mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/CGHPositionGraph/CGHPositionGraphSeparatedViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHPositionGraphSeparatedViewer.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on March 19, 2003, 10:34 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.BoxLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHAnnotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHPositionGraphDataModel;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHListenerObj.IDataRegionSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 //import org.abramson.microarray.cgh.ICGHFramework;
2 26 Feb 07 jari 33 //import org.abramson.microarray.cgh.CGHDataObj.*;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 /**
2 26 Feb 07 jari 36  *
2 26 Feb 07 jari 37  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 38  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 39  */
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 public class CGHPositionGraphSeparatedViewer extends javax.swing.JPanel implements ActionListener, ICGHViewer {
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43   IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 44     Insets insets = new Insets(10, 10, 10, 10);
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46     private BufferedImage negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 47     private BufferedImage posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49     double unitLength;
2 26 Feb 07 jari 50     int elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52     int displayType;
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54     //Viewable components
2 26 Feb 07 jari 55     CGHPositionGraphSeparatedCanvas positionGraphLeft;
2 26 Feb 07 jari 56     CGHPositionGraphSeparatedCanvas positionGraphRight;
2 26 Feb 07 jari 57     CytoBandsCanvas cytoBandsCanvas;
2 26 Feb 07 jari 58     CGHPositionGraphSeparatedHeader header;
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     //Models
2 26 Feb 07 jari 61     CGHPositionGraphDataModel positionGraphModel;
2 26 Feb 07 jari 62     CytoBandsModel cytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 63     CGHAnnotationsModel annotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66     /** Creates a new instance of CGHPositionGraphSeparatedViewer */
2 26 Feb 07 jari 67     public CGHPositionGraphSeparatedViewer(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 68         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 69         initComponents();
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71
2 26 Feb 07 jari 72     private void initComponents(){
2 26 Feb 07 jari 73         //setLayout(new java.awt.BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75         setLayout(new BoxLayout(this, BoxLayout.X_AXIS));
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77         header = new CGHPositionGraphSeparatedHeader(insets, this);
2 26 Feb 07 jari 78         positionGraphLeft = new CGHPositionGraphSeparatedCanvas(insets, true, CGHPositionGraphSeparatedCanvas.DELETIONS);
2 26 Feb 07 jari 79         positionGraphRight = new CGHPositionGraphSeparatedCanvas(insets);
2 26 Feb 07 jari 80         cytoBandsCanvas = new CytoBandsCanvas(insets);
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82         this.negColorImage = framework.getDisplayMenu().getNegativeGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 83         this.posColorImage = framework.getDisplayMenu().getPositiveGradientImage();
2 26 Feb 07 jari 84         //this.header.setNegativeAndPositiveColorImages(this.negColorImage, this.posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 85
2 26 Feb 07 jari 86         add(positionGraphLeft);
2 26 Feb 07 jari 87         add(cytoBandsCanvas);
2 26 Feb 07 jari 88         add(positionGraphRight);
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90         //add(cytoBandsCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 91         //add(positionGraphLeft, BorderLayout.WEST);
2 26 Feb 07 jari 92         //add(positionGraphRight, BorderLayout.EAST);
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     public void paint(Graphics g){
2 26 Feb 07 jari 96         checkUpdateSize();
2 26 Feb 07 jari 97         //updateSize();
2 26 Feb 07 jari 98         header.updateSize();
2 26 Feb 07 jari 99         super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 100         //drawAnnotations((Graphics2D)g);
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104     private void checkUpdateSize(){
2 26 Feb 07 jari 105         if(framework.getCghDisplayMenu().getUnitLength() == ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE){
2 26 Feb 07 jari 106             unitLength = calculateFitUnitLength();
2 26 Feb 07 jari 107             updateUnitLength(unitLength);
2 26 Feb 07 jari 108         }
2 26 Feb 07 jari 109
2 26 Feb 07 jari 110         if(framework.getCghDisplayMenu().getElementWidth() == ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE){
2 26 Feb 07 jari 111             elementWidth = calculateFitElementWidth();
2 26 Feb 07 jari 112             updateElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 113         }
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115
2 26 Feb 07 jari 116     private double calculateFitUnitLength(){
2 26 Feb 07 jari 117
2 26 Feb 07 jari 118         Rectangle rect = framework.getViewerBounds();
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120         double height = rect.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 121
2 26 Feb 07 jari 122         height -= (insets.bottom + insets.top);
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124         //double maxVal = positionGraphModel.getMaxClonePosition();
2 26 Feb 07 jari 125         double maxVal = cytoBandsModel.getMaxPosition();
2 26 Feb 07 jari 126
2 26 Feb 07 jari 127         double unitLength = height / maxVal;
2 26 Feb 07 jari 128
2 26 Feb 07 jari 129         return unitLength;
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131
2 26 Feb 07 jari 132     private int calculateFitElementWidth(){
2 26 Feb 07 jari 133         int rectSpacing = 5;
