mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/CytoBands.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * cytoBands.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on January 23, 2003, 5:47 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.io.FileReader;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 19  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 20  */
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class CytoBands {
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     /** Holds value of property cytoBands. */
2 26 Feb 07 jari 25     private Vector[] cytoBands = new Vector[24];
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     /** Creates a new instance of cytoBands */
2 26 Feb 07 jari 28     public CytoBands() {
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30         for(int i = 0; i < cytoBands.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 31             cytoBands[i] = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 32         }
2 26 Feb 07 jari 33     }
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     /** Getter for property cytoBands.
2 26 Feb 07 jari 36      * @return Value of property cytoBands.
2 26 Feb 07 jari 37      */
2 26 Feb 07 jari 38     public Vector[] getCytoBands() {
2 26 Feb 07 jari 39         return this.cytoBands;
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     public Vector getDataElementsAt(int chromosomeIndex){
2 26 Feb 07 jari 43         return this.cytoBands[chromosomeIndex];
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46     /** Setter for property cytoBands.
2 26 Feb 07 jari 47      * @param cytoBands New value of property cytoBands.
2 26 Feb 07 jari 48      */
2 26 Feb 07 jari 49     public void setCytoBands(Vector[] cytoBands) {
2 26 Feb 07 jari 50         this.cytoBands = cytoBands;
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52     /*
2 26 Feb 07 jari 53     public void loadAllCytoBands(){
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55         DSqlHandler objPersist = new DSqlHandler();
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57         String sql = "select * from \"Mapping_31\".dbo.tblCytoBand";
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59         ResultSet rs = objPersist.fetchItems(sql);
2 26 Feb 07 jari 60         CytoBand curCytoBand = null;
2 26 Feb 07 jari 61         Vector allCytoBands = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 62         try{
2 26 Feb 07 jari 63             while(rs.next()){
2 26 Feb 07 jari 64                 curCytoBand = new CytoBand();
2 26 Feb 07 jari 65                 curCytoBand.populate(rs);
2 26 Feb 07 jari 66                 allCytoBands.add(curCytoBand);
2 26 Feb 07 jari 67             }
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69             Iterator it = allCytoBands.iterator();
2 26 Feb 07 jari 70             while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 71                 curCytoBand = (CytoBand)it.next();
2 26 Feb 07 jari 72                 if(curCytoBand.getChromosome() > 0){
2 26 Feb 07 jari 73                     cytoBands[curCytoBand.getChromosome() - 1].add(curCytoBand);
2 26 Feb 07 jari 74                 }
2 26 Feb 07 jari 75             }
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77         }catch(Exception e){
2 26 Feb 07 jari 78             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 79         }
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83     public void loadAllCytoBands(File file, int species){
2 26 Feb 07 jari 84         try{
2 26 Feb 07 jari 85             BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(file));
2 26 Feb 07 jari 86             String line;
2 26 Feb 07 jari 87             Vector allCytoBands = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 88             CytoBand curCytoBand = null;
2 26 Feb 07 jari 89             while((line = reader.readLine()) != null){
2 26 Feb 07 jari 90                 StringTokenizer st = new StringTokenizer(line, "\t");
2 26 Feb 07 jari 91                 String chromosome = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 92                 int chromStart = Integer.parseInt(st.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 93                 int chromEnd = Integer.parseInt(st.nextToken());
2 26 Feb 07 jari 94                 String name = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 95                 String stain = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97                 curCytoBand = new CytoBand(chromosome, chromStart, chromEnd, name, stain, species);
2 26 Feb 07 jari 98                 allCytoBands.add(curCytoBand);
2 26 Feb 07 jari 99             }
2 26 Feb 07 jari 100             reader.close();
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102             Iterator it = allCytoBands.iterator();
2 26 Feb 07 jari 103             while(it.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 104                 curCytoBand = (CytoBand)it.next();
2 26 Feb 07 jari 105                 if(curCytoBand.getChromosome() > 0){
2 26 Feb 07 jari 106                     cytoBands[curCytoBand.getChromosome() - 1].add(curCytoBand);
2 26 Feb 07 jari 107                 }
2 26 Feb 07 jari 108             }
2 26 Feb 07 jari 109
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 112             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 113         }
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115
2 26 Feb 07 jari 116 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)