mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CGHTableDataModelDyeSwap.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHTableDataModelDyeSwap.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on July 5, 2003, 11:28 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 /**
2 26 Feb 07 jari 12  *
2 26 Feb 07 jari 13  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 14  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 15  */
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 public class CGHTableDataModelDyeSwap extends CGHTableDataModel {
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19     /** Creates a new instance of CGHTableDataModelDyeSwap */
2 26 Feb 07 jari 20     public CGHTableDataModelDyeSwap(/*CGHMultipleArrayDataFcd fcd,*/ IFramework framework, int experimentIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 21         super(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 22     }
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     /**
2 26 Feb 07 jari 25      * @return the number of columns.  The number of annotations plus the number of experiments
2 26 Feb 07 jari 26      * if viewing all experiments, the number of annotaitons plus two (one for cy3 experiment, one for
2 26 Feb 07 jari 27      * cy5 experiment) if viewing only one experiment
2 26 Feb 07 jari 28      */
2 26 Feb 07 jari 29     public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 30         int valueColumns = 0;
2 26 Feb 07 jari 31         switch(adaptor.cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 32             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 33                 valueColumns = adaptor.experimentIndices.length * 2;
2 26 Feb 07 jari 34                 break;
2 26 Feb 07 jari 35             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_AVERAGE_INVERTED:
2 26 Feb 07 jari 36                 valueColumns = adaptor.experimentIndices.length;
2 26 Feb 07 jari 37                 break;
2 26 Feb 07 jari 38             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 39                 valueColumns = adaptor.experimentIndices.length * 2;
2 26 Feb 07 jari 40                 break;
2 26 Feb 07 jari 41             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_P_SCORE:
2 26 Feb 07 jari 42                 valueColumns = adaptor.experimentIndices.length * 2;
2 26 Feb 07 jari 43                 break;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45         }
2 26 Feb 07 jari 46         return valueColumns + getNumAnnotationCols();
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     public Object getDataValueAt(int row, int col){
2 26 Feb 07 jari 50         int dataIndex = col - getNumAnnotationCols();
2 26 Feb 07 jari 51         float val;
2 26 Feb 07 jari 52 //      Raktim
2 26 Feb 07 jari 53         //System.out.println("adaptor.cloneValueType & adaptor.exprInd: " + adaptor.cloneValueType + " " + dataIndex);
2 26 Feb 07 jari 54         switch(adaptor.cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 55             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 56                 return getDyeSwapValue(dataIndex, row);
2 26 Feb 07 jari 57             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_AVERAGE_INVERTED:
2 26 Feb 07 jari 58                 val = getLogAverageInvertedValue(dataIndex, row);
2 26 Feb 07 jari 59                 if(Float.isInfinite(val)){
2 26 Feb 07 jari 60                     return null;
2 26 Feb 07 jari 61                 }else{
2 26 Feb 07 jari 62                     return new Float(val);
2 26 Feb 07 jari 63                 }
2 26 Feb 07 jari 64             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 65                 val = getLogDyeSwapValue(dataIndex, row);
2 26 Feb 07 jari 66                 if(Float.isInfinite(val)){
2 26 Feb 07 jari 67                     return new Float(Float.NaN);
2 26 Feb 07 jari 68                 }else{
2 26 Feb 07 jari 69                     return new Float(val);
2 26 Feb 07 jari 70                 }
2 26 Feb 07 jari 71             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_P_SCORE:
2 26 Feb 07 jari 72                 return getCloneDistributionPScoreValue(dataIndex, row);
2 26 Feb 07 jari 73             default:
2 26 Feb 07 jari 74                 return null;
2 26 Feb 07 jari 75         }
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79     private Object getDyeSwapValue(int index, int row){
2 26 Feb 07 jari 80
2 26 Feb 07 jari 81         int dyeSwapIndex = index % 2;
2 26 Feb 07 jari 82         int experimentIndex = index / 2;
2 26 Feb 07 jari 83
2 26 Feb 07 jari 84         if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 85             //return new Float(fcd.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row), CGHSampleData.CY3_SLIDES));
2 26 Feb 07 jari 86           return new Float(data.getCY3(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row)));
