mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/SlideData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SlideData.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.17 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:56 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.midas.engine.IterativeLinReg;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.midas.engine.IterativeLogMean;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.midas.engine.RatioStats;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.midas.engine.TotInt;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.midas.util.ColumnWorker;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.util.Xcon;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.util.math.LinearEquation;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 //EH state-saving additions
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.persistence.StateSavingProgressPanel;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.io.DataInputStream;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.io.DataOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.io.FileInputStream;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.io.FileNotFoundException;
2 26 Feb 07 jari 35 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class SlideData implements ISlideData, ISlideMetaData {
2 26 Feb 07 jari 39   //EH
2 26 Feb 07 jari 40     private Vector allSlideDataElements;
2 26 Feb 07 jari 41     private String slideDataName;
2 26 Feb 07 jari 42     private String slideFileName;
2 26 Feb 07 jari 43     private SpotInformationData spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 44     private int normalizedState = 0;
2 26 Feb 07 jari 45     private int sortState = 0;
2 26 Feb 07 jari 46     private int rows, columns;
2 26 Feb 07 jari 47     private boolean isNonZero = true;
2 26 Feb 07 jari 48     private boolean abbrName = false;
2 26 Feb 07 jari 49     private int dataType = IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY;
2 26 Feb 07 jari 50     private String[] fieldNames;  //EH added so fieldNames are no longer in TMEV.java
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52     //Support multiple sample labels
2 26 Feb 07 jari 53     private String sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 54     private Hashtable sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 55     private Vector sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58     /**
2 26 Feb 07 jari 59      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 60      * CGH FlankingRegions, and Slide Constants
2 26 Feb 07 jari 61      * Vector of vectors of FlankingRegions corresponding to flanking regions
2 26 Feb 07 jari 62      * for each chromosome
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     private Vector[] flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66     public boolean isCGHData(){return allSlideDataElements.get(0) instanceof CGHSlideDataElement;}
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Constructs a <code>SlideData</code> which is a copy of specified original.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     public SlideData(ISlideData original) {
2 26 Feb 07 jari 71         super();
2 26 Feb 07 jari 72         this.rows = original.getSlideMetaData().getRows();
2 26 Feb 07 jari 73         this.columns = original.getSlideMetaData().getColumns();
2 26 Feb 07 jari 74         this.sortState = original.getSortState();
2 26 Feb 07 jari 75         this.normalizedState = original.getNormalizedState();
2 26 Feb 07 jari 76         this.slideDataName = original.getSlideDataName();
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78         for (int i = 0; i < original.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 79             addElement(original.getSlideDataElement(i).copy());
2 26 Feb 07 jari 80         }
2 26 Feb 07 jari 81         sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 82         sampleLabelKeys = original.getSlideDataKeys();
2 26 Feb 07 jari 83         sampleLabels = original.getSlideDataLabels();
2 26 Feb 07 jari 84       if(this.fieldNames == null)
2 26 Feb 07 jari 85         this.fieldNames = new String[0];   
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Constructs a <code>SlideData</code> with specified dimension.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     public SlideData(int rows, int columns) {
2 26 Feb 07 jari 92       allSlideDataElements = new Vector(rows * columns);
2 26 Feb 07 jari 93         this.rows = rows;
2 26 Feb 07 jari 94         this.columns = columns;
2 26 Feb 07 jari 95         sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 96         sampleLabelKeys = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 97         sampleLabels = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 98       if(this.fieldNames == null)
2 26 Feb 07 jari 99         this.fieldNames = new String[0];
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Constructs a <code>SlideData</code> with specified size.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     public SlideData(int size) {
2 26 Feb 07 jari 106       allSlideDataElements = new Vector(size);
2 26 Feb 07 jari 107         rows = -1;
2 26 Feb 07 jari 108         columns = -1;
2 26 Feb 07 jari 109         sampleLabelKey = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 110         sampleLabelKeys = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 111         sampleLabels = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 112       if(this.fieldNames == null)
2 26 Feb 07 jari 113         this.fieldNames = new String[0];
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * Constructs a <code>SlideData</code> instance.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     public SlideData() {
2 26 Feb 07 jari 120       allSlideDataElements = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 121       if(this.fieldNames == null)
2 26 Feb 07 jari 122         this.fieldNames = new String[0];
2 26 Feb 07 jari 123     }
2 26 Feb 07 jari 124     
2 26 Feb 07 jari 125     //
2 26 Feb 07 jari 126     //EH begin classes added for state-saving update
2 26 Feb 07 jari 127     //
2 26 Feb 07 jari 128     /**
2 26 Feb 07 jari 129      * This constructor is designed to re-create a previously built SlideData
2 26 Feb 07 jari 130      * from parameters stored in an XML file (this file is written by the MultipleArrayViewer.saveState() method).
2 26 Feb 07 jari 131      * The String[] returned by the method FloatSlideData.getPersistenceDelegateArgs() 
2 26 Feb 07 jari 132      * should reflect the names and order of the values passed to this constructor.  
2 26 Feb 07 jari 133      * 
2 26 Feb 07 jari 134      */
2 26 Feb 07 jari 135       public SlideData(String slideDataName, Vector sampleLabelKeys, String sampleLabelKey,
2 26 Feb 07 jari 136         Hashtable sampleLabels, String slideFileName, Boolean isNonZero, Integer rows, Integer columns,
2 26 Feb 07 jari 137       Integer normalizedState, Integer sortState, SpotInformationData spotInfoData, 
2 26 Feb 07 jari 138       String[] fieldNames, Integer dataType/*, String annotationFileName, String inputFileName*/) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 139         this();
2 26 Feb 07 jari 140         this.rows = rows.intValue();
2 26 Feb 07 jari 141       this.columns = columns.intValue();
2 26 Feb 07 jari 142       this.slideDataName = slideDataName;
2 26 Feb 07 jari 143       this.sampleLabelKeys = sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 144       this.sampleLabelKey = sampleLabelKey;
2 26 Feb 07 jari 145       this.sampleLabels = sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 146       this.slideFileName = slideFileName;
2 26 Feb 07 jari 147       this.normalizedState = normalizedState.intValue();
2 26 Feb 07 jari 148       this.sortState = sortState.intValue();
2 26 Feb 07 jari 149       this.spotInfoData = spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 150       this.isNonZero = isNonZero.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 151       this.fieldNames = fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 152       this.dataType = dataType.intValue();
2 26 Feb 07 jari 153       //loadAnnotation(new DataInputStream(new FileInputStream(System.getProperty("java.io.tmpdir") + MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator") + annotationFileName)));
2 26 Feb 07 jari 154       //readDataFromInputFile(inputFileName);
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156
2 26 Feb 07 jari 157
2 26 Feb 07 jari 158
2 26 Feb 07 jari 159   public String getSampleLabelKey() {return sampleLabelKey;}
2 26 Feb 07 jari 160
2 26 Feb 07 jari 161
2 26 Feb 07 jari 162     public Vector getAllElements() {
2 26 Feb 07 jari 163       return allSlideDataElements;
2 26 Feb 07 jari 164     }
2 26 Feb 07 jari 165     
2 26 Feb 07 jari 166     public void setAllElements(Vector v){
2 26 Feb 07 jari 167       this.allSlideDataElements = v;
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169     public void add(SlideDataElement newElement) {
2 26 Feb 07 jari 170       this.allSlideDataElements.add(newElement);
2 26 Feb 07 jari 171     }
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173     public int size() {
2 26 Feb 07 jari 174       return allSlideDataElements.size();
2 26 Feb 07 jari 175     }
2 26 Feb 07 jari 176     public Object elementAt(int i){
2 26 Feb 07 jari 177       return allSlideDataElements.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 178     }
2 26 Feb 07 jari 179     public void addElement(Object o){
2 26 Feb 07 jari 180       allSlideDataElements.addElement(o);
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     public void add(Object o){
2 26 Feb 07 jari 183       allSlideDataElements.add(o);
2 26 Feb 07 jari 184     }
2 26 Feb 07 jari 185     public Object set(int index, Object element){
2 26 Feb 07 jari 186       return allSlideDataElements.set(index, element);
2 26 Feb 07 jari 187     }
2 26 Feb 07 jari 188     public void setElementAt(Object element, int index){
2 26 Feb 07 jari 189       allSlideDataElements.setElementAt(element, index);
2 26 Feb 07 jari 190     }
2 26 Feb 07 jari 191     public void insertElementAt(Object o, int i){
2 26 Feb 07 jari 192       allSlideDataElements.insertElementAt(o, i);
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194     //
2 26 Feb 07 jari 195     // EH - end methods added for state-saving update
2 26 Feb 07 jari 196     //
2 26 Feb 07 jari 197     // begin methods brought in from TMEV.java
2 26 Feb 07 jari 198     public void setFieldNames(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 199         this.fieldNames = fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201     public void appendFieldNames(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 202         if(this.fieldNames == null || fieldNames == null)  //trying to set to null or initial set
2 26 Feb 07 jari 203             this.fieldNames = fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 204         else {                  //names exist and new names exist, APPEND (ie. mev format, extra ann load)
2 26 Feb 07 jari 205             String [] newNames = new String[this.fieldNames.length+fieldNames.length];
2 26 Feb 07 jari 206             System.arraycopy(this.fieldNames, 0, newNames, 0, this.fieldNames.length);
2 26 Feb 07 jari 207             System.arraycopy(fieldNames, 0, newNames, this.fieldNames.length, fieldNames.length);
2 26 Feb 07 jari 208             this.fieldNames = newNames;
2 26 Feb 07 jari 209         }
2 26 Feb 07 jari 210     }
2 26 Feb 07 jari 211     public void clearFieldNames(){
2 26 Feb 07 jari 212         this.fieldNames = null;
2 26 Feb 07 jari 213     }
2 26 Feb 07 jari 214     // end methods brought in from TMEV
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216
2 26 Feb 07 jari 217
2 26 Feb 07 jari 218     /**
2 26 Feb 07 jari 219      * Sets the data type attribute see static type variables in <code>IData</code>
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     public void setDataType(int type){
2 26 Feb 07 jari 222         this.dataType = type;
2 26 Feb 07 jari 223     }
2 26 Feb 07 jari 224
2 26 Feb 07 jari 225     /**
2 26 Feb 07 jari 226      * Returns the data type attribute
2 26 Feb 07 jari 227      */
2 26 Feb 07 jari 228     public int getDataType(){
2 26 Feb 07 jari 229         return this.dataType;
2 26 Feb 07 jari 230     }
2 26 Feb 07 jari 231
2 26 Feb 07 jari 232     /**
2 26 Feb 07 jari 233      *  Sets the spot information data and associated column headers.
