mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/SlideDataElement.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SlideDataElement.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/04/10 18:41:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 public class SlideDataElement extends ArrayElement implements ISlideDataElement {
2 26 Feb 07 jari 18     
2 26 Feb 07 jari 19     protected String UID;
2 26 Feb 07 jari 20     protected int[] rows;
2 26 Feb 07 jari 21     protected int[] columns;
2 26 Feb 07 jari 22     protected float[] currentIntensity, trueIntensity;
2 26 Feb 07 jari 23     protected String[] extraFields;
2 26 Feb 07 jari 24     protected boolean isNull = false;
2 26 Feb 07 jari 25     protected boolean isNonZero = true;
2 26 Feb 07 jari 26      protected float pvalue=0;
2 26 Feb 07 jari 27     protected int flags=0;
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     /**
2 26 Feb 07 jari 30      * 
2 26 Feb 07 jari 31      * @param rows
2 26 Feb 07 jari 32      * @param cols
2 26 Feb 07 jari 33      * @param extraFields
2 26 Feb 07 jari 34      * @param uid
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     private SlideDataElement(int[] rows, int[] cols, String[] extraFields, String uid){
2 26 Feb 07 jari 37       this.rows = rows;
2 26 Feb 07 jari 38       this.columns = cols;
2 26 Feb 07 jari 39       this.extraFields = extraFields;
2 26 Feb 07 jari 40       this.UID = uid;
2 26 Feb 07 jari 41       this.currentIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 42       this.trueIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44     public SlideDataElement(int[] rows, int[] cols, String[] extraFields, String uid, boolean isNull, boolean isNonZero){
2 26 Feb 07 jari 45       this(rows, cols, extraFields, uid);
2 26 Feb 07 jari 46       this.isNull = isNull;
2 26 Feb 07 jari 47       this.isNonZero = isNonZero;
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     public  SlideDataElement(int[] rows, int[] columns, float[] currentIntensities, float[] trueIntensities, String[] values) {
2 26 Feb 07 jari 50         this.rows = copyArray(rows);
2 26 Feb 07 jari 51         this.columns = copyArray(columns);
2 26 Feb 07 jari 52         this.currentIntensity = copyArray(currentIntensities);
2 26 Feb 07 jari 53         this.trueIntensity = copyArray(trueIntensities);
2 26 Feb 07 jari 54         this.extraFields = copyArray(values);      
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     public SlideDataElement() {
2 26 Feb 07 jari 58       this.currentIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 59       this.trueIntensity = new float[2];
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Constructs a <code>SlideDataElement</code> with specified meta rows,
2 26 Feb 07 jari 63      * meta columns, intensities and descriptions.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     public SlideDataElement(String UID, int[] rows, int[] columns, float[] intensities, String[] values) {
2 26 Feb 07 jari 66         this.UID = UID;
2 26 Feb 07 jari 67         this.rows = copyArray(rows);
2 26 Feb 07 jari 68         this.columns = copyArray(columns);
2 26 Feb 07 jari 69         this.currentIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 70         this.trueIntensity = copyArray(intensities);
2 26 Feb 07 jari 71         this.extraFields = copyArray(values);
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     /**
2 26 Feb 07 jari 75      * Constructs a <code>SlideDataElement</code> with specified meta rows,
2 26 Feb 07 jari 76      * meta columns, intensities and descriptions.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     public SlideDataElement(int[] rows, int[] columns, float[] intensities, String[] values) {
2 26 Feb 07 jari 79       this("", rows, columns, intensities, values);
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     /**
2 26 Feb 07 jari 83      * Copy constructor.
