari 2872         //For use with colorScheme
2 26 Feb 07 jari 2873         public final static int RED_GREEN_COLOR_SCHEME = 0;
2 26 Feb 07 jari 2874         public final static int RED_BLUE_COLOR_SCHEME = 1;
2 26 Feb 07 jari 2875         
2 26 Feb 07 jari 2876         //private int xsize; //The horizontal size of each element
2 26 Feb 07 jari 2877         //private int ysize; //The vertical size of each element
2 26 Feb 07 jari 2878         private int maxRow; //?
2 26 Feb 07 jari 2879         private int maxColumn; //?
2 26 Feb 07 jari 2880         private Vector palette; //Stores the colors for the B->R scale
2 26 Feb 07 jari 2881         
2 26 Feb 07 jari 2882         private int style; //Sets log or linear -- maybe remove this?
2 26 Feb 07 jari 2883         private int paletteStyle; //Sets display type (B->R, Bar, Over)
2 26 Feb 07 jari 2884         private int colorScheme; //Sets GR and GB
2 26 Feb 07 jari 2885         
2 26 Feb 07 jari 2886         private double lowDifference; //Low bound for expression ratio -- maybe remove this?
2 26 Feb 07 jari 2887         private double highDifference; //High bound for expression ratio -- maybe remove this?
2 26 Feb 07 jari 2888         private float factor; //X factor for expression ratio
2 26 Feb 07 jari 2889         
2 26 Feb 07 jari 2890         private boolean scaleOn; //Toggles G/R scaling
2 26 Feb 07 jari 2891         private boolean thresholdsOn; //Toggles Expression Ratio
2 26 Feb 07 jari 2892         private boolean highlightOn; //Toggles white-box outlining
2 26 Feb 07 jari 2893         private int startx, stopx, starty, stopy, xspacing, yspacing, xgap, ygap;
2 26 Feb 07 jari 2894         private Font tinyFont, smallFont, largeFont;
2 26 Feb 07 jari 2895         private float topCy3 = 0, topCy5 = 0;
2 26 Feb 07 jari 2896         private int preXSpacing, postXSpacing, preYSpacing, postYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2897         private int xElementSize, yElementSize;
2 26 Feb 07 jari 2898         private int paletteSpacing = 0;
2 26 Feb 07 jari 2899         
2 26 Feb 07 jari 2900         public SingleArrayViewerCanvas(int preXSpacing, int postXSpacing, int preYSpacing, int postYSpacing) {
2 26 Feb 07 jari 2901             super(0, preXSpacing + postXSpacing, 0, preYSpacing + postYSpacing);
2 26 Feb 07 jari 2902             style = SingleArrayViewerCanvas.LINEAR;
2 26 Feb 07 jari 2903             paletteStyle = SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY;
2 26 Feb 07 jari 2904             tinyFont = new Font("monospaced", Font.PLAIN, 8);
2 26 Feb 07 jari 2905             smallFont = new Font("serif", Font.PLAIN, 12);
2 26 Feb 07 jari 2906             largeFont = new Font("serif", Font.PLAIN, 16);
2 26 Feb 07 jari 2907             colorScheme = SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME;
2 26 Feb 07 jari 2908             
2 26 Feb 07 jari 2909             this.preXSpacing = preXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2910             this.postXSpacing = postXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2911             this.preYSpacing = preYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2912             this.postYSpacing = postYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2913             
2 26 Feb 07 jari 2914             scaleOn = true;
2 26 Feb 07 jari 2915             thresholdsOn = false;
2 26 Feb 07 jari 2916             highlightOn = true;
2 26 Feb 07 jari 2917             this.lowDifference = .33;
2 26 Feb 07 jari 2918             this.highDifference = .66;
2 26 Feb 07 jari 2919             factor = (float) 2.0;
2 26 Feb 07 jari 2920             paletteSpacing = 50;
2 26 Feb 07 jari 2921             
2 26 Feb 07 jari 2922             setElementSize(20, 5);
2 26 Feb 07 jari 2923             
2 26 Feb 07 jari 2924             palette = buildPalette();
2 26 Feb 07 jari 2925             
2 26 Feb 07 jari 2926             setXOldEvent(-1);
2 26 Feb 07 jari 2927             setYOldEvent(-1);
2 26 Feb 07 jari 2928         }
2 26 Feb 07 jari 2929         
2 26 Feb 07 jari 2930         public void controlPaint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 2931             Graphics2D g = (Graphics2D) g1D;
2 26 Feb 07 jari 2932             if (slideData != null)
2 26 Feb 07 jari 2933                 drawSlide(g);
2 26 Feb 07 jari 2934         }
2 26 Feb 07 jari 2935         
2 26 Feb 07 jari 2936         public void setSpacing(int preXSpacing, int postXSpacing, int preYSpacing, int postYSpacing) {
2 26 Feb 07 jari 2937             this.preXSpacing = preXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2938             this.postXSpacing = postXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2939             this.preYSpacing = preYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2940             this.postYSpacing = postYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2941             updateSizes();
2 26 Feb 07 jari 2942         }
2 26 Feb 07 jari 2943         
2 26 Feb 07 jari 2944         public void setSize() {
2 26 Feb 07 jari 2945             if (slideData != null) {
2 26 Feb 07 jari 2946                 int width  = preXSpacing + getXSize() + postXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2947                 int height = preYSpacing + getYSize() + postYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2948                 setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 2949                 scrollPane.setViewportView(canvas);
2 26 Feb 07 jari 2950             }
2 26 Feb 07 jari 2951         }
2 26 Feb 07 jari 2952         
2 26 Feb 07 jari 2953         public void setX2Size() {
2 26 Feb 07 jari 2954             if (slideData != null) {
2 26 Feb 07 jari 2955                 int width  = getX2Start() + getXSize() + postXSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2956                 int height = preYSpacing + getYSize() + postYSpacing;
2 26 Feb 07 jari 2957                 setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 2958                 scrollPane.setViewportView(canvas);
2 26 Feb 07 jari 2959             }
2 26 Feb 07 jari 2960         }
2 26 Feb 07 jari 2961         
2 26 Feb 07 jari 2962         public void setElementSize(int xElementSize, int yElementSize) {
2 26 Feb 07 jari 2963             this.xElementSize = xElementSize;
2 26 Feb 07 jari 2964             this.yElementSize = yElementSize;
2 26 Feb 07 jari 2965             updateSizes();
2 26 Feb 07 jari 2966         }
2 26 Feb 07 jari 2967         
2 26 Feb 07 jari 2968         public void updateSizes() {
2 26 Feb 07 jari 2969             if (paletteStyle == SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED) {
2 26 Feb 07 jari 2970                 setX2Size();
2 26 Feb 07 jari 2971             } else {
2 26 Feb 07 jari 2972                 setSize();
2 26 Feb 07 jari 2973             }
2 26 Feb 07 jari 2974             //setPreferredSize(new Dimension(preXSpacing + getXSize() + postXSpacing, preYSpacing + getYSize() + postYSpacing));
2 26 Feb 07 jari 2975         }
2 26 Feb 07 jari 2976         
2 26 Feb 07 jari 2977         //public void setXElementSize(int xElementSize) {this.xElementSize = xElementSize;}
2 26 Feb 07 jari 2978         //public void setYElementSize(int yElementSize) {this.yElementSize = yElementSize;}
2 26 Feb 07 jari 2979         public int getXElementSize() {return this.xElementSize;}
2 26 Feb 07 jari 2980         public int getYElementSize() {return this.yElementSize;}
