mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/CGHDataValuesDisplay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHDataValuesDisplay.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on March 27, 2003, 2:37 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 //import javax.swing.text.html.HTMLDocument;
2 26 Feb 07 jari 10 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone;
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHDataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.FlankingRegion;
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.ICGHDataRegion;
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 19  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 20  */
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class CGHDataValuesDisplay extends javax.swing.JDialog {
2 26 Feb 07 jari 23     CGHDataRegionInfo dataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 24     IData data;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26     /** Creates new form CGHDataValuesDisplay */
2 26 Feb 07 jari 27     public CGHDataValuesDisplay(java.awt.Frame parent, boolean modal) {
2 26 Feb 07 jari 28         super(parent, modal);
2 26 Feb 07 jari 29         initComponents();
2 26 Feb 07 jari 30         setTitle("Data Region Values");
2 26 Feb 07 jari 31         pneInfo.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 32         pneInfo.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 33         setSize(400, 400);
2 26 Feb 07 jari 34         org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.GuiUtil.GuiUtil.center(this);
2 26 Feb 07 jari 35     }
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37     /** This method is called from within the constructor to
2 26 Feb 07 jari 38      * initialize the form.
2 26 Feb 07 jari 39      * WARNING: Do NOT modify this code. The content of this method is
2 26 Feb 07 jari 40      * always regenerated by the Form Editor.
2 26 Feb 07 jari 41      */
2 26 Feb 07 jari 42     private void initComponents() {//GEN-BEGIN:initComponents
2 26 Feb 07 jari 43         jScrollPane1 = new javax.swing.JScrollPane();
2 26 Feb 07 jari 44         pneInfo = new javax.swing.JEditorPane();
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46         addWindowListener(new java.awt.event.WindowAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 47             public void windowClosing(java.awt.event.WindowEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 48                 closeDialog(evt);
2 26 Feb 07 jari 49             }
2 26 Feb 07 jari 50         });
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52         jScrollPane1.setViewportView(pneInfo);
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54         getContentPane().add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56         pack();
2 26 Feb 07 jari 57     }//GEN-END:initComponents
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59     /** Closes the dialog */
2 26 Feb 07 jari 60     private void closeDialog(java.awt.event.WindowEvent evt) {//GEN-FIRST:event_closeDialog
2 26 Feb 07 jari 61         setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 62         dispose();
2 26 Feb 07 jari 63     }//GEN-LAST:event_closeDialog
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65     /** Getter for property dataRegionInfo.
2 26 Feb 07 jari 66      * @return Value of property dataRegionInfo.
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     public CGHDataRegionInfo getDataRegionInfo() {
2 26 Feb 07 jari 69         return dataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71
2 26 Feb 07 jari 72     /** Setter for property dataRegionInfo.
2 26 Feb 07 jari 73      * @param dataRegionInfo New value of property dataRegionInfo.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     public void setDataRegionInfo(CGHDataRegionInfo dataRegionInfo) {
2 26 Feb 07 jari 76         this.dataRegionInfo = dataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78     }
2 26 Feb 07 jari 79     public void createTextDocument(){
2 26 Feb 07 jari 80         pneInfo.setText(createDocument());
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83     private String createDocument(){
2 26 Feb 07 jari 84
2 26 Feb 07 jari 85         String retVal;
2 26 Feb 07 jari 86
2 26 Feb 07 jari 87         int experimentIndex = dataRegionInfo.getExperimentIndex();
2 26 Feb 07 jari 88         ICGHDataRegion dataRegion = dataRegionInfo.getDataRegion();
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90         retVal = "Experiment " + data.getSampleName(experimentIndex) + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 91         retVal += "Chromosome " + (dataRegion.getChromosomeIndex() + 1) + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 92         retVal += "Start " + dataRegion.getStart() + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 93         retVal += "Stop " + dataRegion.getStop() + "<br><br>";
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95         if(dataRegion instanceof FlankingRegion){
2 26 Feb 07 jari 96             CGHClone startClone = ((FlankingRegion)dataRegion).getStartClone();
2 26 Feb 07 jari 97             CGHClone stopClone = ((FlankingRegion)dataRegion).getStopClone();
2 26 Feb 07 jari 98             int startCloneIndex = data.getClones().indexOf(startClone);
2 26 Feb 07 jari 99             int stopCloneIndex = data.getClones().indexOf(stopClone);
2 26 Feb 07 jari 100             for(int index = startCloneIndex; index <= stopCloneIndex; index++){
2 26 Feb 07 jari 101                 retVal += getCloneString(data.getCloneAt(index), experimentIndex);
2 26 Feb 07 jari 102             }
2 26 Feb 07 jari 103         }else if(dataRegion instanceof CGHClone){
2 26 Feb 07 jari 104             retVal += getCloneString((CGHClone) dataRegion, experimentIndex);
2 26 Feb 07 jari 105         }
2 26 Feb 07 jari 106         return retVal;
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108
2 26 Feb 07 jari 109     private String getCloneString(CGHClone clone, int experimentIndex){
2 26 Feb 07 jari 110         String retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 111         int cloneIndex = data.getClones().indexOf(clone);
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113         retVal += "<b>" + clone.getName() + "</b><br>";
2 26 Feb 07 jari 114         /*
2 26 Feb 07 jari 115          * Old method of data structure access.