2 26 Feb 07 jari 234      */
2 26 Feb 07 jari 235     public void setSpotInformationData(String [] columnHeaders, String [][] spotInfoData){
2 26 Feb 07 jari 236         this.spotInfoData = new SpotInformationData(columnHeaders, spotInfoData);
2 26 Feb 07 jari 237     }
2 26 Feb 07 jari 238
2 26 Feb 07 jari 239     /**
2 26 Feb 07 jari 240      *  Sets the spot information data and associated column headers.
2 26 Feb 07 jari 241      */
2 26 Feb 07 jari 242     public void setSpotInformationData(SpotInformationData spotInfoData){
2 26 Feb 07 jari 243         this.spotInfoData = spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 244     }
2 26 Feb 07 jari 245
2 26 Feb 07 jari 246     public String[] getFieldNames() {
2 26 Feb 07 jari 247       return fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 248     }
2 26 Feb 07 jari 249     
2 26 Feb 07 jari 250     /**
2 26 Feb 07 jari 251      * Returns the <code>SpotInformationData</code> object.
2 26 Feb 07 jari 252      */
2 26 Feb 07 jari 253     public SpotInformationData getSpotInformationData(){
2 26 Feb 07 jari 254         return this.spotInfoData;
2 26 Feb 07 jari 255     }
2 26 Feb 07 jari 256
2 26 Feb 07 jari 257     /**
2 26 Feb 07 jari 258      * Returns an <code>ISlideDataElement</code> by specified index.
2 26 Feb 07 jari 259      */
2 26 Feb 07 jari 260     public ISlideDataElement getSlideDataElement(int index) {
2 26 Feb 07 jari 261         return(ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 262     }
2 26 Feb 07 jari 263
2 26 Feb 07 jari 264     /**
2 26 Feb 07 jari 265      * Returns non-zero attribute of an element with specified index.
2 26 Feb 07 jari 266      */
2 26 Feb 07 jari 267     public boolean hasNoZeros(int index) {
2 26 Feb 07 jari 268         ISlideDataElement sde = (ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 269         return sde.hasNoZeros();
2 26 Feb 07 jari 270     }
2 26 Feb 07 jari 271
2 26 Feb 07 jari 272     /**
2 26 Feb 07 jari 273      * Returns copy of an element with specified index.
2 26 Feb 07 jari 274      */
2 26 Feb 07 jari 275     public ISlideDataElement toSlideDataElement(int index) {
2 26 Feb 07 jari 276         return((ISlideDataElement)elementAt(index)).copy();
2 26 Feb 07 jari 277     }
2 26 Feb 07 jari 278
2 26 Feb 07 jari 279     /**
2 26 Feb 07 jari 280      * Returns CY3 value for specified index.
2 26 Feb 07 jari 281      */
2 26 Feb 07 jari 282     public float getCY3(int index) {
2 26 Feb 07 jari 283         ISlideDataElement sde = (ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 284         if(normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 285             return sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 286         else
2 26 Feb 07 jari 287             return sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 288     }
2 26 Feb 07 jari 289
2 26 Feb 07 jari 290     /**
2 26 Feb 07 jari 291      * Returns CY5 value for specified index.
2 26 Feb 07 jari 292      */
2 26 Feb 07 jari 293     public float getCY5(int index) {
2 26 Feb 07 jari 294         ISlideDataElement sde = (ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 295         if(normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION){
2 26 Feb 07 jari 296             //  System.out.println("making experiment, no norm");
2 26 Feb 07 jari 297             return sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 298         }
2 26 Feb 07 jari 299         else{
2 26 Feb 07 jari 300             //  System.out.println("making experiment, NORM!!");
2 26 Feb 07 jari 301             return sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 302         }
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304
2 26 Feb 07 jari 305     /**
2 26 Feb 07 jari 306      * Sets intensities for a spot with specified index.
2 26 Feb 07 jari 307      */
2 26 Feb 07 jari 308     public void setIntensities(int index, float cy3, float cy5) {
2 26 Feb 07 jari 309         ISlideDataElement sde = (ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 310         sde.setTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3, cy3);
2 26 Feb 07 jari 311         sde.setTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5, cy5);
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313
2 26 Feb 07 jari 314     /**
2 26 Feb 07 jari 315      * Returns a ratio value with specified index and log state.
2 26 Feb 07 jari 316      */
2 26 Feb 07 jari 317     public float getRatio(int index, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 318         return getRatio(getCY5(index), getCY3(index), logState);
2 26 Feb 07 jari 319     }
2 26 Feb 07 jari 320
2 26 Feb 07 jari 321     /**
2 26 Feb 07 jari 322      * Returns a ratio of specified values.
2 26 Feb 07 jari 323      */
2 26 Feb 07 jari 324     public final float getRatio(float numerator, float denominator, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 325
2 26 Feb 07 jari 326         if(dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY)
2 26 Feb 07 jari 327             return numerator;
2 26 Feb 07 jari 328
2 26 Feb 07 jari 329         float ratio;
2 26 Feb 07 jari 330         if(denominator < 0 || numerator < 0)
2 26 Feb 07 jari 331             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 332         if (isNonZero) {
2 26 Feb 07 jari 333             if (denominator == 0 && numerator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 334                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 335             } else if (numerator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 336                 ratio = 1f/denominator;
2 26 Feb 07 jari 337             } else if (denominator == 0) {
2 26 Feb 07 jari 338                 ratio = numerator;
2 26 Feb 07 jari 339             } else {
2 26 Feb 07 jari 340                 ratio = numerator/denominator;
2 26 Feb 07 jari 341             }
2 26 Feb 07 jari 342         } else {
2 26 Feb 07 jari 343             if (denominator <= 0)
2 26 Feb 07 jari 344                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 345             if (numerator <= 0)
2 26 Feb 07 jari 346                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 347             ratio = numerator/denominator;
2 26 Feb 07 jari 348         }
2 26 Feb 07 jari 349         if (logState == IData.LOG)
2 26 Feb 07 jari 350             ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 351         return ratio;
2 26 Feb 07 jari 352     }
2 26 Feb 07 jari 353
2 26 Feb 07 jari 354     /**
2 26 Feb 07 jari 355      * Returns reference to a microarray meta data.
2 26 Feb 07 jari 356      */
2 26 Feb 07 jari 357     public ISlideMetaData getSlideMetaData() {
2 26 Feb 07 jari 358         return this;
2 26 Feb 07 jari 359     }
2 26 Feb 07 jari 360
2 26 Feb 07 jari 361     /**
2 26 Feb 07 jari 362      * Adds an <code>ISlideDataElement</code> to a microarray.
2 26 Feb 07 jari 363      */
2 26 Feb 07 jari 364     public void addSlideDataElement(ISlideDataElement element) {
2 26 Feb 07 jari 365         addElement(element);
2 26 Feb 07 jari 366     }
2 26 Feb 07 jari 367
2 26 Feb 07 jari 368     /**
2 26 Feb 07 jari 369      * Returns an element value of specified type.
2 26 Feb 07 jari 370      */
2 26 Feb 07 jari 371     public String getValueAt(int index, int valueType) {
2 26 Feb 07 jari 372         ISlideDataElement sde = (ISlideDataElement)elementAt(index);
2 26 Feb 07 jari 373         return sde.getFieldAt(valueType);
2 26 Feb 07 jari 374     }
2 26 Feb 07 jari 375
2 26 Feb 07 jari 376     /**
2 26 Feb 07 jari 377      * Returns a microarray size.
2 26 Feb 07 jari 378      */
2 26 Feb 07 jari 379     public int getSize() {
2 26 Feb 07 jari 380         return size();
2 26 Feb 07 jari 381     }
2 26 Feb 07 jari 382
2 26 Feb 07 jari 383     /**
2 26 Feb 07 jari 384      * Sets a microarray non-zero attribute.
2 26 Feb 07 jari 385      */
2 26 Feb 07 jari 386     public void setNonZero(boolean state) {
2 26 Feb 07 jari 387         this.isNonZero = state;
2 26 Feb 07 jari 388     }
2 26 Feb 07 jari 389
2 26 Feb 07 jari 390     /**
2 26 Feb 07 jari 391      * Returns a spot meta row.
2 26 Feb 07 jari 392      */
2 26 Feb 07 jari 393     public int getRow(int spot) {
2 26 Feb 07 jari 394         return getSlideDataElement(spot).getRow(SlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 395     }
2 26 Feb 07 jari 396
2 26 Feb 07 jari 397     /**
2 26 Feb 07 jari 398      * Returns a spot meta column.
2 26 Feb 07 jari 399      */
2 26 Feb 07 jari 400     public int getColumn(int spot) {
2 26 Feb 07 jari 401         return getSlideDataElement(spot).getColumn(SlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 402     }
2 26 Feb 07 jari 403
2 26 Feb 07 jari 404     /**
2 26 Feb 07 jari 405      * Returns the non-zero attribute.
2 26 Feb 07 jari 406      */
2 26 Feb 07 jari 407     public boolean isNonZero() {return isNonZero;}
2 26 Feb 07 jari 408
2 26 Feb 07 jari 409     /**
2 26 Feb 07 jari 410      * Returns number of a microarray meta rows.
2 26 Feb 07 jari 411      */
2 26 Feb 07 jari 412     public int getRows() {return this.rows;}
2 26 Feb 07 jari 413
2 26 Feb 07 jari 414     /**
2 26 Feb 07 jari 415      * Returns number of a microarray meta column.
2 26 Feb 07 jari 416      */
2 26 Feb 07 jari 417     public int getColumns() {return this.columns;}
2 26 Feb 07 jari 418
2 26 Feb 07 jari 419     /**
2 26 Feb 07 jari 420      * Sets a microarray name.
2 26 Feb 07 jari 421      */
2 26 Feb 07 jari 422     public void setSlideDataName(String slideDataName) {
2 26 Feb 07 jari 423         this.slideDataName = slideDataName;
2 26 Feb 07 jari 424         String key = "Default Slide Name";
2 26 Feb 07 jari 425         sampleLabelKey = key;
2 26 Feb 07 jari 426         sampleLabelKeys.addElement(key);
2 26 Feb 07 jari 427         sampleLabels.put(key, slideDataName);
2 26 Feb 07 jari 428     }
2 26 Feb 07 jari 429
2 26 Feb 07 jari 430
2 26 Feb 07 jari 431     /**
2 26 Feb 07 jari 432      *  Sets the slide label keys and hash table
2 26 Feb 07 jari 433      */
2 26 Feb 07 jari 434     public void setSlideDataLabels(Vector keys, Hashtable namesHash) {
2 26 Feb 07 jari 435         this.sampleLabelKeys = keys;
2 26 Feb 07 jari 436         this.sampleLabels = namesHash;
2 26 Feb 07 jari 437     }
2 26 Feb 07 jari 438
2 26 Feb 07 jari 439
2 26 Feb 07 jari 440     /**
2 26 Feb 07 jari 441      *  sets boolean to indicate to abbr file and data name
2 26 Feb 07 jari 442      */
2 26 Feb 07 jari 443     public void toggleNameLength(){
2 26 Feb 07 jari 444         this.abbrName = (!this.abbrName);
2 26 Feb 07 jari 445     }
2 26 Feb 07 jari 446
2 26 Feb 07 jari 447
2 26 Feb 07 jari 448     /**
2 26 Feb 07 jari 449      * Returns the name of a microarray.