2 26 Feb 07 jari 2981         
2 26 Feb 07 jari 2982         public int getXSize() {
2 26 Feb 07 jari 2983             int columnCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 2984             if (slideData != null) columnCount = slideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 2985             if (columnCount > 0) return columnCount * xElementSize;
2 26 Feb 07 jari 2986             else return 0;
2 26 Feb 07 jari 2987         }
2 26 Feb 07 jari 2988         
2 26 Feb 07 jari 2989         public int getYSize() {
2 26 Feb 07 jari 2990             int rowCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 2991             if (slideData != null) rowCount = slideData.getSlideMetaData().getRows();
2 26 Feb 07 jari 2992             if (rowCount > 0) return rowCount * yElementSize;
2 26 Feb 07 jari 2993             else return 0;
2 26 Feb 07 jari 2994         }
2 26 Feb 07 jari 2995         
2 26 Feb 07 jari 2996         public void setScale(boolean setting) {
2 26 Feb 07 jari 2997             scaleOn = setting;
2 26 Feb 07 jari 2998             refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 2999         }
2 26 Feb 07 jari 3000         public boolean getScale() {return this.scaleOn;}
2 26 Feb 07 jari 3001         public void setColorScheme(int colorScheme) {this.colorScheme = colorScheme;}
2 26 Feb 07 jari 3002         public int getColorScheme() {return this.colorScheme;}
2 26 Feb 07 jari 3003         public void changeColorScheme() {
2 26 Feb 07 jari 3004             if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3005                 colorScheme = SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME;
2 26 Feb 07 jari 3006             } else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3007                 colorScheme = SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME;
2 26 Feb 07 jari 3008             }
2 26 Feb 07 jari 3009             refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3010         }
2 26 Feb 07 jari 3011         
2 26 Feb 07 jari 3012         public void setThresholds(boolean setting) {
2 26 Feb 07 jari 3013             thresholdsOn = setting;
2 26 Feb 07 jari 3014             refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3015         }
2 26 Feb 07 jari 3016         public boolean getThresholds() {return this.thresholdsOn;}
2 26 Feb 07 jari 3017         public boolean getHighlight() {return this.highlightOn;}
2 26 Feb 07 jari 3018         public void setHighlight(boolean setting) {this.highlightOn = setting;}
2 26 Feb 07 jari 3019         public float getFactor() {return this.factor;}
2 26 Feb 07 jari 3020         public void setFactor(float factor) {
2 26 Feb 07 jari 3021             this.factor = factor;
2 26 Feb 07 jari 3022         }
2 26 Feb 07 jari 3023         public double getLowDifference() {return this.lowDifference;}
2 26 Feb 07 jari 3024         public void setLowDifference(double difference) {this.lowDifference = difference;}
2 26 Feb 07 jari 3025         public double getHighDifference() {return this.highDifference;}
2 26 Feb 07 jari 3026         public void setHighDifference(double difference) {this.highDifference = difference;}
2 26 Feb 07 jari 3027         public void setTopCy3(float cy3) {this.topCy3 = cy3;}
2 26 Feb 07 jari 3028         public float getTopCy3() {return this.topCy3;}
2 26 Feb 07 jari 3029         public void setTopCy5(float cy5) {this.topCy5 = cy5;}
2 26 Feb 07 jari 3030         public float getTopCy5() {return this.topCy5;}
2 26 Feb 07 jari 3031         public void setUpperLimits(float cy3, float cy5) {
2 26 Feb 07 jari 3032             setTopCy3(cy3);
2 26 Feb 07 jari 3033             setTopCy5(cy5);
2 26 Feb 07 jari 3034         }
2 26 Feb 07 jari 3035         
2 26 Feb 07 jari 3036         /*
2 26 Feb 07 jari 3037         public void setMaxColumn(int maxColumn)
2 26 Feb 07 jari 3038             {
2 26 Feb 07 jari 3039             this.maxColumn = maxColumn;
2 26 Feb 07 jari 3040             this.xsize = this.xgap / this.maxColumn;
2 26 Feb 07 jari 3041             }
2 26 Feb 07 jari 3042          
2 26 Feb 07 jari 3043         public void setMaxRow(int maxRow)
2 26 Feb 07 jari 3044             {
2 26 Feb 07 jari 3045             this.maxRow = maxRow;
2 26 Feb 07 jari 3046             this.ysize = this.ygap / this.maxRow;
2 26 Feb 07 jari 3047             }
2 26 Feb 07 jari 3048          */
2 26 Feb 07 jari 3049         
2 26 Feb 07 jari 3050         public int getPaletteSpacing() {return this.paletteSpacing;}
2 26 Feb 07 jari 3051         public void setPaletteSpacing(int paletteSpacing) {this.paletteSpacing = paletteSpacing;}
2 26 Feb 07 jari 3052         
2 26 Feb 07 jari 3053         public void setStyle(int style) {
2 26 Feb 07 jari 3054             this.style = style;
2 26 Feb 07 jari 3055             refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3056         }
2 26 Feb 07 jari 3057         
2 26 Feb 07 jari 3058         public int getStyle() {return this.style;}
2 26 Feb 07 jari 3059         
2 26 Feb 07 jari 3060         public void setPaletteStyle(int style) {
2 26 Feb 07 jari 3061             setCursor(Cursor.WAIT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 3062             this.paletteStyle = style;
2 26 Feb 07 jari 3063             if (this.paletteStyle == SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED) {
2 26 Feb 07 jari 3064                 //eraseSlideDataElements2();
2 26 Feb 07 jari 3065                 //drawSlide2();
2 26 Feb 07 jari 3066                 //getFrame().pack();
2 26 Feb 07 jari 3067                 //refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3068             } else if (this.paletteStyle == SingleArrayViewerCanvas.GREENRED) {
2 26 Feb 07 jari 3069                 //eraseSlideDataElements2();
2 26 Feb 07 jari 3070                 //setSize();
2 26 Feb 07 jari 3071                 //getFrame().pack();
2 26 Feb 07 jari 3072                 setScale(false);
2 26 Feb 07 jari 3073                 //refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3074             } else if (this.paletteStyle == SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY) {
2 26 Feb 07 jari 3075                 //eraseSlideDataElements2();
2 26 Feb 07 jari 3076                 //setSize();
2 26 Feb 07 jari 3077                 //getFrame().pack();
2 26 Feb 07 jari 3078                 //refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3079             }
2 26 Feb 07 jari 3080             updateSizes();
2 26 Feb 07 jari 3081             refreshSlide();
2 26 Feb 07 jari 3082             setCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR);
2 26 Feb 07 jari 3083         }
2 26 Feb 07 jari 3084         
2 26 Feb 07 jari 3085         public int getPaletteStyle() {return this.paletteStyle;}
2 26 Feb 07 jari 3086         
2 26 Feb 07 jari 3087         public void slideDataElementAt(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3088             ISlideDataElement slideDataElement = null;
2 26 Feb 07 jari 3089             int column, row;
2 26 Feb 07 jari 3090             
2 26 Feb 07 jari 3091             column = findColumn(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3092             row = findRow(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3093             final int columns = slideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 3094             if (column > 0 && row > 0) {
