mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/TMEV.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7 24 Aug 07 jari 1 // $Id$
7 24 Aug 07 jari 2
2 26 Feb 07 jari 3 /*
2 26 Feb 07 jari 4 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 5 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 6 */
2 26 Feb 07 jari 7 /*
2 26 Feb 07 jari 8  * $RCSfile: TMEV.java,v $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Revision: 1.18 $
2 26 Feb 07 jari 10  * $Date: 2006/08/22 17:50:47 $
2 26 Feb 07 jari 11  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 12  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 13  */
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 package org.tigr.microarray.mev;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.io.BufferedWriter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.io.FileInputStream;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.io.FileNotFoundException;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.io.FileReader;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.FileWriter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.InputStream;
7 24 Aug 07 jari 26 import java.io.InputStreamReader;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.net.URL;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.sql.Connection;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.sql.DriverManager;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmFactory;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IGUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.util.ConfMap;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.util.awt.ImageScreen;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42 public class TMEV {
2 26 Feb 07 jari 43     public final static String VERSION = "4.0.01";
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     public final static int SYSTEM = 1000;
2 26 Feb 07 jari 46     public final static int DB_AVAILABLE = 1001;
2 26 Feb 07 jari 47     public final static int DB_LOGIN = 1002;
2 26 Feb 07 jari 48     public final static int DATA_AVAILABLE = 1003;
2 26 Feb 07 jari 49     public final static int SPOTFIRE_AVAILABLE = 1004;
2 26 Feb 07 jari 50     public final static int DATA_TYPE_TWO_DYE = 1;
2 26 Feb 07 jari 51     public final static int DATA_TYPE_AFFY = 2;
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     public final static int ANALYSIS_LOADED = 101;
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     //public final static String TMP_FOLDER_NAME = "mev_saved_state_tmp";
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     private static Connection connection;
2 26 Feb 07 jari 58     private static Hashtable properties;
2 26 Feb 07 jari 59     private static AlgorithmFactory algorithmFactory;
2 26 Feb 07 jari 60     private static IGUIFactory guiFactory;
2 26 Feb 07 jari 61     private static int coordinatePairCount;
2 26 Feb 07 jari 62     private static int intensityCount;
2 26 Feb 07 jari 63     private static int headerRowCount;
2 26 Feb 07 jari 64     private static int headerColumnCount;
2 26 Feb 07 jari 65     private static int uniqueIDIndex;
2 26 Feb 07 jari 66     private static int nameIndex;
2 26 Feb 07 jari 67     //FL
2 26 Feb 07 jari 68     private static boolean indicesAdjusted = false;
2 26 Feb 07 jari 69 //    private static String[] fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 70     private static String[] databases;
2 26 Feb 07 jari 71     private static int[] customerAnalysis=null;
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     //Prompt user to save analysis on close
2 26 Feb 07 jari 74     public static boolean permitSavePrompt = true;
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     //Initial data path
2 26 Feb 07 jari 77     private static String dataPath;
2 26 Feb 07 jari 78     private static int flag=0;
2 26 Feb 07 jari 79     // pcahan                       jcb:constant
2 26 Feb 07 jari 80     private static int dataType = DATA_TYPE_TWO_DYE;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     //OS string
2 26 Feb 07 jari 83     private static String os = "";
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     //signals active save in progress
2 26 Feb 07 jari 86     public static boolean activeSave = false;
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     //added for Rama (vu 2005.08.24)
2 26 Feb 07 jari 89     public static String rPath = "127.0.0.1:6311";
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 93      * Nov 07, 2005
2 26 Feb 07 jari 94      * CGH default Values
2 26 Feb 07 jari 95      */
2 26 Feb 07 jari 96     public static boolean cloneDistributionsLogState = true;
2 26 Feb 07 jari 97     public static int browserDefaultDyeSwapValue = 1;
2 26 Feb 07 jari 98     public static int browserDefaultNoDyeSwapValue = 5;
2 26 Feb 07 jari 99     public static int defaultCloneValue = 1;
2 26 Feb 07 jari 100     public static int defaultFlankingRegionValue = 0;
2 26 Feb 07 jari 101     public static final int CGH_SPECIES_HS = 0;
2 26 Feb 07 jari 102     public static final int CGH_SPECIES_MM = 1;
2 26 Feb 07 jari 103     public static final int CGH_SPECIES_Undef = -100;
2 26 Feb 07 jari 104     
7 24 Aug 07 jari 105     public static int BASE_column;
