mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/acknowledgements.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2   <body>
2 26 Feb 07 jari 3     <h1>
2 26 Feb 07 jari 4       <b>The TM4 Software Development Team expresses sincere thanks for 
2 26 Feb 07 jari 5         the contributions of those listed below.
2 26 Feb 07 jari 6     </h1>
2 26 Feb 07 jari 7       <table border=0 >
2 26 Feb 07 jari 8         <tr align=left>
2 26 Feb 07 jari 9           <th>
2 26 Feb 07 jari 10           <b>Contributor</b>
2 26 Feb 07 jari 11           </th>
2 26 Feb 07 jari 12                     <th>
2 26 Feb 07 jari 13                       <b>Affiliation</b>
2 26 Feb 07 jari 14                     </th>
2 26 Feb 07 jari 15                     <th>
2 26 Feb 07 jari 16                       <b>Contribution</b>
2 26 Feb 07 jari 17                     </th>
2 26 Feb 07 jari 18                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 19         
2 26 Feb 07 jari 20                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 21                   <td>Nirmal Bhagabati, John Braisted, Vasily Sharov, Wei Liang, Chun-Hua Wan, and Alexander I. Saeed
2 26 Feb 07 jari 22                   </td>
2 26 Feb 07 jari 23                   <td>The Institute for Genomic Research / Pathogen Functional Genomics Resource Center
2 26 Feb 07 jari 24                   </td>
2 26 Feb 07 jari 25                   <td>System design, module development and implementation, project coordination, documentation, optimization, usability assurance, user support, and Linear Expression Map (LEM) module development.
2 26 Feb 07 jari 26                   </td>
2 26 Feb 07 jari 27                 </tr>  
2 26 Feb 07 jari 28         
2 26 Feb 07 jari 29                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 30                   <td>Eleanor Howe, Raktim Sinha, John Quackenbush, Weidong Wang
2 26 Feb 07 jari 31                   </td>
2 26 Feb 07 jari 32                   <td>Dana-Farber Cancer Institute
2 26 Feb 07 jari 33                   </td>
2 26 Feb 07 jari 34                   <td>Analysis-saving rewrite, v4.0 release coordination, graphics, documentation, CGH data analysis package, additional data loaders, other miscellaneous enhancements.
2 26 Feb 07 jari 35                   </td>
2 26 Feb 07 jari 36                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 37                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 38                   <td>Vu Chu, Annie Liu, Roger Bumgarner
2 26 Feb 07 jari 39                   </td>
2 26 Feb 07 jari 40                   <td>University of Washington
2 26 Feb 07 jari 41                   </td>
2 26 Feb 07 jari 42                   <td>Agilent data loader, USC, RAMA, Bridge, TEASE
2 26 Feb 07 jari 43                   </td>
2 26 Feb 07 jari 44                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 45                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 46                   <td>Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 47                   </td>
2 26 Feb 07 jari 48                   <td>Dana Farber Cancer Institute
2 26 Feb 07 jari 49                   </td>
2 26 Feb 07 jari 50                   <td>Added aCGH type data loaders, aCGH visualizing modules and aCGH analysis
2 26 Feb 07 jari 51 algorithms functionality to MeV based on a published open source tool &
2 26 Feb 07 jari 52 article(Adam A. Margolin et al, Bioinformatics 2005)
2 26 Feb 07 jari 53                   </td>
2 26 Feb 07 jari 54                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56                     
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58         <!--
2 26 Feb 07 jari 59         //TODO
2 26 Feb 07 jari 60         Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 61 Raktim_Sinha@dfci.harvard.edu
2 26 Feb 07 jari 62 Bioinformatics Analyst, DFCI
2 26 Feb 07 jari 63 Added aCGH type data loaders, aCGH visualizing modules and aCGH analysis
2 26 Feb 07 jari 64 algorithms functionality to MeV based on a published open source tool &
2 26 Feb 07 jari 65 article(Adam A. Margolin et al, Bioinformatics 2005)
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 UW Credits -
2 26 Feb 07 jari 68 Roger Bumgarner is the PI of the UW group's efforts in MeV
2 26 Feb 07 jari 69 Vu Chu coded: The Agilent data loader, USC, RAMA, and BRIDGE
2 26 Feb 07 jari 70 USC was based on code from Ka Yee Yeung
2 26 Feb 07 jari 71 RAMA and BRIDGE make use of code developed by Raphael Gottardo and a
2 26 Feb 07 jari 72 collaboration between Yeung, Bumgarner, Gottardo and Adrian Raftery.