2 26 Feb 07 jari 116         Object obj = data.getFeaturesList().get(experimentIndex);
2 26 Feb 07 jari 117         if(obj instanceof CGHSampleData){
2 26 Feb 07 jari 118             retVal += createSampleDataString((CGHSampleData)obj, cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 119         }else if(obj instanceof CGHSlideData){
2 26 Feb 07 jari 120             retVal += createSlideDataString((CGHSlideData)obj, cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122         */
2 26 Feb 07 jari 123         /**
2 26 Feb 07 jari 124          * Remember getRatio Glitch
2 26 Feb 07 jari 125          * Modified for MeV struct
2 26 Feb 07 jari 126          * Raktim
2 26 Feb 07 jari 127          */
2 26 Feb 07 jari 128         retVal += "<i>Cy3 Value</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 129         retVal += getTab() + data.getCY3(experimentIndex, cloneIndex) + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 130         retVal += "<i>Cy5 Value</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 131         retVal += getTab() + data.getCY5(experimentIndex, cloneIndex) + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 132         retVal += getTab() + "<i>Ratio: " + data.getRatio(experimentIndex, cloneIndex, IData.LOG) + "</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 133         retVal += "<br>";
2 26 Feb 07 jari 134         return retVal;
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137     /**
2 26 Feb 07 jari 138      * Old Data Struct Funtion. not Used
2 26 Feb 07 jari 139     private String createSampleDataString(CGHSampleData sampleData, int cloneIndex){
2 26 Feb 07 jari 140         String retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 141         retVal += "<i>Cy 3 Vals</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143         Vector cy3Slides = sampleData.getCy3Slides();
2 26 Feb 07 jari 144
2 26 Feb 07 jari 145         if(cy3Slides != null){
2 26 Feb 07 jari 146             Iterator cy3It = cy3Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 147             while(cy3It.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 148                 CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)cy3It.next();
2 26 Feb 07 jari 149                 retVal += createSlideDataString(slideData, cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 150             }
2 26 Feb 07 jari 151             retVal += "<br>";
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153
2 26 Feb 07 jari 154         retVal += "<i>Cy 5 Vals</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 155         Vector cy5Slides = sampleData.getCy5Slides();
2 26 Feb 07 jari 156
2 26 Feb 07 jari 157         if(cy5Slides != null){
2 26 Feb 07 jari 158             Iterator cy5It = cy5Slides.iterator();
2 26 Feb 07 jari 159             while(cy5It.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 160                 CGHSlideData slideData = (CGHSlideData)cy5It.next();
2 26 Feb 07 jari 161                 retVal += createSlideDataString(slideData, cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 162             }
2 26 Feb 07 jari 163             retVal += "<br><br>";
2 26 Feb 07 jari 164         }
2 26 Feb 07 jari 165         return retVal;
2 26 Feb 07 jari 166     }
2 26 Feb 07 jari 167     */
2 26 Feb 07 jari 168
2 26 Feb 07 jari 169     /**
2 26 Feb 07 jari 170      * Old Data Struct Funtion. not Used
2 26 Feb 07 jari 171     private String createSlideDataString(CGHSlideData slideData, int cloneIndex){
2 26 Feb 07 jari 172         String retVal = "";
2 26 Feb 07 jari 173         retVal += "Slide " + slideData.getSlideDataName() + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 174         if(cloneIndex < slideData.size()){
2 26 Feb 07 jari 175             CGHCloneSlideData cloneSlideData = (CGHCloneSlideData)slideData.elementAt(cloneIndex);
2 26 Feb 07 jari 176             if(cloneSlideData != null){
2 26 Feb 07 jari 177                 Vector slideDataElements = cloneSlideData.getSlideDataElements();
2 26 Feb 07 jari 178                 if(slideDataElements.size() > 0){
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180                     Iterator elementsIt = slideDataElements.iterator();
2 26 Feb 07 jari 181                     while(elementsIt.hasNext()){
2 26 Feb 07 jari 182                         float ratio = ((CGHSlideDataElement)elementsIt.next()).getRatio();
2 26 Feb 07 jari 183                         retVal += getTab() + ratio + "<br>";
2 26 Feb 07 jari 184                     }
2 26 Feb 07 jari 185                 }
2 26 Feb 07 jari 186             }
2 26 Feb 07 jari 187         }
2 26 Feb 07 jari 188         retVal += getTab() + "<i>Mean: " + slideData.getRatio(cloneIndex) + "</i><br>";
2 26 Feb 07 jari 189         return retVal;
2 26 Feb 07 jari 190     }
2 26 Feb 07 jari 191     */
2 26 Feb 07 jari 192
2 26 Feb 07 jari 193     private String getTab(){
2 26 Feb 07 jari 194         return "&nbsp;&nbsp;&nbsp;";
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196
2 26 Feb 07 jari 197     /** Getter for property data.
2 26 Feb 07 jari 198      * @return Value of property data.
2 26 Feb 07 jari 199      */
2 26 Feb 07 jari 200     public IData getData() {
2 26 Feb 07 jari 201         return data;
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203
2 26 Feb 07 jari 204     /** Setter for property data.
2 26 Feb 07 jari 205      * @param data New value of property data.
2 26 Feb 07 jari 206      */
2 26 Feb 07 jari 207     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 208         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210
2 26 Feb 07 jari 211     // Variables declaration - do not modify//GEN-BEGIN:variables
2 26 Feb 07 jari 212     private javax.swing.JScrollPane jScrollPane1;
2 26 Feb 07 jari 213     private javax.swing.JEditorPane pneInfo;
2 26 Feb 07 jari 214     // End of variables declaration//GEN-END:variables
2 26 Feb 07 jari 215
2 26 Feb 07 jari 216 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)