mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CGHAnnotationsModel.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHAnnotationsModel.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on May 18, 2003, 8:58 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.FlankingRegion;
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.ICGHDataRegion;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.IGeneData;
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 17 //import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHFcdObj.CGHMultipleArrayDataFcd;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 /**
2 26 Feb 07 jari 20  *
2 26 Feb 07 jari 21  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 22  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 23  */
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 public class CGHAnnotationsModel {
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     int chromosomeIndex;
2 26 Feb 07 jari 28     //CGHMultipleArrayDataFcd fcd;
2 26 Feb 07 jari 29     IData data;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32     /** Creates a new instance of CGHAnnotationsModel */
2 26 Feb 07 jari 33     public CGHAnnotationsModel(/*CGHMultipleArrayDataFcd fcd,*/ IFramework framework, int chromosomeIndex) {
2 26 Feb 07 jari 34         //this.fcd = fcd;
2 26 Feb 07 jari 35       this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 36         this.chromosomeIndex = chromosomeIndex;
2 26 Feb 07 jari 37     }
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39     public int getNumAnnotations(){
2 26 Feb 07 jari 40         try{
2 26 Feb 07 jari 41             return data.getAnnotations()[chromosomeIndex].length;
2 26 Feb 07 jari 42         }catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e){
2 26 Feb 07 jari 43             return 0;
2 26 Feb 07 jari 44         }
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47     public ICGHDataRegion getAnnotationAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 48         return data.getAnnotations()[chromosomeIndex][index];
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51     public Color getAnnotationColorAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 52         ICGHDataRegion dataRegion = getAnnotationAt(index);
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54         if(dataRegion instanceof CGHClone){
2 26 Feb 07 jari 55             return Color.yellow;
2 26 Feb 07 jari 56         }else if(dataRegion instanceof FlankingRegion){
2 26 Feb 07 jari 57             return Color.cyan;
2 26 Feb 07 jari 58         }else if(dataRegion instanceof IGeneData){
2 26 Feb 07 jari 59             return Color.white;
2 26 Feb 07 jari 60         }
2 26 Feb 07 jari 61
2 26 Feb 07 jari 62         return Color.magenta;
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     }
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)