2 26 Feb 07 jari 3095                 slideDataElement = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[(row-1)*columns +column -1]);
2 26 Feb 07 jari 3096             }
2 26 Feb 07 jari 3097             //System.out.println(column + ", " + row);
2 26 Feb 07 jari 3098             //if (slideDataElement != null) displaySlideElementInfo(slideDataElement);
2 26 Feb 07 jari 3099             if (slideDataElement != null) {
2 26 Feb 07 jari 3100                 //System.out.println(slideDataElement.getRatio(SlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.LINEAR));
2 26 Feb 07 jari 3101                 
2 26 Feb 07 jari 3102                 int trueRow, trueColumn;
2 26 Feb 07 jari 3103                 float cy3, cy5;
2 26 Feb 07 jari 3104                 String[] fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 3105                 String displayString;
2 26 Feb 07 jari 3106                 int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 3107                 
2 26 Feb 07 jari 3108                 trueRow = slideDataElement.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3109                 trueColumn = slideDataElement.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3110                 cy3 = slideDataElement.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 3111                 cy5 = slideDataElement.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 3112                 fieldNames = getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 3113                 
2 26 Feb 07 jari 3114                 String rowColLabel = "Row : Column";
2 26 Feb 07 jari 3115                 String cy3cy5Label = "Cy3 : Cy5";
2 26 Feb 07 jari 3116                 stringLength = 12;
2 26 Feb 07 jari 3117                 
2 26 Feb 07 jari 3118                 for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3119                     stringLength = Math.max(stringLength, fieldNames[i].length());
2 26 Feb 07 jari 3120                 }
2 26 Feb 07 jari 3121                 
2 26 Feb 07 jari 3122                 displayString = rowColLabel + space(12, stringLength) + trueRow + " : " + trueColumn + "\n";
2 26 Feb 07 jari 3123                 displayString += cy3cy5Label + space(9, stringLength) + cy3 + " : " + cy5;
2 26 Feb 07 jari 3124                 
2 26 Feb 07 jari 3125                 for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3126                     displayString += "\n" + fieldNames[i] + space(fieldNames[i].length(), stringLength) + slideDataElement.getFieldAt(i);
2 26 Feb 07 jari 3127                 }
2 26 Feb 07 jari 3128                 
2 26 Feb 07 jari 3129                 //System.out.println("In use?");
2 26 Feb 07 jari 3130                 //InfoDisplay infoDisplay = new InfoDisplay(getFrame(), displayString, 20, 80);
2 26 Feb 07 jari 3131             }
2 26 Feb 07 jari 3132         }
2 26 Feb 07 jari 3133         
2 26 Feb 07 jari 3134         public ISlideDataElement getSlideDataElementAt(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3135             ISlideDataElement slideDataElement = null;
2 26 Feb 07 jari 3136             int row, column;
2 26 Feb 07 jari 3137             
2 26 Feb 07 jari 3138             row    = findRow(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3139             column = findColumn(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3140             final int columns = slideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 3141             if (column > 0 && row > 0) {
2 26 Feb 07 jari 3142                 int index = (row-1)*columns +column -1;
2 26 Feb 07 jari 3143                 if (index < indices.length) {
2 26 Feb 07 jari 3144                     return(ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[index]);
2 26 Feb 07 jari 3145                 }
2 26 Feb 07 jari 3146             }
2 26 Feb 07 jari 3147             return null;
2 26 Feb 07 jari 3148         }
2 26 Feb 07 jari 3149         
2 26 Feb 07 jari 3150         public int findColumn(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3151             int column = 0;
2 26 Feb 07 jari 3152             if (inHorizontalPositionOne(targetx, targety)) {
2 26 Feb 07 jari 3153                 column = (targetx-preXSpacing)/xElementSize +1;
2 26 Feb 07 jari 3154             } else if (inHorizontalPositionTwo(targetx, targety)) {
2 26 Feb 07 jari 3155                 column = (targetx-getX2Start())/xElementSize +1;
2 26 Feb 07 jari 3156             }
2 26 Feb 07 jari 3157             return column;
2 26 Feb 07 jari 3158         }
2 26 Feb 07 jari 3159         
2 26 Feb 07 jari 3160         public int findRow(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3161             int row = 0;
2 26 Feb 07 jari 3162             if (inVerticalPosition(targetx, targety)) {
2 26 Feb 07 jari 3163                 row = (targety - preYSpacing)/yElementSize +1;
2 26 Feb 07 jari 3164             }
2 26 Feb 07 jari 3165             return row;
2 26 Feb 07 jari 3166         }
2 26 Feb 07 jari 3167         
2 26 Feb 07 jari 3168         public boolean inHorizontalPositionOne(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3169             if ((targetx - preXSpacing) > 0 && (targetx - preXSpacing - getXSize()) < 0) return true;
2 26 Feb 07 jari 3170             else return false;
2 26 Feb 07 jari 3171         }
2 26 Feb 07 jari 3172         
2 26 Feb 07 jari 3173         public boolean inHorizontalPositionTwo(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3174             if (paletteStyle != SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED)
2 26 Feb 07 jari 3175                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3176             if ((targetx - getX2Start()) > 0 && (targetx - getX2Start() - getXSize()) < 0)
2 26 Feb 07 jari 3177                 return true;
2 26 Feb 07 jari 3178             else
2 26 Feb 07 jari 3179                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3180         }
2 26 Feb 07 jari 3181         
2 26 Feb 07 jari 3182         public boolean inHorizontalPosition(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3183             if ((inHorizontalPositionOne(targetx, targety)) || (inHorizontalPositionTwo(targetx, targety)))
2 26 Feb 07 jari 3184                 return true;
2 26 Feb 07 jari 3185             else
2 26 Feb 07 jari 3186                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3187         }
2 26 Feb 07 jari 3188         
2 26 Feb 07 jari 3189         public boolean inVerticalPosition(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3190             if ((targety - preYSpacing) > 0 && (targety - preYSpacing - getYSize()) < 0) return true;
2 26 Feb 07 jari 3191             else return false;
2 26 Feb 07 jari 3192         }
2 26 Feb 07 jari 3193         
2 26 Feb 07 jari 3194         public boolean inPositionOne(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3195             if ((inHorizontalPositionOne(targetx, targety)) && (inVerticalPosition(targetx, targety))) return true;
2 26 Feb 07 jari 3196             else return false;
2 26 Feb 07 jari 3197         }
2 26 Feb 07 jari 3198         
2 26 Feb 07 jari 3199         public boolean inPositionTwo(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3200             if (paletteStyle != SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED)
2 26 Feb 07 jari 3201                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3202             if ((inHorizontalPositionTwo(targetx, targety)) && (inVerticalPosition(targetx, targety)))