2 26 Feb 07 jari 134         double viewerWidth = framework.getViewerBounds().getWidth() - cytoBandsCanvas.getPreferredSize().getWidth();
2 26 Feb 07 jari 135         viewerWidth /= 2;
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137         int rectWidth = (int)((viewerWidth - insets.left - insets.right) / positionGraphModel.getNumExperiments()) - rectSpacing;
2 26 Feb 07 jari 138         if(rectWidth > 80){
2 26 Feb 07 jari 139             rectWidth = 80;
2 26 Feb 07 jari 140         }
2 26 Feb 07 jari 141         return rectWidth;
2 26 Feb 07 jari 142     }
2 26 Feb 07 jari 143
2 26 Feb 07 jari 144     private void updateSize(){
2 26 Feb 07 jari 145
2 26 Feb 07 jari 146         //int width = getWidth();
2 26 Feb 07 jari 147         int posGraphWidth = (positionGraphModel.getNumExperiments() * (elementWidth + 5) + insets.left + insets.right) ;
2 26 Feb 07 jari 148
2 26 Feb 07 jari 149         int width = posGraphWidth * 2;
2 26 Feb 07 jari 150         width += cytoBandsCanvas.getPreferredSize().getWidth();
2 26 Feb 07 jari 151
2 26 Feb 07 jari 152         //int height = (int)  ((positionGraphModel.getMaxClonePosition() * unitLength) + (insets.top + insets.bottom ));
2 26 Feb 07 jari 153         int height = (int)  ((cytoBandsModel.getMaxPosition() * unitLength) + (insets.top + insets.bottom ));
2 26 Feb 07 jari 154
2 26 Feb 07 jari 155         positionGraphLeft.setSize(posGraphWidth, height);
2 26 Feb 07 jari 156         positionGraphLeft.setPreferredSize(new Dimension(posGraphWidth, height));
2 26 Feb 07 jari 157
2 26 Feb 07 jari 158         positionGraphRight.setSize(posGraphWidth, height);
2 26 Feb 07 jari 159         positionGraphRight.setPreferredSize(new Dimension(posGraphWidth, height));
2 26 Feb 07 jari 160
2 26 Feb 07 jari 161         setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 162   setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164         //repaint();
2 26 Feb 07 jari 165     }
2 26 Feb 07 jari 166
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168     public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 169     }
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171     /** Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 172      */
2 26 Feb 07 jari 173     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 174         return this;
2 26 Feb 07 jari 175     }
2 26 Feb 07 jari 176
2 26 Feb 07 jari 177     /** Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 180         return header;
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182
2 26 Feb 07 jari 183     /** Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 184      */
2 26 Feb 07 jari 185     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 186         return null;
2 26 Feb 07 jari 187     }
2 26 Feb 07 jari 188
2 26 Feb 07 jari 189     /** Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 190      */
2 26 Feb 07 jari 191     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 192     }
2 26 Feb 07 jari 193
2 26 Feb 07 jari 194     /** Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 195      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 196      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 197      */
2 26 Feb 07 jari 198     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 199         repaint();
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201
2 26 Feb 07 jari 202     /** Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 203      */
2 26 Feb 07 jari 204     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 205     }
2 26 Feb 07 jari 206
2 26 Feb 07 jari 207     /** Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 208      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 209      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 210      */
2 26 Feb 07 jari 211     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 212     }
2 26 Feb 07 jari 213
2 26 Feb 07 jari 214     public void onMenuChanged(ICGHDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 215
2 26 Feb 07 jari 216         positionGraphLeft.setShowFlankingRegions(menu.isShowFlankingRegions());
2 26 Feb 07 jari 217         positionGraphRight.setShowFlankingRegions(menu.isShowFlankingRegions());
2 26 Feb 07 jari 218
2 26 Feb 07 jari 219         if(menu.getUnitLength() == ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE){
2 26 Feb 07 jari 220             unitLength = calculateFitUnitLength();
2 26 Feb 07 jari 221         }else{
2 26 Feb 07 jari 222             unitLength = menu.getUnitLength();
2 26 Feb 07 jari 223         }
2 26 Feb 07 jari 224
2 26 Feb 07 jari 225         updateUnitLength(unitLength);
2 26 Feb 07 jari 226
2 26 Feb 07 jari 227         if(menu.getElementWidth() == ICGHDisplayMenu.FIT_SIZE){
2 26 Feb 07 jari 228             elementWidth = calculateFitElementWidth();
2 26 Feb 07 jari 229         }else{
2 26 Feb 07 jari 230             elementWidth = menu.getElementWidth();
2 26 Feb 07 jari 231         }
2 26 Feb 07 jari 232
2 26 Feb 07 jari 233         updateElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 234
2 26 Feb 07 jari 235         //Insets headerInsets = new Insets(0,0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 236
2 26 Feb 07 jari 237         //header.setInsets(headerInsets);
2 26 Feb 07 jari 238
2 26 Feb 07 jari 239         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 240         //updateSize();
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242
2 26 Feb 07 jari 243     /** Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 244      */
2 26 Feb 07 jari 245     public void onSelected(IFramework framework){
2 26 Feb 07 jari 246         cytoBandsCanvas.onSelected();
2 26 Feb 07 jari 247
2 26 Feb 07 jari 248         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 249
2 26 Feb 07 jari 250         ICGHDisplayMenu cghMenu = this.framework.getCghDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 251         ICGHCloneValueMenu cloneValueMenu = this.framework.getCghCloneValueMenu();
2 26 Feb 07 jari 252
2 26 Feb 07 jari 253   onMenuChanged(cghMenu);
2 26 Feb 07 jari 254         onCloneValuesChanged(cloneValueMenu);
2 26 Feb 07 jari 255     }
2 26 Feb 07 jari 256
2 26 Feb 07 jari 257
2 26 Feb 07 jari 258     /** Setter for property positionGraphModel.