7 24 Aug 07 jari 106     public static String BASE_download_url;
7 24 Aug 07 jari 107     public static int BASE_row;
7 24 Aug 07 jari 108
2 26 Feb 07 jari 109     public static void main(String[] args) {
2 26 Feb 07 jari 110         try {
2 26 Feb 07 jari 111             System.out.println("MultiExperimentViewer - version "+TMEV.VERSION+" - " + System.getProperty("os.name"));
2 26 Feb 07 jari 112             String Java3DTitle, Java3DVendor, Java3DVersion;
2 26 Feb 07 jari 113             try {
2 26 Feb 07 jari 114                 InformationPanel info = new InformationPanel();
2 26 Feb 07 jari 115                 Java3DTitle = info.getJava3DRunTimeEnvironment();
2 26 Feb 07 jari 116                 Java3DVendor = info.getJava3DVendor();
2 26 Feb 07 jari 117                 Java3DVersion = info.getJava3DVersion();
2 26 Feb 07 jari 118             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 119                 Java3DTitle="not installed";
2 26 Feb 07 jari 120                 Java3DVendor="not available";
2 26 Feb 07 jari 121                 Java3DVersion="not available";
2 26 Feb 07 jari 122             }
2 26 Feb 07 jari 123             
2 26 Feb 07 jari 124             os = System.getProperty("os.name");
2 26 Feb 07 jari 125             
2 26 Feb 07 jari 126             //System.out.println(System.currentTimeMillis());
7 24 Aug 07 jari 127
7 24 Aug 07 jari 128             // This should be more robust ... error checking
7 24 Aug 07 jari 129             for (int i=0; i<args.length; ++i) {
7 24 Aug 07 jari 130               String[] bits=args[i].split("\\s",2);
7 24 Aug 07 jari 131               if (bits[0].equals("-download_url")) {
7 24 Aug 07 jari 132                 BASE_download_url=bits[1];
7 24 Aug 07 jari 133               }
7 24 Aug 07 jari 134               else if (bits[0].equals("-row")) {
7 24 Aug 07 jari 135                 BASE_row=Integer.parseInt(bits[1]);
7 24 Aug 07 jari 136               }
7 24 Aug 07 jari 137               else if (bits[0].equals("-column")) {
7 24 Aug 07 jari 138                 BASE_column=Integer.parseInt(bits[1]);
7 24 Aug 07 jari 139               }
7 24 Aug 07 jari 140             }
7 24 Aug 07 jari 141
2 26 Feb 07 jari 142             System.out.println("Java Runtime Environment version: "+System.getProperty("java.version"));
2 26 Feb 07 jari 143             System.out.println("Java Runtime Environment vendor: "+System.getProperty("java.vendor"));
2 26 Feb 07 jari 144             System.out.println("Java Virtual Machine name: "+System.getProperty("java.vm.name"));
2 26 Feb 07 jari 145             System.out.println("Java Virtual Machine version: "+System.getProperty("java.vm.version"));
2 26 Feb 07 jari 146             System.out.println("Java Virtual Machine vendor: "+System.getProperty("java.vm.vendor"));
2 26 Feb 07 jari 147             System.out.println("Java 3D Runtime Environment: "+Java3DTitle);
2 26 Feb 07 jari 148             System.out.println("Java 3D Runtime Environment vendor: "+Java3DVendor);
2 26 Feb 07 jari 149             System.out.println("Java 3D Runtime Environment version:"+Java3DVersion);
2 26 Feb 07 jari 150             System.out.println("Operating System name: "+os);
2 26 Feb 07 jari 151             System.out.println("Operating System version: "+System.getProperty("os.version"));
2 26 Feb 07 jari 152             System.out.println("Operating System architecture: "+System.getProperty("os.arch"));
2 26 Feb 07 jari 153             
2 26 Feb 07 jari 154             configure();
2 26 Feb 07 jari 155             ImageScreen is = new ImageScreen();
2 26 Feb 07 jari 156             is.showImageScreen(1500);
2 26 Feb 07 jari 157             
2 26 Feb 07 jari 158             Manager manager = new Manager();
2 26 Feb 07 jari 159             
2 26 Feb 07 jari 160             //default Mac Aqua L+F is not serializable, therefore use Java Metal L+F for Mac OS
2 26 Feb 07 jari 161             if (os.indexOf("Apple") != -1 || os.indexOf("Mac") != -1 ) {
2 26 Feb 07 jari 162                 manager.setLookAndFeel(UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName());
2 26 Feb 07 jari 163             }
2 26 Feb 07 jari 164             
2 26 Feb 07 jari 165             Manager.createNewMultipleArrayViewer();
2 26 Feb 07 jari 166                     
2 26 Feb 07 jari 167         }
2 26 Feb 07 jari 168         catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 169             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 170         }
2 26 Feb 07 jari 171     }
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173     public static boolean readPreferencesFile(File inputFile) {
2 26 Feb 07 jari 174         BufferedReader reader = null;
2 26 Feb 07 jari 175         boolean returnValue = true;
2 26 Feb 07 jari 176         
2 26 Feb 07 jari 177         try {
2 26 Feb 07 jari 178             reader = new BufferedReader(new FileReader(inputFile));
2 26 Feb 07 jari 179         } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 180             ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 181             returnValue = false;
2 26 Feb 07 jari 182         }
2 26 Feb 07 jari 183         StringTokenizer ss;
2 26 Feb 07 jari 184         try {