2 26 Feb 07 jari 3203                 return true;
2 26 Feb 07 jari 3204             else
2 26 Feb 07 jari 3205                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3206         }
2 26 Feb 07 jari 3207         
2 26 Feb 07 jari 3208         public boolean inPosition(int targetx, int targety) {
2 26 Feb 07 jari 3209             if ((inHorizontalPosition(targetx, targety)) && (inVerticalPosition(targetx, targety)))
2 26 Feb 07 jari 3210                 return true;
2 26 Feb 07 jari 3211             else
2 26 Feb 07 jari 3212                 return false;
2 26 Feb 07 jari 3213         }
2 26 Feb 07 jari 3214         
2 26 Feb 07 jari 3215         public void drawColoredBoxAt(Graphics2D g, int targetx, int targety, Color targetColor) {
2 26 Feb 07 jari 3216             boolean legal = false, draw = false;
2 26 Feb 07 jari 3217             int column = 0, row = 0, oldColumn = 0, oldRow = 0, location = 0, oldLocation = 0, xpos, ypos;
2 26 Feb 07 jari 3218             int xOldEvent = getXOldEvent();
2 26 Feb 07 jari 3219             int yOldEvent = getYOldEvent();
2 26 Feb 07 jari 3220             
2 26 Feb 07 jari 3221             column = findColumn(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3222             row = findRow(targetx, targety);
2 26 Feb 07 jari 3223             
2 26 Feb 07 jari 3224             oldColumn = findColumn(xOldEvent, yOldEvent);
2 26 Feb 07 jari 3225             oldRow = findRow(xOldEvent, yOldEvent);
2 26 Feb 07 jari 3226             if (oldColumn == column && oldRow == row) {
2 26 Feb 07 jari 3227                 if (paletteStyle != SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED)
2 26 Feb 07 jari 3228                     return;
2 26 Feb 07 jari 3229             }
2 26 Feb 07 jari 3230             
2 26 Feb 07 jari 3231             // clear old selection
2 26 Feb 07 jari 3232             if (inPositionOne(xOldEvent, yOldEvent)) {
2 26 Feb 07 jari 3233                 xpos = getXpos(oldColumn);
2 26 Feb 07 jari 3234                 ypos = getYpos(oldRow);
2 26 Feb 07 jari 3235                 drawRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3236                 draw = true;
2 26 Feb 07 jari 3237             } else if (inPositionTwo(xOldEvent, yOldEvent)) {
2 26 Feb 07 jari 3238                 xpos = getXpos(oldColumn);
2 26 Feb 07 jari 3239                 ypos = getYpos(oldRow);
2 26 Feb 07 jari 3240                 drawRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3241                 draw = true;
2 26 Feb 07 jari 3242             }
2 26 Feb 07 jari 3243             //draw target
2 26 Feb 07 jari 3244             if (inPositionOne(targetx, targety)) {
2 26 Feb 07 jari 3245                 xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3246                 ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3247                 drawRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, targetColor);
2 26 Feb 07 jari 3248                 draw = true;
2 26 Feb 07 jari 3249                 legal = true;
2 26 Feb 07 jari 3250             } else if (inPositionTwo(targetx, targety)) {
2 26 Feb 07 jari 3251                 xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3252                 ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3253                 drawRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, targetColor);
2 26 Feb 07 jari 3254                 draw = true;
2 26 Feb 07 jari 3255                 legal = true;
2 26 Feb 07 jari 3256             }
2 26 Feb 07 jari 3257             //if (draw == true) paint(getGraphics());
2 26 Feb 07 jari 3258         }
2 26 Feb 07 jari 3259         
2 26 Feb 07 jari 3260         public int getXpos(int column) {
2 26 Feb 07 jari 3261             int xpos;
2 26 Feb 07 jari 3262             xpos = (column - 1) * xElementSize;
2 26 Feb 07 jari 3263             return xpos;
2 26 Feb 07 jari 3264         }
2 26 Feb 07 jari 3265         
2 26 Feb 07 jari 3266         public int getYpos(int row) {
2 26 Feb 07 jari 3267             int ypos;
2 26 Feb 07 jari 3268             ypos = (row - 1) * yElementSize;
2 26 Feb 07 jari 3269             return ypos;
2 26 Feb 07 jari 3270         }
2 26 Feb 07 jari 3271         
2 26 Feb 07 jari 3272         public void drawSlide(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3273             ISlideDataElement slideDataElement;
2 26 Feb 07 jari 3274             
2 26 Feb 07 jari 3275             if (slideData == null){
2 26 Feb 07 jari 3276                 System.out.println("IN SAV canvas null data");
2 26 Feb 07 jari 3277                 return;
2 26 Feb 07 jari 3278             }
2 26 Feb 07 jari 3279             int index;
2 26 Feb 07 jari 3280             final int rows    = slideData.getSlideMetaData().getRows();
2 26 Feb 07 jari 3281             final int columns = slideData.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 3282             if (columns==0) {
2 26 Feb 07 jari 3283                 System.out.println("IN SAV canvas columns = 0");
2 26 Feb 07 jari 3284                 return;
2 26 Feb 07 jari 3285             }
2 26 Feb 07 jari 3286             int row, column;
2 26 Feb 07 jari 3287             final int SIZE = indices.length;
2 26 Feb 07 jari 3288             if (paletteStyle == SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED) {
2 26 Feb 07 jari 3289                 //setX2Size();
2 26 Feb 07 jari 3290                 eraseAll(g);
2 26 Feb 07 jari 3291                 eraseFoot(g);
2 26 Feb 07 jari 3292                 drawSlideFileName(g, slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 3293                 
2 26 Feb 07 jari 3294                 for (int i = 0; i < SIZE; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3295                     slideDataElement = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 3296                     row = i/columns +1;
2 26 Feb 07 jari 3297                     column = i % columns +1;
2 26 Feb 07 jari 3298                     if (slideDataElement != null) {
2 26 Feb 07 jari 3299                         drawSlideDataElement(g, indices[i], row, column);
2 26 Feb 07 jari 3300                         drawSlideDataElement2(g, indices[i], row, column);
2 26 Feb 07 jari 3301                     } else {
2 26 Feb 07 jari 3302                         drawNullElement(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3303                         drawNullElement2(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3304                     }
2 26 Feb 07 jari 3305                 }
2 26 Feb 07 jari 3306                 
2 26 Feb 07 jari 3307                 if (SIZE < rows*columns) {
2 26 Feb 07 jari 3308                     for (int i = SIZE; i < rows*columns; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3309                         drawNullElement(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3310                         drawNullElement2(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3311                     }
2 26 Feb 07 jari 3312                 }
2 26 Feb 07 jari 3313                 drawScale(g);
2 26 Feb 07 jari 3314                 setFoot(g);
2 26 Feb 07 jari 3315             } else {
2 26 Feb 07 jari 3316                 //setSize();
2 26 Feb 07 jari 3317                 eraseAll(g);
2 26 Feb 07 jari 3318                 drawSlideFileName(g, slideData.getSlideDataName());
