mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/AlgorithmResultsViewers/NumberOfAlterationsViewers/NumberOfAlterationsDataModel.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * NumberOfAlterationsDataModel.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on May 19, 2003, 12:45 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.AlgorithmResultsViewers.NumberOfAlterationsViewers;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.AlterationRegion;
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.ICGHDataRegion;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 /**
2 26 Feb 07 jari 15  *
2 26 Feb 07 jari 16  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 17  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 18  */
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 public class NumberOfAlterationsDataModel extends AbstractTableModel{
2 26 Feb 07 jari 21     AlterationRegion[] alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23     /** Creates a new instance of NumberOfAlterationsDataModel */
2 26 Feb 07 jari 24     public NumberOfAlterationsDataModel() {
2 26 Feb 07 jari 25     }
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27     /** Getter for property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 28      * @return Value of property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 29      */
2 26 Feb 07 jari 30     public AlterationRegion[] getAlterationRegions() {
2 26 Feb 07 jari 31         return this.alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 32     }
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     /** Setter for property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 35      * @param alterationRegions New value of property alterationRegions.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public void setAlterationRegions(AlterationRegion[] alterationRegions) {
2 26 Feb 07 jari 38         this.alterationRegions = alterationRegions;
2 26 Feb 07 jari 39     }
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41     public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 42         return 6;
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45     public int getRowCount() {
2 26 Feb 07 jari 46         return alterationRegions.length;
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 50         switch(col){
2 26 Feb 07 jari 51             case 0:
2 26 Feb 07 jari 52                 return alterationRegions[row].getDataRegion().getName();
2 26 Feb 07 jari 53             case 1:
2 26 Feb 07 jari 54                 return new Integer(alterationRegions[row].getDataRegion().getChromosomeIndex() + 1);
2 26 Feb 07 jari 55             case 2:
2 26 Feb 07 jari 56                 return new Integer(alterationRegions[row].getDataRegion().getStart());
2 26 Feb 07 jari 57             case 3:
2 26 Feb 07 jari 58                 return new Integer(alterationRegions[row].getDataRegion().getStop());
2 26 Feb 07 jari 59             case 4:
2 26 Feb 07 jari 60                 return new Integer(alterationRegions[row].getNumAlterations());
2 26 Feb 07 jari 61             case 5:
2 26 Feb 07 jari 62                 return new Float(alterationRegions[row].getPercentAltered());
2 26 Feb 07 jari 63         }
2 26 Feb 07 jari 64         return null;
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67     public String getColumnName(int column){
2 26 Feb 07 jari 68         switch(column){
2 26 Feb 07 jari 69             case 0:
2 26 Feb 07 jari 70                 return "Name";
2 26 Feb 07 jari 71             case 1:
2 26 Feb 07 jari 72                 return "Chrom";
2 26 Feb 07 jari 73             case 2:
2 26 Feb 07 jari 74                 return "Start";
2 26 Feb 07 jari 75             case 3:
2 26 Feb 07 jari 76                 return "Stop";
2 26 Feb 07 jari 77             case 4:
2 26 Feb 07 jari 78                 return "# Alterations";
2 26 Feb 07 jari 79             case 5:
2 26 Feb 07 jari 80                 return "% Altered";
2 26 Feb 07 jari 81         }
2 26 Feb 07 jari 82         return null;
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     /*
2 26 Feb 07 jari 85     public String getColumnName(int col){
2 26 Feb 07 jari 86         return results.getHeaderAt(col);
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88      */
2 26 Feb 07 jari 89     public Class getColumnClass(int c) {
2 26 Feb 07 jari 90         if(getValueAt(0, c) == null){
2 26 Feb 07 jari 91           return String.class;
2 26 Feb 07 jari 92         }else{
2 26 Feb 07 jari 93             return getValueAt(0, c).getClass();
2 26 Feb 07 jari 94         }
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96
2 26 Feb 07 jari 97     public ICGHDataRegion getDataRegionAt(int index){
2 26 Feb 07 jari 98         return alterationRegions[index].getDataRegion();
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * Raktim
2 26 Feb 07 jari 103      * Added to support viewing a range of Genes in NCBI etc from GenomeBrowser
2 26 Feb 07 jari 104      * @param indices
2 26 Feb 07 jari 105      * @return
2 26 Feb 07 jari 106      */
2 26 Feb 07 jari 107     public ICGHDataRegion[] getDataRegionAt(int[] indices){
2 26 Feb 07 jari 108       ICGHDataRegion[] alteredRegions = new ICGHDataRegion[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 109       for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 110         alteredRegions[i] = alterationRegions[indices[i]].getDataRegion();
2 26 Feb 07 jari 111       }
2 26 Feb 07 jari 112         return alteredRegions;
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114
2 26 Feb 07 jari 115 }

Generated on Thu Jul 20 09:24:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)