2 26 Feb 07 jari 84      */
2 26 Feb 07 jari 85     public SlideDataElement(ISlideDataElement sde) {
2 26 Feb 07 jari 86         this.UID = sde.getUID();
2 26 Feb 07 jari 87         this.rows = sde.getRows();
2 26 Feb 07 jari 88         this.columns = sde.getColumns();
2 26 Feb 07 jari 89         this.currentIntensity = copyArray(sde.getCurrentIntensity());
2 26 Feb 07 jari 90         this.trueIntensity = copyArray(sde.getTrueIntensity());
2 26 Feb 07 jari 91         this.extraFields = sde.getExtraFields();
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93
2 26 Feb 07 jari 94     public void setRows(int[] r){this.rows = copyArray(r);}
2 26 Feb 07 jari 95     public void setColumns(int[] c){this.columns = copyArray(c);}
2 26 Feb 07 jari 96     public String[] getValues() {return extraFields;}
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Sets the extra fields (annotation)
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     public void setExtraFields(String [] values){
2 26 Feb 07 jari 101         if(values == null) return;
2 26 Feb 07 jari 102         if(this.extraFields == null)
2 26 Feb 07 jari 103             this.extraFields = values;
2 26 Feb 07 jari 104         else{
2 26 Feb 07 jari 105             String [] newFields = new String[this.extraFields.length+values.length];
2 26 Feb 07 jari 106             for(int i = 0; i < this.extraFields.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 107                 newFields[i] = this.extraFields[i];
2 26 Feb 07 jari 108             for(int i = 0; i < values.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 109                 newFields[i+this.extraFields.length] = values[i];
2 26 Feb 07 jari 110             this.extraFields = newFields;
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     /**
2 26 Feb 07 jari 115      * Creates clone of a string array.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     private String[] copyArray(String[] array) {
2 26 Feb 07 jari 118         if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 119             return null;
2 26 Feb 07 jari 120         }
2 26 Feb 07 jari 121         String[] result = new String[array.length];
2 26 Feb 07 jari 122         System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 123         return result;
2 26 Feb 07 jari 124     }
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     /**
2 26 Feb 07 jari 127      * Creates clone of an int array.
2 26 Feb 07 jari 128      */
2 26 Feb 07 jari 129     private int[] copyArray(int[] array) {
2 26 Feb 07 jari 130         if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 131             return null;
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         int[] result = new int[array.length];
2 26 Feb 07 jari 134         System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 135         return result;
2 26 Feb 07 jari 136     }
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     /**
2 26 Feb 07 jari 139      * Creates clone of a float array.
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     private float[] copyArray(float[] array) {
2 26 Feb 07 jari 142         if (array == null) {
2 26 Feb 07 jari 143             return null;
2 26 Feb 07 jari 144         }
2 26 Feb 07 jari 145         float[] result = new float[array.length];
2 26 Feb 07 jari 146         System.arraycopy(array, 0, result, 0, array.length);
2 26 Feb 07 jari 147         return result;
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     /**
2 26 Feb 07 jari 151      * Returns an array of spot meta rows.
2 26 Feb 07 jari 152      */
2 26 Feb 07 jari 153     public int[] getRows() {
2 26 Feb 07 jari 154         return rows;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     /**
2 26 Feb 07 jari 158      * Returns an array of spot meta column.
2 26 Feb 07 jari 159      */
2 26 Feb 07 jari 160     public int[] getColumns() {
2 26 Feb 07 jari 161         return columns;
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163     
2 26 Feb 07 jari 164     /**
2 26 Feb 07 jari 165      * Returns an array of spot descriptions.
2 26 Feb 07 jari 166      */
2 26 Feb 07 jari 167     public String[] getExtraFields() {
2 26 Feb 07 jari 168       if(extraFields == null)
2 26 Feb 07 jari 169         return new String[0];
2 26 Feb 07 jari 170         return extraFields;
2 26 Feb 07 jari 171     }
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173     /**
2 26 Feb 07 jari 174      * Returns an array of current intensities.
2 26 Feb 07 jari 175      */
2 26 Feb 07 jari 176     public float[] getCurrentIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 177         return currentIntensity;
2 26 Feb 07 jari 178     }
2 26 Feb 07 jari 179     
2 26 Feb 07 jari 180     /**
2 26 Feb 07 jari 181      * Returns an array of true intensities.
2 26 Feb 07 jari 182      */
2 26 Feb 07 jari 183     public float[] getTrueIntensity() {
2 26 Feb 07 jari 184         return trueIntensity;
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     /**
2 26 Feb 07 jari 188      * Sets value for specified row type.
