mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CGHViewerDataModel.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHViewerDataModel.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on June 15, 2003, 1:42 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 19  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 20  */
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class CGHViewerDataModel {
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     public static final int CLONE_VALUES_DISCRETE_DETERMINATION = 0;
2 26 Feb 07 jari 25     public static final int CLONE_VALUES_CONTINUOUS = 1;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     public static final int BAD_CLONE = -10;
2 26 Feb 07 jari 28     public static final int NO_COPY_CHANGE = -11;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30     /**
2 26 Feb 07 jari 31     protected Color COLOR_NULL = Color.darkGray;
2 26 Feb 07 jari 32     protected Color COLOR_AMP = Color.green;
2 26 Feb 07 jari 33     protected Color COLOR_AMP_2_COPY = Color.yellow;
2 26 Feb 07 jari 34     protected Color COLOR_DEL = Color.red;
2 26 Feb 07 jari 35     protected Color COLOR_DEL_2_COPY = Color.pink;
2 26 Feb 07 jari 36     protected Color COLOR_DEFAULT = Color.blue;
2 26 Feb 07 jari 37     protected Color COLOR_ERROR = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 38     */
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * New Color Defs for CGH
2 26 Feb 07 jari 42      * Raktim CGH Colors
2 26 Feb 07 jari 43      * Nov 22, 2005
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     protected Color COLOR_NULL = Color.darkGray;
2 26 Feb 07 jari 46     protected Color COLOR_AMP = Color.red;
2 26 Feb 07 jari 47     protected Color COLOR_AMP_2_COPY = Color.pink;
2 26 Feb 07 jari 48     protected Color COLOR_DEL = Color.green;
2 26 Feb 07 jari 49     protected Color COLOR_DEL_2_COPY = Color.yellow;
2 26 Feb 07 jari 50     protected Color COLOR_DEFAULT = Color.blue;
2 26 Feb 07 jari 51     protected Color COLOR_ERROR = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     protected BufferedImage negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 54     protected BufferedImage posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 55     protected float maxRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 56     protected float minRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58     protected int cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     IData data;
2 26 Feb 07 jari 61     //CGHMultipleArrayDataFcd fcd;
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63     /** Creates a new instance of CGHViewerDataModel */
2 26 Feb 07 jari 64     //public CGHViewerDataModel(CGHMultipleArrayDataFcd fcd) {
2 26 Feb 07 jari 65     public CGHViewerDataModel(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 66         //this.fcd = fcd;
2 26 Feb 07 jari 67         //this.data = fcd.getData();
2 26 Feb 07 jari 68       this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70         this.negColorImage = framework.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 71         this.posColorImage = framework.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75     public Color getColor(float value){
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77         if (Float.isNaN(value) || value == BAD_CLONE) {
2 26 Feb 07 jari 78             return COLOR_NULL;
2 26 Feb 07 jari 79         }
2 26 Feb 07 jari 80
2 26 Feb 07 jari 81         if(this.cloneValueType == CLONE_VALUES_DISCRETE_DETERMINATION){
2 26 Feb 07 jari 82             return getDiscreteColor((int)value);
2 26 Feb 07 jari 83         }else{
2 26 Feb 07 jari 84             return getContinuousColor(value);
2 26 Feb 07 jari 85         }
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88     public Color getContinuousColor(float value){
2 26 Feb 07 jari 89         float maximum = value < 0 ? minRatioScale : maxRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 90         int colorIndex = (int)(255*value/maximum);
2 26 Feb 07 jari 91         colorIndex = colorIndex > 255 ? 255 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 92         colorIndex = colorIndex < 0 ? 0 : colorIndex;
2 26 Feb 07 jari 93         int rgb = value < 0 ? negColorImage.getRGB(255-colorIndex, 0) : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 94         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98     public Color getDiscreteColor(int copyNumber){
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100         if(copyNumber == BAD_CLONE){
2 26 Feb 07 jari 101             return COLOR_NULL;
2 26 Feb 07 jari 102         }
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104         if(copyNumber == NO_COPY_CHANGE){
2 26 Feb 07 jari 105             return COLOR_DEFAULT;
2 26 Feb 07 jari 106         }
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108         if(copyNumber < 0){
2 26 Feb 07 jari 109             if(copyNumber < -1){
2 26 Feb 07 jari 110                 return COLOR_DEL_2_COPY;
2 26 Feb 07 jari 111             }else{
2 26 Feb 07 jari 112                 return COLOR_DEL;
2 26 Feb 07 jari 113             }
2 26 Feb 07 jari 114         }
2 26 Feb 07 jari 115
2 26 Feb 07 jari 116         if(copyNumber > 0){
2 26 Feb 07 jari 117             if(copyNumber > 1){
2 26 Feb 07 jari 118                 return COLOR_AMP_2_COPY;
2 26 Feb 07 jari 119             }else{
2 26 Feb 07 jari 120                 return COLOR_AMP;
2 26 Feb 07 jari 121             }
2 26 Feb 07 jari 122         }
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124         return COLOR_ERROR;
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127     /** Getter for property negColorImage.