2 26 Feb 07 jari 450      */
2 26 Feb 07 jari 451     public String getSlideDataName() {
2 26 Feb 07 jari 452         if(sampleLabelKey == null)
2 26 Feb 07 jari 453             System.out.println("NULL SAMPLE LABEL KEY");
2 26 Feb 07 jari 454         String name = (String)this.sampleLabels.get(this.sampleLabelKey);
2 26 Feb 07 jari 455
2 26 Feb 07 jari 456         if(name == null)
2 26 Feb 07 jari 457             return " ";
2 26 Feb 07 jari 458
2 26 Feb 07 jari 459         if(!this.abbrName)
2 26 Feb 07 jari 460             return name;
2 26 Feb 07 jari 461         else{
2 26 Feb 07 jari 462             if(name.length() < 26)
2 26 Feb 07 jari 463                 return name;
2 26 Feb 07 jari 464             return name.substring(0, 25)+"...";
2 26 Feb 07 jari 465         }
2 26 Feb 07 jari 466     }
2 26 Feb 07 jari 467
2 26 Feb 07 jari 468     public String getFullSlideDataName() {
2 26 Feb 07 jari 469         String name = (String)this.sampleLabels.get(this.sampleLabelKey);
2 26 Feb 07 jari 470         if(name == null)
2 26 Feb 07 jari 471             return " ";
2 26 Feb 07 jari 472         else
2 26 Feb 07 jari 473             return name;
2 26 Feb 07 jari 474     }
2 26 Feb 07 jari 475
2 26 Feb 07 jari 476     /**
2 26 Feb 07 jari 477      * Sets a microarray file name.
2 26 Feb 07 jari 478      */
2 26 Feb 07 jari 479     public void setSlideFileName(String slideFileName) {this.slideFileName = slideFileName;}
2 26 Feb 07 jari 480
2 26 Feb 07 jari 481     /**
2 26 Feb 07 jari 482      * Returns a microarray file name.
2 26 Feb 07 jari 483      */
2 26 Feb 07 jari 484     public String getSlideFileName() {
2 26 Feb 07 jari 485         if(!this.abbrName)
2 26 Feb 07 jari 486             return this.slideFileName;
2 26 Feb 07 jari 487         else{
2 26 Feb 07 jari 488             if(this.slideFileName.length() < 26)
2 26 Feb 07 jari 489                 return this.slideFileName;
2 26 Feb 07 jari 490             return this.slideFileName.substring(0, 25)+"...";
2 26 Feb 07 jari 491         }
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493
2 26 Feb 07 jari 494     /**
2 26 Feb 07 jari 495      * Sets a microarray normalization state.
2 26 Feb 07 jari 496      */
2 26 Feb 07 jari 497     public void setNormalizedState(int normalizedState) {this.normalizedState = normalizedState;}
2 26 Feb 07 jari 498
2 26 Feb 07 jari 499     /**
2 26 Feb 07 jari 500      * Returns a microarray normalization state.
2 26 Feb 07 jari 501      */
2 26 Feb 07 jari 502     public int getNormalizedState() {return this.normalizedState;}
2 26 Feb 07 jari 503
2 26 Feb 07 jari 504     /**
2 26 Feb 07 jari 505      * Sets a microarray sort state.
2 26 Feb 07 jari 506      */
2 26 Feb 07 jari 507     public void setSortState(int sortState) {this.sortState = sortState;}
2 26 Feb 07 jari 508
2 26 Feb 07 jari 509     /**
2 26 Feb 07 jari 510      * Returns a microarray sort state.
2 26 Feb 07 jari 511      */
2 26 Feb 07 jari 512     public int getSortState() {return this.sortState;}
2 26 Feb 07 jari 513
2 26 Feb 07 jari 514     /**
2 26 Feb 07 jari 515      * Returns description of a microarray normalization state.
2 26 Feb 07 jari 516      */
2 26 Feb 07 jari 517     public String getNormalizationString() {return normalizationString(normalizedState);}
2 26 Feb 07 jari 518
2 26 Feb 07 jari 519     //Change to use class constants
2 26 Feb 07 jari 520     public static String normalizationString(int normalization) {
2 26 Feb 07 jari 521         String normalizationString;
2 26 Feb 07 jari 522         switch (normalization) {
2 26 Feb 07 jari 523             case 0: normalizationString = "No Normalization"; break;
2 26 Feb 07 jari 524             case 1: normalizationString = "Total Intensity"; break;
2 26 Feb 07 jari 525             case 2: normalizationString = "Least Squares"; break;
2 26 Feb 07 jari 526             case 3: normalizationString = "Linear Regression"; break;
2 26 Feb 07 jari 527             case 4: normalizationString = "Ratio Statistics"; break;
2 26 Feb 07 jari 528             case 5: normalizationString = "Ratio Statistics"; break;
2 26 Feb 07 jari 529             case 6: normalizationString = "Iterative Log"; break;
2 26 Feb 07 jari 530             case 7: normalizationString = "Lowess"; break;
2 26 Feb 07 jari 531
2 26 Feb 07 jari 532             case 101: normalizationString = "Total Intensity (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 533             case 102: normalizationString = "Least Squares (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 534             case 103: normalizationString = "Linear Regression (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 535             case 104: normalizationString = "Ratio Statistics - 95% CI (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 536             case 105: normalizationString = "Ratio Statistics - 99% CI (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 537             case 106: normalizationString = "Iterative Log (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 538             case 107: normalizationString = "Lowess (list)"; break;
2 26 Feb 07 jari 539             default: normalizationString = "No Normalization"; break;
2 26 Feb 07 jari 540         }
2 26 Feb 07 jari 541
2 26 Feb 07 jari 542         return normalizationString;
2 26 Feb 07 jari 543     }
2 26 Feb 07 jari 544
2 26 Feb 07 jari 545     /**
2 26 Feb 07 jari 546      * Returns a microarray max CY3 value.
2 26 Feb 07 jari 547      */
2 26 Feb 07 jari 548     public float getMaxCY3() {
2 26 Feb 07 jari 549         return getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 550     }
2 26 Feb 07 jari 551
2 26 Feb 07 jari 552     /**
2 26 Feb 07 jari 553      * Returns a microarray max CY5 value.
2 26 Feb 07 jari 554      */
2 26 Feb 07 jari 555     public float getMaxCY5() {
2 26 Feb 07 jari 556         return getMaxIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 557     }
2 26 Feb 07 jari 558
2 26 Feb 07 jari 559     // Replaces getMaxCy3, getMaxCy5
2 26 Feb 07 jari 560     public float getMaxIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 561         float intensity, maxIntensity = 0;
2 26 Feb 07 jari 562         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 563             if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 564                 intensity = getSlideDataElement(i).getTrueIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 565             else
2 26 Feb 07 jari 566                 intensity = getSlideDataElement(i).getIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 567             maxIntensity = Math.max(maxIntensity, intensity);
2 26 Feb 07 jari 568         }
2 26 Feb 07 jari 569         return maxIntensity;
2 26 Feb 07 jari 570     }
2 26 Feb 07 jari 571
2 26 Feb 07 jari 572     /**
2 26 Feb 07 jari 573      * Returns max intencity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 574      */
2 26 Feb 07 jari 575     public float getMinIntensity(int intensityType) {return getMinIntensity(intensityType, true);}
2 26 Feb 07 jari 576
2 26 Feb 07 jari 577     /**
2 26 Feb 07 jari 578      * Returns min intencity of specified type.
2 26 Feb 07 jari 579      */
2 26 Feb 07 jari 580     public float getMinIntensity(int intensityType, boolean acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 581         float intensity, minIntensity = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 582
2 26 Feb 07 jari 583         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 584             if(this.normalizedState == ISlideData.NO_NORMALIZATION)
2 26 Feb 07 jari 585                 intensity = getSlideDataElement(i).getTrueIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 586             else
2 26 Feb 07 jari 587                 intensity = getSlideDataElement(i).getIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 588             if (! acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 589                 if ((intensity < minIntensity) && (intensity != 0)) minIntensity = intensity;
2 26 Feb 07 jari 590             } else {
2 26 Feb 07 jari 591                 if (intensity < minIntensity) minIntensity = intensity;
2 26 Feb 07 jari 592             }
2 26 Feb 07 jari 593         }
2 26 Feb 07 jari 594         return minIntensity;
2 26 Feb 07 jari 595     }
2 26 Feb 07 jari 596
2 26 Feb 07 jari 597     /**
2 26 Feb 07 jari 598      * Returns a microarray max ratio value.
2 26 Feb 07 jari 599      */
2 26 Feb 07 jari 600     public float getMaxRatio() {
2 26 Feb 07 jari 601         return getMaxRatio(IData.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 602     }
2 26 Feb 07 jari 603
2 26 Feb 07 jari 604     /**
2 26 Feb 07 jari 605      * Returns a microarray min ratio value.
2 26 Feb 07 jari 606      */
2 26 Feb 07 jari 607     public float getMinRatio() {
2 26 Feb 07 jari 608         return getMinRatio(IData.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 609     }
2 26 Feb 07 jari 610
2 26 Feb 07 jari 611     /**
2 26 Feb 07 jari 612      * Returns a microarray max ratio value, with specified log state.
2 26 Feb 07 jari 613      */
2 26 Feb 07 jari 614     public float getMaxRatio(int logState) {
2 26 Feb 07 jari 615         return(float)getMaxRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, logState);
2 26 Feb 07 jari 616     }
2 26 Feb 07 jari 617
2 26 Feb 07 jari 618     /**
2 26 Feb 07 jari 619      * Returns a microarray min ratio value, with specified log state.