2 26 Feb 07 jari 185             String currentLine, key;
2 26 Feb 07 jari 186             TMEV.properties = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 187             
2 26 Feb 07 jari 188             //FL
2 26 Feb 07 jari 189             indicesAdjusted = false;
2 26 Feb 07 jari 190             
2 26 Feb 07 jari 191             while ((currentLine = reader.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 192                 currentLine.trim();
2 26 Feb 07 jari 193                 if (!(currentLine.startsWith("//") || (currentLine.length() == 0))) {
2 26 Feb 07 jari 194                     ss = new StringTokenizer(currentLine, "\t");
2 26 Feb 07 jari 195                     key = ss.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 196                     if (ss.hasMoreTokens()) properties.put(key, ss.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 197                     else properties.put(key, new String(""));
2 26 Feb 07 jari 198                 }
2 26 Feb 07 jari 199             }
2 26 Feb 07 jari 200         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 201             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 202         }
2 26 Feb 07 jari 203         try {
2 26 Feb 07 jari 204             String elementInfo = TMEV.getSettingForOption("Element Info");
2 26 Feb 07 jari 205             ss = new StringTokenizer(elementInfo, ":");
2 26 Feb 07 jari 206             coordinatePairCount = Integer.parseInt(ss.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 207             intensityCount = Integer.parseInt(ss.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 208             
2 26 Feb 07 jari 209             String headerInfo = TMEV.getSettingForOption("Headers");
2 26 Feb 07 jari 210             ss = new StringTokenizer(headerInfo, ":");
2 26 Feb 07 jari 211             headerRowCount = Integer.parseInt(ss.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 212             headerColumnCount = Integer.parseInt(ss.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 213             
2 26 Feb 07 jari 214             String uniqueIDString = TMEV.getSettingForOption("Unique ID");
2 26 Feb 07 jari 215             uniqueIDIndex = Integer.parseInt(uniqueIDString);
2 26 Feb 07 jari 216             
2 26 Feb 07 jari 217             String nameString = TMEV.getSettingForOption("Spot Name");
2 26 Feb 07 jari 218             nameIndex = Integer.parseInt(nameString);
2 26 Feb 07 jari 219             
2 26 Feb 07 jari 220             String dbs = TMEV.getSettingForOption("Database Names");
2 26 Feb 07 jari 221             ss = new StringTokenizer(dbs, ":");
2 26 Feb 07 jari 222             TMEV.databases = new String[ss.countTokens()];
2 26 Feb 07 jari 223             for (int i = 0; ss.hasMoreTokens(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 224                 TMEV.databases[i] = ss.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 225             }
2 26 Feb 07 jari 226 /* EH removed fieldnames from TMEV because they belong in SlideData            
2 26 Feb 07 jari 227             String additionalFields = TMEV.getSettingForOption("Additional Fields");
2 26 Feb 07 jari 228             ss = new StringTokenizer(additionalFields, ":");
2 26 Feb 07 jari 229             if (ss.countTokens() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 230                 TMEV.fieldNames = new String[ss.countTokens()];
2 26 Feb 07 jari 231                 for (int i = 0; ss.hasMoreTokens(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 232                     TMEV.fieldNames[i] = ss.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 233                 }
2 26 Feb 07 jari 234             } else TMEV.fieldNames = null;
2 26 Feb 07 jari 235 */
2 26 Feb 07 jari 236         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 237             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 238             returnValue = false;
2 26 Feb 07 jari 239         }
2 26 Feb 07 jari 240         return returnValue;
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242     
2 26 Feb 07 jari 243     public static String getSettingForOption(String option) {
2 26 Feb 07 jari 244         String setting = "";
2 26 Feb 07 jari 245         try {
2 26 Feb 07 jari 246             setting = (String) properties.get(option);
2 26 Feb 07 jari 247         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 248             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 249         }
2 26 Feb 07 jari 250         return setting;
2 26 Feb 07 jari 251     }
2 26 Feb 07 jari 252     
2 26 Feb 07 jari 253     /*
2 26 Feb 07 jari 254     public static boolean connect(String username, String password) {
2 26 Feb 07 jari 255         try {
2 26 Feb 07 jari 256             Class.forName("com.sybase.jdbc2.jdbc.SybDriver");
2 26 Feb 07 jari 257             String server = new String(getSettingForOption("Database Server Name"));
2 26 Feb 07 jari 258             Properties connectionProperties = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 259      
2 26 Feb 07 jari 260             connectionProperties.put("user", username);
2 26 Feb 07 jari 261             connectionProperties.put("password", password);