2 26 Feb 07 jari 3319                 for (int i = 0; i < SIZE; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3320                     slideDataElement = (ISlideDataElement)slideData.getSlideDataElement(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 3321                     row = i/columns +1;
2 26 Feb 07 jari 3322                     column = i % columns +1;
2 26 Feb 07 jari 3323                     if (slideDataElement != null)
2 26 Feb 07 jari 3324                         drawSlideDataElement(g, indices[i], row, column);
2 26 Feb 07 jari 3325                     else
2 26 Feb 07 jari 3326                         drawNullElement(g,i);
2 26 Feb 07 jari 3327                 }
2 26 Feb 07 jari 3328                 if (SIZE < rows*columns) {
2 26 Feb 07 jari 3329                     for (int i = SIZE; i < rows*columns; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3330                         drawNullElement(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3331                     }
2 26 Feb 07 jari 3332                 }
2 26 Feb 07 jari 3333             }
2 26 Feb 07 jari 3334         }
2 26 Feb 07 jari 3335         
2 26 Feb 07 jari 3336         /*
2 26 Feb 07 jari 3337         public void drawSlide2(Graphics2D g)
2 26 Feb 07 jari 3338             {
2 26 Feb 07 jari 3339             ISlideDataElement slideDataElement;
2 26 Feb 07 jari 3340          
2 26 Feb 07 jari 3341             if(slideData != null)
2 26 Feb 07 jari 3342                 {
2 26 Feb 07 jari 3343                 setSize(getX2Start() + getXSize() + postXSpacing, preYSpacing + getYSize() + postYSpacing);
2 26 Feb 07 jari 3344          
2 26 Feb 07 jari 3345                 eraseSlideDataElements2(g);
2 26 Feb 07 jari 3346                 eraseFoot(g);
2 26 Feb 07 jari 3347                 for(int i = 0; i < slideData.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 3348                     {
2 26 Feb 07 jari 3349                     try
2 26 Feb 07 jari 3350                         {
2 26 Feb 07 jari 3351                         slideDataElement = slideData.getElementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 3352                         if (slideDataElement != null) drawSlideDataElement2(g, slideDataElement);
2 26 Feb 07 jari 3353                         else drawNullElement2(g, i);
2 26 Feb 07 jari 3354                         }
2 26 Feb 07 jari 3355                     catch (NullPointerException npe) {;}
2 26 Feb 07 jari 3356                     }
2 26 Feb 07 jari 3357                 setFoot(g);
2 26 Feb 07 jari 3358                 }
2 26 Feb 07 jari 3359             }
2 26 Feb 07 jari 3360          */
2 26 Feb 07 jari 3361         
2 26 Feb 07 jari 3362         public void eraseAll(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3363             eraseSlideDataElements(g);
2 26 Feb 07 jari 3364             eraseSlideDataElements2(g);
2 26 Feb 07 jari 3365             eraseSlideFileName(g);
2 26 Feb 07 jari 3366             eraseFoot(g);
2 26 Feb 07 jari 3367         }
2 26 Feb 07 jari 3368         
2 26 Feb 07 jari 3369         public void eraseSlideDataElements(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3370             fillRect(g, 0, 0, getXSize(), getYSize(), Color.white);
2 26 Feb 07 jari 3371         }
2 26 Feb 07 jari 3372         
2 26 Feb 07 jari 3373         public void eraseSlideDataElements2(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3374             fillRect(g, getX2Start(), 0, getXSize(), getYSize(), Color.white);
2 26 Feb 07 jari 3375         }
2 26 Feb 07 jari 3376         
2 26 Feb 07 jari 3377         public void eraseSlideFileName(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3378             fillRect(g, preXSpacing, 0, getXSize(), preYSpacing - 20, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 3379         }
2 26 Feb 07 jari 3380         
2 26 Feb 07 jari 3381         public void eraseFoot(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3382             fillRect(g, 0, 0, 2 * getXSize(), preYSpacing, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 3383             fillRect(g, preXSpacing + 1, preYSpacing, preXSpacing, getYSize() + preYSpacing, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 3384         }
2 26 Feb 07 jari 3385         
2 26 Feb 07 jari 3386         public Color getFalseColor(long value) {
2 26 Feb 07 jari 3387             Color falseColor = null;
2 26 Feb 07 jari 3388             Double scale = new Double(0.0);
2 26 Feb 07 jari 3389             
2 26 Feb 07 jari 3390             try {
2 26 Feb 07 jari 3391                 if (style == SingleArrayViewerCanvas.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 3392                     if (value == 0) scale = new Double(255 * ((double) Math.log((double) 1.0) / Math.log((double) getTopCy3())));
2 26 Feb 07 jari 3393                     else scale = new Double(255 * ((double) Math.log((double) value) / Math.log((double) getTopCy3())));
2 26 Feb 07 jari 3394                 } else if (style == SingleArrayViewerCanvas.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 3395                     scale = new Double(255 * ((double) value) / getTopCy3());
2 26 Feb 07 jari 3396                 }
2 26 Feb 07 jari 3397                 
2 26 Feb 07 jari 3398                 if (scale.doubleValue() > 255.0) scale = new Double(255);
2 26 Feb 07 jari 3399                 else if (scale.doubleValue() < 0) scale = new Double(0); //To avoid those negatives...
2 26 Feb 07 jari 3400                 try {
2 26 Feb 07 jari 3401                     falseColor = (Color) palette.elementAt(scale.intValue());
2 26 Feb 07 jari 3402                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3403                     System.out.println("!!!!!");
2 26 Feb 07 jari 3404                 }
2 26 Feb 07 jari 3405             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3406                 System.out.println("Exception (SingleArrayViewerCanvas.getFalseColor()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 3407             }
2 26 Feb 07 jari 3408             
2 26 Feb 07 jari 3409             return falseColor;
2 26 Feb 07 jari 3410             
2 26 Feb 07 jari 3411         }
2 26 Feb 07 jari 3412         
2 26 Feb 07 jari 3413         public Color getFalseColor2(long value) {
2 26 Feb 07 jari 3414             Color falseColor = new Color(0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3415             Double scale = new Double(0.0);
2 26 Feb 07 jari 3416             
2 26 Feb 07 jari 3417             try {
2 26 Feb 07 jari 3418                 if (this.style == SingleArrayViewerCanvas.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 3419                     if (value == 0) scale = new Double(255 * ((double) Math.log((double) 1.0) / Math.log((double) getTopCy5())));
2 26 Feb 07 jari 3420                     else scale = new Double(255 * ((double) Math.log((double) value) / Math.log((double) getTopCy5())));
2 26 Feb 07 jari 3421                 } else if (this.style == SingleArrayViewerCanvas.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 3422                     scale = new Double(255 * ((double) value) / getTopCy5());
2 26 Feb 07 jari 3423                 }
2 26 Feb 07 jari 3424                 
2 26 Feb 07 jari 3425                 if (scale.doubleValue() > 255.0) scale = new Double(255);
2 26 Feb 07 jari 3426                 else if (scale.doubleValue() < 0) scale = new Double(0); //To avoid those negatives...
