mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataGenerator/FlankingRegionCalculator.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * FlankingRegionCalculator.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on December 26, 2002, 9:25 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataGenerator;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.ISlideData;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.MultipleArrayData;
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.FlankingRegion;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 /**
2 26 Feb 07 jari 21  *
2 26 Feb 07 jari 22  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 23  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 24  */
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 public class FlankingRegionCalculator {
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28     ArrayList experiments;
2 26 Feb 07 jari 29     //CGHMultipleArrayDataFcd fcd;
2 26 Feb 07 jari 30     IData data;
2 26 Feb 07 jari 31     int copyDeterminationType = ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION;
2 26 Feb 07 jari 32     int experimentIndex;
2 26 Feb 07 jari 33     /** Creates a new instance of FlankingRegionCalculator */
2 26 Feb 07 jari 34     public FlankingRegionCalculator() {
2 26 Feb 07 jari 35     }
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37     public void calculateFlankingRegions(){
2 26 Feb 07 jari 38         Iterator it = experiments.iterator();
2 26 Feb 07 jari 39         int counter = 0;
2 26 Feb 07 jari 40         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 41             this.experimentIndex = counter;
2 26 Feb 07 jari 42             calculateSampleFlankingRegions(experimentIndex, (/*ICGHFeatureData*/ISlideData)it.next());
2 26 Feb 07 jari 43             counter++;
2 26 Feb 07 jari 44         }
2 26 Feb 07 jari 45         //Raktim
2 26 Feb 07 jari 46         //System.out.println("Experiments Counter " + counter);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     private void calculateSampleFlankingRegions(int experimentIndex, /*ICGHFeatureData*/ ISlideData flank){
2 26 Feb 07 jari 50         Vector[] sampleFlankingRegions = new Vector[data.getNumChromosomes()];
2 26 Feb 07 jari 51         for(int i = 0; i < sampleFlankingRegions.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 52             sampleFlankingRegions[i] = calculateChromosomeSampleFlankingRegions(experimentIndex, i);
2 26 Feb 07 jari 53         }
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55         flank.setFlankingRegions(sampleFlankingRegions);
2 26 Feb 07 jari 56     }
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58     private Vector calculateChromosomeSampleFlankingRegions(int experimentIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 59         Vector flankingRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 60         /**
2 26 Feb 07 jari 61          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 62          * Need not calculate num Of Data Pts for each experiment for normalized ratios.
2 26 Feb 07 jari 63          * The assumption there is all samples will have the same num of data points for
2 26 Feb 07 jari 64          * each chromosome.
2 26 Feb 07 jari 65          * Do this once in the previous function
2 26 Feb 07 jari 66          */
2 26 Feb 07 jari 67         int numDataPts = data.getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 68         //System.out.println("Chr Samp Flank Regions: " + experimentIndex + ", " + chromosomeIndex + ", " + numDataPts);
2 26 Feb 07 jari 69         for(int cloneIndex = 0; cloneIndex < numDataPts; cloneIndex++){
2 26 Feb 07 jari 70         //for(int cloneIndex = 0; cloneIndex < fcd.getData().getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex); cloneIndex++){
2 26 Feb 07 jari 71             int copyNumber = getCopyNumberDetermination(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 72             //System.out.println("Chr Samp Flank Regions: " + experimentIndex + ", " + cloneIndex + ", " + chromosomeIndex + ", " + copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 73             if(copyNumber != IData.NO_COPY_CHANGE && copyNumber != IData.BAD_CLONE){ //clone is not normal so this begins a flanking region
2 26 Feb 07 jari 74                 int flankingRegionStart = findFlankingRegionStart(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 75                 CGHClone flankingRegionStartClone = findFlankingRegionStartClone(cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 76                 FlankingRegion curFlankingRegion = new FlankingRegion();
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78                 if(copyNumber < -1){
2 26 Feb 07 jari 79                     curFlankingRegion.setType(FlankingRegion.DELETION);
2 26 Feb 07 jari 80                     curFlankingRegion.setSpecifier(FlankingRegion.DELETION_2_COPY);
2 26 Feb 07 jari 81                     cloneIndex = calculateFlankingRegionEnd(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex, copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 82                 //}else if(copyNumber == 1){
2 26 Feb 07 jari 83                 }else if(copyNumber < 0){
