mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/AlgorithmResultsViewers/NumberOfAlterationsViewers/AlterationParametersViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * AlterationParametersViewer.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on May 19, 2003, 5:26 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.AlgorithmResultsViewers.NumberOfAlterationsViewers;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 10 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 19  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 20  */
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class AlterationParametersViewer extends ViewerAdapter{
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24     JTextArea txtResults;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26     public AlterationParametersViewer(String text){
2 26 Feb 07 jari 27         populateResultsText(text);
2 26 Feb 07 jari 28     }
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30     /** Creates a new instance of AlterationParametersViewer */
2 26 Feb 07 jari 31     public AlterationParametersViewer(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 32         populateResultsText(framework);
2 26 Feb 07 jari 33     }
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     private void populateResultsText(IFramework framework){
2 26 Feb 07 jari 36         txtResults = new JTextArea(50, 20);
2 26 Feb 07 jari 37         txtResults.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 38         StringBuffer sb = new StringBuffer();
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40         ICGHCloneValueMenu menu = framework.getCghCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 41         //int copyNumberDeterminationType = menu.getCopyNumberDeterminationType();
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43         //if(copyNumberDeterminationType == ICGHDisplayMenu.COPY_DETERMINATION_BY_THRESHOLD){
2 26 Feb 07 jari 44             sb.append("Determination Type:  Thresholds\n");
2 26 Feb 07 jari 45             sb.append("Amplification Threshold " + menu.getAmpThresh() + "\n");
2 26 Feb 07 jari 46             sb.append("Deletion Threshold " + menu.getDelThresh() + "\n");
2 26 Feb 07 jari 47             sb.append("Amplification 2 Copy Threshold " + menu.getAmpThresh2Copy() + "\n");
2 26 Feb 07 jari 48             sb.append("Deletion 2 Copy Threshold " + menu.getDelThresh2Copy() + "\n");
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50         //}else{
2 26 Feb 07 jari 51         //    sb.append("Determination Type:  MixtureModel");
2 26 Feb 07 jari 52         //}
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54         txtResults.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 55         txtResults.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59     private void populateResultsText(String text){
2 26 Feb 07 jari 60         txtResults = new JTextArea(50, 20);
2 26 Feb 07 jari 61         txtResults.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 62         txtResults.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 63         txtResults.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 64     }
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 67         return txtResults;
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)