2 26 Feb 07 jari 620      */
2 26 Feb 07 jari 621     public float getMinRatio(int logState) {
2 26 Feb 07 jari 622         return(float)getMinRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, logState);
2 26 Feb 07 jari 623     }
2 26 Feb 07 jari 624
2 26 Feb 07 jari 625     /**
2 26 Feb 07 jari 626      * Returns a microarray max ratio value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 627      */
2 26 Feb 07 jari 628     public float getMaxRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 629         float ratio, maxRatio = Float.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 630
2 26 Feb 07 jari 631         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 632             ratio = getSlideDataElement(i).getRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState);
2 26 Feb 07 jari 633             if (ratio > maxRatio)
2 26 Feb 07 jari 634                 maxRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 635         }
2 26 Feb 07 jari 636         return maxRatio;
2 26 Feb 07 jari 637     }
2 26 Feb 07 jari 638
2 26 Feb 07 jari 639     /**
2 26 Feb 07 jari 640      * Returns a microarray min ratio value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 641      */
2 26 Feb 07 jari 642     public float getMinRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 643         float ratio, minRatio = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 644         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 645             ratio = getSlideDataElement(i).getRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState);
2 26 Feb 07 jari 646             if (ratio < minRatio) minRatio = ratio;
2 26 Feb 07 jari 647         }
2 26 Feb 07 jari 648         return minRatio;
2 26 Feb 07 jari 649     }
2 26 Feb 07 jari 650
2 26 Feb 07 jari 651     /**
2 26 Feb 07 jari 652      * Returns a microarray max product value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 653      */
2 26 Feb 07 jari 654     public float getMaxProduct(int intensityIndex1, int intensityIndex2) {
2 26 Feb 07 jari 655         float product = 0, maxProduct = 0;
2 26 Feb 07 jari 656         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 657
2 26 Feb 07 jari 658         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 659             sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 660             product = sde.getIntensity(intensityIndex1) * sde.getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 661             if (product > maxProduct)
2 26 Feb 07 jari 662                 maxProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 663         }
2 26 Feb 07 jari 664         return maxProduct;
2 26 Feb 07 jari 665     }
2 26 Feb 07 jari 666
2 26 Feb 07 jari 667     /**
2 26 Feb 07 jari 668      * Returns a microarray min product value of specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 669      */
2 26 Feb 07 jari 670     public float getMinProduct(int intensityIndex1, int intensityIndex2, boolean acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 671         return getMinProduct(intensityIndex1, intensityIndex2, acceptZeros, 0);
2 26 Feb 07 jari 672     }
2 26 Feb 07 jari 673
2 26 Feb 07 jari 674     /**
2 26 Feb 07 jari 675      * Returns a microarray min product value of specified intensities and lower cutoffs.
2 26 Feb 07 jari 676      */
2 26 Feb 07 jari 677     public float getMinProduct(int intensityIndex1, int intensityIndex2, boolean acceptZeros, int lowCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 678         float product = 0, minProduct = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 679         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 680
2 26 Feb 07 jari 681         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 682             sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 683             product = sde.getIntensity(intensityIndex1) * sde.getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 684             if (product >= lowCutoff) {
2 26 Feb 07 jari 685                 if (!acceptZeros) {
2 26 Feb 07 jari 686                     if ((product < minProduct) && (product != 0)) minProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 687                 } else {
2 26 Feb 07 jari 688                     if (product < minProduct) minProduct = product;
2 26 Feb 07 jari 689                 }
2 26 Feb 07 jari 690             }
2 26 Feb 07 jari 691         }
2 26 Feb 07 jari 692         return minProduct;
2 26 Feb 07 jari 693     }
2 26 Feb 07 jari 694
2 26 Feb 07 jari 695     /**
2 26 Feb 07 jari 696      * Returns intensities sum of specified type.
2 26 Feb 07 jari 697      */
2 26 Feb 07 jari 698     public long getSumIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 699         long totalIntensity = 0;
2 26 Feb 07 jari 700
2 26 Feb 07 jari 701         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 702             totalIntensity += getSlideDataElement(i).getIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 703         }
2 26 Feb 07 jari 704         return totalIntensity;
2 26 Feb 07 jari 705     }
2 26 Feb 07 jari 706
2 26 Feb 07 jari 707     /**
2 26 Feb 07 jari 708      * Returns non-zero intensities sum of specified type.
2 26 Feb 07 jari 709      */
2 26 Feb 07 jari 710     public long getSumNonZeroIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 711         long totalIntensity = 0;
2 26 Feb 07 jari 712         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 713
2 26 Feb 07 jari 714         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 715             try {
2 26 Feb 07 jari 716                 sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 717                 if (sde.hasNoZeros()) totalIntensity += sde.getIntensity(intensityType);
2 26 Feb 07 jari 718             } catch (NullPointerException npe) {
2 26 Feb 07 jari 719                 ;
2 26 Feb 07 jari 720             }
2 26 Feb 07 jari 721         }
2 26 Feb 07 jari 722         return totalIntensity;
2 26 Feb 07 jari 723     }
2 26 Feb 07 jari 724
2 26 Feb 07 jari 725     /**
2 26 Feb 07 jari 726      * Calculates a linear equation.
2 26 Feb 07 jari 727      */
2 26 Feb 07 jari 728     public LinearEquation getRegressionEquation(boolean useTrueValues) {
2 26 Feb 07 jari 729         LinearEquation linearEquation;
2 26 Feb 07 jari 730         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 731         double x = 0, y = 0;
2 26 Feb 07 jari 732         double sum = 0, sumX = 0, sumY = 0;
2 26 Feb 07 jari 733         double sumX2 = 0, sumY2 = 0, sumXY = 0;
2 26 Feb 07 jari 734         double weight = 1; //Change when set dynamically
2 26 Feb 07 jari 735         double delta = 0, a = 0, b = 0;
2 26 Feb 07 jari 736         double variance = 1; //Length of potence
2 26 Feb 07 jari 737         double regressionCoefficient = 0;
2 26 Feb 07 jari 738         double sigmaA = 0, sigmaB = 0;
2 26 Feb 07 jari 739
2 26 Feb 07 jari 740         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 741             sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 742             if (sde != null) {
2 26 Feb 07 jari 743                 if (useTrueValues == true) {
2 26 Feb 07 jari 744                     x = (double) sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 745                     y = (double) sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 746                 } else {
2 26 Feb 07 jari 747                     x = (double) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 748                     y = (double) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 749                 }
2 26 Feb 07 jari 750
2 26 Feb 07 jari 751                 if (x != 0 && y != 0) {
2 26 Feb 07 jari 752                     sum += weight;
2 26 Feb 07 jari 753                     sumX += (weight * x);
2 26 Feb 07 jari 754                     sumY += (weight * y);
2 26 Feb 07 jari 755                     sumX2 += (weight * x * x);
2 26 Feb 07 jari 756                     sumY2 += (weight * y * y);
2 26 Feb 07 jari 757                     sumXY += (weight * x * y);
2 26 Feb 07 jari 758                 }
2 26 Feb 07 jari 759             }
2 26 Feb 07 jari 760         }
2 26 Feb 07 jari 761
2 26 Feb 07 jari 762         delta = (sum * sumX2) - (sumX * sumX);
2 26 Feb 07 jari 763         a = ((sumX2 * sumY) - (sumX * sumXY)) / delta;
2 26 Feb 07 jari 764         b = ((sumXY * sum) - (sumX * sumY)) / delta;
2 26 Feb 07 jari 765         sigmaA = Math.sqrt(variance * sumX2 / delta);
2 26 Feb 07 jari 766         sigmaB = Math.sqrt(variance * sum / delta);
2 26 Feb 07 jari 767         regressionCoefficient = ((sum * sumXY - sumX * sumY) / Math.sqrt(delta * (sum * sumY2) - (sumY * sumY)));
2 26 Feb 07 jari 768
2 26 Feb 07 jari 769         linearEquation = new LinearEquation(b, a, regressionCoefficient);
2 26 Feb 07 jari 770         return linearEquation;
2 26 Feb 07 jari 771     }
2 26 Feb 07 jari 772
2 26 Feb 07 jari 773
2 26 Feb 07 jari 774     /**********************************************************************
2 26 Feb 07 jari 775      * Data Normalization Code.  04-2003 MeV will support only Total Intensity
2 26 Feb 07 jari 776      * Iterative Linear Regression, Ratio Statistics, and Iterative Log Mean Centering.
2 26 Feb 07 jari 777      * Support classes and normalization algorithms have been incorporated from
2 26 Feb 07 jari 778      * TIGR-MIDAS 2.16 (Author: Wei Liang, The Institute for Genomic Research)
2 26 Feb 07 jari 779      * which remains the primary tool for data normalization
2 26 Feb 07 jari 780      *
2 26 Feb 07 jari 781      * ColumnWorker is the main data structure used by the algorithms
2 26 Feb 07 jari 782      *
2 26 Feb 07 jari 783      * A typical normalization proceeds as follows:
2 26 Feb 07 jari 784      * 1.) "True Intensities" are accumulated into double arrays and a ColumnWorker is
2 26 Feb 07 jari 785      *      constructed.
2 26 Feb 07 jari 786      * 2.) The ColumnWorker is passed via constructor into a normalization algorithm
2 26 Feb 07 jari 787      *     which performs the required manipulations. (parameters are also in the constructor)
2 26 Feb 07 jari 788      * 3.) Data is retrieved from the resulting ColumnWorker and the data is placed
2 26 Feb 07 jari 789      *     into the appropriate SlideDataElements (or arrays) as "Current Intensities"
2 26 Feb 07 jari 790      *     (normalized).
2 26 Feb 07 jari 791      *
2 26 Feb 07 jari 792      * Conventions for normalization:
2 26 Feb 07 jari 793      *
2 26 Feb 07 jari 794      *  "normalizedState" a class variable is used to indicate which intensities and
2 26 Feb 07 jari 795      *  ratio's to deliver.  ISlideData.NO_NORMALIZATION forces the return of "True"
2 26 Feb 07 jari 796      *  intensities, meaning unaltered,  while any other state indicates that "Current"
2 26 Feb 07 jari 797      *  intensities (altered) should be returned.
2 26 Feb 07 jari 798      *
2 26 Feb 07 jari 799      * Handling zeros:
2 26 Feb 07 jari 800      *
2 26 Feb 07 jari 801      * A zero in one or both channels would greatly impact the normalization of points
2 26 Feb 07 jari 802      * containing two good intensities.  For this reason the following convention for handling
2 26 Feb 07 jari 803      * one or two zero intensities has been adopted.  If one or both intensities are zero this
2 26 Feb 07 jari 804      * data is not passed on to the ColumnWorker for normalization and following the normalization
2 26 Feb 07 jari 805      * the "current" intensities are set to equal the "true", original, intensities.
2 26 Feb 07 jari 806      *
2 26 Feb 07 jari 807      * By this convention the points are preserved AND the data that has been normalized
2 26 Feb 07 jari 808      * matches MIDAS output.
2 26 Feb 07 jari 809      *
2 26 Feb 07 jari 810      ************************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 811
2 26 Feb 07 jari 812     /**
2 26 Feb 07 jari 813      * Normalize a microarray data.
