mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/CytoBand.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CytoBand.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on January 23, 2003, 5:40 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.sql.ResultSet;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHUtil.CGHUtility;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 /**
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 16  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 17  */
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 public class CytoBand {
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21     /** Holds value of property chrom. */
2 26 Feb 07 jari 22     private int chromosome;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     /** Holds value of property chromStart. */
2 26 Feb 07 jari 25     private int chromStart;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     /** Holds value of property chromEnd. */
2 26 Feb 07 jari 28     private int chromEnd;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30     /** Holds value of property name. */
2 26 Feb 07 jari 31     private String name;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33     /** Holds value of property stain. */
2 26 Feb 07 jari 34     private String stain;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36     /** Creates a new instance of CytoBand */
2 26 Feb 07 jari 37     public CytoBand() {
2 26 Feb 07 jari 38     }
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     public CytoBand(String chromosome, int chromStart, int chromEnd, String name, String stain, int species){
2 26 Feb 07 jari 41         this.chromosome = CGHUtility.convertStringToChrom(chromosome, species);
2 26 Feb 07 jari 42         this.chromStart = chromStart;
2 26 Feb 07 jari 43         this.chromEnd = chromEnd;
2 26 Feb 07 jari 44         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 45         this.stain = stain;
2 26 Feb 07 jari 46     }
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48     public void populate(ResultSet rs, int species){
2 26 Feb 07 jari 49         try{
2 26 Feb 07 jari 50             this.chromosome = CGHUtility.convertStringToChrom(rs.getString("chrom"), species);
2 26 Feb 07 jari 51             this.chromStart = rs.getInt("chromStart");
2 26 Feb 07 jari 52             this.chromEnd = rs.getInt("chromEnd");
2 26 Feb 07 jari 53             this.name = rs.getString("name");
2 26 Feb 07 jari 54             this.stain = rs.getString("gieStain");
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56         }catch(Exception e){
2 26 Feb 07 jari 57             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 58         }
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61     /** Getter for property chrom.
2 26 Feb 07 jari 62      * @return Value of property chrom.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     public int getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 65         return this.chromosome;
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67
2 26 Feb 07 jari 68     /** Setter for property chrom.
2 26 Feb 07 jari 69      * @param chrom New value of property chrom.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public void setChromosome(int chrom) {
2 26 Feb 07 jari 72         this.chromosome = chrom;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75     /** Getter for property chromStart.
2 26 Feb 07 jari 76      * @return Value of property chromStart.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     public int getChromStart() {
2 26 Feb 07 jari 79         return this.chromStart;
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82     /** Setter for property chromStart.
2 26 Feb 07 jari 83      * @param chromStart New value of property chromStart.
2 26 Feb 07 jari 84      */
2 26 Feb 07 jari 85     public void setChromStart(int chromStart) {
2 26 Feb 07 jari 86         this.chromStart = chromStart;
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89     /** Getter for property chromEnd.
2 26 Feb 07 jari 90      * @return Value of property chromEnd.
2 26 Feb 07 jari 91      */
2 26 Feb 07 jari 92     public int getChromEnd() {
2 26 Feb 07 jari 93         return this.chromEnd;
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95
2 26 Feb 07 jari 96     /** Setter for property chromEnd.
2 26 Feb 07 jari 97      * @param chromEnd New value of property chromEnd.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     public void setChromEnd(int chromEnd) {
2 26 Feb 07 jari 100         this.chromEnd = chromEnd;
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103     /** Getter for property name.
2 26 Feb 07 jari 104      * @return Value of property name.
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106     public String getName() {
2 26 Feb 07 jari 107         return this.name;
2 26 Feb 07 jari 108     }
2 26 Feb 07 jari 109
2 26 Feb 07 jari 110     /** Setter for property name.
2 26 Feb 07 jari 111      * @param name New value of property name.
2 26 Feb 07 jari 112      */
2 26 Feb 07 jari 113     public void setName(String name) {
2 26 Feb 07 jari 114         this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     /** Getter for property stain.
2 26 Feb 07 jari 118      * @return Value of property stain.
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     public String getStain() {
2 26 Feb 07 jari 121         return this.stain;
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     /** Setter for property stain.
2 26 Feb 07 jari 125      * @param stain New value of property stain.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     public void setStain(String stain) {
2 26 Feb 07 jari 128         this.stain = stain;
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130
2 26 Feb 07 jari 131 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)