mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CGHChartDataModel.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHChartDataModel.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on October 30, 2002, 7:34 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 import javax.swing.event.ChangeListener;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 import com.klg.jclass.chart.ChartDataEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import com.klg.jclass.chart.ChartDataManageable;
2 26 Feb 07 jari 18 import com.klg.jclass.chart.ChartDataModel;
2 26 Feb 07 jari 19 import com.klg.jclass.chart.ChartDataSupport;
2 26 Feb 07 jari 20 import com.klg.jclass.chart.LabelledChartDataModel;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 /**
2 26 Feb 07 jari 23  *
2 26 Feb 07 jari 24  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 25  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 26  */
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 public abstract class CGHChartDataModel extends ChartDataSupport implements ChartDataModel, LabelledChartDataModel, ChartDataManageable, ChangeListener {
2 26 Feb 07 jari 29     public static final int CHROM_LOCATION = 0;
2 26 Feb 07 jari 30     public static final int LINEAR_ORDER = 1;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32     int xAxisPositionType = CHROM_LOCATION;
2 26 Feb 07 jari 33     boolean smoothUnconfirmed;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     //CGHMultipleArrayDataFcd fcd;
2 26 Feb 07 jari 36     IData data;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38     CGHBrowserModelAdaptor adaptor;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     public CGHChartDataModel(/*CGHMultipleArrayDataFcd fcd,*/ IFramework framework){
2 26 Feb 07 jari 41         this(/*fcd,*/ framework, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44     public CGHChartDataModel(/*CGHMultipleArrayDataFcd fcd,*/ IFramework framework, int experimentIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 45         //this.fcd = fcd;
2 26 Feb 07 jari 46         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     public com.klg.jclass.chart.ChartDataManager getChartDataManager() {
2 26 Feb 07 jari 50         return this;
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     public String getDataSourceName() {
2 26 Feb 07 jari 54         return "";
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     /*
2 26 Feb 07 jari 58      * @return the number of experiments if viewing all experiments, 2 otherwise
2 26 Feb 07 jari 59      * representing the cy3 and cy5 experiments
2 26 Feb 07 jari 60      */
2 26 Feb 07 jari 61     public abstract int getNumSeries();
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63     public String[] getPointLabels() {
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65         String[] labels = new String[adaptor.getSeriesSize()];
2 26 Feb 07 jari 66         for(int i = 0; i < labels.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 67             labels[i] = data.getCloneAt(adaptor.getCloneIndex(i)).getName();
2 26 Feb 07 jari 68         }
2 26 Feb 07 jari 69         return labels;
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71
2 26 Feb 07 jari 72     public abstract String[] getSeriesLabels();
2 26 Feb 07 jari 73
2 26 Feb 07 jari 74     public double[] getXSeries(int index) {
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76         double[] xSeries = new double[getSeriesSize()];
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78         if(adaptor.chromosomeIndex == CGHBrowserModelAdaptor.ALL_CHROMOSOMES && xAxisPositionType == CHROM_LOCATION){
2 26 Feb 07 jari 79             return getXSeriesAllChromosomesChromLocation(xSeries);
2 26 Feb 07 jari 80         }
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82         for(int i = 0; i < xSeries.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 83             if(xAxisPositionType == CHROM_LOCATION){
2 26 Feb 07 jari 84                 //xSeries[i] = data.getCloneAt(mapIndexToClone[i]).getStart();
