mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/CGHClone.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHClone.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on September 20, 2002, 12:05 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 //import java.sql.ResultSet;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHUtil.CGHUtility;
2 26 Feb 07 jari 12 /**
2 26 Feb 07 jari 13  *
2 26 Feb 07 jari 14  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 15  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 public class CGHClone implements ICGHDataRegion {
2 26 Feb 07 jari 19     public static final int NOT_FOUND = -1;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22     /** Holds value of property name. */
2 26 Feb 07 jari 23     protected String name;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25     /** Holds value of property chromosome. */
2 26 Feb 07 jari 26     private int chromosome;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28     /** Holds value of property start. */
2 26 Feb 07 jari 29     protected int start;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31     /** Holds value of property stop. */
2 26 Feb 07 jari 32     protected int stop;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     /** Creates a new instance of CGHClone */
2 26 Feb 07 jari 35     public CGHClone() {
2 26 Feb 07 jari 36     }
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38     /**
2 26 Feb 07 jari 39      * Rakitm
2 26 Feb 07 jari 40      * @param name
2 26 Feb 07 jari 41      * @param chromosome
2 26 Feb 07 jari 42      * @param start
2 26 Feb 07 jari 43      * @param stop
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public CGHClone(String name, String chromosome, String start, String stop, int species){
2 26 Feb 07 jari 46         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 47         try {
2 26 Feb 07 jari 48           this.chromosome = Integer.parseInt(chromosome);
2 26 Feb 07 jari 49         }
2 26 Feb 07 jari 50         catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 51           this.chromosome = CGHUtility.convertStringToChrom(chromosome, species);
2 26 Feb 07 jari 52           /*
2 26 Feb 07 jari 53           if (chromosome.equalsIgnoreCase("X") || chromosome.equalsIgnoreCase("chrX")){
2 26 Feb 07 jari 54             this.chromosome = 23;
2 26 Feb 07 jari 55           }
2 26 Feb 07 jari 56           else if (chromosome.equalsIgnoreCase("Y")){
2 26 Feb 07 jari 57             this.chromosome = 24;
2 26 Feb 07 jari 58           }
2 26 Feb 07 jari 59           else {
2 26 Feb 07 jari 60             System.out.print("CGHClone Exception : ");
2 26 Feb 07 jari 61             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 62           }
2 26 Feb 07 jari 63           */
2 26 Feb 07 jari 64         }
2 26 Feb 07 jari 65         this.start = Integer.parseInt(start);
2 26 Feb 07 jari 66         this.stop = Integer.parseInt(stop);
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69     /**
2 26 Feb 07 jari 70      *
2 26 Feb 07 jari 71      * @param name
2 26 Feb 07 jari 72      * @param chromosome
2 26 Feb 07 jari 73      * @param start
2 26 Feb 07 jari 74      * @param stop
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     public CGHClone(String name, int chromosome, int start, int stop){
2 26 Feb 07 jari 77         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 78         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 79         this.start = start;
2 26 Feb 07 jari 80         this.stop = stop;
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      *
2 26 Feb 07 jari 85      * @param name
2 26 Feb 07 jari 86      * @param chromosome
2 26 Feb 07 jari 87      * @param start
2 26 Feb 07 jari 88      * @param stop
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     public CGHClone(String name, String chromosome, int start, int stop, int species){
2 26 Feb 07 jari 91         this(name, CGHUtility.convertStringToChrom(chromosome, species), start, stop);
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93
2 26 Feb 07 jari 94     public String toString(){
2 26 Feb 07 jari 95         return this.name;
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98     /*
2 26 Feb 07 jari 99     public void populate(ResultSet rs){
2 26 Feb 07 jari 100         try{
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102             this.name = rs.getString("name").trim().toUpperCase();
2 26 Feb 07 jari 103             this.chromosome = CGHUtility.convertStringToChrom(rs.getString("chrom"));
2 26 Feb 07 jari 104             this.start = rs.getInt("chromStart");
2 26 Feb 07 jari 105             this.stop = rs.getInt("chromEnd");
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107         }catch(Exception e){
2 26 Feb 07 jari 108             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 109         }
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111     */
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113      /** Getter for property name.