2 26 Feb 07 jari 814      */
2 26 Feb 07 jari 815     public void applyNormalization(int normalizationMode, Properties props) {
2 26 Feb 07 jari 816         switch (normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 817             case SlideData.NO_NORMALIZATION: applyNoNormalization(); break;
2 26 Feb 07 jari 818             case SlideData.TOTAL_INTENSITY: applyTotalIntensity(); break;
2 26 Feb 07 jari 819             case SlideData.LEAST_SQUARES: applyLeastSquares(); break;
2 26 Feb 07 jari 820             case SlideData.LINEAR_REGRESSION: applyLinearRegression(props); break;
2 26 Feb 07 jari 821             case SlideData.RATIO_STATISTICS_95: applyRatioStatistics(props); break;
2 26 Feb 07 jari 822             case SlideData.RATIO_STATISTICS_99: applyRatioStatistics(props); break;
2 26 Feb 07 jari 823             case SlideData.ITERATIVE_LOG: applyIterativeLog(props); break;
2 26 Feb 07 jari 824             case SlideData.LOWESS: applyLowess(10); break;
2 26 Feb 07 jari 825         }
2 26 Feb 07 jari 826     }
2 26 Feb 07 jari 827
2 26 Feb 07 jari 828     /**
2 26 Feb 07 jari 829      * Normalize a microarray data.
2 26 Feb 07 jari 830      */
2 26 Feb 07 jari 831     public void applyNormalizationList(int normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 832         switch (normalizationMode) {
2 26 Feb 07 jari 833             //Don't forget to change over to the list versions of the functions
2 26 Feb 07 jari 834             case SlideData.TOTAL_INTENSITY_LIST: applyTotalIntensity(); break;
2 26 Feb 07 jari 835             case SlideData.LEAST_SQUARES_LIST: applyLeastSquares(); break;
2 26 Feb 07 jari 836             case SlideData.LINEAR_REGRESSION_LIST: applyLinearRegression(new Properties()); break;
2 26 Feb 07 jari 837             case SlideData.RATIO_STATISTICS_95_LIST: applyRatioStatistics(new Properties()); break;
2 26 Feb 07 jari 838             case SlideData.RATIO_STATISTICS_99_LIST: applyRatioStatistics(new Properties()); break;
2 26 Feb 07 jari 839             case SlideData.ITERATIVE_LOG_LIST: applyIterativeLog(new Properties()); break;
2 26 Feb 07 jari 840             case SlideData.LOWESS_LIST: applyLowess(10); break;
2 26 Feb 07 jari 841         }
2 26 Feb 07 jari 842     }
2 26 Feb 07 jari 843
2 26 Feb 07 jari 844
2 26 Feb 07 jari 845     /**
2 26 Feb 07 jari 846      * Restore an original microarray data.
2 26 Feb 07 jari 847      */
2 26 Feb 07 jari 848     public void applyNoNormalization() {
2 26 Feb 07 jari 849         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 850         if (normalizedState != SlideData.NO_NORMALIZATION) {
2 26 Feb 07 jari 851             for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 852                 sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 853                 sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY3, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3));
2 26 Feb 07 jari 854                 sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 855             }
2 26 Feb 07 jari 856             normalizedState = SlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 857         }
2 26 Feb 07 jari 858     }
2 26 Feb 07 jari 859
2 26 Feb 07 jari 860     /**
2 26 Feb 07 jari 861      * Applies total intensity normalization.
2 26 Feb 07 jari 862      */
2 26 Feb 07 jari 863     public void applyTotalIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 864         ISlideDataElement sde = getSlideDataElement(10);
2 26 Feb 07 jari 865         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 866         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 867         cw = ((new TotInt(cw, "Cy3", false)).getFileTotIntColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 868         setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 869         normalizedState = ISlideData.TOTAL_INTENSITY;
2 26 Feb 07 jari 870     }
2 26 Feb 07 jari 871
2 26 Feb 07 jari 872     /**
2 26 Feb 07 jari 873      * Applies linear regression normalization.
2 26 Feb 07 jari 874      */
2 26 Feb 07 jari 875     public void applyLinearRegression(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 876         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 877         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 878         try{
2 26 Feb 07 jari 879             String  mode = (String)properties.get("mode");
2 26 Feb 07 jari 880             float sd = Float.parseFloat((String)properties.get("standard-deviation"));
2 26 Feb 07 jari 881             cw = ((new IterativeLinReg(cw, sd, mode, "Cy3")).getIterLinRegColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 882             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 883             normalizedState = ISlideData.LINEAR_REGRESSION;
2 26 Feb 07 jari 884         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 885             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 886             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 887         }
2 26 Feb 07 jari 888     }
2 26 Feb 07 jari 889
2 26 Feb 07 jari 890     /**
2 26 Feb 07 jari 891      * Applies ratio statistics normalization.
2 26 Feb 07 jari 892      */
2 26 Feb 07 jari 893     public void applyRatioStatistics(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 894         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 895         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 896         try{
2 26 Feb 07 jari 897             int confInt = Integer.parseInt((String)properties.get("confidence-interval"));
2 26 Feb 07 jari 898             cw = ((new RatioStats(cw, true, confInt, "Cy3")).getRatioStatsColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 899             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 900             normalizedState = ISlideData.LINEAR_REGRESSION;
2 26 Feb 07 jari 901         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 902             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 903             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 904             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 905         }
2 26 Feb 07 jari 906     }
2 26 Feb 07 jari 907
2 26 Feb 07 jari 908     /**
2 26 Feb 07 jari 909      * Applies iterative log normalization.
2 26 Feb 07 jari 910      */
2 26 Feb 07 jari 911     public void applyIterativeLog(Properties properties) {
2 26 Feb 07 jari 912         boolean [] goodValues = new boolean[this.getSize()];
2 26 Feb 07 jari 913         ColumnWorker cw = constructColumnWorker(goodValues);
2 26 Feb 07 jari 914         try{
2 26 Feb 07 jari 915             float sd = Float.parseFloat((String)properties.get("standard-deviation"));
2 26 Feb 07 jari 916             //System.out.println("iter log sd = "+sd);
2 26 Feb 07 jari 917             cw = ((new IterativeLogMean(cw, sd, "Cy3")).getIterLogMeanColumnWorker());
2 26 Feb 07 jari 918             setNormalizedIntensities(cw, goodValues);
2 26 Feb 07 jari 919             normalizedState = ISlideData.ITERATIVE_LOG;
2 26 Feb 07 jari 920         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 921             javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(new javax.swing.JFrame(), "Error Performing Normalization: Data Unchanged", "Normalization Error : Aborted", javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 922             normalizedState = ISlideData.NO_NORMALIZATION;
2 26 Feb 07 jari 923         }
2 26 Feb 07 jari 924     }
2 26 Feb 07 jari 925
2 26 Feb 07 jari 926     /**
2 26 Feb 07 jari 927      * Creates a ColumnWorker object for normalization
2 26 Feb 07 jari 928      */
2 26 Feb 07 jari 929     private ColumnWorker constructColumnWorker(boolean [] goodValues){
2 26 Feb 07 jari 930         int n = this.getSize();
2 26 Feb 07 jari 931         int size = n;
2 26 Feb 07 jari 932         float CY3;
2 26 Feb 07 jari 933         float CY5;
2 26 Feb 07 jari 934         float [] cy3 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 935         float [] cy5 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 936         String [] metaCombo = new String[n];
2 26 Feb 07 jari 937         int metaRow, metaColumn;
2 26 Feb 07 jari 938         float [] goodCy3;
2 26 Feb 07 jari 939         float [] goodCy5;
2 26 Feb 07 jari 940
2 26 Feb 07 jari 941         n = 0;
2 26 Feb 07 jari 942         for(int i = 0; i < size; i++){
2 26 Feb 07 jari 943             metaRow = this.getSlideDataElement(i).getRow(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 944             metaColumn = this.getSlideDataElement(i).getColumn(ISlideDataElement.META);
2 26 Feb 07 jari 945
2 26 Feb 07 jari 946             CY3 = (float)this.getSlideDataElement(i).getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 947             CY5 = (float)this.getSlideDataElement(i).getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 948
2 26 Feb 07 jari 949             //if Stanford file is normalized then we need to generate cy3 and cy5
2 26 Feb 07 jari 950             if (this.dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY) {
2 26 Feb 07 jari 951                 CY3 = 100000;
2 26 Feb 07 jari 952                 CY5 = (float)(100000.0*Math.pow(2.0d, CY5));
2 26 Feb 07 jari 953                 // if CY5 overflows, then set to zero and force no evaluation
2 26 Feb 07 jari 954                 if(CY5 == Float.POSITIVE_INFINITY || CY5 == Float.NEGATIVE_INFINITY)
2 26 Feb 07 jari 955                     CY3 = CY5 = 0;
2 26 Feb 07 jari 956             }
2 26 Feb 07 jari 957
2 26 Feb 07 jari 958             if(CY3 != 0 && CY5 != 0){
2 26 Feb 07 jari 959                 goodValues[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 960                 cy3[n] = CY3;
2 26 Feb 07 jari 961                 cy5[n] = CY5;
2 26 Feb 07 jari 962                 metaCombo[n] = Integer.toString(metaRow)+"_"+Integer.toString(metaColumn);
2 26 Feb 07 jari 963                 n++;
2 26 Feb 07 jari 964             }
2 26 Feb 07 jari 965         }
2 26 Feb 07 jari 966         goodCy3 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 967         goodCy5 = new float[n];
2 26 Feb 07 jari 968         System.arraycopy(cy3, 0, goodCy3, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 969         System.arraycopy(cy5, 0, goodCy5, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 970         System.arraycopy(metaCombo, 0, metaCombo, 0, n);
2 26 Feb 07 jari 971
2 26 Feb 07 jari 972         // ColumnWorker cw = new ColumnWorker(goodCy3.length);
2 26 Feb 07 jari 973         //cw.setColOneArray(goodCy3);
2 26 Feb 07 jari 974         //cw.setColTwoArray(goodCy5);
2 26 Feb 07 jari 975
2 26 Feb 07 jari 976         // return cw;
2 26 Feb 07 jari 977         return new ColumnWorker(goodCy3, goodCy5, metaCombo);
2 26 Feb 07 jari 978     }
2 26 Feb 07 jari 979
2 26 Feb 07 jari 980     /**
2 26 Feb 07 jari 981      *  Extracts data from a ColumnWorker into ISlideData current (normalized) intensities
2 26 Feb 07 jari 982      */
2 26 Feb 07 jari 983     private void setNormalizedIntensities(ColumnWorker cw, boolean [] goodIntensity){
2 26 Feb 07 jari 984         float [] cy3 = cw.getColumnOneArray();
2 26 Feb 07 jari 985         float [] cy5 = cw.getColumnTwoArray();
2 26 Feb 07 jari 986         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 987         int goodIndex= 0;
2 26 Feb 07 jari 988         for(int i = 0 ; i < goodIntensity.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 989             sde = this.getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 990             if(goodIntensity[i]){
2 26 Feb 07 jari 991                 if(this.dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY) {
2 26 Feb 07 jari 992                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY3, (float)1.0);
2 26 Feb 07 jari 993                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, (float)(Math.log(cy5[goodIndex]/cy3[goodIndex])/Math.log(2.0)));
2 26 Feb 07 jari 994                 } else {
2 26 Feb 07 jari 995                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY3, (float)cy3[goodIndex]);
2 26 Feb 07 jari 996                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, (float)cy5[goodIndex]);
2 26 Feb 07 jari 997                 }
2 26 Feb 07 jari 998                 goodIndex++;
2 26 Feb 07 jari 999             }
2 26 Feb 07 jari 1000             else{
2 26 Feb 07 jari 1001                 sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY3, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY3));
2 26 Feb 07 jari 1002                 sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 1003             }
2 26 Feb 07 jari 1004         }
2 26 Feb 07 jari 1005     }
2 26 Feb 07 jari 1006
2 26 Feb 07 jari 1007     /********************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 1008      *  End supported normalization code.
