mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/AlterationRegion.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * AlterationRegion.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on May 19, 2003, 12:21 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.text.NumberFormat;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 11 /**
2 26 Feb 07 jari 12  *
2 26 Feb 07 jari 13  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 14  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 15  */
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 public class AlterationRegion {
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19     ICGHDataRegion dataRegion;
2 26 Feb 07 jari 20     int numAlterations = 0;
2 26 Feb 07 jari 21     //float percentAltered;
2 26 Feb 07 jari 22     int numSamples;
2 26 Feb 07 jari 23     Vector alteredExperiments = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25     int numAmplifications;
2 26 Feb 07 jari 26     int numDeletions;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28     String name;
2 26 Feb 07 jari 29     float[] alteredExperimentValues;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31     /** Creates a new instance of AlterationRegion */
2 26 Feb 07 jari 32     public AlterationRegion() {
2 26 Feb 07 jari 33     }
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     /** Getter for property dataRegion.
2 26 Feb 07 jari 36      * @return Value of property dataRegion.
2 26 Feb 07 jari 37      */
2 26 Feb 07 jari 38     public ICGHDataRegion getDataRegion() {
2 26 Feb 07 jari 39         return dataRegion;
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     /** Setter for property dataRegion.
2 26 Feb 07 jari 43      * @param dataRegion New value of property dataRegion.
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public void setDataRegion(ICGHDataRegion dataRegion) {
2 26 Feb 07 jari 46         this.dataRegion = dataRegion;
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     /** Getter for property numAlterations.
2 26 Feb 07 jari 50      * @return Value of property numAlterations.
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public int getNumAlterations() {
2 26 Feb 07 jari 53         return numAlterations;
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56     /** Setter for property numAlterations.
2 26 Feb 07 jari 57      * @param numAlterations New value of property numAlterations.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     public void setNumAlterations(int numAlterations) {
2 26 Feb 07 jari 60         this.numAlterations = numAlterations;
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63     public void incrementAlterations(){
2 26 Feb 07 jari 64         this.numAlterations++;
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67     /** Getter for property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 68      * @return Value of property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     public float getPercentAltered() {
2 26 Feb 07 jari 71         return (float)numAlterations / (float)numSamples;
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75     /** Getter for property alteredExperiments.
2 26 Feb 07 jari 76      * @return Value of property alteredExperiments.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     public Vector getAlteredExperiments() {
2 26 Feb 07 jari 79         return alteredExperiments;
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82     /** Setter for property alteredExperiments.
2 26 Feb 07 jari 83      * @param alteredExperiments New value of property alteredExperiments.
2 26 Feb 07 jari 84      */
2 26 Feb 07 jari 85     public void setAlteredExperiments(Vector alteredExperiments) {
2 26 Feb 07 jari 86         this.alteredExperiments = alteredExperiments;
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89     /** Getter for property numSamples.
2 26 Feb 07 jari 90      * @return Value of property numSamples.
2 26 Feb 07 jari 91      */
2 26 Feb 07 jari 92     public int getNumSamples() {
2 26 Feb 07 jari 93         return numSamples;
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96     /** Setter for property numSamples.
2 26 Feb 07 jari 97      * @param numSamples New value of property numSamples.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     public void setNumSamples(int numSamples) {
2 26 Feb 07 jari 100         alteredExperimentValues = new float[numSamples];
2 26 Feb 07 jari 101         for(int i = 0; i < alteredExperimentValues.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 102             alteredExperimentValues[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 103         }
2 26 Feb 07 jari 104         this.numSamples = numSamples;
2 26 Feb 07 jari 105     }
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107     public float[] getAlteredExperimentValues(){
2 26 Feb 07 jari 108         return this.alteredExperimentValues;
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111     /** Getter for property name.
2 26 Feb 07 jari 112      * @return Value of property name.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     public String getName() {
2 26 Feb 07 jari 115         NumberFormat nf = NumberFormat.getInstance();
2 26 Feb 07 jari 116         String name = "Chrom: " + (dataRegion.getChromosomeIndex() + 1);
2 26 Feb 07 jari 117         String startString = nf.format(dataRegion.getStart() / 1000000);
2 26 Feb 07 jari 118         //name += " Start: " + dataRegion.getStart();
2 26 Feb 07 jari 119         name += " Start: " + startString;
2 26 Feb 07 jari 120         String stopString = nf.format(dataRegion.getStop() / 1000000);
2 26 Feb 07 jari 121         //name += " Stop: " + dataRegion.getStop();
2 26 Feb 07 jari 122         name += " Stop: " + stopString;
2 26 Feb 07 jari 123         return name;
2 26 Feb 07 jari 124         //return name;
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127     /** Setter for property name.
2 26 Feb 07 jari 128      * @param name New value of property name.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public void setName(java.lang.String name) {
2 26 Feb 07 jari 131         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134
2 26 Feb 07 jari 135
2 26 Feb 07 jari 136     /** Getter for property numDeletions.
2 26 Feb 07 jari 137      * @return Value of property numDeletions.
2 26 Feb 07 jari 138      */
2 26 Feb 07 jari 139     public int getNumDeletions() {
2 26 Feb 07 jari 140         return numDeletions;
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143     /** Setter for property numDeletions.
2 26 Feb 07 jari 144      * @param numDeletions New value of property numDeletions.
2 26 Feb 07 jari 145      */
2 26 Feb 07 jari 146     public void setNumDeletions(int numDeletions) {
2 26 Feb 07 jari 147         this.numDeletions = numDeletions;
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149
2 26 Feb 07 jari 150     /** Getter for property numAmplifications.
2 26 Feb 07 jari 151      * @return Value of property numAmplifications.
2 26 Feb 07 jari 152      */
2 26 Feb 07 jari 153     public int getNumAmplifications() {
2 26 Feb 07 jari 154         return numAmplifications;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156
2 26 Feb 07 jari 157     /** Setter for property numAmplifications.
2 26 Feb 07 jari 158      * @param numAmplifications New value of property numAmplifications.
2 26 Feb 07 jari 159      */
2 26 Feb 07 jari 160     public void setNumAmplifications(int numAmplifications) {
2 26 Feb 07 jari 161         this.numAmplifications = numAmplifications;
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164     /** Getter for property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 165      * @return Value of property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 166      */
2 26 Feb 07 jari 167     public float getPercentAmplified() {
2 26 Feb 07 jari 168         return (float)numAmplifications / (float)numSamples;
2 26 Feb 07 jari 169     }
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171     /** Getter for property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 172      * @return Value of property percentAltered.
2 26 Feb 07 jari 173      */
2 26 Feb 07 jari 174     public float getPercentDeleted() {
2 26 Feb 07 jari 175         return (float)numDeletions / (float)numSamples;
2 26 Feb 07 jari 176     }
2 26 Feb 07 jari 177
2 26 Feb 07 jari 178 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)