2 26 Feb 07 jari 85                 xSeries[i] = data.getCloneAt(adaptor.getCloneIndex(i)).getStart();
2 26 Feb 07 jari 86             }else if(xAxisPositionType == LINEAR_ORDER){
2 26 Feb 07 jari 87                 xSeries[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 88             }
2 26 Feb 07 jari 89         }
2 26 Feb 07 jari 90         return xSeries;
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93     private double[] getXSeriesAllChromosomesChromLocation(double[] xSeries){
2 26 Feb 07 jari 94         double total = 0;
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96         int curChromIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 97         for(int index = 0; index < xSeries.length; index++){
2 26 Feb 07 jari 98             int cloneIndex = adaptor.getCloneIndex(index);
2 26 Feb 07 jari 99             CGHClone clone = data.getCloneAt(cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 100             while(clone.getChromosomeIndex() > curChromIndex){
2 26 Feb 07 jari 101                 total += (double)data.getCloneAt(data.getNumDataPointsInChrom(curChromIndex) - 1, curChromIndex).getStart();
2 26 Feb 07 jari 102                 curChromIndex++;
2 26 Feb 07 jari 103             }
2 26 Feb 07 jari 104
2 26 Feb 07 jari 105             xSeries[index] = (double)clone.getStart() + total;
2 26 Feb 07 jari 106         }
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108         return xSeries;
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111     public abstract double[] getYSeries(int index);
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113
2 26 Feb 07 jari 114
2 26 Feb 07 jari 115     public int getSeriesSize(){
2 26 Feb 07 jari 116         return adaptor.getSeriesSize();
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120
2 26 Feb 07 jari 121
2 26 Feb 07 jari 122     public void smoothUnconfirmed(boolean smooth){
2 26 Feb 07 jari 123         this.smoothUnconfirmed = smooth;
2 26 Feb 07 jari 124         fireChartDataEvent(ChartDataEvent.RESET, ChartDataEvent.ALL_SERIES, ChartDataEvent.ALL_POINTS);
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127     public void setXAxisPositions(int type){
2 26 Feb 07 jari 128         this.xAxisPositionType = type;
2 26 Feb 07 jari 129         fireChartDataEvent(ChartDataEvent.RESET, ChartDataEvent.ALL_SERIES, ChartDataEvent.ALL_POINTS);
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131
2 26 Feb 07 jari 132
2 26 Feb 07 jari 133     public int getRelativeIndexOf(int absoluteIndex){
2 26 Feb 07 jari 134         if(adaptor.chromosomeIndex == CGHBrowserModelAdaptor.ALL_CHROMOSOMES){
2 26 Feb 07 jari 135             return absoluteIndex;
2 26 Feb 07 jari 136         }else{
2 26 Feb 07 jari 137             return data.getRelativeIndex(absoluteIndex, adaptor.chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 138         }
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141     public int getCloneIndex(CGHClone clone){
2 26 Feb 07 jari 142         int absoluteCloneIndex = data.getClones().indexOf(clone);
2 26 Feb 07 jari 143         int relativeIndex = getRelativeIndexOf(absoluteCloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 144         return adaptor.getIndexOf(relativeIndex);
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146
2 26 Feb 07 jari 147     public int getStartCloneIndex(CGHClone clone){
2 26 Feb 07 jari 148         int absoluteCloneIndex = data.getClones().indexOf(clone);
2 26 Feb 07 jari 149         int relativeIndex = getRelativeIndexOf(absoluteCloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 150
2 26 Feb 07 jari 151         int cloneIndex = adaptor.getIndexOf(relativeIndex--);
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153         if(cloneIndex == -1){
2 26 Feb 07 jari 154             while((cloneIndex = adaptor.getIndexOf(relativeIndex--)) == -1){
2 26 Feb 07 jari 155                 if(cloneIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 156                     return 0;
2 26 Feb 07 jari 157                 }
2 26 Feb 07 jari 158             }
2 26 Feb 07 jari 159             return cloneIndex + 1;