2 26 Feb 07 jari 73 Annie Liu did the coding for TEASE
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76         latest from TIGR.  Need to figure out how to reconcile this with above entry
2 26 Feb 07 jari 77         Nirmal Bhagabati, John Braisted, Vasily Sharov, Wei Liang, Chun-Hua Wan, and Alexander I. Saeed  The Institute for Genomic Research /
2 26 Feb 07 jari 78 Pathogen Functional Genomics Resource Center  System design, module development and implementation, project coordination, documentation, optimization, usability assurance, user support, and Linear Expression Map (LEM) module development
2 26 Feb 07 jari 79         -->
2 26 Feb 07 jari 80                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 81                   <td>Alexander Sturn, Zlatko Trajanoski
2 26 Feb 07 jari 82                   </td>
2 26 Feb 07 jari 83                   <td>Institute of Biomedical Engineering, Graz University of Technology
2 26 Feb 07 jari 84                   </td>
2 26 Feb 07 jari 85                   <td>Initial system architecture and viewer design, initial module development (HCL, KMC, SOM, PCA, SVM)
2 26 Feb 07 jari 86                   </td>
2 26 Feb 07 jari 87                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 88                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 89                   <td>Mark Snuffin, Aleksey Rezantsev, Dennis Popov, Alex Ryltsov, Edward Kostukovich, Igor Borisovsky
2 26 Feb 07 jari 90                   </td>
2 26 Feb 07 jari 91                   <td>DataNaut, Inc.
2 26 Feb 07 jari 92                   </td>
2 26 Feb 07 jari 93                   <td>System architecture, module architecture, parallel processing system, primary module development (RN, TRN)
2 26 Feb 07 jari 94                   </td>
2 26 Feb 07 jari 95                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 96                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 97                   <td>Stu Golub, Zaigang Liu, Jane Ruan, Minhas Siddiqui
2 26 Feb 07 jari 98                   </td>
2 26 Feb 07 jari 99                   <td>Syntek Systems Corporation, Inc.
2 26 Feb 07 jari 100                   </td>
2 26 Feb 07 jari 101                   <td>Primary module development (CAST, FOM, GSH, GDM)
2 26 Feb 07 jari 102                   </td>
2 26 Feb 07 jari 103                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 104                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 105                   <td>Wei Liang
2 26 Feb 07 jari 106                   </td>
2 26 Feb 07 jari 107                   <td>The Institute for Genomic Research
2 26 Feb 07 jari 108                   </td>
2 26 Feb 07 jari 109                   <td>Normalization algorithm development, TM4 website maintenance
2 26 Feb 07 jari 110                   </td>
2 26 Feb 07 jari 111                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 112                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 113                   <td>Jerry Li, Vasily Sharov, Joe White, Mathangi Thiagarajan, Tracey Currier, Eleanor Howe
2 26 Feb 07 jari 114                   </td>
2 26 Feb 07 jari 115                   <td>The Institute for Genomic Research
2 26 Feb 07 jari 116                   </td>
2 26 Feb 07 jari 117                   <td>Additional development, software testing, documentation, support
2 26 Feb 07 jari 118                   </td>
2 26 Feb 07 jari 119                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 120                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 121                   <td>Patrick Cahan, Tim McCaffrey
2 26 Feb 07 jari 122                   </td>
2 26 Feb 07 jari 123                   <td>The George Washington University
2 26 Feb 07 jari 124                   </td>
2 26 Feb 07 jari 125                   <td>Affymetrix data loader and filters, Affymetrix loader rework, gene submission capability for 
2 26 Feb 07 jari 126                     the LOLA cluster repository
2 26 Feb 07 jari 127                   </td>
