mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/FlankingRegion.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * FlankingRegion.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on December 25, 2002, 7:00 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 /**
2 26 Feb 07 jari 10  *
2 26 Feb 07 jari 11  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 12  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 13  */
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 public class FlankingRegion implements ICGHDataRegion{
2 26 Feb 07 jari 16     public static final int AMPLIFICATION = 0;
2 26 Feb 07 jari 17     public static final int DELETION = 1;
2 26 Feb 07 jari 18     public static final int DELETION_1_COPY = 2;
2 26 Feb 07 jari 19     public static final int DELETION_2_COPY = 3;
2 26 Feb 07 jari 20     public static final int AMPLIFICATION_1_COPY = 4;
2 26 Feb 07 jari 21     public static final int AMPLIFICATION_2_COPY = 5;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     /** Holds value of property start. */
2 26 Feb 07 jari 25     private int start;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     /** Holds value of property stop. */
2 26 Feb 07 jari 28     private int stop;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30     /** Holds value of property type. */
2 26 Feb 07 jari 31     private int type;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33     /** Holds value of property chromosome. */
2 26 Feb 07 jari 34     private int chromosome;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36     /** Holds value of property specifier. */
2 26 Feb 07 jari 37     private int specifier;
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39     /** Holds value of property startClone. */
2 26 Feb 07 jari 40     private CGHClone startClone;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     /** Holds value of property stopClone. */
2 26 Feb 07 jari 43     private CGHClone stopClone;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45     /** Creates a new instance of FlankingRegion */
2 26 Feb 07 jari 46     public FlankingRegion() {
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     public FlankingRegion(int start, int stop, int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 50         this(start, stop, -1, chromosome);
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     public FlankingRegion(int start, int stop, int type, int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 54         this.start = start;
2 26 Feb 07 jari 55         this.stop = stop;
2 26 Feb 07 jari 56         this.type = type;
2 26 Feb 07 jari 57         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     /** Getter for property start.
2 26 Feb 07 jari 61      * @return Value of property start.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     public int getStart() {
2 26 Feb 07 jari 64         return this.start;
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67     /** Setter for property start.
2 26 Feb 07 jari 68      * @param start New value of property start.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     public void setStart(int start) {
2 26 Feb 07 jari 71         this.start = start;
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73
2 26 Feb 07 jari 74     /** Getter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 75      * @return Value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 76      */
2 26 Feb 07 jari 77     public int getStop() {
2 26 Feb 07 jari 78         return this.stop;
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80
2 26 Feb 07 jari 81     /** Setter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 82      * @param stop New value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     public void setStop(int stop) {
2 26 Feb 07 jari 85         this.stop = stop;
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88     /** Getter for property type.
2 26 Feb 07 jari 89      * @return Value of property type.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     public int getType() {
2 26 Feb 07 jari 92         return this.type;
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     /** Setter for property type.
2 26 Feb 07 jari 96      * @param type New value of property type.
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     public void setType(int type) {
2 26 Feb 07 jari 99         this.type = type;
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102     /** Getter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 103      * @return Value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     public int getChromosomeIndex() {
2 26 Feb 07 jari 106         return this.chromosome;
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108
2 26 Feb 07 jari 109     public int getChromosomeNumber() {
2 26 Feb 07 jari 110         return this.chromosome + 1;
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113     public int getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 114         return this.chromosome;
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     /** Setter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 118      * @param chromosome New value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     public void setChromosome(int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 121         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     /** Getter for property specifier.
2 26 Feb 07 jari 125      * @return Value of property specifier.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     public int getSpecifier() {
2 26 Feb 07 jari 128         return this.specifier;
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130
2 26 Feb 07 jari 131     /** Setter for property specifier.
2 26 Feb 07 jari 132      * @param specifier New value of property specifier.
2 26 Feb 07 jari 133      */
2 26 Feb 07 jari 134     public void setSpecifier(int specifier) {
2 26 Feb 07 jari 135         this.specifier = specifier;
2 26 Feb 07 jari 136     }
2 26 Feb 07 jari 137
2 26 Feb 07 jari 138     /** Getter for property startClone.
2 26 Feb 07 jari 139      * @return Value of property startClone.
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     public CGHClone getStartClone() {
2 26 Feb 07 jari 142         return this.startClone;
2 26 Feb 07 jari 143     }
2 26 Feb 07 jari 144
2 26 Feb 07 jari 145     /** Setter for property startClone.
2 26 Feb 07 jari 146      * @param startClone New value of property startClone.
2 26 Feb 07 jari 147      */
2 26 Feb 07 jari 148     public void setStartClone(CGHClone startClone) {
2 26 Feb 07 jari 149         this.startClone = startClone;
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151
2 26 Feb 07 jari 152     /** Getter for property stopClone.
2 26 Feb 07 jari 153      * @return Value of property stopClone.
2 26 Feb 07 jari 154      */
2 26 Feb 07 jari 155     public CGHClone getStopClone() {
2 26 Feb 07 jari 156         return this.stopClone;
2 26 Feb 07 jari 157     }
2 26 Feb 07 jari 158
2 26 Feb 07 jari 159     /** Setter for property stopClone.
2 26 Feb 07 jari 160      * @param stopClone New value of property stopClone.
2 26 Feb 07 jari 161      */
2 26 Feb 07 jari 162     public void setStopClone(CGHClone stopClone) {
2 26 Feb 07 jari 163         this.stopClone = stopClone;
2 26 Feb 07 jari 164     }
2 26 Feb 07 jari 165
2 26 Feb 07 jari 166     public String getName(){
2 26 Feb 07 jari 167         return "";
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)