2 26 Feb 07 jari 262             connectionProperties.put("APPLICATIONNAME", "TIGR MultiExperimentViewer");
2 26 Feb 07 jari 263      
2 26 Feb 07 jari 264             DriverManager.setLoginTimeout(2200);
2 26 Feb 07 jari 265             TMEV.connection = DriverManager.getConnection(server, connectionProperties);
2 26 Feb 07 jari 266             return true;
2 26 Feb 07 jari 267         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 268             System.out.println("Exception (TMEV.connect()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 269             return false;
2 26 Feb 07 jari 270         }
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272      */
2 26 Feb 07 jari 273     
2 26 Feb 07 jari 274         /*
2 26 Feb 07 jari 275          * This code was modified by Jim Johnson with other changes to enable
2 26 Feb 07 jari 276          * Java Web Start
2 26 Feb 07 jari 277          */
2 26 Feb 07 jari 278     public static boolean connect(String username, String password) {
2 26 Feb 07 jari 279         try {
2 26 Feb 07 jari 280             System.err.println("jdbc.drivers " + System.getProperty("jdbc.drivers"));
2 26 Feb 07 jari 281             for (Enumeration en = DriverManager.getDrivers();en.hasMoreElements();) {
2 26 Feb 07 jari 282                 System.err.println("jdbc.driver " + en.nextElement());
2 26 Feb 07 jari 283             }
2 26 Feb 07 jari 284             String drivers = System.getProperty("jdbc.drivers");
2 26 Feb 07 jari 285             if (drivers != null) {
2 26 Feb 07 jari 286                 for (StringTokenizer st = new StringTokenizer(drivers,":"); st.hasMoreTokens();) {
2 26 Feb 07 jari 287                     try {
2 26 Feb 07 jari 288                         Class.forName(st.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 289                     } catch (Exception ex) {
2 26 Feb 07 jari 290                     }
2 26 Feb 07 jari 291                 }
2 26 Feb 07 jari 292             }
2 26 Feb 07 jari 293             //Class.forName("com.sybase.jdbc2.jdbc.SybDriver");
2 26 Feb 07 jari 294             String server = new String(getSettingForOption("Database Server Name"));
2 26 Feb 07 jari 295             Properties connectionProperties = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 296             
2 26 Feb 07 jari 297             connectionProperties.put("user", username);
2 26 Feb 07 jari 298             connectionProperties.put("password", password);
2 26 Feb 07 jari 299             connectionProperties.put("APPLICATIONNAME", "TIGR MultiExperimentViewer");
2 26 Feb 07 jari 300             
2 26 Feb 07 jari 301             DriverManager.setLoginTimeout(2200);
2 26 Feb 07 jari 302             TMEV.connection = DriverManager.getConnection(server, connectionProperties);
2 26 Feb 07 jari 303             return true;
2 26 Feb 07 jari 304         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 305             System.out.println("Exception (TMEV.connect()): " + e);
2 26 Feb 07 jari 306             return false;
2 26 Feb 07 jari 307         }
2 26 Feb 07 jari 308     }
2 26 Feb 07 jari 309     
2 26 Feb 07 jari 310     
2 26 Feb 07 jari 311     public static int getCoordinatePairCount() {return TMEV.coordinatePairCount;}
2 26 Feb 07 jari 312     public static int getIntensityCount() {return TMEV.intensityCount;}
2 26 Feb 07 jari 313     public static int getHeaderRowCount() {return TMEV.headerRowCount;}
2 26 Feb 07 jari 314     public static int getHeaderColumnCount() {return TMEV.headerColumnCount;}
2 26 Feb 07 jari 315 /* EH removed fieldNames from TMEV because they belong in SlideData
2 26 Feb 07 jari 316     public static String[] getFieldNames() {
2 26 Feb 07 jari 317         if(TMEV.fieldNames == null)
2 26 Feb 07 jari 318             return new String[0];
2 26 Feb 07 jari 319         return TMEV.fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 320     }
2 26 Feb 07 jari 321 */    
2 26 Feb 07 jari 322     //wwang for customer icon
2 26 Feb 07 jari 323     //get initial algorithm list from file tmev.cfg
2 26 Feb 07 jari 324     public static int[] getCustomerAnalysis() {
2 26 Feb 07 jari 325      String text = new String("");          
2 26 Feb 07 jari 326        boolean haveCustomTag = false;
2 26 Feb 07 jari 327      String lineSep = System.getProperty("line.separator");
2 26 Feb 07 jari 328        try {
7 24 Aug 07 jari 329            BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new InputStreamReader(TMEV.getConfigInputStream()));
2 26 Feb 07 jari 330            String line;
2 26 Feb 07 jari 331            while((line = br.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 332                if(line.indexOf("algorithm-list") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 333                    haveCustomTag=true;
2 26 Feb 07 jari 334                    line = line.substring(15);
2 26 Feb 07 jari 335                    if(TMEV.customerAnalysis==null)
2 26 Feb 07 jari 336                      TMEV.initCustomerAnalysis(line.length());
2 26 Feb 07 jari 337                    for(int i=0;i<line.length();i++){
2 26 Feb 07 jari 338                    int m=(new Integer(line.substring(i,i+1))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 339                    TMEV.customerAnalysis[i]=m;