2 26 Feb 07 jari 189      */
2 26 Feb 07 jari 190     public void setRow(int rowType, int value) {
2 26 Feb 07 jari 191         switch (rowType) {
2 26 Feb 07 jari 192             case BASE: rows[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 193             case META: rows[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 194             case SUB : rows[2] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 195         }
2 26 Feb 07 jari 196     }
2 26 Feb 07 jari 197     
2 26 Feb 07 jari 198     /**
2 26 Feb 07 jari 199      * Sets value for specified column type.
2 26 Feb 07 jari 200      */
2 26 Feb 07 jari 201     public void setColumn(int columnType, int value) {
2 26 Feb 07 jari 202         switch (columnType) {
2 26 Feb 07 jari 203             case BASE: columns[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 204             case META: columns[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 205             case SUB:  columns[2] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 206         }
2 26 Feb 07 jari 207     }
2 26 Feb 07 jari 208     
2 26 Feb 07 jari 209     //Replaces getRow, getMetaRow, getSubRow
2 26 Feb 07 jari 210     public int getRow(int rowType) {
2 26 Feb 07 jari 211         int targetRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 212         switch (rowType) {
2 26 Feb 07 jari 213             case BASE: targetRow = rows[0]; break;
2 26 Feb 07 jari 214             case META: targetRow = rows[1]; break;
2 26 Feb 07 jari 215             case SUB: targetRow  = rows[2]; break;
2 26 Feb 07 jari 216         }
2 26 Feb 07 jari 217         return targetRow;
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /**
2 26 Feb 07 jari 221      * Returns index of specified column type.
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public int getColumn(int columnType) {
2 26 Feb 07 jari 224         int targetColumn = -1;
2 26 Feb 07 jari 225         switch (columnType) {
2 26 Feb 07 jari 226             case BASE: targetColumn = columns[0]; break;
2 26 Feb 07 jari 227             case META: targetColumn = columns[1]; break;
2 26 Feb 07 jari 228             case SUB: targetColumn  = columns[2]; break;
2 26 Feb 07 jari 229         }
2 26 Feb 07 jari 230         return targetColumn;
2 26 Feb 07 jari 231     }
2 26 Feb 07 jari 232     
2 26 Feb 07 jari 233     /**
2 26 Feb 07 jari 234      * Returns a spot location.
2 26 Feb 07 jari 235      */
2 26 Feb 07 jari 236     public int getLocation(int positionType, int features) {
2 26 Feb 07 jari 237         int location = -1;
2 26 Feb 07 jari 238         switch (positionType) {
2 26 Feb 07 jari 239             case BASE: location = columns[0] + (rows[0] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 240             case META: location = columns[1] + (rows[1] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 241             case SUB : location = columns[2] + (rows[2] - 1) * features; break;
2 26 Feb 07 jari 242         }
2 26 Feb 07 jari 243         return location;
2 26 Feb 07 jari 244     }
2 26 Feb 07 jari 245     
2 26 Feb 07 jari 246     /**
2 26 Feb 07 jari 247      * Returns intensity value by its specified type.
2 26 Feb 07 jari 248      */
2 26 Feb 07 jari 249     public float getIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 250         float targetIntensity = -1;
2 26 Feb 07 jari 251         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 252             case CY3:
2 26 Feb 07 jari 253                 targetIntensity = currentIntensity[0];
2 26 Feb 07 jari 254                 break;
2 26 Feb 07 jari 255             case CY5:
2 26 Feb 07 jari 256                 targetIntensity = currentIntensity[1];
2 26 Feb 07 jari 257                 break;
2 26 Feb 07 jari 258         }
2 26 Feb 07 jari 259         return (float)targetIntensity;
2 26 Feb 07 jari 260     }
2 26 Feb 07 jari 261     
2 26 Feb 07 jari 262     /**
2 26 Feb 07 jari 263      * Sets an intensity value.
