mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CGHTableDataModelNoDyeSwap.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHTableDataModelNoDyeSwap.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on July 5, 2003, 11:32 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 10 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 /**
2 26 Feb 07 jari 13  *
2 26 Feb 07 jari 14  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 15  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 public class CGHTableDataModelNoDyeSwap extends CGHTableDataModel {
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20     /** Creates a new instance of CGHTableDataModelDyeSwap */
2 26 Feb 07 jari 21     public CGHTableDataModelNoDyeSwap(/*CGHMultipleArrayDataFcd fcd,*/ IFramework framework, int experimentIndex, int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 22         super(/*fcd,*/ framework, experimentIndex, chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 23     }
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25     public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 26         return adaptor.experimentIndices.length + getNumAnnotationCols();
2 26 Feb 07 jari 27     }
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     public String getColumnDataName(int labelIndex) {
2 26 Feb 07 jari 30         return data.getSampleName(adaptor.experimentIndices[labelIndex]);
2 26 Feb 07 jari 31     }
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Remember getRatio Glitch
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public Object getDataValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 37         int experimentIndex = col - getNumAnnotationCols();
2 26 Feb 07 jari 38         //Raktim
2 26 Feb 07 jari 39         //System.out.println("CGHTableDataModelNoDyeSwap, experimentIndex,  adaptor.experimentIndices[experimentIndex]: " + experimentIndex + " " + adaptor.experimentIndices[experimentIndex]);
2 26 Feb 07 jari 40         int cloneIndex = adaptor.getCloneIndex(row);
2 26 Feb 07 jari 41         switch (adaptor.getCloneValueType()){
2 26 Feb 07 jari 42             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_RATIOS:
2 26 Feb 07 jari 43               //Bug with Expr index
2 26 Feb 07 jari 44                 //return new Float(data.getRatio(experimentIndex, cloneIndex, IData.LOG));
2 26 Feb 07 jari 45               return new Float(data.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], cloneIndex, IData.LOG));
2 26 Feb 07 jari 46             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_LOG_RATIOS:
2 26 Feb 07 jari 47               //Bug with Expr index
2 26 Feb 07 jari 48                 //return new Float(data.getRatio(experimentIndex, cloneIndex, IData.LOG));
2 26 Feb 07 jari 49               return new Float(data.getRatio(adaptor.experimentIndices[experimentIndex], cloneIndex, IData.LOG));
2 26 Feb 07 jari 50             case CGHBrowserModelAdaptor.CLONE_VALUES_P_SCORE:
2 26 Feb 07 jari 51                 return new Float(data.getPValueByLogCloneDistribution(experimentIndex, cloneIndex));
2 26 Feb 07 jari 52         }
2 26 Feb 07 jari 53         return new Float(Float.NaN);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)