mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/Node.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: Node.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:16:48 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.util.ConfMap;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 /**
2 26 Feb 07 jari 17  * This class presents a cluster node.
2 26 Feb 07 jari 18  *
2 26 Feb 07 jari 19  * @version 1.0
2 26 Feb 07 jari 20  * @author Aleksey D.Rezantsev
2 26 Feb 07 jari 21  */
2 26 Feb 07 jari 22 public class Node {
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     /**
2 26 Feb 07 jari 25      * Constructs a <code>Node</code>.
2 26 Feb 07 jari 26      */
2 26 Feb 07 jari 27     public Node() {
2 26 Feb 07 jari 28   this(new NodeValueList());
2 26 Feb 07 jari 29     }
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Constructs a <code>Node</code> with specified values.
2 26 Feb 07 jari 33      *
2 26 Feb 07 jari 34      * @param values the <code>NodeValueList</code>.
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public Node(NodeValueList values) {
2 26 Feb 07 jari 37   this(null, values);
2 26 Feb 07 jari 38     }
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * Constructs a <code>Node</code> with specified values and child nodes list.
2 26 Feb 07 jari 42      *
2 26 Feb 07 jari 43      * @param nodeList the <code>NodeList</code>.
2 26 Feb 07 jari 44      * @param values the <code>NodeValueList</code>.
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public Node(NodeList nodeList, NodeValueList values) {
2 26 Feb 07 jari 47   this(nodeList, values, null);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50     /**
2 26 Feb 07 jari 51      * Constructs a <code>Node</code> with specified values, child nodes list
2 26 Feb 07 jari 52      * and properties.
2 26 Feb 07 jari 53      *
2 26 Feb 07 jari 54      * @param nodeList the <code>NodeList</code>.
2 26 Feb 07 jari 55      * @param values the <code>NodeValueList</code>.
2 26 Feb 07 jari 56      * @param map the node properties.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     public Node(NodeList nodeList, NodeValueList values, ConfMap map) {
2 26 Feb 07 jari 59   this.childNodes = nodeList;
2 26 Feb 07 jari 60   setProperties(map);
2 26 Feb 07 jari 61   setValues(values);
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Constructs a <code>Node</code> with specified indices.
2 26 Feb 07 jari 66      *
2 26 Feb 07 jari 67      * @param featuresIndexes the array of integer indices.
2 26 Feb 07 jari 68      */
2 26 Feb 07 jari 69     public Node(int[] featuresIndexes) {
2 26 Feb 07 jari 70   setFeaturesIndexes(featuresIndexes);
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /**
2 26 Feb 07 jari 74      * Returns the node properties.
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     public ConfMap getProperties() { return properties;}
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     /**
2 26 Feb 07 jari 79      * Sets the node properties.
2 26 Feb 07 jari 80      * @param map the properties to be set.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     public void setProperties(ConfMap map) { properties = map;}
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * Sets property value by its name.
2 26 Feb 07 jari 86      *
2 26 Feb 07 jari 87      * @param name the name of a property.
2 26 Feb 07 jari 88      * @param value the property value.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     public void setProperty(String name, String value) {
2 26 Feb 07 jari 91   if (this.properties == null) {
2 26 Feb 07 jari 92       this.properties = new ConfMap();
2 26 Feb 07 jari 93   }
2 26 Feb 07 jari 94   this.properties.setProperty(name, value);
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Returns child nodes list.
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     public NodeList getChildNodes() { return childNodes;}
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Sets child node list.
2 26 Feb 07 jari 104      * @param l the <code>NodeList</code>.
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106     public void setChildNodes(NodeList l) { childNodes = l;}
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * Returns features indices.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     public int[] getFeaturesIndexes() { return featuresIndexes;}
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     /**
2 26 Feb 07 jari 114      * Sets features indices.
2 26 Feb 07 jari 115      * @param idx the indices.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     public void setFeaturesIndexes( int[] idx ) { featuresIndexes = idx;}
2 26 Feb 07 jari 118     
2 26 Feb 07 jari 119     /**
2 26 Feb 07 jari 120      * Returns probes indices.
2 26 Feb 07 jari 121      */
2 26 Feb 07 jari 122     public int[] getProbesIndexes() { return probesIndexes;}
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * Sets probes indices.
2 26 Feb 07 jari 126      * @param idx the probes indices.
2 26 Feb 07 jari 127      */
2 26 Feb 07 jari 128     public void setProbesIndexes( int[] idx ) { probesIndexes = idx;}
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     /**
2 26 Feb 07 jari 131      * Returns node values.
2 26 Feb 07 jari 132      */
2 26 Feb 07 jari 133     public NodeValueList getValues() { return values;}
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     /**
2 26 Feb 07 jari 136      * Sets node values.
2 26 Feb 07 jari 137      * @param values the values to be set.
2 26 Feb 07 jari 138      */
2 26 Feb 07 jari 139     public void setValues(NodeValueList values) { this.values = values;}
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     private ConfMap properties;
2 26 Feb 07 jari 142     private NodeList childNodes;
2 26 Feb 07 jari 143     private NodeValueList values;
2 26 Feb 07 jari 144     private int[] featuresIndexes;
2 26 Feb 07 jari 145     private int[] probesIndexes;
2 26 Feb 07 jari 146 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)