2 26 Feb 07 jari 264      */
2 26 Feb 07 jari 265     public void setIntensity(int intensityType, float value) {
2 26 Feb 07 jari 266         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 267             case CY3:{
2 26 Feb 07 jari 268                 currentIntensity[0] = value;
2 26 Feb 07 jari 269                 break;
2 26 Feb 07 jari 270             }
2 26 Feb 07 jari 271             case CY5:{
2 26 Feb 07 jari 272                 currentIntensity[1] = value;
2 26 Feb 07 jari 273                 break;
2 26 Feb 07 jari 274             }
2 26 Feb 07 jari 275         }
2 26 Feb 07 jari 276     }
2 26 Feb 07 jari 277     
2 26 Feb 07 jari 278     /**
2 26 Feb 07 jari 279      *  Sets current (altered) intensity
2 26 Feb 07 jari 280      */
2 26 Feb 07 jari 281     public void setCurrentIntensity(int intensityType, float value){
2 26 Feb 07 jari 282         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 283             case CY3:{
2 26 Feb 07 jari 284                 currentIntensity[0] = value;
2 26 Feb 07 jari 285                 break;
2 26 Feb 07 jari 286             }
2 26 Feb 07 jari 287             case CY5:{
2 26 Feb 07 jari 288                 currentIntensity[1] = value;
2 26 Feb 07 jari 289                 break;
2 26 Feb 07 jari 290             }
2 26 Feb 07 jari 291         }
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293     /**
2 26 Feb 07 jari 294      * Sets true intensity value.
2 26 Feb 07 jari 295      */
2 26 Feb 07 jari 296     public void setTrueIntensity(int intensityType, float value) {
2 26 Feb 07 jari 297         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 298             case CY3: trueIntensity[0] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 299             case CY5: trueIntensity[1] = value; break;
2 26 Feb 07 jari 300         }
2 26 Feb 07 jari 301     }
2 26 Feb 07 jari 302     
2 26 Feb 07 jari 303     //Replaces getTrueCy3, getTrueCy5
2 26 Feb 07 jari 304     public float getTrueIntensity(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 305         float targetIntensity = -1;
2 26 Feb 07 jari 306         switch (intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 307             case CY3: try {targetIntensity = trueIntensity[0]; break;} catch (NullPointerException npe) {targetIntensity = 0; break;}
2 26 Feb 07 jari 308             case CY5: try {targetIntensity = trueIntensity[1]; break;} catch (NullPointerException npe) {targetIntensity = 0; break;}
2 26 Feb 07 jari 309             //TODO remove try/catch blocks above.
2 26 Feb 07 jari 310          }
2 26 Feb 07 jari 311         return targetIntensity;
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313     
2 26 Feb 07 jari 314     /**
2 26 Feb 07 jari 315      * Returns a ratio value for specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 316      */
2 26 Feb 07 jari 317     public float getRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 318         return getRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState, isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 319     }
2 26 Feb 07 jari 320     
2 26 Feb 07 jari 321     public float getRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState, boolean nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 322         float ratio;
2 26 Feb 07 jari 323         if (nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 324             if ((getIntensity(intensityIndex1) == 0) && (getIntensity(intensityIndex2) == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 325                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 326             } else if (getIntensity(intensityIndex1) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 327                 ratio = 1f / (float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 328             } else if (getIntensity(intensityIndex2) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 329                 ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/1f;
2 26 Feb 07 jari 330             } else {
2 26 Feb 07 jari 331                 ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/(float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 332             }
2 26 Feb 07 jari 333         } else {
2 26 Feb 07 jari 334             if (getIntensity(intensityIndex1) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 335             if (getIntensity(intensityIndex2) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 336             ratio = (float)getIntensity(intensityIndex1)/(float)getIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 337         }
2 26 Feb 07 jari 338         if (logState == IData.LOG)
2 26 Feb 07 jari 339             //LOG
2 26 Feb 07 jari 340             //ratio = (float) Xcon.log2(ratio);
2 26 Feb 07 jari 341             ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 342         return ratio;
2 26 Feb 07 jari 343     }
2 26 Feb 07 jari 344     
2 26 Feb 07 jari 345     /**
2 26 Feb 07 jari 346      * Returns a true ratio value for specified intensities.
