mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cgh/CGHUtil/CGHUtility.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Utility.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on October 6, 2002, 12:22 AM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHUtil;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.util.List;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 /**
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * @author  Adam Margolin
2 26 Feb 07 jari 16  * @author Raktim Sinha
2 26 Feb 07 jari 17  */
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 public class CGHUtility {
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21     /** Creates a new instance of Utility */
2 26 Feb 07 jari 22     public CGHUtility() {
2 26 Feb 07 jari 23     }
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25     public static String encap(String str){
2 26 Feb 07 jari 26         return "'" + str + "'";
2 26 Feb 07 jari 27     }
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29     public static int convertStringToChrom(String strChrom, int species){
2 26 Feb 07 jari 30         if(strChrom.endsWith("_random")){
2 26 Feb 07 jari 31             strChrom = strChrom.substring(0, strChrom.length() - 7);
2 26 Feb 07 jari 32         }
2 26 Feb 07 jari 33         if("chr1".equalsIgnoreCase(strChrom) || "1".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 34             return 1;
2 26 Feb 07 jari 35         }else if("chr2".equalsIgnoreCase(strChrom) || "2".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 36             return 2;
2 26 Feb 07 jari 37         }else if("chr3".equalsIgnoreCase(strChrom) || "3".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 38             return 3;
2 26 Feb 07 jari 39         }else if("chr4".equalsIgnoreCase(strChrom) || "4".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 40             return 4;
2 26 Feb 07 jari 41         }else if("chr5".equalsIgnoreCase(strChrom) || "5".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 42             return 5;
2 26 Feb 07 jari 43         }else if("chr6".equalsIgnoreCase(strChrom) || "6".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 44             return 6;
2 26 Feb 07 jari 45         }else if("chr7".equalsIgnoreCase(strChrom) || "7".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 46             return 7;
2 26 Feb 07 jari 47         }else if("chr8".equalsIgnoreCase(strChrom) || "8".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 48             return 8;
2 26 Feb 07 jari 49         }else if("chr9".equalsIgnoreCase(strChrom) || "9".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 50             return 9;
2 26 Feb 07 jari 51         }else if("chr10".equalsIgnoreCase(strChrom) || "10".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 52             return 10;
2 26 Feb 07 jari 53         }else if("chr11".equalsIgnoreCase(strChrom) || "11".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 54             return 11;
2 26 Feb 07 jari 55         }else if("chr12".equalsIgnoreCase(strChrom) || "12".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 56             return 12;
2 26 Feb 07 jari 57         }else if("chr13".equalsIgnoreCase(strChrom) || "13".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 58             return 13;
2 26 Feb 07 jari 59         }else if("chr14".equalsIgnoreCase(strChrom) || "14".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 60             return 14;
2 26 Feb 07 jari 61         }else if("chr15".equalsIgnoreCase(strChrom) || "15".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 62             return 15;
2 26 Feb 07 jari 63         }else if("chr16".equalsIgnoreCase(strChrom) || "16".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 64             return 16;
2 26 Feb 07 jari 65         }else if("chr17".equalsIgnoreCase(strChrom) || "17".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 66             return 17;
2 26 Feb 07 jari 67         }else if("chr18".equalsIgnoreCase(strChrom) || "18".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 68             return 18;
2 26 Feb 07 jari 69         }else if("chr19".equalsIgnoreCase(strChrom) || "19".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 70             return 19;
2 26 Feb 07 jari 71         }else if("chr20".equalsIgnoreCase(strChrom) || "20".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 72             return 20;
2 26 Feb 07 jari 73         }else if("chr21".equalsIgnoreCase(strChrom) || "21".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 74             return 21;
2 26 Feb 07 jari 75         }else if("chr22".equalsIgnoreCase(strChrom) || "22".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 76             return 22;
2 26 Feb 07 jari 77         }else if("chrX".equalsIgnoreCase(strChrom) || "X".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 78           //return 23;
2 26 Feb 07 jari 79
2 26 Feb 07 jari 80           int chr = 0;
2 26 Feb 07 jari 81           switch (species){
2 26 Feb 07 jari 82             case TMEV.CGH_SPECIES_HS: {chr = 23; break;}
2 26 Feb 07 jari 83             case TMEV.CGH_SPECIES_MM: {chr = 20; break;}