2 26 Feb 07 jari 3427                 falseColor = (Color) palette.elementAt(scale.intValue());
2 26 Feb 07 jari 3428             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3429                 System.out.println("Exception (SingleArrayViewerCanvas.getFalseColor()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 3430             }
2 26 Feb 07 jari 3431             
2 26 Feb 07 jari 3432             return falseColor;
2 26 Feb 07 jari 3433             
2 26 Feb 07 jari 3434         }
2 26 Feb 07 jari 3435         
2 26 Feb 07 jari 3436         public Color getGreenScaleColor(long value) {
2 26 Feb 07 jari 3437             Color greenScaleColor = null;
2 26 Feb 07 jari 3438             float temp;
2 26 Feb 07 jari 3439             try {
2 26 Feb 07 jari 3440                 if (scaleOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3441                     if (style == SingleArrayViewerCanvas.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 3442                         if (value == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3443                             temp = new Double((float) Math.log((float) 1.0) / Math.log((float) getTopCy3())).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 3444                             if (temp > 255) temp = 255;
2 26 Feb 07 jari 3445                             if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3446                             //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3447                             if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, temp, 0);
2 26 Feb 07 jari 3448                             else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, 0, temp);
2 26 Feb 07 jari 3449                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3450                             temp = new Double((float) Math.log((float) value) / Math.log((float) getTopCy3())).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 3451                             if (temp > 255) temp = 255;
2 26 Feb 07 jari 3452                             if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3453                             //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3454                             if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, temp, 0);
2 26 Feb 07 jari 3455                             else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, 0, temp);
2 26 Feb 07 jari 3456                         }
2 26 Feb 07 jari 3457                     } else if (style == SingleArrayViewerCanvas.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 3458                         temp = (float) value / getTopCy3();
2 26 Feb 07 jari 3459                         if (temp > 1) temp = 1;
2 26 Feb 07 jari 3460                         if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3461                         //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3462                         if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, temp, 0);
2 26 Feb 07 jari 3463                         else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, 0, temp);
2 26 Feb 07 jari 3464                     }
2 26 Feb 07 jari 3465                 } else if (scaleOn == false) {
2 26 Feb 07 jari 3466                     if (value == 0) greenScaleColor = new Color(0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3467                     //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3468                     else {
2 26 Feb 07 jari 3469                         if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, 255, 0);
2 26 Feb 07 jari 3470                         else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) greenScaleColor = new Color(0, 0, 255);
2 26 Feb 07 jari 3471                     }
2 26 Feb 07 jari 3472                 }
2 26 Feb 07 jari 3473             } catch (IllegalArgumentException iae) {
2 26 Feb 07 jari 3474                 ;
2 26 Feb 07 jari 3475             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3476                 System.out.println("Exception (SingleArrayViewerCanvas.getGreenScaleColor()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 3477             }
2 26 Feb 07 jari 3478             
2 26 Feb 07 jari 3479             return greenScaleColor;       
2 26 Feb 07 jari 3480         }
2 26 Feb 07 jari 3481         
2 26 Feb 07 jari 3482         public Color getRedScaleColor(long value) {
2 26 Feb 07 jari 3483             Color redScaleColor = null;
2 26 Feb 07 jari 3484             float temp;
2 26 Feb 07 jari 3485             
2 26 Feb 07 jari 3486             try {
2 26 Feb 07 jari 3487                 if (scaleOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3488                     if (style == SingleArrayViewerCanvas.LOG) {
2 26 Feb 07 jari 3489                         if (value == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3490                             temp = new Double((float) Math.log((float) 1.0) / Math.log((float) getTopCy5())).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 3491                             if (temp > 255) temp = 255;
2 26 Feb 07 jari 3492                             if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3493                             redScaleColor = new Color(temp, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3494                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3495                             temp = new Double((float) Math.log((float) value) / Math.log((float) getTopCy5())).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 3496                             if (temp > 255) temp = 255;
2 26 Feb 07 jari 3497                             if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3498                             redScaleColor = new Color(temp, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3499                         }
2 26 Feb 07 jari 3500                     } else if (style == SingleArrayViewerCanvas.LINEAR) {
2 26 Feb 07 jari 3501                         temp = (float) value / getTopCy5();
2 26 Feb 07 jari 3502                         if (temp > 1) temp = 1;
2 26 Feb 07 jari 3503                         if (temp < 0) temp = 0;
2 26 Feb 07 jari 3504                         redScaleColor = new Color(temp, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3505                     }
2 26 Feb 07 jari 3506                 } else if (scaleOn == false) {
2 26 Feb 07 jari 3507                     if (value == 0) redScaleColor = new Color(0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3508                     else redScaleColor = new Color(255, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3509                 }
2 26 Feb 07 jari 3510             } catch (IllegalArgumentException iae) {
2 26 Feb 07 jari 3511                 ;
2 26 Feb 07 jari 3512             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 3513                 System.out.println("Exception (SingleArrayViewerCanvas.getRedScaleColor()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 3514             }    
2 26 Feb 07 jari 3515             return redScaleColor;
2 26 Feb 07 jari 3516         }
2 26 Feb 07 jari 3517         
2 26 Feb 07 jari 3518         public void drawSlideDataElement(Graphics2D g, int dataRow, int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 3519             Color color;
2 26 Feb 07 jari 3520             //int row, column,
2 26 Feb 07 jari 3521             int  adjustedInt;
2 26 Feb 07 jari 3522             long adjustedLong;
2 26 Feb 07 jari 3523             
2 26 Feb 07 jari 3524             //row = slideDataElement.getRow(SlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3525             //column = slideDataElement.getColumn(SlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3526             
2 26 Feb 07 jari 3527             float cy3 = slideData.getCY3(dataRow);
2 26 Feb 07 jari 3528             float cy5 = slideData.getCY5(dataRow);
2 26 Feb 07 jari 3529             // System.out.println("cy3 = "+cy3+" cy5 = "+cy5);
2 26 Feb 07 jari 3530             int xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3531             int ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3532             
2 26 Feb 07 jari 3533             switch (paletteStyle) {
2 26 Feb 07 jari 3534                 case SingleArrayViewerCanvas.BLUETORED:
2 26 Feb 07 jari 3535                     if (thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3536                         if ((cy3+cy5 > 0) && ((cy3/(cy3+cy5) > highDifference) || (cy3/(cy3+cy5) < lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 3537                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getFalseColor((long)cy3));
2 26 Feb 07 jari 3538                         } else if (cy3 == 0 && cy5 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3539                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3540                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3541                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3542                         }
2 26 Feb 07 jari 3543                     } else {
2 26 Feb 07 jari 3544                         if (cy3 == 0 && cy5 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3545                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3546                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3547                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getFalseColor((long)cy3));
