mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHGuiObj/CGHPositionGraph/CGHPositionGraphViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * CGHPositionGraphViewer.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on March 19, 2003, 9:44 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHGuiObj.CGHPositionGraph;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHAnnotationsModel;
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CGHPositionGraphDataModel;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataModel.CytoBandsModel;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHListenerObj.IDataRegionSelectionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHCloneValueMenu;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.ICGHViewer;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 //import  org.abramson.microarray.cgh.ICGHFramework;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 /**
2 26 Feb 07 jari 30  *
2 26 Feb 07 jari 31  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 32  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 33  */
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 public class CGHPositionGraphViewer extends javax.swing.JPanel implements ActionListener, ICGHViewer {
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37     IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 38     CGHPositionGraphCombinedViewer combinedViewer;
2 26 Feb 07 jari 39     CGHPositionGraphSeparatedViewer separatedViewer;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41     ICGHViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43     CGHPositionGraphDataModel positionGraphModel;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45     /** Creates a new instance of CGHPositionGraphViewer */
2 26 Feb 07 jari 46     //public CGHPositionGraphViewer(ICGHFramework framework, CGHPositionGraphCombinedHeader header) {
2 26 Feb 07 jari 47     public CGHPositionGraphViewer(IFramework framework, CGHPositionGraphCombinedHeader combinedHeader) {
2 26 Feb 07 jari 48         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 49         combinedViewer = new CGHPositionGraphCombinedViewer(framework, combinedHeader);
2 26 Feb 07 jari 50         separatedViewer = new CGHPositionGraphSeparatedViewer(framework);
2 26 Feb 07 jari 51         updateViewer(framework.getCghDisplayMenu().getDisplayType());
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56     private void updateViewer(int viewerType){
2 26 Feb 07 jari 57         if(viewerType == ICGHDisplayMenu.DISPLAY_TYPE_COMBINED){
2 26 Feb 07 jari 58             this.viewer = combinedViewer;
2 26 Feb 07 jari 59         }else if(viewerType == ICGHDisplayMenu.DISPLAY_TYPE_SEPARATED){
2 26 Feb 07 jari 60             this.viewer = separatedViewer;
2 26 Feb 07 jari 61         }
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     public void setPositionGraphModel(CGHPositionGraphDataModel positionGraphModel) {
2 26 Feb 07 jari 65         this.positionGraphModel = positionGraphModel;
2 26 Feb 07 jari 66         combinedViewer.setPositionGraphModel(positionGraphModel);
2 26 Feb 07 jari 67         separatedViewer.setPositionGraphModel(positionGraphModel);
2 26 Feb 07 jari 68         onThresholdsChanged(framework.getCghDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71     public void setAnnotationsModel(CGHAnnotationsModel annotationsModel){
2 26 Feb 07 jari 72         combinedViewer.setAnnotationsModel(annotationsModel);
2 26 Feb 07 jari 73         separatedViewer.setAnnotationsModel(annotationsModel);
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75
2 26 Feb 07 jari 76     public void setCytoBandsModel(CytoBandsModel cytoBandsModel) {
2 26 Feb 07 jari 77         combinedViewer.setCytoBandsModel(cytoBandsModel);
2 26 Feb 07 jari 78         separatedViewer.setCytoBandsModel(cytoBandsModel);
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80
2 26 Feb 07 jari 81     public void setDrsListener(IDataRegionSelectionListener drsListener){
2 26 Feb 07 jari 82         combinedViewer.setDrsListener(drsListener);
2 26 Feb 07 jari 83         separatedViewer.setDrsListener(drsListener);
2 26 Feb 07 jari 84     }
2 26 Feb 07 jari 85
2 26 Feb 07 jari 86     public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88
2 26 Feb 07 jari 89     /** Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 92         return viewer.getContentComponent();
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     /** Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 98         return viewer.getHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101     /** Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 102      */
2 26 Feb 07 jari 103     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 104         return null;
2 26 Feb 07 jari 105     }
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107     /** Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111
2 26 Feb 07 jari 112     /** Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 113      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 114      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 117         viewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120     /** Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 121      */