2 26 Feb 07 jari 259      * @param positionGraphModel New value of property positionGraphModel.
2 26 Feb 07 jari 260      */
2 26 Feb 07 jari 261     public void setPositionGraphModel(CGHPositionGraphDataModel positionGraphModel) {
2 26 Feb 07 jari 262         this.positionGraphModel = positionGraphModel;
2 26 Feb 07 jari 263         positionGraphLeft.setModel(positionGraphModel);
2 26 Feb 07 jari 264         positionGraphRight.setModel(positionGraphModel);
2 26 Feb 07 jari 265         header.setModel(positionGraphModel);
2 26 Feb 07 jari 266         cytoBandsCanvas.setChromosomeIndex(positionGraphModel.getChromosomeIndex());
2 26 Feb 07 jari 267     }
2 26 Feb 07 jari 268
2 26 Feb 07 jari 269     public void setAnnotationsModel(CGHAnnotationsModel annotationsModel){
2 26 Feb 07 jari 270         this.annotationsModel = annotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272
2 26 Feb 07 jari 273     /** Getter for property cytoBandsModel.
2 26 Feb 07 jari 274      * @return Value of property cytoBandsModel.
2 26 Feb 07 jari 275      */
2 26 Feb 07 jari 276     public CytoBandsModel getCytoBandsModel() {
2 26 Feb 07 jari 277         return cytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 278     }
2 26 Feb 07 jari 279
2 26 Feb 07 jari 280     /** Setter for property cytoBandsModel.
2 26 Feb 07 jari 281      * @param cytoBandsModel New value of property cytoBandsModel.
2 26 Feb 07 jari 282      */
2 26 Feb 07 jari 283     public void setCytoBandsModel(CytoBandsModel cytoBandsModel) {
2 26 Feb 07 jari 284         this.cytoBandsModel = cytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 285         cytoBandsCanvas.setModel(cytoBandsModel);
2 26 Feb 07 jari 286     }
2 26 Feb 07 jari 287
2 26 Feb 07 jari 288     private void updateUnitLength(double unitLength){
2 26 Feb 07 jari 289         positionGraphLeft.setUnitLength(unitLength);
2 26 Feb 07 jari 290         positionGraphRight.setUnitLength(unitLength);
2 26 Feb 07 jari 291         cytoBandsCanvas.setUnitLength(unitLength);
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293
2 26 Feb 07 jari 294     private void updateElementWidth(int elementWidth){
2 26 Feb 07 jari 295         positionGraphLeft.setElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 296         positionGraphRight.setElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 297         header.setElementWidth(elementWidth);
2 26 Feb 07 jari 298     }
2 26 Feb 07 jari 299
2 26 Feb 07 jari 300     public void setDrsListener(IDataRegionSelectionListener drsListener){
2 26 Feb 07 jari 301         positionGraphLeft.setDrsListener(drsListener);
2 26 Feb 07 jari 302         positionGraphRight.setDrsListener(drsListener);
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304
2 26 Feb 07 jari 305     public void onThresholdsChanged(ICGHDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 306     }
2 26 Feb 07 jari 307
2 26 Feb 07 jari 308     /** Getter for property positionGraphLeft.
2 26 Feb 07 jari 309      * @return Value of property positionGraphLeft.