2 26 Feb 07 jari 114      * @return Value of property name.
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     public String getName() {
2 26 Feb 07 jari 117         return this.name;
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120     /** Setter for property name.
2 26 Feb 07 jari 121      * @param name New value of property name.
2 26 Feb 07 jari 122      */
2 26 Feb 07 jari 123     public void setName(String name) {
2 26 Feb 07 jari 124         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127     /** Getter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 128      * @return Value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public int getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 131         return this.chromosome;
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134
2 26 Feb 07 jari 135     /** Setter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 136      * @param chromosome New value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 137      */
2 26 Feb 07 jari 138     public void setChromosome(int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 139         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 140     }
2 26 Feb 07 jari 141
2 26 Feb 07 jari 142     public int getChromosomeIndex(){
2 26 Feb 07 jari 143         return this.chromosome - 1;
2 26 Feb 07 jari 144     }
2 26 Feb 07 jari 145
2 26 Feb 07 jari 146     /** Getter for property start.
2 26 Feb 07 jari 147      * @return Value of property start.
2 26 Feb 07 jari 148      */
2 26 Feb 07 jari 149     public int getStart() {
2 26 Feb 07 jari 150         return this.start;
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153     /** Setter for property start.
2 26 Feb 07 jari 154      * @param start New value of property start.
2 26 Feb 07 jari 155      */
2 26 Feb 07 jari 156     public void setStart(int start) {
2 26 Feb 07 jari 157         this.start = start;
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159
2 26 Feb 07 jari 160     /** Getter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 161      * @return Value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 162      */
2 26 Feb 07 jari 163     public int getStop() {
2 26 Feb 07 jari 164         return this.stop;
2 26 Feb 07 jari 165     }
2 26 Feb 07 jari 166
2 26 Feb 07 jari 167     /** Setter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 168      * @param stop New value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 169      */
2 26 Feb 07 jari 170     public void setStop(int stop) {
2 26 Feb 07 jari 171         this.stop = stop;
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173
2 26 Feb 07 jari 174     public boolean equals(Object obj){
2 26 Feb 07 jari 175       CGHClone obj_T = (CGHClone)obj;
2 26 Feb 07 jari 176       /*
2 26 Feb 07 jari 177       System.out.println("CGHClone.equals()");
2 26 Feb 07 jari 178       System.out.println("Name:  " + this.getName() + ", "+ obj.getName());
2 26 Feb 07 jari 179       System.out.println("Chr:   " + this.getChromosome() + ", " + obj.getChromosome());
2 26 Feb 07 jari 180       System.out.println("Start: " + this.getStart() + ", " + obj.getStart());
2 26 Feb 07 jari 181       System.out.println("Stop:  " + this.getStop() + ", " + obj.getStop());
2 26 Feb 07 jari 182       */
2 26 Feb 07 jari 183       if(this.getChromosome() == obj_T.getChromosome() &&
2 26 Feb 07 jari 184           this.getName().equals(obj_T.getName()) &&
2 26 Feb 07 jari 185           this.getStart() == obj_T.getStart()){
2 26 Feb 07 jari 186             return true;
2 26 Feb 07 jari 187         }else {
2 26 Feb 07 jari 188           return false;
2 26 Feb 07 jari 189         }
2 26 Feb 07 jari 190     }
2 26 Feb 07 jari 191
2 26 Feb 07 jari 192     public Object clone(){
2 26 Feb 07 jari 193       return new CGHClone(this.getName().trim(), this.getChromosome(), this.getStart(), this.getStop());
2 26 Feb 07 jari 194     }
2 26 Feb 07 jari 195 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:51 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)