2 26 Feb 07 jari 1009      */
2 26 Feb 07 jari 1010
2 26 Feb 07 jari 1011
2 26 Feb 07 jari 1012     /**
2 26 Feb 07 jari 1013      * Applies lowess normalization.
2 26 Feb 07 jari 1014      */
2 26 Feb 07 jari 1015     public void applyLowess(int bins) {
2 26 Feb 07 jari 1016         //      applyIterativeLog();
2 26 Feb 07 jari 1017
2 26 Feb 07 jari 1018         Vector binVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 1019         Vector bin;
2 26 Feb 07 jari 1020         ISlideDataElement[] sdes = new ISlideDataElement[size()];
2 26 Feb 07 jari 1021         float[] logRatios = new float[size()];
2 26 Feb 07 jari 1022         float[] logProduct = new float[size()];
2 26 Feb 07 jari 1023         int[] descendingRank = new int[size()];
2 26 Feb 07 jari 1024         int binSize = size() / bins + 1;
2 26 Feb 07 jari 1025
2 26 Feb 07 jari 1026         for (int i = 0; i < bins; i++) binVector.addElement(new Vector());
2 26 Feb 07 jari 1027
2 26 Feb 07 jari 1028         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1029             sdes[i] = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 1030             logRatios[i] = (float)Xcon.log2(sdes[i].getRatio(ISlideDataElement.CY5, ISlideDataElement.CY3, AC.LINEAR));
2 26 Feb 07 jari 1031             logProduct[i] = (float)Xcon.log10(sdes[i].getIntensity(ISlideDataElement.CY3) * sdes[i].getIntensity(ISlideDataElement.CY5));
2 26 Feb 07 jari 1032         }
2 26 Feb 07 jari 1033
2 26 Feb 07 jari 1034         double largest = 0;
2 26 Feb 07 jari 1035         int highestRank = 0;
2 26 Feb 07 jari 1036         for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1037             for (int j = 0; j < size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 1038                 COMP: if (largest < logProduct[j]) {
2 26 Feb 07 jari 1039                     for (int k = 0; k < i; k++) {
2 26 Feb 07 jari 1040                         if (j == descendingRank[k]) break COMP;
2 26 Feb 07 jari 1041                     }
2 26 Feb 07 jari 1042                     largest = logProduct[j];
2 26 Feb 07 jari 1043                     highestRank = j;
2 26 Feb 07 jari 1044                 }
2 26 Feb 07 jari 1045             }
2 26 Feb 07 jari 1046
2 26 Feb 07 jari 1047             descendingRank[i] = highestRank;
2 26 Feb 07 jari 1048         }
2 26 Feb 07 jari 1049
2 26 Feb 07 jari 1050         for (int i = 0; i < size(); i++) System.out.println("Rank: " + i + ", Element: " + descendingRank[i]);
2 26 Feb 07 jari 1051
2 26 Feb 07 jari 1052         int binC = 0;
2 26 Feb 07 jari 1053         int binP = 0;
2 26 Feb 07 jari 1054         for (int i = 0; i < size(); i++, binC++) {
2 26 Feb 07 jari 1055             ((Vector) binVector.elementAt(binP)).addElement(sdes[descendingRank[i]]);
2 26 Feb 07 jari 1056
2 26 Feb 07 jari 1057             if (binC == binSize) {
2 26 Feb 07 jari 1058                 binC = 0;
2 26 Feb 07 jari 1059                 binP++;
2 26 Feb 07 jari 1060             }
2 26 Feb 07 jari 1061         }
2 26 Feb 07 jari 1062
2 26 Feb 07 jari 1063         System.out.println(binVector.size() + " bins created");
2 26 Feb 07 jari 1064         for (int i = 0; i < binVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1065             System.out.println("Bin " + i + " has " + ((Vector) binVector.elementAt(i)).size() + " elements");
2 26 Feb 07 jari 1066         }
2 26 Feb 07 jari 1067
2 26 Feb 07 jari 1068         //Adjust mean(log2(r/g)) for each bin (like iterative log)
2 26 Feb 07 jari 1069         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1070         if (true) { //Use an adaptation of the iterative log algorithm
2 26 Feb 07 jari 1071             for (int m = 0; m < binVector.size(); m++) {
2 26 Feb 07 jari 1072                 Vector targetBin = ((Vector) binVector.elementAt(m));
2 26 Feb 07 jari 1073                 long greensum = 0, redsum = 0, usegreensum = 0, useredsum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1074
2 26 Feb 07 jari 1075                 for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1076                     sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1077                     greensum += sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1078                     redsum += sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1079                     if (sde.hasNoZeros()) {
2 26 Feb 07 jari 1080                         usegreensum += sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5);
2 26 Feb 07 jari 1081                         useredsum += sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY3);
2 26 Feb 07 jari 1082                     }
2 26 Feb 07 jari 1083                 }
2 26 Feb 07 jari 1084
2 26 Feb 07 jari 1085                 double norat = (double) redsum / (double) greensum;
2 26 Feb 07 jari 1086                 double usenorat = (double) useredsum / (double) usegreensum;
2 26 Feb 07 jari 1087                 double yzsum = 0, yz = 0, yzave = 0;
2 26 Feb 07 jari 1088                 int yzmun = 0;
2 26 Feb 07 jari 1089                 double lnx, lny, uselograt;
2 26 Feb 07 jari 1090                 double[] ratio2 = new double[size()];
2 26 Feb 07 jari 1091
2 26 Feb 07 jari 1092                 System.out.println(m + " - All: " + redsum + "\t" + greensum + "\t" + norat);
2 26 Feb 07 jari 1093                 System.out.println(m + " - Use: " + useredsum + "\t" + usegreensum + "\t" + usenorat);
2 26 Feb 07 jari 1094
2 26 Feb 07 jari 1095                 for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1096                     sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1097                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, (long) ((double) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5) * usenorat));
2 26 Feb 07 jari 1098                     yz = Xcon.log2(sde.getRatio(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, AC.LINEAR) / usenorat);
2 26 Feb 07 jari 1099
2 26 Feb 07 jari 1100                     if (sde.hasNoZeros()) {
2 26 Feb 07 jari 1101                         yzsum += yz;
2 26 Feb 07 jari 1102                         yzmun++;
2 26 Feb 07 jari 1103                     }
2 26 Feb 07 jari 1104
2 26 Feb 07 jari 1105                     lnx = Math.log(1);
2 26 Feb 07 jari 1106                     lny = Math.log(1);
2 26 Feb 07 jari 1107                 }
2 26 Feb 07 jari 1108
2 26 Feb 07 jari 1109                 yzave = yzsum / yzmun;
2 26 Feb 07 jari 1110                 System.out.println(m + " - Mean log ratio: " + yzave);
2 26 Feb 07 jari 1111                 yzsum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1112                 yzmun = 0;
2 26 Feb 07 jari 1113
2 26 Feb 07 jari 1114                 uselograt = Math.pow(Math.E, yzave);
2 26 Feb 07 jari 1115                 System.out.println(m + " - Scale: " + uselograt);
2 26 Feb 07 jari 1116
2 26 Feb 07 jari 1117                 for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1118                     sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1119                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, (long) ((double) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5) * uselograt));
2 26 Feb 07 jari 1120                     yz = Xcon.log2(sde.getRatio(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, AC.LINEAR) / uselograt);
2 26 Feb 07 jari 1121                 }
2 26 Feb 07 jari 1122
2 26 Feb 07 jari 1123                 for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1124                     sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1125                     if (sde.hasNoZeros()) ratio2[i] = sde.getRatio(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, AC.LINEAR) / usenorat / uselograt;
2 26 Feb 07 jari 1126                     else ratio2[i] = sde.getRatio(ISlideDataElement.CY3, ISlideDataElement.CY5, AC.LINEAR);
2 26 Feb 07 jari 1127                 }
2 26 Feb 07 jari 1128
2 26 Feb 07 jari 1129                 double xsum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1130                 int xnum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1131                 double x = 0;
2 26 Feb 07 jari 1132                 double xave = 0;
2 26 Feb 07 jari 1133                 double newlognor = 0;
2 26 Feb 07 jari 1134
2 26 Feb 07 jari 1135                 for (int it = 0; it <= 10; it++) {
2 26 Feb 07 jari 1136                     //for (int i = 0; i < size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 1137                     for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1138                         sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1139                         if (sde.hasNoZeros()) {
2 26 Feb 07 jari 1140                             x = Xcon.log2(ratio2[i]);
2 26 Feb 07 jari 1141                             if ((x <= 1) && (x >= -1)) {
2 26 Feb 07 jari 1142                                 xsum += x;
2 26 Feb 07 jari 1143                                 xnum++;
2 26 Feb 07 jari 1144                             }
2 26 Feb 07 jari 1145                         }
2 26 Feb 07 jari 1146                     }
2 26 Feb 07 jari 1147                     xave = xsum / xnum;
2 26 Feb 07 jari 1148                     //Older style, using natural logs? Conserve?