2 26 Feb 07 jari 128                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 129                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 130                   <td>Todd Peterson
2 26 Feb 07 jari 131                   </td>
2 26 Feb 07 jari 132                   <td>National Center for Genome Resources
2 26 Feb 07 jari 133                   </td>
2 26 Feb 07 jari 134                   <td>GeneX-Lite to MeV connectivity
2 26 Feb 07 jari 135                   </td>
2 26 Feb 07 jari 136                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 137                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 138                   <td>Luke Somers
2 26 Feb 07 jari 139                   </td>
2 26 Feb 07 jari 140                   <td>Fox Chase Cancer Center
2 26 Feb 07 jari 141                   </td>
2 26 Feb 07 jari 142                   <td>QTC algorithm optimization and bug fix
2 26 Feb 07 jari 143                   </td>
2 26 Feb 07 jari 144                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 145                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 146                   <td>Jim Johnson, Ernest Retzel
2 26 Feb 07 jari 147                   </td>
2 26 Feb 07 jari 148                   <td>Center for Computational Genomics and Bioinformatics, University of Minnesota
2 26 Feb 07 jari 149                   </td>
2 26 Feb 07 jari 150                   <td>Java WebStart configuration, scripts and consultation to support using ANT technologies for MeV development
2 26 Feb 07 jari 151                   </td>
2 26 Feb 07 jari 152         </tr>
2 26 Feb 07 jari 153                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 154                   <td>Glynn Dennis, Douglas Hosack, Richard Lempicki, Wei Gao
2 26 Feb 07 jari 155                   </td>
2 26 Feb 07 jari 156                   <td>National Institute of Allergy and Infectious Disease, NIH, Laboratory of Immunopathogenesis and Bioinformatics.
2 26 Feb 07 jari 157                   </td>
2 26 Feb 07 jari 158                   <td>EASEOpenSource Java package to support EASE development and helpful consultation during EASE integration and development.
2 26 Feb 07 jari 159                   </td>
2 26 Feb 07 jari 160                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 161                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 162                   <td>Eric Albert
2 26 Feb 07 jari 163                   </td>
2 26 Feb 07 jari 164                   <td>Independent Development
2 26 Feb 07 jari 165                   </td>
2 26 Feb 07 jari 166                   <td>Implementation of BrowserLauncher.java, utility to launch default web browser from within MeV
2 26 Feb 07 jari 167                   </td>
2 26 Feb 07 jari 168                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 169                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 170                   <td>Sally Gaddis
2 26 Feb 07 jari 171                   </td>
2 26 Feb 07 jari 172                   <td>University of Texas, MD Anderson Cancer Center
2 26 Feb 07 jari 173                   </td>
2 26 Feb 07 jari 174                   <td>Report and basic testing of Java3D support for mev 3D viewers on the Mac platform.
2 26 Feb 07 jari 175                   </td>
2 26 Feb 07 jari 176                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 177                 <tr valign=top>
2 26 Feb 07 jari 178                   <td>Stephen C. Harris
2 26 Feb 07 jari 179                   </td>
2 26 Feb 07 jari 180                   <td>FDA, National Center for Toxicological Research
2 26 Feb 07 jari 181                   </td>
2 26 Feb 07 jari 182                   <td>T-test bug identification, and suggestion for improvement of adjusted Bonferroni correction.
2 26 Feb 07 jari 183                   </td>
2 26 Feb 07 jari 184                 </tr>
2 26 Feb 07 jari 185       </table>
2 26 Feb 07 jari 186   </body>
2 26 Feb 07 jari 187 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:31:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)