2 26 Feb 07 jari 160         }
2 26 Feb 07 jari 161         return cloneIndex;
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164     public int getStopCloneIndex(CGHClone clone){
2 26 Feb 07 jari 165         //Look into this method
2 26 Feb 07 jari 166         try{
2 26 Feb 07 jari 167         int absoluteCloneIndex = data.getClones().indexOf(clone);
2 26 Feb 07 jari 168         int relativeIndex = getRelativeIndexOf(absoluteCloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 169
2 26 Feb 07 jari 170         int cloneIndex = adaptor.getIndexOf(relativeIndex++);
2 26 Feb 07 jari 171         if(cloneIndex >= getSeriesSize() - 1){
2 26 Feb 07 jari 172             return getSeriesSize() - 1;
2 26 Feb 07 jari 173         }
2 26 Feb 07 jari 174
2 26 Feb 07 jari 175         if(cloneIndex == -1){
2 26 Feb 07 jari 176             while((cloneIndex = adaptor.getIndexOf(relativeIndex++)) == -1){
2 26 Feb 07 jari 177                 if(cloneIndex >= getSeriesSize() - 1){
2 26 Feb 07 jari 178                     return getSeriesSize() - 1;
2 26 Feb 07 jari 179                 }
2 26 Feb 07 jari 180             }
2 26 Feb 07 jari 181             return cloneIndex - 1;
2 26 Feb 07 jari 182         }
2 26 Feb 07 jari 183         return cloneIndex;
2 26 Feb 07 jari 184         }catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e){
2 26 Feb 07 jari 185             System.out.println("Chart Model getStopCloneIndex out of bounds... returning last index");
2 26 Feb 07 jari 186             //return mapCloneToIndex[mapCloneToIndex.length - 1];
2 26 Feb 07 jari 187             return getSeriesSize() - 1;
2 26 Feb 07 jari 188         }
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190
2 26 Feb 07 jari 191     public CGHClone getCloneByPosition(int position){
2 26 Feb 07 jari 192         for(int i = 0; i < data.getNumDataPointsInChrom(adaptor.chromosomeIndex); i++){
2 26 Feb 07 jari 193             int startIndex = data.getCloneAt(i, adaptor.chromosomeIndex).getStart();
2 26 Feb 07 jari 194             int stopIndex = data.getCloneAt(i, adaptor.chromosomeIndex).getStop();
2 26 Feb 07 jari 195             if(startIndex == position || stopIndex == position){
2 26 Feb 07 jari 196                 return data.getCloneAt(i, adaptor.chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 197             }
2 26 Feb 07 jari 198         }
2 26 Feb 07 jari 199         return null;
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201
2 26 Feb 07 jari 202     public void stateChanged(javax.swing.event.ChangeEvent changeEvent) {
2 26 Feb 07 jari 203         fireChartDataEvent(ChartDataEvent.RESET, ChartDataEvent.ALL_SERIES, ChartDataEvent.ALL_POINTS);
2 26 Feb 07 jari 204     }
2 26 Feb 07 jari 205
2 26 Feb 07 jari 206     public void setExperimentIndex(int experimentIndex){
2 26 Feb 07 jari 207         adaptor.setExperimentIndex(experimentIndex);
2 26 Feb 07 jari 208     }
2 26 Feb 07 jari 209
2 26 Feb 07 jari 210     public void setChromosomeIndex(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 211         adaptor.setChromosomeIndex(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 212     }
2 26 Feb 07 jari 213
2 26 Feb 07 jari 214     public void setCloneValueType(int cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 215         adaptor.setCloneValueType(cloneValueType);
2 26 Feb 07 jari 216     }
2 26 Feb 07 jari 217
2 26 Feb 07 jari 218     /** Getter for property adaptor.
2 26 Feb 07 jari 219      * @return Value of property adaptor.
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     public CGHBrowserModelAdaptor getAdaptor() {
2 26 Feb 07 jari 222         return adaptor;
2 26 Feb 07 jari 223     }
2 26 Feb 07 jari 224
2 26 Feb 07 jari 225     /** Setter for property adaptor.
2 26 Feb 07 jari 226      * @param adaptor New value of property adaptor.
2 26 Feb 07 jari 227      */
2 26 Feb 07 jari 228     public void setAdaptor(CGHBrowserModelAdaptor adaptor) {
2 26 Feb 07 jari 229         this.adaptor = adaptor;
2 26 Feb 07 jari 230     }
2 26 Feb 07 jari 231
2 26 Feb 07 jari 232 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)