mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/AlterationRegions.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * AlterationRegions.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on January 25, 2003, 12:28 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 /**
2 26 Feb 07 jari 13  *
2 26 Feb 07 jari 14  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 15  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 public class AlterationRegions {
2 26 Feb 07 jari 19     int chromosome;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21     /** Holds value of property alterationRegions. */
2 26 Feb 07 jari 22     private Vector alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     /** Creates a new instance of AlterationRegions */
2 26 Feb 07 jari 25     public AlterationRegions() {
2 26 Feb 07 jari 26         this.alterationRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 27     }
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     public AlterationRegions(int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 30         this.alterationRegions = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 31         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 32     }
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     /** Getter for property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 35      * @return Value of property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public Vector getAlterationRegions() {
2 26 Feb 07 jari 38         return this.alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 39     }
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41     /** Setter for property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 42      * @param alterationRegions New value of property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public void setAlterationRegions(Vector alterationRegions) {
2 26 Feb 07 jari 45         this.alterationRegions = alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 46     }
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48     public AlterationRegion getAlterationRegion(int start, int stop, int type, int numSamples){
2 26 Feb 07 jari 49         if(stop < start){
2 26 Feb 07 jari 50             int tmp = start;
2 26 Feb 07 jari 51             start = stop;
2 26 Feb 07 jari 52             stop = tmp;
2 26 Feb 07 jari 53         }
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55         Iterator it = alterationRegions.iterator();
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57         AlterationRegion curRegion;
2 26 Feb 07 jari 58         while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 59             curRegion = (AlterationRegion)it.next();
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61             if(curRegion.getDataRegion().getStart() == start && curRegion.getDataRegion().getStop() == stop){
2 26 Feb 07 jari 62                 return curRegion;
2 26 Feb 07 jari 63             }
2 26 Feb 07 jari 64         }
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66         curRegion = new AlterationRegion();
2 26 Feb 07 jari 67         FlankingRegion flankingRegion = new FlankingRegion(start, stop, type, chromosome);
2 26 Feb 07 jari 68         curRegion.setDataRegion(flankingRegion);
2 26 Feb 07 jari 69         curRegion.setNumSamples(numSamples);
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71         alterationRegions.add(curRegion);
2 26 Feb 07 jari 72
2 26 Feb 07 jari 73         return curRegion;
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76     /** Getter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 77      * @return Value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     public int getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 80         return chromosome;
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83     /** Setter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 84      * @param chromosome New value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     public void setChromosome(int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 87         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)