2 26 Feb 07 jari 128      * @return Value of property negColorImage.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public java.awt.image.BufferedImage getNegColorImage() {
2 26 Feb 07 jari 131         return negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134     /** Setter for property negColorImage.
2 26 Feb 07 jari 135      * @param negColorImage New value of property negColorImage.
2 26 Feb 07 jari 136      */
2 26 Feb 07 jari 137     public void setNegColorImage(java.awt.image.BufferedImage negColorImage) {
2 26 Feb 07 jari 138         this.negColorImage = negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141     /** Getter for property posColorImage.
2 26 Feb 07 jari 142      * @return Value of property posColorImage.
2 26 Feb 07 jari 143      */
2 26 Feb 07 jari 144     public java.awt.image.BufferedImage getPosColorImage() {
2 26 Feb 07 jari 145         return posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147
2 26 Feb 07 jari 148     /** Setter for property posColorImage.
2 26 Feb 07 jari 149      * @param posColorImage New value of property posColorImage.
2 26 Feb 07 jari 150      */
2 26 Feb 07 jari 151     public void setPosColorImage(java.awt.image.BufferedImage posColorImage) {
2 26 Feb 07 jari 152         this.posColorImage = posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154
2 26 Feb 07 jari 155
2 26 Feb 07 jari 156     /** Getter for property maxRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 157      * @return Value of property maxRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 158      */
2 26 Feb 07 jari 159     public float getMaxRatioScale() {
2 26 Feb 07 jari 160         return maxRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 161     }
2 26 Feb 07 jari 162
2 26 Feb 07 jari 163     /** Setter for property maxRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 164      * @param maxRatioScale New value of property maxRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 165      */
2 26 Feb 07 jari 166     public void setMaxRatioScale(float maxRatioScale) {
2 26 Feb 07 jari 167         this.maxRatioScale = maxRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169
2 26 Feb 07 jari 170     /** Getter for property minRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 171      * @return Value of property minRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 172      */
2 26 Feb 07 jari 173     public float getMinRatioScale() {
2 26 Feb 07 jari 174         return minRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 175     }
2 26 Feb 07 jari 176
2 26 Feb 07 jari 177     /** Setter for property minRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 178      * @param minRatioScale New value of property minRatioScale.
2 26 Feb 07 jari 179      */
2 26 Feb 07 jari 180     public void setMinRatioScale(float minRatioScale) {
2 26 Feb 07 jari 181         this.minRatioScale = minRatioScale;
2 26 Feb 07 jari 182     }
2 26 Feb 07 jari 183
2 26 Feb 07 jari 184     /** Getter for property cloneValueType.
2 26 Feb 07 jari 185      * @return Value of property cloneValueType.
2 26 Feb 07 jari 186      */
2 26 Feb 07 jari 187     public int getCloneValueType() {
2 26 Feb 07 jari 188         return cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190
2 26 Feb 07 jari 191     /** Setter for property cloneValueType.
2 26 Feb 07 jari 192      * @param cloneValueType New value of property cloneValueType.
2 26 Feb 07 jari 193      */
2 26 Feb 07 jari 194     public void setCloneValueType(int cloneValueType) {
2 26 Feb 07 jari 195         this.cloneValueType = cloneValueType;
2 26 Feb 07 jari 196     }
2 26 Feb 07 jari 197
2 26 Feb 07 jari 198     public void onCloneValuesChanged(ICGHCloneValueMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 199         int type = menu.getCloneValueType();
2 26 Feb 07 jari 200         if(type == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_DISCRETE_DETERMINATION ||
2 26 Feb 07 jari 201             type == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_LOG_CLONE_DISTRIBUTION ||
2 26 Feb 07 jari 202             type == ICGHCloneValueMenu.CLONE_VALUE_THRESHOLD_OR_CLONE_DISTRIBUTION){
2 26 Feb 07 jari 203             this.cloneValueType = CLONE_VALUES_DISCRETE_DETERMINATION;
2 26 Feb 07 jari 204         }else{
2 26 Feb 07 jari 205             this.cloneValueType = CLONE_VALUES_CONTINUOUS;
2 26 Feb 07 jari 206         }
2 26 Feb 07 jari 207     }
2 26 Feb 07 jari 208
2 26 Feb 07 jari 209     public int getCGHSpecies(){
2 26 Feb 07 jari 210       return data.getCGHSpecies();
2 26 Feb 07 jari 211     }
2 26 Feb 07 jari 212 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)