2 26 Feb 07 jari 340                    }
2 26 Feb 07 jari 341                      
2 26 Feb 07 jari 342                }
2 26 Feb 07 jari 343                text += line+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 344            }
2 26 Feb 07 jari 345            br.close();
2 26 Feb 07 jari 346            if(!haveCustomTag){
2 26 Feb 07 jari 347                text +="algorithm-list 1";
2 26 Feb 07 jari 348                BufferedWriter bw = new java.io.BufferedWriter(new FileWriter(TMEV.getFile("config/tmev.cfg")));
2 26 Feb 07 jari 349                bw.write(text);
2 26 Feb 07 jari 350                bw.flush();
2 26 Feb 07 jari 351                bw.close();
2 26 Feb 07 jari 352                if(TMEV.customerAnalysis==null)
2 26 Feb 07 jari 353                  TMEV.initCustomerAnalysis(1);
2 26 Feb 07 jari 354                TMEV.customerAnalysis[0]=1;
2 26 Feb 07 jari 355            }
2 26 Feb 07 jari 356        } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 357          System.out.print("File tmev.cfg not found");
2 26 Feb 07 jari 358        }
2 26 Feb 07 jari 359      return TMEV.customerAnalysis;
2 26 Feb 07 jari 360     }
2 26 Feb 07 jari 361     
2 26 Feb 07 jari 362    public static String getCustomerAnalysisList() {
2 26 Feb 07 jari 363        String list="";
2 26 Feb 07 jari 364      for(int i=0;i<TMEV.customerAnalysis.length;i++)
2 26 Feb 07 jari 365        list=list+TMEV.customerAnalysis[i];
2 26 Feb 07 jari 366      return list;
2 26 Feb 07 jari 367    }
2 26 Feb 07 jari 368    
2 26 Feb 07 jari 369    public static boolean validCustomerAnalysis() {
2 26 Feb 07 jari 370      int count=TMEV.customerAnalysis.length;
2 26 Feb 07 jari 371      for(int i=0;i<count;i++){
2 26 Feb 07 jari 372        if(TMEV.customerAnalysis[i]==1)
2 26 Feb 07 jari 373          return true;
2 26 Feb 07 jari 374      }
2 26 Feb 07 jari 375      return false;
2 26 Feb 07 jari 376    }
2 26 Feb 07 jari 377    
2 26 Feb 07 jari 378    public static void initCustomerAnalysis(int total){
2 26 Feb 07 jari 379        TMEV.customerAnalysis=new int[total];
2 26 Feb 07 jari 380        for(int i=0;i<total;i++)
2 26 Feb 07 jari 381          TMEV.customerAnalysis[i]=1;
2 26 Feb 07 jari 382      }
2 26 Feb 07 jari 383      
2 26 Feb 07 jari 384   
2 26 Feb 07 jari 385         
2 26 Feb 07 jari 386    public static void setCustomerAnalysis(int total,int index,int tag) {
2 26 Feb 07 jari 387          TMEV.customerAnalysis[index]=tag;
2 26 Feb 07 jari 388    }
2 26 Feb 07 jari 389    
2 26 Feb 07 jari 390    public static void setCustomerStatSave(){
2 26 Feb 07 jari 391      String lineSep = System.getProperty("line.separator");
2 26 Feb 07 jari 392        if(lineSep == null)
2 26 Feb 07 jari 393            lineSep = "\n";
2 26 Feb 07 jari 394        String text = new String("");
2 26 Feb 07 jari 395        try {
7 24 Aug 07 jari 396            BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new InputStreamReader(TMEV.getConfigInputStream()));
2 26 Feb 07 jari 397            String line;
2 26 Feb 07 jari 398            while((line = br.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 399                if(line.indexOf("algorithm-list") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 400                    line = line.substring(0, line.lastIndexOf(" "));
2 26 Feb 07 jari 401                    line += " "+TMEV.getCustomerAnalysisList();
2 26 Feb 07 jari 402                }
2 26 Feb 07 jari 403                text += line+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 404            }
2 26 Feb 07 jari 405            
2 26 Feb 07 jari 406            br.close();
2 26 Feb 07 jari 407      
7 24 Aug 07 jari 408            BufferedWriter bw = new java.io.BufferedWriter(new FileWriter(TMEV.getFile("config/tmev.cfg")));
2 26 Feb 07 jari 409            bw.write(text);
2 26 Feb 07 jari 410            bw.flush();
2 26 Feb 07 jari 411            bw.close();
2 26 Feb 07 jari 412        } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 413          System.out.print("File tmev.cfg not found");
2 26 Feb 07 jari 414        }
2 26 Feb 07 jari 415    }
2 26 Feb 07 jari 416    
2 26 Feb 07 jari 417     public static String[] getDatabases() {return TMEV.databases;}
2 26 Feb 07 jari 418     public static int getUniqueIDIndex() {return TMEV.uniqueIDIndex;}
2 26 Feb 07 jari 419     public static int getNameIndex() {return TMEV.nameIndex;}
2 26 Feb 07 jari 420     public static Connection getConnection() {return TMEV.connection;}
2 26 Feb 07 jari 421     //pcahan
2 26 Feb 07 jari 422     public static int getDataType() {return TMEV.dataType; }
2 26 Feb 07 jari 423     //set method for use with SuperLoader
2 26 Feb 07 jari 424     public static void setDataType(int dataType){ TMEV.dataType = dataType; }
2 26 Feb 07 jari 425     public static void setIndicesAdjusted(boolean state) {TMEV.indicesAdjusted = state;}
2 26 Feb 07 jari 426     public static boolean indicesAdjusted() {return TMEV.indicesAdjusted;}
2 26 Feb 07 jari 427     public static void setUniqueIDIndex(int index) {
2 26 Feb 07 jari 428         TMEV.uniqueIDIndex = (index < 0) ? 0 : index;
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430     
2 26 Feb 07 jari 431     //TODO maybe this should be moved to IData?