2 26 Feb 07 jari 3548                         }
2 26 Feb 07 jari 3549                     }
2 26 Feb 07 jari 3550                     break;
2 26 Feb 07 jari 3551                 case SingleArrayViewerCanvas.GREENRED:
2 26 Feb 07 jari 3552                     if (cy3 + cy5 == 0) adjustedInt = 0;
2 26 Feb 07 jari 3553                     else adjustedInt = (int) (xElementSize * cy3 / (cy3 + cy5));
2 26 Feb 07 jari 3554                     if (adjustedInt > xElementSize) adjustedInt = xElementSize;
2 26 Feb 07 jari 3555                     
2 26 Feb 07 jari 3556                     if (cy3 <= 0 && cy5 <= 0) fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3557                     else {
2 26 Feb 07 jari 3558                         if (thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3559                             if ((cy3 + cy5 > 0) && ((cy3/(cy3+cy5) > highDifference) || (cy3/(cy3+cy5) < lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 3560                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getRedScaleColor((long)cy5));
2 26 Feb 07 jari 3561                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, adjustedInt, yElementSize, getGreenScaleColor((long)cy3));
2 26 Feb 07 jari 3562                             } else {
2 26 Feb 07 jari 3563                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3564                             }
2 26 Feb 07 jari 3565                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3566                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getRedScaleColor((long)cy5));
2 26 Feb 07 jari 3567                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, adjustedInt, yElementSize, getGreenScaleColor((long)cy3));
2 26 Feb 07 jari 3568                         }
2 26 Feb 07 jari 3569                     }
2 26 Feb 07 jari 3570                     break;
2 26 Feb 07 jari 3571                 case SingleArrayViewerCanvas.OVERLAY:
2 26 Feb 07 jari 3572                     if (thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3573                         if ((cy3+cy5 > 0) && ((cy3/(cy3+cy5) > highDifference) || (cy3/(cy3+cy5) < lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 3574                             //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3575                             if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3576                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize,
2 26 Feb 07 jari 3577                                 new Color(getRedScaleColor((long)cy5).getRed(), getGreenScaleColor((long)cy3).getGreen(), 0));
2 26 Feb 07 jari 3578                             } else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3579                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize,
2 26 Feb 07 jari 3580                                 new Color(getRedScaleColor((long)cy5).getRed(), 0, getGreenScaleColor((long)cy3).getBlue()));
2 26 Feb 07 jari 3581                             }
2 26 Feb 07 jari 3582                         } else if (cy3 == 0 && cy5 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3583                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3584                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3585                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3586                         }
2 26 Feb 07 jari 3587                     } else {
2 26 Feb 07 jari 3588                         //COLOR
2 26 Feb 07 jari 3589                         if (cy3 == 0 && cy5 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 3590                             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3591                         } else {
2 26 Feb 07 jari 3592                             if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_GREEN_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3593                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize,
2 26 Feb 07 jari 3594                                 new Color(getRedScaleColor((long)cy5).getRed(), getGreenScaleColor((long)cy3).getGreen(), 0));
2 26 Feb 07 jari 3595                             } else if (colorScheme == SingleArrayViewerCanvas.RED_BLUE_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 3596                                 fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize,
2 26 Feb 07 jari 3597                                 new Color(getRedScaleColor((long)cy5).getRed(), 0, getGreenScaleColor((long)cy3).getBlue()));
2 26 Feb 07 jari 3598                             }
2 26 Feb 07 jari 3599                         }
2 26 Feb 07 jari 3600                     }
2 26 Feb 07 jari 3601                     break;
2 26 Feb 07 jari 3602                 default:
2 26 Feb 07 jari 3603                     break;
2 26 Feb 07 jari 3604             }
2 26 Feb 07 jari 3605             drawRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3606         }
2 26 Feb 07 jari 3607         
2 26 Feb 07 jari 3608         public void drawSlideDataElement2(Graphics2D g, int dataRow, int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 3609             Color color;
2 26 Feb 07 jari 3610             //int row, column,
2 26 Feb 07 jari 3611             int adjustedInt;
2 26 Feb 07 jari 3612             long adjustedLong;
2 26 Feb 07 jari 3613             
2 26 Feb 07 jari 3614             //row = slideDataElement.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3615             //column = slideDataElement.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 3616             //float cy3 = slideDataElement.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 3617             //float cy5 = slideDataElement.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 3618             float cy3 = slideData.getCY3(dataRow);
2 26 Feb 07 jari 3619             float cy5 = slideData.getCY5(dataRow);
2 26 Feb 07 jari 3620             int xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3621             int ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3622             
2 26 Feb 07 jari 3623             if (thresholdsOn == true) {
2 26 Feb 07 jari 3624                 if ((cy3 + cy5 > 0) && ((cy3 / (cy3 + cy5) > highDifference) || (cy3 / (cy3 + cy5) < lowDifference))) {
2 26 Feb 07 jari 3625                     fillRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getFalseColor2((long)cy5));
2 26 Feb 07 jari 3626                     drawRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3627                 } else {
2 26 Feb 07 jari 3628                     fillRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3629                 }
2 26 Feb 07 jari 3630             } else {
2 26 Feb 07 jari 3631                 fillRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, getFalseColor2((long)cy5));
2 26 Feb 07 jari 3632                 drawRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3633             }
2 26 Feb 07 jari 3634         }
2 26 Feb 07 jari 3635         
2 26 Feb 07 jari 3636         public int getX2Start() {
2 26 Feb 07 jari 3637             return(preXSpacing + getXSize() + getPaletteSpacing());
2 26 Feb 07 jari 3638         }
2 26 Feb 07 jari 3639         
2 26 Feb 07 jari 3640         public void drawNullElement(Graphics2D g, int location) {
2 26 Feb 07 jari 3641             int row, column, xpos, ypos;
2 26 Feb 07 jari 3642             
2 26 Feb 07 jari 3643             row = (location / slideData.getSlideMetaData().getColumns()) + 1;
2 26 Feb 07 jari 3644             column = (location % slideData.getSlideMetaData().getColumns()) + 1;
2 26 Feb 07 jari 3645             xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3646             ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3647             
2 26 Feb 07 jari 3648             fillRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3649             drawRect(g, xpos + preXSpacing, ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3650         }
2 26 Feb 07 jari 3651         
2 26 Feb 07 jari 3652         public void drawNullElement2(Graphics2D g, int location) {
2 26 Feb 07 jari 3653             int row, column, xpos, ypos;
2 26 Feb 07 jari 3654             
2 26 Feb 07 jari 3655             row = (location / slideData.getSlideMetaData().getColumns()) + 1;
2 26 Feb 07 jari 3656             column = (location % slideData.getSlideMetaData().getColumns()) + 1;
2 26 Feb 07 jari 3657             xpos = getXpos(column);
2 26 Feb 07 jari 3658             ypos = getYpos(row);
2 26 Feb 07 jari 3659             
2 26 Feb 07 jari 3660             fillRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 3661             drawRect(g, xpos + getX2Start(), ypos + preYSpacing, xElementSize, yElementSize, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 3662         }
2 26 Feb 07 jari 3663         
2 26 Feb 07 jari 3664         public void drawSlideFileName(Graphics2D g, String filename) {
2 26 Feb 07 jari 3665             drawString(g, filename, (16 * getXSize() / 40) + preXSpacing, preYSpacing / 2, Color.black, largeFont);
2 26 Feb 07 jari 3666         }
2 26 Feb 07 jari 3667         
2 26 Feb 07 jari 3668         public void setFoot(Graphics2D g) //And head, really...