2 26 Feb 07 jari 1149                     //newlognor = Math.pow(Math.E, xave);
2 26 Feb 07 jari 1150                     newlognor = Math.pow(Math.E, xave);
2 26 Feb 07 jari 1151                     System.out.println(m + " - Iteration " + it + "\tMean Log Ratio: " + xave + "\t" + newlognor);
2 26 Feb 07 jari 1152                     for (int i = 0; i < targetBin.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1153                         // for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1154                         sde = ((ISlideDataElement) targetBin.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 1155                         if (sde.hasNoZeros()) {
2 26 Feb 07 jari 1156                             ratio2[i] = ratio2[i] / newlognor;
2 26 Feb 07 jari 1157                         }
2 26 Feb 07 jari 1158                         sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, (long) ((double) sde.getIntensity(ISlideDataElement.CY5) * newlognor));
2 26 Feb 07 jari 1159                     }
2 26 Feb 07 jari 1160                 }
2 26 Feb 07 jari 1161             }
2 26 Feb 07 jari 1162         }
2 26 Feb 07 jari 1163
2 26 Feb 07 jari 1164         normalizedState = SlideData.LOWESS;
2 26 Feb 07 jari 1165     }
2 26 Feb 07 jari 1166
2 26 Feb 07 jari 1167     /**
2 26 Feb 07 jari 1168      * Applies least squares normalization.
2 26 Feb 07 jari 1169      */
2 26 Feb 07 jari 1170     public void applyLeastSquares() {
2 26 Feb 07 jari 1171         ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1172         LinearEquation linearEquation = getRegressionEquation(true);
2 26 Feb 07 jari 1173
2 26 Feb 07 jari 1174         if (normalizedState != SlideData.LEAST_SQUARES) {
2 26 Feb 07 jari 1175             for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1176                 sde = getSlideDataElement(i);
2 26 Feb 07 jari 1177                 if (sde != null) {
2 26 Feb 07 jari 1178                     sde.setIntensity(ISlideDataElement.CY5, applyLeastSquares(sde.getTrueIntensity(ISlideDataElement.CY5), linearEquation));
2 26 Feb 07 jari 1179                 }
2 26 Feb 07 jari 1180             }
2 26 Feb 07 jari 1181             normalizedState = SlideData.LEAST_SQUARES;
2 26 Feb 07 jari 1182         }
2 26 Feb 07 jari 1183     }
2 26 Feb 07 jari 1184
2 26 Feb 07 jari 1185     /**
2 26 Feb 07 jari 1186      * Applies least squares normalization.
2 26 Feb 07 jari 1187      */
2 26 Feb 07 jari 1188     public float applyLeastSquares(float value, LinearEquation linearEquation) {
2 26 Feb 07 jari 1189         if (value > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1190             return(float)((value-linearEquation.getYIntercept())*(1 / linearEquation.getSlope()));
2 26 Feb 07 jari 1191         } else
2 26 Feb 07 jari 1192             return 0f;
2 26 Feb 07 jari 1193     }
2 26 Feb 07 jari 1194
2 26 Feb 07 jari 1195
2 26 Feb 07 jari 1196
2 26 Feb 07 jari 1197     public void output() {
2 26 Feb 07 jari 1198         String contents = "";
2 26 Feb 07 jari 1199         try {
2 26 Feb 07 jari 1200             contents = "\n\n\n***SlideData***\n\n";
2 26 Feb 07 jari 1201             for (int i = 0; i < size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1202                 contents += getSlideDataElement(i).toString() + "\n";
2 26 Feb 07 jari 1203             }
2 26 Feb 07 jari 1204         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1205             ;
2 26 Feb 07 jari 1206         }
2 26 Feb 07 jari 1207         System.out.println(contents);
2 26 Feb 07 jari 1208     }
2 26 Feb 07 jari 1209
2 26 Feb 07 jari 1210     /**
2 26 Feb 07 jari 1211      * Returns the slide name keys.
2 26 Feb 07 jari 1212      */
2 26 Feb 07 jari 1213     public Vector getSlideDataKeys() {
2 26 Feb 07 jari 1214         return this.sampleLabelKeys;
2 26 Feb 07 jari 1215     }
2 26 Feb 07 jari 1216
2 26 Feb 07 jari 1217     /**
2 26 Feb 07 jari 1218      * Returns the slide name keys and pairs
2 26 Feb 07 jari 1219      */
2 26 Feb 07 jari 1220     public Hashtable getSlideDataLabels() {
2 26 Feb 07 jari 1221         return this.sampleLabels;
2 26 Feb 07 jari 1222     }
2 26 Feb 07 jari 1223
2 26 Feb 07 jari 1224     /** Sets the current label index.
2 26 Feb 07 jari 1225      */
2 26 Feb 07 jari 1226     public void setDataLabelKey(String key) {
2 26 Feb 07 jari 1227         this.sampleLabelKey = key;
2 26 Feb 07 jari 1228     }
2 26 Feb 07 jari 1229
2 26 Feb 07 jari 1230     /** Adds a new key and label value
2 26 Feb 07 jari 1231      */
2 26 Feb 07 jari 1232     public void addNewSampleLabel(String label, String value) {
2 26 Feb 07 jari 1233         if(!sampleLabelKeys.contains(label))
2 26 Feb 07 jari 1234             this.sampleLabelKeys.addElement(label);
2 26 Feb 07 jari 1235         this.sampleLabels.put(label, value);
2 26 Feb 07 jari 1236     }
2 26 Feb 07 jari 1237
2 26 Feb 07 jari 1238     /** Returns the detection status for the gene specified, Affy support
2 26 Feb 07 jari 1239      */
2 26 Feb 07 jari 1240     public String getDetection(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1241         return this.getSlideDataElement(row).getDetection();
2 26 Feb 07 jari 1242     }
2 26 Feb 07 jari 1243     public Object clone(){
2 26 Feb 07 jari 1244       return this.clone();
2 26 Feb 07 jari 1245     }
2 26 Feb 07 jari 1246     //wwang add for affy p-value filter
2 26 Feb 07 jari 1247     public float getPvalue(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1248         return this.getSlideDataElement(row).getPvalue();
2 26 Feb 07 jari 1249     }
2 26 Feb 07 jari 1250     public int getGenePixFlags(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1251         return this.getSlideDataElement(row).getGenePixFlags();
2 26 Feb 07 jari 1252     }
2 26 Feb 07 jari 1253
2 26 Feb 07 jari 1254
2 26 Feb 07 jari 1255     /**
2 26 Feb 07 jari 1256      * CGH IFeatureData implemetations
2 26 Feb 07 jari 1257      * Raktim Oct 31, 2005
2 26 Feb 07 jari 1258      */
2 26 Feb 07 jari 1259
2 26 Feb 07 jari 1260     /**
2 26 Feb 07 jari 1261      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1262      * Setter for property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1263      * @param flankingRegions New value of property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1264      */
2 26 Feb 07 jari 1265     public void setFlankingRegions(java.util.Vector[] flankingRegions) {
2 26 Feb 07 jari 1266       //System.out.println("SlideData setFlankingRegion()");
2 26 Feb 07 jari 1267       if (flankingRegions == null) System.out.println("NULL flankingRegions in SlideData.setFlankingRegion()");
2 26 Feb 07 jari 1268         this.flankingRegions = flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1269     }
2 26 Feb 07 jari 1270
2 26 Feb 07 jari 1271     /**
2 26 Feb 07 jari 1272      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1273      */
2 26 Feb 07 jari 1274     public int getNumFlankingRegions(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 1275       if (flankingRegions == null) System.out.println("NULL flankingRegions in SlideData");
2 26 Feb 07 jari 1276         return flankingRegions[chromosomeIndex].size();
2 26 Feb 07 jari 1277     }
2 26 Feb 07 jari 1278
2 26 Feb 07 jari 1279     /**
2 26 Feb 07 jari 1280      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1281      * Getter for property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1282      * @return Value of property flankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 1283      */
2 26 Feb 07 jari 1284     public java.util.Vector[] getFlankingRegions() {
2 26 Feb 07 jari 1285         return this.flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 1286     }
2 26 Feb 07 jari 1287
2 26 Feb 07 jari 1288     /**
2 26 Feb 07 jari 1289      * Raktim, CGH
2 26 Feb 07 jari 1290      * Remember to fix this later
2 26 Feb 07 jari 1291      */
2 26 Feb 07 jari 1292     public boolean isMissingData(int cloneIndex){
2 26 Feb 07 jari 1293
2 26 Feb 07 jari 1294         if(Float.isNaN(getCY3(cloneIndex)) || Float.isNaN(getCY5(cloneIndex)))
2 26 Feb 07 jari 1295           return true;
2 26 Feb 07 jari 1296         return false;
2 26 Feb 07 jari 1297       /* Old Abramson Code.