2 26 Feb 07 jari 310      */
2 26 Feb 07 jari 311     public CGHPositionGraphSeparatedCanvas getPositionGraphLeft() {
2 26 Feb 07 jari 312         return positionGraphLeft;
2 26 Feb 07 jari 313     }
2 26 Feb 07 jari 314
2 26 Feb 07 jari 315     /** Setter for property positionGraphLeft.
2 26 Feb 07 jari 316      * @param positionGraphLeft New value of property positionGraphLeft.
2 26 Feb 07 jari 317      */
2 26 Feb 07 jari 318     public void setPositionGraphLeft(CGHPositionGraphSeparatedCanvas positionGraphLeft) {
2 26 Feb 07 jari 319         this.positionGraphLeft = positionGraphLeft;
2 26 Feb 07 jari 320     }
2 26 Feb 07 jari 321
2 26 Feb 07 jari 322     /** Getter for property positionGraphRight.
2 26 Feb 07 jari 323      * @return Value of property positionGraphRight.
2 26 Feb 07 jari 324      */
2 26 Feb 07 jari 325     public CGHPositionGraphSeparatedCanvas getPositionGraphRight() {
2 26 Feb 07 jari 326         return positionGraphRight;
2 26 Feb 07 jari 327     }
2 26 Feb 07 jari 328
2 26 Feb 07 jari 329     /** Setter for property positionGraphRight.
2 26 Feb 07 jari 330      * @param positionGraphRight New value of property positionGraphRight.
2 26 Feb 07 jari 331      */
2 26 Feb 07 jari 332     public void setPositionGraphRight(org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph.CGHPositionGraphSeparatedCanvas positionGraphRight) {
2 26 Feb 07 jari 333         this.positionGraphRight = positionGraphRight;
2 26 Feb 07 jari 334     }
2 26 Feb 07 jari 335
2 26 Feb 07 jari 336     /** Getter for property cytoBandsCanvas.
2 26 Feb 07 jari 337      * @return Value of property cytoBandsCanvas.
2 26 Feb 07 jari 338      */
2 26 Feb 07 jari 339     public org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph.CytoBandsCanvas getCytoBandsCanvas() {
2 26 Feb 07 jari 340         return cytoBandsCanvas;
2 26 Feb 07 jari 341     }
2 26 Feb 07 jari 342
2 26 Feb 07 jari 343     /** Setter for property cytoBandsCanvas.
2 26 Feb 07 jari 344      * @param cytoBandsCanvas New value of property cytoBandsCanvas.
2 26 Feb 07 jari 345      */
2 26 Feb 07 jari 346     public void setCytoBandsCanvas(org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph.CytoBandsCanvas cytoBandsCanvas) {
2 26 Feb 07 jari 347         this.cytoBandsCanvas = cytoBandsCanvas;
2 26 Feb 07 jari 348     }
2 26 Feb 07 jari 349
2 26 Feb 07 jari 350     public void onCloneValuesChanged(ICGHCloneValueMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 351         this.positionGraphModel.onCloneValuesChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 352     }
2 26 Feb 07 jari 353
2 26 Feb 07 jari 354   public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 355     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 356     return null;
2 26 Feb 07 jari 357   }
2 26 Feb 07 jari 358
2 26 Feb 07 jari 359   public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 360     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 361     return null;
2 26 Feb 07 jari 362   }
2 26 Feb 07 jari 363
2 26 Feb 07 jari 364   public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 365     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 366     return null;
2 26 Feb 07 jari 367   }
2 26 Feb 07 jari 368
2 26 Feb 07 jari 369   public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 370     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 371     return null;
2 26 Feb 07 jari 372   }
2 26 Feb 07 jari 373
2 26 Feb 07 jari 374   public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 375     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 376     return 0;
2 26 Feb 07 jari 377   }
2 26 Feb 07 jari 378
2 26 Feb 07 jari 379   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 380    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 381    */
2 26 Feb 07 jari 382   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 383     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 384     
2 26 Feb 07 jari 385   }
2 26 Feb 07 jari 386
2 26 Feb 07 jari 387   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 388    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 389    */
2 26 Feb 07 jari 390   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 391     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 392     return 0;
2 26 Feb 07 jari 393   }
2 26 Feb 07 jari 394
2 26 Feb 07 jari 395   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 396    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 397    */
2 26 Feb 07 jari 398   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 399     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 400     
2 26 Feb 07 jari 401   }
2 26 Feb 07 jari 402
2 26 Feb 07 jari 403   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 404    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 405    */
2 26 Feb 07 jari 406   public Expression getExpression() {
2 26 Feb 07 jari 407     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 408     return null;
2 26 Feb 07 jari 409   }
2 26 Feb 07 jari 410
2 26 Feb 07 jari 411 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)