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88         }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 89             //return new Float(fcd.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row), CGHSampleData.CY5_SLIDES));
2 26 Feb 07 jari 90           return new Float(data.getCY5(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row)));
2 26 Feb 07 jari 91         }
2 26 Feb 07 jari 92         return null;
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     private float getLogDyeSwapValue(int index, int row){
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97         int dyeSwapIndex = index % 2;
2 26 Feb 07 jari 98         int experimentIndex = index / 2;
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100         if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 101             //return fcd.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row), CGHSampleData.CY3_SLIDES, true);
2 26 Feb 07 jari 102           return data.getCY3(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row));
2 26 Feb 07 jari 103         }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 104             //return fcd.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row), CGHSampleData.CY5_SLIDES, true);
2 26 Feb 07 jari 105           return data.getCY5(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row));
2 26 Feb 07 jari 106         }
2 26 Feb 07 jari 107         return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 108     }
2 26 Feb 07 jari 109
2 26 Feb 07 jari 110     private float getLogAverageInvertedValue(int index, int row){
2 26 Feb 07 jari 111         try{
2 26 Feb 07 jari 112             float val = data.getLogAverageInvertedValue(adaptor.experimentIndices[index], adaptor.getCloneIndex(row));
2 26 Feb 07 jari 113             return val;
2 26 Feb 07 jari 114         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 115             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 116         }
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119     private Object getCloneDistributionPScoreValue(int index, int row){
2 26 Feb 07 jari 120
2 26 Feb 07 jari 121         int dyeSwapIndex = index % 2;
2 26 Feb 07 jari 122         int experimentIndex = index / 2;
2 26 Feb 07 jari 123         if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 124             return new Float(data.getPValueByLogCloneDistribution(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row)));
2 26 Feb 07 jari 125
2 26 Feb 07 jari 126         }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 127             return new Float(data.getPValueByLogCloneDistribution(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], adaptor.getCloneIndex(row)));
2 26 Feb 07 jari 128         }
2 26 Feb 07 jari 129
2 26 Feb 07 jari 130         return null;
2 26 Feb 07 jari 131     }
2 26 Feb 07 jari 132
2 26 Feb 07 jari 133     public String getColumnDataName(int labelIndex){
2 26 Feb 07 jari 134
2 26 Feb 07 jari 135         String label = "";
2 26 Feb 07 jari 136         int dyeSwapIndex = labelIndex % 2;
2 26 Feb 07 jari 137         int experimentIndex = labelIndex / 2;
2 26 Feb 07 jari 138         String sampleName = data.getSampleName(adaptor.experimentIndices[experimentIndex]);
2 26 Feb 07 jari 139         switch(adaptor.cloneValueType){
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 142                 if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 143                     label = sampleName + " Cy3";
2 26 Feb 07 jari 144                 }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 145                     label = sampleName + " Cy5";
2 26 Feb 07 jari 146                 }
2 26 Feb 07 jari 147                 break;
2 26 Feb 07 jari 148             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_AVERAGE_INVERTED:
2 26 Feb 07 jari 149                 //label = data.getSampleName(experimentIndices[experimentIndex]);
2 26 Feb 07 jari 150                 label = sampleName;
2 26 Feb 07 jari 151                 break;
2 26 Feb 07 jari 152             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_DYE_SWAP:
2 26 Feb 07 jari 153                 if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 154                     label = sampleName + " Cy3";
2 26 Feb 07 jari 155                 }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 156                     label = sampleName + " Cy5";
2 26 Feb 07 jari 157                 }
2 26 Feb 07 jari 158                 break;
2 26 Feb 07 jari 159             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_P_SCORE:
2 26 Feb 07 jari 160                 if(dyeSwapIndex == 0){
2 26 Feb 07 jari 161                     label = sampleName + " Cy3";
2 26 Feb 07 jari 162                 }else if(dyeSwapIndex == 1){
2 26 Feb 07 jari 163                     label = sampleName + " Cy5";
2 26 Feb 07 jari 164                 }
2 26 Feb 07 jari 165                 break;
2 26 Feb 07 jari 166         }
2 26 Feb 07 jari 167         return label;
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169
2 26 Feb 07 jari 170 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)