2 26 Feb 07 jari 122     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 123     }
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125     /** Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 126      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 127      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 128      */
2 26 Feb 07 jari 129     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 130         combinedViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 131         positionGraphModel.setMaxRatioScale(menu.getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 132   positionGraphModel.setMinRatioScale(menu.getMinRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 133         positionGraphModel.setNegColorImage(menu.getNegativeGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 134         positionGraphModel.setPosColorImage(menu.getPositiveGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137     public void onThresholdsChanged(ICGHDisplayMenu menu){
2 26 Feb 07 jari 138         //positionGraphModel.setThresholds(menu.getAmpThresh(), menu.getDelThresh(),
2 26 Feb 07 jari 139         //    menu.getAmpThresh2Copy(), menu.getDelThresh2Copy());
2 26 Feb 07 jari 140         //viewer.repaint();
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143     public void onMenuChanged(ICGHDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 144         setBackground(menu.getCircleViewerBackgroundColor());
2 26 Feb 07 jari 145
2 26 Feb 07 jari 146         updateViewer(menu.getDisplayType());
2 26 Feb 07 jari 147
2 26 Feb 07 jari 148         viewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 149     }
2 26 Feb 07 jari 150
2 26 Feb 07 jari 151     /** Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 152      */
2 26 Feb 07 jari 153     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 154         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 155         ICGHDisplayMenu cghMenu = this.framework.getCghDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 156   //onMenuChanged(cghMenu);
2 26 Feb 07 jari 157         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 158         onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 159         onMenuChanged(cghMenu);
2 26 Feb 07 jari 160         //updateViewer(cghMenu.getDisplayType());
2 26 Feb 07 jari 161         viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164     public void onCloneValuesChanged(ICGHCloneValueMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 165         viewer.onCloneValuesChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 166     }
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168
2 26 Feb 07 jari 169   public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 170     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 171     return null;
2 26 Feb 07 jari 172   }
2 26 Feb 07 jari 173
2 26 Feb 07 jari 174
2 26 Feb 07 jari 175   public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 176     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 177     return null;
2 26 Feb 07 jari 178   }
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180
2 26 Feb 07 jari 181   public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 182     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 183     return null;
2 26 Feb 07 jari 184   }
2 26 Feb 07 jari 185
2 26 Feb 07 jari 186
2 26 Feb 07 jari 187   public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 188     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 189     return null;
2 26 Feb 07 jari 190   }
2 26 Feb 07 jari 191
2 26 Feb 07 jari 192
2 26 Feb 07 jari 193   public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 194     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 195     return 0;
2 26 Feb 07 jari 196   }
2 26 Feb 07 jari 197
2 26 Feb 07 jari 198
2 26 Feb 07 jari 199   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 200    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 201    */
2 26 Feb 07 jari 202   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 203     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 204     
2 26 Feb 07 jari 205   }
2 26 Feb 07 jari 206
2 26 Feb 07 jari 207
2 26 Feb 07 jari 208   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 209    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 210    */
2 26 Feb 07 jari 211   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 212     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 213     return 0;
2 26 Feb 07 jari 214   }
2 26 Feb 07 jari 215
2 26 Feb 07 jari 216
2 26 Feb 07 jari 217   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 218    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 219    */
2 26 Feb 07 jari 220   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 221     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 222     
2 26 Feb 07 jari 223   }
2 26 Feb 07 jari 224
2 26 Feb 07 jari 225
2 26 Feb 07 jari 226   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 227    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 228    */
2 26 Feb 07 jari 229   public Expression getExpression() {
2 26 Feb 07 jari 230     // TODO Auto-generated method stub
2 26 Feb 07 jari 231     return null;
2 26 Feb 07 jari 232   }
2 26 Feb 07 jari 233
2 26 Feb 07 jari 234 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)