2 26 Feb 07 jari 84             default: chr = -1; break;
2 26 Feb 07 jari 85           }
2 26 Feb 07 jari 86           return chr;
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88         }else if("chrY".equalsIgnoreCase(strChrom) || "Y".equalsIgnoreCase(strChrom)){
2 26 Feb 07 jari 89           //return 24;
2 26 Feb 07 jari 90           int chr = 0;
2 26 Feb 07 jari 91           switch (species){
2 26 Feb 07 jari 92             case TMEV.CGH_SPECIES_HS: {chr = 24; break;}
2 26 Feb 07 jari 93             case TMEV.CGH_SPECIES_MM: {chr = 21; break;}
2 26 Feb 07 jari 94             default: chr = -2; break;
2 26 Feb 07 jari 95           }
2 26 Feb 07 jari 96           return chr;
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98         }else{
2 26 Feb 07 jari 99             //System.out.println("Util convert chrom, not found: " + strChrom);
2 26 Feb 07 jari 100             return org.tigr.microarray.mev.cgh.CGHDataObj.CGHClone.NOT_FOUND;
2 26 Feb 07 jari 101         }
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104     private int XChrToSpecies(int species) {
2 26 Feb 07 jari 105       int chr = 0;
2 26 Feb 07 jari 106       switch (species){
2 26 Feb 07 jari 107           case TMEV.CGH_SPECIES_HS: {chr = 23; break;}
2 26 Feb 07 jari 108           case TMEV.CGH_SPECIES_MM: {chr = 20; break;}
2 26 Feb 07 jari 109           default: chr = -1; break;
2 26 Feb 07 jari 110       }
2 26 Feb 07 jari 111       return chr;
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113
2 26 Feb 07 jari 114     public static String convertChromToString(int chrom, int species){
2 26 Feb 07 jari 115       switch (species){
2 26 Feb 07 jari 116         case TMEV.CGH_SPECIES_HS:
2 26 Feb 07 jari 117             if(chrom < 23 && chrom > 0) return "chr" + chrom;
2 26 Feb 07 jari 118             if(chrom == 23) return "chrX";
2 26 Feb 07 jari 119             if(chrom == 24) return "chrY";
2 26 Feb 07 jari 120         case TMEV.CGH_SPECIES_MM:
2 26 Feb 07 jari 121           if(chrom < 20 && chrom > 0) return "chr" + chrom;
2 26 Feb 07 jari 122             if(chrom == 20) return "chrX";
2 26 Feb 07 jari 123             if(chrom == 21) return "chrY";
2 26 Feb 07 jari 124         case TMEV.CGH_SPECIES_Undef:
2 26 Feb 07 jari 125           return "chr" + chrom;
2 26 Feb 07 jari 126         default:
2 26 Feb 07 jari 127             System.out.println("Util convert chrom, not found index: " + chrom);
2 26 Feb 07 jari 128             return "";
2 26 Feb 07 jari 129       }
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131
2 26 Feb 07 jari 132     public static String convertChromToLongString(int chrom, int species){
2 26 Feb 07 jari 133       switch (species){
2 26 Feb 07 jari 134         case TMEV.CGH_SPECIES_HS:
2 26 Feb 07 jari 135             if(chrom < 23 && chrom > 0) return "Chromosome " + chrom;
2 26 Feb 07 jari 136             if(chrom == 23) return "Chromosome X";
2 26 Feb 07 jari 137             if(chrom == 24) return "Chromosome Y";
2 26 Feb 07 jari 138         case TMEV.CGH_SPECIES_MM:
2 26 Feb 07 jari 139           if(chrom < 20 && chrom > 0) return "Chromosome " + chrom;
2 26 Feb 07 jari 140             if(chrom == 20) return "Chromosome X";
2 26 Feb 07 jari 141             if(chrom == 21) return "Chromosome Y";
2 26 Feb 07 jari 142         case TMEV.CGH_SPECIES_Undef:
2 26 Feb 07 jari 143           return "Chromosome " + chrom;
2 26 Feb 07 jari 144         default:
2 26 Feb 07 jari 145             System.out.println("Util convert chrom, not found index: " + chrom);
2 26 Feb 07 jari 146             return "";
2 26 Feb 07 jari 147       }
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149
2 26 Feb 07 jari 150     public static String createQueryString(List values){
2 26 Feb 07 jari 151         String queryString = "(";
2 26 Feb 07 jari 152         if(values == null || values.size() < 1){
2 26 Feb 07 jari 153             return null;
2 26 Feb 07 jari 154         }
2 26 Feb 07 jari 155
2 26 Feb 07 jari 156         queryString += encap(values.get(0).toString());
2 26 Feb 07 jari 157         for(int i = 1; i < values.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 158             queryString += ", " + encap(values.get(i).toString());
2 26 Feb 07 jari 159         }
2 26 Feb 07 jari 160         return queryString + ")";
2 26 Feb 07 jari 161     }
2 26 Feb 07 jari 162
2 26 Feb 07 jari 163     public static String createIntegerQueryString(List values){
2 26 Feb 07 jari 164         String queryString = "(";
2 26 Feb 07 jari 165         if(values == null || values.size() < 1){
2 26 Feb 07 jari 166             return null;
2 26 Feb 07 jari 167         }
2 26 Feb 07 jari 168
2 26 Feb 07 jari 169         queryString += values.get(0);
2 26 Feb 07 jari 170         for(int i = 1; i < values.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 171             queryString += ", " + values.get(i);
2 26 Feb 07 jari 172         }
2 26 Feb 07 jari 173         return queryString + ")";
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175
2 26 Feb 07 jari 176 }

Generated on Thu Jul 20 09:25:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)