mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataModel/CytoBandsModel.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CytoBandsModel.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on January 23, 2003, 6:01 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CytoBand;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CytoBands;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 19  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 20  */
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class CytoBandsModel {
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     public Color COLOR_GNEG = Color.lightGray;
2 26 Feb 07 jari 25     public Color COLOR_GPOS = Color.darkGray;
2 26 Feb 07 jari 26     public Color COLOR_GVAR = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 27     public Color COLOR_ACEN = Color.red;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     public Color COLOR_DEFAULT = Color.yellow;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31     private CytoBands cytoBands;// = SessionObjects.cytoBands;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33     int chromosomeIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 34     Vector dataElements = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36     /** Creates a new instance of CytoBandsModel */
2 26 Feb 07 jari 37     public CytoBandsModel(CytoBands cytoBands) {
2 26 Feb 07 jari 38         this.cytoBands = cytoBands;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40         //this.chromosomeIndex = chromosomeIndex;
2 26 Feb 07 jari 41         //dataElements = cytoBands.getDataElementsAt();
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44     public void setChromosomeIndex(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 45         this.chromosomeIndex = chromosomeIndex;
2 26 Feb 07 jari 46         dataElements = cytoBands.getDataElementsAt(chromosomeIndex);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     public int getNumCytoBands(){
2 26 Feb 07 jari 50         return dataElements.size();
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54     public int getMaxPosition(){
2 26 Feb 07 jari 55         int maxPosition = 0;
2 26 Feb 07 jari 56         Iterator it = dataElements.iterator();
2 26 Feb 07 jari 57
2 26 Feb 07 jari 58         CytoBand curCytoBand;
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 61             curCytoBand = (CytoBand)it.next();
2 26 Feb 07 jari 62             if(curCytoBand.getChromEnd() > maxPosition){
2 26 Feb 07 jari 63                 maxPosition = curCytoBand.getChromEnd();
2 26 Feb 07 jari 64             }
2 26 Feb 07 jari 65         }
2 26 Feb 07 jari 66         return maxPosition;
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69     public CytoBand getCytoBandAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 70         return (CytoBand) dataElements.get(index);
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72
2 26 Feb 07 jari 73     public Color getDataPointColor(int cytoBandIndex){
2 26 Feb 07 jari 74         String stain = ((CytoBand)dataElements.get(cytoBandIndex)).getStain();
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76         if("gpos75".equals(stain) || "gpos50".equals(stain) || "gpos100".equals(stain) || "gpos25".equals(stain) || "gpos33".equals(stain) || "gpos66".equals(stain)){
2 26 Feb 07 jari 77             return COLOR_GPOS;
2 26 Feb 07 jari 78         }else if("gneg".equals(stain)){
2 26 Feb 07 jari 79             return COLOR_GNEG;
2 26 Feb 07 jari 80         }else if("gvar".equals(stain)){
2 26 Feb 07 jari 81             return COLOR_GVAR;
2 26 Feb 07 jari 82         }else if("acen".equals(stain)){
2 26 Feb 07 jari 83             return COLOR_ACEN;
2 26 Feb 07 jari 84         }else{
2 26 Feb 07 jari 85             return COLOR_DEFAULT;
2 26 Feb 07 jari 86         }
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)