2 26 Feb 07 jari 347      */
2 26 Feb 07 jari 348     public double getTrueRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState) {
2 26 Feb 07 jari 349         return getTrueRatio(intensityIndex1, intensityIndex2, logState, isNonZero);
2 26 Feb 07 jari 350     }
2 26 Feb 07 jari 351     
2 26 Feb 07 jari 352     public double getTrueRatio(int intensityIndex1, int intensityIndex2, int logState, boolean nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 353         double ratio;
2 26 Feb 07 jari 354         if (nonZero) {
2 26 Feb 07 jari 355             if ((getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) && (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0)) {
2 26 Feb 07 jari 356                 return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 357             } else if (getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 358                 ratio = (double) 1.0 / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 359             } else if (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 360                 ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) 1.0;
2 26 Feb 07 jari 361             } else {
2 26 Feb 07 jari 362                 ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 363             }
2 26 Feb 07 jari 364         } else {
2 26 Feb 07 jari 365             if (getTrueIntensity(intensityIndex1) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 366             if (getTrueIntensity(intensityIndex2) == 0) return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 367             ratio = (double) getTrueIntensity(intensityIndex1) / (double) getTrueIntensity(intensityIndex2);
2 26 Feb 07 jari 368         }
2 26 Feb 07 jari 369         
2 26 Feb 07 jari 370         if (logState == IData.LOG)
2 26 Feb 07 jari 371             //LOG
2 26 Feb 07 jari 372             //ratio = (float) Xcon.log2(ratio);
2 26 Feb 07 jari 373             ratio = (float)(Math.log(ratio)/Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 374         return ratio;
2 26 Feb 07 jari 375     }
2 26 Feb 07 jari 376     
2 26 Feb 07 jari 377     public float getIntensityMean(int intensityType) {
2 26 Feb 07 jari 378         return(float) 0.0;
2 26 Feb 07 jari 379     }
2 26 Feb 07 jari 380     
2 26 Feb 07 jari 381     /**
2 26 Feb 07 jari 382      * Sets the non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 383      */
2 26 Feb 07 jari 384     public void setNonZero(boolean state) {this.isNonZero = state;}
2 26 Feb 07 jari 385     
2 26 Feb 07 jari 386     //pcahan, to implement ISlideDataElement changes for Affy
2 26 Feb 07 jari 387     public void setDetection(String value){}
2 26 Feb 07 jari 388     public String getDetection(){
2 26 Feb 07 jari 389         return "";
2 26 Feb 07 jari 390 }
2 26 Feb 07 jari 391     
2 26 Feb 07 jari 392     //wwang add p-value for affy
2 26 Feb 07 jari 393     public void setPvalue(float value){
2 26 Feb 07 jari 394       pvalue=value;
2 26 Feb 07 jari 395       }
2 26 Feb 07 jari 396     
2 26 Feb 07 jari 397     public float getPvalue(){
2 26 Feb 07 jari 398       return pvalue;
2 26 Feb 07 jari 399     }
2 26 Feb 07 jari 400     public void setGenePixFlags(int value){
2 26 Feb 07 jari 401       flags=value;
2 26 Feb 07 jari 402       }
2 26 Feb 07 jari 403     
2 26 Feb 07 jari 404     public int getGenePixFlags(){
2 26 Feb 07 jari 405       return flags;
2 26 Feb 07 jari 406     }
2 26 Feb 07 jari 407     
2 26 Feb 07 jari 408     /**
2 26 Feb 07 jari 409      * Returns the non-zero flag.
2 26 Feb 07 jari 410      */
2 26 Feb 07 jari 411     public boolean isNonZero() {return this.isNonZero;}
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413     /**
2 26 Feb 07 jari 414      * Sets the isNull flag.
2 26 Feb 07 jari 415      */
2 26 Feb 07 jari 416     public void setIsNull(boolean state) {this.isNull = state;}
2 26 Feb 07 jari 417     
2 26 Feb 07 jari 418     /**
2 26 Feb 07 jari 419      * Returns the isNull flag.