2 26 Feb 07 jari 432     public static void setNameIndex(int index) {
2 26 Feb 07 jari 433         TMEV.nameIndex = (index < 0) ? 0 : index;
2 26 Feb 07 jari 434     }
2 26 Feb 07 jari 435 /* EH removed fieldNames from TMEV because they belong in SlideData    
2 26 Feb 07 jari 436     public static void setFieldNames(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 437         TMEV.fieldNames = fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 438     }
2 26 Feb 07 jari 439    
2 26 Feb 07 jari 440     public static void appendFieldNames(String [] fieldNames){
2 26 Feb 07 jari 441         if(TMEV.fieldNames == null || fieldNames == null)  //trying to set to null or initial set
2 26 Feb 07 jari 442             TMEV.fieldNames = fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 443         else {                  //names exist and new names exist, APPEND (ie. mev format, extra ann load)
2 26 Feb 07 jari 444             String [] newNames = new String[TMEV.fieldNames.length+fieldNames.length];
2 26 Feb 07 jari 445             System.arraycopy(TMEV.fieldNames, 0, newNames, 0, TMEV.fieldNames.length);
2 26 Feb 07 jari 446             System.arraycopy(fieldNames, 0, newNames, TMEV.fieldNames.length, fieldNames.length);
2 26 Feb 07 jari 447             TMEV.fieldNames = newNames;
2 26 Feb 07 jari 448         }
2 26 Feb 07 jari 449     }
2 26 Feb 07 jari 450     
2 26 Feb 07 jari 451     public static void clearFieldNames(){
2 26 Feb 07 jari 452         TMEV.fieldNames = null;
2 26 Feb 07 jari 453     }
2 26 Feb 07 jari 454 */     
2 26 Feb 07 jari 455     public static void setPermitPrompt(boolean permitPrompt) {
2 26 Feb 07 jari 456         boolean havePromptTag = false;
2 26 Feb 07 jari 457         
2 26 Feb 07 jari 458         if(TMEV.permitSavePrompt != permitPrompt) {
2 26 Feb 07 jari 459             String value = String.valueOf(permitPrompt);
2 26 Feb 07 jari 460             String lineSep = System.getProperty("line.separator");
2 26 Feb 07 jari 461             if(lineSep == null)
2 26 Feb 07 jari 462                 lineSep = "\n";
2 26 Feb 07 jari 463             String fileName = "tmev.cfg";
2 26 Feb 07 jari 464             String text = new String("");
2 26 Feb 07 jari 465             
2 26 Feb 07 jari 466             try {
7 24 Aug 07 jari 467                 BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new InputStreamReader(TMEV.getConfigInputStream()));
2 26 Feb 07 jari 468                 String line;
2 26 Feb 07 jari 469                 while((line = br.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 470                     if(line.indexOf("prompt-for-save") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 471                         havePromptTag = true;
2 26 Feb 07 jari 472                         line = line.substring(0, line.lastIndexOf(" "));
2 26 Feb 07 jari 473                         line += " "+value;
2 26 Feb 07 jari 474                     }
2 26 Feb 07 jari 475                     text += line+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 476                 }
2 26 Feb 07 jari 477                 
2 26 Feb 07 jari 478                 if(!havePromptTag){
2 26 Feb 07 jari 479                     text += lineSep+"# Prompt save state"+lineSep+"prompt-for-save "+String.valueOf(permitPrompt);
2 26 Feb 07 jari 480                 }
2 26 Feb 07 jari 481                 
2 26 Feb 07 jari 482                 br.close();
2 26 Feb 07 jari 483                 
2 26 Feb 07 jari 484                 BufferedWriter bw = new java.io.BufferedWriter(new FileWriter(fileName));
2 26 Feb 07 jari 485                 bw.write(text);
2 26 Feb 07 jari 486                 bw.flush();
2 26 Feb 07 jari 487                 bw.close();
2 26 Feb 07 jari 488             } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 489                 //no update to config file
2 26 Feb 07 jari 490             }
2 26 Feb 07 jari 491             TMEV.permitSavePrompt = permitPrompt;
2 26 Feb 07 jari 492         }
2 26 Feb 07 jari 493     }
2 26 Feb 07 jari 494     
2 26 Feb 07 jari 495  /*   public static void configure() {
2 26 Feb 07 jari 496         String filename = "tmev.cfg";
2 26 Feb 07 jari 497         ConfMap cfg = new ConfMap();
2 26 Feb 07 jari 498         try {
2 26 Feb 07 jari 499             cfg.load( new FileInputStream(filename));
2 26 Feb 07 jari 500   
2 26 Feb 07 jari 501             String guiFactoryClassName = cfg.getString("gui.factory.class");
2 26 Feb 07 jari 502             if (guiFactoryClassName != null && !guiFactoryClassName.equals("null")) {
2 26 Feb 07 jari 503                 Class clazz = Class.forName(guiFactoryClassName);
2 26 Feb 07 jari 504                 guiFactory = (IGUIFactory)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 505             } else {
2 26 Feb 07 jari 506                 throw new Exception("GUI factory class name not found, check the 'gui.factory.class' key in "+filename+" file.");
2 26 Feb 07 jari 507             }
2 26 Feb 07 jari 508             algorithmFactory = new TMEVAlgorithmFactory(cfg);
2 26 Feb 07 jari 509         } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 510             System.out.println("Error to load configuration file.");
2 26 Feb 07 jari 511             ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 512         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 513             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 514         }
2 26 Feb 07 jari 515     }
2 26 Feb 07 jari 516   */
2 26 Feb 07 jari 517     /*
2 26 Feb 07 jari 518      * This code was modified by Jim Johnson with other changes to enable
2 26 Feb 07 jari 519      * Java Web Start
2 26 Feb 07 jari 520      */