2 26 Feb 07 jari 84                     if(copyNumber != -1){
2 26 Feb 07 jari 85                         System.out.println("FLCalc copy num < 0 = " + copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 86                     }
2 26 Feb 07 jari 87                     curFlankingRegion.setType(FlankingRegion.DELETION);
2 26 Feb 07 jari 88                     curFlankingRegion.setSpecifier(FlankingRegion.DELETION_1_COPY);
2 26 Feb 07 jari 89                     cloneIndex = calculateFlankingRegionEnd(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex, copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 90                 }else if(copyNumber > 1){
2 26 Feb 07 jari 91                     curFlankingRegion.setType(FlankingRegion.AMPLIFICATION);
2 26 Feb 07 jari 92                     curFlankingRegion.setSpecifier(FlankingRegion.AMPLIFICATION_2_COPY);
2 26 Feb 07 jari 93                     cloneIndex = calculateFlankingRegionEnd(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex, copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 94                 }else if(copyNumber > 0){
2 26 Feb 07 jari 95                     curFlankingRegion.setType(FlankingRegion.AMPLIFICATION);
2 26 Feb 07 jari 96                     curFlankingRegion.setSpecifier(FlankingRegion.AMPLIFICATION_1_COPY);
2 26 Feb 07 jari 97                     cloneIndex = calculateFlankingRegionEnd(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex, copyNumber);
2 26 Feb 07 jari 98                 }
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100                 int flankingRegionStop = findFlankingRegionStop(cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 101                 CGHClone flankingRegionStopClone = findFlankingRegionStopClone(cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103                 curFlankingRegion.setStart(flankingRegionStart);
2 26 Feb 07 jari 104                 curFlankingRegion.setStop(flankingRegionStop);
2 26 Feb 07 jari 105                 curFlankingRegion.setChromosome(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 106                 curFlankingRegion.setStartClone(flankingRegionStartClone);
2 26 Feb 07 jari 107                 curFlankingRegion.setStopClone(flankingRegionStopClone);
2 26 Feb 07 jari 108
2 26 Feb 07 jari 109                 flankingRegions.add(curFlankingRegion);
2 26 Feb 07 jari 110             }
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113         return flankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     private int findFlankingRegionStart(int experimentIndex, int cloneIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119         if(cloneIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 120             return 0;
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122
2 26 Feb 07 jari 123         while(getCopyNumberDetermination(experimentIndex, cloneIndex - 1, chromosomeIndex) == IData.BAD_CLONE){
2 26 Feb 07 jari 124             cloneIndex--;
2 26 Feb 07 jari 125             if(cloneIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 126                 break;
2 26 Feb 07 jari 127             }
2 26 Feb 07 jari 128         }
2 26 Feb 07 jari 129
2 26 Feb 07 jari 130
2 26 Feb 07 jari 131         if(cloneIndex != 0){
2 26 Feb 07 jari 132           return data.getCloneAt(cloneIndex - 1, chromosomeIndex).getStop();
2 26 Feb 07 jari 133         }else{
2 26 Feb 07 jari 134             return data.getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex).getStart();
2 26 Feb 07 jari 135         }
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137     }
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139
2 26 Feb 07 jari 140     private CGHClone findFlankingRegionStartClone(int cloneIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 141         //if(cloneIndex != 0){
2 26 Feb 07 jari 142         //    return fcd.getData().getCloneAt(cloneIndex - 1, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 143         //}else{
2 26 Feb 07 jari 144             return data.getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 145         //}
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147
2 26 Feb 07 jari 148     private int findFlankingRegionStop(int cloneIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 149         if(cloneIndex + 1 < data.getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex)){
2 26 Feb 07 jari 150             return data.getCloneAt(cloneIndex + 1, chromosomeIndex).getStart();
2 26 Feb 07 jari 151         }else{
2 26 Feb 07 jari 152             return data.getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex).getStop();
2 26 Feb 07 jari 153         }
2 26 Feb 07 jari 154     }
2 26 Feb 07 jari 155
2 26 Feb 07 jari 156     private CGHClone findFlankingRegionStopClone(int cloneIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 157         //if(cloneIndex + 1 < fcd.getData().getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex)){
2 26 Feb 07 jari 158         //    return fcd.getData().getCloneAt(cloneIndex + 1, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 159         //}else{
2 26 Feb 07 jari 160             return data.getCloneAt(cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 161         //}