2 26 Feb 07 jari 1298        * Remember to Get Back to this Later
2 26 Feb 07 jari 1299         Iterator it = cy3Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 1300         boolean cy3Missing = true;
2 26 Feb 07 jari 1301         boolean cy5Missing = true;
2 26 Feb 07 jari 1302         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 1303             CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)it.next();
2 26 Feb 07 jari 1304             if(! Float.isNaN(slideData.getRatio(cloneIndex))){
2 26 Feb 07 jari 1305                 cy3Missing = false;
2 26 Feb 07 jari 1306             }
2 26 Feb 07 jari 1307         }
2 26 Feb 07 jari 1308         if(cy3Missing){
2 26 Feb 07 jari 1309             return true;
2 26 Feb 07 jari 1310         }
2 26 Feb 07 jari 1311
2 26 Feb 07 jari 1312         it = cy5Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 1313         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 1314             CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)it.next();
2 26 Feb 07 jari 1315             if(! Float.isNaN(slideData.getRatio(cloneIndex))){
2 26 Feb 07 jari 1316                 cy5Missing = false;
2 26 Feb 07 jari 1317             }
2 26 Feb 07 jari 1318         }
2 26 Feb 07 jari 1319         if(cy5Missing){
2 26 Feb 07 jari 1320             return true;
2 26 Feb 07 jari 1321         }
2 26 Feb 07 jari 1322         */
2 26 Feb 07 jari 1323     }
2 26 Feb 07 jari 1324     /**
2 26 Feb 07 jari 1325     *
2 26 Feb 07 jari 1326     *@deprecated
2 26 Feb 07 jari 1327       
2 26 Feb 07 jari 1328    public void writeAnnotation(DataOutputStream dos, JFrame pb) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1329      StateSavingProgressPanel progressPanel = (StateSavingProgressPanel)pb;
2 26 Feb 07 jari 1330      int numSlideDataElements = allSlideDataElements.size();
2 26 Feb 07 jari 1331      progressPanel.setMaximum(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1332      ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1333      dos.writeInt(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1334            
2 26 Feb 07 jari 1335      for(int i=0; i<numSlideDataElements; i++){
2 26 Feb 07 jari 1336         sde = (ISlideDataElement)allSlideDataElements.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1337        
2 26 Feb 07 jari 1338        String uid = sde.getUID();
2 26 Feb 07 jari 1339        char[] temp = uid.toCharArray();
2 26 Feb 07 jari 1340        dos.writeInt(temp.length);
2 26 Feb 07 jari 1341        for(int j=0; j<temp.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1342          dos.writeChar(temp[j]);
2 26 Feb 07 jari 1343        }
2 26 Feb 07 jari 1344     
2 26 Feb 07 jari 1345        int rowsize = sde.getRows().length;
2 26 Feb 07 jari 1346        dos.writeInt(rowsize);
2 26 Feb 07 jari 1347        for(int j=0; j<rowsize; j++){
2 26 Feb 07 jari 1348          dos.writeInt(sde.getRows()[j]);
2 26 Feb 07 jari 1349        }
2 26 Feb 07 jari 1350        int colsize = sde.getColumns().length;
2 26 Feb 07 jari 1351        dos.writeInt(colsize);
2 26 Feb 07 jari 1352        for(int j=0; j<colsize; j++){
2 26 Feb 07 jari 1353          dos.writeInt(sde.getColumns()[j]);
2 26 Feb 07 jari 1354        }
2 26 Feb 07 jari 1355     
2 26 Feb 07 jari 1356        int numFields = sde.getExtraFields().length;
2 26 Feb 07 jari 1357        dos.writeInt(numFields);
2 26 Feb 07 jari 1358        for(int j=0; j<numFields; j++){
2 26 Feb 07 jari 1359          try {
2 26 Feb 07 jari 1360             temp = sde.getExtraFields()[j].toCharArray();
2 26 Feb 07 jari 1361               dos.writeInt(temp.length);
2 26 Feb 07 jari 1362               for(int k=0; k<temp.length; k++){
2 26 Feb 07 jari 1363                 dos.writeChar(temp[k]);
2 26 Feb 07 jari 1364               }
2 26 Feb 07 jari 1365          } catch (NullPointerException npe){
2 26 Feb 07 jari 1366            dos.writeInt(0);
2 26 Feb 07 jari 1367          }
2 26 Feb 07 jari 1368        }
2 26 Feb 07 jari 1369
2 26 Feb 07 jari 1370        dos.writeBoolean(sde.getIsNull());
2 26 Feb 07 jari 1371        dos.writeBoolean(sde.isNonZero());
2 26 Feb 07 jari 1372       if(dataType == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY || dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY){
2 26 Feb 07 jari 1373         
2 26 Feb 07 jari 1374       } else {    //IData has affy data
2 26 Feb 07 jari 1375         dos.writeChar(((AffySlideDataElement)sde).getDetection().charAt(0));
2 26 Feb 07 jari 1376       }
2 26 Feb 07 jari 1377        progressPanel.increment();
2 26 Feb 07 jari 1378      }
2 26 Feb 07 jari 1379      
2 26 Feb 07 jari 1380    }
2 26 Feb 07 jari 1381    */
2 26 Feb 07 jari 1382    /**
2 26 Feb 07 jari 1383     * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 1384     
2 26 Feb 07 jari 1385    public void loadAnnotation(DataInputStream dis) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1386      int numSlideDataElements = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1387      allSlideDataElements = new Vector(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1388      
2 26 Feb 07 jari 1389      int[] rows, cols;
2 26 Feb 07 jari 1390      String[] extraFields;
2 26 Feb 07 jari 1391      String uid;
2 26 Feb 07 jari 1392      int temp;
2 26 Feb 07 jari 1393      boolean isNull, isNonZero;
2 26 Feb 07 jari 1394      for(int i=0; i<numSlideDataElements; i++){
2 26 Feb 07 jari 1395
2 26 Feb 07 jari 1396        temp = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1397        char[] buff = new char[temp];
2 26 Feb 07 jari 1398        for(int j=0; j<temp; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1399          buff[j] = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1400        }
2 26 Feb 07 jari 1401        uid = new String(buff);
2 26 Feb 07 jari 1402
2 26 Feb 07 jari 1403        rows = new int[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1404        for(int j=0; j<rows.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1405          rows[j] = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1406        }
2 26 Feb 07 jari 1407     
2 26 Feb 07 jari 1408        cols = new int[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1409        for(int j=0; j<cols.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1410          cols[j] = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1411        }
2 26 Feb 07 jari 1412     
2 26 Feb 07 jari 1413        extraFields = new String[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1414        for(int j=0; j<extraFields.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1415          buff = new char[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1416            for(int k=0; k<buff.length; k++){
2 26 Feb 07 jari 1417              buff[k] = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1418            }
2 26 Feb 07 jari 1419            extraFields[j] = new String(buff);
2 26 Feb 07 jari 1420        }
2 26 Feb 07 jari 1421       isNull = dis.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 1422       isNonZero = dis.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 1423       if(dataType == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY || dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY){
2 26 Feb 07 jari 1424         allSlideDataElements.add(i, new SlideDataElement(rows, cols, extraFields, uid, isNull, isNonZero));
2 26 Feb 07 jari 1425       } else {    //IData has affy data
2 26 Feb 07 jari 1426         char detection = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1427         allSlideDataElements.add(i, new AffySlideDataElement(rows, cols, extraFields, uid, isNull, isNonZero, detection));
2 26 Feb 07 jari 1428
2 26 Feb 07 jari 1429       }
2 26 Feb 07 jari 1430      }
2 26 Feb 07 jari 1431      
2 26 Feb 07 jari 1432    }*/
2 26 Feb 07 jari 1433    /*
2 26 Feb 07 jari 1434     * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 1435     
2 26 Feb 07 jari 1436    public void loadAnnotation(DataInputStream dis, JFrame pb) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1437      StateSavingProgressPanel progressPanel = (StateSavingProgressPanel)pb;
2 26 Feb 07 jari 1438      int numSlideDataElements = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1439      progressPanel.setMaximum(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1440      allSlideDataElements = new Vector(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1441      
2 26 Feb 07 jari 1442      int[] rows, cols;
2 26 Feb 07 jari 1443      String[] extraFields;
2 26 Feb 07 jari 1444      String uid;
2 26 Feb 07 jari 1445      int temp;
2 26 Feb 07 jari 1446      boolean isNull, isNonZero;
2 26 Feb 07 jari 1447      for(int i=0; i<numSlideDataElements; i++){
2 26 Feb 07 jari 1448
2 26 Feb 07 jari 1449        temp = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1450        char[] buff = new char[temp];
2 26 Feb 07 jari 1451        for(int j=0; j<temp; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1452          buff[j] = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1453        }
2 26 Feb 07 jari 1454        uid = new String(buff);
2 26 Feb 07 jari 1455
2 26 Feb 07 jari 1456        rows = new int[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1457        for(int j=0; j<rows.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1458          rows[j] = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1459        }
2 26 Feb 07 jari 1460     
2 26 Feb 07 jari 1461        cols = new int[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1462        for(int j=0; j<cols.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1463          cols[j] = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1464        }
2 26 Feb 07 jari 1465     
2 26 Feb 07 jari 1466        extraFields = new String[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1467        for(int j=0; j<extraFields.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1468          buff = new char[dis.readInt()];
2 26 Feb 07 jari 1469            for(int k=0; k<buff.length; k++){
2 26 Feb 07 jari 1470              buff[k] = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1471            }
2 26 Feb 07 jari 1472            extraFields[j] = new String(buff);
2 26 Feb 07 jari 1473        }
2 26 Feb 07 jari 1474       isNull = dis.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 1475       isNonZero = dis.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 1476       if(dataType == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY || dataType == IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY){
2 26 Feb 07 jari 1477         allSlideDataElements.add(i, new SlideDataElement(rows, cols, extraFields, uid, isNull, isNonZero));
2 26 Feb 07 jari 1478       } else {    //IData has affy data
2 26 Feb 07 jari 1479         char detection = dis.readChar();
2 26 Feb 07 jari 1480         allSlideDataElements.add(i, new AffySlideDataElement(rows, cols, extraFields, uid, isNull, isNonZero, detection));
2 26 Feb 07 jari 1481
2 26 Feb 07 jari 1482       }
2 26 Feb 07 jari 1483        progressPanel.increment();
2 26 Feb 07 jari 1484      }
2 26 Feb 07 jari 1485      
2 26 Feb 07 jari 1486    }*/
2 26 Feb 07 jari 1487
2 26 Feb 07 jari 1488
2 26 Feb 07 jari 1489    /**
2 26 Feb 07 jari 1490     * 
2 26 Feb 07 jari 1491     * @param dos
2 26 Feb 07 jari 1492     * @throws IOException
2 26 Feb 07 jari 1493     * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 1494     
2 26 Feb 07 jari 1495    public void writeIntensities(DataOutputStream dos) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 1496      ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1497      int numSlideDataElements = size();
2 26 Feb 07 jari 1498      dos.writeInt(numSlideDataElements);
2 26 Feb 07 jari 1499      for(int i=0; i<numSlideDataElements; i++){
2 26 Feb 07 jari 1500        sde = (ISlideDataElement)allSlideDataElements.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1501        dos.writeFloat(sde.getIntensity(0));
2 26 Feb 07 jari 1502        dos.writeFloat(sde.getIntensity(1));
2 26 Feb 07 jari 1503        dos.writeFloat(sde.getTrueIntensity(0));
2 26 Feb 07 jari 1504        dos.writeFloat(sde.getTrueIntensity(1));  
2 26 Feb 07 jari 1505        if(dataType != IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY && dataType != IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY){
2 26 Feb 07 jari 1506          dos.writeChar(sde.getDetection().toCharArray()[0]);
2 26 Feb 07 jari 1507        } 
2 26 Feb 07 jari 1508      }
2 26 Feb 07 jari 1509    }   */
2 26 Feb 07 jari 1510    //TODO remove
2 26 Feb 07 jari 1511   /*
2 26 Feb 07 jari 1512    public void loadIntensities(DataInputStream dis) throws IOException{
2 26 Feb 07 jari 1513      ISlideDataElement sde;
2 26 Feb 07 jari 1514      int numSlideDataElements = dis.readInt();
2 26 Feb 07 jari 1515      for(int i=0; i<numSlideDataElements; i++){
2 26 Feb 07 jari 1516        sde = (ISlideDataElement)allSlideDataElements.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1517        sde.setIntensity(0, dis.readFloat());
2 26 Feb 07 jari 1518        sde.setIntensity(1, dis.readFloat());
2 26 Feb 07 jari 1519        sde.setTrueIntensity(0, dis.readFloat());
2 26 Feb 07 jari 1520        sde.setTrueIntensity(1, dis.readFloat());
2 26 Feb 07 jari 1521        if(dataType != IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY && dataType != IData.DATA_TYPE_RATIO_ONLY){
2 26 Feb 07 jari 1522            sde.setDetection(new Character(dis.readChar()).toString());
2 26 Feb 07 jari 1523        }   
2 26 Feb 07 jari 1524      }
2 26 Feb 07 jari 1525    }*/
2 26 Feb 07 jari 1526 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)