2 26 Feb 07 jari 521     public static void configure() {
7 24 Aug 07 jari 522         String filename = "org/tigr/config/tmev.cfg";
2 26 Feb 07 jari 523         ConfMap cfg = new ConfMap();
2 26 Feb 07 jari 524         try {
2 26 Feb 07 jari 525             // Try reading configuration from resource
2 26 Feb 07 jari 526             try {
2 26 Feb 07 jari 527                 InputStream is = TMEV.class.getClassLoader().getResourceAsStream(filename);
2 26 Feb 07 jari 528                 
2 26 Feb 07 jari 529                 if (is != null) {
2 26 Feb 07 jari 530                     cfg.load(is);
2 26 Feb 07 jari 531                 }
2 26 Feb 07 jari 532             } catch (SecurityException se) {
2 26 Feb 07 jari 533                 System.out.println("resource configuration file " + se);
2 26 Feb 07 jari 534             } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 535                 System.out.println("Error to load configuration file.");
2 26 Feb 07 jari 536                 ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 537             }
2 26 Feb 07 jari 538             // Try reading configuration from local file
2 26 Feb 07 jari 539             try {
2 26 Feb 07 jari 540                 cfg.load( new FileInputStream(filename) );
2 26 Feb 07 jari 541             } catch (FileNotFoundException fnfe) {
2 26 Feb 07 jari 542                 System.out.println("local configuration file " + fnfe);
2 26 Feb 07 jari 543             } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 544                 System.out.println("Error to load configuration file.");
2 26 Feb 07 jari 545                 ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 546             }
2 26 Feb 07 jari 547             
2 26 Feb 07 jari 548             //
2 26 Feb 07 jari 549             String guiFactoryClassName = cfg.getString("gui.factory.class");
2 26 Feb 07 jari 550            
2 26 Feb 07 jari 551             if (guiFactoryClassName != null && !guiFactoryClassName.equals("null")) {
2 26 Feb 07 jari 552                 Class clazz = Class.forName(guiFactoryClassName);
2 26 Feb 07 jari 553                 guiFactory = (IGUIFactory)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 554             } else {
2 26 Feb 07 jari 555                 throw new Exception("GUI factory class name not found, check the 'gui.factory.class' key in "+filename+" file.");
2 26 Feb 07 jari 556             }
2 26 Feb 07 jari 557             algorithmFactory = new TMEVAlgorithmFactory(cfg);
2 26 Feb 07 jari 558             
2 26 Feb 07 jari 559             TMEV.permitSavePrompt = cfg.getBoolean("prompt-for-save", true);
2 26 Feb 07 jari 560             String path = cfg.getProperty("current-data-path");
2 26 Feb 07 jari 561             
2 26 Feb 07 jari 562             if(path != null) {
2 26 Feb 07 jari 563                 String sep = System.getProperty("file.separator");
2 26 Feb 07 jari 564                 StringTokenizer stok = new StringTokenizer(path, "/");
2 26 Feb 07 jari 565                 path = new String();
2 26 Feb 07 jari 566                 while(stok.hasMoreTokens())
2 26 Feb 07 jari 567                     path += stok.nextToken()+sep;
2 26 Feb 07 jari 568                 TMEV.dataPath = path;
2 26 Feb 07 jari 569                 
2 26 Feb 07 jari 570                 //Mac/Linux needs to start with a /  vu4.8.05
2 26 Feb 07 jari 571                 if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac")) {
2 26 Feb 07 jari 572                     //TMEV.dataPath = sep + path;
2 26 Feb 07 jari 573                 }
2 26 Feb 07 jari 574             }
2 26 Feb 07 jari 575             
2 26 Feb 07 jari 576             //read the Rserve connection path
2 26 Feb 07 jari 577             String sPath = cfg.getString( "rserve-path" );
2 26 Feb 07 jari 578             if( sPath != null && ! sPath.equals("") ) {
2 26 Feb 07 jari 579                 TMEV.rPath = sPath;
2 26 Feb 07 jari 580             } else {
2 26 Feb 07 jari 581               TMEV.rPath = "localhost:6311";
2 26 Feb 07 jari 582             }
2 26 Feb 07 jari 583             
7 24 Aug 07 jari 584         } catch (SecurityException e) {
7 24 Aug 07 jari 585           e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 586         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 587             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 588         }
2 26 Feb 07 jari 589     }
2 26 Feb 07 jari 590     
2 26 Feb 07 jari 591     public static String getRPath() {
2 26 Feb 07 jari 592       return rPath;
2 26 Feb 07 jari 593     }
2 26 Feb 07 jari 594     
2 26 Feb 07 jari 595     public static String getDataPath() {
2 26 Feb 07 jari 596         return dataPath;
2 26 Feb 07 jari 597     }
2 26 Feb 07 jari 598     
2 26 Feb 07 jari 599     
2 26 Feb 07 jari 600     public static void updateRPath( String rPath ) {
2 26 Feb 07 jari 601         if(rPath == null)
2 26 Feb 07 jari 602             return;
2 26 Feb 07 jari 603         
2 26 Feb 07 jari 604         //Read tmev.cfg
2 26 Feb 07 jari 605         try{
7 24 Aug 07 jari 606             BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(TMEV.getConfigInputStream()));
2 26 Feb 07 jari 607             
2 26 Feb 07 jari 608             StringBuffer sb = new StringBuffer();
2 26 Feb 07 jari 609             String line;
2 26 Feb 07 jari 610             while( (line = br.readLine()) != null ){
2 26 Feb 07 jari 611               if( line.startsWith( "rserve-path" ) ) {
2 26 Feb 07 jari 612                 //write the new rserve-path
2 26 Feb 07 jari 613                 sb.append( "rserve-path " );
2 26 Feb 07 jari 614                 sb.append( rPath );
