mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/CGHPositionGraph/CGHPositionGraphCanvas.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHPositionGraphCanvas.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on March 18, 2003, 9:30 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.util.EventObject;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 14 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHAnnotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHPositionGraphDataModel;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHDataRegionInfo;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.GuiUtil.GenomeBrowserLauncher;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHListenerObj.IDataRegionSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 /**
2 26 Feb 07 jari 23  *
2 26 Feb 07 jari 24  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 25  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 26  */
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 public abstract class CGHPositionGraphCanvas extends JPanel{
2 26 Feb 07 jari 29     Insets insets;
2 26 Feb 07 jari 30     CGHPositionGraphDataModel model;
2 26 Feb 07 jari 31     CGHAnnotationsModel annotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 32     IDataRegionSelectionListener drsListener;
2 26 Feb 07 jari 33     CGHDataRegionInfo selectedDataRegion = null;
2 26 Feb 07 jari 34     boolean showFlankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36     //find a better way to do this
2 26 Feb 07 jari 37     int elementWidth = 40;
2 26 Feb 07 jari 38     int rectSpacing = 5;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     double unitLength;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43     /** Creates a new instance of CGHPositionGraphCanvas */
2 26 Feb 07 jari 44     public CGHPositionGraphCanvas(Insets insets) {
2 26 Feb 07 jari 45         setBackground(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 46         this.insets = insets;
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48         addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 49             public void mouseClicked(java.awt.event.MouseEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 50                 formMouseClicked(evt);
2 26 Feb 07 jari 51             }
2 26 Feb 07 jari 52         });
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55     protected abstract void formMouseClicked(java.awt.event.MouseEvent evt);
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     /** Getter for property model.
2 26 Feb 07 jari 58      * @return Value of property model.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public CGHPositionGraphDataModel getModel() {
2 26 Feb 07 jari 61         return model;
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     /** Setter for property model.
2 26 Feb 07 jari 65      * @param model New value of property model.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public void setModel(CGHPositionGraphDataModel model) {
2 26 Feb 07 jari 68         this.model = model;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71     /** Getter for property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 72      * @return Value of property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     public boolean isShowFlankingRegions() {
2 26 Feb 07 jari 75         return showFlankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78     /** Setter for property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 79      * @param showFlankingRegions New value of property showFlankingRegions.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     public void setShowFlankingRegions(boolean showFlankingRegions) {
2 26 Feb 07 jari 82         this.showFlankingRegions = showFlankingRegions;
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84
2 26 Feb 07 jari 85     /** Getter for property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 86      * @return Value of property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     public double getUnitLength() {
2 26 Feb 07 jari 89         return unitLength;
2 26 Feb 07 jari 90     }
2 26 Feb 07 jari 91
2 26 Feb 07 jari 92     /** Setter for property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 93      * @param unitLength New value of property unitLength.
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     public void setUnitLength(double unitLength) {
2 26 Feb 07 jari 96         this.unitLength = unitLength;
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98
2 26 Feb 07 jari 99     /** Getter for property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 100      * @return Value of property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     public int getElementWidth() {
2 26 Feb 07 jari 103         return elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106     /** Setter for property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 107      * @param elementWidth New value of property elementWidth.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     public void setElementWidth(int elementWidth) {
2 26 Feb 07 jari 110         this.elementWidth = elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113     /** Getter for property drsListener.
2 26 Feb 07 jari 114      * @return Value of property drsListener.
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     public IDataRegionSelectionListener getDrsListener() {
2 26 Feb 07 jari 117         return drsListener;
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120     /** Setter for property drsListener.
2 26 Feb 07 jari 121      * @param drsListener New value of property drsListener.
2 26 Feb 07 jari 122      */
2 26 Feb 07 jari 123     public void setDrsListener(IDataRegionSelectionListener drsListener) {
2 26 Feb 07 jari 124         this.drsListener = drsListener;
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127     /** Getter for property annotationsModel.
2 26 Feb 07 jari 128      * @return Value of property annotationsModel.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public CGHAnnotationsModel getAnnotationsModel() {
2 26 Feb 07 jari 131         return annotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134     /** Setter for property annotationsModel.
2 26 Feb 07 jari 135      * @param annotationsModel New value of property annotationsModel.
2 26 Feb 07 jari 136      */
2 26 Feb 07 jari 137     public void setAnnotationsModel(CGHAnnotationsModel annotationsModel) {
2 26 Feb 07 jari 138         this.annotationsModel = annotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141     public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 142         JMenuItem item = (JMenuItem)actionEvent.getSource();
2 26 Feb 07 jari 143         if(selectedDataRegion != null){
2 26 Feb 07 jari 144             if("Show Genes in Region".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 145                 drsListener.onShowGenes(new EventObject(selectedDataRegion));
2 26 Feb 07 jari 146             }else if("Show Browser".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 147                 drsListener.onShowBrowser(new EventObject(selectedDataRegion));
2 26 Feb 07 jari 148             }else if("Display Data Values".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 149                 drsListener.onDisplayDataValues(new EventObject(selectedDataRegion));
2 26 Feb 07 jari 150             }else if("Launch Ensembl".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 151                 GenomeBrowserLauncher.launchEnsembl(selectedDataRegion.getDataRegion(), model.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 152             }else if("Launch Golden Path".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 153                 GenomeBrowserLauncher.launchGoldenPath(selectedDataRegion.getDataRegion(), model.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 154             }else if("Launch NCBI Viewer".equals(item.getActionCommand())){
2 26 Feb 07 jari 155                 GenomeBrowserLauncher.launchNCBIMapViewer(selectedDataRegion.getDataRegion(), model.getCGHSpecies());
2 26 Feb 07 jari 156             }
2 26 Feb 07 jari 157         }
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159
2 26 Feb 07 jari 160 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)