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164
2 26 Feb 07 jari 165     private int calculateFlankingRegionEnd(int experimentIndex, int cloneIndex, int chromosomeIndex, int flCopyNumber){
2 26 Feb 07 jari 166         int copyNumber = 0;
2 26 Feb 07 jari 167         int numDataPts = data.getNumDataPointsInChrom(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 168         while(cloneIndex + 1 < numDataPts &&
2 26 Feb 07 jari 169         getCopyNumberDetermination(experimentIndex, cloneIndex + 1, chromosomeIndex) == flCopyNumber){
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171             cloneIndex++;
2 26 Feb 07 jari 172         }
2 26 Feb 07 jari 173
2 26 Feb 07 jari 174         copyNumber = getCopyNumberDetermination(experimentIndex, cloneIndex + 1, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 175
2 26 Feb 07 jari 176         if(cloneIndex + 1 >= numDataPts){
2 26 Feb 07 jari 177             return cloneIndex;
2 26 Feb 07 jari 178         }
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180         if(copyNumber == IData.BAD_CLONE){
2 26 Feb 07 jari 181             return calculateFlankingRegionEnd(experimentIndex, cloneIndex + 1, chromosomeIndex, flCopyNumber);
2 26 Feb 07 jari 182         }else{
2 26 Feb 07 jari 183             return cloneIndex;
2 26 Feb 07 jari 184         }
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186
2 26 Feb 07 jari 187
2 26 Feb 07 jari 188     private int getCopyNumberDetermination(int experimentIndex, int cloneIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 189       //Raktim
2 26 Feb 07 jari 190       //System.out.println("copyDeterminationType: " + copyDeterminationType);
2 26 Feb 07 jari 191         if(copyDeterminationType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD){
2 26 Feb 07 jari 192             return ((MultipleArrayData)data).getCopyNumberDetermination(experimentIndex, cloneIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 193         }else if(copyDeterminationType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_LOG_CLONE_DISTRIBUTION){
2 26 Feb 07 jari 194           //Raktim. May be not needed ?
2 26 Feb 07 jari 195             return ((MultipleArrayData)data).getCopyNumberDeterminationByLogCloneDistribution(experimentIndex, data.getCloneIndex(cloneIndex, chromosomeIndex));
2 26 Feb 07 jari 196         }else if(copyDeterminationType == ICGHCloneValueMenu.FLANKING_REGIONS_BY_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION){
2 26 Feb 07 jari 197           //Raktim. May be not needed ?
2 26 Feb 07 jari 198             return ((MultipleArrayData)data).getCopyNumberDeterminationByThresholdOrCloneDistribution(experimentIndex, data.getCloneIndex(cloneIndex, chromosomeIndex));
2 26 Feb 07 jari 199         }else{
2 26 Feb 07 jari 200             return IData.NO_COPY_CHANGE;
2 26 Feb 07 jari 201         }
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203
2 26 Feb 07 jari 204     /** Getter for property experiments.
2 26 Feb 07 jari 205      * @return Value of property experiments.
2 26 Feb 07 jari 206      */
2 26 Feb 07 jari 207     public java.util.ArrayList getExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 208         return experiments;
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210
2 26 Feb 07 jari 211     /** Setter for property experiments.
2 26 Feb 07 jari 212      * @param experiments New value of property experiments.
2 26 Feb 07 jari 213      */
2 26 Feb 07 jari 214     public void setExperiments(java.util.ArrayList experiments) {
2 26 Feb 07 jari 215         this.experiments = experiments;
2 26 Feb 07 jari 216     }
2 26 Feb 07 jari 217
2 26 Feb 07 jari 218     /** Getter for property fcd.
2 26 Feb 07 jari 219      * @return Value of property fcd.
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     //public CGHMultipleArrayDataFcd getFcd() {
2 26 Feb 07 jari 222     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 223         return this.data;
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225
2 26 Feb 07 jari 226     /** Setter for property fcd.
2 26 Feb 07 jari 227      * @param fcd New value of property fcd.
2 26 Feb 07 jari 228      */
2 26 Feb 07 jari 229     //public void setFcd(CGHMultipleArrayDataFcd fcd) {
2 26 Feb 07 jari 230     public void setData(IData dat) {
2 26 Feb 07 jari 231         this.data = dat;
2 26 Feb 07 jari 232     }
2 26 Feb 07 jari 233
2 26 Feb 07 jari 234     /** Getter for property copyDeterminationType.
2 26 Feb 07 jari 235      * @return Value of property copyDeterminationType.
2 26 Feb 07 jari 236      */
2 26 Feb 07 jari 237     public int getCopyDeterminationType() {
2 26 Feb 07 jari 238         return copyDeterminationType;
2 26 Feb 07 jari 239     }
2 26 Feb 07 jari 240
2 26 Feb 07 jari 241     /** Setter for property copyDeterminationType.
2 26 Feb 07 jari 242      * @param copyDeterminationType New value of property copyDeterminationType.
2 26 Feb 07 jari 243      */
2 26 Feb 07 jari 244     public void setCopyDeterminationType(int copyDeterminationType) {
2 26 Feb 07 jari 245         this.copyDeterminationType = copyDeterminationType;
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247
2 26 Feb 07 jari 248 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)