2 26 Feb 07 jari 615                 sb.append( "\r\n" );
2 26 Feb 07 jari 616               } else {
2 26 Feb 07 jari 617                 sb.append( line );
2 26 Feb 07 jari 618                 sb.append( "\r\n" );
2 26 Feb 07 jari 619               }
2 26 Feb 07 jari 620             }
2 26 Feb 07 jari 621             
2 26 Feb 07 jari 622             
2 26 Feb 07 jari 623             BufferedWriter bfr = new BufferedWriter(new FileWriter(TMEV.getFile("config/tmev.cfg")));
2 26 Feb 07 jari 624             bfr.write( sb.toString() );
2 26 Feb 07 jari 625             bfr.flush();
2 26 Feb 07 jari 626             bfr.close();
2 26 Feb 07 jari 627             br.close();
2 26 Feb 07 jari 628             
2 26 Feb 07 jari 629         } catch (IOException e){
2 26 Feb 07 jari 630             System.out.println("Error updating rserve path in tmev.cfg file.");
2 26 Feb 07 jari 631         }
2 26 Feb 07 jari 632     }
2 26 Feb 07 jari 633     
2 26 Feb 07 jari 634     
2 26 Feb 07 jari 635     /** Updates the data path in config given a formatted data path string
2 26 Feb 07 jari 636      */
2 26 Feb 07 jari 637     public static void updateDataPath(String  dataPath){
2 26 Feb 07 jari 638         if(dataPath == null)
2 26 Feb 07 jari 639             return;
2 26 Feb 07 jari 640         
2 26 Feb 07 jari 641         String lineSep = System.getProperty("line.separator");
2 26 Feb 07 jari 642         
2 26 Feb 07 jari 643         //Read tmev.cfg
2 26 Feb 07 jari 644         try{
7 24 Aug 07 jari 645             BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(TMEV.getConfigInputStream()));
2 26 Feb 07 jari 646             
2 26 Feb 07 jari 647             String content = new String();
2 26 Feb 07 jari 648             String line;
2 26 Feb 07 jari 649             while( (line = br.readLine()) != null && !((line).equals("#DATA PATH"))){
2 26 Feb 07 jari 650                 content += line+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 651             }
2 26 Feb 07 jari 652             
2 26 Feb 07 jari 653             if(line == null) {   //if at end of file
2 26 Feb 07 jari 654                 content += lineSep;
2 26 Feb 07 jari 655                 content += "#DATA PATH"+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 656                 content += "current-data-path "+dataPath+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 657             } else {
2 26 Feb 07 jari 658                 br.readLine(); //pass old path
2 26 Feb 07 jari 659                 content += "#DATA PATH"+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 660                 content += "current-data-path "+dataPath+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 661                 while( (line = br.readLine()) != null ){
2 26 Feb 07 jari 662                     content += line+lineSep;
2 26 Feb 07 jari 663                 }
2 26 Feb 07 jari 664             }
2 26 Feb 07 jari 665             
2 26 Feb 07 jari 666             
2 26 Feb 07 jari 667             BufferedWriter bfr = new BufferedWriter(new FileWriter(TMEV.getFile("config/tmev.cfg")));
2 26 Feb 07 jari 668             bfr.write(content);
2 26 Feb 07 jari 669             bfr.flush();
2 26 Feb 07 jari 670             bfr.close();
2 26 Feb 07 jari 671             br.close();
2 26 Feb 07 jari 672             
2 26 Feb 07 jari 673         } catch (IOException e){
2 26 Feb 07 jari 674             System.out.println("Error updating data path in tmev.cfg file.");
2 26 Feb 07 jari 675         }
2 26 Feb 07 jari 676     }
2 26 Feb 07 jari 677     
2 26 Feb 07 jari 678     
2 26 Feb 07 jari 679     public static void setDataPath(String newPath) {
2 26 Feb 07 jari 680         dataPath = newPath;
2 26 Feb 07 jari 681     }
2 26 Feb 07 jari 682     
2 26 Feb 07 jari 683     
2 26 Feb 07 jari 684     public static AlgorithmFactory getAlgorithmFactory() {
2 26 Feb 07 jari 685         return algorithmFactory;
2 26 Feb 07 jari 686     }
2 26 Feb 07 jari 687     
2 26 Feb 07 jari 688     public static IGUIFactory getGUIFactory() {
2 26 Feb 07 jari 689         return guiFactory;
2 26 Feb 07 jari 690     }
2 26 Feb 07 jari 691     
2 26 Feb 07 jari 692     public static void quit() {
2 26 Feb 07 jari 693         try {
2 26 Feb 07 jari 694             connection.close();
2 26 Feb 07 jari 695         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 696             ;
2 26 Feb 07 jari 697         }
2 26 Feb 07 jari 698         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 699     }
2 26 Feb 07 jari 700     
2 26 Feb 07 jari 701     
2 26 Feb 07 jari 702     /** Returns the configuration file indicated by the fileName argument
2 26 Feb 07 jari 703      */
2 26 Feb 07 jari 704     public static File getConfigurationFile(String fileName) {
2 26 Feb 07 jari 705         return new File("config/"+fileName);
2 26 Feb 07 jari 706     }
2 26 Feb 07 jari 707     
2 26 Feb 07 jari 708     /** Returns a file relative to the base directory
2 26 Feb 07 jari 709      */
2 26 Feb 07 jari 710     public static File getFile(String fileName) {
2 26 Feb 07 jari 711         return new File(fileName);
2 26 Feb 07 jari 712     }
2 26 Feb 07 jari 713     
7 24 Aug 07 jari 714     public static InputStream getConfigInputStream() {
7 24 Aug 07 jari 715       return TMEV.class.getClassLoader().getResourceAsStream("org/tigr/config/tmev.cfg");
7 24 Aug 07 jari 716     }
7 24 Aug 07 jari 717
2 26 Feb 07 jari 718     /** Returns a string representing the OS name
2 26 Feb 07 jari 719      */
2 26 Feb 07 jari 720     public static String getOSName() {
2 26 Feb 07 jari 721         return os;
2 26 Feb 07 jari 722     }
2 26 Feb 07 jari 723 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)