mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHDataObj/RefGeneLinkData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * RefGeneLinkData.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on January 23, 2003, 1:51 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.sql.ResultSet;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHUtil.CGHUtility;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 /**
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 16  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 17  */
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 public class RefGeneLinkData implements IGeneData {
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21     /** Holds value of property chromosome. */
2 26 Feb 07 jari 22     private int chromosome;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26     /** Holds value of property geneName. */
2 26 Feb 07 jari 27     private String geneName;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     /** Holds value of property locusLinkId. */
2 26 Feb 07 jari 30     private int locusLinkId;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32     /** Holds value of property start. */
2 26 Feb 07 jari 33     private int start;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     /** Holds value of property stop. */
2 26 Feb 07 jari 36     private int stop;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38     /** Creates a new instance of RefGeneLinkData */
2 26 Feb 07 jari 39     public RefGeneLinkData() {
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     /** Getter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 43      * @return Value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public int getChromosome() {
2 26 Feb 07 jari 46         return this.chromosome;
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     /** Setter for property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 50      * @param chromosome New value of property chromosome.
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public void setChromosome(int chromosome) {
2 26 Feb 07 jari 53         this.chromosome = chromosome;
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     /** Getter for property geneName.
2 26 Feb 07 jari 58      * @return Value of property geneName.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public String getGeneName() {
2 26 Feb 07 jari 61         return this.geneName;
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     /** Setter for property geneName.
2 26 Feb 07 jari 65      * @param geneName New value of property geneName.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public void setGeneName(String geneName) {
2 26 Feb 07 jari 68         this.geneName = geneName;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71     /** Getter for property locusLinkId.
2 26 Feb 07 jari 72      * @return Value of property locusLinkId.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     public int getLocusLinkId() {
2 26 Feb 07 jari 75         return this.locusLinkId;
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78     /** Setter for property locusLinkId.
2 26 Feb 07 jari 79      * @param locusLinkId New value of property locusLinkId.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     public void setLocusLinkId(int locusLinkId) {
2 26 Feb 07 jari 82         this.locusLinkId = locusLinkId;
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84
2 26 Feb 07 jari 85     public void populate(ResultSet rs, int species){
2 26 Feb 07 jari 86         try{
2 26 Feb 07 jari 87             this.chromosome = CGHUtility.convertStringToChrom(rs.getString("chrom"), species);
2 26 Feb 07 jari 88             this.start = rs.getInt("txStart");
2 26 Feb 07 jari 89             this.stop = rs.getInt("txEnd");
2 26 Feb 07 jari 90             this.geneName = rs.getString("name");
2 26 Feb 07 jari 91             //this.product = rs.getString("product");
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93             this.locusLinkId = rs.getInt("locusLinkId");
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 96             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 97         }
2 26 Feb 07 jari 98     }
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100     public String toString(){
2 26 Feb 07 jari 101         return geneName;
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104     public int getChromosomeIndex() {
2 26 Feb 07 jari 105         return this.chromosome - 1;
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108     public String getName() {
2 26 Feb 07 jari 109         return this.geneName;
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111
2 26 Feb 07 jari 112     /** Getter for property start.
2 26 Feb 07 jari 113      * @return Value of property start.
2 26 Feb 07 jari 114      */
2 26 Feb 07 jari 115     public int getStart() {
2 26 Feb 07 jari 116         return this.start;
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119     /** Setter for property start.
2 26 Feb 07 jari 120      * @param start New value of property start.
2 26 Feb 07 jari 121      */
2 26 Feb 07 jari 122     public void setStart(int start) {
2 26 Feb 07 jari 123         this.start = start;
2 26 Feb 07 jari 124     }
2 26 Feb 07 jari 125
2 26 Feb 07 jari 126     /** Getter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 127      * @return Value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 128      */
2 26 Feb 07 jari 129     public int getStop() {
2 26 Feb 07 jari 130         return this.stop;
2 26 Feb 07 jari 131     }
2 26 Feb 07 jari 132
2 26 Feb 07 jari 133     /** Setter for property stop.
2 26 Feb 07 jari 134      * @param stop New value of property stop.
2 26 Feb 07 jari 135      */
2 26 Feb 07 jari 136     public void setStop(int stop) {
2 26 Feb 07 jari 137         this.stop = stop;
2 26 Feb 07 jari 138     }
2 26 Feb 07 jari 139
2 26 Feb 07 jari 140 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)