2 26 Feb 07 jari 3669         {
2 26 Feb 07 jari 3670             int xGap = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 3671             int yGap = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 3672             
2 26 Feb 07 jari 3673             drawString(g, "Cy3", (19 * xGap / 40) + preXSpacing, preYSpacing + yGap + postYSpacing - 10, Color.black, largeFont);
2 26 Feb 07 jari 3674             drawString(g, "Cy5", (19 * xGap / 40) + 2 * preXSpacing + xGap + 15, preYSpacing + yGap + postYSpacing - 10, Color.black, largeFont);
2 26 Feb 07 jari 3675             drawString(g, Long.toString((long)getTopCy3()), (16 * xGap / 20) + preXSpacing, preYSpacing - 5, Color.black, smallFont);
2 26 Feb 07 jari 3676             drawString(g, Long.toString((long)getTopCy5()), preXSpacing + xGap + getPaletteSpacing(), preYSpacing - 5, Color.black, smallFont);
2 26 Feb 07 jari 3677         }
2 26 Feb 07 jari 3678         
2 26 Feb 07 jari 3679         public void drawScale(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 3680             int width = 0, height = 0;
2 26 Feb 07 jari 3681             int leftPosition = 0, topPosition;
2 26 Feb 07 jari 3682             
2 26 Feb 07 jari 3683             if ((xElementSize / 2) < 1) width = 1;
2 26 Feb 07 jari 3684             else width = (int) (((double) xElementSize) / 2.0);
2 26 Feb 07 jari 3685             if ((getYSize() / palette.size()) < 1) height = 1;
2 26 Feb 07 jari 3686             else height = (int) ((double) getYSize() / palette.size());
2 26 Feb 07 jari 3687             leftPosition = preXSpacing + getXSize() + ((getPaletteSpacing() - width) / 2);
2 26 Feb 07 jari 3688             topPosition = preYSpacing + (getYSize() - (height * palette.size())) / 2;
2 26 Feb 07 jari 3689             
2 26 Feb 07 jari 3690             for (int i = 0; i < palette.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 3691                 fillRect(g, leftPosition, topPosition + i * height, width, height, (Color) palette.elementAt(255 - i));
2 26 Feb 07 jari 3692             }
2 26 Feb 07 jari 3693         }
2 26 Feb 07 jari 3694     }
2 26 Feb 07 jari 3695     
2 26 Feb 07 jari 3696     private void setXOldEvent(int x) {
2 26 Feb 07 jari 3697         oldX = x;
2 26 Feb 07 jari 3698     }
2 26 Feb 07 jari 3699     
2 26 Feb 07 jari 3700     private void setYOldEvent(int y) {
2 26 Feb 07 jari 3701         oldY = y;
2 26 Feb 07 jari 3702     }
2 26 Feb 07 jari 3703     
2 26 Feb 07 jari 3704     private int getXOldEvent() {
2 26 Feb 07 jari 3705         return oldX;
2 26 Feb 07 jari 3706     }
2 26 Feb 07 jari 3707     
2 26 Feb 07 jari 3708     private int getYOldEvent() {
2 26 Feb 07 jari 3709         return oldY;
2 26 Feb 07 jari 3710     }
2 26 Feb 07 jari 3711     
2 26 Feb 07 jari 3712     
2 26 Feb 07 jari 3713     public Vector buildPalette() {
2 26 Feb 07 jari 3714         Vector palette = new Vector(256);
2 26 Feb 07 jari 3715         Color newColor;
2 26 Feb 07 jari 3716         double r, g, b;
2 26 Feb 07 jari 3717         
2 26 Feb 07 jari 3718         newColor = new Color(0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 3719         palette.addElement(newColor);
2 26 Feb 07 jari 3720         
2 26 Feb 07 jari 3721         for (int i = 1; i < 256; i++) {
2 26 Feb 07 jari 3722             i = 255 - i;
2 26 Feb 07 jari 3723             
2 26 Feb 07 jari 3724             r = 0; g = 0; b = 0;
2 26 Feb 07 jari 3725             
2 26 Feb 07 jari 3726             if (i < 33) r = 255;
2 26 Feb 07 jari 3727             else if (i > 32 && i < 108) r = Math.abs( 255 * Math.cos((i - 32) * Math.PI / 151));
2 26 Feb 07 jari 3728             else if (i > 107) r = 0;
2 26 Feb 07 jari 3729             
2 26 Feb 07 jari 3730             if (i < 5) g = 0;
2 26 Feb 07 jari 3731             else if (i > 4 && i < 101) g = Math.abs((255 * Math.cos((i - 100) * Math.PI / 189)));
2 26 Feb 07 jari 3732             else if (i > 100 && i < 229) g = Math.abs((255 * Math.cos((i - 100) * Math.PI / 294)));
2 26 Feb 07 jari 3733             else if (i > 230) g = 0;
2 26 Feb 07 jari 3734             
2 26 Feb 07 jari 3735             if (i < 72) b = 0;
2 26 Feb 07 jari 3736             else if (i > 71 && i < 200) b = Math.abs((255 * Math.cos((i - 199) * Math.PI / 256)));
2 26 Feb 07 jari 3737             else if (i > 199) b = Math.abs((255 * Math.cos((i - 199) * Math.PI / 175)));
2 26 Feb 07 jari 3738             
2 26 Feb 07 jari 3739             newColor = new Color((float) r / 255, (float) g / 255, (float) b / 255);
2 26 Feb 07 jari 3740             palette.addElement(newColor);
2 26 Feb 07 jari 3741             
2 26 Feb 07 jari 3742             i = 255 - i;
2 26 Feb 07 jari 3743         }
2 26 Feb 07 jari 3744         
2 26 Feb 07 jari 3745         return palette;
2 26 Feb 07 jari 3746     }
2 26 Feb 07 jari 3747     
2 26 Feb 07 jari 3748     private class SingleArrayViewerFrame extends Frame {
2 26 Feb 07 jari 3749         protected void processWindowEvent(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 3750             if (e.getID() == WindowEvent.WINDOW_CLOSING) dispose();
2 26 Feb 07 jari 3751             super.processWindowEvent(e);
2 26 Feb 07 jari 3752         }
2 26 Feb 07 jari 3753     }
2 26 Feb 07 jari 3754 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)