mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataGenerator/CGHCopyNumberCalculatorNoDyeSwap.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHMultipleArrayDataFcd.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on April 00, 0003
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataGenerator;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import org.tigr.microarray.mev.ISlideData;
2 26 Feb 07 jari 10 import org.tigr.microarray.mev.MultipleArrayData;
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 //import org.abramson.microarray.cgh.CGHAnalyzerMeV;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 /**
2 26 Feb 07 jari 16  * This class is used to make determinations about a CGHMultipleArrayData object
2 26 Feb 07 jari 17  * that must rely on other information.  For example, this class makes copy number
2 26 Feb 07 jari 18  * determinations based on data stored in a CGHMultipleArrayData object and parameters
2 26 Feb 07 jari 19  * stored in an IFramework object
2 26 Feb 07 jari 20  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 21  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 22  */
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 public class CGHCopyNumberCalculatorNoDyeSwap extends CGHCopyNumberCalculator{
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26     /** Creates a new instance of CGHMultipleArrayDataFcd */
2 26 Feb 07 jari 27     public CGHCopyNumberCalculatorNoDyeSwap(MultipleArrayData data /*, ICGHFramework framework, CGHMultipleArrayDataFcd fcd*/) {
2 26 Feb 07 jari 28         super(data /*, framework, fcd*/);
2 26 Feb 07 jari 29     }
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31     public int getCopyNumberDetermination(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 32         return determineCopyNumberByThreshold((ISlideData)data.getFeaturesList().get(experiment), clone/*, ISlideData.CY3_SLIDES*/);
2 26 Feb 07 jari 33     }
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     public int getCopyNumberDeterminationByLogCloneDistribution(int experiment, int clone){
2 26 Feb 07 jari 36         float pValue = data.getPValueByLogCloneDistribution(experiment, clone);
2 26 Feb 07 jari 37         if(pValue > cloneDistributionPThresh){
2 26 Feb 07 jari 38             return 1;
2 26 Feb 07 jari 39         }else if (pValue < 1 - cloneDistributionPThresh){
2 26 Feb 07 jari 40             return -1;
2 26 Feb 07 jari 41         }
2 26 Feb 07 jari 42         return IData.NO_COPY_CHANGE;
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)