2 26 Feb 07 jari 420      */
2 26 Feb 07 jari 421     public boolean getIsNull() {return this.isNull;}
2 26 Feb 07 jari 422     
2 26 Feb 07 jari 423     /**
2 26 Feb 07 jari 424      * @return true, if spot contains no zero intensities.
2 26 Feb 07 jari 425      */
2 26 Feb 07 jari 426     public boolean hasNoZeros() {
2 26 Feb 07 jari 427         if ((getTrueIntensity(CY3) != 0) && (getTrueIntensity(CY5) != 0)) return true;
2 26 Feb 07 jari 428         else return false;
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430     
2 26 Feb 07 jari 431     public String getAttributeString(int number) {
2 26 Feb 07 jari 432         String retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 433         int coordinatePairs = TMEV.getCoordinatePairCount() * 2; //Did you see the (* 2)?
2 26 Feb 07 jari 434         int intensities = TMEV.getIntensityCount();
2 26 Feb 07 jari 435         int extraFields = this.extraFields.length;
2 26 Feb 07 jari 436         
2 26 Feb 07 jari 437         if (number < coordinatePairs) {
2 26 Feb 07 jari 438             if (number % 2 == 0)
2 26 Feb 07 jari 439                 retVal = String.valueOf(rows[number/2]);
2 26 Feb 07 jari 440             else
2 26 Feb 07 jari 441                 retVal = String.valueOf(columns[(number+1)/2]);
2 26 Feb 07 jari 442         } else if (number < coordinatePairs + intensities) {
2 26 Feb 07 jari 443             retVal = String.valueOf(currentIntensity[number - (coordinatePairs)]);
2 26 Feb 07 jari 444         } else if (number < coordinatePairs + intensities + extraFields) {
2 26 Feb 07 jari 445             retVal = getFieldAt(number - (coordinatePairs + intensities));
2 26 Feb 07 jari 446         } else retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 447         return retVal;
2 26 Feb 07 jari 448     }
2 26 Feb 07 jari 449     
2 26 Feb 07 jari 450     /**
2 26 Feb 07 jari 451      * Returns a description by specified index. Or empty string if feild index
2 26 Feb 07 jari 452      * does not exist
2 26 Feb 07 jari 453      */
2 26 Feb 07 jari 454     public String getFieldAt(int index) {
2 26 Feb 07 jari 455         if(extraFields == null || index < 0 || index > (extraFields.length - 1)) {
2 26 Feb 07 jari 456             return "";
2 26 Feb 07 jari 457         }
2 26 Feb 07 jari 458         return extraFields[index];
2 26 Feb 07 jari 459     }
2 26 Feb 07 jari 460     
2 26 Feb 07 jari 461     /**
2 26 Feb 07 jari 462      * Returns clone on this element.
2 26 Feb 07 jari 463      */
2 26 Feb 07 jari 464     public ISlideDataElement copy() {
2 26 Feb 07 jari 465         return new SlideDataElement(this);
2 26 Feb 07 jari 466     }
2 26 Feb 07 jari 467     
2 26 Feb 07 jari 468     public String toString() {
2 26 Feb 07 jari 469         return "SDE " + getRow(BASE) + ", " + getColumn(BASE);
2 26 Feb 07 jari 470     }
2 26 Feb 07 jari 471     
2 26 Feb 07 jari 472     /** Sets the UID field
2 26 Feb 07 jari 473      */
2 26 Feb 07 jari 474     public void setUID(String uid) {
2 26 Feb 07 jari 475         this.UID = uid;
2 26 Feb 07 jari 476     }
2 26 Feb 07 jari 477     
2 26 Feb 07 jari 478     /** Returns the UID field
2 26 Feb 07 jari 479      */
2 26 Feb 07 jari 480     public String getUID() {
2 26 Feb 07 jari 481         return this.UID;
2 26 Feb 07 jari 482     }
2 26 Feb 07 jari 483     
2 26 Feb 07 jari 484 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)